lowQualScore                  :                                       11111111    11111111                           1                                              2222222222222222                                   22222                 
lowQualScore                  :               8888      2 3     3   3 22222222    00000000 4 33   2     2   2 2    5 4   4 2  2 2          2 2 2          2 2 77777 2222222222222222   88        3       3 5           00000   444   4       
lowQualScore                  :               ....      . .     .   . ........    ........ . ..   .     .   . .    . .   . .  . .          . . .          . . ..... ................   ..        .       . .           .....   ...   .       
lowQualScore                  :               5555      5 3     1   1 33333333    55555555 0 99   9     7   7 7    7 3   9 9  9 9          9 9 9          9 9 11111 9999999999999999   88        1       1 8           55555   999   0       
consensus                     :       ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATT-T-ACAC-G-TGTNT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G-----T--T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAA-T-ATAAG-ACGTA-CAGAAAT
Reference ( gi|118063 )       :       ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A-----A--GTCT--C-----TAG--TTG-AAATA-ATT-T-ACAT-G-TGTAT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G-----T--T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAA-A-AGAAG-ACGTA-CAGAAAT
gi|118064                     :       ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A--------GTCT--C-----TAG--TTG-AAATA-ATT-T-AC-T-G-TGTAT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G-----T--T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAA-A-AGAAG-ACGTA-CAGAAAT
gi|118065                     :       ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-A-----A--GTCTAAT-----TAG--TTG-AAGTA-ATT-T-ACAT-G-TGTAT-AG-C-TTGATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A-----T--T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAA-A-ATAAG-ACGTA-CAGAAAT
gi|118066                     :       ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-A-----A--GTCTAAT-----TAAGTTTG-AAGTA-ATT-TTACAT-G-TGTAT-AG-C-TTGATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A-----T--TG------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGT--CATCAATATCC-A-A-ATAAG-ACGTAGCAGAAA
gi|118062                     :       ACATGTATTATGGATGTCGT-ATAAT-GAA-A-----A--ATCT--CAAGTCTAG--TTG-AAATA-ATT-T-ACAT-G-TTTAT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G-----T--
gi|118061                     : agacatACATATA-----AATGTT-T-GTAAT-GAA-A-----AAGGTCT--C-----TGG--TTG-AAAAATATT-T-ACACGG-TGTTTAAG-CTTTGATCACGACC-A-GACAGGTCTG-GTA-----T--T-------------GTG-CTTAG-ATG-AAAAG-A-CCT-AATA----------------GTA-CAGAAAT
gi|118055                     :          agTAT----AATGTTTT-GTAATTGAA-A-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATT-T-ACAC-GGTGTTT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G-----T--A-------------TTGTGCTAGCATGAAAAAGTA-CCTCAATATCTAA-T-ATAAG-AAGTA-CAGAAAT
gi|118056                     :     agagacaTAT----AATGCTTT-GTAAT-GAA-A-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATT-T-ACAC-GGTGTTT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G-----T--A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCT-AATATCTAA-T-ATAAG-AAGTA-CAGAAAT
gi|118057                     :     agagacaTAT----AATGTTTT-GTA-T-GAA-A-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATTAT-ACAC-GGTGTTT-AC-A-TTGATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G-----T--A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCTAA-T-ATAAG-AAGTA-CAGAAAT
gi|118058                     :     agagacaTAT----AATGTTTTGATAAT-GAA-A--------GTCT--C-----TGG--TT--AAATA-ATT-T-ACAC-GGTGT-T-AGGC-TTGATCACGA-CCA-GACAGGTCTG-G-G-----TATT-------------GCTTGCTAGCATA-AAAAGTA-CCTC-ATATCTAATATAAAAG-AAGTA-CAGAAAT
gi|118067                     :     agagacaTAA----AATGTTGT-ATAAT-GAA-A-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATT-T-
gi|118068                     :                 acaATGTCGT-ATAAT-GAA-ATCTCAA--GTCT--G-----T----TTG-AAA---ATT-T--CAT-G-TTTAT-AG-C-TTGATCACGA-C-AAGACAGGCCTG-G-G-----T--T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CA-CAATACCCAA-
gi|118060                     :                       TTGT-ACA---GAACA-----A--GTCT--C-----TGG--TTG-AAATA-ATT-T-ACATGG-TG-GT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACATGTTTGTA-G-----T--T-------------GTG--CTAGCATG--AAAGTACCCTCAATATtata
gi|118059                     :             agacacataattgtttTAAT-GA-----------GTC---C-----TGG--TTGGAAATA-ATT-T-ACAC-GGTGTTT-AG-C-TTGATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-GTAAAAT--T-------------GTG--CTAGCATG-AAAA-TA-CCTCAATATCTAATT-AGAAGTACGtaatataaaagt
gi|118069                     :                                            agagacatttgttttgtG--TTG-AATTA-ATT---GCAC-A-TGTAT-AG-C-TTGCACACGA-C-A-GACAGAATTG-G-G-----T--TTATTCATATTCAAGTGCGCTAGTATG-AACAGTA-CATCGATATCCAA-T-ATAAG-----A-CAGAAATaa
gi|118070                     :                                                                        A-ATT-T-ATAT-G-TGTAT-AG-C-TAGATCATGA-C-A-GATAGGCCAG-G-G-----T--A-------------GTGTGCTATCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAA-T-ATAAG-ACGCA-CAGAAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                             1                                        3333333333333333333                                                       
lowQualScore                  :                         7777      1 3     2   2 555   555 77 77777 33     2     2   2 2     6   33  2    2         5 2          2 2  0000000000000000000   2        2       2 0           0  33    4   3       
lowQualScore                  :                         ....      . .     .   . ...   ... .. ..... ..     .     .   . .     .   ..  .    .         . .          . .  ...................   .        .       . .           .  ..    .   .       
lowQualScore                  :                         7777      5 1     9   9 555   000 99 11111 99     7     5   5 5     0   77  7    7         3 7          7 7  5555555555555555555   5        9       9 7           1  99    6   3       
consensus                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGT-NTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGCCTG-G-GT----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
Reference ( family-952 )      :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACG-TGT-NTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGCCTG-G-GT----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118055                     :                      TAT----AATGTTTT-GTAATTGAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGT-TTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGTCTG-G-GT----A-------------TTGTGCTAGCATGAAAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118056                     :               agagacaTAT----AATGCTTT-GTAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGT-TTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGTCTG-G-GT----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCT-AATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118057                     :               agagacaTAT----AATGTTTT-GTA-T-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATTAT-ACACGGTGT-TTA-CATT-GATCACGAC-A-GACAGGTCTG-G-GT----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118058                     :               agagacaTAT----AATGTTTTGATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--GGTT--AAATA-ATT-T-ACACGGTGT-TAG-GCTT-GATCACGACCA-GACAGGTCTG-G-GTAT--T-------------GCTTGCTAGCATA-AAAAGTA-CCTC-ATATCTAATATAAAAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118059                     :                                agagacaTAAT-GA------GTC------C-----T--GGTTGGAAATA-ATT-T-ACACGGTGT-TTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGTCTG-G-GTAAAAT--------------TGTGCTAGCATG-AAAA-TA-CCTCAATATCTAAT-T---AGAAGTA-C-GAA
gi|118060                     :                agagacatttgttttgtTTGT-ACA---GAACAA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG--GTGGTA-GCTT-GATCACGAC-A-GACATGTTTGTA-GT-------------------TGTGCTAGCATG--AAAGTACCCTCAATAT-TAATAT--AAAA
gi|118061                     : agacacataattgtttACATATA-----AATGTT-T-GTAAT-GAA-AAAGGTC---T--C-----T--GGTTG-AAAAATATT-T-ACACGGTGT-TTAAGCTTTGATCACGACCA-GACAGGTCTG-GTAT----T-------------GTGC-TTAG-ATG-AAAAG-A-CCT--------AATA--------GTA-CAGAAATgt
gi|118062                     :               agACATGTATTATGGATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--ATC---T--CAAGTCT--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG-TTT-ATA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGCCTG-G-GT----
gi|118063                     :           agacatACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG-TGT-ATA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGCCTG-G-GT----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118064                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-AC-TG-TGT-ATA-GCTT-GATCACGAC-A-GACAGGCCTG-G-GT----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118065                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----T--AGTTG-AAGTA-ATT-T-ACATG-TGT-ATA-GCTT-GATCGCGAC-A-GACAGGCCTG-G-AT----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAT--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118066                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----TAAGTTTG-AAGTA-ATT-TTACATG-TGT-ATA-GCTT-GATCGCGAC-A-GACAGGCCTG-G-AT----TG------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGT--CATCAATATCCAA-AT--AAGACGTAGCAGAAA
gi|118067                     :                      TAA----AATGTTGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-
gi|118068                     :                           acaATGTCGT-ATAAT-GAA-AT--CTCAAGT--C-----T--GTTTG-AAA---ATT-T--CATG-TTT-ATA-GCTT-GATCACGAC-AAGACAGGCCTG-G-GT----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CA-CAATACCCAATAT--A
gi|118069                     :                                                                       GTTG-AATTA-ATT---GCACA-TGT-ATA-GCTT-GCACACGAC-A-GACAGAATTG-G-GT----TTATTCATATTCAAGTGCGCTAGTATG-AACAGTA-CATCGATATCCAATAT--AAG----A-CAGAAAT
gi|118070                     :                                                                                A-ATT-T-ATATG-TGT-ATA-GCTA-GATCATGAC-A-GATAGGCCAG-G-GT----A-------------GTGTGCTATCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGACGCA-CAGAAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                             1                                          2222222222222222222                                                       
lowQualScore                  :                         7777      1 3     2   2 555   555 77 77777 33     2     2   2 2     0   1  2    2        2 2 2          2 2 33 6666666666666666666   2        2       2 0           0  33    3   3       
lowQualScore                  :                         ....      . .     .   . ...   ... .. ..... ..     .     .   . .     .   .  .    .        . . .          . . .. ...................   .        .       . .           .  ..    .   .       
lowQualScore                  :                         7777      5 1     9   9 555   000 99 11111 99     7     5   5 5     0   0  7    7        7 7 7          7 7 77 9999999999999999999   5        9       9 7           1  99    3   3       
consensus                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
Reference ( family-952 )      :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
gi|118055                     :                      TAT----AATGTTTT-GTAATTGAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATGAAAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118056                     :               agagacaTAT----AATGCTTT-GTAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCT-AATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118057                     :               agagacaTAT----AATGTTTT-GTA-T-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATTAT-ACACGGTGTTTA-CATT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118058                     :               agagacaTAT----AATGTTTTGATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--GGTT--AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTAG-GCTT-GATCACGACC-A-GACAGGTCTG-G-GTAT----T-------------GCTTGCTAGCATA-AAAAGTA-CCTC-ATATCTAATATAAAAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118059                     :                                agagacaTAAT-GA------GTC------C-----T--GGTTGGAAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--TAAAAT--------------TGTGCTAGCATG-AAAA-TA-CCTCAATATCTAAT-T---AGAAGTA-C-GAA
gi|118060                     :                agagacatttgttttgtTTGT-ACA---GAACAA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGGTG-GTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACATGTTTGTA-G--T-------------------TGTGCTAGCATG--AAAGTACCCTCAATAT-TAATAT--AAAA
gi|118061                     : agacacataattgtttACATATA-----AATGTT-T-GTAAT-GAA-AAAGGTC---T--C-----T--GGTTG-AAAAATATT-T-ACACGGTGTTTAAGCTTTGATCACGA-CCA-GACAGGTCTG-GTA--T----T-------------GTGC-TTAG-ATG-AAAAG-A-CCT--------AATA--------GTA-CAGAAATgt
gi|118062                     :               agACATGTATTATGGATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--ATC---T--CAAGTCT--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----
gi|118063                     :           agacatACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118064                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-AC--TGTGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118065                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----T--AGTTG-AAGTA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAT--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118066                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----TAAGTTTG-AAGTA-ATT-TTACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----TG------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGT--CATCAATATCCAA-AT--AAGACGTAGCAGAAA
gi|118067                     :                      TAA----AATGTTGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-
gi|118068                     :                           acaATGTCGT-ATAAT-GAA-AT--CTCAAGT--C-----T--GTTTG-AAA---ATT-T--CATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-AAGACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CA-CAATACCCAATAT--A
gi|118069                     :                                                                       GTTG-AATTA-ATT---GCACA-TGTATA-GCTT-GCACACGA-C-A-GACAGAATTG-G-G--T----TTATTCATATTCAAGTGCGCTAGTATG-AACAGTA-CATCGATATCCAATAT--AAG----A-CAGAAAT
gi|118070                     :                                                                                A-ATT-T-ATATG-TGTATA-GCTA-GATCATGA-C-A-GATAGGCCAG-G-G--T----A-------------GTGTGCTATCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGACGCA-CAGAAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                             1                                          2222222222222222222                                                       
lowQualScore                  :                         7777      1 3     2   2 555   555 77 77777 33     2     2   2 2     0   1  2    2        2 2 2          2 2 33 6666666666666666666   2        2       2 0           0  33    3   3       
lowQualScore                  :                         ....      . .     .   . ...   ... .. ..... ..     .     .   . .     .   .  .    .        . . .          . . .. ...................   .        .       . .           .  ..    .   .       
lowQualScore                  :                         7777      5 1     9   9 555   000 99 11111 99     7     5   5 5     0   0  7    7        7 7 7          7 7 77 9999999999999999999   5        9       9 7           1  99    3   3       
consensus                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
Reference ( family-952 )      :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
gi|118055                     :                      TAT----AATGTTTT-GTAATTGAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATGAAAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118056                     :               agagacaTAT----AATGCTTT-GTAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCT-AATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118057                     :               agagacaTAT----AATGTTTT-GTA-T-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATTAT-ACACGGTGTTTA-CATT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118058                     :               agagacaTAT----AATGTTTTGATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--GGTT--AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTAG-GCTT-GATCACGACC-A-GACAGGTCTG-G-GTAT----T-------------GCTTGCTAGCATA-AAAAGTA-CCTC-ATATCTAATATAAAAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118059                     :                                agagacaTAAT-GA------GTC------C-----T--GGTTGGAAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--TAAAAT--------------TGTGCTAGCATG-AAAA-TA-CCTCAATATCTAAT-T---AGAAGTA-C-GAA
gi|118060                     :                agagacatttgttttgtTTGT-ACA---GAACAA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGGTG-GTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACATGTTTGTA-G--T-------------------TGTGCTAGCATG--AAAGTACCCTCAATAT-TAATAT--AAAA
gi|118061                     : agacacataattgtttACATATA-----AATGTT-T-GTAAT-GAA-AAAGGTC---T--C-----T--GGTTG-AAAAATATT-T-ACACGGTGTTTAAGCTTTGATCACGA-CCA-GACAGGTCTG-GTA--T----T-------------GTGC-TTAG-ATG-AAAAG-A-CCT--------AATA--------GTA-CAGAAATgt
gi|118062                     :               agACATGTATTATGGATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--ATC---T--CAAGTCT--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----
gi|118063                     :           agacatACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118064                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-AC--TGTGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118065                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----T--AGTTG-AAGTA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAT--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118066                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----TAAGTTTG-AAGTA-ATT-TTACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----TG------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGT--CATCAATATCCAA-AT--AAGACGTAGCAGAAA
gi|118067                     :                      TAA----AATGTTGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-
gi|118068                     :                           acaATGTCGT-ATAAT-GAA-AT--CTCAAGT--C-----T--GTTTG-AAA---ATT-T--CATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-AAGACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CA-CAATACCCAATAT--A
gi|118069                     :                                                                       GTTG-AATTA-ATT---GCACA-TGTATA-GCTT-GCACACGA-C-A-GACAGAATTG-G-G--T----TTATTCATATTCAAGTGCGCTAGTATG-AACAGTA-CATCGATATCCAATAT--AAG----A-CAGAAAT
gi|118070                     :                                                                                A-ATT-T-ATATG-TGTATA-GCTA-GATCATGA-C-A-GATAGGCCAG-G-G--T----A-------------GTGTGCTATCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGACGCA-CAGAAAT


blockSeqs                     :                         TATG      T G     .   C AAG   AAG AA AAGTC AA     G     T   A T     G   T  A    T        C C A          T T TA TTATTCATATTCAAG       G        .       C                AA    A   G
blockSeqs                     :                         .         T .     .   . A     .   AA .     .      .     .   . .     G   T  .    .        . . .          . . .  AAAAT                 G        .       .                .     A   .
blockSeqs                     :                         .         T .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     G   T  .    .        . . .          . . .  TGG                   G        .       .                .     A   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     G   T  .    .        . . .          . . .  AT                    G        .       .                .     A   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     G   G  .    .        . . .          . . .  AT                    G        .       .                .     C   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     G   T  .    .        . . .          . . .  TG                    C        .       .                .     C   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     T   A  .    .        . . .          . . .  TG                    C        .       .                .     C   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     G   A  .    .        . . .          . . .  TG                    C        .       .                .     C   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . A     .   .  .     .      .     .   . .     T   A  .    .        . . .          . . .  TG                    C        .       .                .     C   .
blockSeqs                     :                         .         G .     .   . T     .   .  .     .      .     .   . .     .   A  .    .        . . .          . . .  TG                    C        .       .                .     .   .
blockSeqs                     :                                   G .     .   . .     .   .  .     .      .     .   . .     .   A  .    .        . . .          . . .  TG                    G        .       .                .     .   .
blockSeqs                     :                                   . .     .   . .     .   .  .     .      .     .   . .     .   A  .    .        . . .          . . .  AG                    G        .       .                .          
blockSeqs                     :                                           .   . .     .   .  .     .      .     .   . .     .   A  .    .        . . .          . . .  .                     .        .       .                .          
blockSeqs                     :                                                                           .     .   . .     .   A  .    .        . . .          . . .                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                 .   . .                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                 
originalCons                  :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
finalCons                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                             1                                          2222222222222222222                                                       
lowQualScore                  :                         7777      1 3     2   2 555   555 77 77777 33     2     2   2 2     0   1  2    2        2 2 2          2 2 33 6666666666666666666   2        2       2 0           0  33    3   3       
lowQualScore                  :                         ....      . .     .   . ...   ... .. ..... ..     .     .   . .     .   .  .    .        . . .          . . .. ...................   .        .       . .           .  ..    .   .       
lowQualScore                  :                         7777      5 1     9   9 555   000 99 11111 99     7     5   5 5     0   0  7    7        7 7 7          7 7 77 9999999999999999999   5        9       9 7           1  99    3   3       
consensus                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
Reference ( family-952 )      :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTNTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGANGTA-CAGAAAT
gi|118055                     :                      TAT----AATGTTTT-GTAATTGAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATGAAAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118056                     :               agagacaTAT----AATGCTTT-GTAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCT-AATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118057                     :               agagacaTAT----AATGTTTT-GTA-T-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATTAT-ACACGGTGTTTA-CATT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--T----A-------------TTGTGCTAGCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCTAATAT--AAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118058                     :               agagacaTAT----AATGTTTTGATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--GGTT--AAATA-ATT-T-ACACGGTGTTAG-GCTT-GATCACGACC-A-GACAGGTCTG-G-GTAT----T-------------GCTTGCTAGCATA-AAAAGTA-CCTC-ATATCTAATATAAAAGAAGTA-CAGAAAT
gi|118059                     :                                agagacaTAAT-GA------GTC------C-----T--GGTTGGAAATA-ATT-T-ACACGGTGTTTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGTCTG-G-G--TAAAAT--------------TGTGCTAGCATG-AAAA-TA-CCTCAATATCTAAT-T---AGAAGTA-C-GAA
gi|118060                     :                agagacatttgttttgtTTGT-ACA---GAACAA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGGTG-GTA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACATGTTTGTA-G--T-------------------TGTGCTAGCATG--AAAGTACCCTCAATAT-TAATAT--AAAA
gi|118061                     : agacacataattgtttACATATA-----AATGTT-T-GTAAT-GAA-AAAGGTC---T--C-----T--GGTTG-AAAAATATT-T-ACACGGTGTTTAAGCTTTGATCACGA-CCA-GACAGGTCTG-GTA--T----T-------------GTGC-TTAG-ATG-AAAAG-A-CCT--------AATA--------GTA-CAGAAATgt
gi|118062                     :               agACATGTATTATGGATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--ATC---T--CAAGTCT--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----
gi|118063                     :           agacatACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118064                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-GAA-A---GTC---T--C-----T--AGTTG-AAATA-ATT-T-AC--TGTGTATA-GCTT-GATCACGA-C-A-GACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAG--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118065                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----T--AGTTG-AAGTA-ATT-T-ACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CATCAATATCCAAAAT--AAGACGTA-CAGAAAT
gi|118066                     :                 ACATGTAT----AATGTCGT-ATAAT-TAA-AA--GTC---TAAT-----TAAGTTTG-AAGTA-ATT-TTACATG-TGTATA-GCTT-GATCGCGA-C-A-GACAGGCCTG-G-A--T----TG------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGT--CATCAATATCCAA-AT--AAGACGTAGCAGAAA
gi|118067                     :                      TAA----AATGTTGT-ATAAT-GAA-AA--GTC---T--C-----T--GGTTG-AAATA-ATT-T-
gi|118068                     :                           acaATGTCGT-ATAAT-GAA-AT--CTCAAGT--C-----T--GTTTG-AAA---ATT-T--CATGTT-TATA-GCTT-GATCACGA-C-AAGACAGGCCTG-G-G--T----T-------------GTGTCCTAGCATG-AAAAGTA-CA-CAATACCCAATAT--A
gi|118069                     :                                                                       GTTG-AATTA-ATT---GCACA-TGTATA-GCTT-GCACACGA-C-A-GACAGAATTG-G-G--T----TTATTCATATTCAAGTGCGCTAGTATG-AACAGTA-CATCGATATCCAATAT--AAG----A-CAGAAAT
gi|118070                     :                                                                                A-ATT-T-ATATG-TGTATA-GCTA-GATCATGA-C-A-GATAGGCCAG-G-G--T----A-------------GTGTGCTATCATG-AAAAGTA-CCTCAATATCCAATAT--AAGACGCA-CAGAAAT