lowQualScore : 111 1111111 111111111
lowQualScore : 33 2 2 2 5555 444 2 2 33 5555 66666 88888 5 2 5555 5555 2 444 77777 5 5 66 2 33 8888888 2 33 8 55 000 1111111 2 2 88888 2 2 000000000 5555 33 0 1 5555 33 2 2 3 3 555 3
lowQualScore : .. . . . .... ... . . .. .... ..... ..... . . .... .... . ... ..... . . .. . .. ....... . .. . .. ... ....... . . ..... . . ......... .... .. . . .... .. . . . . ... .
lowQualScore : 77 7 7 7 7777 444 5 5 44 3333 22222 33333 3 7 7777 7777 7 777 55555 0 0 99 5 44 1111111 5 44 2 99 111 1111111 5 5 88888 5 5 000000000 3333 44 4 6 3333 44 7 7 7 1 444 1
consensus : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GCC--A-T-AAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA----AAA--AT-GT-TCCAGCTATA-ATAT---AT-AATAGAAT
Reference ( gi|104501 ) : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--T--A-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GGC--A-C-AAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA----AAA--AT-GT-TCCAGCTGCA-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104502 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA-----A----T-----TA--T--ATCAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA-----TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GGC--A-C-AAA-----T-T-TA-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA----AAA--AT-GT-TCCAGCTGC--ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104503 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGATTT--TTT-------C-TG--GCC--A-A-AAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAT----AAA--AT-GT-TCCAGCTACA-ATAT---AT-AATAAAAT
gi|104504 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-AG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GCC--A-T-AAA-----C-TAAT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAG----AAA--AT-GT-TCCAGCCATA-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104505 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-T----A----AAACCAC-TT---CAAA-A---T-TG-AA-ACA--TGA-TT--TTT-------C-TG--ATC--A-T-AAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A----AAA--AT-AT-TCCAGCTATA-ATAT---TT-AATAGAAT
gi|104508 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GCC--A-T-AAC-----TAT-AT-A-----A---TT---------A----GTG--GAGAGAG----AAT--AT-GT-TCCAGC--CATATAT---AT-AATAGAGT
gi|104506 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-T----A----AAACCAC-TT---CAAATA---T-TG-AA-A-A--TGA-TT--TTT-------C-TG--ATC--A-T-AAA-----T-T-AT-A-----ATT-TT---------A----GTG--GAGAGAA----AAA--AT-AT-TCCAGCTATA-ATAT---TT-AATAGAAT
gi|104509 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-C----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-A----A----TATCCAA-TT---CAAA-A---TATG-AA-ATA--TGA-TT--TTA-------C-TG--GCC--A-T-AAA-----T-T-AT-A-----A-T-TC---------A----GCG--GAGAGAA----AAA--TT-GT-TCCAGCTATA-ATTTCTCAT-AAT
gi|104510 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAGG-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAG-T----A----TACTTAC-TT---CAAA-A---GATG--A-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GAC--A-T-GAA-----A-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A----AAA--GT-GT-TCCAACTTTA-ATGT---AT-AATGGAAT
gi|104507 : TTCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--C--A-AAA-C----A----TATCCAT-TT---CAAT-A---CATG-AA-AAA--TGA-TC--TTT-------G-TG--GTC--A-T-AAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--G-GGGGA----AAA--GT-GT-TCCACCTATA-ATTT---AT-AATAGGAT
gi|104511 : TCCGG--AAT-TTGAATT-A----ATG--GC---TGAAT-GGGTCAG--AGAA----T-----TA--T--A-CAA-C----A----TATCCAC-TT---TAAA-A---TATA-AACATA--TGA-TTTGTTC-------C-TGTTGGC--AGC-AAA-----A-T-AT-ATGGTGA-G-TT---------ATAATGTG--GAGGGAA----AAA--AT-GT-TCATGCTGCA-GTAT---ATCAATAAA
gi|104512 : TCCGA--AAT-TTTA-TT-ATTAAAAGATGC---TGAAA-GG-TCAA--TAAAATTAT-----TA--T----CAA-C----A----TATCTCCATT---CAAA-AAAATATG-GATATAAGTGA-TT--TTTTTCCTTTC-TG--GGC--AAC-AAA-----T-T-TTTA-----A-T-TTTAAAATAAAA----TTG--GAGGAAA----AAC--ATTGT-TCCAGCTGCA-ATAT---AT-AATAGAA
gi|104513 : TCCGACAAATCTTGA-TT-A----GCTAGGC---T-AAT-GG-TCAAACTAAA----T------A--TCAATCAA-CCAGTA----TGCTCAC-TT---CAAA-AT--TATGAAA-ATATTTGA-TT--TTT-------CTTG--GCC--A-T-AAACTTAGT-T-AT-------A-T-TT---------A------G--AAAGAAACAACAAA--AT-GTCTCCAGCT
gi|104514 : TCCGA--AAT-T-GA-TA-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----T
gi|104515 : CGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--C--A-CAA-C----A----TA--CAC-TT---GAAA-A---TATG-TA-ATA--TGA-CT--TTT-------C-TG--GCC--A-T-AAA-----C-T-AT-A-----A-T-T---------------G--------------------------TCCAGCCATA-ATAT---AT-AATAG
gi|104516 : A--AAT-TTGA-TTCA----GAGAGGCCCCTGAATTGG-TCAA--TGTA----TATATCTA--C--A-CAAAT----A----TATTCAC-TTTTCC--------TATGGAA-ATA--TGA-TT--TTT-------C-TG--GCCA-A-T-AAAAT---T-T-AT-AC----A-TGTT---------A----GTAGTGAGAGAA----AAA--A
gi|104517 : GAAGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TAAAT--A-CAA-C----AACAATATCCAC-TT---TA-------TCCA-AA-ATA--TGG-AT--TTT-------C-TG--TGCCAA-T-AAA-----C-T-AT-A-------T-CT---------A----GTG--GAGAGAA----AAA--AA-AT-TCCAGCCATA-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104505 : TG-GA-ATA--T----T--TTT-------C-TC--TCC--A-CTAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A-----TG--ATCAGAA----AAATCAT-GT-TTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111111111
lowQualScore : 33 2 2 2 5555 444 2 2 33 5555 55555 33 55 2 5555 5555 2 444 444 2 2 2 5 2 33 33 2 2 5555 11111111 2 2 2 1111111 2 2 88888 2 2 000000000 5555 33 66666 2 2 555 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . . .. .... ..... .. .. . .... .... . ... ... . . . . . .. .. . . .... ........ . . . ....... . . ..... . . ......... .... .. ..... . . ... .
lowQualScore : 44 5 5 5 3333 111 4 4 22 0000 99999 44 99 5 3333 3333 5 444 444 5 5 5 0 5 44 44 5 5 3333 66666666 5 5 5 1111111 5 5 88888 5 5 000000000 3333 44 22222 7 7 000 9
consensus : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
Reference ( family-938 ) : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104501 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104502 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA-----A----T-----TA--TAT-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA----T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-TA-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGC-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104503 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GATTTT-TTC----T--------G-GCC-A-AAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAT-----AAAAT-GT-TCCAGCTACAATAT---AT-AATAAAAT
gi|104504 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-AG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-TAAT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAG-----AAAAT-GT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104505 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---CAAAA---T---TG-AA-A-CA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104506 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---C-AAA---T-ATTG-AA-A--A--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----ATT-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104507 : TTCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--AAA-C----A----TATCCAT-TT---CAATA---C-A-TG-AA-A-AA--T--GA-TCT-TTG----T--------G-GTC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--G-GGGGA-----AAAGT-GT-TCCACCTATAATTT---AT-AATAGGAT
gi|104508 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAC-----TAT-AT-A-----A---TT---------A----GTG--GAGAGAG-----AATAT-GT-TCCAGCCAT-ATAT---AT-AATAGAGT
gi|104509 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-C----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-A----A----TATCCAA-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TAC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TC---------A----GCG--GAGAGAA-----AAATT-GT-TCCAGCTATAATTTCTCAT-AAT
gi|104510 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAGG-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAG-T----A----TACTTAC-TT---CAAAA---G-A-TG--A-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GAC-A-TGAA-----A-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAGT-GT-TCCAACTTTAATGT---AT-AATGGAAT
gi|104511 : TCCGG--AAT-TTGAATT-A----ATG--GC---TGAAT-GGGTCAG--AGAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---TAAAA---T-A-TA-AACA-TA--T--GA-TTTGTTCCTGTT--------G-GCA-G-CAAA-----A-T-AT-ATGGTGA-G-TT---------ATAATGTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCATGCTGCAGTAT---ATCAATAAA
gi|104512 : TCCGA--AAT-TTTA-TT-ATTAAAAGATGC---TGAAA-GG-TCAA--TAAAATTAT-----TA--T---CAA-C----A----TATCTCCATT---CAAAAAAAT-A-TG-GATA-TAAGT--GA-TTT-TTT----TCCTTTCTGG-GCA-A-CAAA-----T-T-TTTA-----A-T-TTTAAAATAAAA----TTG--GAGGAAA-----AACATTGT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAA
gi|104513 : TCCGACAAATCTTGA-TT-A----GCTAGGC---T-AAT-GG-TCAAACTAAA----T-----AT--CAATCAA-CCAGTA----TGCTCAC-TT---CAAAA---TTA-TG-AA-AATA--TTTGA-TTT-TTC----TT-------G-GCC-A-TAAACTTAGT-T-AT-------A-T-TT---------A---------GAAAGAAACAACAAAAT-GTCTCCAGCT
gi|104514 : TCCGA--AAT-T-GA-TA-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----T
gi|104515 : CGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TA--CAC-TT---GAAAA---T-A-TG-TA-A-TA--T--GA-CTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-T---------------G-------------------------TCCAGCCATAATAT---AT-AATAG
gi|104516 : A--AAT-TTGA-TTCA----GAGAGGCCCCTGAATTGG-TCAA--TGTA----TATATCTA--CA--CAAAT----A----TATTCAC-TTTTCC-------T-A-TGGAA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCCAA-TAAAAT---T-T-AT-AC----A-TGTT---------A----GTAGTGAGAGAA-----AAAA
gi|104517 : GAAGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TAAATA--CAA-C----AACAATATCCAC-TT---TA------T-C-CA-AA-A-TA--T--GG-ATT-TTC----T--------GTGCC-AATAAA-----C-T-AT-A-------T-CT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAA-AT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111111111
lowQualScore : 33 2 2 2 5555 444 2 2 33 5555 55555 33 55 2 5555 5555 2 444 444 2 2 2 5 2 33 33 2 2 5555 11111111 2 2 2 1111111 2 2 88888 2 2 000000000 5555 33 66666 2 2 555 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . . .. .... ..... .. .. . .... .... . ... ... . . . . . .. .. . . .... ........ . . . ....... . . ..... . . ......... .... .. ..... . . ... .
lowQualScore : 44 5 5 5 3333 111 4 4 22 0000 99999 44 99 5 3333 3333 5 444 444 5 5 5 0 5 44 44 5 5 3333 66666666 5 5 5 1111111 5 5 88888 5 5 000000000 3333 44 22222 7 7 000 9
consensus : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
Reference ( family-938 ) : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104501 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104502 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA-----A----T-----TA--TAT-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA----T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-TA-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGC-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104503 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GATTTT-TTC----T--------G-GCC-A-AAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAT-----AAAAT-GT-TCCAGCTACAATAT---AT-AATAAAAT
gi|104504 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-AG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-TAAT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAG-----AAAAT-GT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104505 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---CAAAA---T---TG-AA-A-CA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104506 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---C-AAA---T-ATTG-AA-A--A--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----ATT-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104507 : TTCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--AAA-C----A----TATCCAT-TT---CAATA---C-A-TG-AA-A-AA--T--GA-TCT-TTG----T--------G-GTC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--G-GGGGA-----AAAGT-GT-TCCACCTATAATTT---AT-AATAGGAT
gi|104508 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAC-----TAT-AT-A-----A---TT---------A----GTG--GAGAGAG-----AATAT-GT-TCCAGCCAT-ATAT---AT-AATAGAGT
gi|104509 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-C----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-A----A----TATCCAA-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TAC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TC---------A----GCG--GAGAGAA-----AAATT-GT-TCCAGCTATAATTTCTCAT-AAT
gi|104510 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAGG-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAG-T----A----TACTTAC-TT---CAAAA---G-A-TG--A-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GAC-A-TGAA-----A-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAGT-GT-TCCAACTTTAATGT---AT-AATGGAAT
gi|104511 : TCCGG--AAT-TTGAATT-A----ATG--GC---TGAAT-GGGTCAG--AGAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---TAAAA---T-A-TA-AACA-TA--T--GA-TTTGTTCCTGTT--------G-GCA-G-CAAA-----A-T-AT-ATGGTGA-G-TT---------ATAATGTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCATGCTGCAGTAT---ATCAATAAA
gi|104512 : TCCGA--AAT-TTTA-TT-ATTAAAAGATGC---TGAAA-GG-TCAA--TAAAATTAT-----TA--T---CAA-C----A----TATCTCCATT---CAAAAAAAT-A-TG-GATA-TAAGT--GA-TTT-TTT----TCCTTTCTGG-GCA-A-CAAA-----T-T-TTTA-----A-T-TTTAAAATAAAA----TTG--GAGGAAA-----AACATTGT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAA
gi|104513 : TCCGACAAATCTTGA-TT-A----GCTAGGC---T-AAT-GG-TCAAACTAAA----T-----AT--CAATCAA-CCAGTA----TGCTCAC-TT---CAAAA---TTA-TG-AA-AATA--TTTGA-TTT-TTC----TT-------G-GCC-A-TAAACTTAGT-T-AT-------A-T-TT---------A---------GAAAGAAACAACAAAAT-GTCTCCAGCT
gi|104514 : TCCGA--AAT-T-GA-TA-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----T
gi|104515 : CGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TA--CAC-TT---GAAAA---T-A-TG-TA-A-TA--T--GA-CTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-T---------------G-------------------------TCCAGCCATAATAT---AT-AATAG
gi|104516 : A--AAT-TTGA-TTCA----GAGAGGCCCCTGAATTGG-TCAA--TGTA----TATATCTA--CA--CAAAT----A----TATTCAC-TTTTCC-------T-A-TGGAA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCCAA-TAAAAT---T-T-AT-AC----A-TGTT---------A----GTAGTGAGAGAA-----AAAA
gi|104517 : GAAGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TAAATA--CAA-C----AACAATATCCAC-TT---TA------T-C-CA-AA-A-TA--T--GG-ATT-TTC----T--------GTGCC-AATAAA-----C-T-AT-A-------T-CT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAA-AT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT
blockSeqs : CA C A C TTAA CCC T G AC ATTA ATATC AA AT A CAGT ACAA A TTC AAA T T G C A AG TT T G CTGT CCTTTCTG T A A CTTAGT A T TGGTG T G TAAAATAAA TAAT GT ACAAC T C CTC C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . ATT . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
finalCons : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111111111
lowQualScore : 33 2 2 2 5555 444 2 2 33 5555 55555 33 55 2 5555 5555 2 444 444 2 2 2 5 2 33 33 2 2 5555 11111111 2 2 2 1111111 2 2 88888 2 2 000000000 5555 33 66666 2 2 555 2
lowQualScore : .. . . . .... ... . . .. .... ..... .. .. . .... .... . ... ... . . . . . .. .. . . .... ........ . . . ....... . . ..... . . ......... .... .. ..... . . ... .
lowQualScore : 44 5 5 5 3333 111 4 4 22 0000 99999 44 99 5 3333 3333 5 444 444 5 5 5 0 5 44 44 5 5 3333 66666666 5 5 5 1111111 5 5 88888 5 5 000000000 3333 44 22222 7 7 000 9
consensus : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
Reference ( family-938 ) : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104501 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104502 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA-----A----T-----TA--TAT-CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAA----T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GGC-A-CAAA-----T-T-TA-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCCAGCTGC-ATAT---AT-AATAGAAT
gi|104503 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GATTTT-TTC----T--------G-GCC-A-AAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAT-----AAAAT-GT-TCCAGCTACAATAT---AT-AATAAAAT
gi|104504 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-AG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-TAAT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GTGAGAG-----AAAAT-GT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT
gi|104505 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---CAAAA---T---TG-AA-A-CA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104506 : TCCGT--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-T----A----AAACCAC-TT---C-AAA---T-ATTG-AA-A--A--T--GA-TTT-TTC----T--------G-ATC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----ATT-TT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAT-AT-TCCAGCTATAATAT---TT-AATAGAAT
gi|104507 : TTCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--AAA-C----A----TATCCAT-TT---CAATA---C-A-TG-AA-A-AA--T--GA-TCT-TTG----T--------G-GTC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--G-GGGGA-----AAAGT-GT-TCCACCTATAATTT---AT-AATAGGAT
gi|104508 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AACAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TATGCAC-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAC-----TAT-AT-A-----A---TT---------A----GTG--GAGAGAG-----AATAT-GT-TCCAGCCAT-ATAT---AT-AATAGAGT
gi|104509 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-C----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCGA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-A----A----TATCCAA-TT---CAAAA---T-A-TG-AA-A-TA--T--GA-TTT-TAC----T--------G-GCC-A-TAAA-----T-T-AT-A-----A-T-TC---------A----GCG--GAGAGAA-----AAATT-GT-TCCAGCTATAATTTCTCAT-AAT
gi|104510 : TCCGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TGAGG-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAG-T----A----TACTTAC-TT---CAAAA---G-A-TG--A-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GAC-A-TGAA-----A-T-AT-A-----A-T-TT---------A----GTG--GAGAG-A-----AAAGT-GT-TCCAACTTTAATGT---AT-AATGGAAT
gi|104511 : TCCGG--AAT-TTGAATT-A----ATG--GC---TGAAT-GGGTCAG--AGAA----T-----TA--TA--CAA-C----A----TATCCAC-TT---TAAAA---T-A-TA-AACA-TA--T--GA-TTTGTTCCTGTT--------G-GCA-G-CAAA-----A-T-AT-ATGGTGA-G-TT---------ATAATGTG--GAGGGAA-----AAAAT-GT-TCATGCTGCAGTAT---ATCAATAAA
gi|104512 : TCCGA--AAT-TTTA-TT-ATTAAAAGATGC---TGAAA-GG-TCAA--TAAAATTAT-----TA--T---CAA-C----A----TATCTCCATT---CAAAAAAAT-A-TG-GATA-TAAGT--GA-TTT-TTT----TCCTTTCTGG-GCA-A-CAAA-----T-T-TTTA-----A-T-TTTAAAATAAAA----TTG--GAGGAAA-----AACATTGT-TCCAGCTGCAATAT---AT-AATAGAA
gi|104513 : TCCGACAAATCTTGA-TT-A----GCTAGGC---T-AAT-GG-TCAAACTAAA----T-----AT--CAATCAA-CCAGTA----TGCTCAC-TT---CAAAA---TTA-TG-AA-AATA--TTTGA-TTT-TTC----TT-------G-GCC-A-TAAACTTAGT-T-AT-------A-T-TT---------A---------GAAAGAAACAACAAAAT-GTCTCCAGCT
gi|104514 : TCCGA--AAT-T-GA-TA-A----AAGAGGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----T
gi|104515 : CGA--AAT-TTGA-TT-A----AAGAGGC---TAAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TA--CA--CAA-C----A----TA--CAC-TT---GAAAA---T-A-TG-TA-A-TA--T--GA-CTT-TTC----T--------G-GCC-A-TAAA-----C-T-AT-A-----A-T-T---------------G-------------------------TCCAGCCATAATAT---AT-AATAG
gi|104516 : A--AAT-TTGA-TTCA----GAGAGGCCCCTGAATTGG-TCAA--TGTA----TATATCTA--CA--CAAAT----A----TATTCAC-TTTTCC-------T-A-TGGAA-A-TA--T--GA-TTT-TTC----T--------G-GCCAA-TAAAAT---T-T-AT-AC----A-TGTT---------A----GTAGTGAGAGAA-----AAAA
gi|104517 : GAAGC---TGAAT-GG-TCAA--TAAA----T-----TAAATA--CAA-C----AACAATATCCAC-TT---TA------T-C-CA-AA-A-TA--T--GG-ATT-TTC----T--------GTGCC-AATAAA-----C-T-AT-A-------T-CT---------A----GTG--GAGAGAA-----AAAAA-AT-TCCAGCCATAATAT---AT-AATAGAAT