lowQualScore : 111 1 44444
lowQualScore : 222 2 2 99 111 2 2 2 2 444 33 2 2 2 88 2 2 2 55 44444 55 2 777 2 1 444 33 8888 2 2 55 2 7 2 7777 5 2 2 2 2 22222 444 5 33 2 2 66 2
lowQualScore : ... . . .. ... . . . . ... .. . . . .. . . . .. ..... .. . ... . . ... .. .... . . .. . . . .... . . . . . ..... ... . .. . . .. .
lowQualScore : 999 7 7 00 000 7 7 7 7 777 77 7 5 5 44 5 5 5 99 77777 99 5 888 5 3 444 44 1111 5 5 99 5 1 5 8888 0 7 7 7 7 00000 777 3 77 7 7 33 7
consensus : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-TCCTGTT-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TG----A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
Reference ( gi|107661 ) : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-TCCTGTT-TC----A-TGTTG-T-TG-T-T-----A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107662 : TTCTTT-T-C-A-AT-AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-TCCTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TAG---A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107663 : TTCTTT-T-C-A-G--AAGA-A-T-A-G-A---TA--GACA-T-TGTGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC--TTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-TCCTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TG----A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107664 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T--GTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A----TCCTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TG----A---G-AA--AA-ACTTCTT--C-TTCTC
gi|107668 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA---T-TGTGGAA-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTAA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-T-CTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TG----A---G-AA--AA-AC-TC-T--C-TTCTC
gi|107669 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGCAA--AAAAA-AC-A--T---CCG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TG----A---G-AA--AA----TC-T--C-TTCTC
gi|107667 : TTCTTTCT-C-A-GGGAA---A-T-AAG-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A-----G--A-A---CC--TTGTA---A--AGCGC--AAAAA-AC-ATTT-TCCTGTT-TC----A-TGTTG-G-TG-T-TG----A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107666 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A---A---TA--GACA-T-T-TGTGGAA-TGATT-G-C--A-----G--A-A---CC-TTTTAA---A--AGCACAAAAAAA-AC-A--T-TCGCGTT-TC----ATTGTTG-T-TG-T-TTG---A---G-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107665 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-TTA-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C---AAAA-AC-A--T-TCCTG-T-TC----A-TGTTGTT-TG-T-TG----A---GAAA--AA-ACTTC-T--CTTTCTC
gi|107670 : TTCTTT-T-CTA-G--AA---A-T-A-GGA---TT--AACA-T-T-TGTAG-A-TGAT--G-C--A---GCG--A-A---CC-TTTTTA---A--AAC-C--AAAAA-AC-A----TCTTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-T-----G---GAAA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107672 : TTCTTT-T---A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACAAT-T-TGTGG-AATGATT-GGC--A---G-G--ATA---CC-TTTA-A---A--AGC-C--AAAAA--C-A--T-TCCTGTT-TC----ATTGTTG-T-TG-T-TGA---A---G-AAAGAA-ACTTC-TG-C-TTCTC
gi|107671 : TTCTTT-TTC-A-GT-AA---A-T-A-G-A---TA--G-CA-T-T-GCTGT-A-TGATT-T-CT-A---T-A--T-ACT-CT-TTTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-A--T-TCCTG-T-TC----A-TGTTG-T-TG-T-TTTG--A---G--A--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107673 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TT--AGCA-TCT-TGTGGAA-TGATTCG-C--A---G-GA-A-A---CCATCTTTA---A--AGC-C--AAAAA-AC-AC-T-TCCTGTTATCA---A-TGTTG-TCTG-T-G-----AAGCA-AA--GA-ACTTC-TTCC-TCCTC
gi|107674 : TTTTT-T-C-AAG--AAT--A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CT-TTTT-----A--AGC-----AAAA-AC-A--T-TCCTGTT-CA----A-TGT
gi|107675 : TTT-T-C-A-G--AATATA-T-G-A-A---TA--GAAA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-T--GCGCG-G--A-A---CC-TTTTTA---ACAAGC-CA-AAAAA-AC-A--TCTTCTGTT-C-------TGTTG-T-TG-T-TTC---G---G-AA--AATACTTC-C--T-TTCTCctctcttctcaga
gi|107676 : -T-C-A-G--AA---AAT-A-G-GAGCTAATGACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-CAAA---G-GTTA-ACACCC-TTTCTATATA--AAC-C--AAAAAGACAA--T-TCATGAT-TCCAATA-TGTTG-T-TGAT-TTGAAGA---A-AA--AA-ACTTC-T--C-TTCTC
gi|107677 : -T-TGTGG-A-TGGTT-G-C--T---G-G--A-A---CC-TTTTCA---A--AGC-C--TAGAA-AC-A--T-TCCTATC-T-----A-TCTTG-T-TG-TGG-----A---G-GA--AA-AGTTC-T--T-TTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 88 000 2 2 2 2 444 33 2 2 2 55 4 2 2 55 444 7777 2 777 2 6 444 33 7 2 2 33 2 2 2 33 2 2 7777 2 2 2 2 55 3333 2 55 33 2 55 2
lowQualScore : . . . . .. ... . . . . ... .. . . . .. . . . .. ... .... . ... . . ... .. . . . .. . . . .. . . .... . . . . .. .... . .. .. . .. .
lowQualScore : 5 5 5 5 44 333 5 5 5 5 444 44 5 4 4 00 7 4 4 66 111 7777 4 444 4 5 111 22 1 4 4 22 4 4 4 22 7 4 4444 4 4 5 5 99 8888 5 99 44 5 99 5
consensus : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
Reference ( family-933 ) : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107661 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT------AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107662 : TTCTTT-T-C-A-AT-AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TTA---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107663 : TTCTTT-T-C-A-G--AAGA-A-T-A-G-A---TA--GACA-T-TGTGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTT-A---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT--C----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107664 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T--GTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A---T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTCTT--C-TTCTC
gi|107665 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-TTA-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTGTT-TG--TT----G-AGA-AA--AAACTTC-T--CTTTCTC
gi|107666 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A---A---TA--GACA-T-T-TGTGG-AATGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTAA---A--AGCAC-AAAAA-AAAC-A-T-T--CGCGTT-TC----A-TTGTTG-T-TG--TTT---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107667 : TTCTTTCT-C-A-GGGAA---A-T-AAG-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTGT-A---A--AGCGC-AAAAA-A--C-A-T-TTTCCTGTT-TC----A-T-GTTG-G-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107668 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA---T-TGTGGAA-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTAA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T---CTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAAC-TC-T--C-TTCTC
gi|107669 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGCAA-AAAAA-A--C-A-T-----CCG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AA---TC-T--C-TTCTC
gi|107670 : TTCTTT-T-CTA-G--AA---A-T-A-GGA---TT--AACA-T-T-TGTAG-A-TGAT--G-C--A---GCG--A-A---CC-TTTTTA---A--AAC-C-AAAAA-A--C-A---T--CTTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-GA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107671 : TTCTTT-TTC-A-GT-AA---A-T-A-G-A---TA--G-CA-T-T-GCTGT-A-TGATT-T-CT-A---T-A--T-ACT-CT-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TGTTTT----G-AG---A--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107672 : TTCTTT-T---A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACAAT-T-TGTGG-AATGATT-GGC--A---G-G--ATA---CC-TTTA-A---A--AGC-C-AAAAA----C-A-T-T--CCTGTT-TC----ATT-GTTG-T-TG--TT----GAAG--AAAGAAACTTC-TG-C-TTCTC
gi|107673 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TT--AGCA-TCT-TGTGGAA-TGATTCG-C--A---G-GA-A-A---CCATCTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-ACT-T--CCTGTTATCA---A-T-GTTG-TCTG--TG----A-AGCAAA--GAACTTC-TTCC-TCCTC
gi|107674 : TTTTT-T-C-AAG--AAT--A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CT-TTTT-----A--AGC----AAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-CA----A-T-GT
gi|107675 : TTT-T-C-A-G--AATATA-T-G-A-A---TA--GAAA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-T--GCGCG-G--A-A---CC-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAAA-A--C-A-TCT--TCTGTT-C-------T-GTTG-T-TG--TTTC--G-GA--AA--ATACTTC-C--T-TTCTCctctcttctcaga
gi|107676 : -T-C-A-G--AA---AAT-A-G-GAGCTAATGACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-CAAA---G-GTTA-ACACCC-TTTCTATATA--AAC-C-AAAAAGA--CAA-T-T--CATGAT-TCCAATA-T-GTTG-T-TGA-TTTGAAG-AA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107677 : -T-TGTGG-A-TGGTT-G-C--T---G-G--A-A---CC-TTTTCA---A--AGC-C-TAGAA-A--C-A-T-T--CCTATC-T-----A-T-CTTG-T-TG--TG----G-AG--GA--AAAGTTC-T--T-TTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 88 000 2 2 2 2 444 33 2 2 2 55 4 2 2 55 444 7777 2 777 2 6 444 33 7 2 2 33 2 2 2 33 2 2 7777 2 2 2 2 55 3333 2 55 33 2 55 2
lowQualScore : . . . . .. ... . . . . ... .. . . . .. . . . .. ... .... . ... . . ... .. . . . .. . . . .. . . .... . . . . .. .... . .. .. . .. .
lowQualScore : 5 5 5 5 44 333 5 5 5 5 444 44 5 4 4 00 7 4 4 66 111 7777 4 444 4 5 111 22 1 4 4 22 4 4 4 22 7 4 4444 4 4 5 5 99 8888 5 99 44 5 99 5
consensus : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
Reference ( family-933 ) : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107661 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT------AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107662 : TTCTTT-T-C-A-AT-AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TTA---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107663 : TTCTTT-T-C-A-G--AAGA-A-T-A-G-A---TA--GACA-T-TGTGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTT-A---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT--C----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107664 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T--GTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A---T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTCTT--C-TTCTC
gi|107665 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-TTA-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTGTT-TG--TT----G-AGA-AA--AAACTTC-T--CTTTCTC
gi|107666 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A---A---TA--GACA-T-T-TGTGG-AATGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTAA---A--AGCAC-AAAAA-AAAC-A-T-T--CGCGTT-TC----A-TTGTTG-T-TG--TTT---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107667 : TTCTTTCT-C-A-GGGAA---A-T-AAG-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTGT-A---A--AGCGC-AAAAA-A--C-A-T-TTTCCTGTT-TC----A-T-GTTG-G-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107668 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA---T-TGTGGAA-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTAA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T---CTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAAC-TC-T--C-TTCTC
gi|107669 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGCAA-AAAAA-A--C-A-T-----CCG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AA---TC-T--C-TTCTC
gi|107670 : TTCTTT-T-CTA-G--AA---A-T-A-GGA---TT--AACA-T-T-TGTAG-A-TGAT--G-C--A---GCG--A-A---CC-TTTTTA---A--AAC-C-AAAAA-A--C-A---T--CTTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-GA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107671 : TTCTTT-TTC-A-GT-AA---A-T-A-G-A---TA--G-CA-T-T-GCTGT-A-TGATT-T-CT-A---T-A--T-ACT-CT-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TGTTTT----G-AG---A--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107672 : TTCTTT-T---A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACAAT-T-TGTGG-AATGATT-GGC--A---G-G--ATA---CC-TTTA-A---A--AGC-C-AAAAA----C-A-T-T--CCTGTT-TC----ATT-GTTG-T-TG--TT----GAAG--AAAGAAACTTC-TG-C-TTCTC
gi|107673 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TT--AGCA-TCT-TGTGGAA-TGATTCG-C--A---G-GA-A-A---CCATCTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-ACT-T--CCTGTTATCA---A-T-GTTG-TCTG--TG----A-AGCAAA--GAACTTC-TTCC-TCCTC
gi|107674 : TTTTT-T-C-AAG--AAT--A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CT-TTTT-----A--AGC----AAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-CA----A-T-GT
gi|107675 : TTT-T-C-A-G--AATATA-T-G-A-A---TA--GAAA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-T--GCGCG-G--A-A---CC-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAAA-A--C-A-TCT--TCTGTT-C-------T-GTTG-T-TG--TTTC--G-GA--AA--ATACTTC-C--T-TTCTCctctcttctcaga
gi|107676 : -T-C-A-G--AA---AAT-A-G-GAGCTAATGACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-CAAA---G-GTTA-ACACCC-TTTCTATATA--AAC-C-AAAAAGA--CAA-T-T--CATGAT-TCCAATA-T-GTTG-T-TGA-TTTGAAG-AA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107677 : -T-TGTGG-A-TGGTT-G-C--T---G-G--A-A---CC-TTTTCA---A--AGC-C-TAGAA-A--C-A-T-T--CCTATC-T-----A-T-CTTG-T-TG--TG----G-AG--GA--AAAGTTC-T--T-TTTT
blockSeqs : C T T A GG TAT A T A G AGC AT A C G GA A C G AA CGC GTT T CAC A T TAT CA A A G AA A C C TT T A CAAT T T T C TT TGAA A CA AG T TC T
blockSeqs : . . . . T GA . . . . . . . . . GA A . . T . CG . CT . T . . G . . . . . . . T . A . . . . A TC . A . . G .
blockSeqs : . . . . T T . . . . . . . . . G . . . . . GA . . . T . . A . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
finalCons : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 88 000 2 2 2 2 444 33 2 2 2 55 4 2 2 55 444 7777 2 777 2 6 444 33 7 2 2 33 2 2 2 33 2 2 7777 2 2 2 2 55 3333 2 55 33 2 55 2
lowQualScore : . . . . .. ... . . . . ... .. . . . .. . . . .. ... .... . ... . . ... .. . . . .. . . . .. . . .... . . . . .. .... . .. .. . .. .
lowQualScore : 5 5 5 5 44 333 5 5 5 5 444 44 5 4 4 00 7 4 4 66 111 7777 4 444 4 5 111 22 1 4 4 22 4 4 4 22 7 4 4444 4 4 5 5 99 8888 5 99 44 5 99 5
consensus : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
Reference ( family-933 ) : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107661 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT------AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107662 : TTCTTT-T-C-A-AT-AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TTA---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107663 : TTCTTT-T-C-A-G--AAGA-A-T-A-G-A---TA--GACA-T-TGTGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTT-A---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT--C----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107664 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T--GTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A---T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTCTT--C-TTCTC
gi|107665 : TTCTTT---C-A-G--AA---A-TTA-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTTA---A--AGC-C--AAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTGTT-TG--TT----G-AGA-AA--AAACTTC-T--CTTTCTC
gi|107666 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A---A---TA--GACA-T-T-TGTGG-AATGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTTTAA---A--AGCAC-AAAAA-AAAC-A-T-T--CGCGTT-TC----A-TTGTTG-T-TG--TTT---G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107667 : TTCTTTCT-C-A-GGGAA---A-T-AAG-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G----A-A---CC-TTGT-A---A--AGCGC-AAAAA-A--C-A-T-TTTCCTGTT-TC----A-T-GTTG-G-TG--TT----G-AG--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107668 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA---T-TGTGGAA-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTAA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T---CTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AAAC-TC-T--C-TTCTC
gi|107669 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CC-TTTTTA---A--AGCAA-AAAAA-A--C-A-T-----CCG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-AG--AA--AA---TC-T--C-TTCTC
gi|107670 : TTCTTT-T-CTA-G--AA---A-T-A-GGA---TT--AACA-T-T-TGTAG-A-TGAT--G-C--A---GCG--A-A---CC-TTTTTA---A--AAC-C-AAAAA-A--C-A---T--CTTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TG--TT----G-GA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107671 : TTCTTT-TTC-A-GT-AA---A-T-A-G-A---TA--G-CA-T-T-GCTGT-A-TGATT-T-CT-A---T-A--T-ACT-CT-TTTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-A-T-T--CCTG-T-TC----A-T-GTTG-T-TGTTTT----G-AG---A--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107672 : TTCTTT-T---A-G--AA---A-T-A-G-A---TA--GACAAT-T-TGTGG-AATGATT-GGC--A---G-G--ATA---CC-TTTA-A---A--AGC-C-AAAAA----C-A-T-T--CCTGTT-TC----ATT-GTTG-T-TG--TT----GAAG--AAAGAAACTTC-TG-C-TTCTC
gi|107673 : TTCTTT-T-C-A-G--AA---A-T-A-G-A---TT--AGCA-TCT-TGTGGAA-TGATTCG-C--A---G-GA-A-A---CCATCTTTA---A--AGC-C-AAAAA-A--C-ACT-T--CCTGTTATCA---A-T-GTTG-TCTG--TG----A-AGCAAA--GAACTTC-TTCC-TCCTC
gi|107674 : TTTTT-T-C-AAG--AAT--A-T-A-G-A---TA--GACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-C--A---G-G--A-A---CT-TTTT-----A--AGC----AAAA-A--C-A-T-T--CCTGTT-CA----A-T-GT
gi|107675 : TTT-T-C-A-G--AATATA-T-G-A-A---TA--GAAA-T-T-TGTG--A-TGATT-G-T--GCGCG-G--A-A---CC-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAAA-A--C-A-TCT--TCTGTT-C-------T-GTTG-T-TG--TTTC--G-GA--AA--ATACTTC-C--T-TTCTCctctcttctcaga
gi|107676 : -T-C-A-G--AA---AAT-A-G-GAGCTAATGACA-T-T-TGTGG-A-TGATT-G-CAAA---G-GTTA-ACACCC-TTTCTATATA--AAC-C-AAAAAGA--CAA-T-T--CATGAT-TCCAATA-T-GTTG-T-TGA-TTTGAAG-AA--AA--AAACTTC-T--C-TTCTC
gi|107677 : -T-TGTGG-A-TGGTT-G-C--T---G-G--A-A---CC-TTTTCA---A--AGC-C-TAGAA-A--C-A-T-T--CCTATC-T-----A-T-CTTG-T-TG--TG----G-AG--GA--AAAGTTC-T--T-TTTT