lowQualScore : 1111 111 1111 2 3333
lowQualScore : 4 3 333 3 3 88888 44 3 3 2 77 555 7777 3 3 3 3 3 3 555 44 44 3 6666 555 7777 3 6 44 3 0000 2 1 888 0 3 44 3 3 3 3 3 3 000 3 7777 2222 555 44 3 3 3 1 4 55 3 4 4 0000 0 4
lowQualScore : . . ... . . ..... .. . . . .. ... .... . . . . . . ... .. .. . .... ... .... . . .. . .... . . ... . . .. . . . . . . ... . .... .... ... .. . . . . . .. . . . .... . .
lowQualScore : 4 3 888 3 3 77777 66 3 3 9 99 888 1111 3 3 3 3 3 3 444 22 22 1 5555 888 1111 3 7 66 3 4444 5 0 888 8 3 22 1 1 1 1 1 3 000 6 7777 9999 888 66 6 6 6 6 4 00 6 0 0 1111 8 0
consensus : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGA---CAGA--AAAA-TAC-AT-TTTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCAAC-ATT-ATCAA-G-TTTAATGAA-CTAATGAA
Reference ( gi|131704 ) : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGA---CAGA--AAAA-TAC-AT-TTTAATATAAGGTTT--TGTAAAAATCCCAAC-ATT-ATCAC-GTTTTAATGAA-CTAATGAA
gi|131705 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--CA--AT-C-ATCG--T---T----TTTCCTATAGA-AAT-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GGTA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---AT-TTT----TTTTTA----ACGA---CAGA--AAAA-TAC-AT-TTTAATGAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCAAC-ATT-ATCAA-G-TTTAAAGAA-CTAATAAA
gi|131707 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAACTAAT-A-G-GA-G-AACCTA--CA--AT-C-ACCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TTGTAGATGG-AATA-AC-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTAATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-G------G-TTT----TTTCAA----ACGA---CAGA--AAAA-TAC-AT-TTTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACTCCAAC-ATT-ATCAA-G-TTTAATGAA-CTAA
gi|131708 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T---GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TC-TCTATAGA-AAC-T-GTAGATGGAAATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTT-A-G----GAAA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAA-AACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATTAA-TATT-ATGGA-AT-TG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGA---CAAG--AAAA-TAC-A--TTTAATAAAAGG-TT--TGTAAAAA-ACCAAC-ATT-ATATC-AGTTTAATGAA-CTAATGAA
gi|131706 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-GAAACCTG--CA--AT-CGATCGT-T---T----TT-CCTATAGA-ATA-TGGTAGATGG-AATACATAATTGAA---AAGGAA--ATTTAAGG----GATA---TGTA----CAGATGTT--G-TAAT---TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATTAATGGA-ATGTG-A-TATGTT-TTT----TTTTAA----CCGA---CAGA--AAAAGTACAAT-TTTAATGAAAGG-TT--TGTAAAAACCCCAACAATT-ATCAA-G-TTTAAAGAA-CTAA
gi|131709 : AAGATTTAAGGATTTACATTAGCTAAAAT-T-GAAG-AACC-GATTA--ATTC-A-CG--T---T----TT-CCTATAAA-CACTTCGTAGATGG--ATA-AT-ATTGAA---A--GCATTATATAG-GTATTGAT----TTTAAAACCA-ATGAT--GTTAC----TAA-AACGGC-T--C-GTGATGAATCTTC----T-ACTATT-ATGGA-ATGTG-AGT---TT-TTT----TTTCAACGACACGA---CAGAACAAAA-TAC-ATATTTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCAAC-AAT-ATCAA-GTTTTAATGAA-CTAATGAA
gi|131710 : AGATTTAAGGTTC-ACATTAACTAA----T-GA-G-AACTTC--TA--AT-C-ATCC--T---C----TT-CCTGTAGA-AAC-TGGTAAATGT-AAAA-AT-ATTGAA---A--TAA--GTTTGT-G----GA
gi|131711 : GATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-A-AAC-TG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTA-AGAGAAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-TA--TT-TTT----TTTCAAACG-ACGA---CAG---AAAA-TAC-AT-TTTATTAAAAGG-TT--TGTAAAAATCCCAAC-ATT-ATCAA-G-TTTAATGAA-CTAATGAA
gi|131712 : GATTTAAGGATC-ACGTTAACTAAA-TATAGC-G-ATTTTG--TATAAT-G-ATCGCCT---TGAAATT-CCTGTAGA-GGC-TGGTAGATGG-A-CA-AC-ATTACA---A--GGA--ATTTGG-G----GACA---TGCA----CA-AAG-T--G-TGA----TTGCA---GTAT----------AGT-TTC--ATT-A-TTTC-ACGGA-GTATACA-T---TT-TTT----TTTTAA----ATCA---CAGA--AAAA-TAT-A--TCTAACGAAAGATTT--TGGAAAGGCCTCA-------ATTAC-GTTTGA--GAAGTTAATGAA
gi|131713 : TT-ACATTAGCAAAA-T-T-TA-G-AACTAG--TA--AT-C-ACAA--A---T----TA-CCTATTAA-GAC-AGGCAGATGG-AGTG-GT-GT---ACCCA--GAA--ACGAGA-G----AATA---TGTA----CT-TTA-T--G-TAA-----A--AATGGTAT--AGGCCATGAAT-TTC--ATT-A-CATA-ATGGT-TTGTG-C-T---GC-TTT----AATTAA----GTGATATTAGA--AAA
gi|131714 : ATTAATCAAA-T-T-TA-G-AACAAC--TA--AT-C-ATCA--T---T----TT-CCTGCTGA-AAT-AGGTAG-TGG-AGTG-GT-ACTAA--------------TGAA-C----GATAGACTGTG----CC-ATC-TCTG-TAA----TGGCAACAAAAT--TGGAGATGAGT-ATC--AGT-A-TTTA-ATGGA-ATGTG-tgttatttacttactaaatatacaaaaagaccaatgtcataaatttt
gi|131715 : TAAA-T-T-TT-G-AACTAC--CA--AC-C-ACCC--T---C----TT-TCTGTTGA-AGT-AGGCAGATGG-GATA-AT-ATTGAA---A--GGA--ACGAAC-G----CTTT---TGTA----TA-TTT-T--G-CAACTGTTACCAA----AT--TGGAGATGGAT-TTCAAATT-A-TGTT-CTGGA-ATGTA-A-
gi|131716 : AAA-T-T-TA-G-AACACG--TA--A--C-A-CG--TAAGT----TG-CCTATAGA-GAC-AGGAAGGTGG-CAAA-AC-ATCCCA---C--GAA--ATCAAA-G----AAAA---TGTA----AA-ATC-T--G-TAA----CAAAAATAAAAT--TGGAGACGAAT-ATC--A-T-A-AGTT-ATTTACATGTG-A-T---TCATTTATTATTTCAA----ATG----CAAG--GGAA-TA--AT-TTTTATA
gi|131717 : GGA---A--GA-----TTAA-G----GACA---TGTA----CA--TG-A--G-GGG----CTACAACAGAATTACAGTGACGAAT-TTC--ATT-A-TGTC-GTGGA-ATGCA-C-T---TT-TTG----TTTCAA----ACGA---CAGA--AAAA-CCC-AT-CTTAACA-AAAATTA--TGTGAAAACCCCAAG-ACTGATTACAAAATTAATG-A-TTAATGA
gi|131718 : C--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TT--AA----ACGA---CAGA--AAAA-TAG-AT-TTTGATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCAA
gi|131719 : CAA----ACAA---CAGG--AAAA-TAC-AT-TTCAATA-AAGGTTT--TGTAAAAACCCTATT-ATT-ATCAA-G-TTCAATGAA-
gi|131720 : GATTTGATGTAAAAATCCCAAC-ATT-ATCAA-G-TTTAATG-A-CT-ATGAA
Alignments
lowQualScore : 4 3 3 3 3 3 55555 44 3 3 2 77 555 6666 3 3 3 3 3 3 555 33 33 2 6666 555 6666 3 6 44 3 9999 1 0 777 3 33 2 2 2 2 2 3 999 3 7777 6666 44 999 3 444 3 555 4 44 1 44 77 44 6
lowQualScore : . . . . . . ..... .. . . . .. ... .... . . . . . . ... .. .. . .... ... .... . . .. . .... . . ... . .. . . . . . . ... . .... .... .. ... . ... . ... . .. . .. .. .. .
lowQualScore : 0 1 1 1 1 1 88888 22 1 1 0 33 444 5555 1 1 1 1 1 1 000 99 99 9 1111 444 5555 1 2 22 1 6666 5 2 444 1 99 9 9 9 9 9 1 222 3 1111 5555 22 666 1 444 1 444 2 22 9 22 99 66 7
consensus : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
Reference ( family-936 ) : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131704 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATATAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCACGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131705 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--CA--AT-C-ATCG--T---T----TTTCCTATAGA-AAT-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GGTA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---AT-TTT----TTTTTA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATGAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAATAAA
gi|131706 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-GAAACCTG--CA--AT-CGATCGT-T---T----TT-CCTATAGA-ATA-TGGTAGATGG-AATACATAATTGAA---AAGGAA--ATTTAAGG----GATA---TGTA----CAGATGTT--G-TAAT---TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATTAATGGA-ATGTG-A-TATGTT-TTT----TTTTAA----CCGACA--GA---AAAAGTA-CAAT-T---TTAATGAAAGG-TT--TGTAAAAACCCCA--ACA-AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAA
gi|131707 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAACTAAT-A-G-GA-G-AACCTA--CA--AT-C-ACCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TTGTAGATGG-AATA-AC-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTAATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-G------G-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACTCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAA
gi|131708 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T---GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TC-TCTATAGA-AAC-T-GTAGATGGAAATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTT-A-G----GAAA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAA-AACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATTAA-TATT-ATGGA-AT-TG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--AG---AAAA-TA-C-A--T---TTAATAAAAGG-TT--TGTAAAAA-ACCA--AC--ATTATATC-AG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131709 : AAGATTTAAGGATTTACATTAGCTAAAAT-T-GAAG-AACC-GATTA--ATTC-A-CG--T---T----TT-CCTATAAA-CACTTCGTAGATGG--ATA-AT-ATTGAA---A--GCATTATATAG-GTATTGAT----TTTAAAACCA-ATGAT--GTTAC----TAA-AACGGC-T--C-GTGATGAATCTTC----T-ACTATT-ATGGA-ATGTG-AGT---TT-TTT----TTTCAACGACACGACA--GAAC-AAAA-TA-C-ATAT---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AA--TATCAAGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131710 : AGATTTAAGGTTC-ACATTAACTAA----T-GA-G-AACTTC--TA--AT-C-ATCC--T---C----TT-CCTGTAGA-AAC-TGGTAAATGT-AAAA-AT-ATTGAA---A--TAA--GTTTGT-G----GA
gi|131711 : GATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-A-AAC-TG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTA-AGAGAAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-TA--TT-TTT----TTTCAA----ACGAC---GACAGAAAA-TA-C-AT-T---TTATTAAAAGG-TT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131712 : GATTTAAGGATC-ACGTTAACTAAA-TATAGC-G-ATTTTG--TATAAT-G-ATCGCCT---TGAAATT-CCTGTAGA-GGC-TGGTAGATGG-A-CA-AC-ATTACA---A--GGA--ATTTGG-G----GACA---TGCA----CA-AAG-T--G-TGA----TTGCA---GTAT----------AGT-TTC--ATT-A-TTTC-ACGGA-GTATACA-T---TT-TTT----TTTTAA----ATCACA--GA---AAAA-TA-T-A--T---CTAACGAAAGATTT--TGGAAAGGCCTCA------AT--TAC---G-TTTGAGAAGTTAATGAA
gi|131713 : TT-ACATTAGCAAAA-T-T-TA-G-AACTAG--TA--AT-C-ACAA--A---T----TA-CCTATTAA-GAC-AGGCAGATGG-AGTG-GT-GT---ACCCA--GAA--ACGAGA-G----AATA---TGTA----CT-TTA-T--G-TAA-----A--AATGGTAT--AGGCCATGAAT-TTC--ATT-A-CATA-ATGGT-TTGTG-C-T---GC-TTT----AATTAA----GTGATATTAG---AAAA-TGTT-AT-TTACTTACTAAA----TA--TACAAAAAGACCA--AT--GT--CATAAAT-TTT
gi|131714 : ATTAATCAAA-T-T-TA-G-AACAAC--TA--AT-C-ATCA--T---T----TT-CCTGCTGA-AAT-AGGTAG-TGG-AGTG-GT-ACTAA--------------TGAA-C----GATAGACTGTG----CC-ATC-TCTG-TAA----TGGCAACAAAAT--TGGAGATGAGT-ATC--AGT-A-TTTA-ATGGA-ATGTG-
gi|131715 : TAAA-T-T-TT-G-AACTAC--CA--AC-C-ACCC--T---C----TT-TCTGTTGA-AGT-AGGCAGATGG-GATA-AT-ATTGAA---A--GGA--ACGAAC-G----CTTT---TGTA----TA-TTT-T--G-CAACTGTTACCAA----AT--TGGAGATGGAT-TTCAAATT-A-TGTT-CTGGA-ATGTA-A-
gi|131716 : AAA-T-T-TA-G-AACACG--TA--A--C-A-CG--TAAGT----TG-CCTATAGA-GAC-AGGAAGGTGG-CAAA-AC-ATCCCA---C--GAA--ATCAAA-G----AAAA---TGTA----AA-ATC-T--G-TAA----CAAAAATAAAAT--TGGAGACGAAT-ATC--A-T-A-AGTT-ATTTACATGTG-A-T---TCATTTATTATTTCAA----ATG-CA--AG---GGAA-TA---AT-T---TTTATA
gi|131717 : GGA---A--GA-----TTAA-G----GACA---TGTA----CA--TG-A--G-GGG----CTACAACAGAATTACAGTGACGAAT-TTC--ATT-A-TGTC-GTGGA-ATGCA-C-T---TT-TTG----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-CC-C-AT-C---TTAACAAAA-ATTA--TGTGAAAACCCCAAGACTGAT--TA-CAAA-ATTAATG-ATTAATGA
gi|131718 : C--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TT--AA----ACGACA--GA---AAAA-TA-G-AT-T---TTGATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--A
gi|131719 : CAA----ACAACA--GG---AAAA-TA-C-AT-T---TCAATAAA-GGTTT--TGTAAAAACCCTA--TT--AT--TATCAAG-TTCAATGAAC
gi|131720 : GATTTGATGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATG-ACT-ATGAA
Alignments
lowQualScore : 4 3 3 3 3 3 55555 44 3 3 2 77 555 6666 3 3 3 3 3 3 555 33 33 2 6666 555 6666 3 6 44 3 9999 1 0 777 3 33 2 2 2 2 2 3 999 3 7777 6666 44 999 3 444 3 555 4 44 1 44 77 44 6
lowQualScore : . . . . . . ..... .. . . . .. ... .... . . . . . . ... .. .. . .... ... .... . . .. . .... . . ... . .. . . . . . . ... . .... .... .. ... . ... . ... . .. . .. .. .. .
lowQualScore : 0 1 1 1 1 1 88888 22 1 1 0 33 444 5555 1 1 1 1 1 1 000 99 99 9 1111 444 5555 1 2 22 1 6666 5 2 444 1 99 9 9 9 9 9 1 222 3 1111 5555 22 666 1 444 1 444 2 22 9 22 99 66 7
consensus : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
Reference ( family-936 ) : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131704 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATATAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCACGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131705 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--CA--AT-C-ATCG--T---T----TTTCCTATAGA-AAT-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GGTA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---AT-TTT----TTTTTA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATGAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAATAAA
gi|131706 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-GAAACCTG--CA--AT-CGATCGT-T---T----TT-CCTATAGA-ATA-TGGTAGATGG-AATACATAATTGAA---AAGGAA--ATTTAAGG----GATA---TGTA----CAGATGTT--G-TAAT---TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATTAATGGA-ATGTG-A-TATGTT-TTT----TTTTAA----CCGACA--GA---AAAAGTA-CAAT-T---TTAATGAAAGG-TT--TGTAAAAACCCCA--ACA-AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAA
gi|131707 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAACTAAT-A-G-GA-G-AACCTA--CA--AT-C-ACCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TTGTAGATGG-AATA-AC-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTAATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-G------G-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACTCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAA
gi|131708 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T---GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TC-TCTATAGA-AAC-T-GTAGATGGAAATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTT-A-G----GAAA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAA-AACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATTAA-TATT-ATGGA-AT-TG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--AG---AAAA-TA-C-A--T---TTAATAAAAGG-TT--TGTAAAAA-ACCA--AC--ATTATATC-AG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131709 : AAGATTTAAGGATTTACATTAGCTAAAAT-T-GAAG-AACC-GATTA--ATTC-A-CG--T---T----TT-CCTATAAA-CACTTCGTAGATGG--ATA-AT-ATTGAA---A--GCATTATATAG-GTATTGAT----TTTAAAACCA-ATGAT--GTTAC----TAA-AACGGC-T--C-GTGATGAATCTTC----T-ACTATT-ATGGA-ATGTG-AGT---TT-TTT----TTTCAACGACACGACA--GAAC-AAAA-TA-C-ATAT---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AA--TATCAAGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131710 : AGATTTAAGGTTC-ACATTAACTAA----T-GA-G-AACTTC--TA--AT-C-ATCC--T---C----TT-CCTGTAGA-AAC-TGGTAAATGT-AAAA-AT-ATTGAA---A--TAA--GTTTGT-G----GA
gi|131711 : GATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-A-AAC-TG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTA-AGAGAAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-TA--TT-TTT----TTTCAA----ACGAC---GACAGAAAA-TA-C-AT-T---TTATTAAAAGG-TT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131712 : GATTTAAGGATC-ACGTTAACTAAA-TATAGC-G-ATTTTG--TATAAT-G-ATCGCCT---TGAAATT-CCTGTAGA-GGC-TGGTAGATGG-A-CA-AC-ATTACA---A--GGA--ATTTGG-G----GACA---TGCA----CA-AAG-T--G-TGA----TTGCA---GTAT----------AGT-TTC--ATT-A-TTTC-ACGGA-GTATACA-T---TT-TTT----TTTTAA----ATCACA--GA---AAAA-TA-T-A--T---CTAACGAAAGATTT--TGGAAAGGCCTCA------AT--TAC---G-TTTGAGAAGTTAATGAA
gi|131713 : TT-ACATTAGCAAAA-T-T-TA-G-AACTAG--TA--AT-C-ACAA--A---T----TA-CCTATTAA-GAC-AGGCAGATGG-AGTG-GT-GT---ACCCA--GAA--ACGAGA-G----AATA---TGTA----CT-TTA-T--G-TAA-----A--AATGGTAT--AGGCCATGAAT-TTC--ATT-A-CATA-ATGGT-TTGTG-C-T---GC-TTT----AATTAA----GTGATATTAG---AAAA-TGTT-AT-TTACTTACTAAA----TA--TACAAAAAGACCA--AT--GT--CATAAAT-TTT
gi|131714 : ATTAATCAAA-T-T-TA-G-AACAAC--TA--AT-C-ATCA--T---T----TT-CCTGCTGA-AAT-AGGTAG-TGG-AGTG-GT-ACTAA--------------TGAA-C----GATAGACTGTG----CC-ATC-TCTG-TAA----TGGCAACAAAAT--TGGAGATGAGT-ATC--AGT-A-TTTA-ATGGA-ATGTG-
gi|131715 : TAAA-T-T-TT-G-AACTAC--CA--AC-C-ACCC--T---C----TT-TCTGTTGA-AGT-AGGCAGATGG-GATA-AT-ATTGAA---A--GGA--ACGAAC-G----CTTT---TGTA----TA-TTT-T--G-CAACTGTTACCAA----AT--TGGAGATGGAT-TTCAAATT-A-TGTT-CTGGA-ATGTA-A-
gi|131716 : AAA-T-T-TA-G-AACACG--TA--A--C-A-CG--TAAGT----TG-CCTATAGA-GAC-AGGAAGGTGG-CAAA-AC-ATCCCA---C--GAA--ATCAAA-G----AAAA---TGTA----AA-ATC-T--G-TAA----CAAAAATAAAAT--TGGAGACGAAT-ATC--A-T-A-AGTT-ATTTACATGTG-A-T---TCATTTATTATTTCAA----ATG-CA--AG---GGAA-TA---AT-T---TTTATA
gi|131717 : GGA---A--GA-----TTAA-G----GACA---TGTA----CA--TG-A--G-GGG----CTACAACAGAATTACAGTGACGAAT-TTC--ATT-A-TGTC-GTGGA-ATGCA-C-T---TT-TTG----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-CC-C-AT-C---TTAACAAAA-ATTA--TGTGAAAACCCCAAGACTGAT--TA-CAAA-ATTAATG-ATTAATGA
gi|131718 : C--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TT--AA----ACGACA--GA---AAAA-TA-G-AT-T---TTGATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--A
gi|131719 : CAA----ACAACA--GG---AAAA-TA-C-AT-T---TCAATAAA-GGTTT--TGTAAAAACCCTA--TT--AT--TATCAAG-TTCAATGAAC
gi|131720 : GATTTGATGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATG-ACT-ATGAA
blockSeqs : T A A A A A CGAT TA T G T CC AAG GAAA T G T A C A CCC AG TT G TATT GAC AAAC G T CT T CTGT C TAC C AA A C A C C G ATG A ATTA CGAC TT CAG G CA A TAC T GA C AG TG TA T
blockSeqs : . . . . . . CTG . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T C T . . . . . . . . A . . . . AC . TT . . T . C . A . .
blockSeqs : . . . . . . CTG . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . CTA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . CTG . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTC . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTG . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . TAG . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . AAC . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . TAC . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . ACG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
finalCons : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
Alignments
lowQualScore : 4 3 3 3 3 3 55555 44 3 3 2 77 555 6666 3 3 3 3 3 3 555 33 33 2 6666 555 6666 3 6 44 3 9999 1 0 777 3 33 2 2 2 2 2 3 999 3 7777 6666 44 999 3 444 3 555 4 44 1 44 77 44 6
lowQualScore : . . . . . . ..... .. . . . .. ... .... . . . . . . ... .. .. . .... ... .... . . .. . .... . . ... . .. . . . . . . ... . .... .... .. ... . ... . ... . .. . .. .. .. .
lowQualScore : 0 1 1 1 1 1 88888 22 1 1 0 33 444 5555 1 1 1 1 1 1 000 99 99 9 1111 444 5555 1 2 22 1 6666 5 2 444 1 99 9 9 9 9 9 1 222 3 1111 5555 22 666 1 444 1 444 2 22 9 22 99 66 7
consensus : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
Reference ( family-936 ) : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131704 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATATAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCACGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131705 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-G-AACCTG--CA--AT-C-ATCG--T---T----TTTCCTATAGA-AAT-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GGTA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---AT-TTT----TTTTTA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATGAAAGGTTT--TGTAAAAACCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAATAAA
gi|131706 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-GAAACCTG--CA--AT-CGATCGT-T---T----TT-CCTATAGA-ATA-TGGTAGATGG-AATACATAATTGAA---AAGGAA--ATTTAAGG----GATA---TGTA----CAGATGTT--G-TAAT---TAACAACAGCAT--TGGTGATGGAT-TTC--ATT-A-TATTAATGGA-ATGTG-A-TATGTT-TTT----TTTTAA----CCGACA--GA---AAAAGTA-CAAT-T---TTAATGAAAGG-TT--TGTAAAAACCCCA--ACA-AT--TATCAAG-TTTAAAGAACTAA
gi|131707 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAACTAAT-A-G-GA-G-AACCTA--CA--AT-C-ACCG--T---T----TT-CCTATAGA-AAC-TTGTAGATGG-AATA-AC-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--TGGTAATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-G------G-TTT----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-TA-C-AT-T---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAACTCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAA
gi|131708 : AAGATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T---GA-G-AACCTG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TC-TCTATAGA-AAC-T-GTAGATGGAAATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTT-A-G----GAAA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAA-AACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATTAA-TATT-ATGGA-AT-TG-A-T---TT-TTT----TTTCAA----ACGACA--AG---AAAA-TA-C-A--T---TTAATAAAAGG-TT--TGTAAAAA-ACCA--AC--ATTATATC-AG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131709 : AAGATTTAAGGATTTACATTAGCTAAAAT-T-GAAG-AACC-GATTA--ATTC-A-CG--T---T----TT-CCTATAAA-CACTTCGTAGATGG--ATA-AT-ATTGAA---A--GCATTATATAG-GTATTGAT----TTTAAAACCA-ATGAT--GTTAC----TAA-AACGGC-T--C-GTGATGAATCTTC----T-ACTATT-ATGGA-ATGTG-AGT---TT-TTT----TTTCAACGACACGACA--GAAC-AAAA-TA-C-ATAT---TTAATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--AC--AA--TATCAAGTTTTAATGAACTAATGAA
gi|131710 : AGATTTAAGGTTC-ACATTAACTAA----T-GA-G-AACTTC--TA--AT-C-ATCC--T---C----TT-CCTGTAGA-AAC-TGGTAAATGT-AAAA-AT-ATTGAA---A--TAA--GTTTGT-G----GA
gi|131711 : GATTTAAGGATT-ACATTAGCTAAA-T-T-GA-A-AAC-TG--TA--AT-C-ATCG--T---T----TT-CCTA-AGAGAAC-TGGTAGATGG-AATA-AT-ATTGAA---A--GAA--ATTTAA-G----GATA---TGTA----CA-ATG-T--G-TAA----TAACAACAGCAT--CGGTGATGAAT-TTC--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-TA--TT-TTT----TTTCAA----ACGAC---GACAGAAAA-TA-C-AT-T---TTATTAAAAGG-TT--TGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATGAACTAATGAA
gi|131712 : GATTTAAGGATC-ACGTTAACTAAA-TATAGC-G-ATTTTG--TATAAT-G-ATCGCCT---TGAAATT-CCTGTAGA-GGC-TGGTAGATGG-A-CA-AC-ATTACA---A--GGA--ATTTGG-G----GACA---TGCA----CA-AAG-T--G-TGA----TTGCA---GTAT----------AGT-TTC--ATT-A-TTTC-ACGGA-GTATACA-T---TT-TTT----TTTTAA----ATCACA--GA---AAAA-TA-T-A--T---CTAACGAAAGATTT--TGGAAAGGCCTCA------AT--TAC---G-TTTGAGAAGTTAATGAA
gi|131713 : TT-ACATTAGCAAAA-T-T-TA-G-AACTAG--TA--AT-C-ACAA--A---T----TA-CCTATTAA-GAC-AGGCAGATGG-AGTG-GT-GT---ACCCA--GAA--ACGAGA-G----AATA---TGTA----CT-TTA-T--G-TAA-----A--AATGGTAT--AGGCCATGAAT-TTC--ATT-A-CATA-ATGGT-TTGTG-C-T---GC-TTT----AATTAA----GTGATATTAG---AAAA-TGTT-AT-TTACTTACTAAA----TA--TACAAAAAGACCA--AT--GT--CATAAAT-TTT
gi|131714 : ATTAATCAAA-T-T-TA-G-AACAAC--TA--AT-C-ATCA--T---T----TT-CCTGCTGA-AAT-AGGTAG-TGG-AGTG-GT-ACTAA--------------TGAA-C----GATAGACTGTG----CC-ATC-TCTG-TAA----TGGCAACAAAAT--TGGAGATGAGT-ATC--AGT-A-TTTA-ATGGA-ATGTG-
gi|131715 : TAAA-T-T-TT-G-AACTAC--CA--AC-C-ACCC--T---C----TT-TCTGTTGA-AGT-AGGCAGATGG-GATA-AT-ATTGAA---A--GGA--ACGAAC-G----CTTT---TGTA----TA-TTT-T--G-CAACTGTTACCAA----AT--TGGAGATGGAT-TTCAAATT-A-TGTT-CTGGA-ATGTA-A-
gi|131716 : AAA-T-T-TA-G-AACACG--TA--A--C-A-CG--TAAGT----TG-CCTATAGA-GAC-AGGAAGGTGG-CAAA-AC-ATCCCA---C--GAA--ATCAAA-G----AAAA---TGTA----AA-ATC-T--G-TAA----CAAAAATAAAAT--TGGAGACGAAT-ATC--A-T-A-AGTT-ATTTACATGTG-A-T---TCATTTATTATTTCAA----ATG-CA--AG---GGAA-TA---AT-T---TTTATA
gi|131717 : GGA---A--GA-----TTAA-G----GACA---TGTA----CA--TG-A--G-GGG----CTACAACAGAATTACAGTGACGAAT-TTC--ATT-A-TGTC-GTGGA-ATGCA-C-T---TT-TTG----TTTCAA----ACGACA--GA---AAAA-CC-C-AT-C---TTAACAAAA-ATTA--TGTGAAAACCCCAAGACTGAT--TA-CAAA-ATTAATG-ATTAATGA
gi|131718 : C--ATT-A-TATT-ATGGA-ATGTG-A-T---TT-TTT----TT--AA----ACGACA--GA---AAAA-TA-G-AT-T---TTGATAAAAGGTTT--TGTAAAAATCCCA--A
gi|131719 : CAA----ACAACA--GG---AAAA-TA-C-AT-T---TCAATAAA-GGTTT--TGTAAAAACCCTA--TT--AT--TATCAAG-TTCAATGAAC
gi|131720 : GATTTGATGTAAAAATCCCA--AC--AT--TATCAAG-TTTAATG-ACT-ATGAA