lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333 1111 111111 22222 11111 33333333333333333333 1 6666666666666666666666 11 1 555555555555555 11 2222222222 33333333 11 666666666666666 2 22222 55555555555555555 11 11 11 111111111111111111111111111111 11 2222222222 7777777777777777777 11111 111111 1 1111111 55555555555 11 111 3333333333333333 444
lowQualScore : 555 3 3 2 2 888 777777 6666666 3 66666666666666666666666666 3 88 3 9999 3 55 3 2 111111 3 77 3 99999 3 3 3 77777 33333333333333333333 2 55 3 0 3 1111111111111111111111 1 88 3 3 55 99 3 5 3 3 999999 4 4 44 4 77 4 0 77 8888 6 66 000000000000000 6 1 00 6 6 1111111111 22222222 77 11 444444444444444 3 0 00000 3 3 88888888888888888 11 11 66 444444444444444444444444444444 4 888 4 4 4 77 2 8888888888 88888 4 4444444444444444444 3 44 6 3 555 66666 44 0 999999 0 3 555555 2 0000000 555 3 88888888888 44 3 00 55555 3 6666 55 3 5 555 1111111111111111 3 8 6666 777777 5 33 2 333 44 555
lowQualScore : ... . . . . ... ...... ....... . .......................... . .. . .... . .. . . ...... . .. . ..... . . . ..... .................... . .. . . . ...................... . .. . . .. .. . . . . ...... . . .. . .. . . .. .... . .. ............... . . .. . . .......... ........ .. .. ............... . . ..... . . ................. .. .. .. .............................. . ... . . . .. . .......... ..... . ................... . .. . . ... ..... .. . ...... . . ...... . ....... ... . ........... .. . .. ..... . .... .. . . ... ................ . . .... ...... . .. . ... .. ...
lowQualScore : 888 3 3 9 9 999 777777 3333333 3 44444444444444444444444444 6 44 6 4444 6 00 6 1 555555 7 99 6 55555 6 6 6 00000 00000000000000000000 9 00 6 5 6 3333333333333333333333 9 33 1 6 00 44 6 5 6 6 111111 0 0 88 0 22 1 7 88 5555 4 11 888888888888888 7 0 22 7 7 8888888888 77777777 88 00 222222222222222 2 0 00000 2 8 44444444444444444 00 00 88 888888888888888888888888888888 4 333 4 0 0 55 9 6666666666 44444 0 1111111111111111111 3 66 7 3 888 11111 66 3 666666 3 3 333333 2 8888888 888 3 66666666666 33 3 33 22222 6 9999 00 6 7 999 0000000000000000 3 6 1111 777777 7 99 9 555 66 888
consensus : TTTTAAAGG---GA-CA-TGGACA-CGT-TTTGAG--CT------AA----AAATG-TT-T-A--AATTTTA-G-ATTT--TCATT-TTTA-AT-GTTTA-C--A-ATG--CT-CANT-----TAAG-NTATTTC-TAAT---GGTC-AGC-A-AA----AATT-------TGA----------ACG--T-CATTTG-TTG--A---G---T--CA---AG--TGAG-ATA-C--AGCAC-TTAC-AA-TTCTTT-GCT--A-TG-T-AAA-CAA-GGCTCGAGCCN-TGTT----TTTGTT--TACATAAA----G--TGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------ACAAA-A-NA--AGATGTGAGAA--ACACTAG-AA----A---A---TGTTT-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAANTCTGCCTTAAACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC--ATATACGTA-AAC--A-A-A-AA-CANGGCTCGAGC----CTTGTT---T-A-CAT---AGC--AAAGA-A---TTGTAA-GTGCT--G-TATCT-C---ACTTGT--AACT--CAACA------AATG-AC-GT--TCAAAT-------TTT-T-GC-TGACCA--TTA--TAGAAATA-CC-TTAG-TTGA--G--CAT-T--G-T--AAAC-ATTAAAAATGN--AAAT-C-TAAAATT--T-A-AA-CATTT----TT------AGC-TC--AAAACG-TGTC-C--ATGTC---CCTTTAAA
Reference ( gi|3 ) : TTTTAAAGG---GA-CA-TGGACA-CGT-TTTGAA--CT------AA----AAATG-TT-C-A--AATTTTA-G-ATTG--CCAAT-TTTG-AT-GTTTA-T--A-ATG--CT-TAAT-----CAAG-TTATTTC-TAGG---GGTC-AGC-A-AA----GATT-------TCA----------ATG--T-CAGTTG-TTG--A---A---T--CA---A---TAAA-ACA-C--AGTGC-TCAC-AA-TTCTTT-GTT--A-TG-T-AAA-CAA-TGCTCGTGCCT-TGTT----TTTGTT--TACATAAA----GTTTGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------ACAAA-A-GA--AGATGTGAAAA--ACACTAG-GA----G---A---TGTTT-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-ACGTT--GAAA--AAATTCTGCCTTAAACGGAA-CG--TTTACTA-GCATATATATATTCA-ATATATGTA-AAT--A-A-A-A--CATGGCAGGATC----CTTGTT---T-A-CAT---AAC--ATCGACA---TTGTAA-GTGCT--G-TATCT-C---ACTTGT--ACCT--CAACA------AATG-AC-AT--CCACAT-------TTT-T-GC-TGACTA--TTATATAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--G--CAT-T--G-T--AAAC-ATTAAAAATGG--AAAT-T-TAAAATT--T-G-AA-CATTT----TT------AGC-TC--AAAACG-TG---C--ATGCC---CCTTTAAA
gi|2 : TTTTAAAGG---GG-CA-TGGACA-CGT-TTTGAT--CT------AA----AAATG-CT-T-A--AGTTTTA-G-ATTT--TCATT-TCTA-AT-GTTCA-T--A-ATG--CT-CACT-----TATG-GTATTTC-TAAT---GGTC-AGC-A-AA-----ATT-------TGA----------ACG--T-C--TTG--TG--A---AGTTT--CA---AG--TGAG-ATA-G--AGCAC-T-AC-AA-TTC-TT-ACA--A-TG-T--AA-CAA-GGCTTCAGCCT-TGTT----AACAAT--TACATAAG----G--AGCTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAA-A--ATTAGATGTG-AAA--ACAATTG-AA----ATCTA---TGTTTAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-ACTTT--GAAAAGAAAATCTGCTTT-AATGGAA--G----TACTA-GC------ATATTC----ATACGTAGGGTCAA-A-A-A--CATGATAGGAGA----GGCGTTAAGT-A-GAA---AGA--AT--------TTGTCA--TGC---G-TA-CT-C---ACT--A--ATCT--C-ACA------ACTGCAC-GT--CAATAT-------TTT-TAGCTTGAGCA--T--CCTAGAAATA-CCGCTAG--TGA--G--CATCT--GTT--AATC-A-TACAAATGA--AAA--T-CAA---T--T-A-AA-CACTT----TT------A
gi|8 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTAAAGG---GA-CA-TCTACA-TGT-TTTGAG--CT------AA----A--TG-TT-------AT---A-G--TTA--C--ATGTTTA-AT-GTTTA-A--A-ATG--AT-TTAT-----CAAG-TTATTTC-TAAT---GATC-AGC-A-AA----GATT-------TGA----------CCG--T-CATTTG-TTG--A---G---TTACA---AG--TGAG-ATA-C--AGCAC-TTCC-AA-TTCTTT-GCT--T-TG-T-AAA-CAA-GGATTGTG-CG-TGTT----TTTG-T--TACATA
gi|4 : taTTAAAGT---GA-CA-TGGACA-CGT-TTTGAG--CT------AA----A--TT-TTAT-A--CATGT-----ATTT--GCATT-TTTG-AT-GTTTA-A--A-ATG--TT-TAAT-----CAAG-TTATTTC-TAGT---GGTC-AGC-A-AA----ACTT-------TGA----------AAG--T-CACTTA-TTG--A---G---T--TACATG---TAAG-ATA-C--AACGC-TCAC-AA-ATCTTC-ACT--A-TG-T-AAA-CAA-GGCTCGAGCCT-TGTT----TATGTT--TACAAAAA----GATTGCTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------ACAAATA-TG--AGATGTGAGAA--ACACTAG-AA----A---C---TGTTT-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AATTTAAAAAA--AAAATCTGCTTTAAATGGAA-AA--TTTAGTA-GCA--------------TATATGTA-AGC--A-A-ATA--CATGGCTCAAGC----CATATA---C-G-TGT---AGC--AAAGA-A---TTGTAA-GTGCT--GCTATCT-C---ACTTGT--AACT--CAACA------AATG-AT-GT--TAAAAT-------TTT-T-GC-TGAC-------CATACAAATA-CC-TTAG-TCAA--G--CAT-T--G-T--AAAC-ATTAAAATTG-----AT------AATC-----------TTT----TT------AGC-TC--GAAACG-TGTC-C--ATGCT---CCTTTTAA
gi|4 : cTTAAAAG---GAGCA-TGGACA-CGT-TTCGAG--CT------AA----AAA-------------------G-ATTA--TCAAT-TTTA-AT-GTTTA-C--A-ATG--CT-TGAC-----TAAG-GTATTTG-TA-T---GGTC-AGC-A-AA----AATT-------TTA----------ACA--T-CATTTG-TTG--A---G---TTACA---AG--TGAG-ATAGC--AGCAC-TTAC-AA-TTCTTT-GCTACA-CG-T-ATA-TG---GCTTGAGCCA-TGTA----TTTGCT--TACATA-------TATGCT-----ACTAAATT-TTCCA---T-TT-AA--A-------GCAGA-
gi|1 : cttaaagtgacatggacacgttttgagctaaattttatacatgtatttgcatttttgatgtttaaaatgtttaatcaagttatttctagtggtcagcaaaactttgaaagtcacttattgagttacatgtaagatacaacgctcacaaatcttcactatgtaaacaaggctcgagccttgtttatgtttacaaaaagattgcttcgtagaaaatatcatgtttaaaacaaatatgagatgtgagaaacactagaaactgtttaattgtgtttagaatgaacgtttaatttaaaaaaaaaaTTAAAGG---GG-CAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TG-TT-TTA--CATTTTATG-ATTT--TCA-T-TTTT-AT-GTTTA-C--A-ATG--CT-TCAC-----TAAA-A-ATTTC-TAAT---GGTC-AGT-A-AA----AGTT-------TGACT--------ATG--T-CATTTG-TTG--A---G---TTTCA---AGCGTAAA--CA-C---GCAC-TTAC-AA-TTCTTT-GTT--AATG-T-AAAACAAGCGCTCA-GCCT-TGTTAACATTTG-----GCATGAAAGACGATTACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------ACAAA-T-GA---GATGTGAGAA--ACACTAGAGA----A---ACTATGTTTTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATTT-GAAA--AAATCCTCTCTAGAACGGAA-CG--TATACTAAGCATAT------TCA-ATATAGGTA-AAC--A-A-A-AA-CAAGACTCGAGC----CTTGTT---T-AACAT---AGCG-AAAGA-A---TTGTAAAGTCCT--G-TATCT-C---ATAAGT--AACT--CAACA------AATG-AC-GTA-TCAAAT-------TTT-T-GC-CGACCA--TTA-----GAATA-CC-CTAA-GTGA--G--CAT-T--G-T--CAAT-ATTAAAAATGA--AAAT-C-TAAAATC--T-A-AA-CATTT----TT------AG---C--GAAACG-TGTC-C--ATGCC---CCTTTA
gi|5 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcTTAAAGG---GA-CA-TGGGCA-CGT-TTTGAG--TT------AA-------TT-TT-------ATATTA-A-ATTT--GCATT-TTTA-AT-GTTTA-A--A-ATG--CT-TAAC-----TAAG-TTATTTC-TAAT---CTTC-AGC-A-AA-----ATT-------TGA----------TTG--T-CAGTTG-TTGTCA---G---TTACA---AG--TGAG-ATA-C--AGCAC-TCAC-AA-TTCTTT-GTT--G-TG-T-AAA-CAA-GACTCGAGCCA-TGTT----TTTATT--TACGTAAA----G---------------AAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------ACAAA-A-TG--AGATGT--AAA--ACA
gi|15 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaTTAAAGG---GA-CA-CGGACA-CGT-TTTGAA--CT------Aa
gi|14 : acattgTTAAAGG---GA-CG-TGGACA-CGT-TTTGAG--CT------AA----
gi|7 : cacTTAAAAGTTAGA-CA---GACA-CGT-TGTGAG--C--------A----AAATGATT-G-T--GATCTTA---ATTG---CATT-TTTA-ATGGTTTA----A-ACA--TTGTAATTAACCCAAGATTATTCC-CAAACCTGGTC-ACC-ATAAATACGATTATGTGCATCATCATTCCATTATG--C-CA--TGCTCG--ACACG---T--C----A---CAAG-ATA-C--AGCTC-TCAC-AA-TTTTTT-GTT--tttttaatgtt
gi|13 : TTAAAGA---AG-CA-TGGACA-CG--TTTGAG--CT------AATTTTTAATG-TT-T-A--Aggtg
gi|1 : tcTAAAGG---GG-CA-TGGACA-CGT-TTCG----CT------AA----AAATG-TT-T-A--GATTTTA-G-ATTT--TCATT-TTTA-AT-ATTGA-C--A-ATG--CT-CACT-----TAGG-GTA-TTC-TAAT---GGTC-GGC-A-AA----AATT-------TGAT---------ACG--T-CATTTG-TTG--A---G---T--TACTTA---TGAG-ATA-C--AGGACTTTAC-AA-TTCTTTCGCT--A-TGTT-AAA-CAA-GGCTCGAGTCT-TGTT----TTTGTT--TACCTA
gi|16 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcttaaaggggcaagggacaacgtctttggatgctaaaatgttttacattttatgattttcatttttatgtttacaatgcttcactaaaaatttctaatggtcagtaaaagtttgactatgtcatttgttgagtttcaagcgtaaacacgcacttacaattctttgttaatgtaaaacaagcgctcagccttgttaacatttggcatgaaagacgattacttcacagaaaaatacaactgtttaataaacaaatgagatgtgagaaacactagagaaactatgttttaattatgtaggtctcataatgaaacttgttatatttgaaaaaatcctctctagaacggaacgtatactaagcatattcaataTAAAGG---GA-CA-TGGTCA-CGT-TTTGAA--CT------AA----A
gi|6 : GGACA-CTT-TTCGAAG-CTCGCAAAGA----AAATG-TT-C-ATAAATTACA-GCATTTTTCCA-T-TTTT-AT-GGTTA-CCAA-ATGGGCT-CACT-----TA-G-TTATTTTGTAAT---GGTC-ACC-A-AA----AATT-------GGA----------ACACAT-TGGTAG-TTA-------------CA---AG--TGAG-ATA-CCTATCAC-TTAC-AAATTCTTC-AAT--A-GG-TTAAA-CAA-GGCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGATGAG----AT--GCT----CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACACAAA-ATGA--GAATGTGATAATGCCACTAG-CACTTTG---G---TG-----ATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--CATT--GAAA--A
gi|9 : ttaatgcgccatggtggaA-CGT-TTTGAA--CT------AA----AAATG-TT-C-A--AATTTTA-G-ATTT--TCATT-TGTA-GT-GTTTA-C--A-ATG--CT-CATT-----TATG-GTATTTC-TAAT---GGTC-AGC-A-AA----AATG-------TGA----------ACG--T-CATTTG-TTG--A---GTT-T--CA---AG--TGAG-ATA-C--AGCAC-TTAC-A--------------A-TG-T-AAA-CAA-GGCAAGAGCCA-TGTT----TTTGTT--TAC
gi|2 : T------AA----AAGTG-TT-T-A--A---TT--G-ATTT--TCA---TTTGTAT-GATTAAC--AGATG--CT-CACT-----AGCG-GTATTTC-TAGGAT-GCTCAAGCTA-AA----AATA-------TTG----------ACG--TGCAGTTG-TGA--G---A---T--TA---G---TGAGTACG-C--A-TG----ACAAA-TTCTTT--CT--A-CT-T--AA-CGC-CTCTCCTATCA-TGTT----TTTG
gi|10 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactttttaaaggggcatggacacgttttgatctaaaaatgcttaagttttagattttcatttctaatgttcataatgctcacttatggtatttctaatggtcagcaaaatttgaacgtcttgtgaagtttcaagtgagatagagcactacaattcttacaatgtaacaaggcttcagccttgttaacaattacataaggagcttcagcacagaaactactaaatttcaaacaaaaattagatgtgaaaacaattgaaatctatgtttaaattgtttcagaatggaattgagatactttgaaaagaaaatctgctttaatggaagtactagcatattcatacgtagggtACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTTC---T-A-------AAA--AAAT-CTGTCT-AGACGGAAACGAATTTA-TA-G------TATATTCCTATA-ATGTA-AAC--A-A-A-AACCATG
gi|8 : atgtagatatcgaaatgaaagacTATATGTA-ACA--A-A-A-A--CACG-CACAATC----CTTGTT---T-A-CAA---AGC--AAAGA-A---TTGGAA-GTGCT--G-TATCT-C---ACTTGT--AACT--CAACA------AATG-AC-GG--TCAAAT-------CTT-T-GC-TGATCA--T----TAGAAATA-AC-TTGA-TAAA--T--CAT-T--T-T--AAAC-ATTAAACATGT--AACT-------AT-------AA-CA--T----TT------AGC-TC--AAAACA-TG---TAGATGTC---CCTTTAAAccgaacggcttaacatagca
gi|2 : TATGTA-ATT--G-TTA-A--CAAGGCTGAAGC----CTTGTT-----A-CATTGTAA------GA-A---TTGTA--GTGCT--C-TATCT-C---ACTTGA--AACT--TCACA------A--G-AC-GT--TCAAAT-------TTT---GC-TGACCA--TTA----GAAATA-CC-ATAA-GTGA--G--CAT-T--A-T--GAAC-ATTAGAAATGA--AAAT-C-TAAAACT--T-A-AG-CATTT----TT------AGA-TC--AAAACG-TGTC-C--ATGCC---CCTTTAAA
gi|5 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatacttTACGTA-AAT--A-A-A-AA-CATGGCTCGAGT----CTTGTT---T-A-CAC---AAC--AAAGA-A---TTGTGA-GTGCT--G-TATCT-C---ACTTGT--AACTGACAACA------ACTG-AC-AA--TCAAAT-------TTT---GC-TGAAGA--TTA----GAAATA-AC-TTAG-TTAA--G--CAT-T--T-T--AAAC-ATTAAAAATGC--AAAT-T-TAATAT-------AA-AA-------TT------AAC-TC--AAAACG-TGCC-C--ATGTC---CCTTTAAaggagcttcagcacagaaactactaaatttcaaacaaaaattagatgtgaaaacaattgaaatctatgtttaaattgtttcagaatggaattgagatactttgaaaagaaaatctgctttaatggaagtactagcatattcatacgtagggtcaaaaacatgataggagaggcgttaagtagaaagaatttgtcatgcgtactcactaatctcacaactgcacgtcaatatttttagcttgagcatcctagaaataccgctagtgagcatctgttaatcatacaaatgaaaatcaattaaacactttta
gi|4 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaTGTA-AAC--ATA-A-A--CAAGGCTCGAGC----CTTGTT---T-A-CAT---AGT--GAAGAT----TTGTGA-GCGTT--G-TATCT-T---ACATGT--AACT--CAATA------AGTG-AC-TT--TCAAAG-------TTT-T-GC-TGACCA--C----TAGAAATA-AC-TTGA-TTAA--A--CAT-T--T-T--AAAC-ATCAAAAATGC--AAAT-----ACATG--T-ATAA-AA--T----TT------AGC-TC--AAAACG-TGTC-C--ATGTC---ACTTTAAaagaaaatgccatgtttaaaaacaaaatgagatgtaaaacaa
gi|9 : cGTA-AAC--A-A-A-AA-CATGGC----TCTTGCCTTGTT---T-A-CAT-------------------TGTAA-GTGCT--G-TATCT-C---ACTTGA--AACT--CAACA------AATG-AC-GT--TCACAT-------TTT-T-GC-TGACCA--TTA----GAAATA-CC-ATAA-ATGA--G--CAT-T--G-T--AAAC-ACTACAAATGA--AAAT-C-TAAAATT--T-G-AA-CATTT----TT------AGT-TC--AAAACG-Taaaagattgcttcgtagaaaatatcatgtttaaaacaaatatgagatgtgagaaacactagaaactgtttaattgtgtttagaatgaacgtttaatttaaaaaaaaaatctgctttaaatggaaaatttagtagcatatatgtaagcaaatacatggctcaagccatatacgtgtagcaaagaattgtaagtgctgctatctcacttgtaactcaacaaatgatgttaaaatttttgctgaccatacaaataccttagtcaagcattgtaaacattaaaattgataatctttttagctcgaaacgtgtccatgctccttttaa
gi|1 : -A-A--CAAGGCTGAGCG----CTTGTT---TTA-CATT--AAC--AAAGA-A---TTGTAA-GTGC---G-TGTTTAC---GCTTGA--AACT--CAACA------AATG-AC-ATAGTCAAAC-------TTT-T-AC-TGACCA--TTA----GAAAT--TT-TTAG-TGAA--G--CAT-T--G-T--AAAC-A-TAAAAATGA--AAAT-CATAAAATG--TAA-AA-CA-TT----TT------AGCATCCAAAGACGTTGTCCC--TTGCC---CCTTTAA
gi|6 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcGAGC----CTTGTT---T-A--------ACCTATTGAAGAATTTGTAA-GTGATAGG-TATCT-C---ACTTGT--AACT----ACC------AATG-TG-TT--CCA-AT-------TTT-T-GG-TGACCA--TTACA---AAATA-AC-TAAG--TGA--GCCCAT-TTGG-T--AACC-A-TAAAAATGGAAAAATGC-TGTAATTTAT-G-AA-CATTT----TCTTTGCGAGCTTC--GAAAAG-TG---aacatttggcatgaaagacgattacttcacagaaaaatacaactgtttaataaacaaatgagatgtgagaaacactagagaaactatgttttaattatgtaggtctcataatgaaacttgttatatttgaaaaaatcctctctagaacggaacgtatactaagcatattcaatataggtaaacaaaaacaagactcgagccttgtttaacatagcgaaagaattgtaaagtcctgtatctcataagtaactcaacaaatgacgtatcaaatttttgccgaccattagaataccctaagtgagcattgtcaatattaaaaatgaaaatctaaaatctaaacatttttagcgaaacgtgtccatgccccttta
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaggaA---TTGTGA-GAGCT--G-TATCT-TGTGACGTGTCGAGCA--TGGCATAATGGAATG-ATGAT--GCACATAATCGTATTTAT-GG-TGACCAGGTT---TGGGAATAATC-TTGGGTTAATTA--CAA-T--G-TTTAAACCATTAAAAATGC--AA---T-TAAGATC--A-C-AATCATTT----T--------GC-TC--ACAACG-TG---T--CTGTCTAACTTTTAAgaggttctgtttttgttgttagatgagatgctcacagaaaatacatgtgtcagatccatacacaaaatgagaatgtgataatgccactagcactttggtgattgtgttctaaacggtcattgaaaa
gi|11 : AG-GTGCT--GCTATCT-C---ACTTGGGAAGTG--CAACA------GATG--C-GT--AGAAAT-------TTT-T--C-CGACCA--TC---TAGAAATG-CC-Ttttttgttggtg
gi|13 : cT--T-A-AA-CATTAAAAATT------AGC-TC---AAACG-TGTC-C--ATGCT---TCTTTAAaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|16 : tcT----TT------AGT-TC--AAAACG-TGAC-C--ATGTC---CCTTTA
gi|14 : ----TT------AGC-TC--AAAACG-TGTC-C--ACGTC---CCTTTAA
gi|15 : cacT------AGT-TC--AAAACG-TGTC-C--GTGTC---CCTTTAAtttttaatgtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11 33333 1111 33333333333333333 2222222222 1111 22222222222 1111 11111 11111111 111 1111111 444444444444444 11 111 1 1 111 111111 1111 11111 1111 33333 3333333333333 111
lowQualScore : 4 3 55 7 111111111111111 1 00 4 55 777 77 7 999 77 1 5 1 5 3 77 0 3 1 77 88888 5 77 5 1 44 5 5 5 5 0 5 1 2222 999 6 66666666666666666 6 1 6 6 6 1111111111 6 2222 6 7 99 88888888888 8888 66666 1 1 77 77777777 6 99 222 99 9999999 5 8 444444444444444 11 333 1 3 2 1 99 7 6 5 6 6 5 1 000 999 77 5 5 0 666666 5 3333 00000 2222 5 5 5 77 33333 5 5 99 0 99 6 6 99 6 1 2222222222222 5 555 8 444
lowQualScore : . . .. . ............... . .. . .. ... .. . ... .. . . . . . .. . . . .. ..... . .. . . .. . . . . . . . .... ... . ................. . . . . . .......... . .... . . .. ........... .... ..... . . .. ........ . .. ... .. ....... . . ............... .. ... . . . . .. . . . . . . . ... ... .. . . . ...... . .... ..... .... . . . .. ..... . . .. . .. . . .. . . ............. . ... . ...
lowQualScore : 4 6 00 3 000000000000000 1 66 4 33 333 99 1 666 99 0 4 0 7 6 99 4 4 4 99 11111 7 99 7 4 44 7 7 7 7 7 7 0 1111 666 7 22222222222222222 7 0 7 7 7 8888888888 7 2222 7 8 22 22222222222 0000 77777 0 7 77 00000000 7 22 000 88 0000000 0 0 555555555555555 55 333 0 7 2 0 22 3 7 7 7 7 7 4 000 000 99 7 7 1 444444 7 1111 11111 1111 7 7 7 99 99999 7 7 88 7 22 7 7 22 7 0 7777777777777 7 888 0 000
consensus : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AG--TTACAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTTCGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGA-GCCTTGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT-GAAA--AAAA--TCTGCCTTAAACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T--T-TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TAAACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
Reference ( family-412 ) : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCANTTAAGNTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AG--T--CAAGTG-AGATAC--AGCACTTAC-AATTCTTTGCTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGA-GCCNTGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ANAAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT-GAAA--AAAN--TCTGCCTTAAACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-CGTAAA--CAAAAACANGGCTCGAGC--CTTGTTTA-CATAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-TGACCA--T--TATAGAAATA-CC-TTAG-TTGA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATT-TAAACATTTTTAGCTCAAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
gi|1 : TTAAAGGGGCAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TGTT--TTACATTTTATG-ATTTT--CATTTTTA-TGTTTAC--AATG--CTTCACTAAAA-ATTTC-TAATGGTCAGTAAAAGTTTGACTATGTCATTTGTTG--AG--TTTCAAGCGTAAACAC---GCACTTAC-AATTCTTTGTTAATG-TAAAACAAGCGCTC-A-GCCTTGTTAACATTTG-----GCATGAAAGACGATT--ACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------AC-AAA--TGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAGA---AACTATGTT--TTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATTTGAAA--AAAT--CCTCTCTAGAACGGAA-CG--TATACTAAGCA------TATTC-AATATA-GGTAAA--CAAAAACAAGACTCGAGC--CTTGTTTAACATAGCGAAAGA-A-TTGTAAAGTCCTG-TATCTC---ATAA-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-TATCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T--TA---GAATA-CC-CTAA-GTGA--GCAT-TG-T--CAAT-ATTAAAAATGAAAATCTAAAATC-TAAACATTTTTAG--CGAAACGTGTCCATG-CC---CCTTTA
gi|10 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTTC---T-A-------AA--AAAA--TCTGTCT-AGACGGAAACGAATTTA-TA-GTA------TATTC-C-TATAATGTAAA--CAAAAACCATGC-CGAACGGCTTA---A-CATAGC-A
gi|11 : atgtagatatcgaaatgaaagacAG-GTGCTGCTATCTC---ACTTGGG--AA-GTGCAACA------GATG--CG-T-AGA---A-AT----TTT-T--C-CGACCA--T--C-TAGAAATG-CC-T
gi|13 : cTTAAAGAAGCA-TGGACA-CG-TTT--GA-GCT------AATTTTTAATGTT--T-AAaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|14 : tcTTAAAGGGACG-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT-------------AATTTT--T-AA
gi|15 : cacTTAAAGGGACA-CGGACA-CGTTTT--GA-ACT------Atgtt
gi|16 : acattgTAAAGGGACA-TGGTCA-CGTTTT--GA-ACT------AA----A
gi|2 : TTTTAAAGGGGCA-TGGACA-CGTTTT--GA-TCT------AA----AAATGCT--T-AAGTTTTA-G-ATTTT--CATTTCTAATGTTCAT--AATG--CTCACTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGC-AAAATTTGA--ACGTC--TTGTGA--AGTTT--CAAGTG-AGATAG--AGCAC-TAC-AATTC-TTACAA-TG-T-AA-CAAG-GCTTCA-GCCTTGTT----AACAA--TTACAT-AAGG-----A--GCTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAAA-ATTAG-ATGTGA-AA--ACAATTGAAATCTA----TGTT--TAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-ACTTT-GAAAAGAAAA--TCTGCTTT-AATGGAA--G----TACTA-GC------ATATTC----ATA-CGTAGGGTCAAAAACATGATAGGAGA--GGCG-TTA-AGTAG--AAAGA-ATTTGTCA--TGC-G-TA-CTC---AC----T--AATCT-C-ACA------ACTGCACG---TCA---ATAT----TTT-TAGCTTGAGCA--T--CCTAGAAATA-CCGCTAG--TGA--GCATCTGTT--AATC-A-TACAAATGAAAATC-AA---T-TAAACACTTTTA
gi|3 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTGC--CAATTTTGATGTTTAT--AATG--CTTAATCAAGTTATTTC-TAGGGGTCAGCAAAGATTTCA--ATGTCAGTTGTTG--AA--T--CAA-TA-AAACAC--AGTGCTCAC-AATTCTTTGTTA-TG-TAAA-CAAT-GCTCGT-GCCTTGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----TTTGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-AGAAG-ATGTGAAAA--ACACTAGGAG---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-ACGTT-GAAA--AAAT--TCTGCCTTAAACGGAA-CG--TTTACTA-GCATATATATATTCAA-TATA-TGTAAA--T-AAAACATGGCAGGATC--CTTGTTTA-CATAAC-ATCGACA-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AC-CT-CAACA------AATG-ACA-T-CCA---C-AT----TTT-T-GC-TGACTA--TTATATAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGGAAATTTAAAATT-TGAACATTTTTAGCTCAAAACGTG--CATG-CC---CCTTTAAA
gi|4 : TTAAAGTGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----A--TTTTA-T-ACATGT-----ATTTG--CATTTTTGATGTTTAA--AATG--TTTAATCAAGTTATTTC-TAGTGGTCAGCAAAACTTTGA--AAGTCACTTATTG--AG--TTACATGTA-AGATAC--AACGCTCAC-AAATCTTCACTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGA-GCCTTGTT----TATGT--TTACAA-AAAGAT---T--GCTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAATATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---C----TGTT--T-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AATTT-AAAA--AAAAAATCTGCTTTAAATGGAA-AA--TTTAGTA-GCA--------------TATA-TGTAAG--CAAATACATGGCTCAAGC--CATATACG-TGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTGCTATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ATG-T-TAA---A-AT----TTT-T-GC-TGACCA--T-----ACAAATA-CC-TTAG-TCAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAATTGATAATCT--------------TTTTAGCTCGAAACGTGTCCATGCTC---CTTTTAA
gi|5 : cTTAAAGGGACA-TGGGCA-CGTTTT--GA-GTT------AA-------T-TT--T-ATATT--A-A-ATTTG--CATTTTTAATGTTTAA--AATG--CTTAACTAAGTTATTTC-TAATCTTCAGCAAAA-TTTGA--TTGTCAGTTGTTGTCAG--TTACAAGTG-AGATAC--AGCACTCAC-AATTCTTTGTTG-TG-TAAA-CAAG-ACTCGA-GCCATGTT----TTTAT--TTACGT-AA--------------------AGAAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGT--AAA--ACA
gi|6 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaGGACA-CTTTTC--GAAGCTCGCAAAGA----AAATGTTCAT-AAATTACA-GCATTTTTCCATTTTTA-TGGTTACCAAATGGGCTCACTTA-GTTATTTTGTAATGGTCACCAAAAATTGGA--ACA-CATTGGT----AG--TTACAAGTG-AGATACCTATCACTTACAAATTCTTCAATA-GGTTAAA-CAAG-GCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGAT-GAGA-----T--GC-T---CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACAC-AAA-ATGAGAATGTGATAATGCCACTAG--C---A----CTTTGGT-GATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--CATT-GAAA--Aa
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaAAC-AAAAA-A-TTGTGA-GAGCTG-TATCTTGTGACGT-GTCGAG-CA-TGGCATAATGGAATG-ATGAT-GCACATA-ATCGTATTTAT-GG-TGACCAGGT--T-TGGGAATAATC-TTGGGTTAATTACAA-TG-TTTAAACCATTAAAAATGCAA--TTAAGATCACAATCATTTT--GCTCACAACGTGTC--TG-TCTAACTTTTAA
gi|8 : -TATA-TGTAA---CAAAAACACG-CACAATC--CTTGTTTA-CAAAGC-AAAGA-A-TTGGAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-G-TCA---A-AT----CTT-T-GC-TGATCA--T----TAGAAATA-AC-TTGA-TAAA--TCAT-TT-T--AAAC-ATTAAACATGTAA--CT---AT----AACA--TTTAGCTCAAAACATGTAGATG-TC---CCTTTAAAggtg
gi|9 : A-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTGTAGTGTTTAC--AATG--CTCATTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATGTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTT--CAAGTG-AGATAC--AGCACTTAC-A----------A-TG-TAAA-CAAG-GCAAGA-GCCATGTT----TTTGT--TTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11 1111 1111 33333333333333333 2222222222 22222222222 1111 11111 11111111 11 1111 444444444444444 111 1 111 111111 1111 11111 1111 222222222 33333333333333 111
lowQualScore : 4 3 55 7 111111111111111 1 00 4 55 777 77 7 999 77 1 5 1 5 3 77 0 3 1 77 5 5 77 1 4 5 3333 5 5 5 5 0 5 2222 999 6 66666666666666666 6 1 6 6 6 1111111111 6 6 6 7 99 88888888888 8888 66666 1 1 77 77777777 1 99 11 3 88 8 5 2222 5 8 444444444444444 6 333 1 3 7 1 99 7 6 0 5 6 6 5 1 000 999 77 5 5 0 666666 5 3333 00000 2222 5 5 77 555555555 5 5 99 99 6 6 99 6 1 22222222222222 5 555 8 444
lowQualScore : . . .. . ............... . .. . .. ... .. . ... .. . . . . . .. . . . .. . . .. . . . .... . . . . . . .... ... . ................. . . . . . .......... . . . . .. ........... .... ..... . . .. ........ . .. .. . .. . . .... . . ............... . ... . . . . .. . . . . . . . . ... ... .. . . . ...... . .... ..... .... . . .. ......... . . .. .. . . .. . . .............. . ... . ...
lowQualScore : 4 6 00 3 000000000000000 1 66 4 33 333 99 1 666 99 6 4 6 7 6 99 4 4 4 99 6 7 99 4 0 7 9999 7 7 7 7 7 7 1111 666 7 22222222222222222 7 0 7 7 7 8888888888 7 7 7 8 22 22222222222 0000 77777 0 7 77 00000000 0 22 00 8 88 0 0 8888 0 0 555555555555555 7 333 0 7 8 0 22 3 7 7 7 7 7 7 4 000 000 99 7 7 1 444444 7 1111 11111 1111 7 7 11 333333333 7 7 88 22 7 7 22 7 0 22222222222222 7 888 0 000
consensus : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTTGAAA--AAAA--TCTGCTTTA-AACGG-AACG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TAT-ATGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
Reference ( family-412 ) : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTACAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTTGAAA--AAAA--TCTGCCTTA-AACGG-AACG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TAT-ATGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
gi|1 : TTAAAGGGGCAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TGTT--TTACATTTTATG-ATTTT--CATTTTTA-TGTTTAC--AATG--CTTCACTAAAA-ATTTC-TAATGGTCAGTAAAAGTTTGACTATGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGCGTAAACAC---GCACTTAC-AATTCTT-TGTTAATG-TAAAACAAGCGCTC-AGCCT-TGTTAACATTTG-----GCATGAAAGACGATT--ACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------AC-AAA--TGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAGA---AACTATGTT--TTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATTTGAA--AAAA--TCCTCTCTAGAACGG-AACG--TATACTAAGCA------TATTC-AATAT-AGGTAAA--CAAAAACAAGACTCGAGC--CTTGTTTAACATAGCGAAAGA-A-TTGTAAAGTCCTG-TATCTC---ATAA-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-TATCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T----AGAA-TA-CC-CTAA-GTGA--GCAT-TG-T--CAAT-ATTAAAAATGAAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAG--CGAAACGTGTCCATG-CC---CCTTTA
gi|10 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTTC---T-A------AA--AAAA--TCTGTC-TA-GACGGAAACGAATTTA-TA-GT------ATATTC-C-TATAATGTAAA--CAAAAACCATGC-CGAACGGCTTA---A-CATAGC-A
gi|11 : atgtagatatcgaaatgaaagacAG-GTGCTGCTATCTC---ACTTGGG--AA-GTGCAACA------GATG--CG-T-AGA---A-AT----TTT-T--C-CGACCA--T-C---TAGAAATG-CC-T
gi|13 : cTTAAAGAAGCA-TGGACA-CG-TTT--GA-GCT------AATTTTTAATGTT--T-AAaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|14 : tcTTAAAGGGACG-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT-------------AATTTT--T-AA
gi|15 : cacTTAAAGGGACA-CGGACA-CGTTTT--GA-ACT------Atgtt
gi|16 : acattgTAAAGGGACA-TGGTCA-CGTTTT--GA-ACT------AA----A
gi|2 : TTTTAAAGGGGCA-TGGACA-CGTTTT--GA-TCT------AA----AAATGCT--T-AAGTTTTA-G-ATTTT--CATTTCTAATGTTCAT--AATG--CTCACTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGC-AAAATTTGA--ACGTC--TTGTGA--AGTTTCAAGTG-AGATAG--AGCACT-AC-AATTCTTACA--A-TG-T-AA-CAAG-GCTTCAGCCT-TGTT----AACAA--TTACAT-AAGG-----A--GCTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAAA-ATTAG-ATGTGA-AA--ACAATTGAAATCTA----TGTT--TAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-ACTTTGAAAAGAAAA--TCTGCTTT--AATGG-AA-G----TACTA-GC------ATATTC----AT-ACGTAGGGTCAAAAACATGATAGGAGA--GGCG-TTA-AGTAG--AAAGA-ATTTGTCA--TGC-G-TA-CTC---AC----T--AATCT-C-ACA------ACTGCACG---TCA---ATAT----TTT-TAGCTTGAGCA--TCC---TAGAAATA-CCGCTAG--TGA--GCATCTGTT--AATC-A-TACAAATGAAAATC---AAT--TA-AACACTTTTA
gi|3 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTGC--CAATTTTGATGTTTAT--AATG--CTTAATCAAGTTATTTC-TAGGGGTCAGCAAAGATTTCA--ATGTCAGTTGTTG--AAT--CAA-TA-AAACAC--AGTGCTCAC-AATTCTT-TGTTA-TG-TAAA-CAAT-GCTCGTGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----TTTGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-AGAAG-ATGTGAAAA--ACACTAGGAG---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-ACGTTGAAA--AAAT--TCTGCCTTA-AACGG-AACG--TTTACTA-GCATATATATATTCAA-TAT-ATGTAAA--T-AAAACATGGCAGGATC--CTTGTTTA-CATAAC-ATCGACA-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AC-CT-CAACA------AATG-ACA-T-CCA---C-AT----TTT-T-GC-TGACTA--T-TATATAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGGAAATTTAAAATT-TG-AACATTTTTAGCTCAAAACGTG--CATG-CC---CCTTTAAA
gi|4 : TTAAAGTGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----A--TTTTA-T-ACATGT-----ATTTG--CATTTTTGATGTTTAA--AATG--TTTAATCAAGTTATTTC-TAGTGGTCAGCAAAACTTTGA--AAGTCACTTATTG--AGTTACATGTA-AGATAC--AACGCTCAC-AAATCTT-CACTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TATGT--TTACAA-AAAGAT---T--GCTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAATATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---C----TGTT--T-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AATTTAAAA--AAAAAATCTGCTTTA-AATGG-AAAA--TTTAGTA-GCA--------------TAT-ATGTAAG--CAAATACATGGCTCAAGC--CATATACG-TGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTGCTATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ATG-T-TAA---A-AT----TTT-T-GC-TGACCA--T------ACAAATA-CC-TTAG-TCAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAATTGATAATCT---------------TTTTAGCTCGAAACGTGTCCATGCTC---CTTTTAA
gi|5 : cTTAAAGGGACA-TGGGCA-CGTTTT--GA-GTT------AA-------T-TT--T-ATATT--A-A-ATTTG--CATTTTTAATGTTTAA--AATG--CTTAACTAAGTTATTTC-TAATCTTCAGCAAAA-TTTGA--TTGTCAGTTGTTGTCAGTTACAAGTG-AGATAC--AGCACTCAC-AATTCTT-TGTTG-TG-TAAA-CAAG-ACTCGAGCCA-TGTT----TTTAT--TTACGT-AA--------------------AGAAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGT--AAA--ACA
gi|6 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaGGACA-CTTTTC--GAAGCTCGCAAAGA----AAATGTTCAT-AAATTACA-GCATTTTTCCATTTTTA-TGGTTACCAAATGGGCTCACTTA-GTTATTTTGTAATGGTCACCAAAAATTGGA--ACA-CATTGGT----AGTTACAAGTG-AGATACCTATCACTTACAAATTCTT-CAATA-GGTTAAA-CAAG-GCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGAT-GAGA-----T--GC-T---CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACAC-AAA-ATGAGAATGTGATAATGCCACTAG--C---A----CTTTGGT-GATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--CATTGAAA--Aa
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaAAC-AAAAA-A-TTGTGA-GAGCTG-TATCTTGTGACGT-GTCGAG-CA-TGGCATAATGGAATG-ATGAT-GCACATA-ATCGTATTTAT-GG-TGACCAGGT-T---TGGGAATAATC-TTGGGTTAATTACAA-TG-TTTAAACCATTAAAAATGCAA--TTAAGATCACA-ATCATTTT--GCTCACAACGTGTC--TG-TCTAACTTTTAA
gi|8 : -TAT-ATGTAA---CAAAAACACG-CACAATC--CTTGTTTA-CAAAGC-AAAGA-A-TTGGAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-G-TCA---A-AT----CTT-T-GC-TGATCA----T---TAGAAATA-AC-TTGA-TAAA--TCAT-TT-T--AAAC-ATTAAACATGTAA---------C-TATAACA--TTTAGCTCAAAACATGTAGATG-TC---CCTTTAAAggtg
gi|9 : A-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTGTAGTGTTTAC--AATG--CTCATTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATGTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGTG-AGATAC--AGCACTTAC-A-----------A-TG-TAAA-CAAG-GCAAGAGCCA-TGTT----TTTGT--TTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11 1111 1111 33333333333333333 2222222222 22222222222 1111 11111 1111111111111 1111111 44444444 222 111 1 111 111111 1111 11111 1111 22222222 33333333333333 111
lowQualScore : 4 3 55 7 111111111111111 1 00 4 55 777 77 7 999 77 1 5 1 5 3 77 0 3 1 77 3 5 77 1 4 5 3333 5 5 5 5 0 5 2222 999 6 66666666666666666 6 1 6 6 6 1111111111 6 6 6 7 99 88888888888 8888 66666 1 1 77 7777777777777 99 88 9999999 5 8 44444444 000 6 333 1 3 7 1 99 7 6 0 5 6 6 5 1 000 999 77 5 5 0 666666 5 3333 00000 2222 5 5 77 77777777 5 5 99 99 6 6 99 6 1 66666666666666 1 555 8 444
lowQualScore : . . .. . ............... . .. . .. ... .. . ... .. . . . . . .. . . . .. . . .. . . . .... . . . . . . .... ... . ................. . . . . . .......... . . . . .. ........... .... ..... . . .. ............. .. .. ....... . . ........ ... . ... . . . . .. . . . . . . . . ... ... .. . . . ...... . .... ..... .... . . .. ........ . . .. .. . . .. . . .............. . ... . ...
lowQualScore : 4 6 00 3 000000000000000 1 66 4 33 333 99 1 666 99 6 4 6 7 6 99 4 4 4 99 0 7 99 4 0 7 9999 7 7 7 7 7 7 1111 666 7 22222222222222222 7 0 7 7 7 8888888888 7 7 7 8 22 22222222222 0000 77777 0 7 77 2222222222222 22 88 0000000 0 0 22222222 333 7 333 0 7 8 0 22 3 7 7 7 7 7 7 4 000 000 99 7 7 1 444444 7 1111 11111 1111 7 7 11 33333333 7 7 88 22 7 7 22 7 0 22222222222222 7 888 0 000
consensus : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
Reference ( family-412 ) : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
gi|1 : TTAAAGGGGCAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TGTT--TTACATTTTATG-ATTTT--CATTTTTA-TGTTTAC--AATG--CTTCACTAAAA-ATTTC-TAATGGTCAGTAAAAGTTTGACTATGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGCGTAAACAC---GCACTTAC-AATTCTT-TGTTAATG-TAAAACAAGCGCTC-AGCCT-TGTTAACATTTG-----GCATGAAAGACGATT--ACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------AC-AAA--TGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAGA---AACTATGTT--TTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATT--TGAA--AAAATCCTCTCTAGAACGGAA-CG--TATACTAAGCA------TATTC-AATATA-GGTAAA--CAAAAACAAGACTCGAGC--CTTGTTTAACATAGCGAAAGA-A-TTGTAAAGTCCTG-TATCTC---ATAA-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-TATCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T----AGAA-TA-CC-CTAA-GTGA--GCAT-TG-T--CAAT-ATTAAAAATGAAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAG--CGAAACGTGTCCATG-CC---CCTTTA
gi|10 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTTC---T-A--------AA--AAAATCTG-TCTA-GACGGAAACGAATTTA-TA-GTA------TATTC-C-TATAATGTAAA--CAAAAACCATGC-CGAACGGCTTA---A-CATAGC-A
gi|11 : atgtagatatcgaaatgaaagacAG-GTGCTGCTATCTC---ACTTGGG--AA-GTGCAACA------GATG--CG-T-AGA---A-AT----TTT-T--C-CGACCA--T-C---TAGAAATG-CC-T
gi|13 : cTTAAAGAAGCA-TGGACA-CG-TTT--GA-GCT------AATTTTTAATGTT--T-AAaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|14 : tcTTAAAGGGACG-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT-------------AATTTT--T-AA
gi|15 : cacTTAAAGGGACA-CGGACA-CGTTTT--GA-ACT------Atgtt
gi|16 : acattgTAAAGGGACA-TGGTCA-CGTTTT--GA-ACT------AA----A
gi|2 : TTTTAAAGGGGCA-TGGACA-CGTTTT--GA-TCT------AA----AAATGCT--T-AAGTTTTA-G-ATTTT--CATTTCTAATGTTCAT--AATG--CTCACTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGC-AAAATTTGA--ACGTC--TTGTGA--AGTTTCAAGTG-AGATAG--AGCACT-AC-AATTCTTACA--A-TG-T-AA-CAAG-GCTTCAGCCT-TGTT----AACAA--TTACAT-AAGG-----A--GCTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAAA-ATTAG-ATGTGA-AA--ACAATTGAAATCTA----TGTT--TAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-ACTTT--GAAAAGAAAATCTGCTTT--AATGGAA--G----TACTA-GC------ATATTC----ATA-CGTAGGGTCAAAAACATGATAGGAGA--GGCG-TTA-AGTAG--AAAGA-ATTTGTCA--TGC-G-TA-CTC---AC----T--AATCT-C-ACA------ACTGCACG---TCA---ATAT----TTT-TAGCTTGAGCA--TCC---TAGAAATA-CCGCTAG--TGA--GCATCTGTT--AATC-A-TACAAATGAAAATC---AAT--TA-AACACTTTTA
gi|3 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTGC--CAATTTTGATGTTTAT--AATG--CTTAATCAAGTTATTTC-TAGGGGTCAGCAAAGATTTCA--ATGTCAGTTGTTG--AAT--CAA-TA-AAACAC--AGTGCTCAC-AATTCTT-TGTTA-TG-TAAA-CAAT-GCTCGTGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----TTTGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-AGAAG-ATGTGAAAA--ACACTAGGAG---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-ACGTT--GAAA--AAATTCTGCCTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCATATATATATTCAA-TATA-TGTAAA--T-AAAACATGGCAGGATC--CTTGTTTA-CATAAC-ATCGACA-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AC-CT-CAACA------AATG-ACA-T-CCA---C-AT----TTT-T-GC-TGACTA--T-TATATAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGGAAATTTAAAATT-TG-AACATTTTTAGCTCAAAACGTG--CATG-CC---CCTTTAAA
gi|4 : TTAAAGTGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----A--TTTTA-T-ACATGT-----ATTTG--CATTTTTGATGTTTAA--AATG--TTTAATCAAGTTATTTC-TAGTGGTCAGCAAAACTTTGA--AAGTCACTTATTG--AGTTACATGTA-AGATAC--AACGCTCAC-AAATCTT-CACTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TATGT--TTACAA-AAAGAT---T--GCTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAATATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---C----TGTT--T-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AATTTAAAAAA--AAAATCTGCTTTA-AATGGAA-AA--TTTAGTA-G------------C-A-TATA-TGTAAG--CAAATACATGGCTCAAGC--CATATACG-TGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTGCTATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ATG-T-TAA---A-AT----TTT-T-GC-TGACCA--------TACAAATA-CC-TTAG-TCAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAATTGATAATC---------------TTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATGCTC---CTTTTAA
gi|5 : cTTAAAGGGACA-TGGGCA-CGTTTT--GA-GTT------AA-------T-TT--T-ATATT--A-A-ATTTG--CATTTTTAATGTTTAA--AATG--CTTAACTAAGTTATTTC-TAATCTTCAGCAAAA-TTTGA--TTGTCAGTTGTTGTCAGTTACAAGTG-AGATAC--AGCACTCAC-AATTCTT-TGTTG-TG-TAAA-CAAG-ACTCGAGCCA-TGTT----TTTAT--TTACGT-AA--------------------AGAAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGT--AAA--ACA
gi|6 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaGGACA-CTTTTC--GAAGCTCGCAAAGA----AAATGTTCAT-AAATTACA-GCATTTTTCCATTTTTA-TGGTTACCAAATGGGCTCACTTA-GTTATTTTGTAATGGTCACCAAAAATTGGA--ACA-CATTGGT----AGTTACAAGTG-AGATACCTATCACTTACAAATTCTT-CAATA-GGTTAAA-CAAG-GCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGAT-GAGA-----T--GC-T---CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACAC-AAA-ATGAGAATGTGATAATGCCACTAG--C---A----CTTTGGT-GATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--CATT--GAAA--Aa
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaAAC-AAAAA-A-TTGTGA-GAGCTG-TATCTTGTGACGT-GTCGAG-CA-TGGCATAATGGAATG-ATGAT-GCACATA-ATCGTATTTAT-GG-TGACCAGGT-T---TGGGAATAATC-TTGGGTTAATTACAA-TG-TTTAAACCATTAAAAATGCAA--TTAAGATCACA-ATCATTTT--GCTCACAACGTGTC--TG-TCTAACTTTTAA
gi|8 : -TATA-TGTAA---CAAAAACACG-CACAATC--CTTGTTTA-CAAAGC-AAAGA-A-TTGGAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-G-TCA---A-AT----CTT-T-GC-TGATCA----T---TAGAAATA-AC-TTGA-TAAA--TCAT-TT-T--AAAC-ATTAAACATGTAA---------C-TATAACA--TTTAGCTCAAAACATGTAGATG-TC---CCTTTAAAggtg
gi|9 : A-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTGTAGTGTTTAC--AATG--CTCATTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATGTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGTG-AGATAC--AGCACTTAC-A-----------A-TG-TAAA-CAAG-GCAAGAGCCA-TGTT----TTTGT--TTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11 1111 1111 33333333333333333 2222222222 22222222222 1111 11111 1111111111111 1111111 44444444 222 111 1 111 111111 1111 11111 1111 22222222 33333333333333 111
lowQualScore : 4 3 55 7 111111111111111 1 00 4 55 777 77 7 999 77 1 5 1 5 3 77 0 3 1 77 3 5 77 1 4 5 3333 5 5 5 5 0 5 2222 999 6 66666666666666666 6 1 6 6 6 1111111111 6 6 6 7 99 88888888888 8888 66666 1 1 77 7777777777777 99 88 9999999 5 8 44444444 000 6 333 1 3 7 1 99 7 6 0 5 6 6 5 1 000 999 77 5 5 0 666666 5 3333 00000 2222 5 5 77 77777777 5 5 99 99 6 6 99 6 1 66666666666666 1 555 8 444
lowQualScore : . . .. . ............... . .. . .. ... .. . ... .. . . . . . .. . . . .. . . .. . . . .... . . . . . . .... ... . ................. . . . . . .......... . . . . .. ........... .... ..... . . .. ............. .. .. ....... . . ........ ... . ... . . . . .. . . . . . . . . ... ... .. . . . ...... . .... ..... .... . . .. ........ . . .. .. . . .. . . .............. . ... . ...
lowQualScore : 4 6 00 3 000000000000000 1 66 4 33 333 99 1 666 99 6 4 6 7 6 99 4 4 4 99 0 7 99 4 0 7 9999 7 7 7 7 7 7 1111 666 7 22222222222222222 7 0 7 7 7 8888888888 7 7 7 8 22 22222222222 0000 77777 0 7 77 2222222222222 22 88 0000000 0 0 22222222 333 7 333 0 7 8 0 22 3 7 7 7 7 7 7 4 000 000 99 7 7 1 444444 7 1111 11111 1111 7 7 11 33333333 7 7 88 22 7 7 22 7 0 22222222222222 7 888 0 000
consensus : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
Reference ( family-412 ) : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
gi|1 : TTAAAGGGGCAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TGTT--TTACATTTTATG-ATTTT--CATTTTTA-TGTTTAC--AATG--CTTCACTAAAA-ATTTC-TAATGGTCAGTAAAAGTTTGACTATGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGCGTAAACAC---GCACTTAC-AATTCTT-TGTTAATG-TAAAACAAGCGCTC-AGCCT-TGTTAACATTTG-----GCATGAAAGACGATT--ACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------AC-AAA--TGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAGA---AACTATGTT--TTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATT--TGAA--AAAATCCTCTCTAGAACGGAA-CG--TATACTAAGCA------TATTC-AATATA-GGTAAA--CAAAAACAAGACTCGAGC--CTTGTTTAACATAGCGAAAGA-A-TTGTAAAGTCCTG-TATCTC---ATAA-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-TATCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T----AGAA-TA-CC-CTAA-GTGA--GCAT-TG-T--CAAT-ATTAAAAATGAAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAG--CGAAACGTGTCCATG-CC---CCTTTA
gi|10 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTTC---T-A--------AA--AAAATCTG-TCTA-GACGGAAACGAATTTA-TA-GTA------TATTC-C-TATAATGTAAA--CAAAAACCATGC-CGAACGGCTTA---A-CATAGC-A
gi|11 : atgtagatatcgaaatgaaagacAG-GTGCTGCTATCTC---ACTTGGG--AA-GTGCAACA------GATG--CG-T-AGA---A-AT----TTT-T--C-CGACCA--T-C---TAGAAATG-CC-T
gi|13 : cTTAAAGAAGCA-TGGACA-CG-TTT--GA-GCT------AATTTTTAATGTT--T-AAaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|14 : tcTTAAAGGGACG-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT-------------AATTTT--T-AA
gi|15 : cacTTAAAGGGACA-CGGACA-CGTTTT--GA-ACT------Atgtt
gi|16 : acattgTAAAGGGACA-TGGTCA-CGTTTT--GA-ACT------AA----A
gi|2 : TTTTAAAGGGGCA-TGGACA-CGTTTT--GA-TCT------AA----AAATGCT--T-AAGTTTTA-G-ATTTT--CATTTCTAATGTTCAT--AATG--CTCACTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGC-AAAATTTGA--ACGTC--TTGTGA--AGTTTCAAGTG-AGATAG--AGCACT-AC-AATTCTTACA--A-TG-T-AA-CAAG-GCTTCAGCCT-TGTT----AACAA--TTACAT-AAGG-----A--GCTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAAA-ATTAG-ATGTGA-AA--ACAATTGAAATCTA----TGTT--TAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-ACTTT--GAAAAGAAAATCTGCTTT--AATGGAA--G----TACTA-GC------ATATTC----ATA-CGTAGGGTCAAAAACATGATAGGAGA--GGCG-TTA-AGTAG--AAAGA-ATTTGTCA--TGC-G-TA-CTC---AC----T--AATCT-C-ACA------ACTGCACG---TCA---ATAT----TTT-TAGCTTGAGCA--TCC---TAGAAATA-CCGCTAG--TGA--GCATCTGTT--AATC-A-TACAAATGAAAATC---AAT--TA-AACACTTTTA
gi|3 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTGC--CAATTTTGATGTTTAT--AATG--CTTAATCAAGTTATTTC-TAGGGGTCAGCAAAGATTTCA--ATGTCAGTTGTTG--AAT--CAA-TA-AAACAC--AGTGCTCAC-AATTCTT-TGTTA-TG-TAAA-CAAT-GCTCGTGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----TTTGCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-AGAAG-ATGTGAAAA--ACACTAGGAG---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-ACGTT--GAAA--AAATTCTGCCTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCATATATATATTCAA-TATA-TGTAAA--T-AAAACATGGCAGGATC--CTTGTTTA-CATAAC-ATCGACA-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AC-CT-CAACA------AATG-ACA-T-CCA---C-AT----TTT-T-GC-TGACTA--T-TATATAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGGAAATTTAAAATT-TG-AACATTTTTAGCTCAAAACGTG--CATG-CC---CCTTTAAA
gi|4 : TTAAAGTGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----A--TTTTA-T-ACATGT-----ATTTG--CATTTTTGATGTTTAA--AATG--TTTAATCAAGTTATTTC-TAGTGGTCAGCAAAACTTTGA--AAGTCACTTATTG--AGTTACATGTA-AGATAC--AACGCTCAC-AAATCTT-CACTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TATGT--TTACAA-AAAGAT---T--GCTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAATATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---C----TGTT--T-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AATTTAAAAAA--AAAATCTGCTTTA-AATGGAA-AA--TTTAGTA-G------------C-A-TATA-TGTAAG--CAAATACATGGCTCAAGC--CATATACG-TGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTGCTATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ATG-T-TAA---A-AT----TTT-T-GC-TGACCA--------TACAAATA-CC-TTAG-TCAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAATTGATAATC---------------TTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATGCTC---CTTTTAA
gi|5 : cTTAAAGGGACA-TGGGCA-CGTTTT--GA-GTT------AA-------T-TT--T-ATATT--A-A-ATTTG--CATTTTTAATGTTTAA--AATG--CTTAACTAAGTTATTTC-TAATCTTCAGCAAAA-TTTGA--TTGTCAGTTGTTGTCAGTTACAAGTG-AGATAC--AGCACTCAC-AATTCTT-TGTTG-TG-TAAA-CAAG-ACTCGAGCCA-TGTT----TTTAT--TTACGT-AA--------------------AGAAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGT--AAA--ACA
gi|6 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaGGACA-CTTTTC--GAAGCTCGCAAAGA----AAATGTTCAT-AAATTACA-GCATTTTTCCATTTTTA-TGGTTACCAAATGGGCTCACTTA-GTTATTTTGTAATGGTCACCAAAAATTGGA--ACA-CATTGGT----AGTTACAAGTG-AGATACCTATCACTTACAAATTCTT-CAATA-GGTTAAA-CAAG-GCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGAT-GAGA-----T--GC-T---CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACAC-AAA-ATGAGAATGTGATAATGCCACTAG--C---A----CTTTGGT-GATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--CATT--GAAA--Aa
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaAAC-AAAAA-A-TTGTGA-GAGCTG-TATCTTGTGACGT-GTCGAG-CA-TGGCATAATGGAATG-ATGAT-GCACATA-ATCGTATTTAT-GG-TGACCAGGT-T---TGGGAATAATC-TTGGGTTAATTACAA-TG-TTTAAACCATTAAAAATGCAA--TTAAGATCACA-ATCATTTT--GCTCACAACGTGTC--TG-TCTAACTTTTAA
gi|8 : -TATA-TGTAA---CAAAAACACG-CACAATC--CTTGTTTA-CAAAGC-AAAGA-A-TTGGAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-G-TCA---A-AT----CTT-T-GC-TGATCA----T---TAGAAATA-AC-TTGA-TAAA--TCAT-TT-T--AAAC-ATTAAACATGTAA---------C-TATAACA--TTTAGCTCAAAACATGTAGATG-TC---CCTTTAAAggtg
gi|9 : A-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTGTAGTGTTTAC--AATG--CTCATTTATGGTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATGTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTTCAAGTG-AGATAC--AGCACTTAC-A-----------A-TG-TAAA-CAAG-GCAAGAGCCA-TGTT----TTTGT--TTAC
blockSeqs : . . . A CGCAAAGAAAA G CA . TT GC TC A CCA GG C T G G A . G G TC T . CT A C A ACA . T . . C . TTG . GGAGCTTCAG . C . G A ATCCATAC A T A A TG AAATCTA GGT . C A C AGATACTTTG AG A ACGAATT C . CATATATA AA A GGT A G A A GG T . . C T . C GTG TTG CG T G TAATGG C ATG CATA CGTA A A TT TTATA A G GT TT C T TT C A ATTTAAAATTTG C TCC C TAA
blockSeqs : . . . . AATTTTTAA T A . TT G . A T . A A T . A . C T . A . . G C . TGT . . . . . . A . AGTTTGCTT . C . . . A . . . G . GAGA TA . C G A TAATTTAAA . A CGTT C . TA C . A T A A G . T . . . . . C . TT . . . . . TA AT . . . C GGTT . . T . . . . . G TTAAGATCACA T TAG . .
blockSeqs : . . . . AAAAA G . . AC G . A T . A A T . C . G T . A . . G C . CAC . . . . . . T . AGATTGCTT . T . . . A . . . A . AAAC T . T A T TACGTTG . A AATT G . CA A . A T G T T . T . . . . . . . TT . . . . . TC A . . . T TCC . . T . . . . . A ATCAATTA T TC . .
blockSeqs : . . . . AAAAA G . . TT A . A A . A A T . A . T T . A . . A T . TGT . . . . . . T . GATGCT . C . . . A . . . T . CA T . C A C TCATTG . . G . . . . . G T G A G . . . . . . . . . GT . . . . . TT C . . . T TC . . T . . . . . C CTAT T C . .
blockSeqs : . . . . AAAAA T . . T G . G A . C T T . A . T T . T . . A T . CAA . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . TA . . . C . . T . . . . . . . . . TT . . . . . GT A . . . T T . . . . . . . . T ATC .
blockSeqs : . . . . AAA G . . . . . . C . T . G . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T A . . . T . . .
blockSeqs : . . . . AA G . .
blockSeqs : . . . . AA . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** AAAAA********** G** ** **** T** GGATGCTT********* A********* NAG******** T*** ***** C* TACTTTG****** A* *** TT** ATCAATCG******
originalCons : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-AAATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-----T--GCTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAAA---A----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-ACNTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC-A-TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACG-T-TCA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCTAAAATC-TA-AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
finalCons : TTTTAAAGGGACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCTAAAAA----------TGTT--T-AAATTTTAG--ATTTT--CATTTTTAATGTTTAC--AATG--CTCAATTAAGTTATTTC-TAATGGTCAGCAAAAATTTGA--ACGTCATTTGTTG--AGTTNCAAGTG-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAGGATGCTT---------CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AAA---------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGNAG--------TGTTT---AATTGTGT-----TCAGAATGAAC-TTGTACTTTG------AAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC---TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTTA-CGTAGC-AAAGA-A-TTGTAA-GTGCTG-TATCTC---ACTT-GT--AA-CT-CAACA------AATG-ACGTT--CA---A-AT----TTT-T-GC-CGACCA--T-T---TAGAAATA-CC-TTAG-TTAA--GCAT-TG-T--AAAC-ATTAAAAATGNAAATCAATCG------AACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TC---CCTTTAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 111111 1111 1111 33333333333333333 2222222222 55555555555 1111 11111 222222222222222222 1111111 44444444444444 111 1111 1 333333 5555555555555 1
lowQualScore : 777 4 3 44 6 999999 7777 0 99 4 4 22 777 888 5 5 66 777 66 0 8888888 0 5 888 5 22222 888 66 5 1 444444 2 66 999 99999 66 3 2 5 0000 5 5 5 5 0 5 2222 999 6 99999999999999999 6 1 6 6 6 1111111111 6 6 6 7 99 8 77777777777 8888 66666 1 1 666666666666666666 99 6 88 9999999 5 8 44444444444444 6 333 1 3 7 1 99 0000 0 6 8 8 6 3 999 6 6 6 99 6 6 77 333333 6 5 8 8 0 1 8 4444444444444 3 2 55 0
lowQualScore : ... . . .. . ...... .... . .. . . .. ... ... . . .. ... .. . ....... . . ... . ..... ... .. . . ...... . .. ... ..... .. . . . .... . . . . . . .... ... . ................. . . . . . .......... . . . . .. . ........... .... ..... . . .................. .. . .. ....... . . .............. . ... . . . . .. .... . . . . . . ... . . . .. . . .. ...... . . . . . . . ............. . . .. .
lowQualScore : 000 0 3 66 7 666666 7777 7 55 0 0 44 111 888 1 0 99 111 99 2 0000000 2 0 888 0 66666 888 99 0 9 444444 0 99 666 88888 99 1 2 0 5555 7 7 7 7 7 7 1111 666 7 55555555555555555 7 0 7 7 7 8888888888 7 7 7 8 22 8 44444444444 0000 77777 0 7 888888888888888888 22 0 88 0000000 0 0 44444444444444 7 333 0 7 8 0 22 8888 7 7 0 0 7 3 555 7 7 7 88 7 7 33 888888 7 6 0 0 8 0 0 2222222222222 8 5 88 0
consensus : TTTTAAAGG---GACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-A-AATTTTA-G-ATTTN--CATTTTTAAT-GTTT--AC--AATG--CTTAATTAA------GTTATTTC-TAA---TGGTCAGCA-AAA----ATT---TGA--A-CGTCATT------TGTTG--AGTT--NCAAGT---G-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAG-A-TG----CTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAA----GA-----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-AC-TTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC--TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTT-ACGTAGC-AAAGA-A-TTGT-AAGTGCTG-TATCTCACTT-GTAA-CT-CAACAAATG-ACGT-TCAA-ATTTTT-GC-CGACCAT-T---TAGAAATACC-TTAGTCGAGCAT-TG-TAAACATTAAAAATGAAAA-TC---AA---TT-AAACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-CCCCTTTAAA
Reference ( family-412 ) : TTTTAAAGG---GACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----AAATGTT--T-A-AATTTTA-G-ATTTT--CATTTTTAAT-GTTT--AC--AATG--CTCAATTAA------GTTATTTC-TAA---TGGTCAGCA-AAA----ATT---TGA--A-CGTCATT------TGTTG--AGTT--NCAAGT---G-AGATAC--AGCGCTCAC-AATTCTT-CGTTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAGG-A-TG----CTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGNA----G------TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-CTTG---T-AC-TTT--GAAA--AAAATCTGCTTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCA-----ATATTC--TATA-TGTAAA--CAAAAACANGGCACGAGC--CTTGTTT-ACGTAGC-AAAGA-A-TTGT-AAGTGCTG-TATCTCACTT-GTAA-CT-CAACAAATG-ACGT-TCAA-ATTTTT-GC-CGACCAT-T---TAGAAATACC-TTAGTTAAGCAT-TG-TAAACATTAAAAATGNAAA-TC---AA---TC-GAACATTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATG-TCCCTTTAAA
gi|1 : TTAAAGG---GGCAAGGGACAACGTCTTTGGATGCT------AA----AA-TGTT--TTA-CATTTTATG-ATTTT--CATTTTTA-T-GTTT--AC--AATG--CTTCACTAA------AA-ATTTC-TAA---TGGTCAGTA-AAA----GTT---TGACTA-TGTCATT------TGTTG--AGTT--TCAAGC---GTAAACAC---GCACTTAC-AATTCTT-TGTTAATG-TAAAACAAGCGCTC-AGCCT-TGTTAACATTTG-----GCATGAAAG-A-CGATTACTT---CACAGAAAAATACAACTGT-TT-AATAA-------AC-AAA--TGAG-ATGTGAGAA--ACACTAG-A----GAAACTATGTT--TTAATTATGTAGGTCTCATAATGAAACTTG---TTATATTT--GAAA--AAA-TCCTCTCTAGAACGGAA-CG--TATACTAAGCA------TATTCAATATA-GGTAAA--CAAAAACAAGACTCGAGC--CTTGTTTAACATAGCGAAAGA-A-TTGTAAAGTCCTG-TATCTCATAA-GTAA-CT-CAACAAATG-ACGTATCAA-ATTTTT-GC-CGACCA--T---TAG-AATACC-CTAAGTGAGCAT-TG-TCAATATTAAAAATGAAAA-TCTAAAA---TCTAAACATTTTTAG--CGAAACGTGTCCATG-CCCCTTTA
gi|10 : tacattttttcactgtcataatgaaaatgctatatcaatttccgttatgtaagaaaatacacgtataacaaataaatcttgatatgtatgaaaatattcattttaaaaatacacttaatgtgttctgtttttgtttttttcaaatttgcgtacatatcagaattcatgaaatgacatacaagtttgcACTGTGT-----T-AGAAAGAA-CTT-------C-T-----AAA--AAAATCTG-TCTA-GACGGAAACGAATTTA-TA-GTA------TATTCC-TATAATGTAAA--CAAAAACCATGC-CGAACGGCTTA----ACATAGC-A
gi|11 : atgtagatatcgaaatgaaagac-AGGTGCTGCTATCTCACTTGGGAA-GTGCAACAGATG--CGT-AGAA-ATTTTT--C-CGACCAT-C---TAGAAATGCC-T
gi|13 : cTTAAAGA---AGCA-TGGACA-CG-TTT--GA-GCT------AATTTTTAATGTT--T-A-Aaaacatgtccttaatttatttgataa
gi|14 : tcTTAAAGG---GACG-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT-------------AATTTT--T-A-A
gi|15 : cacTTAAAGG---GACA-CGGACA-CGTTTT--GA-ACT------Atgtt
gi|16 : acattgTAAAGG---GACA-TGGTCA-CGTTTT--GA-ACT------AA----A
gi|2 : TTTTAAAGG---GGCA-TGGACA-CGTTTT--GA-TCT------AA----AAATGCT--T-A-AGTTTTA-G-ATTTT--CATTTCTAAT-GTTC--AT--AATG--CTCACTTAT------GGTATTTC-TAA---TGGTCAGC--AAA----ATT---TGA--A-CGTC--T------TGTGA--AGTT--TCAAGT---G-AGATAG--AGCACT-AC-AATTCTTACA--A-TG-T-AA-CAAG-GCTTCAGCCT-TGTT----AACAA--TTACAT-AAGG-A--G----CTTCAGCACAGAAAC-TACTA-AAT-TT-CA--A-------ACAAAA-ATTAG-ATGTGA-AA--ACAATTGAAATCTA------TGTT--TAAATTGT-T-----TCAGAATGGA-ATTGAGAT-AC-TTT--GAAAAGAAAATCTGCTTT--AATGGAA--G----TACTA-GC------ATATTC---ATA-CGTAGGGTCAAAAACATGATAGGAGA--GGCG-TT-AAGTAG--AAAGA-ATTTGT-CA-TGC-G-TA-CTCAC----TAATCT-C-ACAACTGCACG--TCAATATTTTTAGCTTGAGCATCC---TAGAAATACCGCTAG-TGAGCATCTGTTAATCA-TACAAATGAAAA-TC---AA---TT-AAACACTTTTA
gi|3 : ttagtatgcgatatcaaatacaaattatacaataatttataatataaaacaaacttaaatataaataaattattttacgtaaaaggaaattgcatggtgtaggataacatgcaaatactTTTTAAAGG---GACA-TGGACA-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-A-AATTTTA-G-ATTGC--CAATTTTGAT-GTTT--AT--AATG--CTTAATCAA------GTTATTTC-TAG---GGGTCAGCA-AAG----ATT---TCA--A-TGTCAGT------TGTTG--AAT----CAA-T---A-AAACAC--AGTGCTCAC-AATTCTT-TGTTA-TG-TAAA-CAAT-GCTCGTGCCT-TGTT----TTTGT--TTACAT-AAAGTT-TG----CTT---CACAGAAAA-TACCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAA-AGAAG-ATGTGAAAA--ACACTAGGA----GA-----TGTT--T-AATTGTGT-----TCAGAATGAA-TTTG---T-AC-GTT--GAAA--AAATTCTGCCTTA-AACGGAA-CG--TTTACTA-GCATATATATATTCAATATA-TGTAAA--T-AAAACATGGCAGGATC--CTTGTTT-ACATAAC-ATCGACA-TTGT-AAGTGCTG-TATCTCACTT-GTAC-CT-CAACAAATG-ACAT-CCAC-ATTTTT-GC-TGACTAT-TATATAGAAATACC-TTAGTTAAGCAT-TG-TAAACATTAAAAATGGAAATTT---AAAATTT-GAACATTTTTAGCTCAAAACGTG--CATG-CCCCTTTAAA
gi|4 : TTAAAGT---GACA-TGGACA-CGTTTT--GA-GCT------AA----A--TTTTA-T-A-CATGT-----ATTTG--CATTTTTGAT-GTTT--AA--AATG--TTTAATCAA------GTTATTTC-TAG---TGGTCAGCA-AAA----CTT---TGA--A-AGTCACT------TATTG--AGTT--ACATGT---A-AGATAC--AACGCTCAC-AAATCTT-CACTA-TG-TAAA-CAAG-GCTCGAGCCT-TGTT----TATGT--TTACAA-AAAG-ATTG----CTT---CGTAGAAAA-TATCA-TGT-TT-AA--A-------AC-AAATATGAG-ATGTGAGAA--ACACTAGAA----AC-----TGTT--T-AATTGTGT-----TTAGAATGAA-CGTT---T-AA-TTTAAAAAA--AAAATCTGCTTTA-AATGGAA-AA--TTTAGTA-GCA-------------TATA-TGTAAG--CAAATACATGGCTCAAGC--CATATAC-GTGTAGC-AAAGA-A-TTGT-AAGTGCTGCTATCTCACTT-GTAA-CT-CAACAAATG-ATGT-TAAA-ATTTTT-GC-TGACCA------TACAAATACC-TTAGTCAAGCAT-TG-TAAACATTAAAATTGATAA-TC----------------TTTTTAGCTCGAAACGTGTCCATGCTCCTTTTAA
gi|5 : cTTAAAGG---GACA-TGGGCA-CGTTTT--GA-GTT------AA-------T-TT--T-A-TATT--A-A-ATTTG--CATTTTTAAT-GTTT--AA--AATG--CTTAACTAA------GTTATTTC-TAA---TCTTCAGCA-AAA-----TT---TGA--T-TGTCAGT------TGTTGTCAGTT--ACAAGT---G-AGATAC--AGCACTCAC-AATTCTT-TGTTG-TG-TAAA-CAAG-ACTCGAGCCA-TGTT----TTTAT--TTACGT-AA--------------------AGAAAA-TGCCA-TGT-TTAAA--A-------AC-AAA-ATGAG-ATGT--AAA--ACA
gi|6 : tacctctatttattaacatagatataatgttagaatttttgaattgtaggaaatacaggtataaattgaataatattgaatgacaaacatgtaacaaatataatgcatatgttaacataaatggttctcatgcaaattcagtattctgaaagaaagctaggacaGGACA-CTTTTC--GAAGCTCGCAAAGA----AAATGTTCAT-A-AATTACA-GCATTTTTCCATTTTTA-T-GGTT--ACCAAATGGGCTCACTTA-------GTTATTTTGTAA---TGGTCACCA-AAA----ATT---GGA--A-CA-CATT------GGT----AGTT--ACAAGT---G-AGATACCTATCACTTACAAATTCTT-CAATA-GGTTAAA-CAAG-GCTCGAGGTTCTGTT----TTTGTTGTTAGAT-GA-G-A-TG----C-T---CACAGAAAA-TA-CA-TGTGTC-AG--ATCCATACAC-AAA-ATGAGAATGTGATAATGCCACTAGCA----C------T-TTGGT-GATTGTGT-----TCTAAACG------G---T--C-ATT--GAAA--Aa
gi|7 : ttaatgcgccatggtggaTTAAAAGTTAGACA---GACA-CGTTGT--GA-GC--------A----AAATGAT--T-GTGATCTTA-A---TTG--CATTTTTAATGGTTTAAAC--ATTG----TAATTAACCCAAGATTATTCC-CAAACCTGGTCACCATAAATACGATTATGTGC--ATCATCATTCCATTATGCCA--TGCTCGACACGTCACA-AGATAC--AGCTCTCAC-AATTTTT-TGTT
gi|8 : --TATA-TGTAA---CAAAAACACG-CACAATC--CTTGTTT-ACAAAGC-AAAGA-A-TTGG-AAGTGCTG-TATCTCACTT-GTAA-CT-CAACAAATG-ACGG-TCAA-ATCTTT-GC-TGATCA--T---TAGAAATAAC-TTGATAAATCAT-TT-TAAACATTAAACATGTAAC-T-----A---T---AACA--TTTAGCTCAAAACATGTAGATG-TCCCTTTAAAggtg
gi|9 : A-CGTTTT--GA-ACT------AA----AAATGTT--C-A-AATTTTA-G-ATTTT--CATTTGTAGT-GTTT--AC--AATG--CTCATTTAT------GGTATTTC-TAA---TGGTCAGCA-AAA----ATG---TGA--A-CGTCATT------TGTTG--AGTT--TCAAGT---G-AGATAC--AGCACTTAC-A-----------A-TG-TAAA-CAAG-GCAAGAGCCA-TGTT----TTTGT--TTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAACAAAAAATTTGTTGTCACAATGCAATATCCTTGAGTGGGGAAATGC