lowQualScore : 11111111 111111111 11111111 1111111111111
lowQualScore : 3 7777 666 22222222 555 2 2 777 2 5 33 2 2 6 2 66 33 555 2 8 2 33 2 111111111 5 2 5 2 99999 2 444 2 66 2 77777777 33 1111111111111 5 5 66 33 666 33 2 2 5 2 2 2 2 2 33 2 66666 5 5 2 2 3 44 66
lowQualScore : . .... ... ........ ... . . ... . . .. . . . . .. .. ... . . . .. . ......... . . . . ..... . ... . .. . ........ .. ............. . . .. .. ... .. . . . . . . . . .. . ..... . . . . . .. ..
lowQualScore : 1 7777 777 00000000 000 9 9 111 9 7 99 9 9 5 9 88 99 999 9 6 9 77 7 444444444 3 7 3 7 33333 7 777 7 33 7 77777777 77 9999999999999 3 3 33 77 555 77 7 7 3 7 7 7 7 7 77 7 77777 3 7 9 9 1 66 66
consensus : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AG-TAAAA--CCAG-T-GGA--ACTTTTT-GTCT-TGAT-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-A--G-NCTCAAA
Reference ( gi|123037 ) : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AG-TAAAA--CCAG-T-GGA--ACTTTTT-GTCT-TTAT-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-A--G-ACTCAAA
gi|123036 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AG-AAAAA--CCAG-T-AGA--ACTTTTT-GTCT-TGAT-T--CCA--AAA-T-A-TTA-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-A--G-CCTCAAA
gi|123038 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AG-TAAAA--CCAG-T-AGA--ACTTTTT-GTCT-TGAT-T--CCA--AAA-TAA-T-A-AGAA--AA-T-A-G--T----CTA-AAG-GGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AA--TTG-AAATC-A-TCG-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-A--G-ACTCAAA
gi|123039 : AAAAT-AA-AAAGTTAT---CA--TAGA--TA---TTAG-TAAAA--CCAG-T-GGA--ACTTTTT-GTCT-TTAT-T--CCA--AT--T-A-T-A-AGAA--AAATAA-G--T----CTTTAAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTGTGA-TTT-TT-A--G-CCTCAAA
gi|123040 : AAAATTAA-A--ATTAT-TTCA--TAGAATTA---T-AA-TAA----CCAG-T-GGA--ACTTTTT-GTCT-TTAT-T--CCA--AAAAT-A-T-A-AGAA--AA-TAA-T--C----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATT-GAAG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-A-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-AGTG-ACTCAAA
gi|123044 : AAAAT-AA-C--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGTTAAAA--CCAG-T-GGAAGACTTTTT-GTC--TTAT-T--CCA--AAAGT-A-T-A-AGAA--AA-TAACG--T----CTATATA-GGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATT-G-AG--CTGCAAATCAA-T-GAC-G-T-GAA--GCG-AT-----TTGA-TGTGATTTT-TT-A--G-ACTAAAA
gi|123041 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-T---TATA--TA---T-AT-GAGAA--CCAG-T-GGA--ACTTTTT-GTCT-G-ATCT--GCA--AAA-T-C-TTACAGAA--AA-TAA-G--T----CTT-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG--A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATT-A-AG--CTG-AAATC-A-T-G-CAA-G-GAA--GCG-AT-----TC-A-TGTGA---T-TT-A--GCGCTCAAA
gi|123042 : AAAAT-AAGA--GTTAT-T-CA---ATA--TA---T-AG-AAAAAACCCAA-T-AGA--ACTTTTTTGTCT-TGAT-T--CCA--AAA-T-A-TTA-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAGA-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AAT-A-AGTATTG-AAATC-A-T-G-C-A-GAGAA--GCG-AT-----TT-A-T-TGC-ATT-TT-A--G-CCTCAAA
gi|123043 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--T-TA--TA---T-AA-TAAA---CCAG-T-GAA--ACTTTTT-G-CT-TGAT-TTCCCA--AAA-TTA-T-G-AGAA--AA-TAG---------CTA-AAAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAA---T-A--A---TT-A-AG--TTG-AA-TC-ACT-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-TT-A--G-CCTCAAA
gi|123045 : AAAAT-AA-A---TTAT---CA--TA-A--TA---T-AG-TAAAA--CCAGTT-GGA--A-TTTTT-GTCG-TTAT-T--CCA--AAA---A-T-A-AGAA--A---AA-G-------CTA-AAA----GTG-T-A------T-G---A-C--AAGA-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATT-GCAG--TTG--AATC---T-G-C-A-G-GAA--GCA--------TT-A-TGTGA-TTA-TT-A--G-ACTCAAA
gi|123046 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--TAG---TAGCCC-AG-TAAAA--C-AG-T-GGA--ACCTTTT-GTC--TTAT-TG-CCATCAAA-T-ATT-A-AGAAATAA-TAA-AT-T----CTA-AAA-GGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAGA-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-ATT-A-C-A-G-GAATCGCG-AT-----TTCA-TGTGA-TTT-TTAA--G-ACTCAAA
gi|123047 : AAAAT-AA-A--TTTAT-T-CA----AA--TA---T-A--TAAAA--CCAT-TTGGA--ACTTATG-GT-T-TGAT-T--AGA--ATA-T-G-T-A-TGAA--AA-TAA-T--T----TTA-ATA-GAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AATA-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--A--TTTTG-AG--TTT-AA------T----------AA--GCG-ATTTAAATT-A-TGAGA-TTT-CT-
gi|123048 : AAAT-AA-A--GTTAT-A-CA---ATA--TA---T-AG-TAAA---CCAG-T-AGA--ACTTTTT-GTCT-TGAT-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-A--T----CTA-TAA--GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATT-A-AG--TT--AAAT--A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTCTGA-TTT-TT-A--G-CCTCAAAttgcct
gi|123049 : AAT-AA-A--GTTATAT-CAATTGTT--TA---T-AG-TAAA---CCAG-TTGGA--ACTTTTT-GTCTATTCA-T--CCA--AAA-T-A-T-A---GA--AA-TAA-AGTT----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAGACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-ACG-GAA--GCGAAG-----TT-A-TGTTA-TTT-T
gi|123050 : --TATA--TA---T-AG-TACAA----AG-T-G----ACTTTTT-GTCT-TGAT-T--CCA--AAT-T-A-T-A-AG----AA-TAA-G--TCTTACTA-AAA-GGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAGA-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATG-A-AG--TT-----TA-A-T-A-A-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-CATGA-TTTGTT-A--G-ggagcctaaaa
gi|123051 : GAA--AA-TAT-G--T----ATA-AAA-GACGTG-T-A-----TT-G---T-C--AGGA-A--------TT--A-----G--C----CGAA-AT-A--A--TTA-G-AA--TTT-AAATC-A-A-G-C-G-A-TAA--GCG-AT-----TT-c
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111
lowQualScore : 2 6666 555 33 3 33 444 2 2 666 2 5 33 2 5 2 66 444 33 5 5 5 5 2 33 2 999999999 5 2 5 2 88888 2 444 2 55 2 66666666 33 0000000000000 5 5 55 33 555 33 2 2 5 2 2 2 2 2 33 2 66666 5 5 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . .... ... .. . .. ... . . ... . . .. . . . .. ... .. . . . . . .. . ......... . . . . ..... . ... . .. . ........ .. ............. . . .. .. ... .. . . . . . . . . .. . ..... . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 5555 666 77 9 77 777 7 7 111 7 3 77 7 0 7 33 777 77 3 3 3 3 7 44 5 555555555 0 5 0 5 88888 5 444 5 99 5 66666666 44 0000000000000 0 0 99 44 555 44 5 5 0 5 5 5 5 5 44 5 22222 0 3 7 3 7 7 77 77
consensus : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
Reference ( family-958 ) : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
gi|123036 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGA-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-ATT-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123037 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123038 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-TAA-T-A-AGAA--AA-T-A-G--T----CTA-AAG-GGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AA--TTG-AAATC-A-TCG-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123039 : AAAAT-AA-AAAGTTAT---CA--TAGA--TA---TTAGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AT--T-A-T-A-AGAA--AAATAA-G--T----CTTTAAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123040 : AAAATTAA-A--ATTAT-TTCA--TAGAATTA---T-AAT-AA----CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAAAT-A-T-A-AGAA--AA-TAA-T--C----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATT-GAAG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-A-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-AGTG-ACTCAAA
gi|123041 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-T---TATA--TA---T-ATG-AGAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCT-GATCT--G---CA--AAA-T-C-TTACAGAA--AA-TAA-G--T----CTT-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG--A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATT-A-AG--CTG-AAATC-A-T-G-CAA-G-GAA--GCG-AT-----TC-A-TGTGA---T-T-T-A--GCGCTCAAA
gi|123042 : AAAAT-AAGA--GTTAT-T-CA---ATA--TA---T-AGA-AAAAACCCAA-T-AGAA--CTTTTTTGTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-TTA-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAGA-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AAT-A-AGTATTG-AAATC-A-T-G-C-A-GAGAA--GCG-AT-----TT-A-T-TGC-ATT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123043 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--T-TA--TA---T-AAT-AAA---CCAG-T-GAAA--CTTTTT-G-CTTGAT-TTCC---CA--AAA-TTA-T-G-AGAA--AA-TAG---------CTA-AAAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAA---T-A--A---TT-A-AG--TTG-AA-TC-ACT-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123044 : AAAAT-AA-C--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGTTAAAA--CCAG-T-GGAAGACTTTTT-GTCTT-AT-T--C---CA--AAAGT-A-T-A-AGAA--AA-TAACG--T----CTATATA-GGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATT-G-AG--CTGCAAATCAA-T-GAC-G-T-GAA--GCG-AT-----TTGA-TGTGATTTT-T-T-A--G-ACTAAAA
gi|123045 : AAAAT-AA-A---TTAT---CA--TA-A--TA---T-AGT-AAAA--CCAGTT-GGAA---TTTTT-GTCGTTAT-T--C---CA--AAA---A-T-A-AGAA--A---AA-G-------CTA-AAA----GTG-T-A------T-G---A-C--AAGA-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATT-GCAG--TTG--AATC---T-G-C-A-G-GAA--GCA--------TT-A-TGTGA-TTA-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123046 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--TA-G--TAGCCC-AGT-AAAA--C-AG-T-GGAA--CCTTTT-GTCTT-AT-TG-C---CATCAAA-T-ATT-A-AGAAATAA-TAA-AT-T----CTA-AAA-GGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAGA-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-ATT-A-C-A-G-GAATCGCG-AT-----TTCA-TGTGA-TTT-T-TAA--G-ACTCAAA
gi|123047 : AAAAT-AA-A--TTTAT-T-CA--AATA--TA---T-A----AAA--CCAT-TTGGAA--CTTATG-GT-TTGAT-T--A---GA--ATA-T-G-T-A-TGAA--AA-TAA-T--T----TTA-ATA-GAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AATA-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--A--TTTTG-AG--TTT-AA------T----------AA--GCG-ATTTAAATT-A-TGAGA-TTTCT-T-T--G-CCT
gi|123048 : AAAT-AA-A--GTTAT-A-CA---ATA--TA---T-AGT-AAA---CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-A--T----CTA-TAA--GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATT-A-AG--TT--AAAT--A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTCTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123049 : AAT-AA-A--GTTATAT-CAATTGTT--TA---T-AGT-AAA---CCAG-TTGGAA--CTTTTT-GTCT--AT-T--CATCCA--AAA-T-A-T-A---GA--AA-TAA-AGTT----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAGACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-ACG-GAA--GCGAAG-----TT-A-TGTTA-TTT-TGG-A--G-CCTAAAA
gi|123050 : --TATA--TA---T-AGT-ACAA----AG-T-G--A--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAT-T-A-T-A-AG----AA-TAA-G--TCTTACTA-AAA-GGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAGA-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATG-A-AG--TT-----TA-A-T-A-A-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-CATGA-TTTGT-T-A--G-
gi|123051 : GAA--AA-TAT-G--T----ATA-AAA-GACGTG-T-A-----TT-G---T-C--AGGA-A--------TT--A-----G--C----CGAA-AT-A--A--TTA-G-AA--TTT-AAATC-A-A-G-C-G-A-TAA--GCG-AT-----TT-c
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111
lowQualScore : 2 6666 555 33 3 33 444 2 2 666 2 5 33 2 5 2 66 444 33 5 5 5 5 2 33 2 999999999 5 2 5 2 88888 2 444 2 55 2 66666666 33 0000000000000 5 5 55 33 555 33 2 2 5 2 2 2 2 2 33 2 66666 5 5 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . .... ... .. . .. ... . . ... . . .. . . . .. ... .. . . . . . .. . ......... . . . . ..... . ... . .. . ........ .. ............. . . .. .. ... .. . . . . . . . . .. . ..... . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 5555 666 77 9 77 777 7 7 111 7 3 77 7 0 7 33 777 77 3 3 3 3 7 44 5 555555555 0 5 0 5 88888 5 444 5 99 5 66666666 44 0000000000000 0 0 99 44 555 44 5 5 0 5 5 5 5 5 44 5 22222 0 3 7 3 7 7 77 77
consensus : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
Reference ( family-958 ) : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
gi|123036 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGA-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-ATT-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123037 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123038 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-TAA-T-A-AGAA--AA-T-A-G--T----CTA-AAG-GGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AA--TTG-AAATC-A-TCG-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123039 : AAAAT-AA-AAAGTTAT---CA--TAGA--TA---TTAGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AT--T-A-T-A-AGAA--AAATAA-G--T----CTTTAAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123040 : AAAATTAA-A--ATTAT-TTCA--TAGAATTA---T-AAT-AA----CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAAAT-A-T-A-AGAA--AA-TAA-T--C----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATT-GAAG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-A-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-AGTG-ACTCAAA
gi|123041 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-T---TATA--TA---T-ATG-AGAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCT-GATCT--G---CA--AAA-T-C-TTACAGAA--AA-TAA-G--T----CTT-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG--A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATT-A-AG--CTG-AAATC-A-T-G-CAA-G-GAA--GCG-AT-----TC-A-TGTGA---T-T-T-A--GCGCTCAAA
gi|123042 : AAAAT-AAGA--GTTAT-T-CA---ATA--TA---T-AGA-AAAAACCCAA-T-AGAA--CTTTTTTGTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-TTA-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAGA-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AAT-A-AGTATTG-AAATC-A-T-G-C-A-GAGAA--GCG-AT-----TT-A-T-TGC-ATT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123043 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--T-TA--TA---T-AAT-AAA---CCAG-T-GAAA--CTTTTT-G-CTTGAT-TTCC---CA--AAA-TTA-T-G-AGAA--AA-TAG---------CTA-AAAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAA---T-A--A---TT-A-AG--TTG-AA-TC-ACT-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123044 : AAAAT-AA-C--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGTTAAAA--CCAG-T-GGAAGACTTTTT-GTCTT-AT-T--C---CA--AAAGT-A-T-A-AGAA--AA-TAACG--T----CTATATA-GGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATT-G-AG--CTGCAAATCAA-T-GAC-G-T-GAA--GCG-AT-----TTGA-TGTGATTTT-T-T-A--G-ACTAAAA
gi|123045 : AAAAT-AA-A---TTAT---CA--TA-A--TA---T-AGT-AAAA--CCAGTT-GGAA---TTTTT-GTCGTTAT-T--C---CA--AAA---A-T-A-AGAA--A---AA-G-------CTA-AAA----GTG-T-A------T-G---A-C--AAGA-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATT-GCAG--TTG--AATC---T-G-C-A-G-GAA--GCA--------TT-A-TGTGA-TTA-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123046 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--TA-G--TAGCCC-AGT-AAAA--C-AG-T-GGAA--CCTTTT-GTCTT-AT-TG-C---CATCAAA-T-ATT-A-AGAAATAA-TAA-AT-T----CTA-AAA-GGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAGA-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-ATT-A-C-A-G-GAATCGCG-AT-----TTCA-TGTGA-TTT-T-TAA--G-ACTCAAA
gi|123047 : AAAAT-AA-A--TTTAT-T-CA--AATA--TA---T-A----AAA--CCAT-TTGGAA--CTTATG-GT-TTGAT-T--A---GA--ATA-T-G-T-A-TGAA--AA-TAA-T--T----TTA-ATA-GAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AATA-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--A--TTTTG-AG--TTT-AA------T----------AA--GCG-ATTTAAATT-A-TGAGA-TTTCT-T-T--G-CCT
gi|123048 : AAAT-AA-A--GTTAT-A-CA---ATA--TA---T-AGT-AAA---CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-A--T----CTA-TAA--GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATT-A-AG--TT--AAAT--A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTCTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123049 : AAT-AA-A--GTTATAT-CAATTGTT--TA---T-AGT-AAA---CCAG-TTGGAA--CTTTTT-GTCT--AT-T--CATCCA--AAA-T-A-T-A---GA--AA-TAA-AGTT----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAGACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-ACG-GAA--GCGAAG-----TT-A-TGTTA-TTT-TGG-A--G-CCTAAAA
gi|123050 : --TATA--TA---T-AGT-ACAA----AG-T-G--A--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAT-T-A-T-A-AG----AA-TAA-G--TCTTACTA-AAA-GGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAGA-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATG-A-AG--TT-----TA-A-T-A-A-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-CATGA-TTTGT-T-A--G-
gi|123051 : GAA--AA-TAT-G--T----ATA-AAA-GACGTG-T-A-----TT-G---T-C--AGGA-A--------TT--A-----G--C----CGAA-AT-A--A--TTA-G-AA--TTT-AAATC-A-A-G-C-G-A-TAA--GCG-AT-----TT-c
blockSeqs : T AAA TT AT G AT GCC T T AAC T T GA T T C TC ATC TC A A T T C AT A GTCTTA T A T G AATAT A GAA T AA C ATGTAGAT CG CGATGGTACCA C A GT TG GA TA C A C C A A C A TC A TTAAA G T T C G A GT CG
blockSeqs : . GA AT . T . . . . A . T . . G . G . . G T . T . . . AGTT T . T . G . . . A . A . GGTT C A C . GC . . . T . . . . . . . . C T . G . . . A
blockSeqs : . A T . G . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . CGT . . . . . . . . . . T . GTC . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A T . G . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . A . GT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A T . T . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A T . T . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . C T . T . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GC . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A T . G . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A T . T . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A T . T . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A A . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . GC . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . TT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . GC . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GT***********
originalCons : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
finalCons : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--AGT-----------CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111
lowQualScore : 2 6666 555 33 3 33 444 2 2 666 2 5 33 2 5 2 66 444 33 5 5 5 5 2 33 2 999999999 5 2 5 2 88888 2 444 2 55 2 66666666 33 0000000000000 5 5 55 33 555 33 2 2 5 2 2 2 2 2 33 2 66666 5 5 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . .... ... .. . .. ... . . ... . . .. . . . .. ... .. . . . . . .. . ......... . . . . ..... . ... . .. . ........ .. ............. . . .. .. ... .. . . . . . . . . .. . ..... . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 5555 666 77 9 77 777 7 7 111 7 3 77 7 0 7 33 777 77 3 3 3 3 7 44 5 555555555 0 5 0 5 88888 5 444 5 99 5 66666666 44 0000000000000 0 0 99 44 555 44 5 5 0 5 5 5 5 5 44 5 22222 0 3 7 3 7 7 77 77
consensus : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
Reference ( family-958 ) : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-NCTCAAA
gi|123036 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGA-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-ATT-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123037 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123038 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-CA--TATA--TA---T-AGT-AAAA--CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-TAA-T-A-AGAA--AA-T-A-G--T----CTA-AAG-GGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-A-AA--TTG-AAATC-A-TCG-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123039 : AAAAT-AA-AAAGTTAT---CA--TAGA--TA---TTAGT-AAAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AT--T-A-T-A-AGAA--AAATAA-G--T----CTTTAAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123040 : AAAATTAA-A--ATTAT-TTCA--TAGAATTA---T-AAT-AA----CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCTTTAT-T--C---CA--AAAAT-A-T-A-AGAA--AA-TAA-T--C----CTA-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATT-GAAG--TTG-AAATC-A-T-G-C-A-A-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-AGTG-ACTCAAA
gi|123041 : AAAAT-AA-A--GTTAT-T-T---TATA--TA---T-ATG-AGAA--CCAG-T-GGAA--CTTTTT-GTCT-GATCT--G---CA--AAA-T-C-TTACAGAA--AA-TAA-G--T----CTT-AAA-GGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG--A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATT-A-AG--CTG-AAATC-A-T-G-CAA-G-GAA--GCG-AT-----TC-A-TGTGA---T-T-T-A--GCGCTCAAA
gi|123042 : AAAAT-AAGA--GTTAT-T-CA---ATA--TA---T-AGA-AAAAACCCAA-T-AGAA--CTTTTTTGTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-TTA-AGAA--AA-TAA-G--T----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAGA-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AAT-A-AGTATTG-AAATC-A-T-G-C-A-GAGAA--GCG-AT-----TT-A-T-TGC-ATT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123043 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--T-TA--TA---T-AAT-AAA---CCAG-T-GAAA--CTTTTT-G-CTTGAT-TTCC---CA--AAA-TTA-T-G-AGAA--AA-TAG---------CTA-AAAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGA-AA-------TT--A-----G--T----CAA---T-A--A---TT-A-AG--TTG-AA-TC-ACT-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-TGTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123044 : AAAAT-AA-C--GTTAT-T-CA--TAGA--TA---T-AGTTAAAA--CCAG-T-GGAAGACTTTTT-GTCTT-AT-T--C---CA--AAAGT-A-T-A-AGAA--AA-TAACG--T----CTATATA-GGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAGA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATT-G-AG--CTGCAAATCAA-T-GAC-G-T-GAA--GCG-AT-----TTGA-TGTGATTTT-T-T-A--G-ACTAAAA
gi|123045 : AAAAT-AA-A---TTAT---CA--TA-A--TA---T-AGT-AAAA--CCAGTT-GGAA---TTTTT-GTCGTTAT-T--C---CA--AAA---A-T-A-AGAA--A---AA-G-------CTA-AAA----GTG-T-A------T-G---A-C--AAGA-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATT-GCAG--TTG--AATC---T-G-C-A-G-GAA--GCA--------TT-A-TGTGA-TTA-T-T-A--G-ACTCAAA
gi|123046 : AAAAT-AA----GTTAT-T-CA--TA-G--TAGCCC-AGT-AAAA--C-AG-T-GGAA--CCTTTT-GTCTT-AT-TG-C---CATCAAA-T-ATT-A-AGAAATAA-TAA-AT-T----CTA-AAA-GGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAGA-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATT-G-AG--TTG-AAATC-ATT-A-C-A-G-GAATCGCG-AT-----TTCA-TGTGA-TTT-T-TAA--G-ACTCAAA
gi|123047 : AAAAT-AA-A--TTTAT-T-CA--AATA--TA---T-A----AAA--CCAT-TTGGAA--CTTATG-GT-TTGAT-T--A---GA--ATA-T-G-T-A-TGAA--AA-TAA-T--T----TTA-ATA-GAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AATA-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--A--TTTTG-AG--TTT-AA------T----------AA--GCG-ATTTAAATT-A-TGAGA-TTTCT-T-T--G-CCT
gi|123048 : AAAT-AA-A--GTTAT-A-CA---ATA--TA---T-AGT-AAA---CCAG-T-AGAA--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAA-T-A-T-A-AGAA--AA-TAA-A--T----CTA-TAA--GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGA-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATT-A-AG--TT--AAAT--A-T-G-C-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-ATTCTGA-TTT-T-T-A--G-CCTCAAA
gi|123049 : AAT-AA-A--GTTATAT-CAATTGTT--TA---T-AGT-AAA---CCAG-TTGGAA--CTTTTT-GTCT--AT-T--CATCCA--AAA-T-A-T-A---GA--AA-TAA-AGTT----CTA-AAA-GGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAGACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTT-A-AG--TTG-AAATC-A-T-G-C-ACG-GAA--GCGAAG-----TT-A-TGTTA-TTT-TGG-A--G-CCTAAAA
gi|123050 : --TATA--TA---T-AGT-ACAA----AG-T-G--A--CTTTTT-GTCTTGAT-T--C---CA--AAT-T-A-T-A-AG----AA-TAA-G--TCTTACTA-AAA-GGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAGA-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATG-A-AG--TT-----TA-A-T-A-A-A-G-GAA--GCG-AT-----TT-A-CATGA-TTTGT-T-A--G-
gi|123051 : GAA--AA-TAT-G--T----ATA-AAA-GACGTG-T-A-----TT-G---T-C--AGGA-A--------TT--A-----G--C----CGAA-AT-A--A--TTA-G-AA--TTT-AAATC-A-A-G-C-G-A-TAA--GCG-AT-----TT-c