lowQualScore : 222 11111111111
lowQualScore : 3 44 3 3 3 3 77777 2 2 2 2 33 444 33 2 2 2 2 3333 444 444 2 99999 2 2 77 3 22222222222 3 0
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. ... .. . . . . .... ... ... . ..... . . .. . ........... . .
lowQualScore : 3 66 3 3 3 3 77777 9 9 9 7 77 777 77 7 7 7 7 8888 111 777 7 33333 7 9 66 1 55555555555 1 5
consensus : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AATT-TA-CCA-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
Reference ( gi|5301 ) : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AATT-TA-CAT-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TC-ACC------A-TAATTTGGAAAAAA
gi|5302 : ATGA-GT--C-TT-CCAATATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AATT-TA-CCA-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGAGGATCA-TA-ACC------A-TAATTTGGGGGAAA
gi|5303 : ATGG-GTTTC-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AAGT-TA-CCA-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TGAATGGGGTTTA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAAGAA
gi|5304 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG--A-AATT-TA-CCA-C---TAA-T-----A-GAAGAAT-TAAATGGGGATCA-TT-ACC------A-T-ATTTGGGGAAAA
gi|5305 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CC-GA-T--G---T--GAAA-TG-AC-AATTCTA-CCA-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TAAAAGGGGTTCA-TTGACC------AGTAATTTGGGAAAA
gi|5306 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----T--GTT-TT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AATT--A-CCG-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGGG--TCATTT-ACT--------TAAATTGGGAAAAA
gi|5307 : ATGAAGT--C-T--CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTTTCT-GA-T--A---T--G-AA-TG-CG-AATT-TA-CGCAC---TAA-AT----T-GAAGAATATAAATGGGGATCA-TT-ACCATATCTA-TAATTTGGGGAAAA
gi|5309 : ATGA-GT--C-TTTCCAAGACC--TA-T-----TT-GTT-CT-GACT--A---TTGA-AA-TG-AA-AATT-TA-CCA-C----GA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGGAG-TCA-TG-GCC------A-TAATTTTGAA
gi|5308 : ATGA-GT--C-T--CCAAGATCAATA-T-----TT-GTT-CTTGA-T--A---T--G-AA-TGCAG-AATT-TA-CCA-C---TAA-A-----TTGAAGAAT-TAAATGGGA-TCA-TT-A--------A-CAATTT
gi|5311 : ATGA-GT--CCTT-CCAAGATCA-TA-TCATGGTT-GTT-CT-GA-TAAA---T--G-AA-AG-AATAATT-AC-CAC-C---TAACA-----T-GAAGAAT-AAAATGGGAT
gi|5310 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATTA-TT-T-----TTTATT-CT-GA-T--G---T--G-AA-TG-AA-AATT-TACCAT-----TAA-A-----T-
gi|5312 : A-AT--C-TT-CCA-GATCA-TAGT-----TT-GTT-CT-GA-T--AGTGT--G-AACTG-AA-AATT-AC-CAA-C---TAA-A-----T-GAAGAAT-TGAAT-GAGTTCA-TT-AGC------A-TAATT
gi|5313 : -GT--T-TT-TCAA-ATGA-GT-C-----TT-GTT-TT-GA-T---------G-AA-TG-AA-AATT--A-CA--C---AAA-A-----T-GAAGAAT-TAAATGGA--TCA-TT-GCC------A-TAATTGGGGAAAAA
gi|5314 : -----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AA-AATT-T----T-CTAGTAA-A-----T-GAAAAAT-TGAATGGGATTCG-TT-TTA------A-TAATTTGAAA
gi|5315 : -GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AC-AATT-TA-CCA-C---TAA-A-----A-GAAGAAT-TGAGTGAAGTTCA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAACAA
gi|5316 : -T--A---T--A-AA-TG-AA-AATT-TA-CCA-C---TAA-AATTAAT-GGAGA-T-TGAATGGGGTTCA-TT-ACA------A-TGATTTGGGGAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 3 44 3 3 3 3 77777 2 2 2 2 33 444 33 2 2 2 22 2 5 2 11111 2 5 2 2 8888888 2
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. ... .. . . . .. . . . ..... . . . . ....... .
lowQualScore : 1 22 1 1 1 1 11111 7 7 7 5 44 444 44 5 5 5 77 5 0 5 22222 7 9 9 9 3333333 9
consensus : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
Reference ( family-977 ) : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
gi|5301 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-AT-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TC-ACC------A-TAATTTGGAAAAAA
gi|5302 : ATGA-GT--C-TT-CCAATATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGAGGATCA-TA-ACC------A-TAATTTGGGGGAAA
gi|5303 : ATGG-GTTTC-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAAGT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TGAATGGGGTTTA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAAGAA
gi|5304 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG--AAATT-TAC-CA-CTAA-T-----AGAAGAAT-TAAATGGGGATCA-TT-ACC------A-T-ATTTGGGGAAAA
gi|5305 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CC-GA-T--G---T--GAAA-TG-ACAATTCTAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAAAGGGGTTCA-TTGACC------AGTAATTTGGGAAAA
gi|5306 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----T--GTT-TT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT--AC-CG-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGG--TCATTT-ACT--------TAAATTGGGAAAAA
gi|5307 : ATGAAGT--C-T--CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTTTCT-GA-T--A---T--G-AA-TG-CGAATT-TACGCA-CTAA-AT----TGAAGAATATAAATGGGGATCA-TT-ACCATATCTA-TAATTTGGGGAAAA
gi|5308 : ATGA-GT--C-T--CCAAGATCAATA-T-----TT-GTT-CTTGA-T--A---T--G-AA-TGCAGAATT-TAC-CA-CTAA-AT----TGAAGAAT-TAAATGGGA-TCA-TT-A--------A-CAATTT
gi|5309 : ATGA-GT--C-TTTCCAAGACC--TA-T-----TT-GTT-CT-GACT--A---TTGA-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-C-GA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGAG-TCA-TG-GCC------A-TAATTT
gi|5310 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATTA-TT-T-----TTTATT-CT-GA-T--G---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-TTAA-A-----Ttgaa
gi|5311 : ATGA-GT--CCTT-CCAAGATCA-TA-TCATGGTT-GTT-CT-GA-TAAA---T--G-AA-AG-AATAAT-TAC-CACCTAACA-----TGAAGAAT-AAAATGGGAT
gi|5312 : A-AT--C-TT-CCA-GATCA-TAGT-----TT-GTT-CT-GA-T--AGTGT--G-AACTG-AAAATT--AC-CAACTAA-A-----TGAAGAAT-TGAAT-GAGTTCA-TT-AGC------A-TAATT
gi|5313 : -GT--T-TT-TCAA-ATGA-GT-C-----TT-GTT-TT-GA-T---------G-AA-TG-AAAATT--AC--A-CAAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGA--TCA-TT-GCC------A-TAATTGGGGAAAAA
gi|5314 : -----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TTC-TA-GTAA-A-----TGAAAAAT-TGAATGGGATTCG-TT-TTA------A-TAATTTG
gi|5315 : -GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-ACAATT-TAC-CA-CTAA-A-----AGAAGAAT-TGAGTGAAGTTCA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAACAAaaa
gi|5316 : -T--A---T--A-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-AATTAATGGAGA-T-TGAATGGGGTTCA-TT-ACA------A-TGATTTGGGGAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 3 44 3 3 3 3 77777 2 2 2 2 33 444 33 2 2 2 22 2 5 2 11111 2 5 2 2 8888888 2
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. ... .. . . . .. . . . ..... . . . . ....... .
lowQualScore : 1 22 1 1 1 1 11111 7 7 7 5 44 444 44 5 5 5 77 5 0 5 22222 7 9 9 9 3333333 9
consensus : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
Reference ( family-977 ) : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
gi|5301 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-AT-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TC-ACC------A-TAATTTGGAAAAAA
gi|5302 : ATGA-GT--C-TT-CCAATATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGAGGATCA-TA-ACC------A-TAATTTGGGGGAAA
gi|5303 : ATGG-GTTTC-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAAGT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TGAATGGGGTTTA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAAGAA
gi|5304 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG--AAATT-TAC-CA-CTAA-T-----AGAAGAAT-TAAATGGGGATCA-TT-ACC------A-T-ATTTGGGGAAAA
gi|5305 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CC-GA-T--G---T--GAAA-TG-ACAATTCTAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAAAGGGGTTCA-TTGACC------AGTAATTTGGGAAAA
gi|5306 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----T--GTT-TT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT--AC-CG-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGG--TCATTT-ACT--------TAAATTGGGAAAAA
gi|5307 : ATGAAGT--C-T--CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTTTCT-GA-T--A---T--G-AA-TG-CGAATT-TACGCA-CTAA-AT----TGAAGAATATAAATGGGGATCA-TT-ACCATATCTA-TAATTTGGGGAAAA
gi|5308 : ATGA-GT--C-T--CCAAGATCAATA-T-----TT-GTT-CTTGA-T--A---T--G-AA-TGCAGAATT-TAC-CA-CTAA-AT----TGAAGAAT-TAAATGGGA-TCA-TT-A--------A-CAATTT
gi|5309 : ATGA-GT--C-TTTCCAAGACC--TA-T-----TT-GTT-CT-GACT--A---TTGA-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-C-GA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGAG-TCA-TG-GCC------A-TAATTT
gi|5310 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATTA-TT-T-----TTTATT-CT-GA-T--G---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-TTAA-A-----Ttgaa
gi|5311 : ATGA-GT--CCTT-CCAAGATCA-TA-TCATGGTT-GTT-CT-GA-TAAA---T--G-AA-AG-AATAAT-TAC-CACCTAACA-----TGAAGAAT-AAAATGGGAT
gi|5312 : A-AT--C-TT-CCA-GATCA-TAGT-----TT-GTT-CT-GA-T--AGTGT--G-AACTG-AAAATT--AC-CAACTAA-A-----TGAAGAAT-TGAAT-GAGTTCA-TT-AGC------A-TAATT
gi|5313 : -GT--T-TT-TCAA-ATGA-GT-C-----TT-GTT-TT-GA-T---------G-AA-TG-AAAATT--AC--A-CAAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGA--TCA-TT-GCC------A-TAATTGGGGAAAAA
gi|5314 : -----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TTC-TA-GTAA-A-----TGAAAAAT-TGAATGGGATTCG-TT-TTA------A-TAATTTG
gi|5315 : -GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-ACAATT-TAC-CA-CTAA-A-----AGAAGAAT-TGAGTGAAGTTCA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAACAAaaa
gi|5316 : -T--A---T--A-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-AATTAATGGAGA-T-TGAATGGGGTTCA-TT-ACA------A-TGATTTGGGGAAAA
blockSeqs : A TT C T A G CATGG T T T C AA GTG TG A C C CT G C C ATTAA A A T G CATATCT G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . T . T . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . A . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
finalCons : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 3 44 3 3 3 3 77777 2 2 2 2 33 444 33 2 2 2 22 2 5 2 11111 2 5 2 2 8888888 2
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. ... .. . . . .. . . . ..... . . . . ....... .
lowQualScore : 1 22 1 1 1 1 11111 7 7 7 5 44 444 44 5 5 5 77 5 0 5 22222 7 9 9 9 3333333 9
consensus : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
Reference ( family-977 ) : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TT-ACC------A-TAATTTGGGAAAAA
gi|5301 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-AT-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGGGTTCA-TC-ACC------A-TAATTTGGAAAAAA
gi|5302 : ATGA-GT--C-TT-CCAATATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGAGGATCA-TA-ACC------A-TAATTTGGGGGAAA
gi|5303 : ATGG-GTTTC-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAAGT-TAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TGAATGGGGTTTA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAAGAA
gi|5304 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG--AAATT-TAC-CA-CTAA-T-----AGAAGAAT-TAAATGGGGATCA-TT-ACC------A-T-ATTTGGGGAAAA
gi|5305 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTT-CC-GA-T--G---T--GAAA-TG-ACAATTCTAC-CA-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAAAGGGGTTCA-TTGACC------AGTAATTTGGGAAAA
gi|5306 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATCA-TA-T-----T--GTT-TT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT--AC-CG-CTAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGG--TCATTT-ACT--------TAAATTGGGAAAAA
gi|5307 : ATGAAGT--C-T--CCAAGATCA-TA-T-----TT-GTTTCT-GA-T--A---T--G-AA-TG-CGAATT-TACGCA-CTAA-AT----TGAAGAATATAAATGGGGATCA-TT-ACCATATCTA-TAATTTGGGGAAAA
gi|5308 : ATGA-GT--C-T--CCAAGATCAATA-T-----TT-GTT-CTTGA-T--A---T--G-AA-TGCAGAATT-TAC-CA-CTAA-AT----TGAAGAAT-TAAATGGGA-TCA-TT-A--------A-CAATTT
gi|5309 : ATGA-GT--C-TTTCCAAGACC--TA-T-----TT-GTT-CT-GACT--A---TTGA-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-C-GA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGAG-TCA-TG-GCC------A-TAATTT
gi|5310 : ATGA-GT--C-TT-CCAAGATTA-TT-T-----TTTATT-CT-GA-T--G---T--G-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-TTAA-A-----Ttgaa
gi|5311 : ATGA-GT--CCTT-CCAAGATCA-TA-TCATGGTT-GTT-CT-GA-TAAA---T--G-AA-AG-AATAAT-TAC-CACCTAACA-----TGAAGAAT-AAAATGGGAT
gi|5312 : A-AT--C-TT-CCA-GATCA-TAGT-----TT-GTT-CT-GA-T--AGTGT--G-AACTG-AAAATT--AC-CAACTAA-A-----TGAAGAAT-TGAAT-GAGTTCA-TT-AGC------A-TAATT
gi|5313 : -GT--T-TT-TCAA-ATGA-GT-C-----TT-GTT-TT-GA-T---------G-AA-TG-AAAATT--AC--A-CAAA-A-----TGAAGAAT-TAAATGGA--TCA-TT-GCC------A-TAATTGGGGAAAAA
gi|5314 : -----TT-GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-AAAATT-TTC-TA-GTAA-A-----TGAAAAAT-TGAATGGGATTCG-TT-TTA------A-TAATTTG
gi|5315 : -GTT-CT-GA-T--A---T--G-AA-TG-ACAATT-TAC-CA-CTAA-A-----AGAAGAAT-TGAGTGAAGTTCA-TT-ACA------A-TAATTTGGAAACAAaaa
gi|5316 : -T--A---T--A-AA-TG-AAAATT-TAC-CA-CTAA-AATTAATGGAGA-T-TGAATGGGGTTCA-TT-ACA------A-TGATTTGGGGAAAA