lowQualScore : 11 11 1 44 1 1 333 1 222
lowQualScore : .. .. . .. . . ... . ...
lowQualScore : 66 33 2 66 2 2 111 3 333
consensus : AAAATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGCT
Reference ( gi|127833 ) : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127825 : AAGATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127826 : tAAAATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127827 : tAAAACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127828 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TA--AAGC-T---ATATAGCT
gi|127829 : tAAATTAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTT-A-TC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127830 : tAAAATAGCT--A---TCAAGCTACTTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGCTT---ATATAGCT
gi|127831 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TA
gi|127834 : tAAAATAGCT--ATAGTCA-GCTA-TTTC-AAT-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATATAGTT
gi|127835 : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTCAAAA-TAGC-TGA-T---TAGC-TCAGATATAGCT
gi|127832 : AAAATTGCTGAA-AATCAAGC-A-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TCTATAGT-C---ATATA
gi|127825 : tATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---AT
gi|127826 : taagATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTAA-TT--TAGC-T---ATatagct
gi|127827 : taaaATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTAA-TT--TAGC-T---GTatagct
gi|127828 : taaaATAGCT--T-TATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---ATatagct
gi|127829 : taaaATAGCT--A-GAT-AAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---atagct
gi|127837 : taaatATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---ATatagct
gi|127837 : ATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---AT
gi|127836 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---AT
gi|127836 : ATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTAA-TT--TAGC-T---AT
gi|127839 : ACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TAGC-T---AT
gi|127839 : ATAGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTAA-TT--TAGC-T---GT
gi|127834 : ATAGCT--A-GATCAAGCTA-ATTG-AAA-TAGC-TGACTA--TAGC-T---AT
gi|127841 : aaaATAGCT--A-GAT-AAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---atagtt
gi|127842 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TC--TA
gi|127840 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTTGA-TA--AAGC-T---AT
gi|127840 : ATAGCT--T-TATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---AT
gi|127841 : TAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAA-TAGCTT-A-TC--TAGC-T---AT
gi|127830 : AGCT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAAGTAGCTTGA-----TAGC-T---AT
gi|127835 : taaaAGCT--A-A-TCA-GCTA-TTTTGAAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---ATtatatagct
gi|127831 : aaaT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---ATcagatatagct
gi|127842 : taaaT--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-TAGCTTGA-TT--TAGC-T---AT
gi|127832 : T--A-GATCAAGCTA-TTTG-AAA-T-GCTTGA-TT--T
Alignments
lowQualScore : 33 8 2 2 2 33 2 444
lowQualScore : .. . . . . .. . ...
lowQualScore : 11 4 2 2 2 11 5 444
consensus : AAAATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
Reference ( family-916 ) : AAAATAGCT--AGA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127825 : AAGATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127826 : tAAAATAGCT--AAA-TTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127827 : tAAAACAGCT--AAA-TTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127828 : tAAAATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---ATATAGCT
gi|127829 : tAAATTAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127830 : tAAAATAGCT--A---TCAAGCTACTTTC-AAATAGCTTGATC--TAGCTT---ATATAGCT
gi|127831 : tAAAATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
gi|127832 : tAAAATTGCTGAAAA-TCAAGC-A-TTTC-AAATAGCTTGATCTATAGT-C---ATATA
gi|127833 : tAAAATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127834 : AAAATAGCT--ATAGTCA-GCTA-TTTC-AATTAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGTT
gi|127835 : AAAATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTCAAAATAGC-TGAT---TAGC-TCAGATATAGCT
gi|127836 : ATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127837 : ATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--AAA-TTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127839 : ACAGCT--AAA-TTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127840 : ATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---AT
gi|127841 : TAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---AT
gi|127842 : ATAGCT--AAA-TCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
Alignments
lowQualScore : 33 2 2 2 33 2 444
lowQualScore : .. . . . .. . ...
lowQualScore : 11 2 2 2 11 5 444
consensus : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
Reference ( family-916 ) : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127825 : AAGATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127826 : tAAAATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127827 : tAAAACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127828 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---ATATAGCT
gi|127829 : tAAATTAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127830 : tAAAATAGCT--A---TCAAGCTACTTTC-AAATAGCTTGATC--TAGCTT---ATATAGCT
gi|127831 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
gi|127832 : tAAAATTGCTGAA-AATCAAGC-A-TTTC-AAATAGCTTGATCTATAGT-C---ATATA
gi|127833 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127834 : AAAATAGCT--ATAGTCA-GCTA-TTTC-AATTAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGTT
gi|127835 : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTCAAAATAGC-TGAT---TAGC-TCAGATATAGCT
gi|127836 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127837 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127839 : ACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127840 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---AT
gi|127841 : TAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---AT
gi|127842 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
Alignments
lowQualScore : 33 2 2 2 33 2 444
lowQualScore : .. . . . .. . ...
lowQualScore : 11 2 2 2 11 5 444
consensus : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
Reference ( family-916 ) : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127825 : AAGATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127826 : tAAAATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127827 : tAAAACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127828 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---ATATAGCT
gi|127829 : tAAATTAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127830 : tAAAATAGCT--A---TCAAGCTACTTTC-AAATAGCTTGATC--TAGCTT---ATATAGCT
gi|127831 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
gi|127832 : tAAAATTGCTGAA-AATCAAGC-A-TTTC-AAATAGCTTGATCTATAGT-C---ATATA
gi|127833 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127834 : AAAATAGCT--ATAGTCA-GCTA-TTTC-AATTAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGTT
gi|127835 : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTCAAAATAGC-TGAT---TAGC-TCAGATATAGCT
gi|127836 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127837 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127839 : ACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127840 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---AT
gi|127841 : TAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---AT
gi|127842 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
blockSeqs : GA T C A TA T CAG
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
finalCons : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
Alignments
lowQualScore : 33 2 2 2 33 2 444
lowQualScore : .. . . . .. . ...
lowQualScore : 11 2 2 2 11 5 444
consensus : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
Reference ( family-916 ) : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127825 : AAGATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127826 : tAAAATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127827 : tAAAACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127828 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---ATATAGCT
gi|127829 : tAAATTAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127830 : tAAAATAGCT--A---TCAAGCTACTTTC-AAATAGCTTGATC--TAGCTT---ATATAGCT
gi|127831 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA
gi|127832 : tAAAATTGCTGAA-AATCAAGC-A-TTTC-AAATAGCTTGATCTATAGT-C---ATATA
gi|127833 : tAAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGCT
gi|127834 : AAAATAGCT--ATAGTCA-GCTA-TTTC-AATTAGCTTGATC--TAGC-T---ATATAGTT
gi|127835 : AAAATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTCAAAATAGC-TGAT---TAGC-TCAGATATAGCT
gi|127836 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127837 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127838 : ATAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127839 : ACAGCT--A-AATTAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TAGC-T---AT
gi|127840 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATA--AAGC-T---AT
gi|127841 : TAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTT-ATC--TAGC-T---AT
gi|127842 : ATAGCT--A-AATCAAGCTA-TTTC-AAATAGCTTGATC--TA