lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2222 1 222222222 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 5 5555 66 0 88 888888888 8 3 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7777 3 44 999999999 7 4 11111111111111111111111111111111111111111111111 3 0
lowQualScore : . .... .. . .. ......... . . . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .... . .. ......... . . ............................................... . .
lowQualScore : 0 8888 99 0 22 111111111 9 3 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 3 66 888888888 3 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 0
consensus : ACATA-TTCT--A-ATTTCAT-TA-TGTA-G--G---NCTAT-AT-CATATAC-A---TTA--------TG---G--------TAAAAGGGAA----ATTGG----T--GAG---CCAG---G-ATAGG-A----CAA----G----------------GGGCCATA-ACTC------AGTG---ANATAA--------TGAATGGAAT-CG-AAA-CCCAAACT---CG--AA-CTTGA-TC-T-G----T-A--CA-CT-TGGTATG--GCAAAC-G---C-A-TG-TAC-CAAATAT--NA---AATGAA-TATC-TGC-NAAGCAG-TTGAGAAAAA-----AAG--------T--GC-GC-GAAA----AC-T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTTA-AG--TCCAA-AA-GGGCCATAACTCAGT-GAAA---AA-----TGAA-A-TG--GAT---C----G-AA-ACC--A--A--ACTCG--AAC--T--TGA-T-CT-GT-AA--CT------TT--GGTAATGCN---AA-AGCA-A--TG-TA-C--A--AAA----AT-----AT-C-AAATGAATAT---------C-TGC-AA-CA-GT--G--GAGTAA-AA-AAAGT-T--GCGGA-AAACCTGATAA-TNTA-TGAA------ATTTT--CTAA-G--TC-CAAAGGGCCA---T-A-NTC------A---G-GTGA-AAAAT---TG----AA-TGG---AT---C---AGAAACC---AA----ACTC-GAA---C--TTGA---TCT-G---TAA--CTT-GGTTAT--G-------G-N---AGAAG-------CAA-------TGT---AC-------T-----TCAA----ATGA------ATAT-T----TG----CAAG-CA--G---T----GAG-AAA-AAA-------G--T---CGCGGAA-AACCAAC-GCGGA-ACGGA-A---ATGGGGACA-GACA
Reference ( gi|3 ) : ACATA-TTCT--ATATTTAAT-TA-TGTA-G--G---TCTAT-AT-CATATAC-A--GTTA-------ATG---G--------TAAAAGGGAA----ATTGG--GAT--GAGACGCC-G---G-ATAGG-A----CAA----A----------------GGACCATA-ACTC------AGT----ACATAA--------TGAATGGAAT-CG-AAA-CGCAAACT---TA--AA-CTTGA-TC-T-G----T-A--CA-CT-TGGTATGT-GCAAAC-G---C-A-TG-TAC-CAAATAT--AA---AA-GAC-TATC-TGC-CATGCAGGTTGAGAAAAA-----AAG--------TA-GC-GC-GAAA----AC-T---GATA-ATTC---A-AT--------GAAATTT---TCTA-TG--TCCAACAATGGGCCATAACTCAGTAGAAA---AA--AAGTGAAGA-TG--GAT---T----A-AA-ACC--A--A--ACTCG--AA---T--TGA-TGCT-GT-AAT-CT------TTA-GGTAATGTG---AA-AGCA-A--TG-TA-T--A--AAA----AT-----AT-C-AAATGAATAT---------CATGC-AA-CA-GTTGG--GAGTAA-AA-AAAGT-T--GCGGA-AACCCTGATAAATATA-TGAA------ATTTC--CTAA-G--TCGCAAAGGGCCA---T-A-CTC-----TAC--G-GTGA-AAAAT---TG----AA-TGGTA-AT---C---AGAAACC---AA-T--GCTT-GAA---C--TTGG-ACTCT-G---TAA--TTT-GGTTAT--G-------G-A---AGAAGAT-----CAA-------TGT---GC-------T-----TCAA----ATGAT-----ATATAT----TG----CAAG-CA--G---T----AAG-AAA-AAA-------G--T---CGTAGAA-AGCCAAT-GTGGACACGGATAAT-GTGGAGACA-GACA
gi|6 : ACA-A-TTCT--A-ATTCCAT-TA--GTG---------CTAT-GT-CACATAC-----TTA-------TTG---G--------TAAA-GGGAT----ATTG-----T--GA-----C-G---G-ATAG-------CAA----G---------------------ATA-ACT-------AGA----A---AA---------GGATAGA-T-C---AA-TCCAAA-------------TCG--TC-TCG----T-------CT-AAATGTAT-GCAAAA-------A-T--TAC-CAATT-C--AA---AT-GA--TAT--TGC-CATATGG--------AAA-----AAG--------T--GT-G--GAAA----AC-T---GATA-TTT------AT--------GATTTTT---TTTA-AAAATCCAA----GGGCCCTAA-TCAG-----A---AT--ACATG--GA-TG--AAT---C----G-AA-ACC--A--A--ACTTG--AAC--T--TGA-TA-T-GT--AT--------------GT-ATG-G---CA-AGCA-A--TG-TA-C-------A----AC-----TT-C-AAAATAATAT---------C-TGCAAA-C-----------GTAA-AA-AA--T-----CGGC-AA----AATA---ATT-TAAA------GTTT---CTAA-G--TC-CA----GCCA---T-A-ACG-----CAC--G---GA-ACAA-----G----GA-C---------------GAAACC---AA-TCGACTT-TAT---C--TTAT-ACT-------TA-------GG------G-------C-A---AG----------C-A-------TGT---GCAAATA--T-----TAAA----ATGA------ATATCT----GG----C-AG-CA--G---T-----AG-AA
gi|1 : CATAATTCT--A-ATTTCAT-TA-TGTACG--GCCTTCTCTCAT-CATATACTC--GATA-------TTG---GCTTATAAATGAAAGGCAATA--ATTGG----T--GAG-CGCAAG---G-ATAGGGA----CAA----G----------------GG-CTTTA-TTTC------AGC----TCTTGA----------AACAAACT-CATAGATCGTAT-TT---TACGAT-CTCGA-TC-T-G----T-AAACAACT-TGGTATGAAGGAAGT-G---C------TAC-CAAATAT--CA---AATGAA--ATC-T---CAAGCAG-TTGAGAAAAA-----C-G--------TG-CT-GCAGAAA----AC-TTTCGATA-ATTT---A-TC--------GAAATTT---TTTA-AG--TCAAA----GGGCCATAACTCAGTTAATA---AA--TACC----A-TG--GAT---T----ACAACACC--A--A--ACTCG--AAATTT--TGAGTG-T-GTGAA----------TTATGGCAAT---------AGCA-A--TGCTGCC--A--CAA----AT-----AT-C-ACTCGCATATGATCTG---CACTC-AATCACGTCAG--AAAACA-AA-AATGT-TGAGCCGA-TA-TCTGATATTTTTA-TGAC------ATTTT--CTAA-G--TC-C-AAGGGCCATTTT-A-CTCGAGTGTA---G-GTGACGAAAT--------------GTACAT---C---GGAAACCGAAAG-C--GCTC-GAA---CAGTTGA---TCT-GGTCTAAACTTTGGGTCATTCG-------G-GTTCAGAAGTTGGCGCCAA-------TTT---AT-------T-----CTAA------GATCGA--ATAGCTCA--TG----CAAG-CA--GATCC----AAG-AGA-AAAAAATATTG--T---CTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGG--AATGGTACAGACATGACAtccgctgaaacaacgacagaaggggtaatacgacgacatgaagacagaaga
gi|5 : caatATA-TTCT--A-AGTTCAT-TA--GTA-G--G---GCTATCATTCATTTAT-A--CTTA--------TG------------TAAA-TGGAA----AT-----GGT--GAG---CA-G---G-ATAG--A----CAA----G----------------GG--CGTA--CTT------AGTGAAAAGATA----------GAAT--AAT-C--AAA-TCCAAATT---CA-----CTTGA-TCAT-G----T-A---A-CT-TGGTATGT--CAAAA-G---A-ACTC-TATTCAAATATTCAA---AT-GAA--ATC--GA-CAACCAG--TGAGAAAAA-----AGG--------T---C-GG-AAAA----AC-T---G-TA-ACTT-----AT----------AATCT---TTTA-GT--TCCA--AAT-AGCCATAACTCA--AGTAA---AA--GAATG-ATA-TG--AAA---C----A-AA---C--A--A--ATTCG--AA----------------------CT------T----GTTATGGC---AA-AACA-A--TT-TA-C-----AAA----AT-----AT-C-AAATGAATAT---------CG-GC-AA-CA-GT-------GTGA-AA-AAG---T--GC-GA-AAGACTGATCAATGTATTGAA------ATTT----TAATG--TC-CAAGGAGCCA---T-A-ATC-----AA-----GTGC-AAAAC---------AA-T-GCA-ATGGAC---AGACACA---AA-A--A--T-GAA---C--TTGATAC----G---TAA--CTT-GGTTAT--G-------G-C---AAAAGG------CAAC------TGT---AC-------CAAATATCAA----AT-AC-----ATAT-T----TG----CAAT-CAGCG---T----GAG-Agacga
gi|7 : acaATA-TTTC--A-ATTTA---TACTGTA-G--G---C--AT-AT-CATA-AC-----TTA-------A-G---G--------TAAATGGAAT----ATTGG----T--GAG---CCAG---G-ATAGG-A----CAA----G----------------GG-CTAAA-ACT-------AGTGAAAACATGA--------AAAATATATT-CA-AAA-TCCAAAAT---TC--GATCGTGAATC-T-G----T-A--T--CT-TGCTATG--GCCAACAG---A-A-TGCTAC-AAAATAT--CT---AATGAA-TATC-TGC-AA-GCAA--TGTGAAAAA-----AAG--------T--GCGGA-GAAA----AC-T---GACA-ATTT-----AT--------GAAA-TT---TCTA-AG--TC--ACAA-GGGCCAT-ATTCAGTTGCAA---AA-----TGA--A-TG--GA----C----G-AA-ACC--A--A--AAATG--AAC--T--TGA-T-CT-GT-AA--CT----------GAT-ATGCGCACAA-AACA-AGTTG-TA-C--ACCAAC----AT------T-C-AAATGAATAT---------C-TGC-AAGCA-GTgg
gi|10 : cgcaacaATA-TTCT--A-ATTTCAT-TA-TGTA-G--G----CTAT-AT-CATATAC-----TTA--------TG---G--------TAAAAGGGAAT---ATTGG----T--GA---GCCAG---G-ATAGG-A----CAA----G----------------GGG-TATA-ACTT------AGT----GAA-AA--------AGAATAG-AT-C--AAA-TCCAAA-T---TC--GA-CTTGA-TC-T-G----T-A---A-CT-TGGTATG--GCAAga
gi|11 : gcaataATA-TCCT--AAATTTCAT-TC-TGTA-A--T---GCTAT-ATTCATAT-C-A--CTTA--------TG---G--------TAAAAGGGAT----ATTG-----T--GA---GCA-G---GAATAGG--------A----A----------------GGGCTAT--ATTT------AGTG---AAAAAA--------TGA
gi|4 : caacaA-TTCC--CTATTCAATGTA-TGTA-GTGA---TCTAT-CTGCAGAGCC-A--GTGAGAAAAATATGAAAG--------TAAAAAGGAAGACTATTGGTAGATTTGTGAATCT-GAGAG-AGAGG-TTTTTCAAGTCAA----------------GGGCCATA-ACTG------AGT----A-ATAAGATTGGGTTAACTGGGATCCGTAAA-TACCAACTACGTG--AA-CTTGA-TC-T-C----TCA--CA-CTCTGGTATG--GCAAAG-GGA-G-A-TG-TAC-CAAATAT--GATATAA-GATATATCGTGCACAATCAGA-TGAGTAAAA-----AAA--------TGTGC-GG-GAAA----TC-T---CATA-tcagatcaaatt
gi|2 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatataccc-TTCTTCATATT-AATATA-TATA-G--G---GCTCA-AC-TATAAAC-ACCGTCA-------GTG---A---------AAAATTGAG----AGTGG--AAC--GTAAC-CC-G---A-AAAAG-C----CAA----ACTCGTCGAACTTAAACAGATTATATACTATGTGAAAAT----ACATAA--------T---TGGTAT--G-ACG-CCCAAA------A--AA----GA-TA-T-GAGGGT-A--CA-AA-TGA-ATTT-GCACAC-AAATC-AATG--AC-TGAA-AT--AA---TA-G---TTTCATAC-CAAGCAG-TGGAGAAAAG-----AAAATTCTTTCTC-G--GC-AAAAT---ACAT---GATA-ATTTT--ATAT--------GAAATTTCGTTTTAAGG--TGCAA----GGGC-ATAACT--ATGGAAATATAA--AATTGAA---TGCTGAT---TCTGGA-AG-ACC--ATCA--ACTCGCAAA---C--T---TGCTAGT-A-T-CTGTACACTTA-GATA-TGCA---AC-TGCA-A--TG--A-C--A--AAA-----T-----AT-CTAAAAGCATATTATCTAGTGCATGA-AA-CA-GTTAGT-GAGAAA-AACAAAAT-T--GTGGA-AAAC-TGATAA-CATGGTGAATCAATGATCTGAGCTAA-G--TC-CAAAGGGC-A---T-AACTC-----CAT--GAGGGA-ATAAT---TG----AA-TGG---AT---C---AGAAACC---AA----ACTTCGCACATC--TTTG-ATCATGG---TAA--CTT-GCGTAT--GTGCGAGCG-A---AGCAAATGTGC-CAAACCTAATTGT---AC-------A-----ACAATTCGATGA------AGATATTAAATG----CTAG-CA--G---T----AAG-AAATAAAT------G--T---Ccgggacggataggggac
gi|9 : CTAT-AT-CATATAC-----TTA--------TG---G--------TAAAAGGGAAT---ATTGG----T--GAG---CCAG---G-ATAGG-A----CAA----G----------------GG-CCATA-ACTC------AGT----GAAAAA--------TGAATGG-AT-CG-AAA-C-CAAACT---CG--AA-CTTGA-TC-T-G----T-A---A-CT-TGGTATG--GCAAA--G---CAA-TG-TGC-CAAATAT--CA---AATGAA-TATA-TGC-AA-GCAG--TAAGAAAAA-----a
gi|8 : ggA----A----------------GGGCCATA-ACTC------AGTG---AAATA---------TGGATCGA-T-CG-AAA-C-CAAACT---CG--AA-CTTGA-TC-T-G----T-A---A-CT-TGGgtctggaaaaccaacgggacggaatggggaca
gi|6 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctA----A----------------GGGCCCTA-A-TC------AGA----ATACA---------TGGATG-AAT-CG-AAA-C-CAAACT---TG--AA-CTTGA-TA-T-G----T-A--T-------GTATG--GCAAGC-A-----A-TG-TA--CAACTTC--AA---AA-TAA-TATC-TGC-AA---ACGT------AAA-----AAA--------TC-G--GC-AAA-------------ATA-ATTT----------------AAAGTT---TCTA-AG--TCCA-------GCCATAACGCA-CGGAAC---AA-------------G--GA----C----G-AA-ACC--A--A----TCG--AC---T--TTA-TCTT-AT-A----C------TTA-GG------G---CA-AGC--A--TG-TG-C--A--AAT----AT------T-A-AAATGAATAT---------CTGGC-AG-CA-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|8 : acaattctaattccattagtgctatgtcacatacttattggtaaagggatattgtgacggatagcaagataactagaaaaggatagatcaatccaaatcgtctcgtctaaatgtatgcaaaaattaccaattcaaatgatattgccatatggaaaaagtgtggaaaactgatatttatgattttttttaaaaatccA-CT-TGGTATG--GCAAA--G---CAA-TG-TAC-AAAATAT--CA---AATGAA-TATC-TGC-AA-GCAG--TGAGAAAAA-----AAG--------T--TC-G--GAAA----AC-T---Gagaatccgctgaaacaacgacagaaggggtaatacgacgacatgaagacagaaga
gi|4 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-TATC-TGC-AGAGCCAGT-GAGAAAAATATGAAAG--------TA-AA-AA-GGAAGACTAT-T---GGTAGATTTGTGA-ATCTGAGAGAGAGGTTT---TTCA-AG--TC----AA-GGGCCATAACTGAGTAATAA---GATTGGGTTAACT-GG--GATCCGT----A-AATACC--A--ACTACGTG--AAC--T--TGA-T-CT-CT-CACACT------CT--GGTATGGCA---AA-GGGAGA--TG-TA-C--C--AAATATGAT-----AT-A-AGAT--ATAT---------CGTGC-A--CA-ATCAGATGAGTAA-AA-AAATG-T--GCGGG-AAATCTCATActttac
gi|8 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatAAA-----AAG--------T--GC-G--GAAA----AC-T---GATA-ATTT---A--T--------GAAATTT---TCTA-AG--TCTAA----GGGCCATAACTCAGT-GAAA---TA-----TG--GA-TC--GAT---C----G-AA-ACC--A--A--ACTCG--AAC--T--TGA-T-CT-GT-AA--CT------Tcgggacggataggggac
gi|9 : gctACAA-GGGCCATAACTCAGT-GAAA---AA-----TGAA---TG--GAT---C----G-AA-ACC--A--A--ACTCG--AAC--T--TGA-T-CT-GT-AA--CT------T---GGT-ATGGC---AA-AGCA-A--TG-TG-C-----CAA----AT-----AT-C-AAATGAATAT----------ATGC-AA--------G--CAGTAAGAA-AAAGTCT--G-GAA-AACCggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|7 : ggctatatcatatacttatggtaaaagggaatattggtgagccaggataggACAA-GGGCTAAAACT-AGT-GAAA---AC--A--TGAAAAATA--TAT---TC---A-AA-ATCCAA--A--ATTCG--A----TCGTGA-ATCT-GT-A-T-CT------T---GCTATGGCC---AACAG-A-A--TG-C--T--AC-AAA----AT-----AT-C-TAATGAATAT---------C-TGC-AAGCA-AT-------GTGA-AA-AAAAG-T--GCGGAGAAAACTGAC-AATTTA-TGAA------ATTT---CTAA-G--TCAC-AAGGGCCA---T-A-TTC------A---G-TTGC-AAAA----TG----AA-TGG---AC--------GAAACC---AA----AAAT-GAA---C--TTGA---TCT-G---TAA--CT---GATAT--GC------G-C---ACAAAA------CAAGT-----TGT---ACACCAACAT-----TCAA----ATGA------ATAT-C----TG----CAAG-CA--G---T----GAaacgggacggaatggggaca
gi|8 : cgcaacaatatttcaatttatactgtaggcatatcataacttaaggtaaatggaatattggtgagccaggatagg-GGTA-TGGC---AA-AGCA-A--TG-TA-C--A--AAA-----T-----AT-C-AAATGAATAT---------C-TGC-AAGCA-GT-----GAG-AA-AA-AAAGT-T---CGGA-AA
gi|6 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttA-A--TG-TA-TGCA--AAA----ATTACCAATTC-AAATGA-TAT-----------TGC-CA-TA---TGG---------AA-AAAGT----GTGGA-AAAC-TGATA--TTTA-TGAT------TTTTT--TTAA-AAATC-CAA-GGGCCC---T-A-ATC-----------------AGAATACATG----GA-TG--A-AT---C----GAAACC---AA----ACTT-GAA---C--TTGA---TAT-G---TA-----T-G--TAT--G-------GCA---AG----------CAA-------TGTACAAC-------T-----TCAA----A--AT-----A-ATATC---TG----CAAA-C---G---T----AAA-AAA-actgctttac
gi|16 : acaattctaattccattagtgctatgtcacatacttattggtaaagggatattgtgacggatagcaagataactagaaaaggatagatcaatccaaatcgtctcgtctaT-----AT-C-AAATGAATAT---------C-TGC-AAGCA-GT-----AAG-AA-AA-AAAGTCT--G-GAA-AACCtcggcaaaataatttaaagtttctaagtccagccataacgcacggaacaaggacgaaaccaatcgactttatcttatacttagggcaagcatgtgcaaatattaaaatgaatatctggcagcagtagaatccgctgaaacaacgacagaaggggtaatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : -AA-AAAGT----GCGGA-AAAC-TGATAATT-TA-TGAA------ATTTT--CTAA-G--TCT--AAGGGCCA---TAA-CT--------C--A-GTGA-AATA----TG----GA-TCG---AT---C----GAAACC---AA----ACTC-GAA---C--TTGA---TCT-G---TAA--CTT-GGaacgggacggaatggggacaga
gi|4 : gctGAG------GTTTT--TCAA-G--TC---AAGGGCCA---T-A----------ACTGA-GTAATAAGAT---TGGGTTAACTGG-G-AT---CCGTAAATACC---AACT--ACGT-GAA---C--TTGA-TCTCTCA---CAC--TCT-GG-TAT--G-------GCA---AAGGGA-------GA-------TGT---AC--------------CAAAT--ATGATATAAGATATAT----CGTGCACAAT-CA--GA--T----GAGTAAA-AAA-------A--TGTGCG-GGAA-ATCTCAT-ACGGG-ACGGATA-----GGGGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaatatgaaagtaaaaaggaagactattggtagatttgtgaatctgagagaAAGGGCCA---T-AACTC----------A-GTGA-AAAAT----G----AA-TGG---AT---C----GAAACC---AA----ACTC-GAA---C--TTGA---TCT-G---TAA--CTT-GGT-AT--G-------G-C---A-AAG-------CAA-------TGT---GC-------CAAATATCAA----ATGA------ATATAT-----G----CAAG-CA--G---T----AAG--AA-AAA-------G--T---C-TGGAA-AACCAAC-G-GG--ACGGA-----ATGGGGACA-
gi|10 : ggctatatcatatacttatggtaaaagggaatattggtgagccaggataggacAAGGGGTA---T-A-ACT-----TA-----GTGA-AAAA-----G----AA-TAG---AT---C---A-AATCC---AA-----ATT-CGA---C--TTGA---TCT-G---TAA--CTT-GG-TAT--G-------G-
gi|8 : gcaataatattctaatttcattatgtaggctatatcatatacttatggtaaaagggaatattggtgagccaggataggacA--CTT-GGT-AT--G-------G-C---A-AAG-------CAA-------TGT---ACAAAA---TA----TCAA----ATGA------ATAT-C----TG----CAAG-CA--G---T----GAG-AAA-AAA-------AGTT---CG--GAA-AACcaa
gi|16 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----TCAA----ATGA------ATAT-C----TG----CAAG-CA--G---T----AAGAAAA-AAA-------G--T---C-TGGAA-AACCAAC-G-GG--ACGGA-----ATGGGGACA-GAtgctttac
gi|15 : taA----ATGAA-----ATATTC----TG----CAAGCCA--G---TAGACAAA-GAA-AAA-------G--T---C-TGGAACAACCCAT-GGGGACA
gi|18 : cgaatat----CAAG-CA--G---T----GAG-AAA-AAA-------G--T----GCGGAA-AACC-AT--TGGA-ACGGA-----ATGGGGACA-GAgaatgggg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGAAATTCGACATTGATCTGTAGTTTGACACTCTGAAACTACCCTGCAAGTTTCAAATGAATCCTCGCAAGCATAAATAAAATAGGTCTGAAAAACTAATGGGATAGAGGGACAGA
Unaligned ( gi|13 ): GCCGAACACTGATAATTTGTAATATTTTTCTCAAAGTCAAAGGGACAATAACTTGGGAAAATCAAACGGACTATAGACCCAAATTCCAAATACTTCGACTTGTAATTATG
Unaligned ( gi|14 ): CTAAAATGTTTGAAATTTTTAAAGTCTAAGGGAGATAATGTGACAAATGACTCAGTTTAAACTAGACAAGAACTTGACCTGTAAATT
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 4444444 11111 11 2222222222 333333333333333333 1111 222 11 22222 11 33333333333 11 1111 44444444444444444 111 333333333333333 22222 3333333333333333333333333333333333333 11111 111111111 333333333333333333333 11111 111 222222 555555555555555555 222222222 11 1 1111 111 11 111 111 44444444444 1 22222222 11 33333333 2222 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 11111 11111 11111 11 333333333333333
lowQualScore : 5 5 5 3 5 9 55555 8 66 4 3333333 11111 4 4 4 2 99 66 4 2222222222 777 6 66 9 9999 0 1 333333333333333333 2222 000 33 5 66 5 77 5 5 5 66666 4 00 88888888888 5 55 777 0 777 8 66 4 4444 4 3 99999 3 11111111111111111 3 3 222 4 777777777777777 777 777 99 55 00000 0 3 444 3 7 444 9999999999999999999999999999999999999 22222 55 55 666 55 666 55 3 000000000 4 222222222222222222222 5 77 5 5 22 77777 5 5 222 000 777777 5 111111111111111111 6 111111111 22 44 3 6 1 5555 444 11 444 8 8 11 444 99999999999 8 0 4 55555555 11 3 00000000 1 3 3333 99 44444444 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 4 77777 4 11111 5 5 77777 77 3 666666666666666 99 1
lowQualScore : . . . . . . ..... . .. . ....... ..... . . . . .. .. . .......... ... . .. . .... . . .................. .... ... .. . .. . .. . . . ..... . .. ........... . .. ... . ... . .. . .... . . ..... . ................. . . ... . ............... ... ... .. .. ..... . . ... . . ... ..................................... ..... .. .. ... .. ... .. . ......... . ..................... . .. . . .. ..... . . ... ... ...... . .................. . ......... .. .. . . . .... ... .. ... . . .. ... ........... . . . ........ .. . ........ . . .... .. ........ . ........................................................................ .... . .. . . . ... . .. . ..... . ..... . . ..... .. . ............... .. .
lowQualScore : 0 0 0 2 0 7 66666 9 11 4 7777777 11111 4 4 4 2 44 11 4 4444444444 666 4 88 2 4444 1 0 333333333333333333 1111 888 22 0 99 4 00 0 0 0 00000 4 66 11111111111 0 44 888 8 000 0 77 0 5555 0 6 11111 6 22222222222222222 3 3 777 0 444444444444444 000 000 55 77 44444 5 6 999 6 3 222 8888888888888888888888888888888888888 77777 00 00 444 00 444 00 6 333333333 0 888888888888888888888 7 99 7 7 77 11111 7 7 666 000 999999 7 999999999999999999 7 777777777 55 55 3 7 0 6666 000 00 000 0 0 66 000 00000000000 0 6 0 00000000 00 8 22222222 0 2 3333 22 55555555 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 4 77777 4 11111 0 0 55555 77 6 999999999999999 22 0
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTA-GGGCTAT-----AT-CAT--AT-AC-------TT-----A-T-GG-TAAAAGGGAAT-ATTGG--T-GAG-----C-CA-GGATAGG-ACAAGGGGCCATAACTCAG----TGAAAAAAT------G---A---ATGGAATC-G-AAAT-CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATG--GCAAAN-GC-A--TG-TAC-CAAATATC-AAATGA---ATA---TC-TGC-CAAGC-A-GTTGAG-AAAA-A-----AA-GT-----GC-------G--GAAA-AC-T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---T---G--A-A-ATGG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGC---GAAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAATGAAT---ATC------TGC-A-------A-CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-T-GAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAA-T-C-A----A-GGTGAANAAT--TG-AATGG--ATCAGAAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAAAACCAAC-G-CGGA-ACGG--AA--TGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTA-GGNCTAT-----AT-CAT--AT-AC-----A-TT-----A-T-GG-TAAAAGGGAA--ATTGG--T-GAG-----C-CA-GGATAGG-ACAAGGGGCCATAACTCAG----TGANATAAT------G---A---ATGGAATC-G-AAAC-CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATG--GCAAAC-GC-A--TG-TAC-CAAATATN-AAATGA---ATA---TC-TGC-NAAGC-A-GTTGAG-AAAA-A-----AA-GT-----GC-------GC-GAAA-AC-T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---T---G--A-A-ATGG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGC---NAAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAATGAAT---ATC------TGC-A-------A-CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-T-GAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAN-T-C------A-GGTGAAAAAT--TG-AATGG--ATCAGAAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAAAACCAAC-G-CGGA-ACGGA-AA--TGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCT-TCTCTCAT-CAT--AT-ACTCGATA-TTGGCTTA-T-AAATGAAAGGCAATAATTGG--T-GAG-----CGCAAGGATAGGGACAAGGG-CTTTATTTCAGCTCTTGAAACAA-----------ACTCATAGA-TC-G-TATT-TT-A------CGATCTCG-ATC-TGT-AAACAACT-TGGTATGAAGGAAGT-GC-------TAC-CAAATATC-AAATGA---A-A---TC-T---CAAGC-A-GTTGAG-AAAA-A-----C--GT-----GCT------GCAGAAA-AC-TTTCGATA-ATTT---A-TC--------GAAATTT---TTT---AAG--TC--A-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-TA-ATA-A-A---T---A--C-C-ATGG-A--------TTAC---A-AC-A---CCA--A--AC---TCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGT-G-A-ATTAT-GGCAAT--------AGCA-A--TGCTGCCACAA----ATA-TC-ACTCGCATATGATC------TGC-ACTCAATCA-CGTC--A-GAAAACAA-AAATGTTGAGCCG--ATATCTGAT-ATTTTTA-T-GAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCATTTTAC-T-CGAGTGTA-GGTGACGAAA--TG---TAC--ATCGGAAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCAAGAG-A-----AA-A-AAATATTGTCTGAGAAAACCAACAG-CGGA-ACGG--AA--T-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTA-GG-CTAT-----AT-CAT--AT-AC-------TT-----A-T-GG-TAAAAGGGAAT-ATTGG--T-GAG-----C-CA-GGATAGG-ACAAGGGG-TATAACTTAG----TGAAA-AA-------G---A---ATAG-ATC---AAAT-CC-AA--ATTCG-ACTTG-ATC-TGT-A---A-CT-TGGTATG--GCAAtgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTA-ATGCTAT-----ATTCAT--ATCAC-------TT-----A-T-GG-TAAAAGGGAT--ATT-G--T-GAG-----C-AG-GAATAGG----AAGGGCTAT-ATTTAG----TGAAAAAAT------G---A---
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T-A----AAT-A-----AA-ATAG-----GTC-TGAAAAACTAAT-G--------GGA-TA--GAGGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cgC-GAAC-AC-T---GATA-ATTT-----GT--------AATATTT---TTCTCAAAG--T-CAA-A-G-GGACAATAACTTG-----GG-A-A-A-A---T---C--A-A-ACGG-A--------C--T---ATAG-AC--CCA--A--AT---TCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGT-A-A-TTA-T-G
gi|14 : gcT--------GAAATTT---TTA---AAG--TCTAA-G-G-GAG--ATAAT----G-T-GA-C-A-A-A---T---G--A-C--TCA-G--------T--T---T-AA-A---CTA--G--AC---AAG--A---A--CTT-G-----A-C-CTGT-A-A-ATT-
gi|15 : ctaaaatgttA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G-T-----AG-ACAAAGAA-A-AA-----GTC-TGGAA---CAAC-C-C-----------A--TGGGGACAGA
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G-T----AAGAA-----AA-A-AA-----GTC-TGGAAAACCAA----CGGG-ACGG--AA--TGGGGACAGAatgggg
gi|18 : taCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GT-GCGGAAAACCA---T-TGGA-ACGG--AA--TGGGGACAGA
gi|2 : TCA-G-T-GA-A-A-A-AT--T---G--AGA-GTGG-AACGTAAC-C--C---G-AA-AAAGCCA--A--ACTCGTCG--A---A--CTT-
gi|2 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgTG-AAAT-A---ATAGTTTCATAC-CAAGC-A-GTGGAG-AAAAGA-----AA-AT-----TCTTTCTCGGC-AAAATACAT---GATA-ATTTT--ATAT--------GAAATTTCGTTTT---AAGG-TGCAA-----GGGC-ATAACT---A-T-GG-A-A-ATA---T---A--A-A-ATTG-AATGCTGATT--CTG-G-AAGA---CCATCA--AC---TCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGT-ACA-CTT-A-GATA-TGC---AACTGCA-A--TG--A-CAAAA-----TA-TCTAAAAGCAT---ATTATCTAGTGC-ATGAA---A-CAGTTAGTGAGAAAAACAAA-ATTG---TGGAAAAC-TGAT-A-ACATGGT-GAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-A---TAACT-CCATG--A-GG-GAATAAT--TG-AATGG--ATCAGAAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G-T----AAG-A-----AATA-AAT----GTCaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgactgaaataatagtttcataccaagcagtggagaaaagaaaattctttctcggcaaaatacatgataattttatatgaaatttcgttttaaggtgcaagggcataactatggaaatataaaattgaatgctgattctggaagaccatcaactcgcaaacttgctagtatctgtacacttagatatgcaactgcaatgacaaaatatctaaaagcatattatctagtgcatgaaacagttagtgagaaaaacaaaattgtggaaaactgataacatggtgaatcaatgatctgagctaagtccaaagggcataactccatgagggaataattgaatggatcagaaaccaaacttcgcacatctttgatcatggtaacttgcgtatgtgcgagcgaagcaaatgtgccaaacctaattgtacaacaattcgatgaagatattaaatgctagcagtaagaaataaatgtca
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgacACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTA-GGTCTAT-----AT-CAT--AT-AC-----AGTT-----AAT-GG-TAAAAGGGAA--ATTGGGAT-GAGACG--C-C--GGATAGG-ACAAAGGACCATAACTCAG----T-ACATAAT------G---A---ATGGAATC-G-AAAC-GC-AA--ACTTAAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATGT-GCAAAC-GC-A--TG-TAC-CAAATATA-AAA-GA---CTA---TC-TGC-CATGC-AGGTTGAG-AAAA-A-----AA-GTA----GC-------GC-GAAA-AC-T---GATA-ATTC---A-AT--------GAAATTT---TCT---ATG--TCCAACA-ATGGGCCATAACTCA-G-TAGA-A-A-A-AAAGT---G--A-AGATGG-A--------T--T---A-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGT-A-ATCTT-TAGGTAATGT---GAAAGCA-A--TG-TA-TAAAA----ATA-TC-AAATGAAT---ATCA-----TGC-A-------A-CAGTTGG-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAACCCTGATAA-ATATA-T-GAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCA---TAC-T-CT-----ACGGTGAAAAAT--TG-AATGGTAATCAGAAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G-T----AAG-A-----AA-A-AA-----GTCGTAGAAAGCCAAT-G-TGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTA-GG-CTAT-----AT-CAT--AT-AT-----ACTT-----A-T-GG-TAAAAGGGAAT-ATTGG--TCGGGGAAGTC-CA-GGGTA
gi|4 : cgcaacaTA---TC-TGC-AGAGCCA-GT-GAG-AAAA-ATATGAAA-GTAAAAAG-----------GAAG-AC-TATTGGTAGATTTGTGA-ATCTGAGAGAGAGGTTT---TTC---AAG--TC----A-A-GGGCCATAACTGA-G-T-AATA-A-G-A---TTGGGTTA-A-CTGGGA--------T--CCGTA-AATA---CCA--ACTAC---GTG--A---A--CTT-G-----A-T-CTCTCACA-CTC-T-GGTATGGC---AAAGGGAGA--TG-TA-CCAAATATGATA-TA-AGAT--AT---ATCG-----TGC-ACA-----ATCAGA--T-GAGTAAAA-AAA-TGTG---CGGGAAATCTCAT-A-taagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaatatgaaagtaaaaaggaagactattggtagatttgtgaatctgagagagaggtttttcaagtcaagggccataactgagtaataagattgggttaactgggatccgtaaataccaactacgtgaacttgatctctcacactctggtatggcaaagggagatgtaccaaatatgatataagatatatcgtgcacaatcagatgagtaaaaaaatgtgcgggaaatctcatacgggacggataggggac
gi|4 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatcAAGGGCCATAACTGAG----TAATAAGATTGGGTTA---A---CTGGGATCCGTAAATACC-AACTACGTGAACTTG-ATC-TCTCA--CA-CTCTGGTATG--GCAAAG-GG-AGATG-TAC-CAAATATG-ATATAAGATATA---TCGTGCACAATC-A-GATGAGTAAAA-A-----AATGT-----GC-------GG-GAAA-TC-T---CATA-cgggacggataggggac
gi|5 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaatatgaaagtaaaaaggaagactattggtagatttgtgaatctgagagagaggtttttcaagtcATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTA-GGGCTATC----ATTCATTTAT-AC-------TT-----A-T-G--TAAATGGAAA----TGG--T-GAG-----C--A-GGATAG--ACAAGGG--CGTA-CTTAG----TGAAAAGATA-----G---A---AT--AATC---AAAT-CC-AA--ATTC--ACTTG-ATCATGT-A---A-CT-TGGTATG--TCAAAA-GA-AC-TC-TATTCAAATATTCAAATGA---A-A---TC--GA-CAACC-A-GT-GAG-AAAA-A-----AG-GT------C-------GG-AAAA-AC-T---G-TA-ACTT---A--T----------AATCT---TTT---AGT--TCCAA-ATA-G--CCATAACTCAAG-T-AA-A-AGA-A---T---G--A-T-ATGA-A--------A--C---A-AA------CA--A--AT---TCG--A---A--CTT-G--------------------T-T-----ATGG---CAAAACA-A--TT-TA-CAAAA-----TA-TC-AAATGAAT---ATC------GGC-A-------A-CAGT--G----TGAAA-AAG---TG---CGAAAGAC-TGATCA-ATGTA-TTGAA---AT--TTT-----AATGTC-CAAGGAGCCA---TAA-T-C------A-AGTGCAAAACAATGCAATGG--A-CAGACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG-T----GAG-A-----cgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT----GCTAT-----GT-CAC--AT-AC-------TT-----A-TTGG-TAAA-GGGAT--ATTG---T-GA--------C--GGATAG---CAAG-----ATAACT---------AGAAAA-------G---G---ATAGA-TC----AAT-CC-AA--A-TCGT-CTCG--TC-TAA-A--T-------GTATG---CAAAA----A--T--TAC-CAA-T-TC-AAATGA----TA---T--TGC-CA--T-A---TGG----AA-A-----AA-GT-----GT-------G--GAAA-AC-T---GATA--TTT---A--T--------GATTTTT---TTT---AAAAATCCAA-----GGGCCCTAA-TCA-G----A-ATA-C-A---T---G--G-A--TGA-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGT-A----T-----GTATGGC-----AAGCA-A--TG-TA-C---A----ACT-TC-AAAATAAT---ATC------TGCAA-------A-C---------GTAAAA-AA---T-----CGGCAAA----AT-A-ATTT-----AA---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCA---TAA-CGC------A-CG-GAACAA---------GG--AC--GAAACCAA--------TCG-AC----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---C----AA----G-------C-A----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G-T---------------A-G-AA-----TCCGCTGAAA--CAAC-GACAGA-AGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTA-GGC--AT-----AT-CAT--A--AC-------TT-----A-A-GG-TAAATGGAAT--ATTGG--T-GAG-----C-CA-GGATAGG-ACAA-GGGCTAAAACT-AG----TGAAAACAT------GAAAA---ATATATTC-A-AAAT-CCAAA--ATTCGATCGTGAATC-TGT-A--T--CT-TGCTATG--GCCAACAGA-A--TGCTAC-AAAATATC-TAATGA---ATA---TC-TGC--AAGC-A-A-TGTG-AAAA-A-----AA-GT-----GCG------GA-GAAA-AC-T---GACA-ATTT-----AT--------GAAA-TT---TCT---AAG--T-CAC-A-A-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GC-A-A-A-A---T---G----A-ATGG-A-----------C---G-AA-A---CCA--A--AA---ATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-C---T-GAT-ATGCGCACAAAACA-AGTTG-TA-CACCA----ACATTC-AAATGAAT---ATC------TGC-A-------AGCAGT--G-gtaatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-A-----AA-GT-----GC-------G--GAAA-AC-T---GATA-ATTT---A--T--------GAAATTT---TCT---AAG--TCTAA-----GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-T-A---T---G--G-A--TCG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-a
gi|8 : gctA-CT-TGGTATG--GCAAA--GCAA--TG-TAC-AAAATATC-AAATGA---ATA---TC-TGC--AAGC-A-G-TGAG-AAAA-A-----AA-GT-----TC-------G--GAAA-AC-T---Gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT-AC-------TT-----A-T-GG-TAAAAGGGAAT-ATTGG--T-GAG-----C-CA-GGATAGG-ACAA-GGGCCATAACTCAG----TGAAA-AAT------G---A---ATGG-ATC-G-AAA--CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A---A-CT-TGGTATG--GCAAA--GCAA--TG-TGC-CAAATATC-AAATGA---ATA---TA-TGC--AAGC-A-GT---A-AGAA-A-----AA-GT-----CT-------G--GAAA-AC-ctttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 111111111111 11111111 222222222222 1111111 11111 222222222222 1111 11 22222 1111 3333333333333 11111 11111 1111 111111111 2222 11 22222 11111 1 3333333333333333 11111 444444444444444444444 111 222222 5555555555555555555 222222222 11 1 11 111 1111 111 555555555555555555555555555 111 22222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 11111 11111 11111 11 3333 11111
lowQualScore : 5 5 5 3 9 55555 8 66 00 66 777 4 8 666666666666 777 4 55 88888888 444444444444 4 7777777 44444 66 9 9999 0 4 000000000000 2222 5 55 5 5 66 5 77 5 5 5 66666 4 3333 0000000000000 8 66 22222 88888 777 99999 3333 4 4 8 4 888888888 88 7 3 777 7777 888 888 11 5 66666 33333 0 777 888 9999 1111111111111111 777 66 66 888 66 5 22222 5 66 888888888888888888888 1 99 6 6 3 7 6 6 2 111 555555 6 1111111111111111111 1 8 555555555 33 88 3 6 1 99 111 99 3333 6 6 5 2 111 333333333333333333333333333 99 1 111 33333333 3 1 0000 77 5 1 000 5 77 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 4 77777 4 11111 5 5 77777 77 5 0 0000 66 22222 0
lowQualScore : . . . . . ..... . .. .. .. ... . . ............ ... . .. ........ ............ . ....... ..... .. . .... . . ............ .... . .. . . .. . .. . . . ..... . .... ............. . .. ..... ..... ... ..... .... . . . . ......... .. . . ... .... ... ... .. . ..... ..... . ... ... .... ................ ... .. .. ... .. . ..... . .. ..................... . .. . . . . . . . ... ...... . ................... . . ......... .. .. . . . .. ... .. .... . . . . ... ........................... .. . ... ........ . . .... .. . . ... . .. . ................................................................... .... . .. . . . ... . .. . ..... . ..... . . ..... .. . . .... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 0 2 4 66666 9 11 66 11 000 0 0 555555555555 000 0 55 55555555 444444444444 0 0000000 11111 88 2 4444 1 4 333333333333 1111 0 88 0 0 99 4 00 0 0 0 00000 4 5555 3333333333333 9 11 22222 88888 888 33333 8888 4 0 0 0 222222222 66 3 6 000 8888 888 888 99 6 22222 44444 0 222 888 4444 1111111111111111 111 99 99 888 99 0 55555 0 44 666666666666666666666 0 22 7 7 0 3 7 7 2 777 888888 7 8888888888888888888 4 0 666666666 88 22 3 7 0 33 777 22 3333 7 7 7 5 777 555555555555555555555555555 22 7 777 11111111 0 4 0000 99 7 4 000 7 99 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 4 77777 4 11111 0 0 55555 77 7 1 0000 66 33333 7
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGGAA---TA-TTGG--T--------GAG-----C-C--A-G-GATAGG-A----CAAG----GGGCCATAACTCAG----TGAAA-AAA------T-G---AATGGAAT-CG-AAAT-CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATG--G-CAAANG--N-A-T--G-TAC-CAAAT--AT--C--AAATGA---ATA---TC-TGC-CAAGCA-GTTGAG-AAAA-AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C-T---GATAATTT-A-ATGAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GAA-A-A-A---TGAA-ATGGA--------T--C--G-AA-A-CCA--AACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCAA--TG-TA-CAAAAATA-TC-AAANGAAT---ATC------TGC-A-------A-CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AANAATCGAATGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGGAA---TA-TTGG--T--------GAG-----C-C--A-G-GATAGG-A----CAAG----GGGCCATAACTCAG----TGAAA-AAA------T-G---AATGGAAT-CG-AAAT-CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATG--G-CAAANG--C-A-T--G-TAC-CAAAT--AT--C--AAATGA---ATA---TC-TGC-CAAGCA-GTTGAG-AAAA-AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C-T---GATAATTT-A-ATGAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GAA-A-A-A---TGAA-ATGGA--------T--C--G-AA-A-CCA--AACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCAA--TG-TA-CAAAAATA-TC-AAATGAAT---ATC------TGC-A-------A-CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AANAATTGAATGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGA-ACGGA----ATGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCTTCTCTCAT-CAT--AT--AC--TCGATA-TTG---GCTTATAAATGAAAGGCAA---TAATTGG--T--------GAG-----CGC--AAG-GATAGGGA----CAAG----GG-CTTTATTTCAGCTCTTGAAACAAA------C-T---CATAGA-T-CG-TATT-TT-A------CGATCTCG-ATC-TGT-AAACAACT-TGGTATGAAG-GAAGTG--C--------TAC-CAAAT--AT--C--AAATGA---A-A---TC-T---CAAGCA-GTTGAG-AAAA-ACGTGCT---------GCA--GAAAA-C-TTTCGATAATTT-A-TCGAAATTT---TTT---AAG--TC--A-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-TAATA-A-A---TACC-ATGGA--------TTAC--A-AC-A-CCA--AACTCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGTG-A-ATTAT-GGCAAT--------AGCAA--TGCTGCCACAAATA-TC-ACTCGCATATGATC------TGC-ACTCAATCA-CGTC--A-GAAAACAA-AAATGTTGAGCCG--ATATCTGAT-ATTTTTA-TGAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCATTTTACT--C-GAGTGTAGGTG---ACGAAATG--TAC--ATCGG---AAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCAAGAG-A-----AA-A-AAATATTGTCTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGGA----AT-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGGAA---TA-TTGG--T--------GAG-----C-C--A-G-GATAGG-A----CAAG----GGG-TATAACTTAG----TGAAA-AA---------G---AATAG-AT-C--AAAT-CC-AA--ATTCG-ACTTG-ATC-TGT-A---A-CT-TGGTATG--G-CAAtgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTAATGCTAT-----ATTCAT--ATC-AC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGG-A---TA-TT-G--T--------GAG-----C-A--G-G-AATAGG--------AA----GGGCTAT-ATTTAG----TGAAA-AAA------T-G---A
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T-A----AAT-A-----AA-ATAG-----GTC-TGAAA-AACTAA---TGGG-ATAGA-------GGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cg---------GCC--GAACA-C-T---GATAATTT---GTAATATTT---TTCTCAAAG--T-CAA-A-G-GGACAATAACTTG-----GGA-A-A-A---TCAA-ACGGA--------C--T--ATAG-ACCCA--AATTCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGTA-A-TTA-T-G
gi|14 : -A-ATGTT-TGAA---AT--TTT---TAAA-GTC-TAA-GGGAGA---TAAT------------GTG---A-----CAAATGA--CTCAGTTTAAACTAG-A----C-AAGAAC----TTGA--CC-T-GT---A-AATT--
gi|15 : ctaaA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G-T-----AG-ACAAAGAA-A-AA-----GTC-TGGAACAACCCAT-G-GGG-ACAGA----ATGGGG
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G-T----AAGAA-----AA-A-AA-----GTC-TGGAA-AACCAA---CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|18 : taCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GT-GCGGAA-AACCA---TTGGA-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|2 : GGTA------CAAATG--A-A-TTTG-CACACAAATCAATGACTGAAAT-A---ATAGTTTCATAC-CAAGCA-GTGGAG-AAAAGAAA-A-TTCTTTCTCGGCA--AAATA-CAT---GATAATTTTATATGAAATTTCGTTTT---AAGG-TGCAA-----GGGC-ATAACT---A-T-GGA-A-ATA---TAAA-ATTGAATGCTGATT--CTGG-AAGA-CCATCAACTCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGTACA-CTT-A-GATA-TGCA---ACTGCAA--TG--A-CAAAA-TA-TCTAAAAGCAT---ATTATCTAGTGC-ATGAA---A-CAGTTAGTGAGAAAAACAAA-ATTG---TGGAAAAC-TGAT-A-ACATGGTGAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-A---TAACTCC-ATG---AGG-G---AATAATTGAATGG--ATCAG---AAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G-T----AAG-A-----AATA-AAT----GTC
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTAGGTCTAT-----AT-CAT--AT--ACAGT---TAAT-G---G--------TAAAAGGGAA----A-TTGGGAT--------GAGACG--C-C----G-GATAGG-A----CAAA----GGACCATAACTCAG----T-ACA-TAA------T-G---AATGGAAT-CG-AAAC-GC-AA--ACTTAAACTTG-ATC-TGT-A--CA-CT-TGGTATGT-G-CAAACG--C-A-T--G-TAC-CAAAT--AT--A--AAA-GA---CTA---TC-TGC-CATGCAGGTTGAG-AAAA-AAA-G-TA--------GCGC-GAAAA-C-T---GATAATTC-A-ATGAAATTT---TCT---ATG--TCCAACA-ATGGGCCATAACTCA-G-TAGAA-A-A-AAAGTGAAGATGGA--------T--T--A-AA-A-CCA--AACTCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGTA-ATCTT-TAGGTAATGTG---AAAGCAA--TG-TA-TAAAAATA-TC-AAATGAAT---ATCA-----TGC-A-------A-CAGTTGG-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAACCCTGATAA-ATATA-TGAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCA---TACT--CTA-----CGGTG---AAAAATTGAATGGTAATCAG---AAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G-T----AAG-A-----AA-A-AA-----GTCGTAGAA-AGCCAAT-GTGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--ATATAC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGGAA---TA-TTGG--TC-------GGGGAAGTC-C--A-G-GGTA
gi|4 : cgcaaca---TA-T-GAAAG--------TAAAAAGGAAGACTA-TTGG--TAGATTTGTGAA-----T-CTGA-GAGAGAGG-TTTTTCAAGTCAAGGGCCATAACTGAG----TAATA-AGATTGGGTT-A---ACTGGGATCCGTAAATACC-AACTACGTGAACTTG-ATC-TCTCA--CA-CTCTGGTATG--G-CAAAGGGAG-A-T--G-TAC-CAAAT--AT--G--ATATAAGATATA---TCGTGCACAATCA-GATGAGTAAAA-AAATG-T---------GCG--GGAAATC-T---CATAtaagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaatatgaaagtaaaaaggaagactattggtagatttgtgaatctgagagagaggtttttcaagtcaagggccataactgagtaataagattgggttaactgggatccgtaaataccaactacgtgaacttgatctctcacactctggtatggcaaagggagatgtaccaaatatgatataagatatatcgtgcacaatcagatgagtaaaaaaatgtgcgggaaatctcatacgggacggataggggac
gi|5 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaaATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTAGGGCTATC----ATTCATTTAT--AC--T---TA-T-G------------TAAATGGAAA---T----GG--T--------GAG-----C----A-G-GATAG--A----CAAG----GG--CGTA-CTTAG----TGAAA-AGA------TAG---AAT--AAT-C--AAAT-CC-AA--ATTC--ACTTG-ATCATGT-A---A-CT-TGGTATG--T-CAAAAG--A-ACT--C-TATTCAAAT--ATT-C--AAATGA---A-A---TC--GA-CAACCA-GT-GAG-AAAA-AAG-G-T----------CG--GAAAAAC-T---G-TAACTT-A--T--AATCT---TTT---AGT--TCCAA-ATA-G--CCATAACTCAAG-T-AAA-AGA-A---TGAT-ATGAA--------A--C--A-AA----CA--AATTCG--A---A--CTT-G-----T-T-ATG-----------------GCA---AAA-CAA--TT-TA-CAAAA-TA-TC-AAATGAAT---ATC------GGC-A-------A-CAGT------GTGAAA-AAG---TG---CGAAAGA-CTGATCA-ATGTATTGAA---AT--TT-----TAATGTC-CAAGGAGCCA---TAAT--C-A-----A-GTGCAAAACAATGCAATGG--A-CAG---ACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG-T----GAG-A-----cgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT---GCTAT-----GT-CAC--AT--AC--T---TA-TTG---G--------TAAAGGG--A---TA-TTG---T--------GA--------C----G-GATAG-------CAAG---------ATAACT---------AGA-AAA--------G---GATAGA-T-C---AAT-CC-AA--A-TCGT-CTCG--TC-TAA-A--T-------GTATG----CAAAA-----A-T----TAC-CAA-T---T--C--AAATGA----TA---T--TGC-CA--TA---TGG----AA-AAA-G-T---------GTG--GAAAA-C-T---GATA-TTT-A--TGATTTTT---TTT---AAAAATCCAA-----GGGCCCTAA-TCA-G----AATA-C-A---TGGA--TGAA--------T--C--G-AA-A-CCA--AACTTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGTA----T-----GT-ATG-G---CAAGCAA--TG-TA-C---AACT-TC-AAAATAAT---ATC------TGCAA-------A-C---------GTAAAA-AA---T-----CGGCAAA----AT-A-ATTT----AA---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCA---TAACG-C-A-----CG--G---AACAA------GG--AC--G---AAACCAA--------TCG-AC----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---C----AA----G-------C-A----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G-T---------------A-G-AA-----TCCGCTGAA-A--CAAC-G-----ACAGA----AGGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTAGG--CAT-----AT-CAT--A---AC--T---TA-A-G---G--------TAAA-TGGAA---TA-TTGG--T--------GAG-----C-C--A-G-GATAGG-A----CAA-----GGGCTAAAACT-AG----TGAAA-ACA------T-GAAAAATATATT-CA-AAAT-CCAAA--ATTCGATCGTGAATC-TGT-A--T--CT-TGCTATG--GCCAACAG--A-A-T--GCTAC-AAAAT--AT--C--TAATGA---ATA---TC-TG--CAAGCA-A-TGTG-AAAA-AAA-G-T---------GCGGAGAAAA-C-T---GACAATTT---ATGAAA-TT---TCT---AAG--T-CAC-A-A-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GCA-A-A-A---TG-A-ATGGA-----------C--G-AA-A-CCA--AAAATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-C---T-GAT-ATGCGCACAAAACAAGTTG-TA-CACCAACATTC-AAATGAAT---ATC------TGC-A-------AGCAGT--G-taatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C-T---GATAATTT-A--TGAAATTT---TCT---AAG--TCTAA-----GGGCCATAACTCA-G-T-GAA-A-T-A---TGGA--TCGA--------T--C--G-AA-A-CCA--AACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-CTT-a
gi|8 : gctA-CT-TGGTATG--G-CAAA-G--CAA-T--G-TAC-AAAAT--AT--C--AAATGA---ATA---TC-TG--CAAGCA-G-TGAG-AAAA-AAA-G-T---------TCG--GAAAA-C-T---Gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-G---G--------TAAAAGGGAA---TA-TTGG--T--------GAG-----C-C--A-G-GATAGG-A----CAA-----GGGCCATAACTCAG----TG-AA-AAA------T-G---AATGG-AT-CG-AAA--CC-AA--ACTCGAACTTG-ATC-TGT-A---A-CT-TGGTATG--G-CAAA-G--CAA-T--G-TGC-CAAAT--AT--C--AAATGA---ATA---TA-TG--CAAGCA-GT---A-AGAA-AAA-G-T---------CTG--GAAAA-C-ctttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 11111111 2222222222 111 1111 111 1111 11 22222222222 111 1111 1111 44444444 111111 1111 111111111111111111 11111 222222222222222222222 1111 11111 2222222222 111 333333333333333 222222222222 11111111 111 11111111 33333333333333333 11111 444444444444444444444 22222 111 222222 666666666666666666 222222222 11 1 1 111 1111 111 55555555555555555555555555555 111 22222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 11111 11111 11111 11 3333 11111
lowQualScore : 5 5 5 3 9 55555 8 66 00 66 777 4 8 66666666 1 0 4 66 4 2222222222 66 111 777 4 4 2222 2 111 5555 4 55 777 55555555555 666 66 0 4 777 9999 77 0000 5 22222222 111111 8888 777777777777777777 8 9999 66 11111 222222222222222222222 4 6666 44444 4 4 5555555555 88 3 000 777 4 999999999999999 777 777 222222222222 0 00000000 8 777 222 77777777 4 44444444444444444 999 66 66 66 777 66 4 11111 4 44 4 111111111111111111111 5 77 5 5 1 00000 5 5 1 5 000 777777 222222222222222222 6 111111111 22 44 1 5 1 3 111 99 3333 6 6 5 2 111 44444444444444444444444444444 99 1 111 33333333 3 1 0000 77 5 1 000 5 77 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 4 77777 4 11111 5 5 77777 77 5 0 3333 5 22222 0
lowQualScore : . . . . . ..... . .. .. .. ... . . ........ . . . .. . .......... .. ... ... . . .... . ... .... . .. ... ........... ... .. . . ... .... .. .... . ........ ...... .... .................. . .... .. ..... ..................... . .... ..... . . .......... .. . ... ... . ............... ... ... ............ . ........ . ... ... ........ . ................. ... .. .. .. ... .. . ..... . .. . ..................... . .. . . . ..... . . . . ... ...... .................. . ......... .. .. . . . . ... .. .... . . . . ... ............................. .. . ... ........ . . .... .. . . ... . .. . ................................................................... .... . .. . . . ... . .. . ..... . ..... . . ..... .. . . .... . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 2 4 66666 9 11 66 11 888 4 9 11111111 0 1 4 11 4 4444444444 11 777 888 7 4 9999 0 999 5555 0 00 000 00000000000 333 11 8 4 888 2222 11 9999 0 55555555 555555 5555 333333333333333333 9 4444 11 22222 777777777777777777777 4 3333 00000 0 0 1111111111 66 6 000 000 4 222222222222222 888 888 333333333333 1 33333333 9 111 222 44444444 4 00000000000000000 888 11 11 11 888 11 4 11111 4 66 4 666666666666666666666 7 99 7 7 4 66666 7 7 0 7 000 999999 333333333333333333 7 777777777 55 55 4 7 0 3 777 22 3333 7 7 7 5 777 22222222222222222222222222222 22 7 777 11111111 0 4 0000 99 7 4 000 7 99 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 4 77777 4 11111 0 0 55555 77 7 1 6666 7 33333 7
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTATG-G--CAA-------AGGAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC-T----GCCAAGC-A-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGCA-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A--AG-GTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-CATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTATG-G--CAA-------ANGNA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC-T----GCCAAGC-A-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGCA-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A--AG-GTG---AANAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCTTCTCTCAT-CAT--AT--AC--TCGATA-TTGGCTTATAAATGAAAGGCAATAATTGG--T-GAG-----CGCAAGG--ATAGGG-ACA---AGG-G-C-TTTATTT--CAGCTCTTGAAACAAAC--T---CATA-GA-------TCG--TA--TTTT-A----------CGATCTCG-A--TC-TGTAAA-CAA--CTT------GGTATG------A-------AGGAAGT--GCTAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAA-------A---TC-T------CAAGC-A-GTTGAGAAAA-----ACGTGCT---------GCA--GAAAA-C---TTTCGATA-ATTT---A-TC--------GAAATTT---TTT---AAG--TC--A-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-TA-ATA-A-A---TA----CC-AT-GGA--------TTAC---A-AC-A-CCA--A--ACTCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGT-G-A-ATTAT-GGCAAT--------AGCA-A--TGCTGCCACAA----ATA-TC-ACTCGC-ATATGATC------TGCACTCAATCA--CGTC--A-GAAAACAA-AAATGTTGAGCCG--ATATCTGAT-ATTTTTA-TGAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCATTTTACT--C-G--AGTGTA---GGTGA-CGAAATGTAC--ATCGG---AAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCAAGAG-A-----AA-A-AAATATTGTCTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGGA----AT-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GG--TATAACT--TAG----TGAAA-AA----G---AATA-G-A------TC---AA--ATCC-A---AAT---TCG-ACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTATG-G--CAA-------tgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTAATGCTAT-----ATTCAT--ATC-AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGG-ATA-TT-G--T-GAG-----C-AG-GA--ATAGG--------AAG-GGC-TAT-ATT--TAG----TGAAA-AAAT--G---A
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T-A----AAT-A-----AA-ATAG-----GTC-TGAAA-AACTAA---TGGG-ATAGA-------GGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cg---------GCC--GAACA-C---T---GATA-ATTT-----GT--------AATATTT---TTCTCAAAG--T-CAA-A-G-GGACAATAACTTG-----GG-A-A-A-A---TC----AA-AC-GGA--------C--T---ATAG-ACCCA--A--ATTCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGT-A-A-TTA-T-G
gi|14 : -A-ATGTT-TGAA---AT--TTT---TAAA-GTC-TAA-GGGAGA---TAAT----------GTG---A-----CAAA---TGA--CTCAGTTTAAACTAG-A----C-AAGAAC----TTGA--CC-T-GT---A-AATT--
gi|15 : ctaaA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G-T-----AG-ACAAAGAA-A-AA-----GTC-TGGAACAACCCAT-G-GGG-ACAGA----ATGGGG
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G-T----AAGAA-----AA-A-AA-----GTC-TGGAA-AACCAA---CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|18 : taCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GT-GCGGAA-AACCA---TTGGA-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|2 : T--CAG----TGAAA-AATTGAG---AGTG-GAACGTAACCCGAAAA--AGCC-A---AACTCGTCGAACTT
gi|2 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccg------GGTA------CAA-------ATGAA-TTTG-CACACAA----ATCAATGACTGAAAT-AAT------AGTTTCAT----ACCAAGC-A-GTGGAGAAAAG----AAA-A-TTCTTTCTCGGCA--AAATA-CA--T---GATA-ATTTT--ATAT--------GAAATTTCGTTTT---AAGG-TGCAA-----GGGC-ATAACT---A-T-GG-A-A-ATA---TA----AA-AT-TGAATGCTGATT--CTG-G-AAGA-CCATCA--ACTCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGT-ACA-CTT-A-GATA-TGCA---ACTGCA-A--TG--A-CAAAA-----TA-TCTAAAAGC-AT---ATTATCTAGTGCATGAA---A--CAGTTAGTGAGAAAAACAAA-ATTG---TGGAAAAC-TGAT-A-ACATGGTGAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-A---TAACTCC-ATGAG-G-G---AATAATTGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G-T----AAG-A-----AATA-AAT----GTCaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgactgaaataatagtttcataccaagcagtggagaaaagaaaattctttctcggcaaaatacatgataattttatatgaaatttcgttttaaggtgcaagggcataactatggaaatataaaattgaatgctgattctggaagaccatcaactcgcaaacttgctagtatctgtacacttagatatgcaactgcaatgacaaaatatctaaaagcatattatctagtgcatgaaacagttagtgagaaaaacaaaattgtggaaaactgataacatggtgaatcaatgatctgagctaagtccaaagggcataactccatgagggaataattgaatggatcagaaaccaaacttcgcacatctttgatcatggtaacttgcgtatgtgcgagcgaagcaaatgtgccaaacctaattgtacaacaattcgatgaagatattaaatgctagcagtaagaaataaatgtca
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTAGGTCTAT-----AT-CAT--AT--ACAGT---TAAT-GG--------TAAAAGGGAA-A-TTGGGAT-GAGACG--C-C--GG--ATAGG--ACA---AAG-GAC-CATAACT--CAG----T-ACA-TAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ACGC-A---AAC---TTAAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTATGTG--CAA-------ACGCA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--A--AAA-GACT------A---TC-T----GCCATGC-AGGTTGAGAAAA-----AAA-G-TA--------GCGC-GAAAA-C---T---GATA-ATTC---A-AT--------GAAATTT---TCT---ATG--TCCAACA-ATGGGCCATAACTCA-G-TAGA-A-A-A-AAAGTG----AAGAT-GGA--------T--T---A-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGT-A-ATCTT-TAGGTAATGTG---AAAGCA-A--TG-TA-TAAAA----ATA-TC-AAATGA-AT---ATCA-----TGCA-------A--CAGTTGG-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAACCCTGATAA-ATATA-TGAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCA---TACT--CTA--CG-GTG---AAAAATTGAA---TGGTAATCAG---AAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G-T----AAG-A-----AA-A-AA-----GTCGTAGAA-AGCCAAT-GTGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--ATATAC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TCGGGGAAGTC-CA-GGGTATAAGCTACATATAGGTGGCTTATACGTGGTAGATT-TGAAA-ATATGAG---AGTGAGTA------TCA--CAGTATCC-AGCGAGCCTATCGATCTTG-GATTC-TTCAGATCATATCTTGTGTAGGATATG-GGCTAAGTAAGGTAAGGA-T--A-TAC-CCATTCCCT--AT--T--CAATGTATGTAGTGA---TC-TATCTGCAGAGCCA-GT-GAGAAAAATATGAAA-G-TAAA------AAG--GAAGA-CTATT---GGTAGATTTGTGA-ATCTGAGAGAGAGGTTT---TTC---AAG--TC----A-A-GGGCCATAACTGA-G-T-AATA-A-G-AT--TGGGTTAA-CTGGGA--------T--CCGTA-AATA-CCA--ACTACGTG--A---A--CTT-G-----A-T-CTCTCACA-CTC-T-GGTATGGCA---AAGGGAGA--TG-TA-CCAAATATGATA-T----AAGATAT---ATCG-----TGCAC------AATCAGA--T-GAGTAAAA-AAA-TGTG---CGGGAAATCTCAT-A-
gi|5 : cgcaacaATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTAGGGCTATC----ATTCATTTAT--AC--T---TA-T-G---------TAAATGGAAAT----GG--T-GAG-----C--A-GG--ATAG---ACA---AGG-G---CGTA-CT--TAG----TGAAA-AGATA-G---AAT---AA------TC---AA--ATCC-A---AAT---TC--ACTTG-A--TCATGTA----A---CTT------GGTATG-T--CAA-------AAGAACT--C-TATTCAA----AT--ATT-C--AAATGAA-------A---TC------GACAACC-A-GT-GAGAAAA-----AAG-G-T----------CG--GAAAAAC---T---G-TA-ACTT---A--T----------AATCT---TTT---AGT--TCCAA-ATA-G--CCATAACTCAAG-T-AA-A-AGA-A---TG----AT-AT-GAA--------A--C---A-AA----CA--A--ATTCG--A---A--CTT-G-----T-T-ATG------------------GCA---AAA-CA-A--TT-TA-CAAAA-----TA-TC-AAATGA-AT---ATC------GGCA-------A--CAGT------GTGAAA-AAG---TG---CGAAAGA-CTGATCA-ATGTATTGAA---AT--TT-----TAATGTC-CAAGGAGCCA---TAAT--C-A--A--GTGCAAAACAATGCAA---TGG--A-CAG---ACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG-T----GAG-A-----cgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT---GCTAT-----GT-CAC--AT--AC--T---TA-TTGG--------TAAAGGG--ATA-TTG---T-GA--------C--GG--ATAG----CA---AG-------ATAACT-----------AGA-AAA---G---GATA-GA-------TC----A--ATCC-A---AA----TCGT-CTCG----TC-TAAA---T--------------GTATG----CAA-------AA--A-T----TAC-CAA-----T---T--C--AAATGA-T------A---T--T----GCCA--T-A---TGG---AA-----AAA-G-T---------GTG--GAAAA-C---T---GATA--TTT---A--T--------GATTTTT---TTT---AAAAATCCAA-----GGGCCCTAA-TCA-G----A-ATA-C-A---TG----GA--T-GAA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGT-A-------T-G-TA-TG-G---CAAGCA-A--TG-TA-CAA-------CT-TC-AAAATA-AT---ATC------TGCA-------AA-C---------GTAAAA-AA----T----CGGCAAA----AT-A-ATTTA----A---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCA---TAACG-C-A--CG-G-----AACAA---------GG--AC--G---AAACCAA--------TCGA-C----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---CA----A----G-------CA-----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G-T---------------A-G-AA-----TCCGCTGAA-A--CAAC-----G-ACAGA----AGGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTAGG--CAT-----AT-CAT--A---AC--T---TA-A-GG--------TAAA-TGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-TAAAACT---AG----TGAAA-ACAT--GAAAAATA-TAT------TCA--AA--ATCCAA---AAT---TCGATCGTGAA--TC-TGTA---T----CTT------GCTATG-GC-CAA-------CAGAA-T--GCTAC-AAA----AT--AT--C--TAATGAAT------A---TC-T----G-CAAGC-A-A-TGTGAAAA-----AAA-G-T---------GCGGAGAAAA-C---T---GACA-ATTT-----AT--------GAAA-TT---TCT---AAG--T-CAC-A-A-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GC-A-A-A-A---TG-----A-AT-GGA-----------C---G-AA-A-CCA--A--AAATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-C---T-GAT-ATGCGCACAAAACA-AGTTG-TA-CACCA----ACATTC-AAATGA-AT---ATC------TGCA-------AG-CAGT--G-taatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A--T--------GAAATTT---TCT---AAG--TCTAA-----GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-T-A---TG----GA--T-CGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-a
gi|8 : gctA---CTT------GGTATG-G--CAA-------AGCAA-T--G-TAC-AAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC-T----G-CAAGC-A-G-TGAGAAAA-----AAA-G-T---------TCG--GAAAA-C---T---Gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-CATAACT--CAG----TG-AA-AAAT--G---AATG-G-A------TCG--AA--A-CC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTATG-G--CAA-------AGCAA-T--G-TGC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TA-T----G-CAAGC-A-GT---AAGAA-----AAA-G-T---------CTG--GAAAA-C---ctttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 11111111 2222222222 111 111 1111 11 22222222222 111 1111 1111 44444444 111111 111 222222222 1111 11111 22222222222222222222 1111 11111 2222222222 111 333333333333333 222222222222 11111111 111 11111111 33333333333333333 11111 444444444444444444444 11111 111 222222 555555555555555555 222222222 11 1 11 111 1111 111 6666666666666666666666666666666 111 22222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 11111 11111 11111 11 3333 11111
lowQualScore : 5 5 5 3 9 55555 8 66 00 66 777 4 8 66666666 1 0 4 66 4 2222222222 66 111 777 4 4 888 111 5555 4 55 777 55555555555 666 66 0 4 777 9999 77 0000 5 22222222 111111 4 333 000000000 8 5555 8 9999 66 11111 22222222222222222222 4 6666 44444 4 4 5555555555 88 3 000 777 4 999999999999999 777 777 222222222222 0 00000000 8 777 222 77777777 4 44444444444444444 999 66 66 66 777 66 4 11111 4 44 4 000000000000000000000 5 77 5 5 22 77777 5 5 1 5 000 777777 5 666666666666666666 6 111111111 22 44 1 5 1 99 111 99 3333 6 6 5 2 111 7777777777777777777777777777777 99 1 111 33333333 3 1 0000 77 5 1 000 5 77 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 4 77777 4 11111 5 5 77777 77 5 0 3333 5 22222 0
lowQualScore : . . . . . ..... . .. .. .. ... . . ........ . . . .. . .......... .. ... ... . . ... ... .... . .. ... ........... ... .. . . ... .... .. .... . ........ ...... . ... ......... . .... . .... .. ..... .................... . .... ..... . . .......... .. . ... ... . ............... ... ... ............ . ........ . ... ... ........ . ................. ... .. .. .. ... .. . ..... . .. . ..................... . .. . . .. ..... . . . . ... ...... . .................. . ......... .. .. . . . .. ... .. .... . . . . ... ............................... .. . ... ........ . . .... .. . . ... . .. . ................................................................... .... . .. . . . ... . .. . ..... . ..... . . ..... .. . . .... . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 2 4 66666 9 11 66 11 888 4 9 11111111 0 1 4 11 4 4444444444 11 777 888 7 4 444 999 5555 0 00 000 00000000000 333 11 8 4 888 2222 11 9999 0 55555555 555555 0 000 888888888 9 1111 9 4444 11 22222 77777777777777777777 4 3333 00000 0 0 1111111111 66 6 000 000 4 222222222222222 888 888 333333333333 1 33333333 9 111 222 44444444 4 00000000000000000 888 11 11 11 888 11 4 11111 4 66 4 777777777777777777777 7 99 7 7 77 11111 7 7 0 7 000 999999 7 666666666666666666 7 777777777 55 55 4 7 0 33 777 22 3333 7 7 7 5 777 8888888888888888888888888888888 22 7 777 11111111 0 4 0000 99 7 4 000 7 99 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 4 77777 4 11111 0 0 55555 77 7 1 6666 7 33333 7
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------GAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TGCCAAG-CA-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-A-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------GAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TGCCAAG-CA-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-A-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCTTCTCTCAT-CAT--AT--AC--TCGATA-TTGGCTTATAAATGAAAGGCAATAATTGG--T-GAG-----CGCAAGG--ATAGGG-ACA---AGG-G-C-TTTATTT--CAGCTCTTGAAACAAAC--T---CATA-GA-------TCG--TA--TTTT-A----------CGATCTCG-A--TC-TGTAAA-CAA--CTT------GGTAT-G-----AAG--------GAAGT--GCTAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAA-------A---TC----T--CAAG-CA-GTTGAGAAAA-----ACGTGCT---------GCA--GAAAA-C---TTTCGATA-ATTT---A-TC--------GAAATTT---TTT---AAG--TC--A-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-TA-ATA-A-A---TA----CC-AT-GGA--------TTAC---A-AC-A-CCA--A--ACTCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGT-G-A-ATTAT-GGCAAT--------AGCA-A--TGCTGCCACAA----ATA-TC-ACTCGC-ATATGATC------TGC-ACTCAATCA--CGTC--A-GAAAACAA-AAATGTTGAGCCG--ATATCTGAT-ATTTTTA-TGAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCATTTTACT--C-GAGTGTAGGTG---A-----CGAAATGTAC--ATCGG---AAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCAAGAG-A-----AA-A-AAATATTGTCTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGGA----AT-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GG--TATAACT--TAG----TGAAA-AA----G---AATA-G-A------TC---AA--ATCC-A---AAT---TCG-ACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTAT-G-G-CAAtgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTAATGCTAT-----ATTCAT--ATC-AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGG-ATA-TT-G--T-GAG-----C-AG-GA--ATAGG--------AAG-GGC-TAT-ATT--TAG----TGAAA-AAAT--G---A
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T-A----AAT-A-----AA-ATAG-----GTC-TGAAA-AACTAA---TGGG-ATAGA-------GGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cg---------GCC--GAACA-C---T---GATA-ATTT-----GT--------AATATTT---TTCTCAAAG--T-CAA-A-G-GGACAATAACTTG-----GG-A-A-A-A---TC----AA-AC-GGA--------C--T---ATAG-ACCCA--A--ATTCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGT-A-A-TTA-T-G
gi|14 : -A-ATGTT-TGAA---AT--TTT---TAAA-GTC-TAA-GGGAGA---TAAT------------GTG---A-----CAAA---TGA--CTCAGTTTAAACTAG-A----C-AAGAAC----TTGA--CC-T-GT---A-AATT--
gi|15 : ctaaA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G-T-----AG-ACAAAGAA-A-AA-----GTC-TGGAACAACCCAT-G-GGG-ACAGA----ATGGGG
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G-T----AAGAA-----AA-A-AA-----GTC-TGGAA-AACCAA---CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|18 : taCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GT-GCGGAA-AACCA---TTGGA-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|2 : T--CAG----TGAAA-AATTGAG---AGTG-GAACGTAACCCGAAAA--AGCC-A---AACTCGTCGAACTT
gi|2 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccg------GGTA------CAAAT--------GAA-TTTG-CACACAA----ATCAATGACTGAAAT-AAT------AGTTTCA---TACCAAG-CA-GTGGAGAAAAG----AAA-A-TTCTTTCTCGGCA--AAATA-CA--T---GATA-ATTTT--ATAT--------GAAATTTCGTTTT---AAGG-TGCAA-----GGGC-ATAACT---A-T-GG-A-A-ATA---TA----AA-AT-TGAATGCTGATT--CTG-G-AAGA-CCATCA--ACTCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGT-ACA-CTT-A-GATA-TGCA---ACTGCA-A--TG--A-CAAAA-----TA-TCTAAAAGC-AT---ATTATCTAGTGC-ATGAA---A--CAGTTAGTGAGAAAAACAAA-ATTG---TGGAAAAC-TGAT-A-ACATGGTGAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-A---TAACTCC-ATG---AGG-G---AATAATTGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G-T----AAG-A-----AATA-AAT----GTCaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgactgaaataatagtttcataccaagcagtggagaaaagaaaattctttctcggcaaaatacatgataattttatatgaaatttcgttttaaggtgcaagggcataactatggaaatataaaattgaatgctgattctggaagaccatcaactcgcaaacttgctagtatctgtacacttagatatgcaactgcaatgacaaaatatctaaaagcatattatctagtgcatgaaacagttagtgagaaaaacaaaattgtggaaaactgataacatggtgaatcaatgatctgagctaagtccaaagggcataactccatgagggaataattgaatggatcagaaaccaaacttcgcacatctttgatcatggtaacttgcgtatgtgcgagcgaagcaaatgtgccaaacctaattgtacaacaattcgatgaagatattaaatgctagcagtaagaaataaatgtca
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTAGGTCTAT-----AT-CAT--AT--ACAGT---TAAT-GG--------TAAAAGGGAA-A-TTGGGAT-GAGACG--C-C--GG--ATAGG--ACA---AAG-GAC-CATAACT--CAG----T-ACA-TAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ACGC-A---AAC---TTAAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-GTG-CAAAC--------GCA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--A--AAA-GACT------A---TC----TGCCATG-CAGGTTGAGAAAA-----AAA-G-TA--------GCGC-GAAAA-C---T---GATA-ATTC---A-AT--------GAAATTT---TCT---ATG--TCCAACA-ATGGGCCATAACTCA-G-TAGA-A-A-A-AAAGTG----AAGAT-GGA--------T--T---A-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGT-A-ATCTT-TAGGTAATGTG---AAAGCA-A--TG-TA-TAAAA----ATA-TC-AAATGA-AT---ATCA-----TGC-A-------A--CAGTTGG-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAACCCTGATAA-ATATA-TGAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCA---TACT--CTA-----CGGTG---AAAAATTGAA---TGGTAATCAG---AAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G-T----AAG-A-----AA-A-AA-----GTCGTAGAA-AGCCAAT-GTGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--ATATAC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TCGGGGAAGTC-CA-GGGTATAAGCTACATATAGGTGGCTTATACGTGGTAGATT-TGAAA-ATATGAG---AGTGAGTA------TCA--CAGTATCC-AGCGAGCCTATCGATCTTG-GATTC-TTCAGATCATATCTTGTGTAGGATATGG-G-CTAAGTAAGGTAAGGA-T--A-TAC-CCATTCCCT--AT--T--CAATGTATGTAGTGA---TCTATCTGCAGAGCCA-G-TGAGAAAAATATGAAA-G-TAAA------AAG--GAAGA-CTATT---GGTAGATTTGTGA-ATCTGAGAGAGAGGTTT---TTC---AAG--TC----A-A-GGGCCATAACTGA-G-T-AATA-A-G-AT--TGGGTTAA-CTGGGA--------T--CCGTA-AATA-CCA--ACTACGTG--A---A--CTT-G-----A-T-CTCTCACA-CTC-T-GGTATGGCA---AAGGGAGA--TG-TA-CCAAATATGATA-T----AAGATAT---ATCG-----TGC-AC------AATCAGA--T-GAGTAAAA-AAA-TGTG---CGGGAAATCTCAT-A-
gi|5 : cgcaacaATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTAGGGCTATC----ATTCATTTAT--AC--T---TA-T-G---------TAAATGGAAAT----GG--T-GAG-----C--A-GG--ATAG---ACA---AGG-GCG-TA---CT--TAG----TGAAA-AGATA-G---AAT---AA------TC---AA--ATCC-A---AAT---TC--ACTTG-A--TCATGTA----A---CTT------GGTAT-G-T-CAAAA--------GAACT--C-TATTCAA----AT--ATT-C--AAATGAA-------A---TC-----GACAAC-CA-GT-GAGAAAA-----AAG-G-T----------CG--GAAAAAC---T---G-TA-ACTT---A--T----------AATCT---TTT---AGT--TCCAA-ATA-G--CCATAACTCAAG-T-AA-A-AGA-A---TG----AT-AT-GAA--------A--C---A-AA----CA--A--ATTCG--A---A--CTT-G-----T-T-ATG------------------GCA---AAA-CA-A--TT-TA-CAAAA-----TA-TC-AAATGA-AT---ATC------GGC-A-------A--CAGT------GTGAAA-AAG---TG---CGAAAGA-CTGATCA-ATGTATTGAA---AT--TT-----TAATGTC-CAAGGAGCCA---TAAT--C-A-----A-GTGCAAAACAATGCAA---TGG--A-CAG---ACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG-T----GAG-A-----cgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT---GCTAT-----GT-CAC--AT--AC--T---TA-TTGG--------TAAAGGG--ATA-TTG---T-GA--------C--GG--ATAG----CA---AG-------ATAACT-----------AGA-AAA---G---GATA-GA-------TC----A--ATCC-A---AA----TCGT-CTCG----TC-TAAA---T--------------GTAT-G---CAAA----------AA-T----TAC-CAA-----T---T--C--AAATGA-T------A---T-----TGCCA---TA---TGG---AA-----AAA-G-T---------GTG--GAAAA-C---T---GATA--TTT---A--T--------GATTTTT---TTT---AAAAATCCAA-----GGGCCCTAA-TCA-G----A-ATA-C-A---TG----GA--T-GAA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGT-A----T-----GT-ATG-G---CAAGCA-A--TG-TA-C---A----ACT-TC-AAAATA-AT---ATC------TGCAA-------A--C---------GTAAAA-AA---T-----CGGCAAA----AT-A-ATTT----AA---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCA---TAACG-C-A-----CG--G---AACAA---------GG--AC--G---AAACCAA--------TCG-AC----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---C----AA----G-------C-A----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G-T---------------A-G-AA-----TCCGCTGAA-A--CAAC-----G-ACAGA----AGGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTAGG--CAT-----AT-CAT--A---AC--T---TA-A-GG--------TAAA-TGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-TAAAACT---AG----TGAAA-ACAT--GAAAAATA-TAT------TCA--AA--ATCCAA---AAT---TCGATCGTGAA--TC-TGTA---T----CTT------GCTAT-G-GCCAACA--------GAA-T--GCTAC-AAA----AT--AT--C--TAATGAAT------A---TC----TG-CAAG-CA-A-TGTGAAAA-----AAA-G-T---------GCGGAGAAAA-C---T---GACA-ATTT-----AT--------GAAA-TT---TCT---AAG--T-CAC-A-A-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GC-A-A-A-A---TG-----A-AT-GGA-----------C---G-AA-A-CCA--A--AAATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-C---T-GAT-ATGCGCACAAAACA-AGTTG-TA-CACCA----ACATTC-AAATGA-AT---ATC------TGC-A-------AG-CAGT--G-taatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A--T--------GAAATTT---TCT---AAG--TCTAA-----GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-T-A---TG----GA--T-CGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-a
gi|8 : gctA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------CAA-T--G-TAC-AAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TG-CAAG-CA-G-TGAGAAAA-----AAA-G-T---------TCG--GAAAA-C---T---Gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-CATAACT--CAG----TG-AA-AAAT--G---AATG-G-A------TCG--AA--A-CC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------CAA-T--G-TGC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TA----TG-CAAG-CA-GT---AAGAA-----AAA-G-T---------CTG--GAAAA-C---ctttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 11111111 2222222222 111 111 1111 11 22222222222 111 1111 1111 44444444 111111 111 222222222 1111 11111 22222222222222222222 1111 11111 2222222222 111 333333333333333 222222222222 11111111 111 11111111 33333333333333333 11111 444444444444444444444 11111 111 222222 555555555555555555 222222222 11 1 11 111 1111 111 6666666666666666666666666666666 111 22222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 11111 11111 11111 11 3333 11111
lowQualScore : 5 5 5 3 9 55555 8 66 00 66 777 4 8 66666666 1 0 4 66 4 2222222222 66 111 777 4 4 888 111 5555 4 55 777 55555555555 666 66 0 4 777 9999 77 0000 5 22222222 111111 4 333 000000000 8 5555 8 9999 66 11111 22222222222222222222 4 6666 44444 4 4 5555555555 88 3 000 777 4 999999999999999 777 777 222222222222 0 00000000 8 777 222 77777777 4 44444444444444444 999 66 66 66 777 66 4 11111 4 44 4 000000000000000000000 5 77 5 5 22 77777 5 5 1 5 000 777777 5 666666666666666666 6 111111111 22 44 1 5 1 99 111 99 3333 6 6 5 2 111 7777777777777777777777777777777 99 1 111 33333333 3 1 0000 77 5 1 000 5 77 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 4 77777 4 11111 5 5 77777 77 5 0 3333 5 22222 0
lowQualScore : . . . . . ..... . .. .. .. ... . . ........ . . . .. . .......... .. ... ... . . ... ... .... . .. ... ........... ... .. . . ... .... .. .... . ........ ...... . ... ......... . .... . .... .. ..... .................... . .... ..... . . .......... .. . ... ... . ............... ... ... ............ . ........ . ... ... ........ . ................. ... .. .. .. ... .. . ..... . .. . ..................... . .. . . .. ..... . . . . ... ...... . .................. . ......... .. .. . . . .. ... .. .... . . . . ... ............................... .. . ... ........ . . .... .. . . ... . .. . ................................................................... .... . .. . . . ... . .. . ..... . ..... . . ..... .. . . .... . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 2 4 66666 9 11 66 11 888 4 9 11111111 0 1 4 11 4 4444444444 11 777 888 7 4 444 999 5555 0 00 000 00000000000 333 11 8 4 888 2222 11 9999 0 55555555 555555 0 000 888888888 9 1111 9 4444 11 22222 77777777777777777777 4 3333 00000 0 0 1111111111 66 6 000 000 4 222222222222222 888 888 333333333333 1 33333333 9 111 222 44444444 4 00000000000000000 888 11 11 11 888 11 4 11111 4 66 4 777777777777777777777 7 99 7 7 77 11111 7 7 0 7 000 999999 7 666666666666666666 7 777777777 55 55 4 7 0 33 777 22 3333 7 7 7 5 777 8888888888888888888888888888888 22 7 777 11111111 0 4 0000 99 7 4 000 7 99 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 4 77777 4 11111 0 0 55555 77 7 1 6666 7 33333 7
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------GAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TGCCAAG-CA-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-A-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------GAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TGCCAAG-CA-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-A-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCTTCTCTCAT-CAT--AT--AC--TCGATA-TTGGCTTATAAATGAAAGGCAATAATTGG--T-GAG-----CGCAAGG--ATAGGG-ACA---AGG-G-C-TTTATTT--CAGCTCTTGAAACAAAC--T---CATA-GA-------TCG--TA--TTTT-A----------CGATCTCG-A--TC-TGTAAA-CAA--CTT------GGTAT-G-----AAG--------GAAGT--GCTAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAA-------A---TC----T--CAAG-CA-GTTGAGAAAA-----ACGTGCT---------GCA--GAAAA-C---TTTCGATA-ATTT---A-TC--------GAAATTT---TTT---AAG--TC--A-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-TA-ATA-A-A---TA----CC-AT-GGA--------TTAC---A-AC-A-CCA--A--ACTCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGT-G-A-ATTAT-GGCAAT--------AGCA-A--TGCTGCCACAA----ATA-TC-ACTCGC-ATATGATC------TGC-ACTCAATCA--CGTC--A-GAAAACAA-AAATGTTGAGCCG--ATATCTGAT-ATTTTTA-TGAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCATTTTACT--C-GAGTGTAGGTG---A-----CGAAATGTAC--ATCGG---AAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCAAGAG-A-----AA-A-AAATATTGTCTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGGA----AT-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GG--TATAACT--TAG----TGAAA-AA----G---AATA-G-A------TC---AA--ATCC-A---AAT---TCG-ACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTAT-G-G-CAAtgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTAATGCTAT-----ATTCAT--ATC-AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGG-ATA-TT-G--T-GAG-----C-AG-GA--ATAGG--------AAG-GGC-TAT-ATT--TAG----TGAAA-AAAT--G---A
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T-A----AAT-A-----AA-ATAG-----GTC-TGAAA-AACTAA---TGGG-ATAGA-------GGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cg---------GCC--GAACA-C---T---GATA-ATTT-----GT--------AATATTT---TTCTCAAAG--T-CAA-A-G-GGACAATAACTTG-----GG-A-A-A-A---TC----AA-AC-GGA--------C--T---ATAG-ACCCA--A--ATTCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGT-A-A-TTA-T-G
gi|14 : -A-ATGTT-TGAA---AT--TTT---TAAA-GTC-TAA-GGGAGA---TAAT------------GTG---A-----CAAA---TGA--CTCAGTTTAAACTAG-A----C-AAGAAC----TTGA--CC-T-GT---A-AATT--
gi|15 : ctaaA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G-T-----AG-ACAAAGAA-A-AA-----GTC-TGGAACAACCCAT-G-GGG-ACAGA----ATGGGG
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G-T----AAGAA-----AA-A-AA-----GTC-TGGAA-AACCAA---CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|18 : taCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GT-GCGGAA-AACCA---TTGGA-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|2 : T--CAG----TGAAA-AATTGAG---AGTG-GAACGTAACCCGAAAA--AGCC-A---AACTCGTCGAACTT
gi|2 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccg------GGTA------CAAAT--------GAA-TTTG-CACACAA----ATCAATGACTGAAAT-AAT------AGTTTCA---TACCAAG-CA-GTGGAGAAAAG----AAA-A-TTCTTTCTCGGCA--AAATA-CA--T---GATA-ATTTT--ATAT--------GAAATTTCGTTTT---AAGG-TGCAA-----GGGC-ATAACT---A-T-GG-A-A-ATA---TA----AA-AT-TGAATGCTGATT--CTG-G-AAGA-CCATCA--ACTCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGT-ACA-CTT-A-GATA-TGCA---ACTGCA-A--TG--A-CAAAA-----TA-TCTAAAAGC-AT---ATTATCTAGTGC-ATGAA---A--CAGTTAGTGAGAAAAACAAA-ATTG---TGGAAAAC-TGAT-A-ACATGGTGAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-A---TAACTCC-ATG---AGG-G---AATAATTGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G-T----AAG-A-----AATA-AAT----GTCaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgactgaaataatagtttcataccaagcagtggagaaaagaaaattctttctcggcaaaatacatgataattttatatgaaatttcgttttaaggtgcaagggcataactatggaaatataaaattgaatgctgattctggaagaccatcaactcgcaaacttgctagtatctgtacacttagatatgcaactgcaatgacaaaatatctaaaagcatattatctagtgcatgaaacagttagtgagaaaaacaaaattgtggaaaactgataacatggtgaatcaatgatctgagctaagtccaaagggcataactccatgagggaataattgaatggatcagaaaccaaacttcgcacatctttgatcatggtaacttgcgtatgtgcgagcgaagcaaatgtgccaaacctaattgtacaacaattcgatgaagatattaaatgctagcagtaagaaataaatgtca
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTAGGTCTAT-----AT-CAT--AT--ACAGT---TAAT-GG--------TAAAAGGGAA-A-TTGGGAT-GAGACG--C-C--GG--ATAGG--ACA---AAG-GAC-CATAACT--CAG----T-ACA-TAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ACGC-A---AAC---TTAAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-GTG-CAAAC--------GCA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--A--AAA-GACT------A---TC----TGCCATG-CAGGTTGAGAAAA-----AAA-G-TA--------GCGC-GAAAA-C---T---GATA-ATTC---A-AT--------GAAATTT---TCT---ATG--TCCAACA-ATGGGCCATAACTCA-G-TAGA-A-A-A-AAAGTG----AAGAT-GGA--------T--T---A-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGT-A-ATCTT-TAGGTAATGTG---AAAGCA-A--TG-TA-TAAAA----ATA-TC-AAATGA-AT---ATCA-----TGC-A-------A--CAGTTGG-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAACCCTGATAA-ATATA-TGAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCA---TACT--CTA-----CGGTG---AAAAATTGAA---TGGTAATCAG---AAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G-T----AAG-A-----AA-A-AA-----GTCGTAGAA-AGCCAAT-GTGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--ATATAC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TCGGGGAAGTC-CA-GGGTATAAGCTACATATAGGTGGCTTATACGTGGTAGATT-TGAAA-ATATGAG---AGTGAGTA------TCA--CAGTATCC-AGCGAGCCTATCGATCTTG-GATTC-TTCAGATCATATCTTGTGTAGGATATGG-G-CTAAGTAAGGTAAGGA-T--A-TAC-CCATTCCCT--AT--T--CAATGTATGTAGTGA---TCTATCTGCAGAGCCA-G-TGAGAAAAATATGAAA-G-TAAA------AAG--GAAGA-CTATT---GGTAGATTTGTGA-ATCTGAGAGAGAGGTTT---TTC---AAG--TC----A-A-GGGCCATAACTGA-G-T-AATA-A-G-AT--TGGGTTAA-CTGGGA--------T--CCGTA-AATA-CCA--ACTACGTG--A---A--CTT-G-----A-T-CTCTCACA-CTC-T-GGTATGGCA---AAGGGAGA--TG-TA-CCAAATATGATA-T----AAGATAT---ATCG-----TGC-AC------AATCAGA--T-GAGTAAAA-AAA-TGTG---CGGGAAATCTCAT-A-
gi|5 : cgcaacaATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTAGGGCTATC----ATTCATTTAT--AC--T---TA-T-G---------TAAATGGAAAT----GG--T-GAG-----C--A-GG--ATAG---ACA---AGG-GCG-TA---CT--TAG----TGAAA-AGATA-G---AAT---AA------TC---AA--ATCC-A---AAT---TC--ACTTG-A--TCATGTA----A---CTT------GGTAT-G-T-CAAAA--------GAACT--C-TATTCAA----AT--ATT-C--AAATGAA-------A---TC-----GACAAC-CA-GT-GAGAAAA-----AAG-G-T----------CG--GAAAAAC---T---G-TA-ACTT---A--T----------AATCT---TTT---AGT--TCCAA-ATA-G--CCATAACTCAAG-T-AA-A-AGA-A---TG----AT-AT-GAA--------A--C---A-AA----CA--A--ATTCG--A---A--CTT-G-----T-T-ATG------------------GCA---AAA-CA-A--TT-TA-CAAAA-----TA-TC-AAATGA-AT---ATC------GGC-A-------A--CAGT------GTGAAA-AAG---TG---CGAAAGA-CTGATCA-ATGTATTGAA---AT--TT-----TAATGTC-CAAGGAGCCA---TAAT--C-A-----A-GTGCAAAACAATGCAA---TGG--A-CAG---ACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG-T----GAG-A-----cgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT---GCTAT-----GT-CAC--AT--AC--T---TA-TTGG--------TAAAGGG--ATA-TTG---T-GA--------C--GG--ATAG----CA---AG-------ATAACT-----------AGA-AAA---G---GATA-GA-------TC----A--ATCC-A---AA----TCGT-CTCG----TC-TAAA---T--------------GTAT-G---CAAA----------AA-T----TAC-CAA-----T---T--C--AAATGA-T------A---T-----TGCCA---TA---TGG---AA-----AAA-G-T---------GTG--GAAAA-C---T---GATA--TTT---A--T--------GATTTTT---TTT---AAAAATCCAA-----GGGCCCTAA-TCA-G----A-ATA-C-A---TG----GA--T-GAA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGT-A----T-----GT-ATG-G---CAAGCA-A--TG-TA-C---A----ACT-TC-AAAATA-AT---ATC------TGCAA-------A--C---------GTAAAA-AA---T-----CGGCAAA----AT-A-ATTT----AA---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCA---TAACG-C-A-----CG--G---AACAA---------GG--AC--G---AAACCAA--------TCG-AC----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---C----AA----G-------C-A----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G-T---------------A-G-AA-----TCCGCTGAA-A--CAAC-----G-ACAGA----AGGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTAGG--CAT-----AT-CAT--A---AC--T---TA-A-GG--------TAAA-TGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-TAAAACT---AG----TGAAA-ACAT--GAAAAATA-TAT------TCA--AA--ATCCAA---AAT---TCGATCGTGAA--TC-TGTA---T----CTT------GCTAT-G-GCCAACA--------GAA-T--GCTAC-AAA----AT--AT--C--TAATGAAT------A---TC----TG-CAAG-CA-A-TGTGAAAA-----AAA-G-T---------GCGGAGAAAA-C---T---GACA-ATTT-----AT--------GAAA-TT---TCT---AAG--T-CAC-A-A-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GC-A-A-A-A---TG-----A-AT-GGA-----------C---G-AA-A-CCA--A--AAATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-C---T-GAT-ATGCGCACAAAACA-AGTTG-TA-CACCA----ACATTC-AAATGA-AT---ATC------TGC-A-------AG-CAGT--G-taatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A--T--------GAAATTT---TCT---AAG--TCTAA-----GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-T-A---TG----GA--T-CGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-a
gi|8 : gctA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------CAA-T--G-TAC-AAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TG-CAAG-CA-G-TGAGAAAA-----AAA-G-T---------TCG--GAAAA-C---T---Gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---A-G-GGC-CATAACT--CAG----TG-AA-AAAT--G---AATG-G-A------TCG--AA--A-CC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA----A---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------CAA-T--G-TGC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TA----TG-CAAG-CA-GT---AAGAA-----AAA-G-T---------CTG--GAAAA-C---ctttac
blockSeqs : . T A T G C T TT AT AG . A T . A . GA C GAAGTCCA GT GCT TAT G T GCT GGT ATT . GA AAA GGAACGTAAC GAA GT A GCG CTCG AA GAT A GATCATAT GTGTAG G TG GTAAGGTAA C TTG A TTCC CA GACTG TGTAGTGATCTATCTGC C GGTT ATATG . . TCTTTCTCGG GA A TAT . G GTGAATCTGAGAGA CGT TCA TCCAACAAT GTAGA T AT AAG GGTTAAC G ATGCTGATTCTGG AC TC CT CA AAT . C CTAGT . GC C ATCTTTAGGTAATGTG G GT . . AA TATGA T T A T . ATCTAG A TGAAACAGTTAGT C AATTG GA CC A . G GG TCA GA TGAG T G A G . TCCATGAGGGAATAATTGAA TA T TTT ACT C A ATCT AC A G . T . C TATGTGCGAGCGAAGCAAATGTGCCAAACCTAATTGTACA TTCG . AG A . A AAA C GC . A A CAAAG T T T GC C TGT C TAATG
blockSeqs : . . . T T . T . C . . . . . A . . . ACGCC . G . A . GC T . . GA . GAGTA G . . . CCTA AA AA . CA . . GC T . GC T . . TC TAGTTTCATAC . GTG G . . AAAA C . A . . TATAT . . TCCAAATA GTAAT . GA T AAGA . TCCGTA GA . . . . . . . . T . CACTCTGGTATGGCA . . . . AA A . . T . . A . CAATCAGAT . AGTTG GA TC C . A AT . . T . . A C . CAAGTGCAAAACAATGCAA . T . TGC A A . . . . . . . . TTATGGCAAAAGGCAACTGTACCAAATA . . T . . . C . . . A . . . . . GT . TG . A
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . A . . . CCA . G . A . AC T . . A . GGAA A . . . T AT A . A . . G C . G . . . A TATCTGC . GT . . . AG . . . . . AAT . . AATCCAA AGTAA . A . AAA . CTAT TA . . . . . . . . C . CACTTAGATATGCA . . . . CA A . . A . . G . ACAGTTGG . ATGTG GG C . . A T . . C . . G C . CTACGGTGAAAAATTGAA . T . AT C C . . . . . . . . CACTCTGAAACTACCCTGCAAGTT . . . . . . . . . . G . . . . . GC . TT . A
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . A . . . CAG . G . G . CG C . . . . ATAT A . . . C AT A . A . . G A . A . . . T TATTGC . GT . . . G . . . . . GT . . TCAAAG GTTGC . A . AAA . TTA A . . . . . . . . C . ACTGATATGCGCAC . . . . AA A . . T . . . . AGCAGTG . GTG AA C . . G A . . T . . . C . GCACGGAACAA . C . AC T A . . . . . . . . TTATGGAAGAAGATCAATGTGCT . . . . . . . . . . A . . . . . T . T . A
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . T . . . CCA . G . G . GC C . . . . AGA G . . . T AA A . T . . T A . C . . . C TATCTG . AT . . . G . . . . . AT . . GTGCAA ATGG . G . ATA . ACA A . . . . . . . . A . TGTATGG . . . . AC . . . A . . . . ACAGT . T GC . . . T . . . . . . . . . GTGACAAA . . . AA C A . . . . . . . . GGCAAGCATGTGCAAATAT . . . . . . . . . . A . . . . . T . C . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . CCA . G . G . GC T . . . . AGA . . . . T A A . T . . G G . G . . . C TATCTG . GT . . . G . . . . . AT . . TCACAA GTGA . C . GA . TCG A . . . . . . . . A . GCA . . . . . . . . T . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . . G C . . . . GGA . . . . C A . . A . . G G . G . . . C TATATG . GT . . . G . . . . . AT . . TCTAA GG . A . AA . TCG A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . AA . . . . . T . . . . . . . . . C ATCGA . T . . . T . . . . . AT . . TCAA GA . T . GA . CG . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ***** *** ******** CCG******* G** GC* **** T*** A******* G** G*** TATCTGC************* GT** *** AT************* TCGCAA****** GTGA**** AAA***** TCG************** ** ACTGGTATGCG********** *** ACAGTAG*********** ANTTG**** GA CC *** CCACGGTGAAAAACTGAA************* AC****** **** *** ** **** *** A**** ***** TT**
originalCons : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAG-----C-CA-GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAC---TCGAACTTG-A--TC-TGTA---CA---CTT------GGTAT-G-G-CAAAG--------GAA-T--G-TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAAT------A---TC----TGCCAAG-CA-GTTGAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTT---A-AT--------GAAATTT---TTT---AAG--TCCAA-A-A-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---TG----AA-AT-GGA--------T--C---G-AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-A-A-CTT-T-GGTAATGCG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-A-------A--CAGT--G-GAGTAAAA-AAA-GTTG---CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAAT--C-A-----AGGTG---AACAATCGAA---TGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-T----GAG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAAC-GCGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
finalCons : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-GAGCCG-------GG--ATAGG--ACA---AGG-GGC-TATAACT--CAG----TGAAA-AAAT--G---AATG-GAA------TCG--AA--ATCC-A---AAT---TCGAACTTG-A--TC-TGTAA-------CTT------GGTAT-GG--CAAAG--------GAA-TG---TAC-CAA----AT--AT--C--AAATGAATATCTGC-------------CAAG-CAGT--GAGAAAA-----AAA-G-T---------GCG--GAAAA-C---T---GATA-ATTTAT-------------GAAATTT---TTT---AAGTCGCAA------GGGCCATAACTCAGTGA----A-A-A-A---TGAAA-----T-GGATCG--------------AA-A-CCA--A--ACTCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGT-AACTGGTATGCG----------AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGC-AACAGTAG-----------GAGTAAAA-AAANTTG----CGGAAAACCTGAT-A-ATNTA-TGAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCA---TAATCCACGGTGAAAAACTGAA-------------TGG--ATCAG---AAACCAAAC------TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G-TA----AG-A-----AA-A-AA-----GTCGCGGAA-AACCAATT--GGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 11111111 11111 11 1111 1111111 1111 1 11 1111 111 111111 1 11 1 11111 22222222222222222 111 222222222222 2222 22222222222222 444444444444444444444444 11111 33333333333333 111111 11111 111 222222 222222 55555555 11 1111 11 1111 111 1111 44444444444444444444444444444444 111 22222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 222 111111111 2222222 11 2222 11111
lowQualScore : 5 5 5 3 9 55555 8 66 00 66 777 4 8 66666666 1 0 4 66 22222 777 77 8 0000 5 2222222 7777 3 0 5 1 00 5 5 5 0000 555 6 777777 0 66 11 66 22 777 4 2 4 66 4 4 4 00000 4 4 44444444444444444 3 3 444 4 777 4 4 222222222222 777 777 66 8888 4 66666 4 8 555 00000000000000 4 333333333333333333333333 55 55 777 55 777 55 4 11111 4 44 44444444444444 555 444444 5 77 5 5 22 77777 5 5 1 5 000 777777 555555 88888888 3 6 99 4444 44 5 777 1 4444 111 99 2222 6 6 5 2 22222222222222222222222222222222 99 1 111 33333333 3 1 0000 77 5 1 000 5 77 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 5 11 5 5 5 000 4 66 222222222 4 5 5 1111111 77 5 0 8888 5 22222 0
lowQualScore : . . . . . ..... . .. .. .. ... . . ........ . . . .. ..... ... .. . .... . ....... .... . . . . .. . . . .... ... . ...... . .. .. .. .. ... . . . .. . . . ..... . . ................. . . ... . ... . . ............ ... ... .. .... . ..... . . ... .............. . ........................ .. .. ... .. ... .. . ..... . .. .............. ... ...... . .. . . .. ..... . . . . ... ...... ...... ........ . . .. .... .. . ... . .... ... .. .... . . . . ................................ .. . ... ........ . . .... .. . . ... . .. . ................................................................... .... . .. . . . ... . .. ......... . . . ....... .. . . .... . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 2 4 66666 9 11 66 11 888 4 9 11111111 0 1 4 11 22222 666 99 5 6666 0 1111111 1111 7 1 7 4 66 7 7 0 6666 666 5 222222 0 99 99 99 00 888 4 2 4 11 4 4 0 00000 0 0 11111111111111111 6 6 000 4 888 4 4 888888888888 888 888 11 3333 4 99999 0 0 555 44444444444444 0 000000000000000000000000 55 55 000 55 000 55 0 11111 4 66 77777777777777 999 333333 7 99 7 7 77 11111 7 7 0 7 000 999999 000000 55555555 7 7 00 2222 55 7 777 0 3333 777 22 7777 7 7 7 5 33333333333333333333333333333333 22 7 777 11111111 0 4 0000 99 7 4 000 7 99 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 0 99 0 0 0 666 4 11 666666666 4 0 0 2222222 77 7 1 6666 7 33333 7
consensus : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TGAGC-CG--GGATAGG-ACAAGGGGCTATAACTCAG----TGAAA-AAAT-G---AATAGAATCGAAATCC-AAATTCGAACTCG-ATC-TGTA-A----CTTGGTATG-G-CAAAGGAA-T--G-TAC-CAAAT--AT--C--AAATGAATA---TC-TGCCAAGC-AG--T-G-AGAAAA-A-----AA-G-T---------GC---G--GAAAA-C-T---GATA-ATTT---A-T-GAA------------ATTT---TTT---AAG--TC--ACAA-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---T---G--A-A-ATGG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-C----T---GGTA-T-G-CG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGCA----A-CAGTCAG--G--AGTAAAA-AAAN-TGCGGA----AAACCTGAT-A-A-TNTA-T-GAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCATAA-TCCAC---------G-GTGAAAAAC--TG-AATGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G---TA----AG-AAA-A-AA-------GTCGCGGAA-AACCAAT--CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
Reference ( family-374 ) : ACATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TGAGC-CG--GGATAGG-ACAAGGGGCTATAACTCAG----TGAAA-AAAT-G---AATGGAATCGAAATCC-AAATTCGAACTTG-ATC-TGTA-A----CTTGGTATG-G-CAAAGGAA-T--G-TAC-CAAAT--AT--C--AAATGAATA---TC-TGCCAAGC-AG--T-G-AGAAAA-A-----AA-G-T---------GC---G--GAAAA-C-T---GATA-ATTT---A-T-GAA------------ATTT---TTT---AAG--TC--GCAA-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-A-A---T---G--A-A-ATGG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-C----T---GGTA-T-G-CG---AAAGCA-A--TG-TA-CAAAA----ATA-TC-AAANGA-AT---ATC------TGCA----A-CAGT-AG--G--AGTAAAA-AAANTTGCGGA----AAACCTGAT-A-A-TNTA-T-GAA---AT--TTT---CTAA-GTC-CAAAGGGCCATAA-TCCAC---------G-GTGAAAAAC--TG-AATGG--ATCAG---AAACCAA-A----C-TCGAAC----TTGA--TC-T-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---NA--GAA----G-------CAA----------------TGTAC-----T-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-T---TGCAAGC-A--G---TA----AG-AAA-A-AA-------GTCGCGGAA-AACCAAT--TGGG-ACGGA----ATGGGGACAGACA
gi|1 : CATAATTCTA-A-TTTCATTATGTACGGCCTTCTCTCAT-CAT--AT--AC--TCGATA-TTGGCTTATAAATGAAAGGCAATAATTGG--TGAGCGCAA-GGATAGGGACAAGGG-CTTTATTTCAGCTCTTGAAACAAAC-T---CATAGA-TCGTATTTT-A----CGATCTCG-ATC-TGTA-AACAACTTGGTATG-----AAGGAAGT--GCTAC-CAAAT--AT--C--AAATGAA-A---TC-T--CAAGC-AG--TTG-AGAAAA-A-----CGTGCT---------GC---A--GAAAA-C-TTTCGATA-ATTT---A-TCGAA------------ATTT---TTT---AAG--TC--A-AA-GGGCCATAACTCA-G-T-TA-ATA-A-A---T---A--C-C-ATGG-A--------TTAC---A-AC-A---CCA--A--AC---TCG--A---AATTTT-G-----AGT-GTGTG-A-A----T-----TA-TGG-CA---ATAGCA-A--TGCTGCCACAA----ATA-TC-ACTCGC-ATATGATC------TGCA----CTCAATCAC--GTCAGAAAAC-AAAAATGTTGAGCCGATATCTGAT-ATT-TTTA-T-GAC---AT--TTT---CTAA-GTC-C-AAGGGCCAT---TTTACTCGAGTGTAG-GTGACGAAA--TG---TAC--ATCGG---AAACCGA-AAGCGC-TCGAACAG--TTGA--TC-TGGTCTAA-ACTTTGG-GT--CATTCGGGTTCA--GAA----GTTGGCGCCAA----------------TTTAT-----T-----CTAAG---ATCGA--A-TAGC-TCA-TGCAAGC-A--GATCCA----AG-AGA-A-AAAAATATTGTCTGAGAA-AACCAACAGCGGA-ACGGA----AT-GGTACAGACA
gi|10 : caatATA-TTCTA-A-TTTCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TGAGC-CA--GGATAGG-ACAAGGGG-TATAACTTAG----TGAAA-AA---G---AATAG-ATC-AAATCC-AAATTCG-ACTTG-ATC-TGTA-A----CTTGGTATG-G-CAAtgacagacga
gi|11 : gcaataATA-TCCTA-AATTTCATTCTGTAATGCTAT-----ATTCAT--ATC-AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGG-ATA-TT-G--TGAGC-AG--GAATAGG----AAGGGCTAT-ATTTAG----TGAAA-AAAT-G---A
gi|12 : caacaAA-A----T-TCGACA----TTGA--TC-T-GT---A-GTTT--G-ACACTCT--GA---AA--CTACCCTG-------CAA-----------------GT-------T-----TCAA----AT-GA--A-TC-C-T---CGCAAGC-A--T---AA----AT-AAA-ATAG-------GTC-TGAAA-AACTAA---TGGG-ATAGA-------GGGACAGAtcagatcaaatt
gi|13 : cg---------GC---C--GAACA-C-T---GATA-ATTT---G-T-AAT------------ATTT---TTCTCAAAG--TC--AAAG-GGACAATAACTTG-----GG-A-A-A-A---T---C--A-A-ACGG-A--------C--T---ATAG-AC--CCA--A--AT---TCC--AAATA--CTTCG-----A-C-TTGTA-A-T----T---
gi|14 : -A-A-TGTT-T-GAA---AT--TTT---TAAA-GTC-TAA-GGGAGATAA-T---------------GTGACAAA--------TGA--CTCAGTTTAAACTAG-A----C-AAGAAC----TTGA--CC-T-GT---A-AATT--atg
gi|15 : ctaaA----AT-GA--AATA-T-TC--TGCAAGCCA--G---TAGACAAA-GAA-A-AA-------GTC-TGGAACAACCCAT--GGGG-ACAGA----ATGGGG
gi|16 : cgaatat-----TCAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGCAAGC-A--G---TA----AGAAAA-A-AA-------GTC-TGGAA-AACCAA---CGGG-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|18 : taCAAGC-A--G---TG----AG-AAA-A-AA-------GT-GCGGAA-AACCA-T--TGGA-ACGGA----ATGGGGACAGA
gi|2 : TCA-G-T-GA-A-A-A-AT--T---G--AGA-GTGG-AACGTAAC-C--C---G-AA-AAAGCCA--A--ACTCGTCG--A---A--CTT-
gi|2 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgGGTA-----CAAATGAA-TTTG-CACACAAATCAATGACTGAAAT-AATAGTTTCATACCAAGC-AG--T-GGAGAAAAGA-----AA-A-TTCTTTCTCGGC---A--AAATA-CAT---GATA-ATTTTATA-T-GAA------------ATTTCGTTTT---AAG--GT--GCAA-GGGC-ATAACT---A-T-GG-A-A-ATA---T---A--A-A-ATTG-AATGCTGATT--CTG-G-AAGA---CCATCA--AC---TCGCAA---A--CTT-GCTAGTA-T-CTGTACA-C----TTA-GATA-T-G-CA---ACTGCA-A--TG--A-CAAAA-----TA-TCTAAAAGC-AT---ATTATCTAGTGCATGAAA-CAGTTAGT-G--AGAAAAACAAAATTGTGGA----AAAC-TGAT-A-A-CATGGT-GAATCAATGATCTGAGCTAA-GTC-CAAAGGGC-ATAACTCCAT---------GAGGGAATAAT--TG-AATGG--ATCAG---AAACCAA-A----CTTCGCACATCTTTGA--TCATGGT---A-ACTT--GCGTA-TGT--GC---GAGCGAA----G-------CAAATGTGCCAAACCTAATTGTAC-----A-----ACAATTCGAT-GAAGA-TA-T-TAAATGCTAGC-A--G---TA----AG-AAATA-AAT------GTCaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagggtacaaatgaatttgcacacaaatcaatgactgaaataatagtttcataccaagcagtggagaaaagaaaattctttctcggcaaaatacatgataattttatatgaaatttcgttttaaggtgcaagggcataactatggaaatataaaattgaatgctgattctggaagaccatcaactcgcaaacttgctagtatctgtacacttagatatgcaactgcaatgacaaaatatctaaaagcatattatctagtgcatgaaacagttagtgagaaaaacaaaattgtggaaaactgataacatggtgaatcaatgatctgagctaagtccaaagggcataactccatgagggaataattgaatggatcagaaaccaaacttcgcacatctttgatcatggtaacttgcgtatgtgcgagcgaagcaaatgtgccaaacctaattgtacaacaattcgatgaagatattaaatgctagcagtaagaaataaatgtca
gi|3 : ttcttcatattaatatatatagggctcaactataaacaccgtcagtgaaaaattgagagtggaacgtaacccgaaaaagccaaactcgtcgaacttaaacagattatatactatgtgaaaatacataattggtatgacgcccaaaaaagatatgagACATA-TTCTATA-TTTAATTATGTAGGTCTAT-----AT-CAT--AT--ACAGT---TAAT-GG--------TAAAAGGGAA-A-TTGGGATGAGA-CGCCGGATAGG-ACAAAGGACCATAACTCAG----T-ACA-TAAT-G---AATGGAATCGAAACGC-AAACTTAAACTTG-ATC-TGTACA----CTTGGTATGTG-CAAACGCA-T--G-TAC-CAAAT--AT--A--AAA-GACTA---TC-TGCCATGC-AGGTT-G-AGAAAA-A-----AA-G-TA--------GC---GC-GAAAA-C-T---GATA-ATTC---AAT-GAA------------ATTT---TCT---ATG--TCCAACAATGGGCCATAACTCA-G-TAGA-A-A-A-AAAGT---G--A-AGATGG-A--------T--T---A-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A---TT-G-----A-TGCTGTA-ATC----TTTAGGTAAT-G-TG---AAAGCA-A--TG-TA-TAAAA----ATA-TC-AAATGA-AT---ATCA-----TGCA----A-CAGTTGG--G--AGTAAAA-AAAGTTGCGGA----AACCCTGAT-A-AATATA-T-GAA---AT--TTC---CTAA-GTCGCAAAGGGCCATAC-TCTAC---------G-GTGAAAAAT--TG-AATGGTAATCAG---AAACCAATG----C-TTGAAC----TTGGACTC-T-GT---A-ATTT--G-GT--TAT--GG---AA--GAA----GAT-----CAA----------------TGTGC-----T-----TCAA----AT-GAT-A-TA-TAT---TGCAAGC-A--G---TA----AG-AAA-A-AA-------GTCGTAGAA-AGCCAATG-TGGACACGGATAATGTGGAGACAGACAa
gi|4 : ATA-T-CTA-A-TTCCATTATGTAGG-CTAT-----AT-CAT--ATATAC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--T-----CG--GGG-AAG-TCCAGGG--TATAA
gi|4 : cgcaacaTA---TC-TGCAGAGCCAG--T-G-AGAAAA-ATATGAAA-G-T---------AAAAAG--GAAGA-C-TATTGGTAGATTT---G-T-GAATCTGAGAGAGAGGTTT---TTC---AAG--TC----AA-GGGCCATAACTGA-G-T-AATA-A-G-A---TTGGGTTA-A-CTGGGA--------T--CCGTA-AATA---CCA--ACTAC---GTG--A---A--CTT-G-----A-T-CTCTC-A-CACTCT---GGTA-T-GGCA---AAGGGAGA--TG-TA-CCAAATATGATA-T----AAGATAT---ATCG-----TGCA------CAATCAGATG--AGTAAAA-AAATGTGCGGG----AAATCTCAT-A-gctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatctatctgcagagccagtgagaaaaatatgaaagtaaaaaggaagactattggtagatttgtgaatctgagagagaggtttttcaagtcaagggccataactgagtaataagattgggttaactgggatccgtaaataccaactacgtgaacttgatctctcacactctggtatggcaaagggagatgtaccaaatatgatataagatatatcgtgcacaatcagatgagtaaaaaaatgtgcgggaaatctcatacgggacggataggggac
gi|5 : cgcaacaatatctaattccattatgtaggctatatcatatatacttatggtaaaagggaatattggtcggggaagtccagggtataagctacatataggtggcttatacgtggtagatttgaaaatatgagagtgagtatcacagtatccagcgagcctatcgatcttggattcttcagatcatatcttgtgtaggatatgggctaagtaaggtaaggatatacccattccctattcaatgtatgtagtgatcATA-TTCTA-A-GTTCATTA-GTAGGGCTATC----ATTCATTTAT--AC--T---TA-T-G---------TAAATGGAAAT----GG--TGAGC--A--GGATAG--ACAAGGGCGTA---CTTAG----TGAAA-AGATAG---AAT--AATC-AAATCC-AAATTC--ACTTG-ATCATGTA-A----CTTGGTATG-T-CAAAAGAACT--C-TATTCAAAT--ATT-C--AAATGAA-A---TC--GACAACC-AG--T-G-AGAAAA-A-----AG-G-T----------C---G--GAAAAAC-T---G-TA-ACTT---A-T---A------------ATCT---TTT---AGT--TC--CAAA-TAGCCATAACTCAAG-T-AA-A-AGA-A---T---G--A-T-ATGA-A--------A--C---A-AA------CA--A--AT---TCG--A---A--CTT-G-----T-T-ATG---------------------G-CA---AAA-CA-A--TT-TA-CAAAA-----TA-TC-AAATGA-AT---ATC------GGCA----A-CAGT---------GTGAAA-AAG--TGCGAA----AGAC-TGATCA-A-TGTA-TTGAA---AT--TTT-----AATGTC-CAAGGAGCCATAA-TCAA------------GTGCAAAACAATGCAATGG--A-CAG---ACACAAA-A----A-T-GAAC----TTGA--TA-C-GT---A-ACTT--G-GT--TAT--GG---CA--AAAG---G-------CAAC---------------TGTAC-----CAAATATCAA----AT-AC--A-TA-T-T---TGCAATC-AGCG---TG----AG-Acgggacggataggggac
gi|6 : acaACA-A-TTCTA-A-TTCCATTA-GT---GCTAT-----GT-CAC--AT--AC--T---TA-TTGG--------TAAAGGG--ATA-TTG---TGA---CG--G-ATAG---CAAG-----ATAACT---------AGA-AAA--G---GATAGA-TC--AATCC-AAAT-CGT-CTCG--TC-T--A-A----AT--GTATG---CAAA--AA-T----TAC-CAA-T---T--C--AAATGA-TA---T--TGCCA--T-A---T-G-G---AA-A-----AA-G-T---------GT---G--GAAAA-C-T---GATA--TTT---A-T-GAT------------TTTT---TTT---AAAAATC---CAA-GGGCCCTAA-TCA-G----A-ATA-C-A---T---G--G-A--TGA-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TTG--A---A--CTT-G-----A-T-ATGTA--------T----GTA-T-G--G---CAAGCA-A--TG-TA-C---A----ACT-TC-AAAATA-AT---ATC------TGCA----A-ACGT------------AAA-AAAT---CGGC----AAA----AT-A-A-TTT-----AA---AG--TTT---CTAA-GTC-CA----GCCATAA-CGCAC---------G-G-----AAC-----AA-GG--AC--G---AAACCAA--------TCG-AC----TTTA--TC-T--T---ATACTT--A-G--------GG---C----AA----G-------C-A----------------TGTGCAAATAT-----TAAA----AT-GA--A-TA-T-C---TGGCAGC-A--G---T----------A-G-AA-------TCCGCTGAA-A--CAAC-----G-ACAGA----AGGGGgg
gi|7 : ATA-TTTCA-A-TTT-ATACTGTAGG--CAT-----AT-CAT--A---AC--T---TA-A-GG--------TAAA-TGGAATA-TTGG--TGAGC-CA--GGATAGG-ACAA-GGGCTAAAACT-AG----TGAAA-ACAT-GAAAAATATATTCAAAATCCAAAATTCGATCGTGAATC-TGTA-T----CTTGCTATG-GCCAACAGAA-T--GCTAC-AAAAT--AT--C--TAATGAATA---TC-TG-CAAGC-AA--T-G-TGAAAA-A-----AA-G-T---------GC---GGAGAAAA-C-T---GACA-ATTT---A-T-GAA------------A-TT---TCT---AAG--TC--ACAA-GGGCCAT-ATTCA-GTT-GC-A-A-A-A---T---G----A-ATGG-A-----------C---G-AA-A---CCA--A--AA---ATG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-C----T---GATA-T-G-CGCACAAAACA-AGTTG-TA-CACCA----ACATTC-AAATGA-AT---ATC------TGCA----AGCAGT-taatacgacgacatgaagacagaaga
gi|8 : cgcaacaAA-A-----AA-G-T---------GC---G--GAAAA-C-T---GATA-ATTT---A-T-GAA------------ATTT---TCT---AAG--TC---TAA-GGGCCATAACTCA-G-T-GA-A-A-T-A---T---G----G-ATCG-A--------T--C---G-AA-A---CCA--A--AC---TCG--A---A--CTT-G-----A-T-CTGTA-A-C----T---ga
gi|8 : gct-A----CTTGGTATG-G-CAAAGCAA-T--G-TAC-AAAAT--AT--C--AAATGAATA---TC-TG-CAAGC-AG--T-G-AGAAAA-A-----AA-G-T---------TC---G--GAAAA-C-T---Gtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttggtatggcaaagcaatgtacaaaatatcaaatgaatatctgcaagcagtgagaaaaaaagttcggaaaactgctttac
gi|9 : gctaaaaagtgcggaaaactgataatttatgaaattttctaagtctaagggccataactcagtgaaatatggatcgatcgaaaccaaactcgaacttgatctgtaacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCTAT-----AT-CAT--AT--AC--T---TA-T-GG--------TAAAAGGGAATA-TTGG--TGAGC-CA--GGATAGG-ACAAGGG-CCATAACTCAG----TGAAA-AA-T-G---AATGGA-TCGAAA-CC-AAACTCGAACTTG-ATC-TGTA-A----CTTGGTATG-G-CAAAGCAA-T--G-TGC-CAAAT--AT--C--AAATGAATA---TA-TG-CAAGC-AG--T-A-AG--AA-A-----AA-G-T---------CT---G--GAAAA-C-ctttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA