lowQualScore : 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 444 2 0 2 2 88 2 2 4 2 55 33 33 3333 33 2 2 2 3333 5 99999999 2 2 2 2 5555 5555 2 2 2 0
lowQualScore : . . . . ... . . . . .. . . . . .. .. .. .... .. . . . .... . ........ . . . . .... .... . . . .
lowQualScore : 5 4 4 4 111 4 6 4 4 11 4 4 7 4 33 22 22 8888 22 4 4 4 8888 3 77777777 7 7 7 7 6666 7777 7 7 9 4
consensus : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAACTG-A-T-ACA-TCTA-TTGTA-G--TA--A-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
Reference ( gi|110281 ) : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAACTA-A-T-ACA-TCTA-TTGTT-G--TA--A-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110282 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAACTA-A-T-ACA-TCTA-TTGTT-G--TA--A-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA----GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TGA----ATC--TCAC-GTGC-TTTGAGTCAT-TGACCAGCTAA
gi|110283 : AATGAA-CATG-TTTG-G-TCGGT---AAA-TTAAAAATT-GA-ACACAAATA-A-T-ACA-CCTA-TTGTA-G--CA--A-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-ACAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110285 : AGTGCA-CATG-TTTA-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATT-AA-ACACAACTG-A-T-AAA-TCTG-TTGTA-G--TA--A-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGT-AA--G-GCAATCA-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TGA----ATCA-TCAC-CTGT-GTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110284 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TT-AAAATT-AA-ACACAATTG-A-T-ACA-TCTA-TTGTA-G--TA--A-T--AGTTCG--AGA-TGC-GAGTC-AA--G-GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA----TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGA-TCATGT-ACCAGCTAA
gi|110287 : AATGCA-CATG-C---------------AA-TTAAAAATT-AA-ACACAAGTG-A-T-ACA-TTTA-TTGTA-G--TA--A-T--GTTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATTG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAG--T-GGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGGGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110286 : AAT-CA-CATT-TTTG-G-TTGGT---AAA-ATAAAAATT-AA-ACACAACTG-A-T-ACAATCTAATTGTA-G--TA--A-T--GGTT----ACA-TGT-GAAGT-CACCG-GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-CGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCT
gi|110288 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAT-CTTAAAATT--A-ACACAACTG-A-T-ACA-TCTA-TTG-T-G--TA--A-T--AGTTCA--ACA-TGC-GAGTC-AA--GTGCAATCG-CA--------T-TGT-CAAC-ATAAAA----TGA----AC---TCACGGTGCTTTTGAGTCATGTGACCATCTAA
gi|110289 : AATGCA-CAGG-TTGG-G-AAGGA---AAA-TAAAAAATT-AA-CCCCATCTG-A-G-GCA-TCTA-TGGTA-G--TA--A-T--GTTTCA--ACA-TGC-GGGTC-AG--G-GCAATCG-CA--------T-GGT-C-AC-ACAAAA--T-TGA----ATCA-TCAC-GTGT-TCTGGGTCATGTGACCAGCTGA
gi|110290 : AATGCA-CA-G-TTTGCG-TTGTT---AAAATTAAAAATT-AA-ACACAACTG-A-T-A-A-CCTA-TTGTA-G---A--A----GGTTCAAGACA--GC-GAGTC-AA----GCAATCG-CA--------T--GT-C-AC-ATAAAA--TCTGA----ATCA-CCAC--TTC-TTTGAGTCAT-TGGCCAGCTAA
gi|110291 : AATACAACATC-TTGG-A-TTGGT---AGA-TTAAAAATT-AAGAAACAACTG-A-T--CA-T-TA-T-GTA-G--TA--A-T--GAT-CA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G---AATCGGCA--------T-GG--C-ACCATAAAAGAT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGT
gi|110292 : AATGCA-CATG-TTTG-G-ATGGT---AA--TTAAAAATT-AA-ACACAACTG-A-C-ACA------------G--T----------TTCA--ACA-TGC-GATGC-AA--G-ACAATCG-CA--------T-GGT-C-CC-ATAAAG--T-GAA----ATCA-TCAT-GTG
gi|110293 : AATCCA-CATG-TTCC-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATG-AA-ACACAACTG-A-T-ACT-TTTA-TTGTA-G--TA--A-T--GTTTCA--ACA-TGC-TAAGC-A
gi|110294 : ATGGA-CACG-TTTA-G-GTGGT---AAA-TT-AAAATG-AA-ACACAATTGGA-T-ACA-TTTA-TTGT---------A----GGCCTA--GC----T-AAGGC-AA--T-GCTATCG-CA--------T-GGT-C-GC-ATAAAA--A-TGA----ATCA-TCAC-TTGC-CTTGAGTCAT
gi|110295 : ATGCA-CATGATTTA-GCTTCGTTTAAAA-TTAAAAATT-AA-ACACAACTG-ACT-GCAGTCTA-TTGTT-AGTTAGTA-T--GG-TCA--CCATTGCGGAGGC-AA--G-GCAATCG-CAATCTAAATT-CGTCC-AC-ATAAAA--T-TTGCCATATCATTCAC-GTGC-TTTGAGTCAT
gi|110296 : TGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAACTG-A-T-ACA-GTTA--TGCA-G--TA--A-T--GGTTAA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-------G-CA--------T-GGT-C-AC-ATAAAA--T-TAA----ATCA-TCAC--------TGAGTTATGT
gi|110297 : -CATG-CTTG-G-TTTGT---AA--TTAAAAATT-GA-ACCAAACTG-A-TTACA-TCTA-TCGTTAG--TA--A-TTTGGTTCA--ACA-TGA-GAGTC-A---G-GCAATCGGCA--------TTGGT-C-AC-ATAAAA--T-GGA----ATCA-TCAC-GTTC-TCTGATTCA--TGACCAGCTAAa
gi|110298 : -TTTG-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATTAAA-ACACAATCAGA-T-ACA-TCTA-TTGGTAG--TG--ACT--GGTCAA--GCA-TGC-AGAGCGAA--G-G
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 333 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 33 33 2 2 2 33 2 2 2 99999999 2 2 2 2 33 2 5555 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . . . . . . . . . . ..... . . .. .. . . . .. . . . ........ . . . . .. . .... . . .
lowQualScore : 4 2 2 2 999 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 66666 2 2 11 11 2 2 2 22 4 5 5 11111111 5 5 5 5 44 5 3333 5 5 7
consensus : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
Reference ( family-903 ) : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110281 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110282 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA----GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATC--TCAC-GTGC-TTTGAGTCAT-TGACCAGCTAA
gi|110283 : AATGAA-CATG-TTTG-G-TCGGT---AAA-TTAAAAATT-GA-ACACAA-ATA-A-T-ACA-CCTA-TT-G-----T-AGCAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110284 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAA-TT-AA-ACACAA-TTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--AGTTCG--AGA-TGC-GAGTC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--A--TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGA-TCATGT-ACCAGCTAA
gi|110285 : AGTGCA-CATG-TTTA-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-AAA-TCTG-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGT-AA--G-GCAATC-A-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-CTGT-GTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110286 : AAT-CA-CATT-TTTG-G-TTGGT---AAA-ATAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACAATCTAATT-G-----T-AGTAA-T--GGTT----ACA-TGT-GAAGT-CACCG-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-CGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCT
gi|110287 : AATGCA-CATG-C---------------AA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-GTG-A-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATT-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--GT-GGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGGGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110288 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAT-CTTAAAATT--A-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T--GTAA-T--AGTTCA--ACA-TGC-GAGTC-AA--GTGCAATC-G-CA--------T-TGT-CAA-CATAAA--A--TGA----AC---TCACGGTGCTTTTGAGTCATGTGACCATCTAA
gi|110289 : AATGCA-CAGG-TTGG-G-AAGGA---AAA-TAAAAAATT-AA-CCCCAT-CTG-A-G-GCA-TCTA-TG-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GGGTC-AG--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CACAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGT-TCTGGGTCATGTGACCAGCTGA
gi|110290 : AATGCA-CA-G-TTTGCG-TTGTT---AAAATTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-A-A-CCTA-TT-G-----T-AG-AA----GGTTCAAGACA--GC-GAGTC-AA----GCAATC-G-CA--------T--GT-C-A-CATAAA--ATCTGA----ATCA-CCAC--TTC-TTTGAGTCAT-TGGCCAGCTAA
gi|110291 : AATACAACATC-TTGG-A-TTGGT---AGA-TTAAAAATT-AAGAAACAA-CTG-A-T--CA-T-TA--T-G-----T-AGTAA-T--GA-TCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G---AATCGG-CA--------T-GG--C-ACCATAAAAGAT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGT
gi|110292 : AATGCA-CATG-TTTG-G-ATGGT---AA--TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-C-ACA------------------GT--------TTCA--ACA-TGC-GATGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-C-CATAAA--GT-GAA----ATCA-TCAT-GTG
gi|110293 : AATCCA-CATG-TTCC-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATG-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACT-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-TAAGC-A
gi|110294 : ATGGA-CACG-TTTA-G-GTGGT---AAA-TTAAAA-TG-AA-ACACAA-TTGGA-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AG--------GCCTA--GC----T-AAGGC-AA--T-GCTATC-G-CA--------T-GGT-C-G-CATAAA--AA-TGA----ATCA-TCAC-TTGC-CTTGAGTCAT
gi|110295 : ATGCA-CATGATTTA-GCTTCGTTTAAAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-ACT-GCAGTCTA-TT-GTTAGTT-AGT-A-T--GG-TCA--CCATTGCGGAGGC-AA--G-GCAATC-G-CAATCTAAATT-CGTCC-A-CATAAA--AT-TTGCCATATCATTCAC-GTGC-TTTGAGTCAT
gi|110296 : TGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-GTTA--T-G-----C-AGTAA-T--GGTTAA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G--------G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TAA----ATCA-TCAC--------TGAGTTATGT
gi|110297 : -CATG-CTTG-G-TTTGT---AA--TTAAAAATT-GA-ACCAAA-CTG-A-TTACA-TCTA-TC-G-----TTAGTAA-TTTGGTTCA--ACA-TGA-GAGTC-A---G-GCAATC-GGCA--------TTGGT-C-A-CATAAA--AT-GGA----ATCA-TCAC-GTTC-TCTGATTCA--TGACCAGCTAAa
gi|110298 : -TTTG-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATTAAA-ACACAATCAG-A-T-ACA-TCTA-TTGG-----T-AGTGACT--GGTCAA--GCA-TGC-AGAGCGAA--G-G
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 333 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 33 33 2 2 2 33 2 2 2 99999999 2 2 2 2 33 2 5555 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . . . . . . . . . . ..... . . .. .. . . . .. . . . ........ . . . . .. . .... . . .
lowQualScore : 4 2 2 2 999 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 66666 2 2 11 11 2 2 2 22 4 5 5 11111111 5 5 5 5 44 5 3333 5 5 7
consensus : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
Reference ( family-903 ) : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110281 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110282 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA----GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATC--TCAC-GTGC-TTTGAGTCAT-TGACCAGCTAA
gi|110283 : AATGAA-CATG-TTTG-G-TCGGT---AAA-TTAAAAATT-GA-ACACAA-ATA-A-T-ACA-CCTA-TT-G-----T-AGCAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110284 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAA-TT-AA-ACACAA-TTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--AGTTCG--AGA-TGC-GAGTC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--A--TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGA-TCATGT-ACCAGCTAA
gi|110285 : AGTGCA-CATG-TTTA-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-AAA-TCTG-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGT-AA--G-GCAATC-A-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-CTGT-GTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110286 : AAT-CA-CATT-TTTG-G-TTGGT---AAA-ATAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACAATCTAATT-G-----T-AGTAA-T--GGTT----ACA-TGT-GAAGT-CACCG-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-CGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCT
gi|110287 : AATGCA-CATG-C---------------AA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-GTG-A-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATT-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--GT-GGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGGGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110288 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAT-CTTAAAATT--A-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T--GTAA-T--AGTTCA--ACA-TGC-GAGTC-AA--GTGCAATC-G-CA--------T-TGT-CAA-CATAAA--A--TGA----AC---TCACGGTGCTTTTGAGTCATGTGACCATCTAA
gi|110289 : AATGCA-CAGG-TTGG-G-AAGGA---AAA-TAAAAAATT-AA-CCCCAT-CTG-A-G-GCA-TCTA-TG-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GGGTC-AG--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CACAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGT-TCTGGGTCATGTGACCAGCTGA
gi|110290 : AATGCA-CA-G-TTTGCG-TTGTT---AAAATTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-A-A-CCTA-TT-G-----T-AG-AA----GGTTCAAGACA--GC-GAGTC-AA----GCAATC-G-CA--------T--GT-C-A-CATAAA--ATCTGA----ATCA-CCAC--TTC-TTTGAGTCAT-TGGCCAGCTAA
gi|110291 : AATACAACATC-TTGG-A-TTGGT---AGA-TTAAAAATT-AAGAAACAA-CTG-A-T--CA-T-TA--T-G-----T-AGTAA-T--GA-TCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G---AATCGG-CA--------T-GG--C-ACCATAAAAGAT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGT
gi|110292 : AATGCA-CATG-TTTG-G-ATGGT---AA--TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-C-ACA------------------GT--------TTCA--ACA-TGC-GATGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-C-CATAAA--GT-GAA----ATCA-TCAT-GTG
gi|110293 : AATCCA-CATG-TTCC-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATG-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACT-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-TAAGC-A
gi|110294 : ATGGA-CACG-TTTA-G-GTGGT---AAA-TTAAAA-TG-AA-ACACAA-TTGGA-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AG--------GCCTA--GC----T-AAGGC-AA--T-GCTATC-G-CA--------T-GGT-C-G-CATAAA--AA-TGA----ATCA-TCAC-TTGC-CTTGAGTCAT
gi|110295 : ATGCA-CATGATTTA-GCTTCGTTTAAAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-ACT-GCAGTCTA-TT-GTTAGTT-AGT-A-T--GG-TCA--CCATTGCGGAGGC-AA--G-GCAATC-G-CAATCTAAATT-CGTCC-A-CATAAA--AT-TTGCCATATCATTCAC-GTGC-TTTGAGTCAT
gi|110296 : TGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-GTTA--T-G-----C-AGTAA-T--GGTTAA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G--------G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TAA----ATCA-TCAC--------TGAGTTATGT
gi|110297 : -CATG-CTTG-G-TTTGT---AA--TTAAAAATT-GA-ACCAAA-CTG-A-TTACA-TCTA-TC-G-----TTAGTAA-TTTGGTTCA--ACA-TGA-GAGTC-A---G-GCAATC-GGCA--------TTGGT-C-A-CATAAA--AT-GGA----ATCA-TCAC-GTTC-TCTGATTCA--TGACCAGCTAAa
gi|110298 : -TTTG-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATTAAA-ACACAATCAG-A-T-ACA-TCTA-TTGG-----T-AGTGACT--GGTCAA--GCA-TGC-AGAGCGAA--G-G
blockSeqs : A A C C TTA A A G T G C T A A G TTAGT T C TT AG T G G CC T G G ATCTAAAT T C A C AG C CCAT T G T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
finalCons : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 333 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 55555 2 2 33 33 2 2 2 33 2 2 2 99999999 2 2 2 2 33 2 5555 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . . . . . . . . . . ..... . . .. .. . . . .. . . . ........ . . . . .. . .... . . .
lowQualScore : 4 2 2 2 999 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 66666 2 2 11 11 2 2 2 22 4 5 5 11111111 5 5 5 5 44 5 3333 5 5 7
consensus : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
Reference ( family-903 ) : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110281 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110282 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTGAAAATT-AA-ACACAA-CTA-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-TGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA----GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATC--TCAC-GTGC-TTTGAGTCAT-TGACCAGCTAA
gi|110283 : AATGAA-CATG-TTTG-G-TCGGT---AAA-TTAAAAATT-GA-ACACAA-ATA-A-T-ACA-CCTA-TT-G-----T-AGCAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110284 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAA-TT-AA-ACACAA-TTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T-AGTAA-T--AGTTCG--AGA-TGC-GAGTC-AA--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--A--TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGA-TCATGT-ACCAGCTAA
gi|110285 : AGTGCA-CATG-TTTA-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-AAA-TCTG-TT-G-----T-AGTAA-T--GGTTCA--ACA-TGC-GAGGT-AA--G-GCAATC-A-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-CTGT-GTTGAGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110286 : AAT-CA-CATT-TTTG-G-TTGGT---AAA-ATAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACAATCTAATT-G-----T-AGTAA-T--GGTT----ACA-TGT-GAAGT-CACCG-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-CGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGTGACCAGCT
gi|110287 : AATGCA-CATG-C---------------AA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-GTG-A-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G-GCAATT-G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--GT-GGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGGGTCATGTGACCAGCTAA
gi|110288 : AATGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAT-CTTAAAATT--A-ACACAA-CTG-A-T-ACA-TCTA-TT-G-----T--GTAA-T--AGTTCA--ACA-TGC-GAGTC-AA--GTGCAATC-G-CA--------T-TGT-CAA-CATAAA--A--TGA----AC---TCACGGTGCTTTTGAGTCATGTGACCATCTAA
gi|110289 : AATGCA-CAGG-TTGG-G-AAGGA---AAA-TAAAAAATT-AA-CCCCAT-CTG-A-G-GCA-TCTA-TG-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-GGGTC-AG--G-GCAATC-G-CA--------T-GGT-C-A-CACAAA--AT-TGA----ATCA-TCAC-GTGT-TCTGGGTCATGTGACCAGCTGA
gi|110290 : AATGCA-CA-G-TTTGCG-TTGTT---AAAATTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-A-A-CCTA-TT-G-----T-AG-AA----GGTTCAAGACA--GC-GAGTC-AA----GCAATC-G-CA--------T--GT-C-A-CATAAA--ATCTGA----ATCA-CCAC--TTC-TTTGAGTCAT-TGGCCAGCTAA
gi|110291 : AATACAACATC-TTGG-A-TTGGT---AGA-TTAAAAATT-AAGAAACAA-CTG-A-T--CA-T-TA--T-G-----T-AGTAA-T--GA-TCA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G---AATCGG-CA--------T-GG--C-ACCATAAAAGAT-TGA----ATCA-TCAC-GTGC-TTTGAGTCATGT
gi|110292 : AATGCA-CATG-TTTG-G-ATGGT---AA--TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-C-ACA------------------GT--------TTCA--ACA-TGC-GATGC-AA--G-ACAATC-G-CA--------T-GGT-C-C-CATAAA--GT-GAA----ATCA-TCAT-GTG
gi|110293 : AATCCA-CATG-TTCC-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATG-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACT-TTTA-TT-G-----T-AGTAA-T--GTTTCA--ACA-TGC-TAAGC-A
gi|110294 : ATGGA-CACG-TTTA-G-GTGGT---AAA-TTAAAA-TG-AA-ACACAA-TTGGA-T-ACA-TTTA-TT-G-----T-AG--------GCCTA--GC----T-AAGGC-AA--T-GCTATC-G-CA--------T-GGT-C-G-CATAAA--AA-TGA----ATCA-TCAC-TTGC-CTTGAGTCAT
gi|110295 : ATGCA-CATGATTTA-GCTTCGTTTAAAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-ACT-GCAGTCTA-TT-GTTAGTT-AGT-A-T--GG-TCA--CCATTGCGGAGGC-AA--G-GCAATC-G-CAATCTAAATT-CGTCC-A-CATAAA--AT-TTGCCATATCATTCAC-GTGC-TTTGAGTCAT
gi|110296 : TGCA-CATG-TTTG-G-TTGGT---AAA-TTAAAAATT-AA-ACACAA-CTG-A-T-ACA-GTTA--T-G-----C-AGTAA-T--GGTTAA--ACA-TGC-GAGGC-AA--G--------G-CA--------T-GGT-C-A-CATAAA--AT-TAA----ATCA-TCAC--------TGAGTTATGT
gi|110297 : -CATG-CTTG-G-TTTGT---AA--TTAAAAATT-GA-ACCAAA-CTG-A-TTACA-TCTA-TC-G-----TTAGTAA-TTTGGTTCA--ACA-TGA-GAGTC-A---G-GCAATC-GGCA--------TTGGT-C-A-CATAAA--AT-GGA----ATCA-TCAC-GTTC-TCTGATTCA--TGACCAGCTAAa
gi|110298 : -TTTG-G-TTGGT---AAA-TTCAAAATTAAA-ACACAATCAG-A-T-ACA-TCTA-TTGG-----T-AGTGACT--GGTCAA--GCA-TGC-AGAGCGAA--G-G