lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1111 55555555555555555555 11111 22222 2
lowQualScore : 3 666 3 3 22 2 88888 33 2 2 888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 999 7 2 22 333 2 88 2 666666 2 444 0 0 4 5 2222 66 22222222222222222222 66666 22222 0 6
lowQualScore : . ... . . .. . ..... .. . . ... .................................................................................................................. . . ... . . .. ... . .. . ...... . ... . . . . .... .. .................... ..... ..... . .
lowQualScore : 6 444 1 1 22 9 11111 99 9 9 999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 4 666 0 2 33 999 2 33 2 444444 9 111 3 4 4 7 1111 00 11111111111111111111 77777 22222 0 0
consensus : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-AGCGT-TTTTCA--GTTATT--G-TGC-GAA---AACTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAAN----G------T-TCA-TAT-TAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--G-AG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGA-------------------NAAGCCG-----ATT-A-CTATAGGGCTCCCGCC
Reference ( gi|2 ) : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-A-TGT-TTTTCC--GTTATT--G-TGC-AAA---AACTGAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG------CCCTGAA----G------T-TCA-TAT-TGATCG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--G-AG------TTATCGCGTGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGA-------------------CAAGCTG-----ATT-A-C-ATA-GACTCCCGCC
gi|14 : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-AGCAT-TTTGCA--GTTATT--G-TGC-GAA---AACTGAAAAAC
gi|8 : AGTTTCAAT---GAG---TA-GTCAA-G-CGT-TTTTGCAAGTTATT--GGCGCGAAA---AACTGAAAAACA
gi|9 : taaaAGTTTCAATC-AGAT---T-----------------TCA--GTTATT--G-TGA-GAA---AACTAAAAAACgccagtttttgaggaaaaaagttccgatattatctgaaacgtgagaaatcaggaaagtggtccaaaaatcgagagagggagctgacctcgagagtgagtgatgtgcgagttagcggaagttcg
gi|4 : cttttgaaGTTTCATTC-TGAT---TA-GTGAACA-TGT-TCTTCA--GTTATTTTG-TGC-GAA---AACTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNG------TCTCA-TAT-TAATTG-GT--------------TTT--G-AG------TTATAGTGTGAA---AACTT-TTT-GTG-AC----GGACAGA-------------------CAAGCTG-----ATT-G-CTATA-Ggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagatatgtgccaaactgccttaac
gi|5 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-AGTGT-TTTACA--GTTAAA--G-TGC-AAA---AACTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN----NNNNNGTT-TCA-TAG-GAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--G-AGCTAGGCCTATCGCGTGAA---AACTGTTTC-Gg
gi|6 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-A-GGT-TTTTTCA-GTTATT--G-TGC-GAA---G--TGAAAAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN----GT-----T-TCA-TAT-TAATAG-GTGT-A---A-GTCCTTTT--G-AG------TTATTACGCGAA---AAC-TGTTgtt
gi|16 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-G-TGT-TTTACA--GTTATT--G-TGC-GAA---AACTGAAAAAt
gi|15 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-AGCGT-TTTTCA--GTTATT--G-AGC-GAA---AACTAAAGAACa
gi|1 : TTTCAATCCTGATATATACGTAAA-AGCGC-TTTTCA--GTTATT--G-CGC-GGAACCAACTGAAAAACAC
gi|3 : TTTAATC-TGAT---TA-GTGAA-AGTGT-TTTCAC--ATTATT--G-TGC-AAA---AACCG-AAAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CTCTAAC----G------T-C---TAT-TAATT---TGC-A---A-AGCCTTTT--G-AG------TT----CTTGAA---AAC-TGTTT-GTG-AT----GGA---A--------------------AAGCTG-----ATTAA-T-ATG-GGCTCGCGcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcatacatactgtgtgccaagcccttttgagttatcgcggaacctattttgtgcgtgtacggacgggcga
gi|7 : gTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-A--GCATTTTGC--ATTATT--G-TGC-GAA---AACTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCT-AACGT-G------T-TCA-TA--TAATTG-GTA--A---A-GCCCTTTT--G-AG------TTATCGCGCGatacttgggccttat
gi|23 : A-GTGAA-AGTGT-TTTAACA-GTTATT--G-TGC-AAA---AACTGAAAAAC
gi|24 : A-GTGAA-AGTGT-TTTAACA-GTTATT--G-TGC-AAA---AACTGAAAAA
gi|4 : -TGT-TTTTCA--GTTTTC--G-CAC-AAAAT-AACTGAAGAACAa
gi|1 : gtttcattctgattagtgaaca----G------T-TCA-TAC-ATACTGTGTGCCA---A-GCCCTTTT--G-AG------TTATCGCG-GAACCTATTTTGTGC-GTGTAC----GGACGGG-------------------CGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcatattaattggttttgagttatagtgtgaaaactttttgtgacggacagacaagctgattgctatagg
gi|12 : tttcaatcctgatatatacgtaaaagcgcttttcagttattgcgcggaaccaactgaaaaacaccaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-TCA-TAT-GAATTG-GTGC-T---A-GCCCTTTT--G-AG------TTATCACGCGAA---AACTGTTTC-G-G-AC----GGA---A-------------------AAAGCCG-----ATT-A-CTATAGGGCTCCCGCC
gi|10 : ------T-TCAATAT-TCATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTTGAG-AG------TTATTGCACGAA---AAC-TGTTT-GTG-ACAGATGAACGGA-------------------AAAGCTGTTTGTACT-A-C-ATA-gatactccggcgggccctaatt
gi|19 : ------T-TCA-TAT-TAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--G-AG------TTGTCGCGCGAA---AAC-TGTTC-atgtatataggggccccgccgatactcagagtccgcgaggccctaa
gi|14 : t------T-TCA--ATCTGATTA-GTGA-A---A-GCA-TTTT--GCAG------TTATTGTGCGAA---AACT
gi|15 : agt------T-TCA--ATCTGATTA-GTGA-A---A-GCGTTTTT--C-AG------TTATTGAGCGAA---AACTgaaaaac
gi|17 : t------T-TCA-TAT-GAATTG-GTGC-A---A-GCACTTCT--G-AG------TTATCACGTGAA---AAC-TGTTaaagaac
gi|20 : gt------T-TCA-TCT-TAATTT-GTGC-A---A-GCTCTTTT--G-AG------TTATTGCGTGAA---AAC-TGTTt
gi|22 : t------T-TCA-TAT-GAATTG-GTGC-A---A-GCC-TTTT--G-AG------TTATTGCACGAA---AACTt
gi|21 : t------T-TCA-TAT-GAATGG-GTAA-A---AAGCCCTTTT--G-AG------TTATCACGCGAA---AACTg
gi|13 : CA-CAT-CAATTG-ATGC-A---A-GCCCTTTTT-G-AG------TTATTGCGTGAA---AACT------GTG-AC----GGACAGA-------------------AAAGCCG-----ATT-ATT-ATAGGGCTCCAGCg
gi|18 : -TAT-TAATTG-GTGT-A---A-TCCCTTTT--G-AG------TTATCGCGCGAA---AAtgatactcggtgaggcctaatta
gi|11 : ttcccT-TAATTG-GTGC-AGAGA-GCCCGTTTCCG-AG------T-ATCGCGCGAA---AAACTGTTTTGTG-AC----GGACGGGACAAGACGGAAGGATGGATCAAGCTG-----ATT-A-CTATAGGGCTCCCGCCtggttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1111 44444444444444444444 11111 22222222
lowQualScore : 3 555 2 1 1 44 2 33 2 555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 2 2 444 2 88 666666 444 1 4 5 0000 55555555555555555555 1 44444 00000000
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . ... . .................................................................................................................... . . . . . ... . .. ...... ... . . . .... .................... . ..... ........
lowQualScore : 3 888 9 4 6 44 9 99 9 000 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 5 5 4 4 111 4 88 888888 444 6 0 0 6666 33333333333333333333 4 33333 77777777
consensus : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGA-------------------AAAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
Reference ( family-835 ) : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTT-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGA-------------------NAAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
gi|1 : TTTCAATCCTGATATATACGTAAAAGCGCTTTT-CA-GTTATT--G-CGCGGAACCAA-CTGAAAAACAC
gi|1 : ----G------T-TCA-TACATACTGTGTGCCA---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCG-GAACCTATTTTGTGC-GTGTAC----GGACGGcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcatacatactgtgtgccaagcccttttgagttatcgcggaacctattttgtgcgtgtacggacgggcga
gi|10 : tttcaatcctgatatatacgtaaaagcgcttttcagttattgcgcggaaccaactgaaaaacaccaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-TCAATATTCATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTTGAGAG------TTATTGCACGAA---AAC-TGTTT-GTG-ACAGATGAACGGA-------------------AAAGCTGTTTGTACTACATAATGTATATAGGGGCCCCGCCgcga
gi|11 : TTAATTG-GTGC-AGAGA-GCCCGTTTCCGAG------T-ATCGCGCGAA---AAACTGTTTTGTG-AC----GGACGGGACAAGACGGAAGGATGGATCAAGCTG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgatactcagagtccgcgaggccctaa
gi|12 : tag------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-T---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTGTTTC-G-G-AC----GGA---A-------------------AAAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgata
gi|13 : CA-CATCAATTG-ATGC-A---A-GCCCTTTTT-GAG------TTATTGCGTGAA---AACT------GTG-AC----GGACAGA-------------------AAAGCCG-----ATTAT--------TATAGGGCTCCAGCgatactccggcgggccctaatt
gi|14 : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACtgatactcggtgaggcctaatta
gi|15 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTT-CA-GTTATT--G-AGCGAA---AA-CTAAAGAAC
gi|16 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-GTGTTTTA-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAA
gi|17 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCACTTCT--GAG------TTATCACGTGAA---AAC-TGTTa
gi|18 : gt-TATTAATTG-GTGT-A---A-TCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AAt
gi|19 : ttccc------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTGTCGCGCGAA---AAC-TGTTC-tggttt
gi|2 : tAGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAA-TGTTTTT-CC-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG------CCCTGA--A----G------T-TCA-TATTGATCG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGTGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGA-------------------CAAGCTG-----ATTAC---------ATAGA-CTCCCGCC
gi|20 : ------T-TCA-TCTTAATTT-GTGC-A---A-GCTCTTTT--GAG------TTATTGCGTGAA---AAC-TGTT
gi|21 : t------T-TCA-TATGAATGG-GTAA-A---AAGCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTt
gi|22 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCC-TTTT--GAG------TTATTGCACGAA---AACTg
gi|23 : tA-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACg
gi|24 : A-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAA
gi|3 : TTTAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTCACA--TTATT--G-TGCAAA---AA-CCGAAAA-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CTCTAA--C----G------T-C---TATTAATT---TGC-A---A-AGCCTTTT--GAG------TT----CTTGAA---AAC-TGTTT-GT---------GATGGA-------------------AAAGCTG-----ATTAA--------TAT-GGGCTCGCGa
gi|4 : gGTTTCATTC-TGAT---TA-GTGAACATGTTCTT-CA-GTTATTTTG-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNNG------TCTCA-TATTAATTG-GT--------------TTT--GAG------TTATAGTGTGAA---AACTT-TTT-GTG-AC----GGACAGA-------------------CAAGCTG-----ATTGC--------TATAGGatacttgggccttat
gi|5 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTA-CA-GTTAAA--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--N----NNNNNGTT-TCA-TAGGAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAGCTAGGCCTATCGCGTGAA---AACTGTTTC-G
gi|6 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGGTTTTTT-CA-GTTATT--G-TGCGAA---G---TGAAAAACA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--G----T------T-TCA-TATTAATAG-GTGT-A---A-GTCCTTTT--GAG------TTATTACGCGAA---AAC-TGTTgtt
gi|7 : TTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA--TTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTAACGT----G------T-TCA-TA-TAATTG-GTA--A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGt
gi|8 : AGTTTCAAT---GAG---TA-GTCAA-GCGTTTTTGCAAGTTATT--GGCGCGAA---AAACTGAAAAACA
gi|9 : taaaAGTTTCAATC-AGAT---T---------------T-CA-GTTATT--G-TGAGAA---AA-CTAAAAAACgccagtttttgaggaaaaaagttccgatattatctgaaacgtgagaaatcaggaaagtggtccaaaaatcgagagagggagctgacctcgagagtgagtgatgtgcgagttagcggaagttcg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1111 4444444444444444444 11111 22222222
lowQualScore : 3 555 2 1 1 22 2 33 2 555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 2 2 444 2 88 666666 444 00 4 5 0000 22 4444444444444444444 1 44444 00000000
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . ... . .................................................................................................................... . . . . . ... . .. ...... ... .. . . .... .. ................... . ..... ........
lowQualScore : 3 888 9 4 6 44 9 99 9 000 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 5 5 4 4 111 4 88 888888 444 66 0 0 6666 88 3333333333333333333 4 33333 77777777
consensus : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
Reference ( family-835 ) : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
gi|1 : TTTCAATCCTGATATATACGTAAAAGCGCTTTT-CA-GTTATT--G-CGCGGAACCAA-CTGAAAAACAC
gi|1 : ----G------T-TCA-TACATACTGTGTGCCA---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCG-GAACCTATTTTGTGC-GTGTAC----GGACGGcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcatacatactgtgtgccaagcccttttgagttatcgcggaacctattttgtgcgtgtacggacgggcga
gi|10 : tttcaatcctgatatatacgtaaaagcgcttttcagttattgcgcggaaccaactgaaaaacaccaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-TCAATATTCATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTTGAGAG------TTATTGCACGAA---AAC-TGTTT-GTG-ACAGATGAACGGAA-------------------AAGCTGTTTGTACTACATAATGTATATAGGGGCCCCGCCgcga
gi|11 : TTAATTG-GTGC-AGAGA-GCCCGTTTCCGAG------T-ATCGCGCGAA---AAACTGTTTTGTG-AC----GGACGGGACAAGACGGAAGGATGGATCAAGCTG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgatactcagagtccgcgaggccctaa
gi|12 : tag------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-T---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTGTTTC-G-G-AC----GGA---AA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgata
gi|13 : CA-CATCAATTG-ATGC-A---A-GCCCTTTTT-GAG------TTATTGCGTGAA---AACT------GTG-AC----GGACAGAA-------------------AAGCCG-----ATTAT--------TATAGGGCTCCAGCgatactccggcgggccctaatt
gi|14 : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACtgatactcggtgaggcctaatta
gi|15 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTT-CA-GTTATT--G-AGCGAA---AA-CTAAAGAAC
gi|16 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-GTGTTTTA-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAA
gi|17 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCACTTCT--GAG------TTATCACGTGAA---AAC-TGTTa
gi|18 : gt-TATTAATTG-GTGT-A---A-TCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AAt
gi|19 : ttccc------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTGTCGCGCGAA---AAC-TGTTC-tggttt
gi|2 : tAGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAA-TGTTTTT-CC-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG------CCCTGA--A----G------T-TCA-TATTGATCG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGTGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAC-------------------AAGCTG-----ATTAC---------ATAGA-CTCCCGCC
gi|20 : ------T-TCA-TCTTAATTT-GTGC-A---A-GCTCTTTT--GAG------TTATTGCGTGAA---AAC-TGTT
gi|21 : t------T-TCA-TATGAATGG-GTAA-A---AAGCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTt
gi|22 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCC-TTTT--GAG------TTATTGCACGAA---AACTg
gi|23 : tA-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACg
gi|24 : A-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAA
gi|3 : TTTAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTCACA--TTATT--G-TGCAAA---AA-CCGAAAA-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CTCTAA--C----G------T-C---TATTAATT---TGC-A---A-AGCCTTTT--GAG------TT----CTTGAA---AACT-GTTT-GTG-AT----GGA----A-------------------AAGCTG-----ATTAA--------TAT-GGGCTCGCGa
gi|4 : gGTTTCATTC-TGAT---TA-GTGAACATGTTCTT-CA-GTTATTTTG-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNNG------TCTCA-TATTAATTG-GT--------------TTT--GAG------TTATAGTGTGAA---AACTT-TTT-GTG-AC----GGACAGAC-------------------AAGCTG-----ATTGC--------TATAGGatacttgggccttat
gi|5 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTA-CA-GTTAAA--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--N----NNNNNGTT-TCA-TAGGAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAGCTAGGCCTATCGCGTGAA---AACTGTTTC-G
gi|6 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGGTTTTTT-CA-GTTATT--G-TGCGAA---G---TGAAAAACA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--G----T------T-TCA-TATTAATAG-GTGT-A---A-GTCCTTTT--GAG------TTATTACGCGAA---AAC-TGTTgtt
gi|7 : TTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA--TTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTAACGT----G------T-TCA-TA-TAATTG-GTA--A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGt
gi|8 : AGTTTCAAT---GAG---TA-GTCAA-GCGTTTTTGCAAGTTATT--GGCGCGAA---AAACTGAAAAACA
gi|9 : taaaAGTTTCAATC-AGAT---T---------------T-CA-GTTATT--G-TGAGAA---AA-CTAAAAAACgccagtttttgaggaaaaaagttccgatattatctgaaacgtgagaaatcaggaaagtggtccaaaaatcgagagagggagctgacctcgagagtgagtgatgtgcgagttagcggaagttcg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1111 4444444444444444444 11111 22222222
lowQualScore : 3 555 2 1 1 22 2 33 2 555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 2 2 444 2 88 666666 444 00 4 5 0000 22 4444444444444444444 1 44444 00000000
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . ... . .................................................................................................................... . . . . . ... . .. ...... ... .. . . .... .. ................... . ..... ........
lowQualScore : 3 888 9 4 6 44 9 99 9 000 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 5 5 4 4 111 4 88 888888 444 66 0 0 6666 88 3333333333333333333 4 33333 77777777
consensus : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
Reference ( family-835 ) : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
gi|1 : TTTCAATCCTGATATATACGTAAAAGCGCTTTT-CA-GTTATT--G-CGCGGAACCAA-CTGAAAAACAC
gi|1 : ----G------T-TCA-TACATACTGTGTGCCA---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCG-GAACCTATTTTGTGC-GTGTAC----GGACGGcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcatacatactgtgtgccaagcccttttgagttatcgcggaacctattttgtgcgtgtacggacgggcga
gi|10 : tttcaatcctgatatatacgtaaaagcgcttttcagttattgcgcggaaccaactgaaaaacaccaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-TCAATATTCATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTTGAGAG------TTATTGCACGAA---AAC-TGTTT-GTG-ACAGATGAACGGAA-------------------AAGCTGTTTGTACTACATAATGTATATAGGGGCCCCGCCgcga
gi|11 : TTAATTG-GTGC-AGAGA-GCCCGTTTCCGAG------T-ATCGCGCGAA---AAACTGTTTTGTG-AC----GGACGGGACAAGACGGAAGGATGGATCAAGCTG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgatactcagagtccgcgaggccctaa
gi|12 : tag------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-T---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTGTTTC-G-G-AC----GGA---AA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgata
gi|13 : CA-CATCAATTG-ATGC-A---A-GCCCTTTTT-GAG------TTATTGCGTGAA---AACT------GTG-AC----GGACAGAA-------------------AAGCCG-----ATTAT--------TATAGGGCTCCAGCgatactccggcgggccctaatt
gi|14 : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACtgatactcggtgaggcctaatta
gi|15 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTT-CA-GTTATT--G-AGCGAA---AA-CTAAAGAAC
gi|16 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-GTGTTTTA-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAA
gi|17 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCACTTCT--GAG------TTATCACGTGAA---AAC-TGTTa
gi|18 : gt-TATTAATTG-GTGT-A---A-TCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AAt
gi|19 : ttccc------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTGTCGCGCGAA---AAC-TGTTC-tggttt
gi|2 : tAGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAA-TGTTTTT-CC-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG------CCCTGA--A----G------T-TCA-TATTGATCG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGTGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAC-------------------AAGCTG-----ATTAC---------ATAGA-CTCCCGCC
gi|20 : ------T-TCA-TCTTAATTT-GTGC-A---A-GCTCTTTT--GAG------TTATTGCGTGAA---AAC-TGTT
gi|21 : t------T-TCA-TATGAATGG-GTAA-A---AAGCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAA---AACTt
gi|22 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCC-TTTT--GAG------TTATTGCACGAA---AACTg
gi|23 : tA-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACg
gi|24 : A-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAA
gi|3 : TTTAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTCACA--TTATT--G-TGCAAA---AA-CCGAAAA-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CTCTAA--C----G------T-C---TATTAATT---TGC-A---A-AGCCTTTT--GAG------TT----CTTGAA---AACT-GTTT-GTG-AT----GGA----A-------------------AAGCTG-----ATTAA--------TAT-GGGCTCGCGa
gi|4 : gGTTTCATTC-TGAT---TA-GTGAACATGTTCTT-CA-GTTATTTTG-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNNG------TCTCA-TATTAATTG-GT--------------TTT--GAG------TTATAGTGTGAA---AACTT-TTT-GTG-AC----GGACAGAC-------------------AAGCTG-----ATTGC--------TATAGGatacttgggccttat
gi|5 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTA-CA-GTTAAA--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--N----NNNNNGTT-TCA-TAGGAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAGCTAGGCCTATCGCGTGAA---AACTGTTTC-G
gi|6 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGGTTTTTT-CA-GTTATT--G-TGCGAA---G---TGAAAAACA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--G----T------T-TCA-TATTAATAG-GTGT-A---A-GTCCTTTT--GAG------TTATTACGCGAA---AAC-TGTTgtt
gi|7 : TTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA--TTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTAACGT----G------T-TCA-TA-TAATTG-GTA--A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGt
gi|8 : AGTTTCAAT---GAG---TA-GTCAA-GCGTTTTTGCAAGTTATT--GGCGCGAA---AAACTGAAAAACA
gi|9 : taaaAGTTTCAATC-AGAT---T---------------T-CA-GTTATT--G-TGAGAA---AA-CTAAAAAACgccagtttttgaggaaaaaagttccgatattatctgaaacgtgagaaatcaggaaagtggtccaaaaatcgagagagggagctgacctcgagagtgagtgatgtgcgagttagcggaagttcg
blockSeqs : . . . A C AA A TT G . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTAACGTG C A . . GAG A GA CTAGGC . CT T . AGAT CG CAAGACGGAAGGATGGATC T . .
blockSeqs : . . . A C AA . . . . . CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT . . . . . . CC . . TG . . . CG . C . .
blockSeqs : . . . A T CA . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . . . . T . . TT . . . CA . C . .
blockSeqs : . . . A T TG . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTCTAACG . . . . . . . . . TT . . . CG . T . .
blockSeqs : . . . A T G . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT . . . . . . . . . TG . . . CA . T . .
blockSeqs : . . . A T T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . C T A . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . A T T . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A T T . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A G A . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . C G . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *** *** *** T* ***** ********
originalCons : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACTTGTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
finalCons : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAA---AACT-GTTC-GTG-AC----GGACGGAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111111 1111 4444444444444444444 11111 22222222
lowQualScore : 3 555 2 1 1 22 2 33 2 555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 2 2 444 2 55 000000 0 2 2 3333333 5 0000 5 4444444444444444444 1 44444 00000000
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . ... . .................................................................................................................... . . . . . ... . .. ...... . . . ....... . .... . ................... . ..... ........
lowQualScore : 3 888 9 4 6 44 9 99 9 000 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 5 5 4 4 111 4 66 000000 6 5 5 3333333 0 6666 0 3333333333333333333 4 33333 77777777
consensus : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAAAA-CT-GTT-----C-GTG-AC----GGACGG-AA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
Reference ( family-835 ) : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTN-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CCCTAA--N----G------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAAAA-CT-GTT-----C-GTG-AC----GGACGG-AA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCC
gi|1 : TTTCAATCCTGATATATACGTAAAAGCGCTTTT-CA-GTTATT--G-CGCGGAACCAA-CTGAAAAACAC
gi|1 : ----G------T-TCA-TACATACTGTGTGCCA---A-GCCCTTTT--GAG------TTAT--CGCGGAAC-CT-ATTTTGTGC-GTGTAC----GGACGG-caaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcatacatactgtgtgccaagcccttttgagttatcgcggaacctattttgtgcgtgtacggacgggcga
gi|10 : tttcaatcctgatatatacgtaaaagcgcttttcagttattgcgcggaaccaactgaaaaacaccaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-TCAATATTCATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAGAG----TTATTGCACGAAAA-CT-GTT-----T-GTG-ACAGATGAACGG-AA-------------------AAGCTGTTTGTACTACATAATGTATATAGGGGCCCCGCCgcga
gi|11 : TTAATTG-GTGC-AGAGA-GCCCGTTTCCGAG------T-ATCGCGCGAAAAACT-GTT-----TTGTG-AC----GGACGG-GACAAGACGGAAGGATGGATCAAGCTG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgatactcagagtccgcgaggccctaa
gi|12 : tag------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-T---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAAAA-CT-GTT-----T------C----GGACGGAAA-------------------AAGCCG-----ATTAC--------TATAGGGCTCCCGCCgata
gi|13 : CA-CATCAATTG-ATGC-A---A-GCCCTTTTT-GAG------TTATTGCGTGAAAA-CT-GT----------G-AC----GGACAG-AA-------------------AAGCCG-----ATTAT--------TATAGGGCTCCAGCgatactccggcgggccctaatt
gi|14 : AGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACtgatactcggtgaggcctaatta
gi|15 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCGTTTTT-CA-GTTATT--G-AGCGAA---AA-CTAAAGAAC
gi|16 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAA-GTGTTTTA-CA-GTTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAA
gi|17 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCACTTCT--GAG------TTATCACGTGAAAA-CT-GTT-----a
gi|18 : gt-TATTAATTG-GTGT-A---A-TCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGAAAA-TG-GTT-----t
gi|19 : ttccc------T-TCA-TATTAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTGTCGCGCGAAAA-CT-GTT-----C-t
gi|2 : tAGTTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAA-TGTTTTT-CC-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG------CCCTGA--A----G------T-TCA-TATTGATCG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGTGAAAA-CTTGTT-----C-GTG-AC----GGACGG-AC-------------------AAGCTG-----ATTAC---------ATA-GACTCCCGCC
gi|20 : ------T-TCA-TCTTAATTT-GTGC-A---A-GCTCTTTT--GAG------TTATTGCGTGAAAA-CT-GTT-----
gi|21 : t------T-TCA-TATGAATGG-GTAA-A---AAGCCCTTTT--GAG------TTATCACGCGAAAA-CT-Gt
gi|22 : ------T-TCA-TATGAATTG-GTGC-A---A-GCC-TTTT--GAG------TTATTGCACGAAAA-CT-G
gi|23 : tA-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAAC
gi|24 : A-GTGAAAGTGTTTTAACA-GTTATT--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAA
gi|3 : TTTAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTCACA--TTATT--G-TGCAAA---AA-CCGAAAA-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------CTCTAA--C----G------T-C---TATTAATT---TGC-A---A-AGCCTTTT--GAG------TT----CTTGAAAA-CT-GTT-----T-GTG-AT----GGA-----A-------------------AAGCTG-----ATTAA--------TAT-GGGCTCGCGa
gi|4 : gGTTTCATTC-TGAT---TA-GTGAACATGTTCTT-CA-GTTATTTTG-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNNG------TCTCA-TATTAATTG-GT--------------TTT--GAG------TTATAGTGTGAAAA-CT-TTT-----T-GTG-AC----GGACAG-AC-------------------AAGCTG-----ATTGC--------TATAGGatacttgggccttat
gi|5 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGTGTTTTA-CA-GTTAAA--G-TGCAAA---AA-CTGAAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--N----NNNNNGTT-TCA-TAGGAATTG-GTGC-A---A-GCCCTTTT--GAGCTAGGCCTATCGCGTGAAAA-CT-GTT-----
gi|6 : TTTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGGTTTTTT-CA-GTTATT--G-TGCGAA---G---TGAAAAACA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--G----T------T-TCA-TATTAATAG-GTGT-A---A-GTCCTTTT--GAG------TTATTACGCGAAAA-CT-GTT-----tcggtt
gi|7 : TTCAATC-TGAT---TA-GTGAAAGCATTTTG-CA--TTATT--G-TGCGAA---AA-CTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTAACGT----G------T-TCA-TA-TAATTG-GTA--A---A-GCCCTTTT--GAG------TTATCGCGCGt
gi|8 : AGTTTCAAT---GAG---TA-GTCAA-GCGTTTTTGCAAGTTATT--GGCGCGAA---AAACTGAAAAACA
gi|9 : taaaAGTTTCAATC-AGAT---T---------------T-CA-GTTATT--G-TGAGAA---AA-CTAAAAAACgccagtttttgaggaaaaaagttccgatattatctgaaacgtgagaaatcaggaaagtggtccaaaaatcgagagagggagctgacctcgagagtgagtgatgtgcgagttagcggaagttcg