lowQualScore : 111 111
lowQualScore : 3 2 33 111 2 444 33 2 33 2 2 77 888888 2 5 2 2 33 2 66 2 2 33 0 2 5 5 333 33 77 2 5555 5555 2 33 666 66666 5555 0 5 2 2
lowQualScore : . . .. ... . ... .. . .. . . .. ...... . . . . .. . .. . . .. . . . . ... .. .. . .... .... . .. ... ..... .... . . . .
lowQualScore : 9 9 99 888 9 666 77 7 99 9 9 99 222222 9 7 9 9 99 9 88 9 9 99 1 9 7 7 777 99 33 5 3333 3333 5 44 999 22222 3333 4 0 5 5
consensus : AGGGAGGT-AATTC--AG---AC-CT--GATTA--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TG--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TA-TTG-TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
Reference ( gi|15888 ) : AGGAAGGT-AATTC--AG---AC-CT--AATTA--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TG--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TA-TGG-TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15889 : AGGGGGCT-AATTC--AG---AC-CT--GATTA--TCT-CCCTT--T-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TG--AC-AAA-ACT--TCCA-CA-TA-TTG-TGAA--GGACACTTT--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----AAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15890 : AAGGAGGT-AATTC--AG---AC-CT--GATTA--TCT-CC-TT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TG--AC-GAA-ACT--TCAA-CA-T--TG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAt
gi|15891 : AGGGAGAC-AATTA--GA---AC-CT--GATTA--TCT-CCCTC--G-T-TTG--TC------TA-T-C-TT-T--CCA-TG--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TA-TTG-TAAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15891 : AGGGAGAT-AAT-C--AG---GTTCT--AATTG--TCT-CCCTtt
gi|15892 : AGGGGAGT-AATTC--AG---AC-CT--GATTA--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-T-TT-C--CCA-T---AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TA-T-T-TGAA--GGACACTTTCAAATAT-A----GATATA----TGAA-A--G-A---AT-----GAG-A----AAATTCAATG-AT-A-TATTAcgtttgtctatctttccatgacgaaacttgcacatattgtaaaggacacttcaatatagatatatgaaagaaatgagaaaaattgaatgatagattatt
gi|15894 : AGGGAGGT-AATTC--AA---AC-CT--GATTA--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TGCAAC-G-A-ACT--TCCA-CAGTA-T-G-TGAG--GAACACTTC--AATAT-A----GAT-TA----TGAA-AAGAAA---AT-----GAGAT----AAAATCAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15893 : AGGGAGGT-AATTC--GG---AC-CT--AATTA--TCT-CGCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-A--CTT-TG--TC-GAA-ACT--TTCA-CA-TA-TTA-TAAA--GAACATTTC--AATAT-A----GATATA----TGGA-A--GAA---AT-----GAGGA----AAATTGAATG-AT-A-TATTAt
gi|15895 : AGGGAAGT-AATTC--GG---AC-CT--AGTTA--TCT-CCCTC--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-T--CCA-CA--AT-GAA-ACT--TGCA-CA-TA-TCG-TAAA--GGACAAATC--AATAT-A----GATATT----TGAA-A--AAAAACAT-----TAGGA----AAATTGAATG-AT-A-AATTAtt
gi|15896 : AGGGAG-C-AATGC--GG---AC-CT--AATTA--TCT-CACTT--A-T-T-G--TC------TA-G-T-TT-C--C-A-CG--AC-AAA-ACT--TGCA-C--TA-TTG-TAAA--GGACATTTC--AATAT-A----GATATA-------A-A--GAA---AT-----TAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15897 : AGGGAGGT-AATTC--AGAA-AC-CT--GATTA--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-CATT-C--CCA-TA-----GAA-ACT--TCCA-CA-TA-TTG-TGAA--GGACTCTTC--AATAT-A----TAGAAA----TG-A-A--GAA---AT------AG-A----AAATTC-AT---T-A-GATTAt
gi|15898 : AGGGGAGT-AATTC--AG---AC-CT--GGT-A--TCT-CC-TT--A-T-TTG--TC------TA-GGC-TT-C--CCT-TGG-AC-GAA-ACT--TCCA-TA-TATTGT-TGAA--GGACACTTC--GAGAT-ATGAGGAGTTA----TGAACA--GAAT--AT-----GGGGACACCAACTTCAATG-ATCA-GATTAtt
gi|15900 : GGACGGTTAATTC--AGC--AC-CT--GATTACTTCT-CCCTTCCA-T-TTGGTTC------TA-G-T-TT-CACCCA-TA--AC-GAACACTATCCCA-CA-TA-TGG---AA--GGA-ACTTTCAAATAT-A----GAT-TA----TGAA-G--GAA----T-----GAGAA----AAATTCAATATAT-A-TATTtt
gi|15899 : gGGAGGGT-AATTTCTAGGTTAC-CTTGATTTA--TCT-CCCTT--ATT-TTGTTTC------TA-GTC-TTAC--CTATTG--ACTGAA-ACT--TCCATCATTATTGGTTGAAGTGAATAC-TC--AATATAA----GATATATTTTTGAA-A--AGA---ATAATGGGAGAA----AAATTTAATGTAT-ATGATT
gi|15901 : agGGAGGT-AATTC--AC---AA-CT--GATTA--CCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-TG--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TA-GTG-TAAA--AGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAtatt
gi|15902 : TA--TCTATCCCT--A-TATTG--TCATTTTTTATG-C-TT-A--CCG-AG--AC-AAA-ACT--TGCA-TA-TA-TTA-TACA--GGGCATTCC--AATAC-A----GATATA----TTAT-A--AAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-GT-A-GGTTAtt
gi|15903 : TC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15904 : ATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAtt
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 2 33 111 2 2 33 2 33 2 2 77 777777 5 2 2 2 33 2 2 33 2 2 33 2 5 66 33 66 2 5555 5555 2 33 666 55555 5555 4 2 2
lowQualScore : . . . .. ... . . .. . .. . . .. ...... . . . . .. . . .. . . .. . . .. .. .. . .... .... . .. ... ..... .... . . .
lowQualScore : 9 9 9 99 888 9 7 77 7 77 7 7 33 777777 3 7 7 7 77 7 7 77 7 7 77 7 3 33 77 99 4 0000 0000 4 22 555 99999 0000 7 4 4
consensus : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
Reference ( family-947 ) : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15888 : AGGAA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-AATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATGG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15889 : AGGGG-GC-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--T-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-AAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTT--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----AAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15890 : AAGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CC-TT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCAA-CA-T--TG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAt
gi|15891 : AGGGA-GA-C-AATTA--GA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTC--G-T-TTG--TC------TA-T-C-TT-T--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TATTG--TAAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15892 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-T-TT-C--CCA-T----AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATT---TGAA--GGACACTTTCAAATAT-A----GATATA----TGAA-A--G-A---AT-----GAG-A----AAATTCAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15893 : AGGGA-GG-T-AATTC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CGCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-A--CTT-T-G--TC-GAA-ACT--TTCA-CA-TATTA--TAAA--GAACATTTC--AATAT-A----GATATA----TGGA-A--GAA---AT-----GAGGA----AAATTGAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15894 : AGGGA-GG-T-AATTC--AA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-GCAAC-G-A-ACT--TCCA-CAGTA-TG--TGAG--GAACACTTC--AATAT-A----GAT-TA----TGAA-AAGAAA---AT-----GAGAT----AAAATCAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15895 : AGGGA-AG-T-AATTC--GG---ACCT-AGTT-A--TCT-CCCTC--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-T--CCA-C-A--AT-GAA-ACT--TGCA-CA-TATCG--TAAA--GGACAAATC--AATAT-A----GATATT----TGAA-A--AAAAACAT-----TAGGA----AAATTGAATG-AT-A-AATTAt
gi|15896 : AGGGA-G--C-AATGC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CACTT--A-T-T-G--TC------TA-G-T-TT-C--C-A-C-G--AC-AAA-ACT--TGCA-C--TATTG--TAAA--GGACATTTC--AATAT-A----GATAT-------AA-A--GAA---AT-----TAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15897 : AGGGA-GG-T-AATTC--AGAA-ACCT-GATT-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-CATT-C--CCA-T-A-----GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACTCTTC--AATAT-A----TAGAAA----TG-A-A--GAA---AT------AG-A----AAATTC-AT---T-A-GATTAt
gi|15898 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GG-T-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TAGG-C-TT-C--CCT-TGG--AC-GAA-ACT--TCCA-TA-TATTGT-TGAA--GGACACTTC--GAGAT-ATGAGGAGTTA----TGAACA--GAAT--AT-----GGGGACACCAACTTCAATG-ATCA-GATTAtt
gi|15899 : AGGGA-GGGT-AATTTCTAGGTTACCTTGATTTA--TCT-CCCTT--ATT-TTGTTTC------TA-GTC-TTAC--CTATT-G--ACTGAA-ACT--TCCATCATTATTGGTTGAAGTGAATAC-TC--AATATAA----GATATATTTTTGAA-A--AGA---ATAATGGGAGAA----AAATTTAATGTAT-ATGATTtt
gi|15900 : GGGACGG-TTAATTC--AGC--ACCT-GATT-ACTTCT-CCCTTCCA-T-TTGGTTC------TA-G-T-TT-CACCCA-T-A--AC-GAACACTATCCCA-CA-TAT-G---GAA--GGA-ACTTTCAAATAT-A----GAT-TA----TGAA-G--GAA----T-----GAGAA----AAATTCAATATAT-A-TATTtatt
gi|15901 : GGA-GG-T-AATTC--AC---AACT-GATT-A--CCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TAGTG--TAAA--AGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15902 : T-A--TCTATCCCT--A-TATTG--TCATTTTTTATG-C-TT-A--CCG-A-G--AC-AAA-ACT--TGCA-TA-TATTA--TACA--GGGCATTCC--AATAC-A----GATATA----TTAT-A--AAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-GT-A-GGTTAtt
gi|15903 : TC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15904 : ATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAtt
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 2 33 111 2 2 33 2 33 2 2 77 777777 5 2 2 2 33 2 2 33 2 2 33 2 5 66 33 66 2 5555 5555 2 33 666 55555 5555 4 2 2
lowQualScore : . . . .. ... . . .. . .. . . .. ...... . . . . .. . . .. . . .. . . .. .. .. . .... .... . .. ... ..... .... . . .
lowQualScore : 9 9 9 99 888 9 7 77 7 77 7 7 33 777777 3 7 7 7 77 7 7 77 7 7 77 7 3 33 77 99 4 0000 0000 4 22 555 99999 0000 7 4 4
consensus : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
Reference ( family-947 ) : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15888 : AGGAA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-AATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATGG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15889 : AGGGG-GC-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--T-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-AAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTT--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----AAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15890 : AAGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CC-TT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCAA-CA-T--TG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAt
gi|15891 : AGGGA-GA-C-AATTA--GA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTC--G-T-TTG--TC------TA-T-C-TT-T--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TATTG--TAAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15892 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-T-TT-C--CCA-T----AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATT---TGAA--GGACACTTTCAAATAT-A----GATATA----TGAA-A--G-A---AT-----GAG-A----AAATTCAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15893 : AGGGA-GG-T-AATTC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CGCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-A--CTT-T-G--TC-GAA-ACT--TTCA-CA-TATTA--TAAA--GAACATTTC--AATAT-A----GATATA----TGGA-A--GAA---AT-----GAGGA----AAATTGAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15894 : AGGGA-GG-T-AATTC--AA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-GCAAC-G-A-ACT--TCCA-CAGTA-TG--TGAG--GAACACTTC--AATAT-A----GAT-TA----TGAA-AAGAAA---AT-----GAGAT----AAAATCAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15895 : AGGGA-AG-T-AATTC--GG---ACCT-AGTT-A--TCT-CCCTC--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-T--CCA-C-A--AT-GAA-ACT--TGCA-CA-TATCG--TAAA--GGACAAATC--AATAT-A----GATATT----TGAA-A--AAAAACAT-----TAGGA----AAATTGAATG-AT-A-AATTAt
gi|15896 : AGGGA-G--C-AATGC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CACTT--A-T-T-G--TC------TA-G-T-TT-C--C-A-C-G--AC-AAA-ACT--TGCA-C--TATTG--TAAA--GGACATTTC--AATAT-A----GATAT-------AA-A--GAA---AT-----TAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15897 : AGGGA-GG-T-AATTC--AGAA-ACCT-GATT-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-CATT-C--CCA-T-A-----GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACTCTTC--AATAT-A----TAGAAA----TG-A-A--GAA---AT------AG-A----AAATTC-AT---T-A-GATTAt
gi|15898 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GG-T-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TAGG-C-TT-C--CCT-TGG--AC-GAA-ACT--TCCA-TA-TATTGT-TGAA--GGACACTTC--GAGAT-ATGAGGAGTTA----TGAACA--GAAT--AT-----GGGGACACCAACTTCAATG-ATCA-GATTAtt
gi|15899 : AGGGA-GGGT-AATTTCTAGGTTACCTTGATTTA--TCT-CCCTT--ATT-TTGTTTC------TA-GTC-TTAC--CTATT-G--ACTGAA-ACT--TCCATCATTATTGGTTGAAGTGAATAC-TC--AATATAA----GATATATTTTTGAA-A--AGA---ATAATGGGAGAA----AAATTTAATGTAT-ATGATTtt
gi|15900 : GGGACGG-TTAATTC--AGC--ACCT-GATT-ACTTCT-CCCTTCCA-T-TTGGTTC------TA-G-T-TT-CACCCA-T-A--AC-GAACACTATCCCA-CA-TAT-G---GAA--GGA-ACTTTCAAATAT-A----GAT-TA----TGAA-G--GAA----T-----GAGAA----AAATTCAATATAT-A-TATTtatt
gi|15901 : GGA-GG-T-AATTC--AC---AACT-GATT-A--CCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TAGTG--TAAA--AGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15902 : T-A--TCTATCCCT--A-TATTG--TCATTTTTTATG-C-TT-A--CCG-A-G--AC-AAA-ACT--TGCA-TA-TATTA--TACA--GGGCATTCC--AATAC-A----GATATA----TTAT-A--AAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-GT-A-GGTTAtt
gi|15903 : TC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15904 : ATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAtt
blockSeqs : C G T CT GTT T T CT A CC T A TT ATTTTT G T A A AC T G CA T C AT T G GT GT CA A TGAG TTTT C AG AAC AATGG CACC T C T
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . GT . T . . . . . . . . . . . T T . CA . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
finalCons : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 2 33 111 2 2 33 2 33 2 2 77 777777 5 2 2 2 33 2 2 33 2 2 33 2 5 66 33 66 2 5555 5555 2 33 666 55555 5555 4 2 2
lowQualScore : . . . .. ... . . .. . .. . . .. ...... . . . . .. . . .. . . .. . . .. .. .. . .... .... . .. ... ..... .... . . .
lowQualScore : 9 9 9 99 888 9 7 77 7 77 7 7 33 777777 3 7 7 7 77 7 7 77 7 7 77 7 3 33 77 99 4 0000 0000 4 22 555 99999 0000 7 4 4
consensus : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
Reference ( family-947 ) : AGGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15888 : AGGAA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-AATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATGG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15889 : AGGGG-GC-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--T-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-AAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACACTTT--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----AAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15890 : AAGGA-GG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CC-TT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TCAA-CA-T--TG--TGAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAt
gi|15891 : AGGGA-GA-C-AATTA--GA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTC--G-T-TTG--TC------TA-T-C-TT-T--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TATTG--TAAA--GGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15892 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-T-TT-C--CCA-T----AC-GAA-ACT--TCCA-CA-TATT---TGAA--GGACACTTTCAAATAT-A----GATATA----TGAA-A--G-A---AT-----GAG-A----AAATTCAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15893 : AGGGA-GG-T-AATTC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CGCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-A--CTT-T-G--TC-GAA-ACT--TTCA-CA-TATTA--TAAA--GAACATTTC--AATAT-A----GATATA----TGGA-A--GAA---AT-----GAGGA----AAATTGAATG-AT-A-TATTAtt
gi|15894 : AGGGA-GG-T-AATTC--AA---ACCT-GATT-A--TCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-GCAAC-G-A-ACT--TCCA-CAGTA-TG--TGAG--GAACACTTC--AATAT-A----GAT-TA----TGAA-AAGAAA---AT-----GAGAT----AAAATCAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15895 : AGGGA-AG-T-AATTC--GG---ACCT-AGTT-A--TCT-CCCTC--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-T--CCA-C-A--AT-GAA-ACT--TGCA-CA-TATCG--TAAA--GGACAAATC--AATAT-A----GATATT----TGAA-A--AAAAACAT-----TAGGA----AAATTGAATG-AT-A-AATTAt
gi|15896 : AGGGA-G--C-AATGC--GG---ACCT-AATT-A--TCT-CACTT--A-T-T-G--TC------TA-G-T-TT-C--C-A-C-G--AC-AAA-ACT--TGCA-C--TATTG--TAAA--GGACATTTC--AATAT-A----GATAT-------AA-A--GAA---AT-----TAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15897 : AGGGA-GG-T-AATTC--AGAA-ACCT-GATT-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-CATT-C--CCA-T-A-----GAA-ACT--TCCA-CA-TATTG--TGAA--GGACTCTTC--AATAT-A----TAGAAA----TG-A-A--GAA---AT------AG-A----AAATTC-AT---T-A-GATTAt
gi|15898 : AGGGG-AG-T-AATTC--AG---ACCT-GG-T-A--TCT--CCTT--A-T-TTG--TC------TAGG-C-TT-C--CCT-TGG--AC-GAA-ACT--TCCA-TA-TATTGT-TGAA--GGACACTTC--GAGAT-ATGAGGAGTTA----TGAACA--GAAT--AT-----GGGGACACCAACTTCAATG-ATCA-GATTAtt
gi|15899 : AGGGA-GGGT-AATTTCTAGGTTACCTTGATTTA--TCT-CCCTT--ATT-TTGTTTC------TA-GTC-TTAC--CTATT-G--ACTGAA-ACT--TCCATCATTATTGGTTGAAGTGAATAC-TC--AATATAA----GATATATTTTTGAA-A--AGA---ATAATGGGAGAA----AAATTTAATGTAT-ATGATTtt
gi|15900 : GGGACGG-TTAATTC--AGC--ACCT-GATT-ACTTCT-CCCTTCCA-T-TTGGTTC------TA-G-T-TT-CACCCA-T-A--AC-GAACACTATCCCA-CA-TAT-G---GAA--GGA-ACTTTCAAATAT-A----GAT-TA----TGAA-G--GAA----T-----GAGAA----AAATTCAATATAT-A-TATTtatt
gi|15901 : GGA-GG-T-AATTC--AC---AACT-GATT-A--CCT-CCCTT--A-T-TTG--TC------TA-G-C-TT-C--CCA-T-G--AC-GAA-ACT--TGCA-CA-TAGTG--TAAA--AGACACTTC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTA
gi|15902 : T-A--TCTATCCCT--A-TATTG--TCATTTTTTATG-C-TT-A--CCG-A-G--AC-AAA-ACT--TGCA-TA-TATTA--TACA--GGGCATTCC--AATAC-A----GATATA----TTAT-A--AAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-GT-A-GGTTAtt
gi|15903 : TC--AATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTGAATG-AT-A-GATTAtt
gi|15904 : ATAT-A----GATATA----TGAA-A--GAA---AT-----GAGAA----AAATTCAATG-AT-A-GATTAtt