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lowQualScore                  :        .   .... . .. . ....     .   ..  ..  .     .   ..  . . .   . ..  . ..  .. . .......    ...   . .  . .  ..   ..... .   ...      .        .  .      ..    .   
lowQualScore                  :        5   2222 5 44 5 3333     5   99  66  5     5   44  5 5 5   5 44  5 99  44 5 7777777    777   7 7  7 3  33   55555 7   444      7        9  9      33    0   
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Reference ( gi|67817 )        : ATGCACG-TGC--C-T-G--C-G----CATGC-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A---ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATCTT-TATTT-TAA
gi|67818                      : ATGCACG-TGC--A-T-G--C------CATGC-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---C---ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATCTT-TATTTATAA
gi|67816                      : ATGCACG-TGC--A-T-G--C-G----CATGC-GTG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---A---ACTT-T-ATCTT-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTAAAT-ATCATTTC-AT-TATCTT-AATTTATAA
gi|67821                      : ATGCACG-TGC--CAT-G--C-G----CATGC-GCG--TTT-GCCAATTT-TTAA-TT-A-C-ATC-AGTTG-TTGGT--A-T---A---ACTT-T-ATA-T-TG-TGCT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATCTT-CAa
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gi|67828                      : ATGCACG-TGCA-T-T-G--C-GACCTTATGC-GCG--TTTTGC-AATTT-TAT--TT-A-C-AT--A-CTG-T--GT--A-G---A---ACTT-T-AAA-C-TG-TTCT--ACT---------C-T------T-A-CATTGC-ATCTATCTT-TATTTATAA
gi|67829                      :   GCACGATGC--A-C-G--T-G----CATGC-GCA--TTG-GC-AATTT-TTA--T--A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---AT--ATTT-A-ATA-T-TG-T-CT--AC------A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATCTTACATTA-TAA
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   . .. . .. . ....    . .   ..   .  .     .   ..  . . .   . ..  . ..  .. . ... .    . .   . .  . .  ..   ..... .   ...      .        .  .  .    .. ..       
lowQualScore                  :        4   4 22 7 22 4 0000    4 4   22   4  4     4   99  4 4 4   4 33  4 55  22 4 555 4    4 5   5 5  5 0  99   44444 5   666      5        7  7  7    99 77       
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Reference ( family-922 )      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA
gi|67816                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GTG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATCTT-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTAAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AA--TTTATAA
gi|67817                      : ATGCACG-TGC-C--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-TA--TTT-TAAa
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gi|67825                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--CAG----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-T-A--TT-AACGATC-AGCTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T--TA-TCTG-T-CT--ACC--T--A-TGC-TGGTG-AT-ATTAcaa
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gi|67828                      : ATGCACG-TGC-A--TTG--C-GACCTTATG-C-GCG--TTTTGC-AATTT-TAT--TT-A-C-AT--A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-AAA-C-TG-TTCT--ACT---------C-T------T-A-CATTGC-ATCTA-TCTT-TA--TTTATAA
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   . .. . .. . ....    . .   ..   .  .     .   ..  . . .   . ..  . ..  .. . ... .    . .   . .  . .  ..   ..... .   ...      .        .  .  .    .. ..       
lowQualScore                  :        4   4 22 7 22 4 0000    4 4   22   4  4     4   99  4 4 4   4 33  4 55  22 4 555 4    4 5   5 5  5 0  99   44444 5   666      5        7  7  7    99 77       
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Reference ( family-922 )      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA
gi|67816                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GTG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATCTT-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTAAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AA--TTTATAA
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gi|67824                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CAT-----------T-GC-AATTT-TTA--TTTA-C-ATC---CTG-T--GTTAG-G---A-ACTT-T-ATA-T-TGGT-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATTCTT-AA--TTTATAcaa
gi|67825                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--CAG----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-T-A--TT-AACGATC-AGCTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T--TA-TCTG-T-CT--ACC--T--A-TGC-TGGTG-AT-ATTAcaa
gi|67826                      : ATGCACG-TGC-A--T-G----G----CATG-C-GCGCGTTT-GC-AATGTGTTAATCT-A-C-CTC-T-CTG-TCCGT--ATG---C-ATTCAT-ATA-T-TG-T-CTCTACCATT--A-TGC-T-GGGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT--A--TTTATAA
gi|67827                      : ATGCACG-TGC-T--A-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A--TG-T--GT----T---A-ACTT-
gi|67828                      : ATGCACG-TGC-A--TTG--C-GACCTTATG-C-GCG--TTTTGC-AATTT-TAT--TT-A-C-AT--A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-AAA-C-TG-TTCT--ACT---------C-T------T-A-CATTGC-ATCTA-TCTT-TA--TTTATAA
gi|67829                      :   GCACGATGC-A--C-G--T-G----CATG-C-GCA--TTG-GC-AATTT-TTA--T--A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---ATATTT-A-ATA-T-TG-T-CT--AC------A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AC--ATTATAA
gi|67830                      :        -TGC-A--C-A--C-G----CATG-T-GCG--TTG-AC-ATTTT-TGA--CT-A-C-ATC-A-TTC-T--AT--G-GGCAA-AC-----ATA-T-TA-T-CT--ACC--T--G-TGT-G-GTAAAT-ATTAATTC-AT-TC-TCTT-TA--TTCAT
gi|67831                      :        -TGC-A--C-A--C-G----CATG-C-ACT--TTG-GC-ATATT-CCA--TT-A-C-ACC-A-TTC-T--AT--G-GACAA-AC-----ATA-T-TA-T-CT--ACC--T--G-TGT-G-GTAAAT-ATGAATTC-AT-TC-TCTT-TA--TTCAT
gi|67832                      :        -TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-AAG--TTG-GC-ATATT-TTA--TT-A-T-ACC-A-TTC-T--AT--A-GAC-A-A------ACA-T-GA-T-CT--ATC--TGCA-TG----GTAAAT-ATGAATTC-AT-TC-TCTT-CA--TTCATtagaaaa


blockSeqs                     :        A   C AC A TG A ACCT    G C   CG   T  C     G   AT  T A G   A GT  T TG  TA T GCA T    A A   . C  G G  AA   ATT   T   AT       A        A  C  T    AA AC
blockSeqs                     :        .   . .  T .  . .       . .   .    .  .     .   A   . . .   . GC  . CC  .  . ACA .    . .   . .  . T  CT   TGC   .   TG       .        .  .  .    AT . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   A   . . .   . C   . .   .  . AC  .    . .   . .  . .  .    TT    .   T        .        .  .  .    T  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    TA    .   T        .        .  .  .    T  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . G   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    A  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . G   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    A  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    C  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    A  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    T  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    A  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . C   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   T        .        .  .  .    T  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . G   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   G        .        .  .  .    T  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . T   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    T     .   G        .        .  .  .    C  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . T   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    .     .   .        .        .  .  .    .  . 
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . T   . .   .  . .   .    . .   . .  . .  .    .     .   .        .                        
blockSeqs                     :        .   . .  . .  . .       . .   .    .  .     .   .   . . .   . .   . .   .  . .   .    .                                                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA
finalCons                     : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     111                                                                              
lowQualScore                  :        2   2 33 4 33 2 5555    2 2   33   2  2     2   77  2 2 2   2 77  2 66  33 2 111 2    2 2   2 2  2 5  66   77777 2   333      2        2  2  2    88 33       
lowQualScore                  :        .   . .. . .. . ....    . .   ..   .  .     .   ..  . . .   . ..  . ..  .. . ... .    . .   . .  . .  ..   ..... .   ...      .        .  .  .    .. ..       
lowQualScore                  :        4   4 22 7 22 4 0000    4 4   22   4  4     4   99  4 4 4   4 33  4 55  22 4 555 4    4 5   5 5  5 0  99   44444 5   666      5        7  7  7    99 77       
consensus                     : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA
Reference ( family-922 )      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-NA--TTTATAA
gi|67816                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-GTG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATCTT-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTAAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AA--TTTATAA
gi|67817                      : ATGCACG-TGC-C--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-TA--TTT-TAAa
gi|67818                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C------CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A-CTG-T--GT--A-G---C-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-TA--TTTATAA
gi|67819                      : ATGCACG-TGC-A--TAG--C-G----CATG-CCGCG--TTT-GC-AATTT-TTAA-TT-A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T-CT--ACC--T--C-TGC----TGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AA--TTAATAA
gi|67820                      : ATGCACG-TGC-GACT-G--C-G----CATGGC-G-G--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A---ATC-A-GTGTT--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA---TG-T-CT--ACCT-T--A-TGC-T-GTAAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AA--TTTATAA
gi|67821                      : ATGCACG-TGCCA--T-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GCCAATTT-TTAA-TT-A-C-ATC-AGTTG-TTGGT--A-T---A-ACTT-T-ATA-T-TG-TGCT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-CAACTGTATAAaa
gi|67822                      : ATGCACG-TGC-A--T-GTGC-G----CATA-C-GCG--TTT-GC-ATTTT-TTA--TC-A-C-ATCAA-CTA-T--GT--A-G---A-ACTT-T-ATA-T-TG-T--TAAACC--T--ATTGCAT-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTTAAA--TTTATAA
gi|67823                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CA-G-C-GCG--TT--GC-AATTT-TT---TT-A-C-ATC-A-CTA-T--GT--A-G---A-ACTT-TAATA-T-TG-T-CT--ACC--TA-A-TGC-T-GTGAATAATCATTTCAAT-TA-TCTTATA--ATTATA
gi|67824                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--C-G----CAT-----------T-GC-AATTT-TTA--TTTA-C-ATC---CTG-T--GTTAG-G---A-ACTT-T-ATA-T-TGGT-CT--ACC--T--A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TATTCTT-AA--TTTATAcaa
gi|67825                      : ATGCACG-TGC-A--T-G--CAG----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-T-A--TT-AACGATC-AGCTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T--TA-TCTG-T-CT--ACC--T--A-TGC-TGGTG-AT-ATTAcaa
gi|67826                      : ATGCACG-TGC-A--T-G----G----CATG-C-GCGCGTTT-GC-AATGTGTTAATCT-A-C-CTC-T-CTG-TCCGT--ATG---C-ATTCAT-ATA-T-TG-T-CTCTACCATT--A-TGC-T-GGGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT--A--TTTATAA
gi|67827                      : ATGCACG-TGC-T--A-G--C-G----CATG-C-GCG--TTT-GC-AATTT-TTA--TT-A-C-ATC-A--TG-T--GT----T---A-ACTT-
gi|67828                      : ATGCACG-TGC-A--TTG--C-GACCTTATG-C-GCG--TTTTGC-AATTT-TAT--TT-A-C-AT--A-CTG-T--GT--A-G---A-ACTT-T-AAA-C-TG-TTCT--ACT---------C-T------T-A-CATTGC-ATCTA-TCTT-TA--TTTATAA
gi|67829                      :   GCACGATGC-A--C-G--T-G----CATG-C-GCA--TTG-GC-AATTT-TTA--T--A-C-ATC-A-GTG-T--GT--A-G---ATATTT-A-ATA-T-TG-T-CT--AC------A-TGC-T-GTGAAT-ATCATTTC-AT-TA-TCTT-AC--ATTATAA
gi|67830                      :        -TGC-A--C-A--C-G----CATG-T-GCG--TTG-AC-ATTTT-TGA--CT-A-C-ATC-A-TTC-T--AT--G-GGCAA-AC-----ATA-T-TA-T-CT--ACC--T--G-TGT-G-GTAAAT-ATTAATTC-AT-TC-TCTT-TA--TTCAT
gi|67831                      :        -TGC-A--C-A--C-G----CATG-C-ACT--TTG-GC-ATATT-CCA--TT-A-C-ACC-A-TTC-T--AT--G-GACAA-AC-----ATA-T-TA-T-CT--ACC--T--G-TGT-G-GTAAAT-ATGAATTC-AT-TC-TCTT-TA--TTCAT
gi|67832                      :        -TGC-A--T-G--C-G----CATG-C-AAG--TTG-GC-ATATT-TTA--TT-A-T-ACC-A-TTC-T--AT--A-GAC-A-A------ACA-T-GA-T-CT--ATC--TGCA-TG----GTAAAT-ATGAATTC-AT-TC-TCTT-CA--TTCATtagaaaa