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Reference ( gi|13679 )        : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCT--CCTTG-CGG----AA-T-ATCT-T--TGACG-A--TTC--AT-T--T-AC--AGA-CCT---C--AT--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
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Reference ( family-939 )      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
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Reference ( family-939 )      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
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gi|13690                      :                          TC--GA-A-TC---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-ACG-AAG-ATTC--AT-T--C-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13691                      :                          TC--GA-A-TC---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT--CG-AAG-ATTC--AT-T--C-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT------A-ATGTT
gi|13692                      :                                -A-TT---AAG-GATCGT-C-AT------TTGTC--ATT--AC----A-AGA-T-AT-TT-TTG-ATA-ATTC--CT-T--T-TC--GGA---TCCCA-T--G-TGCTCCAT------TTCC-----AA-ATGCT
gi|13693                      :                                  -TG---ACA-GATTGC-C-AC------GTGCC--GTT--AA----A-AAG-C-AT-TT-T-G-ATA-ATTC--CT-C--T-AC--GGA---TCTCA-T--G-TGTTCCAT------TACG-----AA-GTGTT
gi|13694                      :                                         AA-AACTGT-C-AA------GTCCCGCTTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-ACG-ACGTATTC--AT-TAGT-AC--AGAG--CTCCAGT--G-TGTT-TAT------TTCT-----AATATGTT


blockSeqs                     :      CA  A C   A G A CT    CA  C T GTAC   C      C C  GTCTCC     GC   TG  CGTT G   G T  A  ATC G   T    CC  G AG T  CA   TCT     G GA T        TTACTA    ATAAA  T
blockSeqs                     :      C   . .   . . . T     A   . . G      .      . .  G          A    .   T    .   A .  .  TT  .   .    .   . .  .  T    G       . .  .        .         G      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . T      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AC  .   .    .   . .  .  .    G       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . G      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  TT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . G      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . G      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . A      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AC  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . A      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  GC  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :      .   . .   . . . .     .   . . A      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AC  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :          . .   . . . .     .   . . T      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  TT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :          . .   . . . .     .   . . G      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  TT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :                            .   . . C      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AC  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :                            .   . . C      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  TT  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :                                . . T      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  AC  .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :                                  . G      .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  C   .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .
blockSeqs                     :                                           .      . .  .          .    .   .    .   . .  .  T   .   .    .   . .  .  .    .       . .  .        .         .      .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
finalCons                     : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT





Alignments
lowQualScore                  :      99  3 3   3 3 3 77    66  2 2 5555   2      2 2  999999     55   33  7777 2   4 2  2  666 2 0 2    33  2 33 2  55   888     2 33 2        666666    88888  2     
lowQualScore                  :      ..  . .   . . . ..    ..  . . ....   .      . .  ......     ..   ..  .... .   . .  .  ... . . .    ..  . .. .  ..   ...     . .. .        ......    .....  .     
lowQualScore                  :      55  3 3   3 3 3 99    88  7 5 2222   4      4 4  111111     66   22  4444 4   7 4  4  111 4 2 4    22  4 22 4  66   888     4 22 4        888888    22222  4     
consensus                     : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
Reference ( family-939 )      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-NCG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13678                      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTT--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--GC----A-AAA-T-AT-TT-ATG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCA-----AA-ATGCT
gi|13679                      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--GC----G-GAA-T-AT-CT-TTG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCTCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13680                      : ATGCC--GG-T-AAC-T-T-T--ACTC--GA-A-TT---AAA-AACTGT-C-AG------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-ACG-AGG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTTT-----AA-ATGTT
gi|13681                      : ATGCC--AA-T-AAC-T-T-T--ATTC--GA-A-TG---AAG-AACCAT-C-AA------GTCTC--CTT--GC----G-GAA-T-AT-TT-TTA-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA---CTCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATCTT
gi|13682                      : ATGCC--AAAT-AAC-T-T-T--ATTA--GA-A-TG---AAA-AACTGT-C-AAGTCTCCGTCTC--CTT--AC------AAA-T-AT-TT-ATG-ACG-ATTC--AT-T--T-AC--AGA----CCCA-T--A-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13683                      : ATGCCC-AA-T-AAC-T-T-TCTATTGA-GA-A-TG---AAA-AACTGTCC-AA------GT-TC--CTTTGAC----A-AAA-T-A--TT-ATG-ACG-ATTC--AT-T--T-ACT-AGATCTCCGCA-T--G-TGTTCCA-------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13684                      : ATGCA--AG-T-AAC-T-T-T--ACTC--GA-ATTA---AAA-AACTGT-C-AAG-----GTCTTA-CCT--ACT---A-AAA-T-AT-TTATCG-AGG-ATTC--A--T--C-AC--AGA---CCACC-TGAG-TGTTCTAT------TTCT-----AT-ATGTT
gi|13685                      : ATGCCCAAA-T-AAC-T------ACTT--CA-A-TA---AAA-AACTG--C-AC------TTCTC--CTT--AC----A-AAAGT-AT-TT-ACG-ACG-ATTCCCAT-T--TTACCAAGA---CTC-A-T--G-T-TTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13686                      : ATGGC--CA-T-AAC-T-T-TT-ATTC--GACG-TA---AGA-AATTGT-CCAA------GTATC---TT--GC----GGAAA-T-TT-TT-GCG-ACG--TTC--AT-T--T-AC--AGA---CCCCA-T--GTTGTT-CGT------TTCTG----AA-ATGTT
gi|13687                      :  TGCA--AG-TCAAC-TGT-T--ACTC--GA-A-TGTACAAACGACGAT-C-AA------GTCTC--CT---AC----A-AAAAT-ATATT-ACGGAGG-ATTC--AT-T--C-AC--AGAG--CCTCA-T--G-TGTTCCAT------TTCTATAAAAA-ATGTT
gi|13688                      :         A-T-AAT-T-TAT--ATACCAAA-A-TT---ACA-GATTGT-C-A--------------CTT--GCCGTTA-AAA-C-AT-TT-TTC-ATA-ATTC--CT-C--T-AC--GGA---TCTCA-T--G-TGTTCCGT------TTCG-----AA-ATGTT
gi|13689                      :          -T-AACAT-T-T--ATT----G-A-TG---AGA-AA-TGT-C-AA------GTT----CTT--GC----G-GAA-TTAT-TT-TTG-ACG-ATTC--ATGT--T-AC--AGA---CCC-A-T--G-TGTTCCATTTACTATTCT-----AA-ATGTT
gi|13690                      :                          TC--GA-A-TC---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-ACG-AAG-ATTC--AT-T--C-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT-----AA-ATGTT
gi|13691                      :                          TC--GA-A-TC---AAA-AACTGT-C-AA------GTCTC--CTT--AC----A-AAA-T-AT-TT--CG-AAG-ATTC--AT-T--C-AC--AGA---CCCCA-T--G-TGTTCCAT------TTCT------A-ATGTT
gi|13692                      :                                -A-TT---AAG-GATCGT-C-AT------TTGTC--ATT--AC----A-AGA-T-AT-TT-TTG-ATA-ATTC--CT-T--T-TC--GGA---TCCCA-T--G-TGCTCCAT------TTCC-----AA-ATGCT
gi|13693                      :                                  -TG---ACA-GATTGC-C-AC------GTGCC--GTT--AA----A-AAG-C-AT-TT-T-G-ATA-ATTC--CT-C--T-AC--GGA---TCTCA-T--G-TGTTCCAT------TACG-----AA-GTGTT
gi|13694                      :                                         AA-AACTGT-C-AA------GTCCCGCTTT--AC----A-AAA-T-AT-TT-ACG-ACGTATTC--AT-TAGT-AC--AGAG--CTCCAGT--G-TGTT-TAT------TTCT-----AATATGTT