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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--T----TTGC--CCTT------A-C-AC-----TCG-AT--TTGT-TA-----------TATGTTT-T--T------GA-T---TA-----------TG-A---TACG-TT-TGACAC--AT--GTTAAC-T---TC---G-CTTTTTGTA-tagtcggtgttacataatatcacttgagtattgaaggtttttaatcgatcactaagtcttttaataacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TGTCGG-AGGT-CGT--TG---TTGC--CC-A------AAC-AC-----TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---T------------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT---TTACC-T---TCGCGGCCTATTTGTA-tgataaaaataa
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        C-A------A-C--C-----TCG-AC--TTTG-TG-----------TATGTTTAT--TT----GGAAT---TA-----------TG-A-T-TATG-CT-TAACACA-AT--GTTAAC-T---TC---GGCTATTTATA-cctttcacaaacacaatgagtaaaatgaatctacaagacaccc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aC-----TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TTTTT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAAC-T---TC---GCCTTTTTGTATC--T-tatata
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATGACACAATAAAATAATCTTGGATAAACACATCTCC






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Reference ( family-125 )      : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGATGCGCAAGAGCATGCTATGCGTATGCGGATTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTAC---TA---AC-AAAAAAGTTGANGTTGCAGGTGTTATAACGAAATCTTCGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCGA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGCGATTA--CAAA--TTAT-CACT-AAGTCGTA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTTC-----ATACCCTTCG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCCTA---C-TAG-A-TTT---GAC--TA-CG--G--GT-AA---TCCC-GTTTACTTT--ATTTCGAC-TAA--G-GGCT-CACGGCGGGTAGTG-ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-NA--CAC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-C--T-ACAAG
gi|1                          :                               TCGATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGCGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTAC---TA---AC-AAAAAAGTTGATGCTGCAGG-GTTATAACGAA-TCT-CGTTTAA-AGTCATCATTTCGCAAA-TTCTA--CGGTCGCT-ATAATG-ACCTTGTTTGCGATTA--CAAA--TTAT-CACT-AAGTCATA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTTC-----ATACCCTTTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCCTA---C-TAG-A-TTT---GAC--TA-CG--G--GT-AA---TCCC-GTTTACTTT--ATTTCGAT-TAA--G-GGCT-CACGGCGGGT-GTG-ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACCC-CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-AA--CAC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---ACCTTTTTGTA-C--T-ACAAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttttcgttaacatccagtgattagactagaGGT-GTG-AACGGTCTGCAG--AGGATGCTTACTC-CT-CCATT-T-ACCT-A--C--TCCTCC-CTT-CG-C-TTT-TGACGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCT-----C-TA--CAC-TCG-AC--TTTG-------------------TT-T--TTGGG-GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT--GTTAACTTC---GCCATTgcctcatttttagaagtgtgggatattttagatcaaaacatattgatgctctacatttgcaagaattagtagttttaaat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G--TT-GCC-----C-TA--CAC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TT-TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA----T-AC
gi|12                         :                               TCGATGCGCAAGAGCATGTTATGCGTATGAGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTACATGTACCTAC-AAAAAAGTTGATGTTACAGGcctttcacaaacacaatgagtaaaatgaatctacaagacaccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taacatatgtttgtacatgtatatctcccaattgatCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------T---TT-GCC-----CTTA--CAC-TCG-AT--TTGT-TA-----------TATGTTT-T--T------GA-T---TA-----------TG-A---TACG-TT-TGACAC--AT--GTTAACTTC---G-CTTTTTGTA-gt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -TGTCGG-AGGT-CGT--------TG--TT-GCC-----C-AAA-CAC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---T------------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT---TTACCTTCGCGGCCTATTTGTA-tgataaaaataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTTAGCAA--TGGATGTGAACTC--T-CCTTTGC-ACTT-GTTA--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TGT-GG-AAGT-CCG--------TG--TT-ACC-----C-TA---AC-TTG-AC--TTGG-TA-----------Ttatgta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TTTTT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTATC--T-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atacaat-----C-AA--C-C-TCG-AC--TTTG-TG-----------TATGTTTAT--TT----GGAAT---TA-----------TG-A-T-TATG-CT-TAACACA-AT--GTTAACTTC---GGCTATTTATA-t
gi|18                         :                                   aGCGCAAAAACATGCTATCCATATGCGGATTTTATAAA-GC-AAGGCCAACTAC---TA---AC-AAATAAGTTGAtatata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-T--TCATAAG
gi|2                          :                                            GCATGCTATGC-TATGCGGATTTTTTAAAAGCTGAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAAAGTTGAAG-TGCAGGTGTTATAACGAAATCTTCGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTGGC-TATAATGCACCTTGTTTGCGA-TA--CAAA--GTATCCACT-AAGT-GTA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTCC-----ATACATATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCTTA---C-TAGAA-TTG---GAC--TACCG--G--GT-AA---TCTC-GTTTAC-TT--ATTTCGAC-TAC--GCGGCT-CACGGCGGGTGGTG-ACCGTTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACTCCCATGGC-ACCT----A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTtacactatctcagcgtgaaatttatctacaagac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-AAT-TACG-TT-TGACACA-ATCCG-TAACTTC---GCCCTTTTGT--CGAT-ACAAGatt
gi|22                         :                                 aATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGtg
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Reference ( family-125 )      : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGATGCGCAAGAGCATGCTATGCGTATGCGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAA-GTTGATGCTGCAGGTGTTATAACGAAATCT-CGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGCGATTA--CAAA--TTATC-ACT-AAGTCATA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTTC-----ATACCCTTCG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCCTA---C-TAGA-TTT---GAC--TAC-G--G--GT-AA---TCCC-GTTTACTTT--ATTTCGAC-TAA--G-GGCT-CACGGCGGGTAGTG-ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-C--T-ACAAG
gi|1                          :                               TCGATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGCGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAA-GTTGATGCTGCAGG-GTTATAACGAA-TCT-CGTTTAA-AGTCATCATTTCGCAAA-TTCTA--CGGTCGCT-ATAATG-ACCTTGTTTGCGATTA--CAAA--TTATC-ACT-AAGTCATA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTTC-----ATACCCTTTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCCTA---C-TAGA-TTT---GAC--TAC-G--G--GT-AA---TCCC-GTTTACTTT--ATTTCGAT-TAA--G-GGCT-CACGGCGGGT-GTG-ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACCC-CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-AA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---ACCTTTTTGTA-C--T-ACAAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttttcgttaacatccagtgattagactagaGGT-GTG-AACGGTCTGCAG--AGGATGCTTACTC-CT-CCATT-T-ACCT-A--C--TCCTCC-CTT-CG-C-TTT-TGACGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCT-----C-TA--CA--C-TCG-AC--TTTG-------------------TT-T--TTGGG-GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT--GTTAACTTC---GCCATTgcctcatttttagaagtgtgggatattttagatcaaaacatattgatgctctacatttgcaagaattagtagttttaaat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               G--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TT-TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA----T-AC
gi|12                         :                               TCGATGCGCAAGAGCATGTTATGCGTATGAGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTACATGTACCTACAAAAAA-GTTGATGTTACAGGcctttcacaaacacaatgagtaaaatgaatctacaagacaccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taacatatgtttgtacatgtatatctcccaattgatCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------T---TT-GCC-----CTTA--CA--C-TCG-AT--TTGT-TA-----------TATGTTT-T--T------GA-T---TA-----------TG-A---TACG-TT-TGACAC--AT--GTTAACTTC---G-CTTTTTGTA-gt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TGTCGG-AGGT-CGT--------TG--TT-GCC-----C-AAA-CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---T------------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT---TTACCTTCGCGGCCTATTTGTA-tgataaaaataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTTAGCAA--TGGATGTGAACTC--T-CCTTTGC-ACTT-GTTA--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TGT-GG-AAGT-CCG--------TG--TT-ACC-----C-TA---A--C-TTG-AC--TTGG-TA-----------Ttatgta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TA--CAATC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TTTTT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTATC--T-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a--C-TCG-AC--TTTG-TG-----------TATGTTTAT--TT----GGAAT---TA-----------TG-A-T-TATG-CT-TAACACA-AT--GTTAACTTC---GGCTATTTATA-t
gi|18                         :                               acaacGCGCAAAAACATGCTATCCATATGCGGATTTTATAAA-GC-AAGGCCAACTAC---TA---ACAAATAA-GTTGAtatata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-T--TCATAAG
gi|2                          :                                            GCATGCTATGC-TATGCGGATTTTTTAAAAGCTGAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAAAGTTGAAG-TGCAGGTGTTATAACGAAATCTTCGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTGGCT-ATAATGCACCTTGTTTGCGAT-A--CAAA--GTATCCACT-AAGT-GTA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTCC-----ATACATATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCTTA---C-TAGAATTG---GAC--TACCG--G--GT-AA---TCTC-GTTTACTT---ATTTCGAC-TAC--GCGGCT-CACGGCGGGTGGTG-ACCGTTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACTCCCATGGC-ACCT----A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTtacactatctcagcgtgaaatttatctacaagac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-AAT-TACG-TT-TGACACA-ATCCG-TAACTTC---GCCCTTTTGT--CGAT-ACAAGatt
gi|22                         :                                 aATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGtg
gi|3                          :                                                                                                                                                                      TA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGC-ATTA--AAAA--TTATC-ACC-TAATCATA-AGTTGA---CTGA-TTTTGTTC-----ATACCATTTG---TTCTAGG----------A-C--------GTCATTATTC--A---C-TAGA-TT----AAC--TAC-G--G---T-AA---TCCC-GTGTACTTT--ATTTCGACGTAA--G-GGCT-CACGTCGGGT---G-ACCGGT-AGCAG--AGGATGTTTAC---CT-CCATGGCCACCTTG--A--TCCTAC-CTTTCGACATTT-TGTCGG-AGGTTCCG--------T---TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCGGAT--TTTG-TA-----------TATGCTT-T--------GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACGTTT-TGA-ACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                atACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCTTGACATCG--TA-GCCAG---C-TACTCA--CATCG-AT--TATG-TACTAATAGTTT-TATTTTT-TC-TT----AGA-T---TAATATAATATACTG-A-T-TAC--CT-TAACAC--GT--GTTAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCT------TGAATTAGCCACTTAC-CA--CA--T-CAG-ATAATATGATAACTAATAGATTTATTTTT-TACTT----AGA-TA--TA-----------TGAA-TATACGATTATAACACAGAT--GTTAACagctgaactatttgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TTTCAG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----T-AA--CA--C-TCG-AT--TGTG-TA-----------TATATGT-T--TTATGGGGA-TTAATA-----------TG-A-T-TACG-AT-TGACACA-TT--TTTAA-TTC---GCCATTTTGTA-T--T-actgaactatttgta
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               G--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TT-TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA----T-AC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taacatatgtttgtacatgtatatctcccaattgatCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------T---TT-GCC-----CTTA--CA--C-TCG-AT--TTGT-TA-----------TATGTTT-T--T------GA-T---TA-----------TG-A---TACG-TT-TGACAC--AT--GTTAACTTC---G-CTTTTTGTA-gt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TGTCGG-AGGT-CGT--------TG--TT-GCC-----C-AAA-CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---T------------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT---TTACCTTCGCGGCCTATTTGTA-tgataaaaataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTTAGCAA--TGGATGTGAACTC--T-CCTTTGC-ACTT-GTTA--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TGT-GG-AAGT-CCG--------TG--TT-ACC-----C-TA---A--C-TTG-AC--TTGG-TA-----------Ttatgta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TA--CAATC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TTTTT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTATC--T-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a--C-TCG-AC--TTTG-TG-----------TATGTTTAT--TT----GGAAT---TA-----------TG-A-T-TATG-CT-TAACACA-AT--GTTAACTTC---GGCTATTTATA-t
gi|18                         :                               acaacGCGCAAAAACATGCTATCCATATGCGGATTTTATAAA-GC-AAGGCCAACTAC---TA---ACAAATAA-GTTGAtatata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-T--TCATAAG
gi|2                          :                                            GCATGCTATGC-TATGCGGATTTTTTAAAAGCTGAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAAAGTTGAAG-TGCAGGTGTTATAACGAAATCTTCGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTGGCT-ATAATGCACCTTGTTTGCGAT-A--CAAA--GTATCCACT-AAGT-GTA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTCC-----ATACATATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCTTA---C-TAGAATTG---GAC--TACCG--G--GT-AA---TCTC-GTTTACTT---ATTTCGAC-TAC--GCGGCT-CACGGCGGGTGGTG-ACCGTTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACTCCCATGGC-ACCT----A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTtacactatctcagcgtgaaatttatctacaagac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-AAT-TACG-TT-TGACACA-ATCCG-TAACTTC---GCCCTTTTGT--CGAT-ACAAGatt
gi|22                         :                                 aATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGtg
gi|3                          :                                                                                                                                                                      TA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGC-ATTA--AAAA--TTATC-ACC-TAATCATA-AGTTGA---CTGA-TTTTGTTC-----ATACCATTTG---TTCTAGG----------A-C--------GTCATTATTC--A---C-TAGA-TT----AAC--TAC-G--G---T-AA---TCCC-GTGTACTTT--ATTTCGACGTAA--G-GGCT-CACGTCGGGT---G-ACCGGT-AGCAG--AGGATGTTTAC---CT-CCATGGCCACCTTG--A--TCCTAC-CTTTCGACATTT-TGTCGG-AGGTTCCG--------T---TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCGGAT--TTTG-TA-----------TATGCTT-T--------GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACGTTT-TGA-ACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                atACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCTTGACATCG--TA-GCCAG---C-TACTCA--CATCG-AT--TATG-TACTAATAGTTT-TATTTTT-TC-TT----AGA-T---TAATATAATATACTG-A-T-TAC--CT-TAACAC--GT--GTTAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCT------TGAATTAGCCACTTAC-CA--CA--T-CAG-ATAATATGATAACTAATAGATTTATTTTT-TACTT----AGA-TA--TA-----------TGAA-TATACGATTATAACACAGAT--GTTAACagctgaactatttgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TTTCAG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----T-AA--CA--C-TCG-AT--TGTG-TA-----------TATATGT-T--TTATGGGGA-TTAATA-----------TG-A-T-TACG-AT-TGACACA-TT--TTTAA-TTC---GCCATTTTGTA-T--T-actgaactatttgta
gi|7                          :                                                                                                                            tcAACGAAAACT------AAGATT-----TTTC---AAATTCGAGACGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTTCGATT---CAAA--TTATT-ACTTAAGTCATAATGTTGA---CTGA-TTTGTGTC-----ATTCCCATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATG-TTCCTA---C-CACA-TTT---GAC--GAC-G--G--GT-AA---TCCT-GTTTACTTT--ATTTCGAC-TAT--G-GGCT-CAtagtcggtgttacataatatcacttgagtattgaaggtttttaatcgatcactaagtcttttaataacag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                    taATTAGCCAAAAGCTATC-ATT-AAGTCTGA-TGTTGAACGCTGATTTTGTTTTTCGCGATACCCTTTGATTTT---AGTCAGCAAAACA-TTATCATAGGTCATT-TTTCTATACT-TAGACCTC---GACAGAAC-G--GCTGT-AACGCTCCCAGTTTACTTT--ATTaagt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACTC-CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTATC--T-gcttgatggttttcgacacgagcggtctgcaa


blockSeqs                     :                                                       G                 A  T            ATG  CCT        A       T      T           A   TC      G   C        G    A     GA        T      C           G  TAGC    AG     C   T        A      ACG    T        TCGCG        T ATT  CTA  TCAGCAAAACATTATCATAGG      A      TACT     A  TTAG   AG   C AC CT  T  CGC   CA         CT        G   AC C    A          G   G     TC     CA        T    A  C       C    GTTA         G   T  A A   A      A    T   CTTGACAT  AA  A   ACTTA T  CT  AT A   G  AA    A  ACTAATAGATT       A TTATGG     A TAA  ATATAATATAC  A A A    T  A      AG  CC         GCG           CGA  C
blockSeqs                     :                                                       A                 .  .            .    .          .       .                  A   .       G   .        .    A     .         T      .           G  TA      .      .   .        .      .      .        .            T .    .    ACTG                       .      TA       C  TTAG   .    . AC .   T  .     C          CT        .   AC .    A          A   G     TT     CA        A    A  .       .    GAAT         G   .  . .   A      A    .   CT        .   .   AG    .  A   .  .   .  .     .  CTAATAGTTT        . TTGGG      . A    .            . . .    A  .      G   .          .             TC   .
blockSeqs                     :                                                       G                 .  .            .    .          .                                                              .         .      .           .  A       .      .   .        .      .      .        .            C .    .    AACT                       .      TA       .  G      .    . .  .   .  .     C          .         .   .  .    .          A   .     TC     .         T    A  .       .    GAAT         .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TTTT       . .    .            . . .    .  .      A   .          .             TC   .
blockSeqs                     :                                                       .                                                                                                                                                T       .      .   .        .      .      .        .            C .    .    AACT                       .      C        .  T      .    . .  .   .  .     T          .         .   .  .    .          .   .     TC     .         T    .  .       .    TGA          .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . ACTT       . .    .            . . .    .  .      G   .          .             T    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        T .    .    ACTG                       .      C        .  C      .    . .  .   .  .     .          .         .   .  .    .          .   .     T      .         T    .  .       .    AC           .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TTT        . .    .            . . .    .  .      A   .          .             T    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        T .    .    ACG                        .      C        .  .      .    . .  .   .  .     .          .                                    .     .      .         .    .  .       .    GA           .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . CTT        . .    .            . . .    .  .      A   .          .             .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .         .    .  .       .    GA           .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TT         . .    .            . . .    .  .      A   .          .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .       .    A            .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TT         . .    .            . . .    .  .      A   .          .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .   .  . .   .      .    .   .         .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TT         . .    .            . . .    .  .      A   .          .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .   .   .     .  .   .  .   .  .     .  .                 . TT         . .    .            . . .    .  .      A   .          .                   
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Reference ( family-125 )      : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGATGCGCAAGAGCATGCTATGCGTATGCGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAA-GTTGATGCTGCAGGTGTTATAACGAAATCT-CGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGCGATTA--CAAA--TTATC-ACT-AAGTCATA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTTC-----ATACCCTTCG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCCTA---C-TAGA-TTT---GAC--TAC-G--G--GT-AA---TCCC-GTTTACTTT--ATTTCGAC-TAA--G-GGCT-CACGGCGGGTAGTG-ACCGGTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-C--T-ACAAG
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               G--TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TT-TT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA----T-AC
gi|12                         :                               TCGATGCGCAAGAGCATGTTATGCGTATGAGGACTTTTTAAA-GC-GAGGCCAACTACATGTACCTACAAAAAA-GTTGATGTTACAGGcctttcacaaacacaatgagtaaaatgaatctacaagacaccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taacatatgtttgtacatgtatatctcccaattgatCTAC-CTT-CG-C-TTT-TGTCGG-AGGT-CCG--------T---TT-GCC-----CTTA--CA--C-TCG-AT--TTGT-TA-----------TATGTTT-T--T------GA-T---TA-----------TG-A---TACG-TT-TGACAC--AT--GTTAACTTC---G-CTTTTTGTA-gt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TGTCGG-AGGT-CGT--------TG--TT-GCC-----C-AAA-CA--C-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-T--TT----GGA-T---T------------TG-A-T-TACG-TT-TAACACG-AT---TTACCTTCGCGGCCTATTTGTA-tgataaaaataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTTAGCAA--TGGATGTGAACTC--T-CCTTTGC-ACTT-GTTA--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TGT-GG-AAGT-CCG--------TG--TT-ACC-----C-TA---A--C-TTG-AC--TTGG-TA-----------Ttatgta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TA--CAATC-TCG-AT--TTTG-TA-----------TATGTTT-TTTTT----GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACG-TT-TGACACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTATC--T-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a--C-TCG-AC--TTTG-TG-----------TATGTTTAT--TT----GGAAT---TA-----------TG-A-T-TATG-CT-TAACACA-AT--GTTAACTTC---GGCTATTTATA-t
gi|18                         :                               acaacGCGCAAAAACATGCTATCCATATGCGGATTTTATAAA-GC-AAGGCCAACTAC---TA---ACAAATAA-GTTGAtatata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--GTTAACTTC---GCCTTTTTGTA-T--TCATAAG
gi|2                          :                                            GCATGCTATGC-TATGCGGATTTTTTAAAAGCTGAGGCCAACTAC---TA---ACAAAAAAAGTTGAAG-TGCAGGTGTTATAACGAAATCTTCGTTTAAGAGTCATCATTTCGCAAAATTCTA--CGGTGGCT-ATAATGCACCTTGTTTGCGAT-A--CAAA--GTATCCACT-AAGT-GTA-TGTTGA---CTGA-TTTGTTCC-----ATACATATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATT-TTCTTA---C-TAGAATTG---GAC--TACCG--G--GT-AA---TCTC-GTTTACTT---ATTTCGAC-TAC--GCGGCT-CACGGCGGGTGGTG-ACCGTTCAGCAG--AGGATGCTTACTCACTCCCATGGC-ACCT----A--TCCTAC-CTT-CG-C-TTtacactatctcagcgtgaaatttatctacaagac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-T--TT----GGA-T---TA-----------TG-AAT-TACG-TT-TGACACA-ATCCG-TAACTTC---GCCCTTTTGT--CGAT-ACAAGatt
gi|22                         :                                 aATACGCAAGAGCATGCTATGCGTATGtg
gi|3                          :                                                                                                                                                                      TA--CGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTGC-ATTA--AAAA--TTATC-ACC-TAATCATA-AGTTGA---CTGA-TTTTGTTC-----ATACCATTTG---TTCTAGG----------A-C--------GTCATTATTC--A---C-TAGA-TT----AAC--TAC-G--G---T-AA---TCCC-GTGTACTTT--ATTTCGACGTAA--G-GGCT-CACGTCGGGT---G-ACCGGT-AGCAG--AGGATGTTTAC---CT-CCATGGCCACCTTG--A--TCCTAC-CTTTCGACATTT-TGTCGG-AGGTTCCG--------T---TT-GCC-----C-TA--CA--C-TCGGAT--TTTG-TA-----------TATGCTT-T--------GGA-T---TA-----------TG-A-T-TACGTTT-TGA-ACA-AT--GTTAACTTC---GCCTTTTTG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                atACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCTTGACATCG--TA-GCCAG---C-TACTCA--CATCG-AT--TATG-TACTAATAGTTT-TATTTTT-TC-TT----AGA-T---TAATATAATATACTG-A-T-TAC--CT-TAACAC--GT--GTTAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ACCCTTCT---TA---AG----------AACT----------AAT-TTACTA---TATAGA-TTTTAGAAC--TAC-GACG--GTTAA---TTC--GTTTACTTTCTATTTCGAC-TAAACG-AGCTACACGGCGCGTAGTGGACCAG--AGCAGCAAGGATGAT-ACTCACT-CCATGGC-AACT-G--AATCCCTACGTTT-CG-C-TTTATGTCGGAAGGT-CCGCT------TGAATTAGCCACTTAC-CA--CA--T-CAG-ATAATATGATAACTAATAGATTTATTTTT-TACTT----AGA-TA--TA-----------TGAA-TATACGATTATAACACAGAT--GTTAACagctgaactatttgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CT-CCATGGC-ACCT-G--A--TCCTGC-CTT-CG-C-TTT-TTTCAG-AGGT-CCG--------TG--TT-GCC-----T-AA--CA--C-TCG-AT--TGTG-TA-----------TATATGT-T--TTATGGGGA-TTAATA-----------TG-A-T-TACG-AT-TGACACA-TT--TTTAA-TTC---GCCATTTTGTA-T--T-actgaactatttgta
gi|7                          :                                                                                                                            tcAACGAAAACT------AAGATT-----TTTC---AAATTCGAGACGGTCGCTTATAATG-ACCTTGTTTTCGATT---CAAA--TTATT-ACTTAAGTCATAATGTTGA---CTGA-TTTGTGTC-----ATTCCCATTG---TT---AG----------A-CT-------GTCATG-TTCCTA---C-CACA-TTT---GAC--GAC-G--G--GT-AA---TCCT-GTTTACTTT--ATTTCGAC-TAT--G-GGCT-CAtagtcggtgttacataatatcacttgagtattgaaggtttttaatcgatcactaagtcttttaataacag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                    taATTAGCCAAAAGCTATC-ATT-AAGTCTGA-TGTTGAACGCTGATTTTGTTTTTCGCGATACCCTTTGATTTT---AGTCAGCAAAACA-TTATCATAGGTCATT-TTTCTATACT-TAGACCTC---GACAGAAC-G--GCTGT-AACGCTCCCAGTTTACTTT--ATTaagt
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Unaligned ( gi|21 ): AATGACACAATAAAATAATCTTGGATAAACACATCTCC