lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 2 2 1 6666666 1 9999 2 22 22 2 000 33 33 2 6666 33 2 777 5 44
lowQualScore : . . . . . ....... . .... . .. .. . ... .. .. . .... .. . ... . ..
lowQualScore : 5 5 5 0 9 2222222 9 3333 1 99 99 1 333 11 77 7 1111 99 9 999 7 22
consensus : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
Reference ( gi|124506 ) : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124495 : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------TA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTA-AATTA
gi|124494 : agACATGGAGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGC-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AGT--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAA
gi|124498 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAAATGT-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTG---AAT--T-C----A--T--AT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124496 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-CA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AAT--T-T----A--T-GAT---TA-C
gi|124497 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TT----GAT-TA--TAAT--CAC-A---AATTACATTGA--AAA--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACCATTA
gi|124501 : agACATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT--------A-TA----GAT-TA--CAA---TAC-A----ATTACATTGA--AAT--C-C-------T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124502 : agACATGTGGT-CAA-TT--CA-T-CAA-TGT-------AA-TC----GATATA--TAAT--TACCA---GATTACATTGA--AAT--T-C----A--T-GATA--TACCAAATTTAAAATTA
gi|124500 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CC-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTAC
gi|124505 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAG-TGTATTTTGCAA-TCT---AAT-CA---AATTATAC-A---GATTACATTG----AT--T-CATCAA--T-GAT---TA-C-A--TTACAATTA
gi|124507 : agACATGTGGTTCAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-TC--AAAT--TAC-AAT-GATTACAT--A--AATTCT-C----AACT-GATAAATA-CAA--TTAAAATT
gi|124499 : CATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAC-A---GATTACATTGA--AAT--T-C----A--T-TAT---TACCAA--TTACAATTA
gi|124503 : agacACGGGGT-CAAATTA-CAGTTCA--TGT-------AA-TA----GAT-TAGATAAT---AC-A---GATTACATTGA--TAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124508 : agaGGGT-CAA-TTA-TA-TTTAT-TG--------AA-TC----GAT-TA--TAAT--TAG-A---GATGACATTGA--AAT--T-C----A--T-GAT---TA-TAA--TTACAATTA
gi|124504 : GGGT-CAA-ATAACA-TTCAA-TGT-------AACTT----GAT-TA--TAAT--TAC-C---TA-TACATGGA--AAT--TAT----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124496 : agacgaGAT-CGA-TTA-CA-TTGAA-TGT-------AA-TT----GA
gi|124497 : agacatggggT-CAA-TTA-CA-TTGAA-TGT-------AA-TT----GAataattacagattacattgaaatttatgattac
gi|124494 : agacatgggg-TTCAA-TGT-------AA-TCTGT-AAT-TA--TAAT--C-------GATTGCATTGA--Attataatcacaaattacattgaaaattatgattacaattaccatta
gi|124499 : agacatggagtcaattaca-TTCAA-TGT-------AA-TC--------TG--TAAT--TAT-AATCGATTACATTGA--Agtttatgattacaattacaa
gi|124496 : agaccatgggtcaattaca-TTCAA-TGT-------AA-TC--------TG--TAAT--TAT-GATCGATTACATTGA--Aattcattattaccaattacaatta
gi|124502 : agacatggggtcaattaca-TTCAA-TGT-------AA-TCTGGTAAT-TA--TA----TAT-C---GATTACATTGATGAAT--T-atttatgattac
gi|124509 : agacatgtggtcAA-TGT-------AA-TT----GAT-TA--CAAT--TAC-A----ATTACTTTGA--AAT--T-A----A--TCAAT---TA-CAA--TTACAGTTAattcatgatataccaaatttaaaatta
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 8888888 2 2 2 33 33 2 33 33 2 5555 33 2 777 5 33
lowQualScore : . . . . . ....... . . . .. .. . .. .. . .... .. . ... . ..
lowQualScore : 7 7 7 7 5 1111111 5 5 5 44 44 5 44 77 7 7777 77 7 333 3 99
consensus : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
Reference ( family-962 ) : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124494 : ACATGGAGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGC-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAGT--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAA
gi|124495 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------TA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTA-AATTA
gi|124496 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-CA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-T----A--T-GAT---TA-C
gi|124497 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--TAAT--CAC-A--AATTACATTGAAAA--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACCATTA
gi|124498 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAAATGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTG-AAT--T-C----A--T--AT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124499 : agCATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-TAT---TACCAA--TTACAATTA
gi|124500 : agacACATGGGGT-CAA-TTA-CC-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTAC
gi|124501 : agACATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT--------A-TA-GAT-TA--CAA---TAC-A---ATTACATTGAAAT--C-C-------T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124502 : agACATGTGGT-CAA-TT--CA-T-CAA-TGT-------AA-TC-GATATA--TAAT--TACCA--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GATA--TACCAAATTTAAAATTA
gi|124503 : agACGGGGT-CAAATTA-CAGTTCA--TGT-------AA-TA-GAT-TAGATAAT---AC-A--GATTACATTGATAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124504 : agaGGGT-CAA-ATAACA-TTCAA-TGT-------AACTT-GAT-TA--TAAT--TAC-C--TA-TACATGGAAAT--TAT----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124505 : agacgaACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAG-TGTATTTTGCAA-TCTAAT-CA---AATTATAC-A--GATTACATTG--AT--T-CATCAA--T-GAT---TA-C-A--TTACAATTA
gi|124506 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124507 : ACATGTGGTTCAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TC--AAAT--TAC-AATGATTACAT--AAATTCT-C----AACT-GATAAATA-CAA--TTAAAATT
gi|124508 : GGGT-CAA-TTA-TA-TTTAT-TG--------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAG-A--GATGACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-TAA--TTACAATTA
gi|124509 : AA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--CAAT--TAC-A---ATTACTTTGAAAT--T-A----A--TCAAT---TA-CAA--TTACAGTTA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 8888888 2 2 2 33 33 2 33 33 2 5555 33 2 777 5 33
lowQualScore : . . . . . ....... . . . .. .. . .. .. . .... .. . ... . ..
lowQualScore : 7 7 7 7 5 1111111 5 5 5 44 44 5 44 77 7 7777 77 7 333 3 99
consensus : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
Reference ( family-962 ) : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124494 : ACATGGAGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGC-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAGT--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAA
gi|124495 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------TA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTA-AATTA
gi|124496 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-CA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-T----A--T-GAT---TA-C
gi|124497 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--TAAT--CAC-A--AATTACATTGAAAA--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACCATTA
gi|124498 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAAATGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTG-AAT--T-C----A--T--AT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124499 : agCATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-TAT---TACCAA--TTACAATTA
gi|124500 : agacACATGGGGT-CAA-TTA-CC-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTAC
gi|124501 : agACATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT--------A-TA-GAT-TA--CAA---TAC-A---ATTACATTGAAAT--C-C-------T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124502 : agACATGTGGT-CAA-TT--CA-T-CAA-TGT-------AA-TC-GATATA--TAAT--TACCA--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GATA--TACCAAATTTAAAATTA
gi|124503 : agACGGGGT-CAAATTA-CAGTTCA--TGT-------AA-TA-GAT-TAGATAAT---AC-A--GATTACATTGATAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124504 : agaGGGT-CAA-ATAACA-TTCAA-TGT-------AACTT-GAT-TA--TAAT--TAC-C--TA-TACATGGAAAT--TAT----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124505 : agacgaACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAG-TGTATTTTGCAA-TCTAAT-CA---AATTATAC-A--GATTACATTG--AT--T-CATCAA--T-GAT---TA-C-A--TTACAATTA
gi|124506 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124507 : ACATGTGGTTCAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TC--AAAT--TAC-AATGATTACAT--AAATTCT-C----AACT-GATAAATA-CAA--TTAAAATT
gi|124508 : GGGT-CAA-TTA-TA-TTTAT-TG--------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAG-A--GATGACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-TAA--TTACAATTA
gi|124509 : AA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--CAAT--TAC-A---ATTACTTTGAAAT--T-A----A--TCAAT---TA-CAA--TTACAGTTA
blockSeqs : T A A G A ATTTTGC C T A GA TA C AT TC A ATCA AC C AAA C AT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
finalCons : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 8888888 2 2 2 33 33 2 33 33 2 5555 33 2 777 5 33
lowQualScore : . . . . . ....... . . . .. .. . .. .. . .... .. . ... . ..
lowQualScore : 7 7 7 7 5 1111111 5 5 5 44 44 5 44 77 7 7777 77 7 333 3 99
consensus : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
Reference ( family-962 ) : ACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124494 : ACATGGAGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGC-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAGT--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAA
gi|124495 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------TA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTA-AATTA
gi|124496 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-CA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-T----A--T-GAT---TA-C
gi|124497 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--TAAT--CAC-A--AATTACATTGAAAA--T-T----A--T-GAT---TA-CAA--TTACCATTA
gi|124498 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAAATGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTG-AAT--T-C----A--T--AT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124499 : agCATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-TAT---TACCAA--TTACAATTA
gi|124500 : agacACATGGGGT-CAA-TTA-CC-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTAC
gi|124501 : agACATGGG-T-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT--------A-TA-GAT-TA--CAA---TAC-A---ATTACATTGAAAT--C-C-------T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124502 : agACATGTGGT-CAA-TT--CA-T-CAA-TGT-------AA-TC-GATATA--TAAT--TACCA--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GATA--TACCAAATTTAAAATTA
gi|124503 : agACGGGGT-CAAATTA-CAGTTCA--TGT-------AA-TA-GAT-TAGATAAT---AC-A--GATTACATTGATAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124504 : agaGGGT-CAA-ATAACA-TTCAA-TGT-------AACTT-GAT-TA--TAAT--TAC-C--TA-TACATGGAAAT--TAT----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124505 : agacgaACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAG-TGTATTTTGCAA-TCTAAT-CA---AATTATAC-A--GATTACATTG--AT--T-CATCAA--T-GAT---TA-C-A--TTACAATTA
gi|124506 : agACATGGGGT-CAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAC-A--GATTACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-CAA--TTACAATTA
gi|124507 : ACATGTGGTTCAA-TTA-CA-TTCAA-TGT-------AA-TC-GAT-TC--AAAT--TAC-AATGATTACAT--AAATTCT-C----AACT-GATAAATA-CAA--TTAAAATT
gi|124508 : GGGT-CAA-TTA-TA-TTTAT-TG--------AA-TC-GAT-TA--TAAT--TAG-A--GATGACATTGAAAT--T-C----A--T-GAT---TA-TAA--TTACAATTA
gi|124509 : AA-TGT-------AA-TT-GAT-TA--CAAT--TAC-A---ATTACTTTGAAAT--T-A----A--TCAAT---TA-CAA--TTACAGTTA