lowQualScore : 333 111 11 1111 22222222222 111 11 3 111 77777777777 111 111 3333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333333 11111 1111 11111 11 222222222222222 111111111 22 111 33 1111 2222222 555555 1 11 1111 222222222222 1 1
lowQualScore : 1 555 000 666 00 3 3 2222 7 99999999999 3 3 3 3 55 4 4 4 555 777 4 4 8 77 66 4 4 4 888 4 9999 777 00000000000 4 4 66 777 55 111 111 66 2222222222222 4 33 666 8 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 99999999999 77777 77 88888 8 2 7777 33333 2 2 555 8888 2 33 2 2 5 5 33 3 44 11 777777777777777 3 888888888 55 44 88 3 7777 666 000 555 4 99 8888 55 777 0 2222 4 1111111 55 4 4 4 777777 0 11 3333 5 5 999999999999 0 5 8 1 6 4 6
lowQualScore : . ... ... ... .. . . .... . ........... . . . . .. . . . ... ... . . . .. .. . . . ... . .... ... ........... . . .. ... .. ... ... .. ............. . .. ... . . ........................................................... . ........... ..... .. ..... . . .... ..... . . ... .... . .. . . . . .. . .. .. ............... . ......... .. .. .. . .... ... ... ... . .. .... .. ... . .... . ....... .. . . . ...... . .. .... . . ............ . . . . . . .
lowQualScore : 7 888 444 888 33 3 3 9999 0 44444444444 3 3 3 6 55 0 0 0 888 888 4 4 9 77 11 4 4 4 000 4 4444 888 00000000000 4 4 11 000 55 666 111 11 0000000000000 0 44 666 9 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 77777777777 11111 99 22222 6 9 5555 22222 9 9 000 9999 9 99 9 9 7 7 99 1 66 22 222222222222222 6 777777777 00 55 66 6 7777 444 000 111 0 00 5555 55 000 7 5555 0 6666666 55 0 0 4 222222 0 99 9999 7 7 333333333333 0 0 3 0 0 7 0
consensus : ATCGGTTTTCC---GCA--CTTTTT--TTTCTC-AC-TG-CTTGC----AGATAT----T-C--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTG--C---TTTG-C-CA-TAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT--GCTT-TGCC-A-TAN--CAAGTT-A----CAG---ATCA---------AGT-T-CG--AG---T--TTGGTTTTG-ATCC--ATT--C---A-T----T-NTT-CACTGAG--TT-ATGGCCC-N---TG-G-A--CTT---A-GAA---A------TT----TC----ATAA-----N-T-TATCAGTTTT-CCGC-A---C-----T-----TTT--T-----CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAC---AT--T----GCT-TTG-----C---CA--TAC-C--AAG-T----TA---CAG---ATCAAG-T-TCG-AG-T----TTGG--TTTC--GATCC----AT-T--C----A--TT-T-TTCA-CTGAGT-TATGG-CC--TTG--G-ACT-TAG-AAAA-GT--TNNNGAATTATCA-GTTACAGATCAAGTTCGAGTTTGGNTTTGATCCA
Reference ( gi|3 ) : ATTGGTTTTCC---GC---CTTTTT--CTTCTT-AC-TG-CTTGC----ATATA-----T-C--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTT--C---TTTG-C-CA-TAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT--GCTTCTGCC-A-TAA--CAAGTT-A----CAG---AT-----------AGT-T-CG--AG---T--TTGGTTTTA-ATCC--ATT--C---A-T----T-GTT-CATTGAA--TT-ATGGTCC-G---TG-G-A--GTT---A-GAA---A------TT----T-----ATAA-----T-T-TATCAGTTTT-CCGCGA---C-----T-----TTT--T-----CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAA---AT--T----G-T-TTG-----C---CA--TA--C--AAG-T----TA---CAG---ATCAAG-T-TCG-A--T----TTGG--TTTT--AATCC----AT-T--C----A--TT-T-TTCA-C------TATGG-CC--TTG--G-ACT-TAA-AAAA-GT--TAAAGAATTATCA-GTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|4 : ATCAGTTTTTC---ACT--CCTTTT--TTCCTC-AC-TG-CTTGC----AGATAT----T-C--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTG--C---TTTG-C-CA-T-ATCAAGT
gi|7 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaagttcaagtctgggtttgatccattcttttttcactgtgttatggctcttctactaagatactttcctacattATCAGTTTTCC---GCACCTTTTTT--TTTCTC-AC-TGGCTTGC----AGATA-----TTC--ATGTTG-AATT-TT--T-GGT-A-CATTG--C---TTTGCC-CA-TA--CAAGTtacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|2 : cccatcttcactgaagtttatggccctgtggacttagaaatttcataaattATCAGCTTTCC---GCA--CTTTTT--TTCC---AC-TG-CTTGC----ATATATT---T-C--AT-TTG-A-TA-TTTCT-GGTAA-CA-TG--C---TTTG-CTCATTTACCAAGTtaaagatcaagtctcgaggtttagttagttttgatttgattcatttttcactgtgttcatggtcctgtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|13 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatATCAGTTTTCC---GCA--CATTTT--TTTATC-AC-TG-CTTGC----AGATGAATATT-C--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTtatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|15 : aATCAGTTTTCC---AC---ACTTTT--TTTCTC-AC-TG-CTTGC----AGATAT----T-C--GT-TTG-A-TA-g
gi|12 : cggtaaTTGGTTTTCC---GCA--CTTTTT--TTCCTCCAC--G-CTTGC----AGATG-----TTC--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTG--C---TTTG-C-CA-T-ACCAAGT
gi|17 : TTGGTTTTCC---GC---ACTTTT--TTTCTC-AC-TG-CTTGC----AGATAT----T-C--AT-TTG-A-Ttatgtacagatcaagttcgagtttggttttgatccattcattttcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|10 : GGTTTTCC---GCCA-CTTTTTTGTTTCTC-ACTTG-CTTGC----ATATA-----T-TCAAT-TTG-A-TA-CT--T--GT-A-CATTG--C---GTTG-C-CA-T-ACCAAGT
gi|5 : GGTTTGCCCTCAC---CTTACT--TTTTTT-CC-TG-CTTGCAAAGATAT------T-CAGAT-TTG-A-TT-TT--T-GGT-GCCATTTGGC----TTG-C-CAGTAACCtacagatcaagtttgagtttgattttgaccattcatttttcactgagttatgcccttggaattgaaaatttcata
gi|1 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaGGTTTCGC---AC---TTTTTTA-TTTCTG-AC-TG-CTTGCAAG-ATAT------T-C--AT-TTG-A-TA-TT--TAGGT-A-TATTT--TGCATTTG-C-CA-TACCCAAGTcattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagGTTTTCC---GCA--CTTTTT----TCTC-AC-TG-CTTGC----AGATAT----T-C--AT-TTGAA-TATTT--T-GGT-A-CATAG--C---TTTG-C-CA-TATCCAttacatatcaagtttcgagtttggaattagaatcaaccgcatatttcactgagtttattgccctttaaacttagaaaagtatattcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|8 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcaTTTTCC---GCA--CTTTTT--TTCC---AC-TG-CTTGC----AGATA-----TTC--AT-TTG-A-TA-TT--T-GGT-A-CATTG--C---TTTG-C-CA-T-ACCAAGTgtttacagatgaagttcgagtttgtttcggatcgactccaattcatgagttatggcccttggtacttagaaaatgtcatatagattatcagttttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|4 : ACATT--GCTT-TGCC-A-TAT--CAAGTT-A----CAG---ATCA---------AGT-T-CA--AG---T--CTGGGTTTG-ATCC--ATT--C---T-T----T-TTT-CACTGTG--TT-ATGGCTC-T---TC-T-A--CTA---A-GAT---A------CTTTCCT-----ACA--------T-TATCAGTTTT-TCACTC---C-----T-----TTT--TTC---CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAC---AT--T----GCT-TTG-----C---CA--TAT-C--AAG-T----TA---CAG---ATCAAA-T-TCG-AG-T----TTGG--TTTT--AATAC----AA-T--A----A--TT-T-TTCA-CTTAAT-TATGGCCC--TTG--G-ACT-TAA-AAAA-tacagatcaagatcgaatttggatttgatccttaaattcctcaatttattcatctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
gi|7 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtACATT--GCTT-TGCCCA-TA---CAAGTT-A----AAG---ATCA---------AGTCT-CG--AGGTTTAGTTAGTTTTG-ATTTG-ATT--C---A-T----T-TTT-CACTGTG--TTCATGGTCC-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|6 : cccatcttcactgaagtttatggccctgtggacttagaaatttcataaattatcagttttccgcacctttttttttctcactggcttgcagatattcatgttgaatttttggtACATA--GCTT-TGCC-A-TAT--CCAGTTTA----CAG---ATGA---------AGT-T-CG--AG---T--TTGTTTCGG-ATCG--ACT--CC--A--------ATT-CAT-GAG--TT-ATGGCCC-T---TG-GTA--CTT---A-GAA---A------ATGTCAT-----ATAG-----A-T-TATCAGTTTT-CCGCAATGTT-----T-----TTT--C-----CTC-A-CTG---GCTCATC-T-GC--G---ATA---A-T--TC-A-TCTCG-A--TA-TT--T--GGTAAC--ATCAT----GCT-TTG---------CA--TA--C--CAG-T----TT---CAGA--ATCAAG-T-TCG-AGTT----CTGG--TTTC--GAT-C----AT-T--T----AATTT-T-TCCA-C------Ttgtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|10 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtACATT--GCGT-TGCC-A-TAC--CAAGTT-A----CAG---ATCA---------AGT-T-TG--AG---T--TTGATTTTG-A-CC--ATT--C---A-T----T-TTT-CACTGAG--TT-AT-GCCC-T---TG-G-A--ATT---G-AAA---A------TT----TC----ATAgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|12 : ggttttccgccacttttttgtttctcacttgcttgcatatattcaatttgatacttgtACATT--GCTT-TGCC-A-TAC--CAAGTT-ATGTACAG---ATCA---------AGT-T-CG--AG---T--TTGGTTTTG-ATCC--ATT--C---A-T----T--TT-CAT
gi|8 : ttggttttccgcactttttttcctccacgcttgcagatgttcatttgatatttggtACATT--GCTT-TGCC-A-TAC--CAAGTT-A----CAG---ATCA---------AGA-T-CG--AA---T--TTGGATTTG-ATCC--acgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|2 : ttttccgcactttttttccactgcttgcagatattcatttgatatttggtATATT--GCTTGTGCG-A-TTATCCAAAGT-A----TAGCACATTC---------AAT-T-CG--AG---T--TTAATTTTG-ATCG--ATCGAC---AAT----T-TTT-CCCTGAG--TT-ATGG-CC-G---TGCGTA--CTT---AAGAA---AAATTTGTT----C-----ATAA-----T-AATATCAGCTTT-CCGC-A---C-----T-----TTT--T-----TTCCA-CT----GCT-----T-GCA-T---AT----ATT--TC-A-T-TTG-A--TA-TTTCT--GGTAAC--AT--G----C-T-TTG-----CT--CATTTAC-C--AAG-T----TA---TCA---ATCAAG-T-ttaaattcctcaatttattcatctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
gi|5 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagCATTTGGCTT--GCC-AGTAA--CCCATT-A----CAT---GTTA---------AGT-TTCGGAAG---T--TTGGTTTCGGATCG--ATC--C-----T----T-ATT-CAT-GAG--TTTATGGCCC-C---T---------T---G-GA-----------CT----T-----TCAA-----C-T-TTTCA-------CGCTA---CATAT-T-----TCT--T-----CTCCA-CTT---GCT-----T-GC--G---AT----A-TCTTC-A-A-TTG-GATTA-TT--TT-GGCAC---AT--T----GCT-TTG-----CTCACA--TA--CCCAAG-T----TATGTCAG---ATCAAG---TCG-AG-T----TTGG--TTTCGGAATTC----ATCC--C----A--TTAT-TTCA-CTGAGT-TATGG-CCT-TTG--G-ACTGTAG-AAActctccgcgttcga
gi|2 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgcATC--GCTTACGCG-A-TAG--TA--TT-A----CAG---ATCATGGTATGCTGGT-T-CG---G---T--CTTGTTTGA-ATTG--ATC--CCATA-T----TTATT-CACTGAG--TT-ATGGCCC-T---TG-T-ACTGTT---A-GAAGAAA------TT----TTTTCCATAA-----AAT-TATCAGTTTTTCCGC-A---C-----TCTTTATTT--T-----CTC-AACT----GCTATATTTAGCA-AGGAAT----A-T--TCCA-T-TTG-A--TA-TT--TGGGGTGAGATAT--T----G-C-TTGTGCGAT---TA--TC--C--AAA-G----TA---TAGCACATTCAA-T-TCG-AG-T----TTAA--TTTT--GATCG----AT-CGACA---A--TT-T-TTCC-CTGAGT-TATGG-CC--GTGC-GTACT-TAAGAAAA-AT--Tcatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|1 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcct---T--TTGATGT---ATCCGAATT--C---A-TGACTT-GTTTCACTGAGCGTT-AGGGTTT-GGCTTG-GGA--GCTCAGA-AAA---A------TT----TCA---ATAGAGAAGT-G-TAGCAGGGTT-TCGC-A---C-----T-----TTT--TTATTTCTG-A-CT----GCT-----T-GCAAG---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--TA-GGTAT---AT--TTTGCA-T-TTG-----C---CA--TACCC--AAGTT----TA---CAT---ATCAAGTT-TCG-AG-T----TTGGAATTAG--AATCA----AC-CG-C----A--TA-T-TTCA-CTGAGTTTATTG-CCCTTTA--A-ACT-TAG-AAAA-GT--tgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|7 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagaTT-CACTGAAGTTT-ATGGCCCTG---TG-G-A--CTT---A-GAA---A------TT----TC----ATAA-----A-T-TATCAGTTTT-CCGC-A---CCTTTTT-----TTT--T-----CTC-A-CTG---GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-TGTTGAA--TT-TT--T--GGTAC---AT--T----GCT-TTGC----C---CA--TA--C--AAG-T----TA---AAG---ATCAAG-TCTCG-AGGTTTAGTTAG--TTTT--GATTTG---AT-T--C----A--TT-T-TTCA-C------TGTGT-TC--ATG--G-atattcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|13 : cccatcATCAGTTTT-CCGC-A---CATT--T-----TTT--T-----ATC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---ATGAATA-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAC---AT--T----G-tcctgtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|15 : aATCAGTTTT-CCAC-A---C-----T-----TTTTTT-----CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-G-T-TTG-A--TA-
gi|6 : cggtaaTCAGTTTT-CCGCAC---T-----T-----TTT--T-----CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTGAA--TATTT--T--GGTAC---AT--A----GCT-TTG-----C---CA--TATCC--AGT-T----TA---CAG---ATGAAG-T-TCG-AG-T----TTGT--TTCG--GATCG----AC-T--CCA--A--TT-C-ATGAGT------TATGGCCC--TTG--GTACT-TAG-AAAATGTCATATAG-ATTATCA-GTT
gi|10 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagGTTTT-CCGCCA---C-----T-----TTT--TTGTTTCTC-A-CTT---GCT-----T-GCA-T---AT----A-T--TC-AAT-TTG-A--TA-CT--T--G-TAC---AT--T----G-CGTTG-----C---CA--TA--CC-AAG-T----TA---CAG---ATCAAG-T-TTG-AG-T----TTGA--TTTT--GA-CC----AT-T--C----A--TT-T-TTCA-CTGAGT-TATGC-CC--TTG--G-AAT-TGA-AAAttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|12 : gGTTTT-CCGC-A---C-----T-----TTT--T-----TTC---CTCCACGCT-----T-GCA-G---AT----G-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAC---AT--T----GCT-TTG-----C---CA--TAC-C--AAG-TTATGTA---CAG---ATCAAG-T-TCG-AG-T----TTGG--TTTT--GATCC----AT-T--C----A--TT-T-Ttttcata
gi|17 : ttgGTTTT-CCGC-A---C-----T-----TTTTTT-----CTC-A-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--Tcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|8 : ttgTTTT-CCGC-A---C-----T-----TTT--T-----TTCCA-CT----GCT-----T-GCA-G---AT----A-T--TC-A-T-TTG-A--TA-TT--T--GGTAC---AT--T----GCT-TTG-----C---CA--TAC-C--AAG-T----TA---CAG---ATCAAG-A-TCGAA--T----TTGG--ATTT--GATCCTTAAAT-T--CCTCAA--TT-TATTCA-
gi|7 : ------TATGG-CC--CTGTGG-ACT-TAG-AAA--TT--TCATAAATTATCA-GTTtctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
gi|4 : cccatcttcactgaagttTATCAAGTTACAGATCAAGTTCAAGTCTGGGTTTGATCCttccgcacctttttttttctcactggcttgcagatattcatgttgaatttttggtacattgctttgcccatacaagttaaagatcaagtctcgaggtttagttagttttgatttgattcatttttcactgtgttcatggtcctgtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|8 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccaA-GTTACAGATCAAGATCGAATTTGGATTTGATCttcttttttcactgtgttatggctcttctactaagatactttcctacattatcagtttttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|12 : ttttccgcactttttttccactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccataccaTACAGATCAAGTTCGAGTTTGGTTTTGATCCcttaaattcctcaatttattcatctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATTTGCTTGTCATATTGCGTTTTATTCAATGGCAACATGACCGAAGTCTTACAAATCAAGTTCTGAGTATTTGTGCTTGTTGATCCATCCGTCGCTCTACATTATATTACTCCACTGAGCGAGTTTATGGCCTCTTGGACTTATGTATAAATTCATATAAGAAATTTATTCAGTTTTGACGCTCTTTTTTCTCCACTAATG
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 111 111111111 11111111111 444444444444444444444444444444444 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 22222 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 33333333333333333333 11 1 1
lowQualScore : 0 7 7 8888 7 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 5 1 55 0 4 8 111 1 0 666666666 8 4 888888 55 4 55 88888888888 333333333333333333333333333333333 7 0 99999 7 99999 888888 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 33333 55555 55 00000 6 2222 8 333 6666 55555 4444 999 2 4 999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 88 2 4444 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 99999999999999999999 11 5 7 6 6 1 6
lowQualScore : . . . .... . . .................................................................................................................................. . . ... . . . .. . . . ... . . ......... . . ...... .. . .. ........... ................................. . . ..... . ..... ...... . ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . . ...... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . .................... .. . . . . . .
lowQualScore : 7 3 3 3333 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 888 0 0 0 00 8 0 0 000 6 7 000000000 0 0 444444 55 0 55 00000000000 222222222222222222222222222222222 3 5 11111 3 11111 111111 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 5 44 33 1 9999999 5555 3 5555 99999 33333 00 88888 3 9999 4 999 9999 66666 7777 222 4 7 111111 22 4 66 7 7 22 888888 4 44 888 44 5 7777 88888 44 44 99 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 11111111111111111111 00 0 0 0 0 0 0
consensus : ATCGGTTTTCCGCACTTTTTTTTCTCACTGCTTGCAG----ATATTCATTTGATATTTGGTACATTNCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--A---G--TTTG-G--TT--T----CG--ATCC--A-TC----------C-A-T----T------NTT-CACTGAG-----TT-A-----TGGCC-CT-T-GG-ACT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-AA----GT--T------ANAGAAT--TATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATCGGTTTTCCGCACTTTTTTTTCTCACTGCTTGCAG----ATATTCATTTGATATTTGGTACATTGCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--A---G--TTTG-G--TT--T----TG--ATCC--A-TT----------C-A-T----T------NTT-CACTGAG-----TT-A-----TGGCC-CN-T-GG-ACT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-AA----GT--T------NNNGAAT--TATCAGTTACAGATCAAGTTCGAGTTTGGNTTTGATCCA
gi|1 : --AGGT-T-A---GACATCA----------TTT-C-A--ATAGA--TTTG-A--TG--T--------ATCCGAA-TT----------C-A-TGACTT------GTTTCACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGCT-TG-G-GA-GCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-AA----GT--
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaTTGCATT-TGC---CA-T-ACCC-AAGT-TTA---CATATCA---------AGTTTC-G--A---G--TTTG-GAATT--A----GA--ATCA--A-CCG---------C-A-T----A------TTT-CACTGAG-----TTTA-----TTGCC-CT-TTAA-ACT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTGA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gatattcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T-A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-AA----TT--T------aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T-G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-Tcata
gi|13 : ttgATCAGTTTTCCGCACATTTTTTTATCACTGCTTGCAGATGAATATTCATTTGATATTTGGTACATTGcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTT-TTTCTCACTGCTTGCAG----ATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T-AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGAA----AT--TTTTTCCATAAAAT--TATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatATCGC-TTACGC---GA-T-AGT--A--T-T-A---CAGATCATGGTATGCTGGTT-C-G------G--TCTT-G--TT--TGAATTG--ATCC----------------C-A-TATT-T------ATT-CACTGAG-----TT-A-----TGGCC-CT-T-GT-ACTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T-A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-AAATTTGT--T------CAT-AATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctATATTGC-TTGTGC---GA-TTATCCAAAGTAT-AG--CACATTC---------AATT-C-G--A---G--TTTA-A--TT--T----TG--ATCG--A-TCGA--------C-AAT----T------TTT-CCCTGAG-----TT-A-----TGGCCGTG-C-GT-ACT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T-AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCAT----ATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TTCTGC---CA-T-AAC--AAGT-T-A---CAGAT-----------AGTT-C-G--A---G--TTTG-G--TT--T----TA--ATCC--A-TT----------C-A-T----T------GTT-CATTGAA-----TT-A-----TGGTC-CG-T-GG-AGT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-AA----GT--T------AAAGAAT--TATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTctctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-AC----TT--T------CCTACAT--TATCAGTT
gi|4 : ACATTGC-TT-TGC---CA-T-ATC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-A--A---G--TCTG-G--GT--T----TG--ATCC--A-TT----------C-T-T----T------TTT-CACTGTG-----TT-A-----TGGCT-CT-T-CT-ACT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-AA----tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T-A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTTGG-CT-TGC---CAGT-AAC--CCAT-T-A---CATGTTA---------AGTTTC-GGAA---G--TTTG-G--TT--T----CGG-ATCG--A-TC----------C---T----T------ATT-CA-TGAG-----TTTA-----TGGCC-CC-TTGG-ACT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T-A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-Atcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATTGC-TT-TGCTCACA-T-ACCC-AAGT-T-ATGTCAGATCA---------AGT--C-G--A---G--TTTG-G--TT--T----CGGAATTC--A-TC----------CCA-T----T------ATTTCACTGAG-----TT-A-----TGGCC-TT-T-GG-ACTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gcatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-AAT---GTCAT------ATAG-AT--TATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATAGC-TT-TGC---CA-T-ATC--CAGT-TTA---CAGATGA---------AGTT-C-G--A---G--TTTG-T--TT--C----GG--ATCG--ACTC----------C-A-------------ATT-CA-TGAG-----TT-A-----TGGCC-CT-T-GGTACT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TAA------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggt----T------CTT-CACTGAAGT---TT-A-----TGGCC-CTGT-GG-ACT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : ccca-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T-A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : T-T-A---CAAATCA---------AGTT-CTG--A---GTATTTGTG--CTTGT----TG--ATCC--A-TCCGTCGCTCTAC-A-T----TATATTACTC-CACTGAGCGAGTTT-A-----TGGCCTCT-T-GG-ACT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 111 111111111 2222222 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 22222222222
lowQualScore : 6 5 5 2 5 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 5 1 55 0 4 8 111 1 0 666666666 8 4 888888 55 4 55 2222222 888 4 88 999999999999999999999 5555 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 66 77 11111111111
lowQualScore : . . . . . . .................................................................................................................................. . . ... . . . .. . . . ... . . ......... . . ...... .. . .. ....... ... . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . .. .. ...........
lowQualScore : 0 5 5 5 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 888 0 0 0 00 8 0 0 000 6 7 000000000 0 0 444444 55 0 55 7777777 000 0 66 333333333333333333333 0000 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 77 99 99999999999
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--A---GT--TTG-G--TTT--C-G--ATCG--A-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-AA-GT--T------ATAGAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATCGGTTTTCCGCACTTTTTTTTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGATATTTGGTACATTNCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--A---GT--TTG-G--TTT--C-G--ATCC--A-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-AA-GT--T------ANAGAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : --AGGT-T-A---GACATCA----------TTT-C-A--ATAGAT--TTG-A--TGT-------ATCCGAA-TT--C---A-TGACT--------TG-TTT---CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-AA-GT--
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaTTGCATT-TGC---CA-T-ACCC-AAGT-TTA---CATATCA---------AGTTTC-G--A---GT--TTG-GAATTA--G-A--ATCA--A-CCG-C---A-T------------AT-TT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gatattcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-AA-TT--T------aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-Tcata
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTT-TTTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGAA-AT--TTTTTCCATAAAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatATCGC-TTACGC---GA-T-AGT--A--T-T-A---CAGATCATGGTATGCTGGTT-C-G------GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTG--A-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-AA-AT--T------tttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctATATTGC-TTGTGC---GA-TTATCCAAAGTAT-AG--CACATTC---------AATT-C-G--A---GT--TTA-A--TTT--T-G--ATCG--A-TCGAC---AAT------------TT-TT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-tgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TTCTGC---CA-T-AAC--AAGT-T-A---CAGAT-----------AGTT-C-G--A---GT--TTG-G--TTT--T-A--ATCC--A-TT--C---A-T------------TG-TT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-AA-GT--T------AAAGAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-AC-TT--T------CCTACATTATCAGTT
gi|4 : ACATTGC-TT-TGC---CA-T-ATC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-A--A---GT--CTG-G--GTT--T-G--ATCC--A-TT--C---T-T------------TT-TT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-AA-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTTGG-CT-TGC---CAGT-AAC--CCAT-T-A---CATGTTA---------AGTTTC-GGAA---GT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCG--A-TC--C-----T------------TA-TT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-Atcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATTGC-TT-TGCTCACA-T-ACCC-AAGT-T-ATGTCAGATCA---------AGT--C-G--A---GT--TTG-G--TTT--C-GGAATTC--A-TC--CC--A-T------------TA-TTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gcatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-AATGTCAT------ATAG-ATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATAGC-TT-TGC---CA-T-ATC--CAGT-TTA---CAGATGA---------AGTT-C-G--A---GT--TT--G--TTT--CGG--ATCG--ACTC--C---A---------------A-TT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T-------------C-TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : T-T-A---CAAATCA---------AGTT-CTG--A---GTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCC--A-TC--C---G-TCGCTCTACATTATA-TTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 111 111111111 1111111 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 333333333333
lowQualScore : 5 5 1 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 5 1 66 0 4 8 222 0 1 777777777 8 4 66 66 44 66 9999999 2 4 99 666666666666666666666 1111 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 4 777777777777 88
lowQualScore : . . . . .................................................................................................................................. . . ... . . . .. . . . ... . . ......... . . .. .. .. .. ....... . . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . . ............ ..
lowQualScore : 5 0 0 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 888 0 0 0 99 1 4 9 222 1 9 888888888 9 4 11 11 66 11 1111111 9 4 55 999999999999999999999 4444 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 4 999999999999 22
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANCC-AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT--T------ATAAAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TT-TGC---CA-T-ANC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT--T------ATAGAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : -TT----CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-A-A-G---T------ATA
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtTTGCATT-TGC---CA-T-ACCC-AAGT-TTA---CATATCA---------AGTTTC-G--AGT--TTG-GAATTA--G-A--ATCAA-CCG-C---A-T------------AT-TT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gttcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-A-A-TT--TC-----ATAaagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-T
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTTT-TTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGA-A-AT--TTTTTCCATAAAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatATCGC-TTACGC---GA-T-AGT--A--T-T-A---CAGATCATGGTATGCTGGTT-C-G---GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTGA-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-A-A-AT--TTGTTC-ATAATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctATATTGC-TTGTGC---GA-TTATCCAAAGTAT-AG--CACATTC---------AATT-C-G--AGT--TTA-A--TTT--T-G--ATCGA-TCGAC---AAT------------TT-TT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGC-TTCTGC---CA-T-AAC--AAGT-T-A---CAGAT-----------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--T-A--ATCCA-TT--C---A-T------------TG-TT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-GT--T------AAAGAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-A-C-TT--T------CCTACATTATCAGTT
gi|4 : ACATTGC-TT-TGC---CA-T-ATC--AAGT-T-A---CAGATCA---------AGTT-C-A--AGT--CTG-G--GTT--T-G--ATCCA-TT--C---T-T------------TT-TT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTTGG-CT-TGC---CAGT-AAC--CCAT-T-A---CATGTTA---------AGTTTC-GGAAGT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCGA-TC--C-----T------------TA-TT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-ACATGT--C------ATAAAtcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATTGC-TT-TGCTCACA-T-ACCC-AAGT-T-ATGTCAGATCA---------AGT--C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-GGAATTCA-TC--CC--A-T------------TA-TTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gtggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-A-ATGTCAT------ATAG-ATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATAGC-TT-TGC---CA-T-ATC--CAGT-TTA---CAGATGA---------AGTT-C-G--AGT--TT--G--TTT--CGG--ATCGACTC--C---A---------------A-TT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T-------------C-TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : T-T-A---CAAATCA---------AGTT-CTG--AGTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCCA-TC--C---G-TCGCTCTACATTATA-TTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222 11111 111111111 1111111 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 3333333333
lowQualScore : 5 5 1 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 777 4 4 1 000000000 11111 66 4 777 777 1 777777777 8 4 66 66 44 66 9999999 2 4 99 666666666666666666666 1111 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 4 2222222222 5 1
lowQualScore : . . . . .................................................................................................................................. . . . ... . . . ......... ..... .. . ... ... . ......... . . .. .. .. .. ....... . . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . . .......... . .
lowQualScore : 5 0 0 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 888 4 4 0 000000000 33333 11 4 888 888 9 888888888 9 4 11 11 66 11 1111111 9 4 55 999999999999999999999 4444 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 4 9999999999 0 8
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GTT------ATA-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GTT------ATA-AAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : -TT----CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-A-A-G-T------ATA-
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtTT-GCATT-TGC---CA-T-ACC-------C-AA----GT--TTA---CAT---ATCA---------AGTTTC-G--AGT--TTG-GAATTA--G-A--ATCAA-CCG-C---A-T------------AT-TT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gttcgatattaggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-A-A-TTTC-----ATA-aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-T
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTTT-TTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGA-A-ATTTTTTCCATA-AAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatACATTTGC-TT-TGC---C--T-ATCGCTTACGC-GATAGTAT--T-A---CAG---ATCATGGTATGCTGGTT-C-G---GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTGA-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-A-A-ATTTGTTC-ATA-ATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtATATT-GC-TTGTGC---GA-TTATC-------C-AA----AG--T-A---TAGCACATTC---------AATT-C-G--AGT--TTA-A--TTT--T-G--ATCGA-TCGAC---AAT------------TT-TT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TTCTGC---CA-T-AAC---------AA----GT--T-A---CAG---AT-----------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--T-A--ATCCA-TT--C---A-T------------TG-TT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-GTT------AAA-GAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-A-C-TTT------CCT-ACATTATCAGTT
gi|4 : ACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ATC---------AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-A--AGT--CTG-G--GTT--T-G--ATCCA-TT--C---T-T------------TT-TT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTT-GG-CT-TGC---CAGT-AAC-------C-CA-----T--T-A---CAT---GTTA---------AGTTTC-GGAAGT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCGA-TC--C-----T------------TA-TT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-ACATGTC------ATA-AAtcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATT-GC-TT-TGCTCACA-T-ACC-------C-AA----GT--T-ATGTCAG---ATCA---------AGT--C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-GGAATTCA-TC--CC--A-T------------TA-TTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gtggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-A-ATGTC------ATATAGATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATA-GC-TT-TGC---CA-T-ATC-------C-AG----TT--T-A---CAG---ATGA---------AGTT-C-G--AGT--TT--G--TTT--CGG--ATCGACTC--C---A---------------A-TT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T-------------C-TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : ---CA-T-GAC-------CGAA----GTCTT-A---CAA---ATCA---------AGTT-CTG--AGTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCCA-TC--C---G-TCGCTCTACATTATA-TTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222 11111 111111111 1111111 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 333333
lowQualScore : 5 5 1 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 777 4 4 1 000000000 11111 66 4 777 777 1 777777777 8 4 66 66 44 66 9999999 2 4 99 666666666666666666666 1111 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 4 99 5 111111 8888 1
lowQualScore : . . . . .................................................................................................................................. . . . ... . . . ......... ..... .. . ... ... . ......... . . .. .. .. .. ....... . . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . . .. . ...... .... .
lowQualScore : 5 0 0 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 888 4 4 0 000000000 33333 11 4 888 888 9 888888888 9 4 11 11 66 11 1111111 9 4 55 999999999999999999999 4444 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 4 11 0 999999 0000 0
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : -TT----CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-A-A-GTAT------ATTCG-ATATTA
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtTT-GCATT-TGC---CA-T-ACC-------C-AA----GT--TTA---CAT---ATCA---------AGTTTC-G--AGT--TTG-GAATTA--G-A--ATCAA-CCG-C---A-T------------AT-TT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-A-A-TT-TC-----AT--A-aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-T
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTTT-TTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGA-A-AT-TTTTTCCAT--A-AAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatACATTTGC-TT-TGC---C--T-ATCGCTTACGC-GATAGTAT--T-A---CAG---ATCATGGTATGCTGGTT-C-G---GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTGA-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-A-A-AT-TTGTTC-AT--A-ATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtATATT-GC-TTGTGC---GA-TTATC-------C-AA----AG--T-A---TAGCACATTC---------AATT-C-G--AGT--TTA-A--TTT--T-G--ATCGA-TCGAC---AAT------------TT-TT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TTCTGC---CA-T-AAC---------AA----GT--T-A---CAG---AT-----------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--T-A--ATCCA-TT--C---A-T------------TG-TT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-GT-T------AA--A-GAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-A-C-TT-T------CC--T-ACATTATCAGTT
gi|4 : ACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ATC---------AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-A--AGT--CTG-G--GTT--T-G--ATCCA-TT--C---T-T------------TT-TT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTT-GG-CT-TGC---CAGT-AAC-------C-CA-----T--T-A---CAT---GTTA---------AGTTTC-GGAAGT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCGA-TC--C-----T------------TA-TT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-ACATGT-C------AT--A-Atcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATT-GC-TT-TGCTCACA-T-ACC-------C-AA----GT--T-ATGTCAG---ATCA---------AGT--C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-GGAATTCA-TC--CC--A-T------------TA-TTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-A-ATGT-C------AT--ATAGATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATA-GC-TT-TGC---CA-T-ATC-------C-AG----TT--T-A---CAG---ATGA---------AGTT-C-G--AGT--TT--G--TTT--CGG--ATCGACTC--C---A---------------A-TT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T-------------C-TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : ---CA-T-GAC-------CGAA----GTCTT-A---CAA---ATCA---------AGTT-CTG--AGTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCCA-TC--C---G-TCGCTCTACATTATA-TTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222 11111 111111111 1111111 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 333333
lowQualScore : 5 5 1 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 777 4 4 1 000000000 11111 66 4 777 777 1 777777777 8 4 66 66 44 66 9999999 2 4 99 666666666666666666666 1111 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 4 99 5 111111 8888 1
lowQualScore : . . . . .................................................................................................................................. . . . ... . . . ......... ..... .. . ... ... . ......... . . .. .. .. .. ....... . . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . . .. . ...... .... .
lowQualScore : 5 0 0 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 888 4 4 0 000000000 33333 11 4 888 888 9 888888888 9 4 11 11 66 11 1111111 9 4 55 999999999999999999999 4444 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 4 11 0 999999 0000 0
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : -TT----CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-A-A-GTAT------ATTCG-ATATTA
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtTT-GCATT-TGC---CA-T-ACC-------C-AA----GT--TTA---CAT---ATCA---------AGTTTC-G--AGT--TTG-GAATTA--G-A--ATCAA-CCG-C---A-T------------AT-TT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-A-A-TT-TC-----AT--A-aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-T
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTTT-TTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGA-A-AT-TTTTTCCAT--A-AAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatACATTTGC-TT-TGC---C--T-ATCGCTTACGC-GATAGTAT--T-A---CAG---ATCATGGTATGCTGGTT-C-G---GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTGA-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-A-A-AT-TTGTTC-AT--A-ATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtATATT-GC-TTGTGC---GA-TTATC-------C-AA----AG--T-A---TAGCACATTC---------AATT-C-G--AGT--TTA-A--TTT--T-G--ATCGA-TCGAC---AAT------------TT-TT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TTCTGC---CA-T-AAC---------AA----GT--T-A---CAG---AT-----------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--T-A--ATCCA-TT--C---A-T------------TG-TT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-GT-T------AA--A-GAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-A-C-TT-T------CC--T-ACATTATCAGTT
gi|4 : ACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ATC---------AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-A--AGT--CTG-G--GTT--T-G--ATCCA-TT--C---T-T------------TT-TT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTT-GG-CT-TGC---CAGT-AAC-------C-CA-----T--T-A---CAT---GTTA---------AGTTTC-GGAAGT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCGA-TC--C-----T------------TA-TT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-ACATGT-C------AT--A-Atcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATT-GC-TT-TGCTCACA-T-ACC-------C-AA----GT--T-ATGTCAG---ATCA---------AGT--C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-GGAATTCA-TC--CC--A-T------------TA-TTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-A-ATGT-C------AT--ATAGATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATA-GC-TT-TGC---CA-T-ATC-------C-AG----TT--T-A---CAG---ATGA---------AGTT-C-G--AGT--TT--G--TTT--CGG--ATCGACTC--C---A---------------A-TT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T-------------C-TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : ---CA-T-GAC-------CGAA----GTCTT-A---CAA---ATCA---------AGTT-CTG--AGTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCCA-TC--C---G-TCGCTCTACATTATA-TTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
blockSeqs : . C T . T . G TCA G T T GCTTACGC TAGTA CT . TGT CAC C TGGTATGCT T T GA AT GT . CGGA G C GA GTCGCTCTACATTATA ACTC CGAGT T T C G T T . TAGAAAAGTATATTCGATATTAGG T A T TC AG T GCCCTCA GTCA C ATGT CTTTT CTTTA TT TGTTT C CTCC T CAT CATC ATTTA TTGG AGG G AGTACTT CT C GA C A AT TACGGG T AA ACA GG T TATG CTGTA . CA TG . G C TCA C TT AC C CTTACGCGAT T . TATG TGT CAC TGGTATGCT . G T GA G TTAG C . GAATT GA TTAA CCTCAA A A T C CC T T C T TG G A G C TG . TTTTCC AT A
blockSeqs : . . C . . . T CG A . . . . T . . . . . T . GTTG G . . CATATTTA T GT T . . G . . . GTTAGAAGAAATTTTTTCCATAA A G . . C . G . G . TTTA . T TAT C T T . A . . AA . GAATA . . A G A . . . . TC T . GAG C . . T . . . T . T T . T . . AT . A . . C . . . . . . CG . C GACAA . A . . C . . . T . . . . . TG . TGTTC A T
blockSeqs : . . . . . . A C G . . . . C . . . . . A . CGG C . . AATTT . . . . . . . . . TATGTATAAATTCATATAAGAA T . . . . . . . A . ATT . . TTC C A G . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . CG . G CCAA . . . . C . . . . . . . . . T . C A A
blockSeqs : . . . . . . T C G . . . . T . . . . . G . CGG C . . CATTA . . . . . . . . . TAAGAAAAATTTGTTCATA T . . . . . . . . . C . . GT . C G . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . TAAT . . . . C . . . . . . . . . A . . A C
blockSeqs : . . . . . . A C G . . . . C . . . . . G . GA G . . ATTG . . . . . . . . . GTAGAAACATGTCATA A . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CCA . . . . . . . . . . . . . . A . . A G
blockSeqs : . . . . . . C C T . . . . G . . . . . G . TG C . . TTTT . . . . . . . . . TAGAAAATGTCATATA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CA . . . . . . . . . . . . . . G . . T
blockSeqs : . . . . . . T . G . . . . C . . . . . G . TA G . . TTA . . . . . . . . . AAGATACTTTCCTA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CA . . . . . . . . . . . . . . T . . A
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . TG C . . ATC . . . . . . . . . TAGAAATTTCATA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA . . . . . . . . . TAGAAATTTATA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTCA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ATTA***************** ***** *** ** TAGAAATTTCATA************************************ ***** *** ** ** ** ** CA******** ** A***
originalCons : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------TN-TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
finalCons : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--CATTA-----------------TT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CTTAGAAATTTCATA------------------------------------ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATTCA--------TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------ATA---ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222 11111 111111111 1111111 333333333333333333333 1111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1111 1111 11 1111111111 111111111 111111 1111 1111111111 11 333333
lowQualScore : 5 5 1 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 777 4 4 1 000000000 11111 66 4 777 777 1 777777777 8 4 66 66 44 66 9999999 2 4 99 888888888888888888888 1111 0 99999 7 000 3 7 3 3 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9 2 33 55 2 8888888 4444 6 4444 66666 55555 44 99999 6 2222 8 333 6666 55555 4444 888 2 99999999999 33 2 55 4 4 33 666666 2 33 777 77 2 3333 88888 33 33 55 2 2 2 666 2 88 00 2 3333333333 2 2 8888 444 666 000000000 2 5 2 33 2 6666 2 33 333333 33 1111 7777777777 2 5 6 3 44 3 77 3 8 55 4 4 4 4 99 5 111111 8888 1
lowQualScore : . . . . .................................................................................................................................. . . . ... . . . ......... ..... .. . ... ... . ......... . . .. .. .. .. ....... . . .. ..................... .... . ..... . ... . . . . .. ................................................. . . . .. .. . ....... .... . .... ..... ..... .. ..... . .... . ... .... ..... .... ... . ........... .. . .. . . .. ...... . .. ... .. . .... ..... .. .. .. . . . ... . .. .. . .......... . . .... ... ... ......... . . . .. . .... . .. ...... .. .... .......... . . . . .. . .. . . .. . . . . .. . ...... .... .
lowQualScore : 5 0 0 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 888 4 4 0 000000000 33333 11 4 888 888 9 888888888 9 4 11 11 66 11 1111111 9 4 55 111111111111111111111 4444 5 11111 3 000 6 3 6 6 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 4 22 00 0 5555555 2222 0 2222 88888 00000 88 88888 0 2222 0 777 6666 33333 5555 777 2 66666666666 11 2 33 4 4 11 444444 2 22 444 99 4 8888 22222 22 22 66 5 5 5 999 5 44 99 5 4444444444 5 5 8888 444 999 000000000 5 0 7 77 7 1111 9 99 999999 99 8888 5555555555 9 7 7 3 66 3 99 3 0 55 0 0 4 4 11 0 999999 0000 0
consensus : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------T-ATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
Reference ( family-322 ) : ATTGGTTTTCCGCACTTTTTCTTCTCACTGCTTGCANATATTCATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ANC-------C-AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-G--ATCGA-TC--C---A-T------------T-ATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----ANT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AGAA-A-A-GT-T------AT--A-ANATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTA
gi|1 : TT----CACTGAGCG---TT-AGGGTTTGGC-T-T-GG-GAGCT-C----A-G---A-A--AAA----TTT----C--AAT------AGAGA-AGTGTA-GC--A--G-GGTT-------T----CGC-A----C-----T-----TTT--TTATTTCT-G----ACT-GC---T----T-----G----CAA--GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---TA-G-GT----AT-----ATTT--T--GCATT-TG-C---C-A--TAC-CC-A----------A-GTT----TA---CAT---ATCA---------AGTT-T-CG--A-GT----T-TGGAATTA----G-A--ATCA----ACCG-C----A--TA-T-TTCACTGAGTTT-ATTG--C-CCTTTA-A-AC--T-T-AGAA-A-A-GTAT------ATTCG-ATATTA
gi|1 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtTT-GCATT-TGC---CA-T-ACC-------C-AA----GT--TTA---CAT---ATCA---------AGTTTC-G--AGT--TTG-GAATTA--G-A--ATCAA-CCG-C---A-T------------A-TTT----CACTGAG-----TTTATTGCC---C-T-TTAA-A--CT-T----A-G---A-A--AAGTATATTC----G--A-T------ATTAGGATT-TA-TCTCA--G-TTTT-------CGTCACGC-A----C-----T-----TTT--TGT---TT-CT---ACT-G----T----T-----G----CA---GAGTG---A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-TAAT---T--G-GTTATGATCTGTAA--T--T--GC-GT-TG-C---CCA--TA--CC-AT---------ATG-T----TG---GAG---AT-G---------AG-TGT-CA--A-Gggatttatctcagttttcgtcacgcactttttgtttctactgttgcagagtgattcatttgatataattggttatgatctgtaattgcgttgcccataccatatgttggagatgagtgtcaagaagattcagctgtt
gi|10 : ttcactagtatatataggcacctttctagtgactgtaaagattgttctatataagtaatcatcagtttttacatgcaaccttttatttatactacaactgaacttttgcaaatattcatttagcgatctattttgggtttatcttgtattctagtttgcgctcatgatcttaaggttagacatcatttcaatagatttgatgtatccgaattcatgacttgtttcactgagcgttagggtttggcttgggagctcagaaaaatttcaatagagaagtgtagcagggtttcgcacttttttatttctgactgcttgcaagatattcatttgatatttaggtatatt--G-TTTT-------C----CGCCA----C-----T-----TTT--TTGTTTCT-C----ACTTGC---T----T-----G----CA---TA-T----A------T--T-CAA-T-TTG-A--T------A-C--T---T--G--T----AC-----A--T--T--GC-GT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-TG--A-GT----T-TGA--TTT----T-G--A-CC----ATT--C----A--TT-T-TTCACTGAG-TT-ATGC--C-C--TTG-G-AA--T-T--GAA-A-A-TT-TC-----AT--A-aagattcagctgtt
gi|12 : g--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CCTCCAC--GC---T----T-----G----CA---GA-T----G------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-TTATGTA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-G--ATCC----ATT--C----A--TT-T-T
gi|13 : ttgA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CATT--T-----TTT--T-----AT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-TGAATA------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--Gcatacgcccgtcttcaggcgttgtccgt
gi|15 : aA-TC--A--G-TTTT-------C----CAC-A----C-----T-----TTTTTT-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CG--T-TTG-A--T------A-
gi|17 : cggtaaTTGGTTTTCCGCACTTTTT-TTCTCACTGCTTGCAGATATTCATTTGAT
gi|2 : -TC--A--G-TTT--------C----CGC-A----C-----T-----TTT--TTAT--CT-C----ACT-GC---C----T-----GTTGGCA---GA-T----AGTACTTT--T-CA--T-TTG-A--TTACGGGG-T--TACAT--GTGT----AC-----A--T--TT-GC-TT-TG-C---C----TA--TC-GCTTACGCGATA-G-TAT--TA---CAG---ATCATGGTATGCTGG-T-T-CG----GT----C-TTG--TTTGAATT-G--ATCCC---AT--------A--TT-TATTCACTGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-T-ACTGT-T-AGAAGA-A-AT-TTTTTCCAT--A-AAATTATCAGTT
gi|2 : cgtcagggtccggggtaatACATTTGC-TT-TGC---C--T-ATCGCTTACGC-GATAGTAT--T-A---CAG---ATCATGGTATGCTGGTT-C-G---GT--CTT-G--TTT--G-A--ATTGA-TC--CCATA-T------------TTATT----CACTGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GT-A--CTGTTAGAA-G---A-A--A------TTTTTTCC--A-TA-----A-----AAT-TA-TC--A--GTTTTT-------C----CGC-A----C-----TCTTTATTT--T-----CT-CA---ACT-GC---TA---TATTTAG----CAAGGAA-T----A------T--TCCA--T-TTG-A--T------A-T--T---TGGG-GTGAG-AT-----A--T--T--GC-TTGTG-C---G-AT-TAT-CC-A----------A-A-G----TA---TAGCACATTC---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TAA--TTT----T-G--ATCG----ATCGACA---A--TT-T-TTCCCTGAG-TT-ATGG--C-C--GTGCGTAC--T-TAAGAA-A-A-AT-TTGTTC-AT--A-ATAATATCAGCTtttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagatattgcttgtgcgattatccaaagtatagcacattcaattcgagtttaattttgatcgatcgacaatttttccctgagttatggccgtgcgtacttaagaaaaatttgttcataataatatcagctttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|2 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtATATT-GC-TTGTGC---GA-TTATC-------C-AA----AG--T-A---TAGCACATTC---------AATT-C-G--AGT--TTA-A--TTT--T-G--ATCGA-TCGAC---AAT------------T-TTT----CCCTGAG-----TT-ATGGCC---G-TGC-GT-A--CT-T----A-AGAAA-A--A------TTTGTT-C--A-T------A-----ATAATA-TC--A--G-CTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TTCC----ACT-GC---T----T-----G----CA---TA-T----AT-----T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--TTC-T--G-GTA---AC-----A-----T--GC-TT-TG-CT--C-ATTTA--CC-A----------A-G-T----TA---TCA---ATCA---------AG-T-ttccgcactttttttccactgcttgcatatatttcatttgatatttctggtaacatgctttgctcatttaccaagttatcaatcaagtctctccgcgttcga
gi|3 : cgtcagggtccggggtaattcagtttccgcacttttttatctcactgcctgttggcagatagtacttttcatttgattacggggttacatgtgtacatttgctttgcctatcgcttacgcgatagtattacagatcatggtatgctggttcggtcttgtttgaattgatcccatatttattcactgagttatggcccttgtactgttagaagaaattttttccataaaattatcagtttttccgcactctttattttctcaactgctatatttagcaaggaatattccatttgatatttggggtgagATTGGTTTTCCGC-CTTTTTCTTCTTACTGCTTGCATATAT-CATTTGATATTTGGTACATTTCTTTGCCATAACCAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATT-GC-TTCTGC---CA-T-AAC---------AA----GT--T-A---CAG---AT-----------AGTT-C-G--AGT--TTG-G--TTT--T-A--ATCCA-TT--C---A-T------------T-GTT----CATTGAA-----TT-ATGGTC---C-G-T-GG-A--GT-T----A-G---A-A--A------TTT-------A-T------A-----ATT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGCGA----C-----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AA-----A--T--T--G--TT-TG-C---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CG--A--T----T-TGG--TTT----T-A--ATCC----ATT--C----A--TT-T-TTCAC------T-ATGG--C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-GT-T------AA--A-GAATTATCAGTTACAGATCCAGATCGAATTTAGATTTGATCTActctccgcgttcga
gi|4 : -TA-TC--A--G-TTTT-------T----TGC-A----CC----T-----TTT--T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-T-T-CA--A-GT----C-TGG--GTT----T-G--ATCC----ATT--C----T--TT-T-TTCACTGTG-TT-ATGG--CTC--TTC-T-AC--T-A-AGAT-A-C-TT-T------CC--T-ACATTATCAGTT
gi|4 : ACATT-GC-TT-TGC---CA-T-ATC---------AA----GT--T-A---CAG---ATCA---------AGTT-C-A--AGT--CTG-G--GTT--T-G--ATCCA-TT--C---T-T------------T-TTT----CACTGTG-----TT-ATGGCT---C-T-T-CT-A--CT-A----A-G---ATA--C------TTT----C--C-T------A-----CAT-TA-TC--A--G-TTTT-------T----CAC-T----C-----C-----TTT--TTTC--CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--TC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AA-T-T-CG--A-GT----T-TGG--TTT----T-A--ATAC----AAT--A----A--TT-T-TTCACTTAA-TT-ATGGC-C-C--TTG-G-AC--T-T-AAAA-A-A-tttcactccttttttcctcactgcttgcagatattcatttgatatttggtacattgctttgccatatcaagttacagatcaaattcgagtttggttttaatacaataatttttcacttaattatggcccttggacttaaaaaaagatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : tatcagttttttgcacctttttctcactgcttgcagatattcatttgatatttggt-TA-TC--A--G-GTTTGCCCTCAC----CTT-A----C-----T-----TTT--T-----TT-C-----CT-GC---T----T-----G----CAAA-GA-T----A------T--T-CAGAT-TTG-A--T------T-T--T---T--G-GT----GCC----A--T--TTGGC-TT--G-C---C-AG-TAACCC-A--------------T----TA---CAT---GTTA---------AG-T-TTCGGAA-GT----T-TGG--TTT----CGG--ATCG----ATC--C-------TT-A-TTCA-TGAGTTT-ATGGCCC-C--TTG-G-AC--T-T-agatttcaaaaaggactttatatctctttggagtggttatttatttcttgaatacttatactataaagattttgttaatacatgtctgattaaaatcggctttttgatctactcttttttttgtacagtaaaacttaaaaggagtagatcaaggagctgattttaatcagattgacttgagt
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaaTT-GG-CT-TGC---CAGT-AAC-------C-CA-----T--T-A---CAT---GTTA---------AGTTTC-GGAAGT--TTG-G--TTT--C-GG-ATCGA-TC--C-----T------------T-ATT----CA-TGAG-----TTTATGGCC---CCT-T-GG-A--CT-T------------------------T----C--A--------------ACT-TT-TC--AC-G-CT---------A----CAT-A----T-----T-----TCT--T-----CT-CC---ACTTGC---T----T-----G----C----GA-T----A------TCTT-CA--A-TTG-GATT------A-T--T---TT-G-GC----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-CTCAC-A--TA--CCCA----------A-G-T----TATGTCAG---ATCA---------AG-T---CG--A-GT----T-TGG--TTT----C-GGAATTC----ATC--CC---A--TTAT-TTCACTGAG-TT-ATGG--C-CT-TTG-G-AC--TGT-AGAA-ACATGT-C------AT--A-Atcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggcacattgctttgctcacatacccaagttatgtcagatcaagtcgagtttggtttcggaattcatcccattatttcactgagttatggcctttggactgtagaaacatgtcataaatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|5 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatACATT-GC-TT-TGCTCACA-T-ACC-------C-AA----GT--T-ATGTCAG---ATCA---------AGT--C-G--AGT--TTG-G--TTT--C-GGAATTCA-TC--CC--A-T------------T-ATTT---CACTGAG-----TT-ATGGCC---T-T-T-GG-A--CTGT----A-G---A-AACA------TGT----C--A-T------A-----AATGGA-TC--AAGG-TTTT-------C----CGCAA----CTTTA-T-----TTT--T-----CTCC----AC--GCCATT----T-----G----CA---Gatggatcaaggttttccgcaactttatttttctccacgccatttgcagtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : ccgtcagtccgtaggtaatatcaggtttgccctcaccttactttttttcctgcttgcaaagatattcagatttgatttttggtgccatttggcttgccagtaacccattacatgttaagtttcggaagtttggtttcggatcgatccttattcatgagtttatggccccttggactttcaacttttcacgctacatatttcttctccacttgcttgcgatatcttcaattggattattttggc-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTTT-T-----CT-C----ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTGAA--T------ATT--T---T--G-GT----AC-----A--T--A--GC-TT-TG-C---C-A--TAT-CC-A----------G-T-T----TA---CAG---ATGA---------AG-T-T-CG--A-GT----T-T-G--TTT----CGG--ATCG----ACT--CCA--A-------TTCA-TGAG-TT-ATGGC-C-C--TTG-GTAC--T-T-AGAA-A-ATGT-C------AT--ATAGATTATCAGTTtgcgtagctgccatcttggcaaat
gi|6 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagACATA-GC-TT-TGC---CA-T-ATC-------C-AG----TT--T-A---CAG---ATGA---------AGTT-C-G--AGT--TT--G--TTT--CGG--ATCGACTC--C---A----------------ATT----CA-TGAG-----TT-ATGGCC---C-T-T-GGTA--CT-T----A-GA--A-A--A------TGT----CATA-T------A-----GAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-AATGTT-----T-----TTT--C-----CT-C----ACTGGC---TCATCT-----G----C----GA-TA---A------T--T-CA--TCTCG-A--T------A-T--T---T--G-GTA---AC-----A--TCAT--GC-TT-TG-----C-A--TA--CC------------A-G-T----TT---CAGA--ATCA---------AG-T-T-CG--A-GT----TCTGG--TTT----C-G--AT-C----ATT--T----AATTT-T-TCCACTGAG-TT-A-GG--T-C--CTG-ttccgcaatgttttttcctcactggctcatctgcgataattcatctcgatatttggtaacatcatgctttgcataccagtttcagaatcaagttcgagttctggtttcgatcatttaatttttccactgagttaggtcctgcaatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|7 : tctgtctgtctgtccgtcagtctccggtaaaagtcagttttccgcacttttttctcactgcttgcagatattcatttgaatattttggtC--C---A-T------------C--TT----CACTGAAGT---TT-ATGGCC---C-TGT-GG-A--CT-T----A-G---A-A--A------TTT----C--A-T------A-----AAT-TA-TC--A--G-TTTT-------C----CGC-A----CCTTTTT-----TTT--T-----CT-C----ACTGGC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--TGTTGAA--T------T-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TGCC---C-A--TA---C-A----------A-G-T----TA---AAG---ATCA---------AG-TCT-CG--AGGTTTAGT-TAG--TTT----T-G--ATTTG---ATT--C----A--TT-T-TTCACTGTG-TTCATGG--T-C--CTG-caatgtcctatctccctggctttttccataacccactattgatcgaactatagctatataatgcaattagaaaatattctcgttg
gi|8 : c-TTTT-------C----CGC-A----C-----T-----TTT--T-----TT-CC---ACT-GC---T----T-----G----CA---GA-T----A------T--T-CA--T-TTG-A--T------A-T--T---T--G-GT----AC-----A--T--T--GC-TT-TG-C---C-A--TA--CC-A----------A-G-T----TA---CAG---ATCA---------AG-A-T-CG--A-AT----T-TGG--ATT----T-G--ATCCTTAAATT--CCTCAA--TT-TATTCAtccttcctgagctcgtttaccaaaaatatgaataagcctagcataatcaatttagaatattgttgc
gi|9 : ---CA-T-GAC-------CGAA----GTCTT-A---CAA---ATCA---------AGTT-CTG--AGTATTTGTG--CTTGTT-G--ATCCA-TC--C---G-TCGCTCTACATTAT-ATTACTCCACTGAGCGAGTTT-ATGGCCT--C-T-T-GG-A--CT-T----ATGTATA-A--A-------TT----C--A-TATAAGAA-----ATT-TATTC--A--G-TTTTG------A----CGC-T----CT----T-----TTT--T-----CTCC----ACT-tctttaagtttatactagcctatgatcctagtgcctcgaggcaaactgtaccaataattacccttaccataaagcttatgctatagcctacataatgatattagaatattgttgc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTCATTTTCAAATATCTATTAAAAATTCGTTGGGTTTCAATATGATTAAAATCAGCTCTTCGATCCACCCCTTTTAAAAAAAAAAATGTGTGGCAACAATATGAAAAAGGGAGCGGATCGATGAGCTGATTTTAATTTGATTGATTGATT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTCCTATCCTGGCTTACCATAAAATATGATCGATATAGCCTATATAATGCAATTAGAATAT
Unaligned ( gi|16 ): AGAATTGTTGGGTACAATATTTTTGTGTAATAACCGTAGGATATGTTGTGTGCAA