lowQualScore : 111111
lowQualScore : 3 77 77 6 33 5555 33 111111 33 66 2 2 2
lowQualScore : . .. .. . .. .... .. ...... .. .. . . .
lowQualScore : 3 33 99 1 99 7777 77 111111 77 33 7 7 7
consensus : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
Reference ( gi|27879 ) : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27881 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGTGGGA--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27880 : TTT-TTAA-TATA--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27882 : TTT-TTA--TATT--AATTGCAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGATGGGG--C-AA-CT-CATAAACTTGT
gi|27883 : TTT-TTA--AATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--AA-----ATAATGCT--CCAAGATGGGA--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27885 : TTT-TTA--TATC--AATTGGAGTA--A----ACTATACA-----ATAAAGCA--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CAGAAACTT
gi|27884 : TTT-TTA--TATA--AATTTAAGTA--A----AATA--CT-----ATAATGTT--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CAGAAAATTGT
gi|27887 : TTT-TTA--GATC--AATTGATGTA--A----ACTG--CA-----ATAATGCC--CCAATGTGGGG--T-AA-CCACAGGCACTTGT
gi|27886 : TTTATTA--TATG--AAATGAAGTA--ATTAAACTG--CA-----ATGATGCC--CCAAGGTGGGG--C-AA-CC-CAGAAACGTGT
gi|27888 : TTT-TTA--AATTTTAATTGCATTA--A----ACTA--CA-----AGAATATC--CCAAGG-AAGG--C-AA-CC-TATAAACCTGT
gi|27891 : TTT-ATA--TATCTGAAT-GAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAAAGCCTACCAAGGT-GGG--C-AATCC-CAGAAA
gi|27890 : TT-TTAAATATC--AACTGCAGTATTA----ACTA--AA-----ATAATGCC--CCAAGGTTGAG--C-AA-CC-CATAAACTTAT
gi|27889 : TT-TTA--TATC--ATTTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--C-AACGTGGGGG-C-AA-CC-CAGAAA
gi|27892 : A--TATC--AATTGAAGTA--A----AC-A--CA-----ATAATGCC--CT-AGGTGGGG--CAAA-CC-TAGAAA
gi|27893 : ATA--AATTGAAGTA--A----ACTG--CAATTCTATAATGAC--CCAAGCTGGTGTAT-AA-CC-CAGAA
gi|27894 : ----ACTA--CA-----ATAATGTT--CCAGGGTGGGG--C-AA-CA-CATAAGCTTG
Alignments
lowQualScore : 3 66 77 1 33 5555 33 66666 33 2 33 2 2 2
lowQualScore : . .. .. . .. .... .. ..... .. . .. . . .
lowQualScore : 1 88 33 6 77 3333 44 22222 44 5 44 5 5 5
consensus : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
Reference ( family-964 ) : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27879 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27880 : TTT-TTAA-TATA--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27881 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGA--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27882 : TTT-TTA--TATT--AATTGCAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGAT-GGGG--C-AA-CT-CATAAACTTGT
gi|27883 : TTT-TTA--AATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--AA-----ATAATGCT--CCAAGAT-GGGA--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27884 : TTT-TTA--TATA--AATTTAAGTA--A----AATA--CT-----ATAATGTT--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAAATTGT
gi|27885 : TTT-TTA--TATC--AATTGGAGTA--A----ACTATACA-----ATAAAGCA--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTT
gi|27886 : TTTATTA--TATG--AAATGAAGTA--ATTAAACTG--CA-----ATGATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACGTGT
gi|27887 : TTT-TTA--GATC--AATTGATGTA--A----ACTG--CA-----ATAATGCC--CCAATGT-GGGG--T-AA-CCACAGGCACTTGT
gi|27888 : TTT-TTA--AATTTTAATTGCATTA--A----ACTA--CA-----AGAATATC--CCAAGG--AAGG--C-AA-CC-TATAAACCTGT
gi|27889 : TT-TTA--TATC--ATTTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATG-C--CCAACGTGGGGG--C-AA-CC-CAGAAA
gi|27890 : TT-TTAAATATC--AACTGCAGTATTA----ACTA--AA-----ATAATGCC--CCAAGGT-TGAG--C-AA-CC-CATAAACTTAT
gi|27891 : TTT-ATA--TATCTGAAT-GAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAAAGCCTACCAAGGT--GGG--C-AATCC-CAGAAA
gi|27892 : A--TATC--AATTGAAGTA--A----AC-A--CA-----ATAATGCC--CT-AGGT-GGGG--CAAA-CC-TAGAAA
gi|27893 : ATA--AATTGAAGTA--A----ACTG--CAATTCTATAATGAC--CCAAGCT-GGTGTAT-AA-CC-CAGAA
gi|27894 : ----ACTA--CA-----ATAATGTT--CCAGGGT-GGGG--C-AA-CA-CATAAGCTTG
Alignments
lowQualScore : 3 66 77 1 33 5555 33 66666 33 2 33 2 2 2
lowQualScore : . .. .. . .. .... .. ..... .. . .. . . .
lowQualScore : 1 88 33 6 77 3333 44 22222 44 5 44 5 5 5
consensus : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
Reference ( family-964 ) : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27879 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27880 : TTT-TTAA-TATA--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27881 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGA--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27882 : TTT-TTA--TATT--AATTGCAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGAT-GGGG--C-AA-CT-CATAAACTTGT
gi|27883 : TTT-TTA--AATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--AA-----ATAATGCT--CCAAGAT-GGGA--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27884 : TTT-TTA--TATA--AATTTAAGTA--A----AATA--CT-----ATAATGTT--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAAATTGT
gi|27885 : TTT-TTA--TATC--AATTGGAGTA--A----ACTATACA-----ATAAAGCA--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTT
gi|27886 : TTTATTA--TATG--AAATGAAGTA--ATTAAACTG--CA-----ATGATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACGTGT
gi|27887 : TTT-TTA--GATC--AATTGATGTA--A----ACTG--CA-----ATAATGCC--CCAATGT-GGGG--T-AA-CCACAGGCACTTGT
gi|27888 : TTT-TTA--AATTTTAATTGCATTA--A----ACTA--CA-----AGAATATC--CCAAGG--AAGG--C-AA-CC-TATAAACCTGT
gi|27889 : TT-TTA--TATC--ATTTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATG-C--CCAACGTGGGGG--C-AA-CC-CAGAAA
gi|27890 : TT-TTAAATATC--AACTGCAGTATTA----ACTA--AA-----ATAATGCC--CCAAGGT-TGAG--C-AA-CC-CATAAACTTAT
gi|27891 : TTT-ATA--TATCTGAAT-GAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAAAGCCTACCAAGGT--GGG--C-AATCC-CAGAAA
gi|27892 : A--TATC--AATTGAAGTA--A----AC-A--CA-----ATAATGCC--CT-AGGT-GGGG--CAAA-CC-TAGAAA
gi|27893 : ATA--AATTGAAGTA--A----ACTG--CAATTCTATAATGAC--CCAAGCT-GGTGTAT-AA-CC-CAGAA
gi|27894 : ----ACTA--CA-----ATAATGTT--CCAGGGT-GGGG--C-AA-CA-CATAAGCTTG
blockSeqs : A AA TT C TT TTAA TA ATTCT TA G TA A T A
blockSeqs : . A TG C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
finalCons : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
Alignments
lowQualScore : 3 66 77 1 33 5555 33 66666 33 2 33 2 2 2
lowQualScore : . .. .. . .. .... .. ..... .. . .. . . .
lowQualScore : 1 88 33 6 77 3333 44 22222 44 5 44 5 5 5
consensus : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
Reference ( family-964 ) : TTT-TTA--TATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27879 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27880 : TTT-TTAA-TATA--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27881 : TTT-TTA--TATC--AATTGCAGTA--A----ACTA--CG-----ATAATGCC--CCAAGGT-GGGA--C-AA-CC-CATAAACTTGT
gi|27882 : TTT-TTA--TATT--AATTGCAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATGCC--CCAAGAT-GGGG--C-AA-CT-CATAAACTTGT
gi|27883 : TTT-TTA--AATC--AATTGAAGTA--A----ACTA--AA-----ATAATGCT--CCAAGAT-GGGA--C-AA-CC-CAGAAACTTGT
gi|27884 : TTT-TTA--TATA--AATTTAAGTA--A----AATA--CT-----ATAATGTT--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAAATTGT
gi|27885 : TTT-TTA--TATC--AATTGGAGTA--A----ACTATACA-----ATAAAGCA--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACTT
gi|27886 : TTTATTA--TATG--AAATGAAGTA--ATTAAACTG--CA-----ATGATGCC--CCAAGGT-GGGG--C-AA-CC-CAGAAACGTGT
gi|27887 : TTT-TTA--GATC--AATTGATGTA--A----ACTG--CA-----ATAATGCC--CCAATGT-GGGG--T-AA-CCACAGGCACTTGT
gi|27888 : TTT-TTA--AATTTTAATTGCATTA--A----ACTA--CA-----AGAATATC--CCAAGG--AAGG--C-AA-CC-TATAAACCTGT
gi|27889 : TT-TTA--TATC--ATTTGAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAATG-C--CCAACGTGGGGG--C-AA-CC-CAGAAA
gi|27890 : TT-TTAAATATC--AACTGCAGTATTA----ACTA--AA-----ATAATGCC--CCAAGGT-TGAG--C-AA-CC-CATAAACTTAT
gi|27891 : TTT-ATA--TATCTGAAT-GAAGTA--A----ACTA--CA-----ATAAAGCCTACCAAGGT--GGG--C-AATCC-CAGAAA
gi|27892 : A--TATC--AATTGAAGTA--A----AC-A--CA-----ATAATGCC--CT-AGGT-GGGG--CAAA-CC-TAGAAA
gi|27893 : ATA--AATTGAAGTA--A----ACTG--CAATTCTATAATGAC--CCAAGCT-GGTGTAT-AA-CC-CAGAA
gi|27894 : ----ACTA--CA-----ATAATGTT--CCAGGGT-GGGG--C-AA-CA-CATAAGCTTG