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gi|9                          :  ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTGT-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TGGTNNNNNN--------N---NN-NNNNN---NN--NNNNNN--NN---N-N-N--NNNNN---------N-N-NN-N-NN-NN-N-NNNNNN--NNNN-NNN----NN-NN--NN--NNNNNN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAAGGCCAT-GACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------T
gi|5                          : agCCCGTAGGGAA-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CTTCAG--TA-CCCCTT----GC-TTGT-CGTAA-G----AGGCG-A----TT------AAA-TGG---GACGG-------T---TC--TTCG---GG--TGAAAC--CT---T-ACA--AACTGCAAAAGCTCA-G-GC-CACG-TG-T-CAGAGC--AAGT-GTG----GC-AC--GA--TAAAGA--TCA-CT-CAT------TGATCAAAGGCCAT-TAGCGCCAAACA---TA--------GGCCCAAATTTTGT--AGCCCT--------TCGCCAGC--A------ATGG---TGAC-GTTTT--CATATGAGTG-ACA-TA-TTTTCGA-G-AGG--GACGTTAA-T----C-AAC---ATACAACCAACC
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gi|4                          :    CCGTGGA--T-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTGTTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TGA---GGCGG-------T---TC--CTAG---GATGAGGGAC--CGCAAA-A-A--AATCG---------A-GATC-C-CGGTG-T-CACAGC--AGGT-TTTTGTAGC-AC--GAT-AAAGGA--TCC-CT-C-CC-----TGCC-AAAGGCCAT-GAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGGC--A------ATGGT--TAACGGTCTCAGCATATTAGTA-AAA-AATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATC-AATGTCATACAATCAATCatagctacatttttgtga
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gi|7                          :      GTGGGGAT-CCGGGTT--AGAATT--T--GT--CCCCAG--CATCCCCCT----GC-GTGT-CGTAA-G----AGGCG-A----C---------------------------------TT-ATTCG---GA--TGAGAC--CG---GAA-A--AACCG---------AGG-TC-C-CG-TG-T-CACAGC--AGGT-GTG----GC-AC--GA--AAAAGA--TCC-CTCC-C------TGCTCAAAGGCCTG-TGTTGTTGAGCA---TA--------GGCCTAAAATTTGC--AGCCCT--------TCACCGGC--A------TTCG---TGTC-GTCTT--CATATGGATGTGAA-TA-TTCTCGAGG-TGGTTAACG---A-A----C-AAT---ca
gi|8                          :         GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTGT-C-TGA-GC---AGGAGTA----CT------GAAGTGC---TGTGCGATACAAT---TCTAGTCGTATGA--CGACACGGCA---G-A-ATAAACCG---------G-G-TT-C-CT-CG-T-CGCTGCTGAGGTCG------GC-AC--GA--AAAA-A--TCC-CT-C-C------TGCTCAAGGTCTGA-GAGTG---ATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGGC--AGATCAGTCGG---TG-C-GTCTtat
gi|6                          :                                                              -GTGT-AG-GA-G----AGGCG-AAAATCTGAAGAAAAA-TGG---GGCG--------GGCGTC-ATTCG---GA--TGAGAC--CG---CTA-A--AACCG---------A-GGCC-C-CG-CGGTACACAGCC-AAGT-GTG----GCGACCAGATAAAAAGAATTCCTCT-C-CAAGTCGTGCTCAAACGCCCCTGAGTGC-GAGCA---CATTATAGAGGGCCTTAATTTTGCTTAACCATACGCCCGGTCACCGGCCCA------ATGGCGTTGACCGTCTC--CATATGAGTG-AAAATAATTCTCGA-G-TGG--GACG-TAAGA----CAAGT---Aac
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-5 )        : ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGANTA--G--GT--CCCCAG--TATCCCCTT----GC-GTGT-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC----CGN-A-A--AA---CCG---------AG-TC-C-CG-CG-T-CACAGC--AGGT----GTGGC-AC--GATAAAA-GA--TCC-CT-C-C------TGCCCAAAGGCC-G-TGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGGC--A-AT-----GG---TGAC-GTCTC--CATATGAGTG-AAAN--A-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCATTCCAGTGTATTTGATTTCTTTNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAA---------CATATACAGATTATG-TTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGACTCATGGCNGCGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACNGGNGATTNNTATACTCNTCTCAAGGCANTGTAACCGNACCTCTATTATCCGAGCCC-CGTAAGANGTATNACAGGGCTCCTGTCTGTA-TCGCCNTAAAAANNTNTTGTATTGTATTCTGTNTAGGANTTGCAANACCGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACNTANAGACTATTCAACTT
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gi|4                          :   CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTGTTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TG--A-GGCGGT-----TC--CTAGGATGA-GGGAC----CGC-A-A--AAAAATCG---------AGATC-C-CGGTG-T-CACAGC--AGGTTTTTGTAGC-AC--GATAAAG-GA--TCC-CTCC-C------TG-CCAAAGGCC-A-TGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGGC--A-AT-----GGT--TAACGGTCTCAGCATATTAGTA-AAAA--ATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCca
gi|5                          :  CCCGTAGGGAA-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CTTCAG--TA-CCCCTT----GC-TTGT-CGTAA-G----AGGCG-A----TT------AAA-TG--G-GACGGT-----TC--TTCGGGTGA-A--AC----CTT-ACA--AA---CTGCAAAAGCTCAG-GC-CACG-TG-T-CAGAGC--AAGT----GTGGC-AC--GAT-AAA-GA--TCA-CT-CAT------TGATCAAAGGCC-A-TTAGCGCCAAACA---TA--------GGCCCAAATTTTGT--AGCCCT--------TCGCCAGC--A-AT-----GG---TGAC-GTTTT--CATATGAGTG-ACAT--A-TTTTCGA-G-AGG--GACGTTAA-T----CAAC---ATACAACCAACCca
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gi|7                          :    gGTGGGGAT-CCGGGTT--AGAATT--T--GT--CCCCAG--CATCCCCCT----GC-GTGT-CGTAA-G----AGGCG-A----CT----------------------------T-ATTCGGATGA-G--AC----CGG-A-A--AAA--CCG---------AGGTC-C-CG-TG-T-CACAGC--AGGT----GTGGC-AC--GA-AAAA-GA--TCC-CTCC-C------TGCTCAAAGGCCTG-TG-TTGTTGAGCA---TA--------GGCCTAAAATTTGC--AGCCCT--------TCACCGGC--A-TT-----CG---TGTC-GTCTT--CATATGGATGTGAAT--A-TTCTCGAGG-TGGTTAACG---A-A----CAAT---gtaa
gi|8                          :        GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTGT-C-TGA-GC---AGGAGTA----CT------GAAGTGCTG-TGCGATACAATTCTAGTCGTATGACG--ACACGGCAG-A-ATAAA---CCG---------GG-TT-C-CT-CG-T-CGCTGCTGAGGT-----CGGC-AC--GA--AAA-AA--TCC-CT-C-C------TGCTCAA-GGTC---TGAGAGT-GATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGGC--AGATCAGTCGG---TG-C-GTCTtat
gi|9                          : ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTGT-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TG--GTNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNN-N--NN----NNN-N-N--NN---NNN---------NN-NN-N-NN-NN-N-NNNNNN--NNNN----NNNNN-NN--NNNNNNN-NN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAAGGCC-A-TGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5 )        :             ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGANTA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTCAAA-GGCC-GTGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--NA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CAGAC--CTATTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTCCGTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
gi|1                          :             ACCCGTGGGGGT-CCGGGTT--AGAATA--G--GT--CCTCAG--CATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGTG-T-----TC-ATTTGGAAGA-G--AC-C---------G-G-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTTGC-AC--GA--AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTGAAA-GGCC-CAGAGTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-TT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--TA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAGT---AGATAATCAATCAATTTA-TATATTTGATTTCCTCAAGAAAATCACAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACTGATT-TGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGC-GAGTG-TGACCGGT-------------CAACAGGGGATGA-T-TACTCCTC-CTAGG---------T--AC--CT-------GATCCCACC-T-ATGATGTAT-CCAGGG----GTCCGTATTTGCCC-----AGCTCTTGT-TTGTATTCTATTTAGGACTTACGAGATTGATCA---CTGTTCG-TTAT-CTTTGCCTTTACATACAGATTATGCTACTT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tACTGGCGATTG-TATATTTCTC-CAAGG---------CA-------ATTGTTCCAACC--CC-T---GATGTAT-TCAGGACTCCGTCTGTA-TCGTCTTAAAAAGATGTTG---TGTATTCT-TATAGGATTTGTAATACAGGTCT---CTGCTGG-TTA-------CCTTCACATAGAAACTATTCAACTTt
gi|12                         : tggctaatatgactggttGGCGAT-TCGGTTTCAGGAATA--A--GT--CCTCAG--TACTCCTAC----GC-CTGAG-CATAATG----AGACG------TT------AAA-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gacatggtacatctggttgttatctatatccaggcatgttcgttacttaatttacatgtagttccctccgccctaTATATTTGATTTCTTTTAATAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAA---------CATATACAGATTATG-TTACG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttaTGATCA---CTGTTCG-TTATGTTTG-CCTTTACCTATAG
gi|2                          :              CCCGTGGGAAT-CCAAGTT--ATAGTA--G--GT--TCTCAG--TA-CCCTTT----GG-TTG-T-CGTAA-G----AGACC-A----TT------AAA-TG--G-GGCCGT------C-TTTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-AT---AAA---CAAA-G-GCTC-CG-T-GT-TACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAA-GA--TCC-CTAC-C------TGCCCAAA-GGCC-GTAAGCGTCGAGGAGTGTA--------GGTCTAAATTTTGC--ATCCCT--------TCACCAG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--TATTAGAGTA-AAA--CA-ATTTCGA-G-CGG--GATG-TTA-A----AAAT------CAATCAATCATTCCAGTGTATT
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gi|4                          :               CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TG--A-GGCGGT-----TC--CTAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGA-GATC-C-CGGT-GT-CACAG-C--AGGTTTTTGTAGC-AC--GAT-AAAGGA--TCC-CTCC-C------TGC-CAAA-GGCC-ATGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGG--CA-AT-----GGT--TAA-CGGTCTCAGCATATTAGTA-AAA--AATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCca
gi|5                          :              CCCGTAGGGAA-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CTTCAG--TA-CCCCTT----GC-TTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----TT------AAA-TG--G-GACGGT-----TC--TTCGGGTGA-A--AC-CTTACAAACTG-C-A----AAAG--CTCA-G-GC-CACG-T-GT-CAGAG-C--AAGT----GTGGC-AC--GAT--AAAGA--TCA-CT-CAT------TGATCAAA-GGCC-ATTAGCGCCAAACA---TA--------GGCCCAAATTTTGT--AGCCCT--------TCGCCAG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTTTT--CATATGAGTG-ACA--TA-TTTTCGA-G-AGG--GACGTTAA-T----CAAC---ATACAACCAACCca
gi|6                          :                                                                         -GTG-T-AG-GA-G----AGGCG-AAAATCTGAAGAAAAA-TG--G-GGCGGGCG---TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-CTA----AAA---CCGAGG-CC-C-CG-CGGTACACAGCC--AAGT----GTGGCGACCAGATAAAAAGAATTCCTCT-C-CAAGTCGTGCTCAAACGCCC-CTGAGTG-CGAGCA---CATTATAGAGGGCCTTAATTTTGCTTAACCATACGCCCGGTCACCGGCCCA-AT-----GGCGTTGACC-GTCTC--CATATGAGTG-AAAATAA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAAGA----CAA
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gi|8                          :                    GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTG-T-C-TGA-GC---AGGAGTA----CT------GAAGTGCTG-TGCGATACAATTCTAGTCGTATGACG--ACAC---------GGC-AGAATAAA---CCGG-G-TT-C-CT-C-GT-CGCTG-CTGAGGT-----CGGC-AC--GA---AAAAA--TCC-CT-C-C------TGCTCAA--GGTC--TGAGAGT-GATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGG--CAGATCAGTCGG---TG--C-GTCTtat
gi|9                          :             ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTG-T-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TG--GTNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNN-N--NN-N---------N-N-N----NNN---NNNN-N-NN-N-NN-N-NN-NNNNN-N--NNNN----NNNNN-NN--NNN-NNNNNN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAA-GGCC-ATGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAAATGGTATATCTTGCCGTTTTCTGTATGCACAGTGCATACTATTTTAGATTAACTTTTCAACATTTCCCTCC
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTGAATTTTCGCAAAGATCAAAAAAAAATCCA






Alignments
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lowQualScore                  :                     .   .       ..   .  .....  ..      ..  .      ....  .   . .     ......     . ............   .  ....    . .........         . ..  . ..................   ...    . .  . .  . .  .     . ..    ....     .  ..  ...  .  ..   .  ..........   .    .    ..      .  .   ...  ........              ..      ........   .   ..  .  .....  ...  .. .     ..          .   ... .       . .   ..    .   ......    .....           .    .                .  .                        .........       .    .  .                                             . .   .        .............             ...   .    .     .......................................       ..     .....  .   . . .  .....  .      ..    .   .       .    .          ...     . .   .......          .       . .    
lowQualScore                  :                     9   4       22   3  99999  11      11  4      4444  0   0 0     555555     0 333333333333   0  9999    3 222222222         4 22  4 777777777777777777   444    4 3  4 4  9 4  4     4 11    9999     4  11  111  9  11   4  2222222222   7    4    77      9  9   888  11111111              11      11111111   5   99  0  55555  888  44 0     77          7   999 4       7 4   99    7   777777    77777           0    0                0  0                        555555555       0    5  5                                             0 0   5        0000000000000             777   3    3     777777777777777777777777777777777777777       33     00000  7   3 7 0  77777  0      77    3   0       0    7          555     0 0   8888888          0       0 0    
consensus                     :             ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTCAAA-GGCC-GTGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--NA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CGA---CCT-TTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTC-GTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
Reference ( family-5 )        :             ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTCAAA-GGCC-GTGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--NA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CGA---CCTATTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTC-GTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
gi|1                          :             ACCCGTGGGGGT-CCGGGTT--AGAATA--G--GT--CCTCAG--CATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGTG-T-----TC-ATTTGGAAGA-G--AC-C---------G-G-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTTGC-AC--GA--AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTGAAA-GGCC-CAGAGTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-TT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--TA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAGT---AGATAATCAATCAATTTA-TATATTTGATTTCCTCAAGAAAATCACAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACTGATT-TGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGC-GAGTG-TGACCGGT-------------CAACAGGGGATGA-T-TACTCCTC-CTAGG---------T-A---CCT-------GATCCCACC-T-ATGATGTAT-CCAGGG----GTCCGTATTTGCCC-----AGCTCTTGT-TTGTATTCTATTTAGGACTTACGAGATTGATCA---CTGTTCG-TTAT-CTTTGCCTTTACATACAGATTATGCTACTT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttaTGATCA---CTGTTCG-TTATGTTTG-CCTTTACCTATAG
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gi|3                          :               CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TG--A-GGCGGT-----TC--CTAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGA-GATC-C-CGGT-GT-CACAG-C--AGGTTTTTGTAGC-AC--GAT-AAAGGA--TCC-CTCC-C------TGC-CAAA-GGCC-ATGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGG--CA-AT-----GGT--TAA-CGGTCTCAGCATATTAGTA-AAA--AATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCaagaaaattaatagctacatttttgtga
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gi|9                          :             ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTG-T-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TG--GTNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNN-N--NN-N---------N-N-N----NNN---NNNN-N-NN-N-NN-N-NN-NNNNN-N--NNNN----NNNNN-NN--NNN-NNNNNN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAA-GGCC-ATGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         : tggctaatatgactggttGGCGAT-TCGGTTTCAGGAATA--A--GT--CCTCAG--TACTCCTAC----GC-CTGAG-CATAATG----AGACG------TT------AAA-
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gi|8                          :                    GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTG-T-C-TGA-GC---AGGAGTA----CT------GAAGTGCTG-TGCGATACAATTCTAGTCGTATGACG--ACAC---------GGC-AGAATAAA---CCGG-G-TT-C-CT-C-GT-CGCTG-CTGAGGT-----CGGC-AC--GA---AAAAA--TCC-CT-C-C------TGCTCAA--GGTC--TGAGAGT-GATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGG--CAGATCAGTCGG---TG--C-GTCTtat
gi|9                          :             ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTG-T-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TG--GTNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNN-N--NN-N---------N-N-N----NNN---NNNN-N-NN-N-NN-N-NN-NNNNN-N--NNNN----NNNNN-NN--NNN-NNNNNN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAA-GGCC-ATGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): ATTTTGAATTTTCGCAAAGATCAAAAAAAAATCCA






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Reference ( family-5 )        :             ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTCAAA-GGCC-GTGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--NA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CG-ACCT---TTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTC-GTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
gi|1                          :             ACCCGTGGGGGT-CCGGGTT--AGAATA--G--GT--CCTCAG--CATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGTG-T-----TC-ATTTGGAAGA-G--AC-C---------G-G-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTTGC-AC--GA--AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTGAAA-GGCC-CAGAGTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-TT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--TA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAGT---AGATAATCAATCAATTTA-TATATTTGATTTCCTCAAGAAAATCACAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACTGATT-TGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGC-GAGTG-TGACCGGT-------------CAACAGGGGATGA-T-TACTCCTC-CTAGG---------T--ACCT---------GATCCCACC-T-ATGATGTAT-CCAGGG----GTCCGTATTTGCCC-----AGCTCTTGT-TTGTATTCTATTTAGGACTTACGAGATTGATCA---CTGTTCG-TTAT-CTTTGCCTTTACATACAGATTATGCTACTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGGACTCATGGCGGCGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTGCT-TAC-CATCTCAAGATACTGTAACCGAACCTCTATTATCCGAGCC--CTGTAA-GAAATATGACAGAGCTC---CTGTT-TTG-CC----AACTTCTTATATTGTA-TCTGTTTAGGAATTGCAAGATTGATCACTTCTGTTAGATTGTCTTT--TCTTTttaagcttaacagttatgataaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tACTGGCGATTG-TATATTTCTC-CAAGG---------CA-A------TTGTTCCAACC--CC-T---GATGTAT-TCAGGACTCCGTCTGTA-TCGTCTTAAAAAGATGTTGT---GTATTCT-TATAGGATTTGTAATACAGGTCT---CTGCTGG-TTA-------CCTTCACATAGAAACTATTCAACTTt
gi|12                         : tggctaatatgactggttGGCGAT-TCGGTTTCAGGAATA--A--GT--CCTCAG--TACTCCTAC----GC-CTGAG-CATAATG----AGACG------TT------AAA-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gacatggtacatctggttgttatctatatccaggcatgttcgttacttaatttacatgtagttccctccgccctaTATATTTGATTTCTTTTAATAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAA---------CATATACAGATTATG-TTACG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttaTGATCA---CTGTTCG-TTATGTTTG-CCTTTACCTATAG
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gi|3                          :               CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TG--A-GGCGGT-----TC--CTAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGA-GATC-C-CGGT-GT-CACAG-C--AGGTTTTTGTAGC-AC--GAT-AAAGGA--TCC-CTCC-C------TGC-CAAA-GGCC-ATGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGG--CA-AT-----GGT--TAA-CGGTCTCAGCATATTAGTA-AAA--AATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCaagaaaattaatagctacatttttgtga
gi|4                          :               CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTAATG----ATGCT-A-----T------AAA-TG--A-GGCGGT-----TC--CTAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGA-GATC-C-CGGT-GT-CACAG-C--AGGTTTTTGTAGC-AC--GAT-AAAGGA--TCC-CTCC-C------TGC-CAAA-GGCC-ATGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGG--CA-AT-----GGT--TAA-CGGTCTCAGCATATTAGTA-AAA--AATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCca
gi|5                          :              CCCGTAGGGAA-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CTTCAG--TA-CCCCTT----GC-TTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----TT------AAA-TG--G-GACGGT-----TC--TTCGGGTGA-A--AC-CTTACAAACTG-C-A----AAAG--CTCA-G-GC-CACG-T-GT-CAGAG-C--AAGT----GTGGC-AC--GAT--AAAGA--TCA-CT-CAT------TGATCAAA-GGCC-ATTAGCGCCAAACA---TA--------GGCCCAAATTTTGT--AGCCCT--------TCGCCAG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTTTT--CATATGAGTG-ACA--TA-TTTTCGA-G-AGG--GACGTTAA-T----CAAC---ATACAACCAACCca
gi|6                          :                                                                         -GTG-T-AG-GA-G----AGGCG-AAAATCTGAAGAAAAA-TG--G-GGCGGGCG---TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-CTA----AAA---CCGAGG-CC-C-CG-CGGTACACAGCC--AAGT----GTGGCGACCAGATAAAAAGAATTCCTCT-C-CAAGTCGTGCTCAAACGCCC-CTGAGTG-CGAGCA---CATTATAGAGGGCCTTAATTTTGCTTAACCATACGCCCGGTCACCGGCCCA-AT-----GGCGTTGACC-GTCTC--CATATGAGTG-AAAATAA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAAGA----CAA
gi|7                          :                gGTGGGGAT-CCGGGTT--AGAATT--T--GT--CCCCAG--CATCCCCCT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT----------------------------T-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-G-A----AAAA--CCGA-GGTC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GA--AAAAGA--TCC-CTCC-C------TGCTCAAA-GGCCTGTG-TTGTTGAGCA---TA--------GGCCTAAAATTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-TT-----CG---TGT-C-GTCTT--CATATGGATGTGAA--TA-TTCTCGAGG-TGGTTAACG---A-A----CAAT---gtaa
gi|8                          :                    GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTG-T-C-TGA-GC---AGGAGTA----CT------GAAGTGCTG-TGCGATACAATTCTAGTCGTATGACG--ACAC---------GGC-AGAATAAA---CCGG-G-TT-C-CT-C-GT-CGCTG-CTGAGGT-----CGGC-AC--GA---AAAAA--TCC-CT-C-C------TGCTCAA--GGTC--TGAGAGT-GATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGG--CAGATCAGTCGG---TG--C-GTCTtat
gi|9                          :             ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTG-T-CATAT-GTCGTATGAG-A----CCGAAAA-AAA-TG--GTNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNN-N--NN-N---------N-N-N----NNN---NNNN-N-NN-N-NN-N-NN-NNNNN-N--NNNN----NNNNN-NN--NNN-NNNNNN--NNN-NN-N-N------NNNNNNAA-GGCC-ATGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac


blockSeqs                     :                     C   A       CA   A  GCG    TT      GA  C      TAAC  C   A T     GTCGT      T AAATCTGAAGAA   G  CTG     G ACAATTCTA         C GG  A TTACAAACTGCA         AAA    G A  T A  G G  A     C TG    TTTT     G  CA  TAA     AT   T  CCAAGTCG     C    C    TG         A   GTG  TTATAGAG              TT      ACGCCCGG   C   CC  G  CAGTC  CGT  AC G     AG          T   ATA T       G A   TT    T   ATTAT     GTCAT           T    G                T  T                        .               A    A  .                                             G C   A        CCGCAGATAAGTG             CT    T    T     TACTGTAACCGAACCTCTATTATCCGAGCCCTGTAA          GA     CTCCG      .   T  TAAAA  T      AT    T   G       A               CTT     A A   TGTTTG           G       T A
blockSeqs                     :                     G   .       TA   G  GCG    .       .   T      .     C   . T     TG         . CCGAAAA        .  GT      G CGTCA             . GG  . GGCAGAAT             AAA    . A  . .  G .  .     . .     TTTT     .  .   TA      .    .  ACC          T    .    G          A   .    .                     .       .          C   .   .  .      T    A  G     AG          .   C   T       . A   .     .   ATTAT     GTCAT                                                                                                                                                                            TA    .    .     CAATTGTTCCAACCCCT                             T      CTC        .   .  A      A      .     .   .       T               .       G .   TCTTT            T          
blockSeqs                     :                     G   .       .    T  TGG    .       .   T      .     .   . .     TG         . TT             .  G       G NNN               . .   . GCAT                 G      . G  . .  . .  .     . .     .        .  .   TA      .    .  CCC          T    .    A          A   .    .                     .       .          C   .   .  .      T    A  .     .           .   A   .       . .   .     .   GA        AT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .       C .   .                           
blockSeqs                     :                     G   .       .    T  A      .       .   T      .     .   . .     TG         . TT             .  A       G CT                . .   . GCTA                 A      . .  . .  . .  .     . .     .        .  .   TA      .    .  CCC          T    .    A          A   .    .                     .       .          C   .   .  .      .    A  .     .           .   A   .       . .   .     .   A         .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                     G   .       .    A  G      .       .   .      .     .   . .     GC         . TT             .  A       G TC                . .   . GCA                  .      . .  . .  . .  .     . .     .        .  .   NN      .    .  CAT          T    .    A          A   .    .                     .       .          C   .   .  .      .    A  .     .           .   T   .       . .   .     .   T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                     G   .       .    A  G      .       .   .      .     .   . .     G          . CT             .  G       A TC                . .   . GCA                  .      . .  . .  . .  .     . .     .        .  .   T       .    .  CCC          N    .    C          A   .    .                     .       .          .   .   .  .      .    T  .     .           .   T   .       . .   .     .   A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                     .   .       .    A  T      .       .   .      .     .   . .     G          . CT             .  G       N TC                . .   . GGA                  .      . .  . .  . .  .     . .     .        .  .   A       .    .  CC           .    .    A          .   .    .                     .       .          .   .   .  .      .    .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                     .   .       .    T  G      .       .   .      .     .   . .     G          . T              .  .       . TA                . .   . NNN                  .      . .  . .  . .  .     . .     .        .  .   .       .    .  NN           .    .    .          .   .    .                     .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                         .   . .     G          . T              .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            


blockSeqCons                  :                                                                                     TG****                                   TC*******                                                                                          TA*             CCC*******                                                                                                                                                                AT***
originalCons                  :             ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTAA-G----AGGCG-A----CT------AAA-TG--G-GGCGGT-----TC-ATTCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGA-G-TC-C-CG-T-GT-CACAG-C--AGGT----GTGGC-AC--GAT-AAAAGA--TCC-CT-C-C------TGCTCAAA-GGCC-GTGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGG--CA-AT-----GG---TGA-C-GTCTC--CATATGAGTG-AAA--NA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CG-ACCT---TTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTC-GTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAAATGGTATATCTTGCCGTTTTCTGTATGCACAGTGCATACTATTTTAGATTAACTTTTCAACATTTCCCTCC
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTGAATTTTCGCAAAGATCAAAAAAAAATCCA






Alignments
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Reference ( family-5 )        :                         ACCCGTGGGGAT-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CCTCAG--TATCCCCTT----GC-GTG-T-CGTA------ATGAGGC--G-ACTAAA-TG--G-GGCGG---T-----TC-T--TCGGATGA-G--AC-C---------G-C-A----AAA---CCGAG-TC-C-CG-TG-T-CACAGC--AGGT----GTGGC-AC--GATAAAAG--ATCCCTCCC-------TGCTCAAAGGCC-G-TGAGCGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCACCGGC--A-AT-----GG---TGAC-GTCTC--CATATGAGTG-AAAN--A-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAA-A----CAAT---ATACAATCAATCANTCCAGTATATTTGATTTCCTCNAGNAGATCGCAGTGTAATAAAATTCAAGCCGTTTTTCATACACNGATTATGACTACGGCTTGTTCCGTTTACCTGATCGAGACTATGGGCTCATGGCGGNGTGATGGCCGGTCCGCAGATAAGTGCGACAGGGGATTG-T-TACTCCTC-CAAGG---------CG-ACCT---TTGTCCGANCC--CC-T-A-GATGTAT-NCAGGGCTC-GTCCGTA-TCGCCC----AAGNTCTTGT-TTGTATTCTGTTTAGGANTTGCGAGATTGATCA---CTGTTNG-TTAT-TTT--CCTTTACATANAGACTATNCNACTT
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gi|2                          :                          CCCGTGGGAAT-CCAAGTT--ATAGTA--G--GT--TCTCAG--TA-CCCTTT----GG-TTG-T-CGTA------A-GAGAC--C-ATTAAA-TG--G-GGCCG---T-----CT-T--TCGGATGA-G--AC-C---------G-C-AT---AAA---CAAAG-GCTC-CG-TG-T-TACAGC--AGGT----GTGGC-AC--GATAAA-G--ATCCCTACC-------TGCCCAAAGGCC-G-TAAGCGTCGAGGAGTGTA--------GGTCTAAATTTTGC--ATCCCT--------TCACCAGC--A-AT-----GG---TGAC-GTCTC--TATTAGAGTA-AAAC--A-ATTTCGA-G-CGG--GATG-TTA-A----AAAT------CAATCAATCATTCCAGTGTATT
gi|3                          :                           CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTA------ATGATGC--T-A-TAAA-TG--A-GGCGG---T-----TC-C--TAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGAGATC-C-CGGTG-T-CACAGC--AGGTTTTTGTAGC-AC--GATAAAGG--ATCCCTCCC-------TGC-CAAAGGCC-A-TGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGGC--A-AT-----GGT--TAACGGTCTCAGCATATTAGTA-AAAA--ATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCaagaaaattaatagctacatttttgtga
gi|4                          :                           CCGTGG--AT-CTGGGTT--GAATTA--GCGGT--CCTCAG--TA-CCCCTT----GCCGTG-TTCGTA------ATGATGC--T-A-TAAA-TG--A-GGCGG---T-----TC-C--TAGGATGA-GGGAC-C---------G-C-A----AAAAAATCGAGATC-C-CGGTG-T-CACAGC--AGGTTTTTGTAGC-AC--GATAAAGG--ATCCCTCCC-------TGC-CAAAGGCC-A-TGAGCGCCG-GCA---AA--------GGCCTAAATTTTGC--AGCCCT--------TCA-CGGC--A-AT-----GGT--TAACGGTCTCAGCATATTAGTA-AAAA--ATTTCCCGA-GATGT--GACG-TAA-ATTATCAATGTCATACAATCAATCca
gi|5                          :                          CCCGTAGGGAA-CCGGGTT--GGAATA--G--GT--CTTCAG--TA-CCCCTT----GC-TTG-T-CGTA------A-GAGGC--G-ATTAAA-TG--G-GACGG---T-----TC-T--TCGGGTGA-A--AC-CTTACAAACTG-C-A----AAAG--CTCAG-GC-CACG-TG-T-CAGAGC--AAGT----GTGGC-AC--GATAAA-G--ATCACTCAT-------TGATCAAAGGCC-A-TTAGCGCCAAACA---TA--------GGCCCAAATTTTGT--AGCCCT--------TCGCCAGC--A-AT-----GG---TGAC-GTTTT--CATATGAGTG-ACAT--A-TTTTCGA-G-AGG--GACGTTAA-T----CAAC---ATACAACCAACCca
gi|6                          :                                                                                                                    AAA-TG--G-GGCGGGCGT-----CA-T--TCGGATGA-G--AC-C---------G-CTA----AAA---CCGAGGCC-C-CG-CGGTACACAGCC-AAGT----GTGGCGACCAGATAAAAAGAATTCCTCTCCAAGTCGTGCTCAAACGCC-CCTGAGTGC-GAGCA---CATTATAGAGGGCCTTAATTTTGCTTAACCATACGCCCGGTCACCGGCCCA-AT-----GGCGTTGACCGTCTC--CATATGAGTG-AAAATAA-TTCTCGA-G-TGG--GACG-TAAGA----CAA
gi|7                          : ggtgtaggagaggcgaaaatctgaagaaGTGGGGAT-CCGGGTT--AGAATT--T--GT--CCCCAG--CATCCCCCT----GC-GTG-T-CGTA------A-GAGGC--G-ACT------------------------TA-T--TCGGATGA-G--AC-C---------G-G-A----AAAA--CCGAGGTC-C-CG-TG-T-CACAGC--AGGT----GTGGC-AC--GA-AAAAG--ATCCCTCCC-------TGCTCAAAGGCCTG-TG-TTGTTGAGCA---TA--------GGCCTAAAATTTGC--AGCCCT--------TCACCGGC--A-TT-----CG---TGTC-GTCTT--CATATGGATGTGAAT--A-TTCTCGAGG-TGGTTAACG---A-A----CAAT---gtaa
gi|8                          :                                GGGGTACCGGGTTTAGGAATATGG--GTTTCCCCAGGATATCCCCTTTAACGA-GTG-T-C-TG------AGCAGGA--GTACTGAAGTGCTG-TGCGA---TACAATTC-TAGTCGTATGACG--ACAC---------GGC-AGAATAAA---CCGGG-TT-C-CT-CG-T-CGCTGCTGAGGT-----CGGC-AC--GA--AAAA--ATCCCTCC--------TGCTCAA-GGTC---TGAGAGT-GATCG---TA----------TTTAGAGATAGC--ACCTCT--------CGACCGGC--AGATCAGTCGG---TG-C-GTCTtat
gi|9                          :                         ACCCGTGGGG-T-CCGGGTT--AGATTA--G--GC--CCCCAA--CATCCCCTT----CC-GTG-T-CATATGTCGTATGAGACCGA-AAAAAA-TG--GTNNNNN---N-----NN-N--NNNNNNNN-N--NN-N---------N-N-N----NNN---NNNNN-NN-N-NN-NN-N-NNNNNN--NNNN----NNNNN-NN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN-------NNNNNNAAGGCC-A-TGACTGCCGAGCA---TA--------GGCCTAAATGTT-T--AGCCTT--------Tac
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Unaligned ( gi|16 ): ATTTTGAATTTTCGCAAAGATCAAAAAAAAATCCA