lowQualScore : 111111 1111 11111 111111 111111111111 111111 11111111111111111
lowQualScore : 555555 2 2 3333 5 2 2 777 1111 2 00000 2 2 5555 2 111111 2 2 55 2 777777777777 2 222222 33 33 88 44444444444444444 2 2 2 2 2
lowQualScore : ...... . . .... . . . ... .... . ..... . . .... . ...... . . .. . ............ . ...... .. .. .. ................. . . . . .
lowQualScore : 000000 9 7 9999 3 7 7 333 3333 7 33333 7 7 7777 7 333333 5 5 99 5 000000000000 5 000000 44 44 88 99999999999999999 5 5 5 7 7
consensus : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTAA--T---TT--AAC--A-TTGACT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
Reference ( gi|76702 ) : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--G-T-GTAA--T---TT--AAC--A-CTGAAT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76703 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTAA--T---TT--AAC--A-CGGACT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGGC-TCA-CAA
gi|76704 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTTTATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTAA--T---TT--AAC--A-TTGACT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-AAA
gi|76705 : TTTATG------CA-ATGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----AT-TTT-ATT----TAT-AAAGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTAA--T---TC--AAC--A-CTGACT-C-------------TTT-TAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76706 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTGAAG---A----T-A-----C--TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATCTT-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAATCAGTA--C--A-T-GTAA------TT--AAC--A-TTGACT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76707 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA--AA-ATTAAAC---A----T-G-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTAA--T---TC--AAC--A-CTGACT-A-------------TTTAAAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76708 : TTTATAAGTGATCA-GTGAC-ACA-A--CACAAA-CAA-ATTAAAG---ACTGAT-A-----CT-T---ATT----TGC-AAGGTA------ATC-T-CTTCAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GCAA--T---TT--AAC--A-TTGACT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76709 : TCTATA------CA--TGAC-ACA-A--AC-AAA-CAA-ATTAAAG---A----TAA-----CT-TTT-A-T----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-ACGGGAAAT-------C--A-T-GTAA------TT--AAC--A-TTGAAC-CATAATTCATTACTCTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76710 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AA--CAA-AATAAAG---ACTGAT-A-----CT-TT--ATT----TAC-AAGGTACATGTAATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--A-T-GTA-----------AAT--A-TTAAAGAC-------------ATT-TAA-A-A-AT-TC-TCA-CAA
gi|76711 : TTTATAG-----CAAGTGAC-A-------A-AAA-CAATATTAAAA---A----T-AAG---CT-TTT-ATT----TAC-AA-GTA------ATT-C-TCATAG---AACAG-AA-GGAAAT-------C--A-T-GTAAGTT---TT--AAC--A--TGACT-C-------------TTT-TAATACAGATGTC-TCA-CAA
gi|76712 : TTTATA------C--GTGAC-ACA----CA-AAAGCAA-ATTAAAGT--A----T-AACTGGCT-TTT-ATTGTATTGC-AAGGTATA----ATC-T-TGATAGTT-AATAGTAAGGGAAAT-------C--A-TTGTGA--T---TT--AAC--ATTTGATT-C-------------TTT-T-A-A-AGTTGTC-TCAGCAA
gi|76713 : TTT-TA------CC-ATGACCACAGA--CA-AA--CAA-ATTA--G---A----T-A-----CTGTTT-ATT----TAC-AAGG-A------AT----TCA-AGTGAAACAG-AAGGAAATT-------C--A-T-GTAA--T---TT--AAC--A-TTGAAC-T-------------CTT-CCA-A-AGATGTCTTCA-CAA
gi|76714 : TTAAA------CA-GTGAC-ACA-AAACA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT--TT----TAC-AAAGT-------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------C--C-A-ATAA--T---TTTAAACAAA-TTG-AT-C-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76715 : TATAAG----CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TACAAAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-------CATG-T-ATAA--T---TT--AAC--A-TTGACT-C-------------TTT-TAA-A-GAATGTC-TCA-CAA
gi|76716 : TATA------CA-TTG-C-ACC-A--CATACA-CAC-A----------------A-----CG-TTT-ATT----TAC-AAGATA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AGAGGAAATCATGTACC--G-T-GTGA--TAAATT--AAC--A-ATGACT-C-------------TTT-TAA-G-AAATGT
gi|76717 : GAC-ACA-T--CA-AAA-CAA-ATTAAAGCTGA----T-A-----CT-TTT-ATT----TGC-AAGTTA------ATC-T-CCATAG---AA-AG--AGGGAAAT-------C--ATT-GTAA------TT--AAC--A-TTGACT-C--------------TT-TAC-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76718 : TC-TATCATAGT--AACGA-ATGGAAAAT-------C----T-GTAA--TC--TT--AAC--A-GTGATTTC-------------TTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 111111 11111111111111 11111111111111
lowQualScore : 444444 2 2 2 33 5 2 2 666 0000 2 99999 2 2 5555 2 000000 2 2 55 2 55555 2 2 33 22222222222222 33 33 22 444 66666666666666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : ...... . . . .. . . . ... .... . ..... . . .... . ...... . . .. . ..... . . .. .............. .. .. .. ... .............. . . . . . .
lowQualScore : 000000 7 5 5 44 0 5 5 999 6666 5 77777 5 5 3333 5 666666 4 4 66 4 99999 4 4 22 33333333333333 22 22 77 111 22222222222222 4 4 4 4 5 5
consensus : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
Reference ( family-924 ) : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76702 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CG-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CT---G--------------AAT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76703 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CG---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGGC-TCA-CAA
gi|76704 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTTTATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-AAA
gi|76705 : TTTATG------CA-ATGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----AT-TTT-ATT----TAT-AAAGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76706 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTGAAG---A----T-A-----C--TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATCTT-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAATCAGTACA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76707 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA--AA-ATTAAAC---A----T-G-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-ATTTAAAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76708 : TTTATAAGTGATCA-GTGAC-ACA-A--CACAAA-CAA-ATTAAAG---ACTGAT-A-----CT-T---ATT----TGC-AAGGTA------ATC-T-CTTCAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--CA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76709 : TCTATA------CA--TGAC-ACA-A--AC-AAA-CAA-ATTAAAG---A----TAA-----CT-TTT-A-T----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-ACGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---GAACCATAATTCATTACT-C-TT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76710 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AA--CAA-AATAAAG---ACTGAT-A-----CT-TT--ATT----TAC-AAGGTACATGTAATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA------------------AAT--A-TTAAAG--------------A---CATT-TAA-A-A-AT-TC-TCA-CAA
gi|76711 : TTTATAG-----CAAGTGAC-A-------A-AAA-CAATATTAAAA---A----T-AAG---CT-TTT-ATT----TAC-AA-GTA------ATT-C-TCATAG---AACAG-AA-GGAAAT-----CA-T-G--TA-------AGTT---TT--AAC--A--T---G--------------ACT-CTTT-TAATACAGATGTC-TCA-CAA
gi|76712 : TTTATA------C--GTGAC-ACA----CA-AAAGCAA-ATTAAAGT--A----T-AACTGGCT-TTT-ATTGTATTGC-AAGGTATA----ATC-T-TGATAGTT-AATAGTAAGGGAAAT-----CA-TTG--TG-------A--T---TT--AAC--ATTT---G--------------ATT-CTTT-T-A-A-AGTTGTC-TCAGCAA
gi|76713 : TTT-TA------CC-ATGACCACAGA--CA-AA--CAA-ATTA--G---A----T-A-----CTGTTT-ATT----TAC-AAGG-A------AT----TCA-AGTGAAACAG-AAGGAAATT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---GA-------------ACT-CTTC-C-A-A-AGATGTCTTCA-CAA
gi|76714 : TTAAA------CA-GTGAC-ACA-AAACA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT--TT----TAC-AAAGT-------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CC-A-A--TA-------A--T---TTTAAACAAA-TT---G--------------A-T-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76715 : TATAAG----CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TACAAAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-GTATA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-GAATGTC-TCA-CAA
gi|76716 : TATA------CA-TTG-C-ACC-A--CATACA-CAC-A----------------A-----CG-TTT-ATT----TAC-AAGATA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AGAGGAAAT-----CA-T-G--TACCGTGTGA--TAAATT--AAC--A-AT---G--------------ACT-CTTT-TAA-G-AAATGT
gi|76717 : GAC-ACA-T--CA-AAA-CAA-ATTAAAGCTGA----T-A-----CT-TTT-ATT----TGC-AAGTTA------ATC-T-CCATAG---AA-AG--AGGGAAAT-----CATT-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-C-TT-TAC-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76718 : TC-TATCATAGT--AACGA-ATGGAAAAT-----C--T-G--TA-------A--TC--TT--AAC--A-GT---G--------------ATTTCTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 111111 11111111111111 11111111111111
lowQualScore : 444444 2 2 2 33 5 2 2 666 0000 2 99999 2 2 5555 2 000000 2 2 55 2 55555 2 2 33 22222222222222 33 33 22 444 66666666666666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : ...... . . . .. . . . ... .... . ..... . . .... . ...... . . .. . ..... . . .. .............. .. .. .. ... .............. . . . . . .
lowQualScore : 000000 7 5 5 44 0 5 5 999 6666 5 77777 5 5 3333 5 666666 4 4 66 4 99999 4 4 22 33333333333333 22 22 77 111 22222222222222 4 4 4 4 5 5
consensus : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
Reference ( family-924 ) : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76702 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CG-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CT---G--------------AAT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76703 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CG---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGGC-TCA-CAA
gi|76704 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTTTATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-AAA
gi|76705 : TTTATG------CA-ATGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----AT-TTT-ATT----TAT-AAAGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76706 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTGAAG---A----T-A-----C--TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATCTT-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAATCAGTACA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76707 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA--AA-ATTAAAC---A----T-G-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-ATTTAAAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76708 : TTTATAAGTGATCA-GTGAC-ACA-A--CACAAA-CAA-ATTAAAG---ACTGAT-A-----CT-T---ATT----TGC-AAGGTA------ATC-T-CTTCAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--CA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76709 : TCTATA------CA--TGAC-ACA-A--AC-AAA-CAA-ATTAAAG---A----TAA-----CT-TTT-A-T----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-ACGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---GAACCATAATTCATTACT-C-TT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76710 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AA--CAA-AATAAAG---ACTGAT-A-----CT-TT--ATT----TAC-AAGGTACATGTAATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA------------------AAT--A-TTAAAG--------------A---CATT-TAA-A-A-AT-TC-TCA-CAA
gi|76711 : TTTATAG-----CAAGTGAC-A-------A-AAA-CAATATTAAAA---A----T-AAG---CT-TTT-ATT----TAC-AA-GTA------ATT-C-TCATAG---AACAG-AA-GGAAAT-----CA-T-G--TA-------AGTT---TT--AAC--A--T---G--------------ACT-CTTT-TAATACAGATGTC-TCA-CAA
gi|76712 : TTTATA------C--GTGAC-ACA----CA-AAAGCAA-ATTAAAGT--A----T-AACTGGCT-TTT-ATTGTATTGC-AAGGTATA----ATC-T-TGATAGTT-AATAGTAAGGGAAAT-----CA-TTG--TG-------A--T---TT--AAC--ATTT---G--------------ATT-CTTT-T-A-A-AGTTGTC-TCAGCAA
gi|76713 : TTT-TA------CC-ATGACCACAGA--CA-AA--CAA-ATTA--G---A----T-A-----CTGTTT-ATT----TAC-AAGG-A------AT----TCA-AGTGAAACAG-AAGGAAATT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---GA-------------ACT-CTTC-C-A-A-AGATGTCTTCA-CAA
gi|76714 : TTAAA------CA-GTGAC-ACA-AAACA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT--TT----TAC-AAAGT-------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CC-A-A--TA-------A--T---TTTAAACAAA-TT---G--------------A-T-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76715 : TATAAG----CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TACAAAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-GTATA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-GAATGTC-TCA-CAA
gi|76716 : TATA------CA-TTG-C-ACC-A--CATACA-CAC-A----------------A-----CG-TTT-ATT----TAC-AAGATA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AGAGGAAAT-----CA-T-G--TACCGTGTGA--TAAATT--AAC--A-AT---G--------------ACT-CTTT-TAA-G-AAATGT
gi|76717 : GAC-ACA-T--CA-AAA-CAA-ATTAAAGCTGA----T-A-----CT-TTT-ATT----TGC-AAGTTA------ATC-T-CCATAG---AA-AG--AGGGAAAT-----CATT-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-C-TT-TAC-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76718 : TC-TATCATAGT--AACGA-ATGGAAAAT-----C--T-G--TA-------A--TC--TT--AAC--A-GT---G--------------ATTTCTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-
blockSeqs : AGTGAT A C G AA C G T CTG CTGA A ACTGG G T GTAT A CATGTA T A GA T CAGTA T T TA CCGTGTGATAAA TA AA TT AAA AACCATAATTCATT T A T C T G
blockSeqs : AG . . . . T . . T CTGA . AG . . . . TA . . T . . . . . AGTT . . C . A . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
finalCons : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 111111 11111111111111 11111111111111
lowQualScore : 444444 2 2 2 33 5 2 2 666 0000 2 99999 2 2 5555 2 000000 2 2 55 2 55555 2 2 33 22222222222222 33 33 22 444 66666666666666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : ...... . . . .. . . . ... .... . ..... . . .... . ...... . . .. . ..... . . .. .............. .. .. .. ... .............. . . . . . .
lowQualScore : 000000 7 5 5 44 0 5 5 999 6666 5 77777 5 5 3333 5 666666 4 4 66 4 99999 4 4 22 33333333333333 22 22 77 111 22222222222222 4 4 4 4 5 5
consensus : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
Reference ( family-924 ) : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76702 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CG-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CT---G--------------AAT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76703 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-CG---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGGC-TCA-CAA
gi|76704 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTTTATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-AAA
gi|76705 : TTTATG------CA-ATGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----AT-TTT-ATT----TAT-AAAGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76706 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTGAAG---A----T-A-----C--TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATCTT-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAATCAGTACA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76707 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA--AA-ATTAAAC---A----T-G-----CT-TTT-ATT----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATGGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A--T---TC--AAC--A-CT---G--------------ACT-ATTTAAAA-A-AAATGTC-TCA-CAA
gi|76708 : TTTATAAGTGATCA-GTGAC-ACA-A--CACAAA-CAA-ATTAAAG---ACTGAT-A-----CT-T---ATT----TGC-AAGGTA------ATC-T-CTTCAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--CA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76709 : TCTATA------CA--TGAC-ACA-A--AC-AAA-CAA-ATTAAAG---A----TAA-----CT-TTT-A-T----TAC-AAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-ACGGGAAAT-----CA-T-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---GAACCATAATTCATTACT-C-TT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76710 : TTTATA------CA-GTGAC-ACA-A--CA-AA--CAA-AATAAAG---ACTGAT-A-----CT-TT--ATT----TAC-AAGGTACATGTAATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-G--TA------------------AAT--A-TTAAAG--------------A---CATT-TAA-A-A-AT-TC-TCA-CAA
gi|76711 : TTTATAG-----CAAGTGAC-A-------A-AAA-CAATATTAAAA---A----T-AAG---CT-TTT-ATT----TAC-AA-GTA------ATT-C-TCATAG---AACAG-AA-GGAAAT-----CA-T-G--TA-------AGTT---TT--AAC--A--T---G--------------ACT-CTTT-TAATACAGATGTC-TCA-CAA
gi|76712 : TTTATA------C--GTGAC-ACA----CA-AAAGCAA-ATTAAAGT--A----T-AACTGGCT-TTT-ATTGTATTGC-AAGGTATA----ATC-T-TGATAGTT-AATAGTAAGGGAAAT-----CA-TTG--TG-------A--T---TT--AAC--ATTT---G--------------ATT-CTTT-T-A-A-AGTTGTC-TCAGCAA
gi|76713 : TTT-TA------CC-ATGACCACAGA--CA-AA--CAA-ATTA--G---A----T-A-----CTGTTT-ATT----TAC-AAGG-A------AT----TCA-AGTGAAACAG-AAGGAAATT-----CA-T-G--TA-------A--T---TT--AAC--A-TT---GA-------------ACT-CTTC-C-A-A-AGATGTCTTCA-CAA
gi|76714 : TTAAA------CA-GTGAC-ACA-AAACA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT--TT----TAC-AAAGT-------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CC-A-A--TA-------A--T---TTTAAACAAA-TT---G--------------A-T-CTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76715 : TATAAG----CA-GTGAC-ACA-A--CA-AAA-CAA-ATTAAAG---A----T-A-----CT-TTT-ATT----TACAAAGGTA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AAGGGAAAT-----CA-T-GTATA-------A--T---TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-CTTT-TAA-A-GAATGTC-TCA-CAA
gi|76716 : TATA------CA-TTG-C-ACC-A--CATACA-CAC-A----------------A-----CG-TTT-ATT----TAC-AAGATA------ATC-T-TCATAGT--AACAG-AGAGGAAAT-----CA-T-G--TACCGTGTGA--TAAATT--AAC--A-AT---G--------------ACT-CTTT-TAA-G-AAATGT
gi|76717 : GAC-ACA-T--CA-AAA-CAA-ATTAAAGCTGA----T-A-----CT-TTT-ATT----TGC-AAGTTA------ATC-T-CCATAG---AA-AG--AGGGAAAT-----CATT-G--TA-------A------TT--AAC--A-TT---G--------------ACT-C-TT-TAC-A-AGATGTC-TCA-CAA
gi|76718 : TC-TATCATAGT--AACGA-ATGGAAAAT-----C--T-G--TA-------A--TC--TT--AAC--A-GT---G--------------ATTTCTTT-TAA-A-AGATGTC-TCA-