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lowQualScore : ....... .. ... .................... . .... . . . . .... .. .. .. .......... .. .. . . ..................... ... ............... .. ... . . ... ..... . ............ . . ... . . ... ........ . ... . ........................................................................................................................... ... . . . . . . .............. ...................... ... .. .. .... ...... . . . ..... .. ... .. . ... ..... ..... . . . . .......... . . ................. .. .................................................................................. ..... .. . . ...... . . . . .. .. ...................................................................... ... ........ .............. ....... .. . .. .... . ... .. ... . ...................................................... . ..... ........... ... .. ............... .... . ........................... .............. . ................................ ..... ....... . . . . . . .. . .................................... ..... ...... .. . .... .... .. . .... . . . ...... . .. ..
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Reference ( gi|5 ) : AGGGGGG---AT-AG--GGGCAA-GTGCC------------T-------TTCAAGAGT---GG-G-GGGGGGGGG-GCAA-AA-C-TA--TG-TT--T----------T--G--C-CCACCCC------T--T-----------TTTTT---CTC--A-A-GT--AA---T--T---TTTGT-T---CTGCA--T--A-AA-T-A-----C--A-C-A-C-A-AT-T---T-TGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC-------AC-------T----------TT---C-A-GTA-A---AT---TA--TAGAGGTATG-----------CC-CC-----------------C----TTC-------------C-----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A-ATGAC-----C----TTTTA--TA----TTTT--------ATT---TTTG--C--TT----GT-T----A-C-A-T-----A--A---T--TT-GAA---G-AG--TG-----CCCACCCCAC-CC-C--TTACA---TT-C-AG-A-AAT---T-----T-ATAG--AG--GTT---------------CG--TA-----AC----------CT----CC------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-C-A-A--A-TG-A---C-----C-------T---------------T-----------TT--------A------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-TA-----A-A-T-TTTG-----------------AAG-AA-G--T--G-------CCACCC-----CCT-----ACA--TT---C--AGA-AAT---T----TTATAG----AGGT---T----------------CG--T--CC--------------CTCC-----------------------C--------AC-----T-------TT-C-AG-TGT-TC-A-A--ATG-----------A--A----C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-C-AT-T----ATT-TTG-GAAGT--TTGCC
gi|4 : AGGGGGG---AT-AG--GGGCAA-GTGCC------------T-------TTCAAGAGT---GG-G-GGGGGGGGG-GCAA-AAAC-TA--TG-TT--T----------T--G--C-CCACCCC------T--T-----------TTTTTT--CTC--A-A-GT--AA---T--T---TTTGT-T---CTGCA--T--A-AA-T-A-----C--A-C-A-C-A-AT-T---T-TGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC-------AC-------T----------TT---C-A-GTA-A---AT---TA--TAGAGGTATGG----------CC-CC-----------------C----TTC-------------C-----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A-ATGAC-----C----TTTTA--TA----TTTT--------ATT---TTTG--C--TT----GT-T----A-C-A-T-----A--A---T--TT-GAA---G-AG--TG-----CCCACCCCAC-CC-C--TTACA---TT-C-AG-A-AAT---T-----T-ATAG--AG--GTT---------------CG--T------AC----------CT----CC------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-CAA-A--A-TG-A---C-----C-------T---------------T-----------TT--------A------------T---T--------T--------------TT-------GT-C-T--T----G-T---C--AC---A-TA-----A-A-T-TTTG-----------------AAG--A-G--T--G-------CCCACC-----CCT-----ACA--TT---C--AGA-AAT---T----TTATAG----AGGT---T----------------CG--T--CC--------------CTCC-----------------------C--------AC-----T-------TTCC-AG-TGT-TC-A-A--ATG-----------A--A----C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-C-AT-T----ATT-TTG-GAAGT--TTGCC
gi|7 : AGGGGGG---G---G--GGGCAA-TTGCCCCCCT-------T-------TTCAAA--T---GG-G-GGGGGGGGG-GCAA-AA-G-TA--TGTTT--T----------T--G--C-CCCCCCC------CCAC-----------TTTTT---CGC--T-A-AT--AA---T--T---TTTTT-T---CTGCA--T--A-AA---A-----C--A-C-A-C-A-AT-T---T-AGGA--ATT-GTG--CC-CCCCC---------------------------------------------------------------------------C-CC-----------------C----CCC-------------C-----AA---TTGCAGTT-GT-TC-A-A-GC-AC-----C----CCCCC--TT----TTTT--------TTT---TTGG--C--TT----GT-C----A-C-A-T-----A--A---T--TT--AC---A-AG--TGTTGCCCCCCCCCCCC-CC-C--TT------TT-C-AG-T-AA----------T-ATAA--GA--GTT---------------GG--TGC----CC----------CC----CC------------------------C------CC-----TT--TC-A--TG------T-A-C-A-A--G--G-A---C-----C-------T---------------T-----------TT--------T------------TTTGT--------T--------------TT-------GC-C-T--T----GTT---C--AC---A-TA-----A------TTC-----------------A---CA-G--T--G-------TTGCCC-----CCC-----ACT--TT---TCAAGT-AA----T----TTATAG----A--T---TG---------------TG--T--CC--------------CCCC-----------------------CTT------CC-----T-------TT-C-AA--G--TC-A-A--A-------------G--A----C------C--------------------------------------------------ATC-A-C-A--A----ATT-TT--GAAGT--TTTCC
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gi|9 : gagcGGGGGG-------G--GGGCAC-ATGCCCCCCC-------T-------TTCAAAAGTTGGGG-G-GGGGGGGGG-GCAA-AA-AGTAG-TT-TT--T----------T--G--C-CCCCCCC------C--CAC---------TTTTT---CTCT-G-A-GT--AA---CCCT---TTTTT-C---TTGCA--A--T-AA-T-A-----T--A-C-A-C-A-AT-T---T-AGAA---GT-GTG--CC-CCCCCCC-----AC-------T----------TT---CCA-GTA-A--------TA--AAAGAGT-TG-----------CC-CC-----------------CCCCCTCC-------------C-----AC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A-ATG-C-----CTTT-TTTTT--TT----TTTT--------TTT---TTTG--C--TT----GT-TTGTCA-C-A-T-----A--AT--T--TT-GAA---G-TG--TG-----CCC-CCCCCC-CC-C----ACT---TT-C-AG-T-AAT---A-----A-ATAG--AG--GTC---------------C----------CC----------CC----CC------------------------C------AC-----TT--TT-AG--G------T-T-C-A-A--A-TG-----C-----CTTTTTTTT---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-T------A-A-T-TTTG-----------------AAG-gttcaaagcctttttttttgttgtcaaataattacagtgtgccccccccttttttcaagattatagagttgtgcccccccacccgcccccacacacacacacacactttcagtgttcaaaggctttctttttttttttgctgtcagaaattttgaagtttg
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gi|6 : tgggcgtaggagccgggGGGGGG---GC-AGCGGGGCAC-ATGCCCCCCCCCCAC--T-------TTCAAAAGT---GG-G-GAG--------CAA-AA-G-TA--T--TT--T----------T--G--C-CCCCCCCCCACC-T--T-----------TTTTT---CTC--C-A-ATC-AA---T--T---TTTTT-T---CTGCA--T--A-AA---A-----C--A-C-A-C-A-AT-TGGAT-TG-----GT-G-G-----CCCCC-------AC-------T----------TT---C-A-G--------C---TG--TGAA---ATG-----------CT-TT-----------------T----TT---------------------T---TTTCA-----C-TC-A--------------------------------TTT--------GTC---TATG------------T-C----A-C-A-T-----A--A---T------AC---A-AG--TG-----TCCCGCCCA-----C--TTGCA---GT---------AT---T-----T-ATAG--AG----T---------------TG--TGCCCCTCC----------CC----CC------------------------C------AC------T--TC-A---G------T-T-T-A-A--A-GG-A---C-----T-------T---------------TC----------TT--------A------------T---T--------T--------------AT-------G--C-TTGT----G-T---C--AC---C-T------A-A-T-TT------------------------A-C--T--G-------TTGCCC-----CC------ACC--TTTTCT--AGT-AA----T----TTATAG----ACGT---T-----------------G--TACCC--------------CCCC-----------------------C--------CC-----T-------TT-C-AG-TGT-TC-A-G--A-G-----------A--G----C------T---------T-----T------T--TGTTCTGT----T--T-GCTT----GTC-AGCAAT-TA---AAT-TTG-CAAGT--TTGCtcagtttttttttttttttttttgcttgtcaacat
gi|12 : gcagggggGGGGGGCAAATCGG--GGGCAC-ATGCCCCACCCAC----T-------TTCAAAAGT---GG-G-G----GGGG-GCAA-AA-G-TATGTG-TT--T----------T--G--C-CC-CCCA------C--T-----------TTTTC---CTC--G-A-GT--AACTTT--T---TTTTT-T---CTGCA--A--ATAA-T-A-----C--A-C-A-C-A-AC-T---T-AGAA--
gi|10 : aggcgcggggggggGGG---AT-AA--A---AA-GTAC----------------------TCGAGAAA---AA-G-GGGGGGGGG-CCAGCAA-C--A--TC-TT--T----------T--G--C-CCTCCCC------gccttttttttttttttttttttttttttttttttttgcttgtcgacataatatttgaagtgtgccccccccctccccactttccagtcataatagaggtttgcccccacttttatgtacaaatgcttttttttttattattttttttttttttgcttgtcaacataatttggaaagtttg
gi|17 : ttattggtgccatttggtaaggacgatcgcgtaggaggcgggtggT-GG--GGCCAATATGCC------------T-------TTGAAG-------G-G-GGGGGGGGG-GTAT-TG-C--A--TT-TT--G----------T--G--C-CCCCCCC------C--T-----------------------------T--AC---T--C---TTTGT--------CA--A--A-GT-T-A-----A--A-C--------T-T---T-T-------T-CTG-----CAACC-------A-------------------TT---C-A--CATA---AT---TA--AGAAGATTTG-----------CC-CT-----------------C------C-------------C-----CC---T----G-T-GT-T--A-T-ATTAC-----C----TTTTA--T------TTT---------TT---CTTG--C--TT----GT-C----A-C-A-TTCTTCATTA---T--TT-GAACTTG--T--TG-----CCCCCCCCAC-CC-tgggcaaataatagctacaacaatgtataagtggtggcccccccctcccacccagcttcagtattacaaaaaggttcaccgccacttttagtgcaaaatgggcttttttttttttttgcgtccacatatttgtagggggccccccccccgcttcagaaataaaatagaggtaggtttgcctcccgcccccctcgctcacttatagtgtttaaacatgcccccttattcatgtttcttggcacataattttaatttgccccccccgcccccccc
gi|11 : cggaggggacgcatgtTTAAAAGG---GGCG-GGGGGGGGG-GCAA-AAGT-TA--TG-TTA-T----------T--G--CGCCCCCCC------T--T-----------TTTTT---ATC--A-A--T--AA---T--TAATTTTGT-TTTTCTGCA--A--A-AA---A-----C--A-C-AAC-A-AT-T-------AGT-AGT-GTG--CC-CCCC---------------------------------------------------------------------------CC-CC-----------------C----CCC-------------C-----AC---TGTCAG-T-GG-TT-G-A-ATG-C-----C----TTCTG--T-----TTTT---------TT---TTTG--C--TT----GT-C----A-C---T--------A---T--TC-CAA---G--T--TG------CCGCCCC-C-CC-A--TT------TT-C-AG-T-ATTA--T-----T-ATAG--AGT-GTC---------------C-----------C----------CC----CC------------------------C------
gi|9 : ccaacAAAAGT---GG-G-G-GGGGGGC-AAAA-AA-C-TA--CT-TT--T----------T--G--C-CCCCCCC------ccccccccccccccccccccctcccccccccccacttcagtgttcaaaggacctttttttttttttgcttgtcaacattgttgaagtttgcccccccccccccccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|7 : tggcggtaggagccggggggggggcgggcatgggggggggggcacatgccccccctttcaaaagttgggggggAAAAGT---GG-G-GGGGGGG----CAA-AA-A-CA--TACTT--T----------T--G--C-CCCCCCC------tctctgagtaacccttttttcttgcaataatatacacaatttagaagtgtgcccccccccactttccagtaataaaagagttgccccccccctcccacttttagtgttcaaatgccttttttttttttttttttttgcttgtttgtcacataattttgaagtgtgccccccccccccactttcagtaataaatagaggtcccccccccacttttaggttcaaatgcctttttttttttttttttgcttgtcacataattttgaag
gi|16 : gagcagggggggggggcaattgccccccttttcaaatgggggAAAAGT---GG-G-GG----GGG-GCAA-AA-A-CA--TA-CT--T----------T--G--C-CCCCCCC------tcgctaataattttttttctgcataaaacacacaatttaggaattgtgcccccccccccccccaattgcagttgttcaagcaccccccctttttttttttggcttgtcacataatttacaagtgttgcccccccccccccccttttcagtaatataagagttggtgcccccccccctttcatgtacaaggaccttttttttgttttgccttgttcacataattcacagtgttgccccccacttttcaagtaatttatagattgtgtcccccccttcctttcaagtcaaagaccatcacaaattttgaagttttccc
gi|13 : taggggcagggggggggggcacatgccccccccccccattttcaaaagtgggAAAGGT---GG-G-GGGGGGGGG-GCAA-AA-C--A--TA--C--T----------T--G--C-CCCCCCC------tccatattttttctttctgcataaaaacacagaatttaggagtgtgcccccccccacttttttttttttttttgcttgtcacataatttaaaggcctttttttttttgcttgtcacataattt
gi|23 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggGAGG---GG-G-GGAGGGGGG-GCAA-G----TA--TG-TT--TTTCCTTTATAT--G--C-CCCCCCC------C--T-----------TTTTT---TCC--A-A--T---A---T--T---TTT-T-T---CTGCA--TTAA-AA-A-A-----C--A-C-A-T-A-AA-T---T-AGGA--A-T-GTG--CC-ACTCC-------ttctcaaaatattttctgcataaaaaacatatttagtgtgccccactttcagtgttcaaagcctttttttttgttgtcaaataattacagtgtgccccccccttttttcaagattatagagttgtgcccccccacccgcccccacacacacacacacactttcagtgttcaaaggctttctttttttttttgctgtcagaaattttgaagtttg
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gi|12 : tatgtttttgcccccccccc------T--T-----------TTTTT---TT----------------T--T---TTTTT-T---TTGCT--T--G----T-C-----G--A-C-A-T-A-ATAT---T-TGAA---GT-GTG--CC-CCCCCCCTCCCCAC-------T----------TTC--C-A-GT--C---AT---AA--TAGAGGTTTG-----------CC-C-------------------------C-------------C-----AC---TTTTA--T-GT-AC-A-A-ATG-CTTTTTT----TTTTAT-TATTTTTTTT--------TTT---TTTG--C--TT----GT-CA---A-C-A-T-----A--A---T--TT-GGA---A-AG--Tc
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gi|13 : gcccccccccccccaattttcagtgatttatagaggccccccccccccacaactttcagcgttaaaaagactttctttt---T--T---TTTGT-T---GT-----C--A-AA-T-A------------------AT-T-------AC--AGT-GTG--CC-CCCCC--------C-------T----------TTTTTC-A---A-G---AT---TA--TAGAGTTGTG-----------CC-CCCCCACCCGC--------C----CCCACACACACACACAC-----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A-A-GGC-----T----TTCT---------TTTT--------TTT---TTTG--C---T----GT-C----A-G-A-A-----A--T---T--TT-GAA---G-tcctacgcctctgttcatgcttctagttattgccgttcacgataatg
gi|20 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgttttgcccccccccccccacctttttctcaaaatattttctgcataaaaaacatatttagtgtgccccactttcagtgttcaaagcctttt---T--T---TTTTT-T---TTGCT--T--G----T-------C--A-C-A-T-AGAT-T---T-TTGA--AGT-GTG--CC-CCCCC-------AC-------T----------TT---C-A-GTC-A---ATA--AA--TAGAGGTTTG-----------CCGCC-----------------C------C-------------C-----AC---TTTTAG-T-GTAAC-A-A-ATG-C-----CTTTTTTTTATTTATTT-TTTT--------TTT---TTTG--C--TT----GTCC----A-C-A-T-----A--A---T--TT-GGA---tttg
gi|14 : actttC-CCCCA-------AT-------T----------TT---C-A-GTG-A---TT---TA--TAGAGGC--------------CC-CC-----------------C----CCC-------------CCCACAAC---TTTCAG-C-GT-TA-A-A-AAGAC-----T----TTCTT--TT----TTTT--------CTT---TTTG--C--CT----TT-T----A-C-A-T-----A--A---T--TTAGAA---GTAGTTTG-----CCC-CCCCCC-CC-C--TT------TT-CAAG-T-GAT---T-----T-ATAG--AA--ATT---------------TGCCCC-----CC----------CC----CC------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-C-G-A--A-TG-A---C-----C-------T---------------T-----------TT---------------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-AA-----C-A-T-TTTG-----------------AA--AA-GTTT--G-------CCCCCC-----CCa
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gi|16 : tgccccccc-A---AT---T---TAGGAGTGTG-----------CC-CC-----------------C----CCC-------------C-----AC---TTT-------------------------------TTTT---------TTTT---------TT---TTTG--C--TT----GT-C----A-C-A-T-----A--A---T--TT-AAA---G-
gi|13 : taggggcagggggggggggcacatgccccccccccccattttcaaaagtgggggggggggcaaagtatgtttttgcccccccccactttttccatattttttctttctgcataaaaacacagGTGTG-----------CC-CC--------------------------------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A-A--GC-----C----TTTT----------------------TT---TTTG-----TT----GT-C----A-A-A-T-----A--A------TT-ACA---G-TG--TG-----CCC-CCC--C-CT-T--TT------TT-C-AA-G-A-----T-----T-ATAG--AG----T---------------TG--TG-----CC----------CC----CCCACCCGCCCCCACACACACACACAC------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-C-A-A--A-GG-CTTTC-----T-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C----T----G-T-------C---A-GA-----A-A-T-TTTG-----------------AAG-gcctttttttttttgcttgtcacataattt
gi|9 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgttttgcccccccccccccacctttttctcaaaatattttctgcataaaaaacatattta-----------CC-CC-----------------C----CCC-------------C-----AC---TTTT---T-CT-CT-G-A-GTAAC-----C----CTTT------------T---------TT---CTTG--CAATA----ATAT----A-C-A-C-----A--A---T--TTAGAA---G-TG--TG-----CCC-CCCC-C-CA-C--TT------TC-C-AG-T-AAT---A-----A-A-AG--AGTTGCC---------------CC--CC-----CC----------CT----CC------------------------C------AC-----TT--TT-AG-TG------T-T-C-A-A--A-TG-----C-----C-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------TTTTTTTTTTTTTGCTT-------G--T-T--T----G-T---C--AC---A-T------A-A-T-TTTG-----------------AAG--T-G--T--GCCC----CCCCCC-----CCC-----ACT--TT---C--AGT-AA----T----AAATAG----AGGT---C----------------C------CC--------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------TT-T-AG--GT-TC-A-A--ATG-------------------C------CTTTTTTTTTT-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-C-AT-A----ATT-TTG-AAtttg
gi|18 : tggcggtaggagccggggggggggcgggcatgggggggggggcacatgccccccctttcaaaagttgggggggggggggggcaaaaagtagttttttgc-----------CC-CC-----------------C----CCC-------------C-----AC---TTTT---T-GT--C-A-ATGTAAC-----T----TTTT----------------------TT---TTTG--C--ATAAAAGT-C----A-C-A-T-----A--A---T--TTAGAA---G-TT--TG-----CC-GCCCC---CC-C--TT-------T-C-AG-T-GAT---T-----T-ATAG--AGATGTG---------------CC--CC-----CC----------CC----CC------------------------C------AC-----TA--GC-AG-TG------T-T-C-G-A--T-TG-A---C-----C-------TTTTTTTTTTTTTTTTT-----------TT--------A------------T---TATG-----T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A--A-----A-A-T-TTTG-----------------AAg
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gi|20 : ccccccccgcccccccacacacaca-----C----TTTT---------TTTT---------TT---TTTG--C--TT----GT-C----A-C-A-T-----A--GATTT--TT-GAA---G-TG--TG-----CCC-CCCCAC-------TTTCA---GT-C-AA-T-AA------------ATAG--AG--GTT---------------TG--CC-----GC----------C-----CC------------------------C------AC-----TT--TT-AG-TG------T-AAC-A-A--A-TG-----C-----C-------T---------------T-----------TTTTTTATTTA------------T---TTTTTTTTTT--------------TT-------G--C-T--T----G-TC--C--AC---A-T------A-A-T-TTGG-----------------AAttttttttctaaatccgtccttacgcctctg
gi|12 : a----TTTTT--TT----TTTT--------TTT---TTTG--C--TT----GT-CG---A-C-A-T-----A--A---TATTT-GAA---G-TG--TG-----CCC-CCCCCC-TC-C--CCACT---TTCC-AG-T-CA----T-----A-ATAG--AG--GTT---------------TG---------------------CC----CC------------------------C------AC-----TT--TT-A--TG------T-A-C-A-A--A-TG-----CTTTTTT-------T---------------T-----------TT--------ATTATTTTTTTTTT---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---CA-AC---A-TA-----A-----TTTG-----------------GA--AA-G--T--
gi|2 : aggcgcggggggggggggggcaaatcgggggcacatgccccacccactttcaaaagtgggggggggcaaaagtatgtgttttgccccccactttttcctcgagtaacttttttttttctgcaaataatacacacaacttagaagccttttttttttttttttt----A-C-A-C-----A--A---T--TTAGAA---G-TG--TG-----CCC-CCCCAC-T-----TTTCA---T---------AAT---A-----A-ATAG--AG--TTTGC-------------CC--CC-----CC----------CC----CC------------------------C------AC-----TT--TT-AG-TGG-----T-T-C-A-A--A--G-G---C-----C-------T---------------TCTTTTTTTTTTTT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-TA-----ATT-T-TTTG-----------------AAG-TG-C--T--G-------CCCCCCCCCCACCC-----ACACTTT---C--AGT-AA----T----AAATAG----AGTT---TGCCCCCCCCTTCCCCCCC--C--CC--------------CCCC-----------------------C--------ACACACTT-------TT-T-AGATGT-TC-A-A--ATG-----------C--C----C------CTTTT-----T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-C-AT-TTA--ATT-TTG-GAAGT--TTGCCttg
gi|15 : gggcgtaggaggccgcggggggggggcatgggggtacatcccccccccactttcaaaaggggggggggcaaaagatgttcctccccccccttttttctccgagtaactttttttctgcagaaaatac----A-C-A-T-----A--A---T--TT-AGA-----AG--TG-----CCCCCCCCAC-T-------------TT-C-AG-T-GAT---T-----TTATAG--AG---TT---------------C----------------------CC----CC------------------------C-------C-----CT--TC-AG-TG------T-T-C-A-A--A-TG-A---C-----C-------TCCCCA----------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------GT-------G--C-T--T----G-T---T--Accccccactttctagtgattttttaagtttgccccccccccccccccacacttcaaaatcagtcctcgctctgtctctcatataacattctacattaaatatgtcactgtattataatct
gi|1 : agacagagaaatcgagcacatattgtaacattcgatatggtgttgattgctgtcatggcgtaggagcagaggaggggtgggggcaaaagtatgtttttgcccccctttaatcagtagtttttctgcataaatgacaa-C-A-T-----A--A---A--TTAGGA---G-TG--TG-----CCC-CCCCAC-CC-C-----CACTTTT-C-AG-GTAAT---T-----T-TTAG--AG----T---------------TG--TG-----CC----------CC----CC------------------------C------CCCCCCACT--TC-AG-TG------TGT-C-A-A--A--G-G---C-----C-------T---------------T-----------TA--------A------------T---T--------TA-------------AT-------G--C-T--T----G-T---C--A----A-T------A-A-T-TT--------------------AC-AA-G--T--GTTGAC--CCCCCC-----CCA-----ACT--TT---C--AGT-AAT---T----ATATAG----AGTT---G----------------TG--C--CCCCACCCACCCACCACTCC-----------------------CGCCT----AC-----T-------TT-CGAG-TATCTCAA-A--ATG-------------------C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-gtaattt
gi|8 : aacaagaaatgagcaagaattgaacttatggttgcaaggcgtaggagacaggggggggggggggcgcacatgtcccctctaaccctcctcttcaatgtttttggcccccccccctttttgagctcgcaataattttttctgcataaaaacac-A-C-----A--A---T--TTAGAA---G-TG--TG-----GCC------C-CC-C--TT------TT-C-AGTA-AAT---A-----A-ATAG--AG--GTT---------------TGCCCC-----GC----------CTCCCCCC------------------------C------AC-----TA--TCAAA-TGCCTTTTT-T-T-A-A--A----A---T-----T-------T---------------T-----------TT---------------------T---T--------T--------------TT-------GTAC-T--T----G-T---C--A----A-CA-----ATA-TATTTG-----------------AAG--T-G--T--GGTAC---CCCCCC-----CCT-----ACT--TT---C---GA-AATAAATAGAGGTATAG----AGGT---T----------------TG--C--CC--------------CCCC-----------------------C--------AC-----CCCACTTGTT-T-AA-TGT-TCAA-A--ATG-------------------C------C---------T-----T------T--C-T----T----T-----CTT-----TC-A---GT-T----TTT-TTttttttttggctttgtccaacgaaaaaaattgaagtttgccaccaccccccgcccccactttcctgatttttttttttagtttgccccccccccccttcaaaaatcaatcctacgcctctatatggggtaccccaattttatgtttcaaaacattatgtacaacaatcta
gi|14 : tgggcgtaggagccggggggggggggggggcacatacccccccagcttcaaaagtggggggggggagaggaaagataagtttcttgccccccccctactatttttctcgagtaagattttttttctgcaaaaatacaaG-----CCCCCCCCCC-CC-CAATT------TT-C-AG-T-GAT---T-----T-ATAG--AG--GCC---------------C-----------C----------CC----CC------------------------CCCCACAAC-----TT--TC-AG-CG------T-T-A-A-A--A-AG-A---C-----T-------T---------------TCTTTTTT----TT--------C------------T---T--------T--------------TT-------G--C-C--T----T-T---T--AC---A-TA-----A---T-TTAG-----------------AAG-TA-G--TTTG-------CCCCCC-----CCC-----CCC--TT---T--TCA-AGTGA-T----TTATAG----AAAT---T----------------TG--C--CC--------------CCCC-----------------------CCCC-----AC-----T-------TT-C-AG-TGT-TC-G-A--ATG-----------A--C----C------T---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-CAAA-C----ATT-TTGAAAAGT--TTGCCttttttttttttgcttgtcaacat
gi|10 : G-----CCCCCCCCTC-CCAC--CCAGC---TT-C-AG-T-ATT---A-----C-AAAA--AG--GTT---------------C----------AC----------CG----CC-------------------------------AC-----TT--TT-AG-TG----------C-A-A--AATG-G---G-----C-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------T--T-T--T----G-CGTCC--AC---A-TA-----------TTTG-----------------TAG-GG-G--G--C-------CCCCCC-----CCC-----GC---TT---C--AGA-AAT---A----AAATAGAGGTAGGT---T----------------TGCCT--CC--------------CGCCCCCCTCGCT--------------C--------AC-----T-------TA-T-AG-TGT-TT-A-AACATG-----------C--C----C------C---------C-----T------T--A-T----TCATGT--T-TCTT----GGC-A-C-AT-A----ATT-TT----AAT--TTGCCcccccccccccccttcagtcctacgcctctgttcatgcttctagttattgccgttcacgataatg
gi|17 : ttattggtgccatttggtaaggacgatcgcgtaggaggcgggtggggggagggcaaaagatgttgctggcccccccccctttttctcgagtactttttatccctgggcaaataatagctacaacaatgtataagtggtgCA---TT-C-AC-A-TAA---T-----T-AAGA--AG--ATT---------------TG--C-------C----------CT----CC------------------------C------CC-----T-------G-TG------T-T---A-T--A-TT-A---C-----C-------T---------------T-----------TT--------A------------T---T--------TTTTC----------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-Tccccccgcccccccc
gi|11 : cggaggggacgcatgttggggccaatatgcctttgaagggggggggggggtattgcattttgtgcccccccccttactctttgtcaaagttaaactttttctgcaacC----------CC----CC------------------------C------AC-----TT---C-AG-TG------T-T-C-A-A--A-GG-A---C-----CTTT----T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---CA-AC---A-T----------T-GTTG-----------------AAG--T-T--T--G-------CCCCCC-----CCtcttcattatttgaacttgttgccccccccaccc
gi|11 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcccccC----------CC----CC------------------------C------AC-----TG--TC-AG-TG------G-T-T-G-A--A-TG-----C-----C-------T---------------TCTGTT------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC-----TA-----------TTCC-----------------AAG----T--T--G-------CCGCCC-----CCC------CATTTT---C--AGT-ATT---A----TTATAG----AG----------------------TG--T--CC--------------CCCC-----------------------C--------cccccccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|18 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccC----------CC----CC------------------------C------AC-----TT--TT----TG------T-C-----A--A-TGTA---A-----C-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-A--TAAAAG-T---C--AC---A-T------A-A-T-TT--------------------AG-AA-GTTT--G-------CCGCCC-----CCC------CT--TT---C--AGT-GA----T----TTATAG----AGATGTGC----------------CC--C--CC--------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------AG-C-AG-TGT-TC-G-A--TTG--------------A----C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-cccccccccccccccccccccctcccccccccccacttcagtgttcaaaggacctttttttttttttgcttgtcaacattgttgaagtttgcccccccccccccccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|13 : tatgtttttgcccccccccccc----CC------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-C-A-A--A----G---C-----C-------T---------------T-----------TT---------------------T---T--------T--------------TT-------G----T--T----G-T---C--AA---A-TA-----A------TTA-----------------CAG--T-G--T--G-------CCCCCC-----CCT-----TTT--TT---C--AAG-A----------TTATAG----AGTT---G----------------TG--C--CC--------------CCCCACCCGCCCCCACACACACACACAC--------AC-----T-------TT-C-AG-TGT-TC-A-A--AGG-------------------CTTTCTTT---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GC-T----GTC-A-G-A--A----ATT-TT--GAAGT--TTGtttttttttttattatgtttgcttgtcacaaaattttgaac
gi|21 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgttttgcccccccccccccacctttttctcaaaatattttctgcataaaaaacatatttagtgtgc------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TG------T-T-C-G-A--A-AG-A---C-----C-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT------------T--G----G-T---C--AC---A-T------A-A-T-TTTG-----------------AAGTTT-G--C--G-------CCCCCC-----CC
gi|22 : tgcccccccccccccacttttcagtgatttggaggtttgacccgccccccccccacacacacacacacacactta------------------------C------AC-----TT--TC-AG-TA------T-T-C-GGA--A-TG-A---GAG---T-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--GC---C-AA-----A-A-T-TTTG-----------------AAG-c
gi|16 : ccccccccgcccccccacacacaca------T-T-T-A-A--A-GG-C---C-----T-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-T------A-A-T-TTtttgccttcccccccccttttttttttctaaatccgtccttacgcctctg
gi|16 : taggggcagggggggggggcacatgccccccccccccattttcaaaagtgggggggggggcaaagtatgtttttgcccccccccactttttccatattttttctttctgcataaaaacacagaatttaggagtgtgcccccccccacttttttttttttttttgcttgtcacataa-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-TA-----A-----TTTA-----------------AAG-
gi|12 : taggggcagggggggggggcacatgccccccccccccattttcaaaagtgggggggggggcaaagtatgtttttgcccccccccactttttccatattttttctttctgcataaaaacacagaatttaggagtgtgcccccccccactttttt-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---CG-AC---A-TA-----A-T-A-TTTG-----------------AAG-T--G--T--G-------CCCCCC-----CCCTCCCCACT--TT---CC-AGT-CAT---A------ATAG----AGGT---T----------------TG---------------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------TT-T-A--TGT-AC-A-A--ATGCTTTTTTTTTTATTATTTTT------T---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTCAA-C-AT-A----ATT-TGG-AAAGT--TTGgcctttttttttttgcttgtcacataattt
gi|20 : aggcgcggggggggggggggcaaatcgggggcacatgccccacccactttcaaaagtgggggggggcaaaagtatgtgttttgccccccactttttcctcgagtaacttttttttttctgcaaataatacacacaacttagaagcctttttttttttttttttttttttt-------T---------------T-----------TT--------T------------T---T--------T--------------TT-------G--C-T--T----G-T---C--AC---A-TA-----G-ATT-TTTG-----------------AAG--T-G--T--G-------C--CCC-----CCC-----ACT--TT---C--AGT-CAA---T----AAATAG----AGGT---T----------------TG--C--CG--------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------TT-T-AG-TGTAAC-A-A--ATG-------------------C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-ATTT----AT
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gi|11 : cggaggggacgcatgttggggccaatatgcctttgaagggggggggggggtattgcattttgtgcccccccccttactctttgtcaaagttaaactttttctgcaac--CC--------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------T--C-AG-TGT-TC-A-A--A-G-----------G--A----C------CTTTTT----T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTCAA-C-AT-T----GTT-----GAAGT--TTGCCccccccaccc
gi|18 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcccc--CC--------------CCCC-----------------------C--------AC-----T-------TT-T----TGT-C----A--ATGT----------A--A----C------T---------T-----T------T--T-T----T----T--TTGCATAAAAGTC-A-C-AT-A----ATT-T-A-GAAGT--TTGCCcccccccccccccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|21 : tatgtttttgccccccccccc-----------------------C--------AC-----T-------TT-C-AG-TGT-TC-G-A--AAG--------------A----C------C---------T-----T------T--T-T----T----T--T-TTTG----GTC-A-C-AT-A----ATT-TT--GAAGT--TTGCgccccccctttcagtgatttatagagatgtgcccccccccccactagcagtgttcgattgacctttttttttttttttttttattatgtttgcttgtcacaaaattttgaac
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gi|20 : ccccccccgcccccccacacacaca---------T-----T------T--T-T----T----T--T-GCTT----GTC-A-C-ATAG----ATT-TTT-GAAGT--GTGCCttcccccccccttttttttttctaaatccgtccttacgcctctg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CGTATGTCGCCTTTCCCGTTGCCGCCTGGGTGGCGCGCACTTGTTCGTGGGAGTATTTGTTGTTTTTGTGTGAGCGCGGCTTGCCCCGCTCCTGTGGCTCGCCCCCCACTTTCAAAATCAAGTCCCTTAGACGCCTCGCCAGAGAGTGTATTCTAGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): GGGGCGTAGGGGCAGGGGGATAACATGCCCCTCCTCCACTTTCAAAAGTGGGGGG
Alignments
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Reference ( family-23 ) : AGGGGGGG--T-----GG--GGGCA---------CATGCCCC-------CCCC-C-----T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-AAAAN-T-A--TG-TT--T--T--GCC---------C-CC-----------C-CC------C----C----------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA--AGT-GTG--CC-CCCCC--AC-------T----------TT---C-A-GTAA---AT---TA--T--AGAGG----------------T-T-G------CCCCCCC-------C-C----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---C-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----T--T-----C---TT--C----AGT-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCCC---CCCCCACTTTC--AGTAA-----TTNTATAGAGGTT-CG-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TNATTTTGGAAGTTTGCC
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gi|11 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcc-------TTC-AG-TGT-TC-AA--AGGA---CCTTT----TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--CA-A-C-A-T--------TGT--TG-----------------AAG------T-T--TG-------CCCC---CCCCC--------------------------------CC-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-C-------CAAG-GA---------TTT--T-T------------------TT--TAGTT--TGcccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|12 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccacGGGGGGG--CAAATCGG--GGGCA---------CATGCCCC-------ACCCAC-----T-TTCAAAAGT---GG-G-G------GG-GGGC-AAAAG-T-ATGTG-TT--T--T--G-C---------C-CC-----------C-CA------C----T----------TTTTC---C-TC-G-A-G---T--A--ACTTT--T---TT--T-TTTCTGCA--A--ATAA--T-A-----C--A-C-A-C-AACTTAGAA--acccacttacgcctct
gi|12 : aggcgcggggggg-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---CGA-C-AT-----AATA---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-CTC-CC----C--A-----C---TTTCC----AGT-CA--T-----A---------ATAG--A-----------G-G------TT-------TG-------C-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTT-A--TGT-AC-AA--ATG----CT-------TTTTTTTTTATTATTTTTTTTTTTT---T-T-------G-C-T----------TG-T--CA-A-C-A-TA-----A--TT--TG-----------------GA------AA-G--Tgccttttttttttttttttttttttttttttttttttgcttgtcgacataatatttgaagtgtgccccccccctccccactttccagtcataatagaggtttgcccccacttttatgtacaaatgcttttttttttattattttttttttttttgcttgtcaacataatttggaaagtttg
gi|13 : aggcgcggggggggggggggcaaatcgggggcacatgccccacccactttcaaaagtgggggggggcaaaagtatgtgttttgccccccactttttcctcgagtaacttttttttttctgcaaataatacacacaacttagaagccttttttttttttttttttttAGGGGGGG---------G--GGGCA---------CATGCCCC-------AAT--------T-TTCAAAGTT---GG-G-G--GGGGGG-G--C-AA--G-T-A--TG-TT--T--T--GCC---------C-CC-----------C-CCCCCCCAC----C----------TTTTT---C-TC-A-A--------A--A----------TA--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----A--A-C-A-T--ATTT------AGT-GTG------CCCC--AC-------T----------TT---C-A-GTttg
gi|13 : gagc---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CCCACCT--T-----T---TT--CTCAAAAT-ATT-T-----TCTGC-----ATAA--A-----------A-AACATATTT-------AG---TG-TG-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--A-G-----C-------CTTTTT-----------------TT---T-T-------G---T----------TG-T--C--A-A-A-TA-----A---T--TA-----------------CAG------T-G--TG-------CCCC---CCCCTTTTTTC--AAGA--------TTATAGAGTTG-TG-C----CCC--------CCCACCCGCCCCCACACACACACACAC--ACTTT-CAGTGT-TCAAAGG--CTTTCTTTTTT--T-T------------------TT--T-GC---TGT-CA-GA---AATTTT-GAAGTTTGgttcaaagcctttttttttgttgtcaaataattacagtgtgccccccccttttttcaagattatagagttgtgcccccccacccgcccccacacacacacacacactttcagtgttcaaaggctttctttttttttttgctgtcagaaattttgaagtttg
gi|13 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgtttCC-------C-C----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--A--GC---C------------------------TTTTTT-----T---------TT--------------G---T-TGT---C-A-A-AT-----A--A-----TT-A-CA---GTG---T--G-----CCCCC-C-C-CT----T--T-----T---TT--C----AAG-A---T-----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CC-----------------C------------------CCACCCGCCCCCACACACACACACAC------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--AGGCTTTCT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C------------TG-T-------C-A-GA-----AATTT--TG-----------------AAG-----
gi|14 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgttttgcccccccccccccacctttttctcaaaatattttctgcataaaaaacatatttagtgtg--CC-CCCCA--AT-------T----------TT---C-A-GTGA---TT---TA--T--AGAGG----------------C-C-C------CCCCCCC-------C-C----ACAACTTTCAG-C-GT-TA-A-A--AAGACTTTC-------TTT--------T---T-TTTCTT-----T---------TT--------------G--CC-TTT---T-A-C-AT-----A--A---T-TTAG-AA---GTAGTTT--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----T--T-----T---TC--A----AGT-GAT-T-----T---------ATAG--A-----------A-A------TT-------TGCCCCC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-GA--ATGA---CC--------TTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-AA-----CATTT--TG-----------------AA------AA-GTTTGCCC----CCCC---CCCCCCCCTTC--AGTtttg
gi|15 : gcccccccAGA---GG-A-G--GGGTGG-GGGC-AAAAG-T-A--TGTTT--T--T--GCC---------C-CC-----------C--------------------------TTTA---A-TC---A-G---T--A--G-----------T--T-TTTCTGCA--T--A-AA--TGA-----CAAA-C-A-T-AATTTAG-A--AGT-GC---CC-CCCCC--AC-------T----------TT---C-A-GTGAT--TT---TA--T--AGA-G----------------T-T--------CCCCCCC-------C------------TTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TCC--------C---CATTTTTT-----T---------GT--------------G--CT-TGT---T-A---GT-----A--A---T-TT-cctacgcctctgttcatgcttctagttattgccgttcacgataatg
gi|16 : agacagagaaatcgagcacatattgtaacattcgatatggtgttgattgctgtcatggcgtaggagcAGGGGGGG---------G--GGGCA---------CATGCCCC-------CCCC-CCCCATT-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-G--C-AAA-G-T-A--TG-TT--T--TT-GCC---------C-CC-----------C-CC------CA---C----------TTTTT---C-C------A---T--A--T---T--T---TT--TCTTTCTGCA--T--A-AA--A-A-----C--A-C-A-G-AATTTAG-G--AGT-GTGCCCC-CCCCC--AC-------T----------TT---
gi|16 : taggggc--CC-CCCCC--AT-------T----------TT---C-A---AA---AG---TG--G--GGGGGGGGGCAAAGTATGTTTT-T-G------CCCCCCC-------C-C----AC---TTT-------T-TC----------C---A-------TAT--------T---T-TTTCTT-----T---------CT--------------G--CA-TAAAAAC-A-C-AG-----A--A---T-TTAG-GA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-A-CT----T--T-----T---TT--T------T---T-T-----T---------TT-------------------------TT-------TG---CT-TG-----------------T------------------CA-----------------------C------------------------A---------------TA-A----T-TT-AA--AGGC---CT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-T------AATTT--tttttttttttttgcttgtcacataatttaaaggcctttttttttttgcttgtcacataattt
gi|17 : taggggcagggggggggggcacatgcccccC-C-----T-TTGAA--------G-G-G--GGGGGG-GGG---GTAT-T-G--CA-TT--TTGT--GCC---------C-CC-----------C-CC------CTTA-C----------TCTTT---G-TC-A-A--------A--G---T--TAAACT--T-TTTCTGCA--A--C-CA--T-T-----C--A-C-A-T-AATTAAGAA--GAT-TTG--CC-CTCCC--CC-------T-------------------GT-----GT---TA--T--A--------------------T-T-A------C---------------------C---TTTTA-------------------------------TTT--------T---T------T-----C---------TT--------------G--CT-TGT---C-A-C-ATTCTTCATTA---T-TT-G-AACTTGT----T--GCC-C-CCCCC-A-C-CC----
gi|18 : cggaggggacgcatgttggggccaatatg-T-A--TG-TT--T--TT-GCC---------C-CC-----------C-CC------C----CCCCCCCCCACTTTTT---G-TC-A-ATG---T--A--AC--T--T---TT--T-TTTTTGCA--T--A-AAAGT-------C--A-C-A-T-AATTTAGAA---GT-TTG--CCGCCCCC--CC-------T----------TT---C-A-GTGA---TT---TA--T--AGAGA----------------TGT-G------CCCCCCC-------C-CCC--AC---TAGCAG-T-GT-TC-G-A--TTGAC---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TTTTTTTATTATGTTTG--CT-TGT---C-A-C-AA-----A--AT--T-TT-G-AA---
gi|2 : GGGGGGGCAT-----GG--GGGTA---------CATCCCCC-------CCCCAC-----T-TTCAAAAG------------GGGGGG-GGGC-AAAAG---A--TG-TT--C--C---TC---------C-CC-----------C-CC------C----T----------TTTTT---C-TCCG-A-G---T--A--A---C--T---TT--T-TTTCTGCA--G--A-AAA-T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCC--AC-------T----------TTTCAT-A-ATAA---------A--T--AGAGT----------------T-T-GCCC---CCCCCCC-------C-C----AC---TTTTAG-TGGT-TC-A-A--A-GGC---CTTCTTTTTTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---C-A-C-AT-----A--ATTTT-TT-G-AA---GTGC--T--GCC-C-CCCCC-C-CACC----C--A-----CACTTT--C----AGT-AAT-A-----A---------ATAG--A-------------G------TT-------TG---CC-CCCCCCTTCCCCCCCCCCCC------------------CC-----------------------C------------------------ACACACTT-------TTT-AGATGT-TC-AA--ATGC---CCCTT----TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-ATTT-----AATTT--TG-------------------G-----AA-GTTTG--------CCC---CCCCCACTTTCT-AGTGA-----TTTTTT--AAGTT-TG-C----CCC--------CCC-----------------------C--c
gi|20 : gggcgtaggaggccgcggg-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----GATTT--TT-------------------G-----AA-G--TG-------TGCC---CCCCCACTTTC--AGTCA-----ATAAATAGAGGTT-TG-C----CGC--------CCC-----------------------C--ACTTT-TAGTGTAACAAATG--C------CTTT--T-TTTTATTTATTTTTTTTTTTT--T-GCT--TGTCCA-CA--TAA-TTTGGAAccccccccacacttcaaaatcagtcctcgctctgtctctcatataacattctacattaaatatgtcactgtattataatct
gi|21 : acttt---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----CACT-----T---TT--C----AGT-GAT-T-----T---------G--G--A-----------G-G------TTTGACC--CG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CCCACACACACACACACACACTTACAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-GA--AAGA---CC-------TTTTTT-----------------TT---T-T-----------T----------GG-T--C--A-C-A-T------AATTT--TG-----------------AAGT----TT-G--CG-------CCCC---CCCCC
gi|22 : -G------CCCCCCCACACACACAC----AC---TTTCAG-T-AT-TC-GGA--ATGAG---A-------GTT--------T---T---TTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---C-GCC-AA-----A--AT--T-TT-G-AA---GTT---T--GCCTT-CCCCC-C-C-CC----T--T-----T---TT--
gi|23 : ccccccccAGG---GG-G-G--GAGGGG-GGGC-AA--G-T-A--TG-TT--T--T--TCCTTTATATGCC-CC-----------C-CC------C----C----------TTTTT---T-TC-C-A-A---T--A---------T---TT--T-TTTCTGCA--TTAA-AA--A-A-----C--A-C-A-T-AAATTAGGA--A-T-GTG--CC-ACTCC--tttttctaaatccgtccttacgcctctg
gi|24 : gagcaggggggggggggggg---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-----G-C-A--CG-TT--T--T--GCC---------C-CCCCCCCCCCCGGC-CC------C----C----------TTTGT---C-T--A-A-G---TTAA--A---T--T---TT--T-TTCCTGCAAGT--A-AA--G-T-----C--A-C-A-TAAATTTAGGA--AG
gi|25 : acagatacagtacccgcatagcagccGGGGCG--T-----AG--GGGCAGGGGGATAACATGCCCC-------TCCT-CCAC--T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GG
gi|3 : AG-T-A--TG-TT--T--TT-GCC---------C-CC-----------C-CC------C----CCCCCTAC---TTTTT---C-TG-A-A-G---T--C--AC--T--T---TT--T-TTTCTG-------A-AA--TTA-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCC--CC-------CCA--------TT---C-A-GTAATAAATAAATAAAT--AGAGG----------------T-T-G------CCCCCCC-------C-C----CC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--AT---------------CT--------T---T-TTTTTT-----A---------TT--------------G--CT-TGT---C-A-C-AT-----A--T---TGTT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-AC----T--T----------T--C----A-T-AAA-C-----A---------ATAG--A-----------G-G------TTGTGC---CC---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AT-----T-------TTT-AG-TGT-TC-AA--ATGC---TT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TAATTTGAATGT--TGCCCCCCCCACTTTCAATAAT-----AA-A--TAGAGTTTCCCCC---CCCCCACTTT---AGTAA-----TAA-ATAGAGGTT-TG-C----CCCCCCCCCCCCCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATG--C------TTTTTAT-T------------------TT--T-GC---TGT-CA-CA--TAATATT-GAAGT
gi|4 : tgggcgacgatggtgccccccccccccagcAGGGGGGA--T-----AG--GGGCA---------AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-GGG--GGGG-GGGCAAAAAC-T-A--TG-TT--T--T--GCC---------CACC-----------C-CT------T----T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT---C-A-GTAA---AT---TA--T--AGAGG----------------TATGG------CCCCCTT-------C-C----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-CACCCCA-C-C-CC----T--TA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TA-CC-----------------T------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TCAAA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------GTC-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG------A-G--TG-------CCCA---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTTCCAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
gi|5 : AGGGGGGA--T-----AG--GGGCA---------AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-AAAAC-T-A--TG-TT--T--T--GCC---------C-AC-----------C-CC------T----T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT---C-A-GTAA---AT---TA--T--AGAGG----------------TAT-G------CCCCCTT-------C-C----AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT---T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-C-ACCCCAC-C-CC----T--TA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TAACC-----------------T------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCAC---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
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gi|6 : gcaggggg---T--GCC-C-CCCCC-C-CACC----T--TTTTTTC---TC--C----AATCAAT-T-----TTTTTTCTGCATAA--AACACACAATTGG-A------TT-------GG---TG-GC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTC-AGCTG--TG-AA--ATG----CT-------TTTTTT-----------------TT---T-C-------A-C-TCATTTGTCTATG-T--C--A-C-A-T------AAT------------------------AC-----AA-G--TG--------TCC---CGCCCACTTGC--AGTA-------TTTATAGAGTTG-TG-CCCCTCCC--------CCC-----------------------C--AC-TT-CA--GT-TTAAA-GGAC------TTTC--T-TA-----------------TTTAT-GCTTGTGT-CA-CC--TAATTTctgtgaaatgcttttttttttcactcatttgtctatgtcacataatacaagtgtcccgcccacttgcagtatttatagagttgtgcccctcccccccacttcagtttaaaggactttcttatttatgcttgtgtcacctaatttactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|6 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtattttCCC-------C-C----AC---TTTCAGCT-GT-G--A-A--ATG-----C-------TTT--------T---T-TTTTTCACTCAT---------TT--------------GT-CTATGT---C-A-C-AT-----A--A---T-AC---AA---GTG---T--------CCCGC-C-C-AC----T--T-----G-------C----AGT-A-T-T-----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CCTCCC-------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------T-C-AG-T---TT-AA--AGGA---CT-------TTCTTA-----------------TT---TAT-------G-C-T----------TG-TGTC--A-C-C-TA-----A-TTTACTG----------------------------T--TG-------CCCC---CACCT--TTTCT-AGTAA-----TT-TATAGACGTTGTA-C----CCC--------CCC-----------------------C--CCTTT-CAGTGT-TCAGA-GAGC------TTTT--TGTTCTG--------------TT--T-GCT--TGT-CAGCAATTAAATTTGCAAGTTTGCactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|7 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtatttttgccccccccccacctttttttctccaatcaattttttttctgcataaaacacacaattggattggtggAGGGGGGG---------G--GGGCA---------ATTGCCCC-------CCT--------T-TTCAAA--T---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-AAAAG-T-A--TG-TT--T--TT-GCC---------C-CC-----------C-CC------C----CAC--------TTTTT---C-GC-T-A-A---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----C--A-C-A-C-AATTTAGGA--ATT-GTG--CC-CCCCC-----------------------------------------------------------------------------------CCCCCC-------C-C----AA---TTGCAG-TTGT-TC-A-AGCACCCC---C-------CCT--------T---T-TTTTTT-----T---------TG--------------G--CT-TGT---C-A-C-AT-----A--A---T-TT-ACAA---GTGT--T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----C--C-----CTT-TT--C----AGT-AA--------T---------ATAA--G-----------A-G------TTGG-----TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------CC-----T-------TTC-A--TGT-AC-AA--G-GA---CC-------TTTTTTTTG--------------TT---T-T-------GCC-T----------TGTT--C--A-C-A-TA-----A---T--TC-----------------A-------CA-G--TG-------TTGC---CCCCCACTTTTCAAGTAA-----TT-TATAGA--TTGTG-T----CCC--------CCC-----------------------CTTCCTTT-CAA-G--TCAAA--GAC------C--------------------------------------AT-CA-CA---AATTTT-GAAGTTTTCC
gi|8 : gagcGGGGGGG--G-----GG--GGGCA---------CATACCCC-------CCCA-G-----C-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGGAGAGG-AAAGA-T-A--AG-TTTCT--T--GCC---------C-CC-----------C-CC------C----TACTA------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--AAGA---T--T---TT--T-TTTCTGCA--A--A-AA--T-A-----C--A-A-A-C-AATTTAG-A--AGT-GTG--GC-CCCCC---T-------T----------TT---C-A-GTAA---ATA--AA--T--AGAGGT---------------T-T-G------CCCCGCC-------T-C----CC---CCCCAC-T-A--TC-A-A--ATG-C---C-------TTTTTTTAAAAT---T-TTTTTT-----T---------TT--------------GTACT-TGT---CAA-CAAT-----AT-A---T-TT-G-AA---GTG---T--GGT-A-CCCCC-C-C-CC----T--A-----C---TT--TCGA-AAT-AAA-TAGAGGT---------ATAG--A-----------G-G------TT-------TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----CCCACTTGTTT-AA-TGT-TCAAA--ATG----CC-------TTTCTT-----------------TC---T-T-------c
gi|9 : tgggcgtaggagccgggGGGGG--G-----GG--GGGCA---------CATGCCCC-------CCC--------T-TTCAAAAGTTGGGG-G-G--GGGGGG-GGGC-AAAAAGT-AG-TT-TT--T--T--GCC---------C-CC-----------C-CC------C----CAC--------TTTTT---C-TCTG-A-G---T--A--A---CCCT---TT--T-TTCTTGCA--A--T-AA--T-A-----T--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCCCCAC-------T----------TT---CCA-GTAA--------TA--A--AAGAG----------------T-T-G------CCCCCCC-------C-CTCCCAC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--ATGCC---T-------TTT--------T---T-TTTTTT-----TTTTTTTTGCTT--------------G--TT-TGT---C-A-C-AT-----A--AT--T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----A--C-----T---TT--C----AGT-AAT-A-----A---------ATAG--A-----------G-G------TC------------CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------C------------------------AC-----T-------TTT-AG--GT-TC-AA--ATG----CCTTTTTTTTTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-T------AATTT--TG-----------------AAG-----tcagtttttttttttttttttttgcttgtcaacat
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Unaligned ( gi|19 ): CGTATGTCGCCTTTCCCGTTGCCGCCTGGGTGGCGCGCACTTGTTCGTGGGAGTATTTGTTGTTTTTGTGTGAGCGCGGCTTGCCCCGCTCCTGTGGCTCGCCCCCCACTTTCAAAATCAAGTCCCTTAGACGCCTCGCCAGAGAGTGTATTCTAGTTTTG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-23 ) : AGGGGGGGC-----G------G--GGGC--A---CATGCCCC-------CCCC-C-----T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-G-T-A--TG-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA--AGT-GTG--CC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-T---T---TA--TAGAGG-T-T------G------CCCCCCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----TT-----C---TT--C----AGT-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCCC---CCCCCACTTTC--AGTAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TAATTTTGGAAGTTTGCC
gi|1 : GGGGGGGG-----G------G--GCGC--A---CATGTCCCCTCTAACCCTC-C-----TCTTCAA--------------------------------------TG-TT--TTTGGCC---------C-CC-----------CCC------C---C----------TTTTTGAGC-TC-GCA-A---T--A--A----------TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA--A-A-----C--ACC-A-T-AAATTAG-G--AGT-GTG--CC-CCCCC--ACCCCCACTT----------TT-C-AGGT-AA-T---T---TT--TAGA-G-T-T------GTGCCCCCCCCCCC-------C-C-----------------------AC----TTCAG-T-GTGTC-A-A--A-GGC---C------------------T---T-TAATTT-----A---------AT--------------G--CT-TGT-C-A---AT-----A--A---T-TT-ACAA---GTG---TTGACC-C-CCCCC-C-A-AC----T----------TT--C----AGT-AAT-TA----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CC-----------------CACCCACCCACCACTCCCGCC-----------------------TAC-----T-------TTCGAG-TATCTCAAA--ATG----CC-------TTTTTT-----------------TT---T-TTTTTTTGG-CTT----------TG-T--CCAA-CGA-AA-----AAAAT--TG-----------------AAGTTTGCCA-C--CA-------CCCCCCGCCCCCACTTTC---CTGATTTTTTTTTTTA---GTT-TGCC----CCC--------CCC-----------------------C--CCCTT-CA
gi|10 : aacaagaaatgagcaagaattgaacttatggttgcaaggcgtaggagacagggAGGC---GG-GTG--GGGGGA-GGGCAAAA-G---A--TG-TTGCTG--GCC---------C-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--A--C---T--T---TT--TATCCCTGGG--C--A-AA--T-AATAGCT--A-CAA-C-AATGTAT-A--AGTGGTG--GC-CCCCC--CC-------TCCCACCCAGCTT-C-A-GT-AT-T---A---CA--AAAAGG-T-T---------------CACCG-------C-C-----------------------AC---TTTTAG-T-G---CAA-A--ATGGG---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--C---GTCC-A-C-AT--------A---T-TT-G-TA---GGG---G--GCC-C-CCCCC-C-C-GC----TT-----C---AG--A----AAT-AAA-A-----T---------AGAGGTA-----------G-G------TTTGCCTCCCG---CC-CC-----------------CCTCG--------------CT-----------------------CAC-----T-------TAT-AG-TGT-TT-AAACATGC---CC-------CCTTAT-----------------TCATGT-T-------T-C-T----------TG-G--C--A-C-A-T------AATTT--T--------------------------AATT--TG-------CCCC---CCCCaaaatcaatcctacgcctctatatggggtaccccaattttatgtttcaaaacattatgtacaacaatcta
gi|11 : ttattggtgccatttggtaaggacgatcgcgtaggTTAAAAGG---GGCG-G--GGGGGG-GGGCAAAA-G-TTA--TG-TTA-TT--GCG---------C-CC-----------CCC------C---T----------TTTTT---TATC-A-A-TAATT--A--A---T--T---TTGTT-TTTCTGCA--A--A-AA----A-----C--A-C-AAC-AATT-AGTA---GT-GTG--CC-CCCCC-----------------------------------------------------------------------CCCCCC-------C-C-----------------------AC---TGTCAG-T-GG-TT-G-A--ATG-C---C-------TTC--------TG--T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C--T--------A---T-TC-C-AA---GT----T--GCC-G-CCCCC-C-C-A------T-----T---TT--C----AGT-ATTAT-----T---------ATAG--A-----------GTG------TC-------CC---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------Cgcccccccc
gi|11 : ccaacCC-C-CCCCC-C-C-CC----CC-----C---CT--C----------------------------------------------------------------CC---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------T-C-AG-TGT-TC-AA--AGGA---CC-------TTTTTT-----------------TT---T-TTTT----G-C-T----------TG-T--C--AAC-A-T--------TGT--TG-----------------AAG-----T--T--TG-------CCCC---CCCCC--------------------------------CC-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-C-------CAAG-GA---------TTT--T-T------------------TT--TAGTT--TGcccccccccccccccccctcccccccccccacttcagtgttcaaaggacctttttttttttttgcttgtcaacattgttgaagtttgcccccccccccccccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|11 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccc------CCCCCCC-------C-C-----------------------AC---TT-CAG-T-GT-TC-A-A--AGGAC---C-------TTT--------T---T-TTTT-T-----T---------TT--------------G--CT-TGT-CAA-C-AT------------TGTT-G-AA---GTT---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----acccacttacgcctct
gi|11 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcc-------TTC-AG-TGT-TC-AA--AGGA---CCTTT----TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--CA-A-C-A-T--------TGT--TG-----------------AAG------T-T--TG-------CCCC---CCCCC--------------------------------CC-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-C-------CAAG-GA---------TTT--T-T------------------TT--TAGTT--TGcccccccactttccaaggattttttttagtttgacccacttacgcctct
gi|12 : ccaacttaaaaggggcgggggggggggcaaaagttatgttattgcgccccccctttttttatcaataattaattttgtttttctgcaaaaaacacaacaattagtagtgtgcccccccccccccccactgtcagtggttgaatgccttctgttttttttttgcttgtcactattccaagttgccgcccccccattttcagtattattatagagtgtccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccacGGGGGGGCAAATCG------G--GGGC--A---CATGCCCC-------ACCCAC-----T-TTCAAAAGT---GG-G-G------GG-GGGCAAAA-G-T-ATGTG-TT--TT--G-C---------C-CC-----------CCA------C---T----------TTTTC---C-TC-G-A-G---T--A--ACTTT--T---TT--T-TTTCTGCA--A--ATAA--T-A-----C--A-C-A-C-AACTTAGAA--acccacttacgcctct
gi|12 : aggcgcggggggg-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-CGA-C-AT-----AATA---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-CTC-CC----CA-----C---TTTCC----AGT-CA--T-----A---------ATAG--A-----------G-G------TT-------TG-------C-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTT-A--TGT-AC-AA--ATG----CT-------TTTTTTTTTATTATTTTTTTTTTTT---T-T-------G-C-T----------TG-T--CA-A-C-A-TA-----A--TT--TG-----------------GA------AA-G--Tgccttttttttttttttttttttttttttttttttttgcttgtcgacataatatttgaagtgtgccccccccctccccactttccagtcataatagaggtttgcccccacttttatgtacaaatgcttttttttttattattttttttttttttgcttgtcaacataatttggaaagtttg
gi|13 : aggcgcggggggggggggggcaaatcgggggcacatgccccacccactttcaaaagtgggggggggcaaaagtatgtgttttgccccccactttttcctcgagtaacttttttttttctgcaaataatacacacaacttagaagccttttttttttttttttttttAGGGGGGG-------------G--GGGC--A---CATGCCCC-------AAT--------T-TTCAAAGTT---GG-G-G--GGGGGG-G--CAA---G-T-A--TG-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCCCCCCCAC---C----------TTTTT---C-TC-A-A--------A--A----------TA--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----A--A-C-A-T--ATTT------AGT-GTG------CCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-ttg
gi|13 : gagc---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CCCACCTT-----T---TT--CTCAAAAT-ATT-T-----TCTGC-----ATAA--A-----------A-AACATATTT-------AG---TG-TG-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--A-G-----C-------CTTTTT-----------------TT---T-T-------G---T----------TG-T--C--A-A-A-TA-----A---T--TA-----------------CAG------T-G--TG-------CCCC---CCCCTTTTTTC--AAGA--------TTATAGAGTTG-TG-C----CCC--------CCCACCCGCCCCCACACACACACACAC--ACTTT-CAGTGT-TCAAAGG--CTTTCTTTTTT--T-T------------------TT--T-GC---TGT-CA-GA---AATTTT-GAAGTTTGgttcaaagcctttttttttgttgtcaaataattacagtgtgccccccccttttttcaagattatagagttgtgcccccccacccgcccccacacacacacacacactttcagtgttcaaaggctttctttttttttttgctgtcagaaattttgaagtttg
gi|13 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgtttCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--A--GC---C------------------------TTTTTT-----T---------TT--------------G---T-TGT-C-A-A-AT-----A--A-----TT-A-CA---GTG---T--G-----CCCCC-C-C-CT----TT-----T---TT--C----AAG-A---T-----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CC-----------------C------------------CCACCCGCCCCCACACACACACACACAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--AGGCTTTCT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C------------TG-T-------C-A-GA-----AATTT--TG-----------------AAG-----
gi|14 : gagcagggggggggggcacatgccccaattttcaaagttgggggggggggcaagtatgttttgcccccccccccccacctttttctcaaaatattttctgcataaaaaacatatttagtgtg--CC-CCCCA--AT-------T----------TT-C-A-GT-GA-T---T---TA--TAGAGG-C-C------C------CCCCCCC-------C-C-----------------------ACAACTTTCAG-C-GT-TA-A-A--AAGACTTTC-------TTT--------T---T-TTTCTT-----T---------TT--------------G--CC-TTT-T-A-C-AT-----A--A---T-TTAG-AA---GTAGTTT--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----TT-----T---TC--A----AGT-GAT-T-----T---------ATAG--A-----------A-A------TT-------TGCCCCC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-GA--ATGA---CC--------TTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-AA-----CATTT--TG-----------------AA------AA-GTTTGCCC----CCCC---CCCCCCCCTTC--AGTtttg
gi|15 : gcccccccAGA---GG-A-G--GGGTGG-GGGCAAAA-G-T-A--TGTTT--TT--GCC---------C-CC-----------C------------------------TTTA---A-TC---A-G---T--A--G-----------T--T-TTTCTGCA--T--A-AA--TGA-----CAAA-C-A-T-AATTTAG-A--AGT-GC---CC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-GATT---T---TA--TAGA-G-T-T-------------CCCCCCC-------C-------------------------------TTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TCC--------C---CATTTTTT-----T---------GT--------------G--CT-TGT-T-A---GT-----A--A---T-TT-cctacgcctctgttcatgcttctagttattgccgttcacgataatg
gi|16 : agacagagaaatcgagcacatattgtaacattcgatatggtgttgattgctgtcatggcgtaggagcAGGGGGGG-------------G--GGGC--A---CATGCCCC-------CCCC-CCCCATT-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-G--CAAA--G-T-A--TGTTT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------CA--C----------TTTTT---C-C------A---T--A--T---T--T---TT--TCTTTCTGCA--T--A-AA--A-A-----C--A-C-A-G-AATTTAG-G--AGT-GTGCCCC-CCCCC--AC-------T----------TT-T-T-TT-TT-T---T---TT--T------T-T------G---------CTTG-------T-C-----------------------AC---AT--AA-T----TT-A-A--A-GGC---C-------T--------------T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-
gi|17 : taggggcGAGGGGAC-----GCATGTTG--GGGCCAA---TATGCC--------------------T-TTGAA--------G-G-G--GGGGGG-GGGGTATT-G-C-A--TT-TT--GT--GCC---------C-CC-----------CCC------CTTAC----------TCTTT---G-TC-A-A--------A--G---T--TAAACT--T-TTTCTGCA--A--C-CA--T-T-----C--A-C-A-T-AATTAAGAA--GAT-TTG--CC-CTCCC--CC-------T-----------------GT-G------T---TA--TA-----T-T------A------C----------------------------------------C---TTTTA-------------------------------TTT--------T---T------T-----C---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-ATTCTTCATTA---T-TT-G-AACTTGT----T--GCC-C-CCCCC-A-C-CC----
gi|18 : cg-T-A--TG-TT--TTT-GCC---------C-CC-----------CCC------C---CCCCCCCCCACTTTTT---G-TC-A-ATG---T--A--AC--T--T---TT--T-TTTTTGCA--T--A-AAAGT-------C--A-C-A-T-AATTTAGAA---GT-TTG--CCGCCCCC--CC-------T----------TT-C-A-GT-GA-T---T---TA--TAGAGA-TGT------G------CCCCCCC-------C-CCC---------------------AC---TAGCAG-T-GT-TC-G-A--TTGAC---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TTTTTTTATTATGTTTG--CT-TGT-C-A-C-AA-----A--AT--T-TT-G-AA---
gi|2 : GGGGGGGCAT---G------G--GGGT--A---CATCCCCC-------CCCCAC-----T-TTCAAAAG------------GGGGGG-GGGCAAAA-G---A--TG-TT--CC---TC---------C-CC-----------CCC------C---T----------TTTTT---C-TCCG-A-G---T--A--A---C--T---TT--T-TTTCTGCA--G--A-AAA-T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCC--AC-------T----------TT-T-C-AT-AA-T---A---AA--TAGAGT-T-T------GCCC---CCCCCCC-------C-C-----------------------AC---TTTTAG-TGGT-TC-A-A--A-GGC---CTTCTTTTTTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--ATTTT-TT-G-AA---GTGC--T--GCC-C-CCCCC-C-CACC----CA-----CACTTT--C----AGT-AAT-A-----A---------ATAG--A-------------G------TT-------TG---CC-CCCCCCTTCCCCCCCCCCCC------------------CC-----------------------CACACACTT-------TTT-AGATGT-TC-AA--ATGC---CCCTT----TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-ATTT-----AATTT--TG-------------------G-----AA-GTTTG--------CCC---CCCCCACTTTCT-AGTGA-----TTTTTT--AAGTT-TG-C----CCC--------CCC-----------------------C--c
gi|20 : gggcgtaggaggccgcggg-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----GATTT--TT-------------------G-----AA-G--TG-------TGCC---CCCCCACTTTC--AGTCA-----ATAAATAGAGGTT-TG-C----CGC--------CCC-----------------------C--ACTTT-TAGTGTAACAAATG--C------CTTT--T-TTTTATTTATTTTTTTTTTTT--T-GCT--TGTCCA-CA--TAA-TTTGGAAccccccccacacttcaaaatcagtcctcgctctgtctctcatataacattctacattaaatatgtcactgtattataatct
gi|21 : acttt--CC-CCCCC--AC-------T----------TTTC-A-GT-GA-T---T---TG----GAGG-T-TTGACCCG------CCCCCCC-------C-CCACACACACACACACACACTTACAC---TTTCAG-T-GT-TC-G-A--AAGAC---C------------------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G------GT-C-A-C-AT-----A--AT--T-TT-G-AA---GTT---T--GCG-C-CCCCC-C-C-C
gi|22 : tgcccccc------G------CCCCCCCACACACACAC-----------------------AC---TTTCAG-T-AT-TC-GGA--ATGAG---A-------GTT--------T---T---TTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-GCC-AA-----A--AT--T-TT-G-AA---GTT---T--GCCTT-CCCCC-C-C-CC----TT-----T---TT--
gi|23 : ccccccccAGG---GG-G-G--GAGGGG-GGGCAA---G-T-A--TG-TT--TT--TCCTTTATATGCC-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---T-TC-C-A-A---T--A---------T---TT--T-TTTCTGCA--TTAA-AA--A-A-----C--A-C-A-T-AAATTAGGA--A-T-GTG--CC-ACTCC--tttttctaaatccgtccttacgcctctg
gi|24 : gagcaggggggggggggggg---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-----G-C-A--CG-TT--TT--GCC---------C-CCCCCCCCCCCGGCCC------C---C----------TTTGT---C-T--A-A-G---TTAA--A---T--T---TT--T-TTCCTGCAAGT--A-AA--G-T-----C--A-C-A-TAAATTTAGGA--AG
gi|25 : acagatacagtacccgcatagcagccGGGGC-----A------G--GGGG--ATAACATGCCCC-------TCCT-CCAC--T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GG
gi|3 : ggggcgtaA-G-T-A--TG-TT--TTT-GCC---------C-CC-----------CCC------C---CCCCCTAC---TTTTT---C-TG-A-A-G---T--C--AC--T--T---TT--T-TTTCTG-------A-AA--TTA-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCC--CC-------CCA--------TT-C-A-GT-AA-TAAATAAATAAATAGAGG-T-T------G------CCCCCCC-------C-C-----------------------CC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--AT---------------CT--------T---T-TTTTTT-----A---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--T---TGTT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-AC----TT----------T--C----A-T-AAA-C-----A---------ATAG--A-----------G-G------TTGTGC---CC---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAT-----T-------TTT-AG-TGT-TC-AA--ATGC---TT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TAATTTGAATGT--TGCCCCCCCCACTTTCAATAAT-----AA-A--TAGAGTTTCCCCC---CCCCCACTTT---AGTAA-----TAA-ATAGAGGTT-TG-C----CCCCCCCCCCCCCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATG--C------TTTTTAT-T------------------TT--T-GC---TGT-CA-CA--TAATATT-GAAGT
gi|4 : tgggcgacgatggtgccccccccccccagcAGGGGGGAT-----A------G--GGGC--A---AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-GGG--GGGG-GGGCAAAA-ACT-A--TG-TT--TT--GCC---------CACC-----------CCT------T---T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-A---T---TA--TAGAGG-TATG-----G------CCCCCTT-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-CACCCCA-C-C-CC----TTA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TA-CC-----------------T------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TCAAA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------GTC-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG------A-G--TG-------CCCA---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTTCCAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
gi|5 : AGGGGGGAT-----A------G--GGGC--A---AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-C-T-A--TG-TT--TT--GCC---------C-AC-----------CCC------T---T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-A---T---TA--TAGAGG-TAT------G------CCCCCTT-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-C-ACCCCAC-C-CC----TTA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TAACC-----------------T------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCAC---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
gi|6 : GGGGGGGC-----A------GCGGGGC--A---CATGCCCC-------CCCC-CCAC--T-TTCAAAAGT---GG-G-G--AG--------CAAAA-G-T-A--T--TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---CACCTT-----TTTTT---C-TC-C-A-A---TC-A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----C--A-C-A-C-AATT--GGATTGGT-G-G-----CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-G
gi|6 : gcaggggg---T--GCC-C-CCCCC-C-CACC----TTTTTTTC---TC--C----AATCAAT-T-----TTTTTTCTGCATAA--AACACACAATTGG-A------TT-------GG---TG-GC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AGCTG--TG-AA--ATG----CT-------TTTTTT-----------------TT---T-C-------A-C-TCATTTGTCTATG-T--C--A-C-A-T------AAT------------------------AC-----AA-G--TG--------TCC---CGCCCACTTGC--AGTA-------TTTATAGAGTTG-TG-CCCCTCCC--------CCC-----------------------C--AC-TT-CA--GT-TTAAA-GGAC------TTTC--T-TA-----------------TTTAT-GCTTGTGT-CA-CC--TAATTTctgtgaaatgcttttttttttcactcatttgtctatgtcacataatacaagtgtcccgcccacttgcagtatttatagagttgtgcccctcccccccacttcagtttaaaggactttcttatttatgcttgtgtcacctaatttactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|6 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtattttCCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAGCT-GT-G--A-A--ATG-----C-------TTT--------T---T-TTTTTCACTCAT---------TT--------------GT-CTATGT-C-A-C-AT-----A--A---T-AC---AA---GTG---T--------CCCGC-C-C-AC----TT-----G-------C----AGT-A-T-T-----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CCTCCC-------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------T-C-AG-T---TT-AA--AGGA---CT-------TTCTTA-----------------TT---TAT-------G-C-T----------TG-TGTC--A-C-C-TA-----A-TTTACTG----------------------------T--TG-------CCCC---CACCT--TTTCT-AGTAA-----TTT-ATAGACGTTGTA-C----CCC--------CCC-----------------------C--CCTTT-CAGTGT-TCAGA-GAGC------TTTT--TGTTCTG--------------TT--T-GCT--TGT-CAGCAATTAAATTTGCAAGTTTGCactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|7 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtatttttgccccccccccacctttttttctccaatcaattttttttctgcataaaacacacaattggattggtggAGGGGGGG-------------G--GGGC--A---ATTGCCCC-------CCT--------T-TTCAAA--T---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-G-T-A--TG-TT--TTT-GCC---------C-CC-----------CCC------C---CAC--------TTTTT---C-GC-T-A-A---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----C--A-C-A-C-AATTTAGGA--ATT-GTG--CC-CCCCC-----------------------------------------------------------------------CCCCCC-------C-C-----------------------AA---TTGCAG-TTGT-TC-A-AGCACCCC---C-------CCT--------T---T-TTTTTT-----T---------TG--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-ACAA---GTGT--T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----CC-----CTT-TT--C----AGT-AA--------T---------ATAA--G-----------A-G------TTGG-----TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CCC-----T-------TTC-A--TGT-AC-AA--G-GA---CC-------TTTTTTTTG--------------TT---T-T-------GCC-T----------TGTT--C--A-C-A-TA-----A---T--TC-----------------A-------CA-G--TG-------TTGC---CCCCCACTTTTCAAGTAA------TTTATAGA--TTGTG-T----CCC--------CCC-----------------------CTTCCTTT-CAA-G--TCAAA--GAC------C--------------------------------------AT-CA-CA---AATTTT-GAAGTTTTCC
gi|8 : gagcGGGGGGGG-----G------G--GGGC--A---CATACCCC-------CCCA-G-----C-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGGAGAGGAAAG-A-T-A--AG-TTTCTT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---TACTA------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--AAGA---T--T---TT--T-TTTCTGCA--A--A-AA--T-A-----C--A-A-A-C-AATTTAG-A--AGT-GTG--GC-CCCCC---T-------T----------TT-C-A-GTAAA-T---A---AA--TAGAGGTT-T------G------CCCCGCC-------T-C-----------------------CC---CCCCAC-T-A--TC-A-A--ATG-C---C-------TTTTTTTAAAAT---T-TTTTTT-----T---------TT--------------GTACT-TGT-CAA-CAAT-----AT-A---T-TT-G-AA---GTG---T--GGT-A-CCCCC-C-C-CC----TA-----C---TT--TCGA-AAT-AAA-TAGAGGT---------ATAG--A-----------G-G------TT-------TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----CCCACTTGTTT-AA-TGT-TCAAA--ATG----CC-------TTTCTT-----------------TC---T-T-------c
gi|9 : tgggcgtaggagccgggGGGGGG-----G------G--GGGC--A---CATGCCCC-------CCC--------T-TTCAAAAGTTGGGG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAAAG-T-AG-TT-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---CAC--------TTTTT---C-TCTG-A-G---T--A--A---CCCT---TT--T-TTCTTGCA--A--T-AA--T-A-----T--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCCCCAC-------T----------TT-CCA-GT-AA-T---A---AA---AGAG--T-T------G------CCCCCCC-------C-CTCCC-------------------AC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--ATGCC---T-------TTT--------T---T-TTTTTT-----TTTTTTTTGCTT--------------G--TT-TGT-C-A-C-AT-----A--AT--T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----AC-----T---TT--C----AGT-AAT-A-----A---------ATAG--A-----------G-G------TC------------CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTT-AG--GT-TC-AA--ATG----CCTTTTTTTTTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-T------AATTT--TG-----------------AAG-----tcagtttttttttttttttttttgcttgtcaacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CGTATGTCGCCTTTCCCGTTGCCGCCTGGGTGGCGCGCACTTGTTCGTGGGAGTATTTGTTGTTTTTGTGTGAGCGCGGCTTGCCCCGCTCCTGTGGCTCGCCCCCCACTTTCAAAATCAAGTCCCTTAGACGCCTCGCCAGAGAGTGTATTCTAGTTTTG
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gi|22 : tgcccccc------G------CCCCCCCACACACACAC-----------------------AC---TTTCAG-T-AT-TC-GGA--ATGAG---A-------GTT--------T---T---TTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-GCC-AA-----A--AT--T-TT-G-AA---GTT---T--GCCTT-CCCCC-C-C-CC----TT-----T---TT--
gi|23 : ccccccccAGG---GG-G-G--GAGGGG-GGGCAA---G-T-A--TG-TT--TT--TCCTTTATATGCC-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---T-TC-C-A-A---T--A---------T---TT--T-TTTCTGCA--TTAA-AA--A-A-----C--A-C-A-T-AAATTAGGA--A-T-GTG--CC-ACTCC--tttttctaaatccgtccttacgcctctg
gi|24 : gagcaggggggggggggggg---GG-G-G--GGGGGG-GGGC-----G-C-A--CG-TT--TT--GCC---------C-CCCCCCCCCCCGGCCC------C---C----------TTTGT---C-T--A-A-G---TTAA--A---T--T---TT--T-TTCCTGCAAGT--A-AA--G-T-----C--A-C-A-TAAATTTAGGA--AG
gi|25 : acagatacagtacccgcatagcagccGGGGC-----A------G--GGGG--ATAACATGCCCC-------TCCT-CCAC--T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GG
gi|3 : ggggcgtaA-G-T-A--TG-TT--TTT-GCC---------C-CC-----------CCC------C---CCCCCTAC---TTTTT---C-TG-A-A-G---T--C--AC--T--T---TT--T-TTTCTG-------A-AA--TTA-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCC--CC-------CCA--------TT-C-A-GT-AA-TAAATAAATAAATAGAGG-T-T------G------CCCCCCC-------C-C-----------------------CC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--AT---------------CT--------T---T-TTTTTT-----A---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--T---TGTT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-AC----TT----------T--C----A-T-AAA-C-----A---------ATAG--A-----------G-G------TTGTGC---CC---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAT-----T-------TTT-AG-TGT-TC-AA--ATGC---TT-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TAATTTGAATGT--TGCCCCCCCCACTTTCAATAAT-----AA-A--TAGAGTTTCCCCC---CCCCCACTTT---AGTAA-----TAA-ATAGAGGTT-TG-C----CCCCCCCCCCCCCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATG--C------TTTTTAT-T------------------TT--T-GC---TGT-CA-CA--TAATATT-GAAGT
gi|4 : tgggcgacgatggtgccccccccccccagcAGGGGGGAT-----A------G--GGGC--A---AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-GGG--GGGG-GGGCAAAA-ACT-A--TG-TT--TT--GCC---------CACC-----------CCT------T---T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-A---T---TA--TAGAGG-TATG-----G------CCCCCTT-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-CACCCCA-C-C-CC----TTA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TA-CC-----------------T------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TCAAA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------GTC-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG------A-G--TG-------CCCA---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTTCCAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
gi|5 : AGGGGGGAT-----A------G--GGGC--A---AGTGCC--------------------T-TTCAAGAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-C-T-A--TG-TT--TT--GCC---------C-AC-----------CCC------T---T----------TTTTT---C-TC-A-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-GTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTTGAA--AGT-GTG--TC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-A---T---TA--TAGAGG-TAT------G------CCCCCTT-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------TATAT-TTTATT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-T-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GAG---T--GCC-C-ACCCCAC-C-CC----TTA----CA--TT--C----AGA-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---TAACC-----------------T------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTAT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCAC---CCCCTACATTC--AGAAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-T----CCC--------TCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TTATTTTGGAAGTTTGCC
gi|6 : GGGGGGGC-----A------GCGGGGC--A---CATGCCCC-------CCCC-CCAC--T-TTCAAAAGT---GG-G-G--AG--------CAAAA-G-T-A--T--TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---CACCTT-----TTTTT---C-TC-C-A-A---TC-A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----C--A-C-A-C-AATT--GGATTGGT-G-G-----CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-G
gi|6 : gcaggggg---T--GCC-C-CCCCC-C-CACC----TTTTTTTC---TC--C----AATCAAT-T-----TTTTTTCTGCATAA--AACACACAATTGG-A------TT-------GG---TG-GC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AGCTG--TG-AA--ATG----CT-------TTTTTT-----------------TT---T-C-------A-C-TCATTTGTCTATG-T--C--A-C-A-T------AAT------------------------AC-----AA-G--TG--------TCC---CGCCCACTTGC--AGTA-------TTTATAGAGTTG-TG-CCCCTCCC--------CCC-----------------------C--AC-TT-CA--GT-TTAAA-GGAC------TTTC--T-TA-----------------TTTAT-GCTTGTGT-CA-CC--TAATTTctgtgaaatgcttttttttttcactcatttgtctatgtcacataatacaagtgtcccgcccacttgcagtatttatagagttgtgcccctcccccccacttcagtttaaaggactttcttatttatgcttgtgtcacctaatttactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|6 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtattttCCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAGCT-GT-G--A-A--ATG-----C-------TTT--------T---T-TTTTTCACTCAT---------TT--------------GT-CTATGT-C-A-C-AT-----A--A---T-AC---AA---GTG---T--------CCCGC-C-C-AC----TT-----G-------C----AGT-A-T-T-----T---------ATAG--A-----------G-T------TG-------TG---CC-CCTCCC-------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------T-C-AG-T---TT-AA--AGGA---CT-------TTCTTA-----------------TT---TAT-------G-C-T----------TG-TGTC--A-C-C-TA-----A-TTTACTG----------------------------T--TG-------CCCC---CACCT--TTTCT-AGTAA-----TTT-ATAGACGTTGTA-C----CCC--------CCC-----------------------C--CCTTT-CAGTGT-TCAGA-GAGC------TTTT--TGTTCTG--------------TT--T-GCT--TGT-CAGCAATTAAATTTGCAAGTTTGCactgttgcccccaccttttctagtaatttatagacgttgtacccccccccctttcagtgttcagagagctttttgttctgtttgcttgtcagcaattaaatttgcaagtttgc
gi|7 : gcaggggggggggggcagcggggcacatgccccccccccactttcaaaagtggggagcaaaagtatttttgccccccccccacctttttttctccaatcaattttttttctgcataaaacacacaattggattggtggAGGGGGGG-------------G--GGGC--A---ATTGCCCC-------CCT--------T-TTCAAA--T---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-G-T-A--TG-TT--TTT-GCC---------C-CC-----------CCC------C---CAC--------TTTTT---C-GC-T-A-A---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA----A-----C--A-C-A-C-AATTTAGGA--ATT-GTG--CC-CCCCC-----------------------------------------------------------------------CCCCCC-------C-C-----------------------AA---TTGCAG-TTGT-TC-A-AGCACCCC---C-------CCT--------T---T-TTTTTT-----T---------TG--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-ACAA---GTGT--T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----CC-----CTT-TT--C----AGT-AA--------T---------ATAA--G-----------A-G------TTGG-----TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CCC-----T-------TTC-A--TGT-AC-AA--G-GA---CC-------TTTTTTTTG--------------TT---T-T-------GCC-T----------TGTT--C--A-C-A-TA-----A---T--TC-----------------A-------CA-G--TG-------TTGC---CCCCCACTTTTCAAGTAA------TTTATAGA--TTGTG-T----CCC--------CCC-----------------------CTTCCTTT-CAA-G--TCAAA--GAC------C--------------------------------------AT-CA-CA---AATTTT-GAAGTTTTCC
gi|8 : gagcGGGGGGGG-----G------G--GGGC--A---CATACCCC-------CCCA-G-----C-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGGAGAGGAAAG-A-T-A--AG-TTTCTT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---TACTA------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--AAGA---T--T---TT--T-TTTCTGCA--A--A-AA--T-A-----C--A-A-A-C-AATTTAG-A--AGT-GTG--GC-CCCCC---T-------T----------TT-C-A-GTAAA-T---A---AA--TAGAGGTT-T------G------CCCCGCC-------T-C-----------------------CC---CCCCAC-T-A--TC-A-A--ATG-C---C-------TTTTTTTAAAAT---T-TTTTTT-----T---------TT--------------GTACT-TGT-CAA-CAAT-----AT-A---T-TT-G-AA---GTG---T--GGT-A-CCCCC-C-C-CC----TA-----C---TT--TCGA-AAT-AAA-TAGAGGT---------ATAG--A-----------G-G------TT-------TG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----CCCACTTGTTT-AA-TGT-TCAAA--ATG----CC-------TTTCTT-----------------TC---T-T-------c
gi|9 : tgggcgtaggagccgggGGGGGG-----G------G--GGGC--A---CATGCCCC-------CCC--------T-TTCAAAAGTTGGGG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAAAG-T-AG-TT-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---CAC--------TTTTT---C-TCTG-A-G---T--A--A---CCCT---TT--T-TTCTTGCA--A--T-AA--T-A-----T--A-C-A-C-AATTTAGAA---GT-GTG--CC-CCCCCCCAC-------T----------TT-CCA-GT-AA-T---A---AA---AGAG--T-T------G------CCCCCCC-------C-CTCCC-------------------AC---TTTTAG-T-GT-TC-A-A--ATGCC---T-------TTT--------T---T-TTTTTT-----TTTTTTTTGCTT--------------G--TT-TGT-C-A-C-AT-----A--AT--T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----AC-----T---TT--C----AGT-AAT-A-----A---------ATAG--A-----------G-G------TC------------CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTT-AG--GT-TC-AA--ATG----CCTTTTTTTTTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-T------AATTT--TG-----------------AAG-----tcagtttttttttttttttttttgcttgtcaacat
blockSeqs : CGCATGTT CG CA TAA C CCCCCCCCAT . TTGG C T GG A AAA TT TG T GC T TTTATATGC A CCCCCCCCCGG CCCCCA CCCCCCCCCAC . A AATAATTAAT AAA GT A TTA T TAATAGC AA . A A A GATTG G CC G CCTCCCACCCAGC T C . AATAAATAAATAAATAGAGGTTG ACACACA A CACACACACACACACACACTTAC AAC C G . A G GC TGCCTTTTTTTAAAAT A ACTCA TTTTTTTGC TTTTTATTATGTTT TA A C A C A TCTTCATTA G A C CTT AGTT . T A A T A TTTTTTTCTCCAATCAATTTTTTTTCTGCATAAAACACACAATTGGATTGGTGGCCCC ACACT CCACTTG . A . A AC T CCTTTTTTT TTTATTATTTTTTTTTT ATG A TTT T . CATTTGTCTA T GT A A . T AATTTGAA T AC CCCCCCCCACTTTCAATAATAAA GAGTTTC . T TAGTGATTTT GT GT . CCCT CCCCCCCC ACCCGCCCCCACACACACACACA TT C GT TA TGCCTTTTTTTTATTTATTTTTTTTTT TA A TTG C G ATT G
blockSeqs : CAAATCG . . . C TCCTCCAC . C . . . . AA CT G T TC T . . . . CCCCCTAC . . GAGTAACTTT . . C AGT . TGA . . . . . AAG . . . CCCCA . . . GATTTGGAGGTTTGACCCG . . TCCC . . T . . . . GGCCTTCTTTTTTTT . . . . T . . G . . AATTT G . . . GC . . . . . A TTTTTCAAGATTATAGAGTTGTGCCCCCCCACCCGCCCCCACACACACACACA . . . C . A . G ACCTTT TTG . . . C . . . . A . . . AAA G . AAAAGTT CCC . C CAAGTAATTT AG GT . . . . . . GT T GGCTTTCTTTTTTTT . . T . . T G
blockSeqs : CATG . . . C CCCCCCAC . G . . . . AA T . . A T . . . . CACCTT . . TGAGTAACCC . . . C . AGT . . . . . GAA . . . CCACT . . . AATAAATAGAGTTTGCCC . . CC . . . . . . . AGACTTTCTTTT . . . . . . . A . . AATA . . . . GT . . . . . . CACACTTTCAGTAATAAATAGAGTTTGCCCCCCCCTTCCCCCCCCCCCCCC . . . . . . . G CTTTCT . . . . . . . . . . . . . ACA G . GAAGTT . . A AGTCAATAA GG C . . . . . . GT T GAGCTTTTTGTTCTG . . T . . T G
blockSeqs : CA . . . C ACCCAC . T . . . . AA T . . . . . . . . TACTA . . AATGTAACT . . . A . ATA . . . . . GAA . . . ACT . . . AAATTATAGAGGTATGG . . . . . . . . . . TGACCTTTTATA . . . . . . . . . . AAT . . . . G . . . . . . CACCTTTTTCTCAAAATATTTTCTGCATAAAAAACATATTTAGTGTGCCC . . . . . . . T CCCCTT . . . . . . . . . . . . . TAA T . AAGAAG . . A AGAAATTTT GG C . . . . . . GT T TGCTTTTTATT . . T . . T G
blockSeqs : TA . . . C CCCCAC . T . . . . AA T . . . . . . . . TTAC . . AAGTTAAAT . . . A . TTA . . . . . AAA . . . ATT . . . AAATAAATAGAGGTTTG . . . . . . . . . . TGACCTTTTATA . . . . . . . . . . AAT . . . . T . . . . . . TTCAGAAATAAAATAGAGGTAGGTTTGCCTCCCGCCCCCCTCGCT . . . . . . . G CCC . . . . . . . . . . . . . AGA T . AAGTT . . A AGAAATTTT GG T . . . . . . GT T TGAACCTTTTT . . T . . T .
blockSeqs : TA . . . C CCCAG . A . . . . TT T . . . . . . . . CAC . . GAGTAAGAT . . . T . TA . . . . . AAA . . . ACT . . . GATTTATAGAGATGTG . . . . . . . . . . TGGGCTTTT . . . . . . . . . . AAT . . . . G . . . . . . TACTTTCGAAATAAATAGAGGTATAGAGGTTTGCCCCCCC . . . . . . . T ACC . . . . . . . . . . . . . AAA T . AAGTT . . A TAGTAATTT GG T . . . . . . GT T TGAACCTTTTT . . T . . T .
blockSeqs : CA . . . C AAT . T . . . . AA C . . . . . . . . CAC . . CGAGTAAC . . . T . AA . . . . . GAA . . . ACT . . . AAATTATAGAGGTATG . . . . . . . . . . TGCCTTCTG . . . . . . . . . . ATA . . . . G . . . . . . TTTTCAAGTGATTTATAGAAATTTGCCCCCCCCCC . . . . . . . T ACC . . . . . . . . . . . . . AAA T . GAAAG . . A AGTAATAA GT T . . . . . . A T GGACTTTCTTA . . . . . .
blockSeqs : GG . . . C CCT . G . . . . AA T . . . . . . . . AC . . AAGTCACT . . . T . TT . . . . . AA . . . CCT . . . GATTTATAGAGGCCC . . . . . . . . . . GGACCTTTT . . . . . . . . . . AAT . . . . T . . . . . . TTACATTCAGAAATTTATAGAGGTTCGTAACCTCC . . . . . . . T CTT . . . . . . . . . . . . . AA T . CAGTG . . A AGTATTT CG T . . . . . . . . GATTTTT . . .
blockSeqs : GG . . . C CCC . T . . . . AA T . . . . . . . . C . . CAATCAAT . . . A . AA . . . . . TA . . . CCT . . . ATTACAAAAAGGTT . . . . . . . . . . TGACCTCCC . . . . . . . . . . AA . . . . T . . . . . . TTACATTCAGAAATTTATAGAGGTTCGTACCTCC . . . . . . . T ACC . . . . . . . . . . . . . AA G . AAGAG . . A AAGATT . C . . . . . . . . GACC . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . AA C . . . . . . . . T . . GAGTACT . . . T . GT . . . . . AA . . . ACT . . . GATTTTATAGAGTT . . . . . . . . . . TGACCTTTT . . . . . . . . . . AA . . . . G . . . . . . CCCTTTTCAGTAATATAAGAGTTGGTGCCCCCCC . . . . . . . T ACC . . . . . . . . . . . . . AA T . ACAAG . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . AA T . . . . . . . . T . . AAGTAAT . . . G . TA . . . . . GA . . . ACT . . . AATAAAAGAGTTG . . . . . . . . . . TGAGAGTTT . . . . . . . . . . AA . . . . G . . . . . . TTTTCAGTATTATTATAGAGTGTCCCCCCCCCC . . . . . . . T ACT . . . . . . . . . . . . . AA T . AATT . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . AG T . . . . . . . . C . . AAGTAAT . . . T . TA . . . . . AA . . . ACT . . . TTTTTTTTTG . . . . . . . . . . CCCCCCCTT . . . . . . . . . . AA . . . . G . . . . . . TTTCATAAACAATAGAGGTTGTGCCCCCCCCCC . . . . . . . G ACC . . . . . . . . . . . . . AA T . GAAG . . .
blockSeqs : T . . . . A T . . . . . . . . T . . TAATAAT . . . T . TA . . . . . AA . . . ACT . . . GTTATATTA . . . . . . . . . . TGCCTTTTT . . . . . . . . . . AT . . . . G . . . . . . TTGCAGTATTTATAGAGTTGTGCCCCTCCCCCC . . . . . . . T CT . . . . . . . . . . . . . AA T . ACAG . .
blockSeqs : T . . . . . T . . . . . . . . C . . AGTAG . . . T . TA . . . . . AA . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . TGCTTTT . . . . . . . . . . AA . . . . G . . . . . . CACTTTCCAGTCATAATAGAGGTTTGCCCC . . . . . . . T CT . . . . . . . . . . . . . AA . . T
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . C . . ATATT . . . T . A . . . . . AA . . . TT . . . . . . . . . . . . . . AGACCT . . . . . . . . . . AA . . . . G . . . . . . ACTTTCAGTAATAAATAGAGGTCCCCCCCC . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . T . . AAAGT . . . A . A . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . GGCCT . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . CCCCTCCCCCCCCCC . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . CAATA . . . A . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . TTTT . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AAAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TCTT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GCC . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CCCCAC************ T*** AA* T** ** *** AAGTAAT*************** ACT******************* GATTATAGAGGTTG************************* TGACCTTTT********************* ** ACC********** ******* ** AA****** AAGAG************************** *** AGTAATTT******** GG GT T* TGAACCTTTTTT************************** T**
originalCons : AGGGGGGGC-----G------G--GGGC--A---CATGCCCC-------CCCC-C-----T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-G-T-A--TG-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---C-TC-G-A-G---T--A--A---T--T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA--AGT-GTG--CC-CCCCC--AC-------T----------TT-C-A-GT-AA-T---T---TA--TAGAGG-T-T------G------CCCCCCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGAC---C-------TTT--------T---T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----TT-----C---TT--C----AGT-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGA---CC-------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TA-----AATTT--TG-----------------AAG-----AA-G--TG-------CCCC---CCCCCACTTTC--AGTAA-----TTTTATAGAGGTT-CG-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAAC------CTTT--T-T------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CA--TAATTTTGGAAGTTTGCC
finalCons : AGGGGGGGC-----G------G--GGGC--A---CATGCCCCCCCCAC------------T-TTCAAAAGT---GG-G-G--GGGGGG-GGGCAAAA-GT--A--TG-TT--TT--GCC---------C-CC-----------CCC------C---C----------TTTTT---C-TCAAGTAAT---------------T---TT--T-TTTCTGCA--T--A-AA--T-A-----C--A-C-A-C-AATTTAGAA--AGT-GTG--CC-CCCCCACT-------------------TT-C-A-GTGATTATAGAGGTTG-------------------------CCCCCCC-------C-C-----------------------AC---TTTCAG-T-GT-TC-A-A--ATGACCTTTT---------------------T-TTTTTT-----T---------TT--------------G--CT-TGT-C-A-C-AT-----A--A---T-TT-G-AA---GTG---T--GCC-C-CCCCC-C-C-CC----TT-----C---TT--C----AGT-AAT-T-----T---------ATAG--A-----------G-G------TT-------CG---CC-CC-----------------C------------------CC-----------------------CAC-----T-------TTC-AG-TGT-TC-AA--ATGACC----------TTTTTT-----------------TT---T-T-------G-C-T----------TG-T--C--A-C-A-TAA------TTT--TGAAGAG--------------------------TG-------CCCC---CCCCCACTTTCAGTAATTT--------ATAGAGGTT-CG-C----CCC--------CCC-----------------------C--ACTTT-CAGTGT-TCAAATGAACCTTTTTT--------------------------TT--T-GCT--TGT-CA-CAT--AATTTTGGAAGTTTGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CGTATGTCGCCTTTCCCGTTGCCGCCTGGGTGGCGCGCACTTGTTCGTGGGAGTATTTGTTGTTTTTGTGTGAGCGCGGCTTGCCCCGCTCCTGTGGCTCGCCCCCCACTTTCAAAATCAAGTCCCTTAGACGCCTCGCCAGAGAGTGTATTCTAGTTTTG
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