lowQualScore : 11 111111111111 11 22222222 3333 11 1
lowQualScore : 5 6 4 4 3 3 55 00 888888888888 44 00 33333333 44 77777 2 888888 2 5 88 33 7777 11 33 2 2 2 2 77 7777 555 3 3 1 4 7777
lowQualScore : . . . . . . .. .. ............ .. .. ........ .. ..... . ...... . . .. .. .... .. .. . . . . .. .... ... . . . . ....
lowQualScore : 0 0 4 4 6 6 00 00 333333333333 22 77 77777777 22 11111 9 222222 9 7 44 99 4444 88 99 9 9 9 9 33 1111 888 6 6 1 9 7777
consensus : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT--AAAA---AGG-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTN-A--AAA--ACACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GACTG-TTCC-ACAGACTT----GCTGATGAGGCATC
Reference ( gi|114597 ) : TAAT-TGTAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT--AAAA---TGT-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTG-A--AAA--TTACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GACTG-TTCC-AGAGACTT----GCTGATGAGGCATC
gi|114600 : TAAT-TATAT-AAGA-TTA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--TTC-AGGTTAA--AAGCACTTTT--AAAA---AGG-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------TTC-TTTT-C--AAA--ACACAG--A--TTGAT-GTTTT-AAACCGT-AGG-T----TTTGG----AA---GACTG-TTCC-AAAGTCTT----GCTGATGAGGCATC
gi|114598 : TAAT-TATTT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTTTC---A--T---ATGTTAA--AATCACTTTT--TAAA---AGG-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTT-A--AAAACACACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACCGATATG-TG--TTTTGG----AA---GACTG-ATCC-ACAGAC-T----GCTGATGAGGCATC
gi|114599 : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAACACTTTT--AAAA---AGG-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTT-A--AAA--ACACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACAGT-ATA-TG---GTTGG----AAGGGGACTG-TTCC-ACAGACTTGCGAGCTGATGAG
gi|114601 : TAAT-TATAT-AAGACTTA-ATT-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--TTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN--NNNN---NNN-NNN--NNN-----NNNNNN-NN------N-N-NNNN-N--NNN--NNNNNN--N--NNNNN-NNNNC-TAACCGT-AGG-TG--TTTTGG----AA---GACTG-TTCC-AAAGTCTT----GCTGATGAGGCATC
gi|114602 : TAAT-AATAT-AAGAGTTA-ATT-TC-AG--C--ACAGT-TT-C---A--T---AGAATAA--AAGCACTTTA--AAAA---GGGATAG--GTC-------TAAA-TT------T-C-TTTT-A--AAA--ACACAA--A--TT-AT-GTTTC-TGGACGA-AGG-T
gi|114604 : TACT-TATAT-AAGAGTTC-ATG-TC-AG--C--ACAGTGTT-C---A--C---AGGTTAA--AAGCACTTTT--GAAA---
gi|114603 : TAATCTATGTCAAGAGTCAGATTCTCGAGGCC--ACA-TGTTTC---AC-T---ATGTTAA--AAGCACTTTTA-AAAA---CG---AGTAGTCTACTTTTTAAA-TTCTCATAT-C-TT---A--TAA---CACAG--ATTTTGAT-GTTCCAAAACCGA-AAG-TGTCTTTTGGCTAAAA---GAC
gi|114605 : AAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT--C-AG--C--ACAGTGTTTC---AATC---AGGTTAACAAAGCACTTTT--AAAAG--TGT-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTGAA--AAA--TTACAG--A--TTGAT-G--TC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GACTG-TTCCAAGAGACTT----GCTGATGAGGCATCgaccgtgaattcccacagaacgttgctcgat
gi|114606 : TAT-ATGAGTCA-ATT-TC-AG--C--AGAGTGTT-C---A--T---AAGGTAA--AAGCACTTTT--AAAA---AGG-TAG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTT-A--AAA--ACACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGT-TG--TTT
gi|114607 : a-TC-AG--CCTACAACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA---AGT--AG--GTC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTA-A--AAA--A-ACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TTTAGG----AA---GACTG-TTCC-ACAGACTT----GCTGATGAAGCATC
gi|114608 : -TC-AG--CCTACAACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA---AGT--AG--GTC-----TTTAAAATT------T-C-TTAA-A--AAA----ACAG--A--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TT---G----AA---GACTG-TTCC-ACAGACTT----GCTGATGAAGCATC
gi|114609 : T-T---A--T---AAATCAA--AGGCAAGTTT--AAAA---AGA-TAT--GTT-----TTTAGC-TT------T-TGTTTG-A--AAA-----CAGGAA--GCGCT-ACTTC-AAACCGA-AGA-TA--TTTTGG----GA---GACAG-TTAC-ACAGTGTG----GTTGAGGACACATC
gi|114610 : A--AAGCAAGTTT--AAAAATATGT-TAG----C-----TTT------------T-G-TTTG-A--AAA-----CAGGAA--GCGATTACTTC-GAACCGA-AGGATG--TTTTGG----GA---GAACA-GTCC-ACAG--TT----GCTGAGGACACATC
gi|114611 : ttataaatcTTT--AAAA---AAA-TAT--GTT-----TTCAGC-TT------T-TGTTTG-A--AAA-----CAGGAA--GCGAT-ACTTA-GAACCGA-AGA-TC--TTTTGG----GA---GACAGTTTCC-ACAGTGTG----GCTGAGGACACATC
gi|114612 : TC-----TTTAAA-TT------T-C-TTTT-ACCAAA--C-ACAG--A--TTGAT-GTTTT-TAACCGA-AGG-TGT-TTTTAG----AA---GATTG-TT-C-ACAGATTT----G-TGATGAGGCATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 4 4 4 3 3 44 99 3 1 6 4444444444 33 5 888888 66666 5 777777 2 2 33 2 33 2 2 2 2 66 6666 555 77777 888 3 5555 6666 3
lowQualScore : . . . . . .. .. . . . .......... .. . ...... ..... . ...... . . .. . .. . . . . .. .... ... ..... ... . .... .... .
lowQualScore : 4 0 0 3 3 66 22 3 0 2 3333333333 99 3 111111 77777 3 777777 9 7 77 7 77 7 7 7 7 88 5555 444 77777 555 1 9999 5555 1
consensus : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
Reference ( family-978 ) : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTNAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114597 : TAAT-TGTAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAT--GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTGAA-AA--T-TACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114598 : TAAT-TATTT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTTTC---A--T---ATGTTAA--AATCACTTTT-TAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTTAA-AAACA-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGATATG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---ATCC-ACAG-AC--T----GCT-GATGAGGCATC
gi|114599 : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAACACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACAGT-ATA-TG---GTTGG----AAGGGGAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TTGCGAGCT-GATGAG
gi|114600 : TAAT-TATAT-AAGA-TTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTC-AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAATTT------TCTTTTCA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-AAACCGT-AG---G--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114601 : TAAT-TATAT-AAGACTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNN--NN--NNNNNN-----NNNNNN-NN------NNNNNNNN-NN--N-NNNNNN--NNNNN-NNNNC-TAACCGT-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114602 : TAAT-AATAT-AAGAGTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GT-TT-C---A--T---AGAATAA--AAGCACTTT--AAAAA--GGGATAGGTC-----T--AAA-TT------TCTTTTAA-AA--A-CACAAA--TT-AT-GTTTC-TGGACGA-AGG-T
gi|114603 : TAATCTATGTCAAGAGTCAGATTCTCGAGGCC--ACATGT-TT-C---AC-T---ATGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAACGAG--TA-GTCTACTTTTTAAA-TTCTCATATCTT---A-TA--A-CACAGATTTTGAT-GTTCCAAAACCGA-AAG-TGTCTTTTGGCTAAAA---GACGACCGTGAATTCCC-ACAGAACGTT----GCTCGAT
gi|114604 : TACT-TATAT-AAGAGTTC-ATG-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--C---AGGTTAA--AAGCACTTTT-GAAA
gi|114605 : AAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT--C-AG--C--ACA-GTGTTTC---AATC---AGGTTAACAAAGCACTTTT-AAAAGT-GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTGAA-AA--ATTACAGA--TTGAT-G--TC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCCAAGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114606 : ATAT-ATGAGTCA-ATT-TC-AG--C--AGA-GTGTT-C---A--T---AAGGTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGT-TG--TTT
gi|114607 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAA-TT------TCTTTAAA-AA--A--ACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TTTAGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114608 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAAATT------TCTT--AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TT---G----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114609 : T-T---A--T---AAATCAA--AGGCAAGTTT-AAAAA--GA--TATGTT-----TTTAGC-TT------TTGTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGCT-ACTTC-AAACCGA-AGA-TA--TTTTGG----GA---GAC-----AG---TTAC-ACAG-TG-TG----GTT-GAGGACACATC
gi|114610 : A--AAGCAAGTTT-AAAAA------TATGT--------TAGC-TT------TTGTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGATTACTTC-GAACCGA-AGGATG--TTTTGG----GA---GAA-----CA---GTCC-ACAG----TT----GCT-GAGGACACATC
gi|114611 : ttataaatcTTT-AAAAA--AA--TATGTT-----TTCAGC-TT------TTGTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGAT-ACTTA-GAACCGA-AGA-TC--TTTTGG----GA---GAC-----AGT--TTCC-ACAG-TG-TG----GCT-GAGGACACATC
gi|114612 : TC-----TTTAAA-TT------TCTTTTACCAA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-TAACCGA-AGG-TGT-TTTTAG----AA---GAT-----TG---TT-C-ACAG-AT-TT----G-T-GATGAGGCATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 4 4 4 3 3 44 99 3 1 6 4444444444 33 5 888888 66666 5 2 444 2 33 2 33 2 2 2 2 66 6666 555 77777 888 3 5555 6666 3
lowQualScore : . . . . . .. .. . . . .......... .. . ...... ..... . . ... . .. . .. . . . . .. .... ... ..... ... . .... .... .
lowQualScore : 4 0 0 3 3 66 22 3 0 2 3333333333 99 3 111111 77777 3 7 777 7 77 7 77 7 7 7 7 88 5555 444 77777 555 1 9999 5555 1
consensus : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
Reference ( family-978 ) : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114597 : TAAT-TGTAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAT--GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--T-TACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114598 : TAAT-TATTT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTTTC---A--T---ATGTTAA--AATCACTTTT-TAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AAACA-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGATATG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---ATCC-ACAG-AC--T----GCT-GATGAGGCATC
gi|114599 : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAACACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACAGT-ATA-TG---GTTGG----AAGGGGAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TTGCGAGCT-GATGAG
gi|114600 : TAAT-TATAT-AAGA-TTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTC-AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAATTT-TC---TTTTCA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-AAACCGT-AG---G--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114601 : TAAT-TATAT-AAGACTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNN--NN--NNNNNN-----NNNNNN-NN-NN---NNNNNN-NN--N-NNNNNN--NNNNN-NNNNC-TAACCGT-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114602 : TAAT-AATAT-AAGAGTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GT-TT-C---A--T---AGAATAA--AAGCACTTT--AAAAA--GGGATAGGTC-----T--AAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAAA--TT-AT-GTTTC-TGGACGA-AGG-T
gi|114603 : TAATCTATGTCAAGAGTCAGATTCTCGAGGCC--ACATGT-TT-C---AC-T---ATGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAACGAG--TA-GTCTACTTTTTAAA-TTCTCATATCTT-A-TA--A-CACAGATTTTGAT-GTTCCAAAACCGA-AAG-TGTCTTTTGGCTAAAA---GACGACCGTGAATTCCC-ACAGAACGTT----GCTCGAT
gi|114604 : TACT-TATAT-AAGAGTTC-ATG-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--C---AGGTTAA--AAGCACTTTT-GAAA
gi|114605 : AAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT--C-AG--C--ACA-GTGTTTC---AATC---AGGTTAACAAAGCACTTTT-AAAAGT-GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--ATTACAGA--TTGAT-G--TC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCCAAGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114606 : ATAT-ATGAGTCA-ATT-TC-AG--C--AGA-GTGTT-C---A--T---AAGGTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGT-TG--TTT
gi|114607 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTT-AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TTTAGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114608 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAAATT-TC---TT--AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TT---G----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114609 : T-T---A--T---AAATCAA--AGGCAAGTTT-AAAAA--GA--TATGTT-----TTTAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGCT-ACTTC-AAACCGA-AGA-TA--TTTTGG----GA---GAC-----AG---TTAC-ACAG-TG-TG----GTT-GAGGACACATC
gi|114610 : A--AAGCAAGTTT-AAAAA------TATGT--------TAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGATTACTTC-GAACCGA-AGGATG--TTTTGG----GA---GAA-----CA---GTCC-ACAG----TT----GCT-GAGGACACATC
gi|114611 : ttataaatcTTT-AAAAA--AA--TATGTT-----TTCAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGAT-ACTTA-GAACCGA-AGA-TC--TTTTGG----GA---GAC-----AGT--TTCC-ACAG-TG-TG----GCT-GAGGACACATC
gi|114612 : TC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTACCAA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-TAACCGA-AGG-TGT-TTTTAG----AA---GAT-----TG---TT-C-ACAG-AT-TT----G-T-GATGAGGCATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 4 4 4 3 3 44 99 3 1 6 4444444444 33 5 888888 66666 5 2 444 2 33 2 33 2 2 2 2 66 6666 555 77777 888 3 5555 6666 3
lowQualScore : . . . . . .. .. . . . .......... .. . ...... ..... . . ... . .. . .. . . . . .. .... ... ..... ... . .... .... .
lowQualScore : 4 0 0 3 3 66 22 3 0 2 3333333333 99 3 111111 77777 3 7 777 7 77 7 77 7 7 7 7 88 5555 444 77777 555 1 9999 5555 1
consensus : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
Reference ( family-978 ) : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114597 : TAAT-TGTAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAT--GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--T-TACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114598 : TAAT-TATTT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTTTC---A--T---ATGTTAA--AATCACTTTT-TAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AAACA-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGATATG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---ATCC-ACAG-AC--T----GCT-GATGAGGCATC
gi|114599 : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAACACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACAGT-ATA-TG---GTTGG----AAGGGGAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TTGCGAGCT-GATGAG
gi|114600 : TAAT-TATAT-AAGA-TTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTC-AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAATTT-TC---TTTTCA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-AAACCGT-AG---G--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114601 : TAAT-TATAT-AAGACTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNN--NN--NNNNNN-----NNNNNN-NN-NN---NNNNNN-NN--N-NNNNNN--NNNNN-NNNNC-TAACCGT-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114602 : TAAT-AATAT-AAGAGTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GT-TT-C---A--T---AGAATAA--AAGCACTTT--AAAAA--GGGATAGGTC-----T--AAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAAA--TT-AT-GTTTC-TGGACGA-AGG-T
gi|114603 : TAATCTATGTCAAGAGTCAGATTCTCGAGGCC--ACATGT-TT-C---AC-T---ATGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAACGAG--TA-GTCTACTTTTTAAA-TTCTCATATCTT-A-TA--A-CACAGATTTTGAT-GTTCCAAAACCGA-AAG-TGTCTTTTGGCTAAAA---GACGACCGTGAATTCCC-ACAGAACGTT----GCTCGAT
gi|114604 : TACT-TATAT-AAGAGTTC-ATG-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--C---AGGTTAA--AAGCACTTTT-GAAA
gi|114605 : AAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT--C-AG--C--ACA-GTGTTTC---AATC---AGGTTAACAAAGCACTTTT-AAAAGT-GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--ATTACAGA--TTGAT-G--TC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCCAAGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114606 : ATAT-ATGAGTCA-ATT-TC-AG--C--AGA-GTGTT-C---A--T---AAGGTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGT-TG--TTT
gi|114607 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTT-AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TTTAGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114608 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAAATT-TC---TT--AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TT---G----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114609 : T-T---A--T---AAATCAA--AGGCAAGTTT-AAAAA--GA--TATGTT-----TTTAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGCT-ACTTC-AAACCGA-AGA-TA--TTTTGG----GA---GAC-----AG---TTAC-ACAG-TG-TG----GTT-GAGGACACATC
gi|114610 : A--AAGCAAGTTT-AAAAA------TATGT--------TAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGATTACTTC-GAACCGA-AGGATG--TTTTGG----GA---GAA-----CA---GTCC-ACAG----TT----GCT-GAGGACACATC
gi|114611 : ttataaatcTTT-AAAAA--AA--TATGTT-----TTCAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGAT-ACTTA-GAACCGA-AGA-TC--TTTTGG----GA---GAC-----AGT--TTCC-ACAG-TG-TG----GCT-GAGGACACATC
gi|114612 : TC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTACCAA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-TAACCGA-AGG-TGT-TTTTAG----AA---GAT-----TG---TT-C-ACAG-AT-TT----G-T-GATGAGGCATC
blockSeqs : C C G C G GC CT T G T ATTNN CA G GGGA TACTT T C ATA C AC T TT T A T A TC CTAA GGG GACCG AAT A AACG GCGA C
blockSeqs : . . . . . . CT . G T TTAAC . G CGAG . A . . . . . . . . . . T . . . T . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . TTAAC . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . ATTC . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . AATC . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . ACT . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . AT . . NN . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AT . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . A . AT . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . AC . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . .
blockSeqs : . AT . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
finalCons : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 4 4 4 3 3 44 99 3 1 6 4444444444 33 5 888888 66666 5 2 444 2 33 2 33 2 2 2 2 66 6666 555 77777 888 3 5555 6666 3
lowQualScore : . . . . . .. .. . . . .......... .. . ...... ..... . . ... . .. . .. . . . . .. .... ... ..... ... . .... .... .
lowQualScore : 4 0 0 3 3 66 22 3 0 2 3333333333 99 3 111111 77777 3 7 777 7 77 7 77 7 7 7 7 88 5555 444 77777 555 1 9999 5555 1
consensus : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
Reference ( family-978 ) : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114597 : TAAT-TGTAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAT--GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--T-TACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114598 : TAAT-TATTT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTTTC---A--T---ATGTTAA--AATCACTTTT-TAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AAACA-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGATATG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---ATCC-ACAG-AC--T----GCT-GATGAGGCATC
gi|114599 : TAAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--T---AGGTTAA--AAACACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACAGT-ATA-TG---GTTGG----AAGGGGAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TTGCGAGCT-GATGAG
gi|114600 : TAAT-TATAT-AAGA-TTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTC-AGGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAATTT-TC---TTTTCA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-AAACCGT-AG---G--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114601 : TAAT-TATAT-AAGACTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--TTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNN--NN--NNNNNN-----NNNNNN-NN-NN---NNNNNN-NN--N-NNNNNN--NNNNN-NNNNC-TAACCGT-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCC-AAAG-TC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114602 : TAAT-AATAT-AAGAGTTA-ATT-TC-AG--C--ACA-GT-TT-C---A--T---AGAATAA--AAGCACTTT--AAAAA--GGGATAGGTC-----T--AAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAAA--TT-AT-GTTTC-TGGACGA-AGG-T
gi|114603 : TAATCTATGTCAAGAGTCAGATTCTCGAGGCC--ACATGT-TT-C---AC-T---ATGTTAA--AAGCACTTTT-AAAAACGAG--TA-GTCTACTTTTTAAA-TTCTCATATCTT-A-TA--A-CACAGATTTTGAT-GTTCCAAAACCGA-AAG-TGTCTTTTGGCTAAAA---GACGACCGTGAATTCCC-ACAGAACGTT----GCTCGAT
gi|114604 : TACT-TATAT-AAGAGTTC-ATG-TC-AG--C--ACA-GTGTT-C---A--C---AGGTTAA--AAGCACTTTT-GAAA
gi|114605 : AAT-TATAT-AAGAGTCA-ATT--C-AG--C--ACA-GTGTTTC---AATC---AGGTTAACAAAGCACTTTT-AAAAGT-GT--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTGAA-AA--ATTACAGA--TTGAT-G--TC-TAACCGA-AGG-TG--TTTTGG----AA---GAC-----TG---TTCCAAGAG-AC-TT----GCT-GATGAGGCATC
gi|114606 : ATAT-ATGAGTCA-ATT-TC-AG--C--AGA-GTGTT-C---A--T---AAGGTAA--AAGCACTTTT-AAAAA--GG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTAA-AA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACCGA-AGT-TG--TTT
gi|114607 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAA-TT-TC---TTT-AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TTTAGG----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114608 : -TC-AG--CCTACA-ACATC-CTTAA--C---AGAGTAA--AATCATTTTTGAAAAA--AG--TAGGTC-----TTTAAAATT-TC---TT--AA-AA--A-AACAGA--TTGAT-GTTTC-TAACTGA-AGG-TG--TT---G----AA---GAC-----TG---TTCC-ACAG-AC-TT----GCT-GATGAAGCATC
gi|114609 : T-T---A--T---AAATCAA--AGGCAAGTTT-AAAAA--GA--TATGTT-----TTTAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGCT-ACTTC-AAACCGA-AGA-TA--TTTTGG----GA---GAC-----AG---TTAC-ACAG-TG-TG----GTT-GAGGACACATC
gi|114610 : A--AAGCAAGTTT-AAAAA------TATGT--------TAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGATTACTTC-GAACCGA-AGGATG--TTTTGG----GA---GAA-----CA---GTCC-ACAG----TT----GCT-GAGGACACATC
gi|114611 : ttataaatcTTT-AAAAA--AA--TATGTT-----TTCAGC-TT-TT---GTTTGA-AA--A-CAGGAA--GCGAT-ACTTA-GAACCGA-AGA-TC--TTTTGG----GA---GAC-----AGT--TTCC-ACAG-TG-TG----GCT-GAGGACACATC
gi|114612 : TC-----TTTAAA-TT-TC---TTTTACCAA--A-CACAGA--TTGAT-GTTTT-TAACCGA-AGG-TGT-TTTTAG----AA---GAT-----TG---TT-C-ACAG-AT-TT----G-T-GATGAGGCATC