lowQualScore : 111 111 111 111111 111 111111111 222222
lowQualScore : 44 3 3 000 555 6 2 2 2 2 2 2 5 33 333 5 66 2 2 2 2 2 2 2 2 5 2 33 2 2 2 66 999999 33 6666 333 2 33 5 66 2 444444444 5 2 2 777 33 33 2 2 555 55 77 222222 6 44 3
lowQualScore : .. . . ... ... . . . . . . . . .. ... . .. . . . . . . . . . . .. . . . .. ...... .. .... ... . .. . .. . ......... . . . ... .. .. . . ... .. .. ...... . .. .
lowQualScore : 66 1 1 888 333 2 9 9 9 9 9 9 7 99 666 7 88 7 7 7 7 7 9 9 9 7 9 99 9 9 9 88 666666 99 1111 666 9 99 7 88 9 333333333 7 9 9 999 99 99 9 9 000 44 33 555555 2 22 1
consensus : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GG--ACAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AA---N-TCG-AA--AT-TTAAA
Reference ( gi|2911 ) : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-T-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GG--GCAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AG---C-TCG-AA--AT-TTAAA
gi|2912 : ACATG--AAA-GC-AAG---ACT-C-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-TCTA-T-A--GG--ACAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-T-AT--C-AA-TTG-AA--TA-----A--A----A---TATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AA---C-TCG-AA--AT-TTAAA
gi|2913 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GG--A-AGT-GT--G-CG---G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTA-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAG--A---A---------CT-A-A-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AA---G-TCGAAA--AT-TTAA
gi|2914 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-AAC-AA-TT-C--T-GTT-CCTA-T-A--GG--ACAGTGGT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--ATAAGA---CA-T-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATGAAAGAGAC--AA---T-TC--AA--AT-
gi|2916 : ACATG--AGA-GC-AAGTAAACC-C-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-CC-A-T-A--GG---CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-C-A-CG-C-AT--A-AA-TTGAAA--T------AATA----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-GCG-A---A--GTGTGGTT-TG-T---G-TG-AAGAGAC--A------TCGAAA--AT-TTAA
gi|2915 : ACATC--AGA-GC-AAT---ACC-C-AAAAGG-TT-CT-T-GTT-CCTG-T-A--GG--ACAGT-GTT-G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-CCAT--A-AA-TTG-AAAAT------A--A----AA--CAAT-T--T-AAA--AAG-A---------CTGA-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGACAAAG-----TCG-AA--ATATTAA
gi|2919 : ACAAG--AGA--C-AAG---AAC-T-AAC-GGGTT-CT-T-GT--CCTA-T-A--GG--ACAGT-G---A-CG-T-G-TG-A-T-A-CGCC-AT--A-AA-TTG-TA--TA-----A--A----A---CATT-T--TAAAA--AAG-A---------CT-----A---A--GTGT---T-TG-T---GATG--AGAGAC--AG---CTTCG-AA--AT-TT
gi|2917 : ACATG--AGAAGC-AAG---ACCGC-AAC-GG-TT-TC-T-GTT-CTTA-T-A--GG--ACAGT-GT--GGCC-T-G-TG-A---A-CG-C-AT--ATAA-TTG-AA--T------A--A----A---TACA-A--T-AAA--AAA-AAAAAAAGAACT-A-G-A---A--GTGAG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AA---A-TCG-AA--AT-TTTAA
gi|2918 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-AAC-GG-TT-CT-T-GTT-CCGATT-A--GC--ACAGT-GT--G--G-TCG-TG-A-T-A-CG---AT--A-AATTTG-AA--T------A--A----AAACCATTCT--T-AAA--AAGAA---------CT-A-GTC---T--GTGTG--T-T--T---GATG-AAGAGAC--AA---G-TCG--A--AT-TTAA
gi|2920 : ACATGTTAGA-GCCAAT---ACC-A-AACTGG-TTTCTAT-GTT-CCTT-TTA--GC--ACAAT-GT--G-CGGT-GCTG-A-TTA-CG-C-GGCAA-AA-TTA-AA--TGTATACA--A----A---AATT-T--T-TAA--AAG-A---------CT-A-G-ATTTA---TGTG--C-TG-T---
gi|2921 : CGTG--AGA-GC-AAT---ACC---AAC-GG-CT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GG--ACAGTAGT--G-CG-T-G-TG-
gi|2922 : ATG--AGA-GC-AAATATACC-C-AAC-GG-TT-CT-TCGTTACCTA-T-A--GG--ACAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CACT-T--T-AAAACAAG-A---------CT-A-G-AC--A--G-GTG--TCTGTT---GATG-AAGAGAC--AA---G-TCG-AA--AT-TTAAAcctatttacacgatatgaat
gi|2923 : TG--AGA-GC-AAG---ACC-A-AAC-GG-TT-TT-T--TT-TCTA-T-AGTGG--ACAGT-GT--G-CG-T-G-TGAA-T-A-CG-C-AT--T-AT-ATG-AA--TA-----A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-----A--GTGTG--T-TG-T---GATG--AGAGATG-AA---C-TCG-AAACAT-TTAA
gi|2924 : A-GC-AAG---ACC-CCAAC-GG-TT-CT-T-GTT-C-TA-T-A--GGAAGCAGT-GTCTG-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-CA-TTG-AA--T------A--A----AA--CATT-TCTT-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC--AA---G-TCG-AA--AT-TT
gi|2925 : G-TT-CT-T---T-CCTA-TTA--GA----AGT-GT--G-CG-T-G----A-T-AGCG-C-AT--A-AA--TG-AA--TA-----A--A----A---CATC-T--T-TAA--AAA-A---------CTAA-G-A---A--GT-T---T-TG-T---GATG-------C--AA---C-TCG-AA--AT-TTAAAta
gi|2926 : gacgcagac-CG-T-G-TA-AAT-A-GGGC-TT--A-AA-TTG-AAA-T------A--A----AA--CATT-T--TTAAAT-AAG-AA--------CT-A-G-A---AGTGTGTG--T-TG-TGTGGATG-AAGAGAC--AAGTTT-TCG-AA--AT-TT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111
lowQualScore : 44 2 2 999 444 2 5 2 2 2 2 2 2 2 33 33 5 66 2 2 2 2 2 2 2 2 5 2 33 2 2 2 66 888888 33 5555 222 2 33 5 66 2 333333333 5 2 2 777 33 33 2 2 444 44 5 9999 5 33 2
lowQualScore : .. . . ... ... . . . . . . . . . .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . .. ...... .. .... ... . .. . .. . ......... . . . ... .. .. . . ... .. . .... . .. .
lowQualScore : 22 9 9 333 111 7 3 7 7 7 7 7 7 7 77 77 3 33 5 5 5 5 5 7 7 7 3 7 77 7 7 7 33 333333 77 7777 777 7 77 3 33 7 333333333 3 7 7 333 77 77 7 7 777 44 7 9999 7 99 9
consensus : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
Reference ( family-973 ) : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2911 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-T-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGG--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AG---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2912 : ACATG--AAA-GC-AAG---ACT-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-TCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-T-AT--C-AA-TTG-AA--TA-----A--A----A---TATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2913 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA---AGT-GT--G-CG---G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTA-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAG--A---A---------CT-A-A-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCGAAA--AT-TTAA
gi|2914 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-AA-TT-C--T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTGGT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--ATAAGA---CA-T-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATGAAAGAGAC-AA---TTC--AA--AT-
gi|2915 : ACATC--AGA-GC-AAT---ACC-C-A-AAAGG-TT-CT-T-GTT-CCTG-T-A--GGA--CAGT-GTT-G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-CCAT--A-AA-TTG-AAAAT------A--A----AA--CAAT-T--T-AAA--AAG-A---------CTGA-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGACAAA---GTCG-AA--ATATTAA
gi|2916 : ACATG--AGA-GC-AAGTAAACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CC-A-T-A--GG---CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-C-A-CG-C-AT--A-AA-TTGAAA--T------AATA----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-GCG-A---A--GTGTGGTT-TG-T---G-TG-AAGAGAC-A-----TCGAAA--AT-TTAA
gi|2917 : ACATG--AGAAGC-AAG---ACCGC-A-AC-GG-TT-TC-T-GTT-CTTA-T-A--GGA--CAGT-GT--GGCC-T-G-TG-A---A-CG-C-AT--ATAA-TTG-AA--T------A--A----A---TACA-A--T-AAA--AAA-AAAAAAAGAACT-A-G-A---A--GTGAG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---ATCG-AA--AT-TTTAA
gi|2918 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCGATT-A--GCA--CAGT-GT--G--G-TCG-TG-A-T-A-CG---AT--A-AATTTG-AA--T------A--A----AAACCATTCT--T-AAA--AAGAA---------CT-A-GTC---T--GTGTG--T-T--T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG--A--AT-TTAA
gi|2919 : ACAAG--AGA--C-AAG---AAC-T-A-AC-GGGTT-CT-T-GT--CCTA-T-A--GGA--CAGT-G---A-CG-T-G-TG-A-T-A-CGCC-AT--A-AA-TTG-TA--TA-----A--A----A---CATT-T--TAAAA--AAG-A---------CT-----A---A--GTGT---T-TG-T---GATG--AGAGAC-AGC--TTCG-AA--AT-TT
gi|2920 : ACATGTTAGA-GCCAAT---ACC-A-A-ACTGG-TTTCTAT-GTT-CCTT-TTA--GCA--CAAT-GT--G-CGGT-GCTG-A-TTA-CG-C-GGCAA-AA-TTA-AA--TGTATACA--A----A---AATT-T--T-TAA--AAG-A---------CT-A-G-ATTTA---TGTG--C-TG-T---
gi|2921 : CGTG--AGA-GC-AAT---ACC---A-AC-GG-CT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTAGT--G-CG-T-G-TG-
gi|2922 : ATG--AGA-GC-AAATATACC-C-A-AC-GG-TT-CT-TCGTTACCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CACT-T--T-AAAACAAG-A---------CT-A-G-AC--A--G-GTG--TCTGTT---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TTAAAcctatttacacgatatgaat
gi|2923 : TG--AGA-GC-AAG---ACC-A-A-AC-GG-TT-TT-T--TT-TCTA-T-AGTGGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TGAA-T-A-CG-C-AT--T-AT-ATG-AA--TA-----A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-----A--GTGTG--T-TG-T---GATG--AGAGATGAA---CTCG-AAACAT-TTAA
gi|2924 : A-GC-AAG---ACC-CCA-AC-GG-TT-CT-T-GTT-C-TA-T-A--GGAAGCAGT-GTCTG-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-CA-TTG-AA--T------A--A----AA--CATT-TCTT-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TT
gi|2925 : G---ACG-C-AGAC-G--TT-CT-T---T-CCTA-T-T--AGA---AGT-GT--G-CG-T-G----A-T-AGCG-C-AT--A-AA--TG-AA--TA-----A--A----A---CATC-T--T-TAA--AAA-A---------CTAA-G-A---A--GT-T---T-TG-T---GATG-------C-AA---CTCG-AA--AT-TTAAAta
gi|2926 : -CG-T-G-TA-AAT-A-GGGC-TT--A-AA-TTG-AAA-T------A--A----AA--CATT-T--TTAAAT-AAG-AA--------CT-A-G-A---AGTGTGTG--T-TG-TGTGGATG-AAGAGAC-AAGTTTTCG-AA--AT-TT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111
lowQualScore : 44 2 2 999 444 2 5 2 2 2 2 2 2 2 33 33 5 66 2 2 2 2 2 2 2 2 5 2 33 2 2 2 66 888888 33 5555 222 2 33 5 66 2 333333333 5 2 2 777 33 33 2 2 444 44 5 9999 5 33 2
lowQualScore : .. . . ... ... . . . . . . . . . .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . .. ...... .. .... ... . .. . .. . ......... . . . ... .. .. . . ... .. . .... . .. .
lowQualScore : 22 9 9 333 111 7 3 7 7 7 7 7 7 7 77 77 3 33 5 5 5 5 5 7 7 7 3 7 77 7 7 7 33 333333 77 7777 777 7 77 3 33 7 333333333 3 7 7 333 77 77 7 7 777 44 7 9999 7 99 9
consensus : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
Reference ( family-973 ) : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2911 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-T-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGG--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AG---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2912 : ACATG--AAA-GC-AAG---ACT-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-TCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-T-AT--C-AA-TTG-AA--TA-----A--A----A---TATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2913 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA---AGT-GT--G-CG---G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTA-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAG--A---A---------CT-A-A-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCGAAA--AT-TTAA
gi|2914 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-AA-TT-C--T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTGGT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--ATAAGA---CA-T-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATGAAAGAGAC-AA---TTC--AA--AT-
gi|2915 : ACATC--AGA-GC-AAT---ACC-C-A-AAAGG-TT-CT-T-GTT-CCTG-T-A--GGA--CAGT-GTT-G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-CCAT--A-AA-TTG-AAAAT------A--A----AA--CAAT-T--T-AAA--AAG-A---------CTGA-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGACAAA---GTCG-AA--ATATTAA
gi|2916 : ACATG--AGA-GC-AAGTAAACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CC-A-T-A--GG---CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-C-A-CG-C-AT--A-AA-TTGAAA--T------AATA----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-GCG-A---A--GTGTGGTT-TG-T---G-TG-AAGAGAC-A-----TCGAAA--AT-TTAA
gi|2917 : ACATG--AGAAGC-AAG---ACCGC-A-AC-GG-TT-TC-T-GTT-CTTA-T-A--GGA--CAGT-GT--GGCC-T-G-TG-A---A-CG-C-AT--ATAA-TTG-AA--T------A--A----A---TACA-A--T-AAA--AAA-AAAAAAAGAACT-A-G-A---A--GTGAG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---ATCG-AA--AT-TTTAA
gi|2918 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCGATT-A--GCA--CAGT-GT--G--G-TCG-TG-A-T-A-CG---AT--A-AATTTG-AA--T------A--A----AAACCATTCT--T-AAA--AAGAA---------CT-A-GTC---T--GTGTG--T-T--T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG--A--AT-TTAA
gi|2919 : ACAAG--AGA--C-AAG---AAC-T-A-AC-GGGTT-CT-T-GT--CCTA-T-A--GGA--CAGT-G---A-CG-T-G-TG-A-T-A-CGCC-AT--A-AA-TTG-TA--TA-----A--A----A---CATT-T--TAAAA--AAG-A---------CT-----A---A--GTGT---T-TG-T---GATG--AGAGAC-AGC--TTCG-AA--AT-TT
gi|2920 : ACATGTTAGA-GCCAAT---ACC-A-A-ACTGG-TTTCTAT-GTT-CCTT-TTA--GCA--CAAT-GT--G-CGGT-GCTG-A-TTA-CG-C-GGCAA-AA-TTA-AA--TGTATACA--A----A---AATT-T--T-TAA--AAG-A---------CT-A-G-ATTTA---TGTG--C-TG-T---
gi|2921 : CGTG--AGA-GC-AAT---ACC---A-AC-GG-CT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTAGT--G-CG-T-G-TG-
gi|2922 : ATG--AGA-GC-AAATATACC-C-A-AC-GG-TT-CT-TCGTTACCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CACT-T--T-AAAACAAG-A---------CT-A-G-AC--A--G-GTG--TCTGTT---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TTAAAcctatttacacgatatgaat
gi|2923 : TG--AGA-GC-AAG---ACC-A-A-AC-GG-TT-TT-T--TT-TCTA-T-AGTGGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TGAA-T-A-CG-C-AT--T-AT-ATG-AA--TA-----A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-----A--GTGTG--T-TG-T---GATG--AGAGATGAA---CTCG-AAACAT-TTAA
gi|2924 : A-GC-AAG---ACC-CCA-AC-GG-TT-CT-T-GTT-C-TA-T-A--GGAAGCAGT-GTCTG-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-CA-TTG-AA--T------A--A----AA--CATT-TCTT-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TT
gi|2925 : G---ACG-C-AGAC-G--TT-CT-T---T-CCTA-T-T--AGA---AGT-GT--G-CG-T-G----A-T-AGCG-C-AT--A-AA--TG-AA--TA-----A--A----A---CATC-T--T-TAA--AAA-A---------CTAA-G-A---A--GT-T---T-TG-T---GATG-------C-AA---CTCG-AA--AT-TTAAAta
gi|2926 : -CG-T-G-TA-AAT-A-GGGC-TT--A-AA-TTG-AAA-T------A--A----AA--CATT-T--TTAAAT-AAG-AA--------CT-A-G-A---AGTGTGTG--T-TG-TGTGGATG-AAGAGAC-AAGTTTTCG-AA--AT-TT
blockSeqs : TT A C TAA GC G A G T A C A T T GT AG G CT G G C C A A T G C C CA T T A AA GTATAC AT TAAG AAC C CT A AC A AAAAAAGAA G C T TTT GT GT C T GTG AA A GTTT A AC A
blockSeqs : . . . TAT CC . T . . . . . . . . . A T . . . . . . . . G . . . . . A A . . A . . T T . A A . . C . . . . . A G CT A . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
finalCons : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111
lowQualScore : 44 2 2 999 444 2 5 2 2 2 2 2 2 2 33 33 5 66 2 2 2 2 2 2 2 2 5 2 33 2 2 2 66 888888 33 5555 222 2 33 5 66 2 333333333 5 2 2 777 33 33 2 2 444 44 5 9999 5 33 2
lowQualScore : .. . . ... ... . . . . . . . . . .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . .. ...... .. .... ... . .. . .. . ......... . . . ... .. .. . . ... .. . .... . .. .
lowQualScore : 22 9 9 333 111 7 3 7 7 7 7 7 7 7 77 77 3 33 5 5 5 5 5 7 7 7 3 7 77 7 7 7 33 333333 77 7777 777 7 77 3 33 7 333333333 3 7 7 333 77 77 7 7 777 44 7 9999 7 99 9
consensus : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
Reference ( family-973 ) : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---NTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2911 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-T-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGG--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AG---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2912 : ACATG--AAA-GC-AAG---ACT-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-TCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-T-AT--C-AA-TTG-AA--TA-----A--A----A---TATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---CTCG-AA--AT-TTAAA
gi|2913 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA---AGT-GT--G-CG---G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTA-AA--T------A--A----A---CATT-T--T-AAG--A---A---------CT-A-A-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCGAAA--AT-TTAA
gi|2914 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-AA-TT-C--T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTGGT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--ATAAGA---CA-T-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATGAAAGAGAC-AA---TTC--AA--AT-
gi|2915 : ACATC--AGA-GC-AAT---ACC-C-A-AAAGG-TT-CT-T-GTT-CCTG-T-A--GGA--CAGT-GTT-G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-CCAT--A-AA-TTG-AAAAT------A--A----AA--CAAT-T--T-AAA--AAG-A---------CTGA-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGACAAA---GTCG-AA--ATATTAA
gi|2916 : ACATG--AGA-GC-AAGTAAACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CC-A-T-A--GG---CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-C-A-CG-C-AT--A-AA-TTGAAA--T------AATA----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-GCG-A---A--GTGTGGTT-TG-T---G-TG-AAGAGAC-A-----TCGAAA--AT-TTAA
gi|2917 : ACATG--AGAAGC-AAG---ACCGC-A-AC-GG-TT-TC-T-GTT-CTTA-T-A--GGA--CAGT-GT--GGCC-T-G-TG-A---A-CG-C-AT--ATAA-TTG-AA--T------A--A----A---TACA-A--T-AAA--AAA-AAAAAAAGAACT-A-G-A---A--GTGAG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---ATCG-AA--AT-TTTAA
gi|2918 : ACATG--AGA-GC-AAG---ACC-C-A-AC-GG-TT-CT-T-GTT-CCGATT-A--GCA--CAGT-GT--G--G-TCG-TG-A-T-A-CG---AT--A-AATTTG-AA--T------A--A----AAACCATTCT--T-AAA--AAGAA---------CT-A-GTC---T--GTGTG--T-T--T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG--A--AT-TTAA
gi|2919 : ACAAG--AGA--C-AAG---AAC-T-A-AC-GGGTT-CT-T-GT--CCTA-T-A--GGA--CAGT-G---A-CG-T-G-TG-A-T-A-CGCC-AT--A-AA-TTG-TA--TA-----A--A----A---CATT-T--TAAAA--AAG-A---------CT-----A---A--GTGT---T-TG-T---GATG--AGAGAC-AGC--TTCG-AA--AT-TT
gi|2920 : ACATGTTAGA-GCCAAT---ACC-A-A-ACTGG-TTTCTAT-GTT-CCTT-TTA--GCA--CAAT-GT--G-CGGT-GCTG-A-TTA-CG-C-GGCAA-AA-TTA-AA--TGTATACA--A----A---AATT-T--T-TAA--AAG-A---------CT-A-G-ATTTA---TGTG--C-TG-T---
gi|2921 : CGTG--AGA-GC-AAT---ACC---A-AC-GG-CT-CT-T-GTT-CCTA-T-A--GGA--CAGTAGT--G-CG-T-G-TG-
gi|2922 : ATG--AGA-GC-AAATATACC-C-A-AC-GG-TT-CT-TCGTTACCTA-T-A--GGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-AA-TTG-AA--T------A--A----A---CACT-T--T-AAAACAAG-A---------CT-A-G-AC--A--G-GTG--TCTGTT---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TTAAAcctatttacacgatatgaat
gi|2923 : TG--AGA-GC-AAG---ACC-A-A-AC-GG-TT-TT-T--TT-TCTA-T-AGTGGA--CAGT-GT--G-CG-T-G-TGAA-T-A-CG-C-AT--T-AT-ATG-AA--TA-----A--A----A---CATT-T--T-AAA--AAG-A---------CT-A-G-----A--GTGTG--T-TG-T---GATG--AGAGATGAA---CTCG-AAACAT-TTAA
gi|2924 : A-GC-AAG---ACC-CCA-AC-GG-TT-CT-T-GTT-C-TA-T-A--GGAAGCAGT-GTCTG-CG-T-G-TG-A-T-A-CG-C-AT--A-CA-TTG-AA--T------A--A----AA--CATT-TCTT-AAA--AAG-A---------CT-A-G-A---A--GTGTG--T-TG-T---GATG-AAGAGAC-AA---GTCG-AA--AT-TT
gi|2925 : G---ACG-C-AGAC-G--TT-CT-T---T-CCTA-T-T--AGA---AGT-GT--G-CG-T-G----A-T-AGCG-C-AT--A-AA--TG-AA--TA-----A--A----A---CATC-T--T-TAA--AAA-A---------CTAA-G-A---A--GT-T---T-TG-T---GATG-------C-AA---CTCG-AA--AT-TTAAAta
gi|2926 : -CG-T-G-TA-AAT-A-GGGC-TT--A-AA-TTG-AAA-T------A--A----AA--CATT-T--TTAAAT-AAG-AA--------CT-A-G-A---AGTGTGTG--T-TG-TGTGGATG-AAGAGAC-AAGTTTTCG-AA--AT-TT