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lowQualScore                  :      .   .  .    . ..       .   .  ..........   .. .     ..   ...  ................  . .  .  .   ...  ...   ..............   . . .. ...   .....  .  .    . .   .     .  ...     
lowQualScore                  :      3   3  3    1 22       9   9  4444444444   99 9     99   666  0000000000000000  2 7  7  7   777  333   66666666666666   7 7 77 111   00000  9  7    9 9   5     9  000     
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Reference ( gi|33364 )        : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-T--ATTGGGG-----CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
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Alignments
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lowQualScore                  :      .   .  .    . ..       .   .  ..........   .. .     ..   ...  .. .............    .  . ..   ...  ...   ..............   . .    . ...  .  .  .    . .   .     .  ...     
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Reference ( family-963 )      : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
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Alignments
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Reference ( family-963 )      : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
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blockSeqs                     :      A   T  G    G AT       A   G  CATGACCAAT   AT A     AA   CTT  TT ACTATGTAAA       T  C AT   GTG  GGT   CGTATGTTA        T C    G TTT  C  C  A    T A   C     A  CGG
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  T            .  .     .    CT   G  TCACT            C  . A    .    AAT   AGATAT           . .    G .    .  .  A    . .   A     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    CT   .  TCAAT            .  . A    .    .     AT               . .    G .    .  .  .    . .   T     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    T    .  TAACT            .  . A    .    .     A                . .    G .    .  .  .    . .   C     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  TCAT             .  . A    .    .     A                . .    A .    .  .  .    . .   C     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  CCAT             .  . A    .    .     A                . .    G .    .  .  .    . .   A     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  ACT              .  . A    .    .     A                . .    G .    .  .  .    . .   T     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  ACT              .  . A    .    .     A                . .    G .    .  .  .    . .   C     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  ACT              .  . A    .    .     G                . .    G .    .  .  .    . .   C     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  TCA              .  . A    .    .     A                . .    C .    .  .  .    . .   T     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  ACT              .  . A    .    .     A                . .    G .    .  .  .    . .   C     .  .  
blockSeqs                     :      .   .  .    . .        .   .  .            .  .     .    .    .  ACT              .  . .    .    .     A                . .    . .    .  .  .    . .   T     .  .  
blockSeqs                     :                  . .        .   .  .            .  .     .    .    .  TCA              .  . .    .    .     A                . .    . .    .  .  .    . .   .     .  .  
blockSeqs                     :                             .   .  .            .  .     .    .    .  CT               .  . .    .    .     A                . .    . .    .  .  .    . .   .     .  .  
blockSeqs                     :                                                                                           . .    .    .     .                . .    .                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
finalCons                     : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA





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lowQualScore                  :      3   3  3    2 33       2   2  4444444444   33 2     33   444  66 2222222222222    5  2 55   444  888   22222222222222   2 2    3 444  2  2  5    2 2   2     2  444     
lowQualScore                  :      .   .  .    . ..       .   .  ..........   .. .     ..   ...  .. .............    .  . ..   ...  ...   ..............   . .    . ...  .  .  .    . .   .     .  ...     
lowQualScore                  :      1   1  1    9 99       7   7  3333333333   77 7     77   777  33 2222222222222    3  5 88   444  888   88888888888888   5 5    5 777  7  7  3    7 7   6     7  777     
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Reference ( family-963 )      : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
gi|33364                      : GTCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TATTGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CCCAA
gi|33365                      : GTCAA-CAT-GC-AATG-A--TTACAAG-ATG-TA----------ATT--T-AGTCT--CCA---CT--CTCAC-T-------ACAA-AA--A-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CTCAA
gi|33366                      : GTCAA-AAT-GC-AATG-T--TTACAAT-AAG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--CTCAA-T-------TCAA-GA-A--CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-AA-TC-AGAA-C-AATACCAAG-AC---CCCAA
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gi|33370                      : GTCAAACAT-GC-AATG-T--T-AAAAT-ATG-TA----------TTTATT-ATTCTAACT----CT--C--AC-T-------A-----A-AA-CAT---AG---GGTCGTATGTTA-----TGT-G-TAAAAG---GA-CA-TA-AAGA-A-AATACCCAG-AT---CCCA
gi|33371                      : GTCAA-CCTTGT-A--G-T--TTACACT-TTG-TA----------TTT--T-ATCAT--CTA---CT--CTAAC-T-------ACAA-AA-A--CAT---AA---GGT--------G-----TGT-G-TAAAG
gi|33372                      : GTCA--CAT-GAGAATGGT--TTACAAT-ATG-TC----------TTT--TAATTTT--CTAT--CTG-C--AC-T-------ACAA-AA-GA-GATGTGAG---GGT--------AT----TGT-C-TTAAGATTTGT-TA-TC-AGAA-C-AA--ACCAG-ACCGGCCCAA
gi|33373                      :  TCAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAAT-AC--CA----------ATG--T-ATTTT--CTA---CT--C--TC-A-------ACAACAA-AA-CTG---AG---GGT--------AGATATTGTTG-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-AATTCCCAG-AC---CACAA
gi|33374                      :   CAA-CAT-AC-AATG-T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CCACT-CT--C--AC-T-------ACAA-AA-AA-CAT---AG---GGT--------A-----TGT-G-TAAA-T---GG-CA-TC-AAAA-C-AATCCCCAG-AC---CTCAA
gi|33375                      :   CAA-CAT-GC-AATG-T--TTACAATAATG-TAT---------TTT--T-TTTCT--CCACTTCT--T--AC-T-------GC-A-AA-AA-CAT---AG---GGT--------------TGT-G-TAAAGG---GGCCA-TCAAAAA-CAAATCCTCAGAAC---TCCAA
gi|33376                      :    AA-CCT-AC-AATG-TATTTACA-T-ATGGTA----------TTT--T-ATTCT--CCA---CT--C--TCAT-------ACAA-AA-A---AT---AG---GGT--------A-----TGT-GCTA---T---GG-CA-TC-AAAA-C-A--TCCCAG-AC---CTC
gi|33377                      :                  -T--TTACAAT-ATG-TA----------TTT-----TTCT--CTA---TT--T--CCAT-------ACAA-AA-AA-CAT---A----GGT--------A-----TGG-G-C-AACA---GG-CA-TC-AAAC-C-AAT-CCCAG-AC---CCCAA
gi|33378                      :                            T-ATG-TA----------TTT--T-ATTCT--CTA---CT--C--TC-A-------TCAA-AACAATCAT---AAGGTGGT--------A-----TGT-G-TAAA-G---GG-CACTC-AAAATC-AATCCCCAG-GA---CCCA
gi|33379                      :                                                                                           -AA-CAT---ACAATGGT--------A-----TGT-G-TAAAGG---GG-CA-TC-AAAA-C-GATTCCCAG-AT---CCCAA