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lowQualScore                  :        .   .  . . .  . ..   ..   . ..... .. .    .  . .... .   . .    ..... .  .  ...... .  .. ...  ......  . ..... .  ...  ... .    ..      .       
lowQualScore                  :        3   7  3 3 3  7 33   66   1 44444 22 1    1  2 4444 7   7 7    77777 7  7  777777 9  44 999  222222  9 11111 9  444  111 1    22      6       
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Reference ( gi|33381 )        : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-TCTCG-CAC-T----GC--C-CTCC-AG-C-A--A-TTC-A-CACC-----T-GC-ATTTA---A-TTA-G---CT------CC-G-----C-CCT--CA-T-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
gi|33380                      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-TCTCG-CAC-T----GC--C-CTCC-AG-C-A--A-TTC-A-CACG-----T-AC-ATTAA---A-TTA-G---CT------CC-G-----C-CCC--CA-T-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
gi|33382                      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-TCTC--CAC-T----GC--T-CTCC-AG-C-A--A-TTC-A-CACC-----TCGC-ATTAA---AATTA-G---CT------CC-A-----A-CCC--CA-T-C-TAAA--CTTACC-TGAGG
gi|33383                      : AGGACGG-TGT-AC-A-C-AAGA-CCTCA-CGC-T----TC--C-CTCC-AG-C-T--A-TTC-A-TACC-----T-AC-ATAAG---A-TTG-G---CT------CC-G-----C-CC---CA-T-T-TAAA--CTTAAC-TGAGGTA
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gi|33388                      : AGCACGGCTAT-AC-A-C-AA-C-CCT---CAC-TC---GCTTC-CTCC-AG-C-T--A-TTC-A-CACG-----T-GC-ACAAG---A-TTAGG---CTGCCGACCC-G-----C-CC---CA-C-C-TACA--CTTAtccaccccca
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gi|33391                      :       G-TAT-ACTA-C-AA----CTCATCAC-T----GC--T-CCCC-AG-C-A--A-TTC---CACC-----T-GCAATCTATAGA-TTT-GGCACT------CC-G-----C-CCC--CA-CGC-TAAAACCTTAGT-TGAGGT
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gi|33394                      :                                                            -TTC-A-CACC-----C-AC-TTTGA---A-TTA-C---CT------CC-G-----T-CCC--CA-A-C-TTAA--CTTACC-TGGGGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   .  . . .  . .    ...    ......  .     . . .... . ..  . .    ..... .   ... ..   .  .. ...  ..  .......   .   . .    ..      .       
lowQualScore                  :        1   2  1 1 1  6 1    888    444444  9     9 9 0000 5 44  5 5    22222 5   444 44   5  11 444  99  2222222   7   2 1    22      3       
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Reference ( family-979 )      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-CCTCG--CGCT----G-CC-CTCCA-G-C---NA-T--TC-A-CACC-----T-GCA---TN-AGA-TTA-G---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   .  . . .  . .    ...    ......  .     . . .... . ..  . .    ..... .   ... ...     .. ...  ..  .......   .   . .    ..      .       
lowQualScore                  :        1   2  1 1 1  6 1    888    444444  9     9 9 0000 5 44  5 5    22222 5   444 666     11 444  99  2222222   7   2 1    22      3       
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Reference ( family-979 )      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-CCTCG--CGCT----G-CC-CTCCA-G-C---NA-T--TC-A-CACC-----T-GCA---T-A-AGATTA-G---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
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Alignments
lowQualScore                  :                                    111111                                                                                                     
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lowQualScore                  :        .   .  . . .  . .    ...    ......  .     . . .... . ..  . .    ..... .   ... ...     .. ...  ..  .......   .   . .    ..      .       
lowQualScore                  :        1   2  1 1 1  6 1    888    444444  9     9 9 0000 5 44  5 5    22222 5   444 666     11 444  99  2222222   7   2 1    22      3       
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Reference ( family-979 )      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-CCTCG--CGCT----G-CC-CTCCA-G-C---NA-T--TC-A-CACC-----T-GCA---T-A-AGATTA-G---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
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gi|33383                      : AGGACGG-TGT-AC-A-C-AAGA-CCTCA--CGCT----T-CC-CTCCA-G-C---TA-T--TC-A-TACC-----T-ACA---T-A-AGATTG-G---CT--CC-G-----CCC-CAT-T-TAAA--CTTAAC-TGAGGTA
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gi|33392                      :        -TATCAC-AGC-AAGCGCCTCA--CGCT----A-TC-CCTCA-G-T---CA-TATTC-AACACC-----T-GCA---T-A-AGATTG-GT--CTGGCC-A-A---CCCACAC-C-TAAA--CTTACA-TGAG
gi|33393                      :                                  CT----G-CC-C--CA-GGC---AC-T--TC-A-CACC-----T-GCA---T-A-TGATTA-A---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-AGAGCTA
gi|33394                      :                                                           -T--TC-A-CACC-----C-ACT---T-T-GAATTA-C---CT--CC-G-T---CCC-CAA-C-TTAA--CTTACC-TGGGGTA
gi|33395                      :                                                           -T--TC-A-CATC-----T-GCG---T-A-AAATTA-G---CT--TC-A-C---CCC-GAC-G-T-TG--CTTACC-TGAGGT


blockSeqs                     :        C   T  T G C  G G    ACT    TTACG   T     A G TATT G AT  T A    CTCCG C   ATC TA      AG GCA  GG  GACCCG    A   T T    AC      T
blockSeqs                     :        .   C  . . .  G .    AT     TT      .     . . A    . .   . .    .     .   .   AT      A  C    G   ACG       .   G .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  G .    G      G       .     . . A    . .   . .    .     .   .   T       A  T    .   AAC       .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  A .    A      G       .     . . T    . .   . .    .     .   .   A       G  .    .   GC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  A .    G      T       .     . . T    . .   . .    .     .   .   A       T  .    .   AA        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  A .    A      T       .     . . T    . .   . .    .     .   .   T       G  .    .   GC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  G .    G      T       .     . . T    . .   . .    .     .   .   A       G  .    .   GC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  A .    A      G       .     . . T    . .   . .    .     .   .   A       A  .    .   AC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  G .    A      G       .     . . T    . .   . .    .     .   .   A       T  .    .   GC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  G .    G      A       .     . . A    . .   . .    .     .   .   T       G  .    .   AA        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  . .    A      G       .     . . A    . .   . .    .     .   .   A       A  .    .   GC        .   . .    .       .
blockSeqs                     :        .   .  . . .  . .    .      .       .     . . C    . .   . .    .     .   .   A       A  .    .   GT        .   . .    .        
blockSeqs                     :                                    .       .     . . A    . .   . .    .     .   .   T       A  .    .   AC        .                   
blockSeqs                     :                                                           . .   . .    .     .   .   A       .  .    .   G         .                   
blockSeqs                     :                                                           . .   . .    .     .   .   .       .  .    .   C                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-CCTCG--CGCT----G-CC-CTCCA-G-C---NA-T--TC-A-CACC-----T-GCA---T-A-AGATTA-G---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
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lowQualScore                  :        .   .  . . .  . .    ...    ......  .     . . .... . ..  . .    ..... .   ... ...     .. ...  ..  .......   .   . .    ..      .       
lowQualScore                  :        1   2  1 1 1  6 1    888    444444  9     9 9 0000 5 44  5 5    22222 5   444 666     11 444  99  2222222   7   2 1    22      3       
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Reference ( family-979 )      : AGGACGG-TAT-AC-A-C-AAGC-CCTCG--CGCT----G-CC-CTCCA-G-C---NA-T--TC-A-CACC-----T-GCA---T-A-AGATTA-G---CT--CC-G-C---CCC-CAC-C-TAAA--CTTACC-TGAGGTA
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gi|33394                      :                                                           -T--TC-A-CACC-----C-ACT---T-T-GAATTA-C---CT--CC-G-T---CCC-CAA-C-TTAA--CTTACC-TGGGGTA
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