lowQualScore : 6666 11 1111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 9 3 8888 2 2 55 2 2 33 2 2 2 4 4444444444 55555 11111111111 22 2 2 444 0000
lowQualScore : . . .... . . .. . . .. . . . . .......... ..... ........... .. . . ... ....
lowQualScore : 8 1 5555 4 4 66 4 4 44 4 4 4 7 8888888888 99999 88888888888 88 4 4 111 2222
consensus : ATGCACAAACAATAT-AGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Reference ( gi|22348 ) : ATGCACAAACAATAT-AGGGTCCGAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22346 : ATGCACAAACAATAT-ATGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TAACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22345 : ATGCACAAACAATAT-AGGG---GAG-CT-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------A---GTAAA-----T------G----TTGACTAG-AG-AA---AC-G--GATAGGA
gi|22349 : ATGCACAAACAATAT-AGGG---AAG-CCCTTTT--C-GC-TCACTT-T-CT-AAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22350 : ATGTACAAACAATATTAGGG----AG-CC-TTTTT-C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-AT-----G---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AGAAA---AC-G--GACAAGA
gi|22351 : ATGCACAAACA-TAT-AGGG-----A-CC-TTTT--C-GC-TCATT--T-CT-GAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC----GACAAGA
gi|22352 : ATGCACAAACAAAA----------AG-CC-TTTTTAC-AC-TCACTT-T-CC-GATT-AGA------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---ACGG--GACAGGA
gi|22353 : ATGCACAAGCA-TAT-AGGG---GAG-CC-TTTT--C-AC-TCACT--T-TC-GAGC-A-AAAGCATG---GCAAA-----A------T----TTG-C-AG-AG--A---AC-G--AACAGGA
gi|22347 : ATGCACAAACAATAT--GGGC---AG--C-TTTT--C-GC-TCATTT-T-CC--AGC-A-AC-----A---GTAAA-----T-----------TTGAC-GGAAG-AA---AC-
gi|22354 : ATGCACAA-CA-T-T-AGGG---GAG-CC-ATT---C-G--TCACTTAT-CA-GAGC-A-A------G---GTAAATTAAAT------G----TTGAC-AG-AG-AA---AT----GACAGG
gi|22355 : ATGCTCAA-CTATAT-AGGG---GAG-CC-TTTT--T-GC-TCACTT-T-CC-AAAC-C-A------G---ATACA-----TATAAAAG----CTGAC-AG-AT-AA---AC-AT-GACA
gi|22356 : CAAACA-TAT-AGGG---GAGTCC-TTTT--C-GC-TTACTT-T-CC-GAGCAA-A------G---GTAAA-----T------GTT--TTGAC--G-AG-AAGATAC-G--GACAGGA
gi|22357 : CAAACA-TAT-AGGG----AG-CC-TTTT--C-GC-TCACGT-T-CTGGAGC-A-A----------GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-GCAGACA
gi|22358 : CACACAAAAT-AGGG----AG-C--TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GA-C-A-A------T---GT-AA-----T------G----TC-AC-AG-AG-AA---AC----GACAGGA
gi|22359 : GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACT--T-CC-GAGC-A-A------GAGTATAAA-----T------T----TTGAC--G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22360 : ggGAG-CC-TTTT--CCGC-TCACTT-TTCC-GA-C-ACA------G---GTAAA-----T------AAAATTTGAC-CG-AG-AA---AC-G--GCCAGG
gi|22361 : ggAG-CC-TTTT--C-GCCTCACTT-T-CC-GAGC-G-G------G---ATAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---GC-T--GA
gi|22362 : AG-CA-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-AAGC---G------G---GT-AA-----T------G----TTG----G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 11111111111
lowQualScore : 8 5555 2 2 55 2 2 2 2 2 2 4 3333333333 55555 00000000000 2 2 2 333 9999
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . . . .......... ..... ........... . . . ... ....
lowQualScore : 5 8888 2 2 33 2 2 2 2 2 2 4 4444444444 66666 66666666666 2 2 2 999 0000
consensus : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Reference ( family-901 ) : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22345 : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CT-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------A---GTAAA-----T------G----TTGACTAG-AG-AA---AC-G--GATAGGA
gi|22346 : ATGCACAAACAATATATGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TAACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22347 : ATGCACAAACAATAT-GGG---CAG--C-TTTT--C-GC-TCATTT-T-CC--AGC-A-AC-----A---GTAAA-----T-----------TTGAC-GGAAG-AA---AC-
gi|22348 : ATGCACAAACAATATAGGGTCCGAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22349 : ATGCACAAACAATATAGGG---AAG-CCCTTTT--C-GC-TCACTT-T-CT-AAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22350 : ATGTACAAACAATATTAGG---GAG-CC-TTTTT-C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-AT-----G---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AGAAA---AC-G--GACAAGA
gi|22351 : ATGCACAAACA-TATAGGG---A---CC-TTTT--C-GC-TCA-TT-T-CT-GAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC----GACAAGA
gi|22352 : ATGCACAAACAAAA---------AG-CC-TTTTTAC-AC-TCACTT-T-CC-GATT-AGA------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---ACGG--GACAGGA
gi|22353 : ATGCACAAGCA-TATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-AC-TCACTT-T--C-GAGC-A-AAAGCATG---GCAAA-----A------T----TTG-C-AG-AG--A---AC-G--AACAGGA
gi|22354 : ATGCACAA-CA-T-TAGGG---GAG-CC-ATT---C-G--TCACTTAT-CA-GAGC-A-A------G---GTAAATTAAAT------G----TTGAC-AG-AG-AA---AT----GACAGG
gi|22355 : ATGCTCAA-CTATATAGGG---GAG-CC-TTTT--T-GC-TCACTT-T-CC-AAAC-C-A------G---ATACA-----TATAAAAG----CTGAC-AG-AT-AA---AC-AT-GACA
gi|22356 : CAAACA-TATAGGG---GAGTCC-TTTT--C-GC-TTACTT-T-CC-GAGCAA-A------G---GTAAA-----T------GTT--TTGAC--G-AG-AAGATAC-G--GACAGGA
gi|22357 : CAAACA-TATAGGG----AG-CC-TTTT--C-GC-TCACGT-T-CTGGAGC-A-A----------GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-GCAGACA
gi|22358 : CACACAAAATAGGG----AG-C--TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GA-C-A-A------T---GT-AA-----T------G----TC-AC-AG-AG-AA---AC----GACAGGA
gi|22359 : GG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCAC-T-T-CC-GAGC-A-A------GAGTATAAA-----T------T----TTGAC--G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22360 : GG---GAG-CC-TTTT--CCGC-TCACTT-TTCC-GA-C-ACA------G---GTAAA-----T------AAAATTTGAC-CG-AG-AA---AC-G--GCCAGG
gi|22361 : AG-CC-TTTT--C-GCCTCACTT-T-CC-GAGC-G-G------G---ATAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---GC-T--GA
gi|22362 : AG-CA-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-AAGC---G------G---GT-AA-----T------G----TTG----G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 11111111111
lowQualScore : 8 5555 2 2 55 2 2 2 2 2 2 4 3333333333 55555 00000000000 2 2 2 333 9999
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . . . .......... ..... ........... . . . ... ....
lowQualScore : 5 8888 2 2 33 2 2 2 2 2 2 4 4444444444 66666 66666666666 2 2 2 999 0000
consensus : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Reference ( family-901 ) : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22345 : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CT-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------A---GTAAA-----T------G----TTGACTAG-AG-AA---AC-G--GATAGGA
gi|22346 : ATGCACAAACAATATATGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TAACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22347 : ATGCACAAACAATAT-GGG---CAG--C-TTTT--C-GC-TCATTT-T-CC--AGC-A-AC-----A---GTAAA-----T-----------TTGAC-GGAAG-AA---AC-
gi|22348 : ATGCACAAACAATATAGGGTCCGAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22349 : ATGCACAAACAATATAGGG---AAG-CCCTTTT--C-GC-TCACTT-T-CT-AAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22350 : ATGTACAAACAATATTAGG---GAG-CC-TTTTT-C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-AT-----G---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AGAAA---AC-G--GACAAGA
gi|22351 : ATGCACAAACA-TATAGGG---A---CC-TTTT--C-GC-TCA-TT-T-CT-GAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC----GACAAGA
gi|22352 : ATGCACAAACAAAA---------AG-CC-TTTTTAC-AC-TCACTT-T-CC-GATT-AGA------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---ACGG--GACAGGA
gi|22353 : ATGCACAAGCA-TATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-AC-TCACTT-T--C-GAGC-A-AAAGCATG---GCAAA-----A------T----TTG-C-AG-AG--A---AC-G--AACAGGA
gi|22354 : ATGCACAA-CA-T-TAGGG---GAG-CC-ATT---C-G--TCACTTAT-CA-GAGC-A-A------G---GTAAATTAAAT------G----TTGAC-AG-AG-AA---AT----GACAGG
gi|22355 : ATGCTCAA-CTATATAGGG---GAG-CC-TTTT--T-GC-TCACTT-T-CC-AAAC-C-A------G---ATACA-----TATAAAAG----CTGAC-AG-AT-AA---AC-AT-GACA
gi|22356 : CAAACA-TATAGGG---GAGTCC-TTTT--C-GC-TTACTT-T-CC-GAGCAA-A------G---GTAAA-----T------GTT--TTGAC--G-AG-AAGATAC-G--GACAGGA
gi|22357 : CAAACA-TATAGGG----AG-CC-TTTT--C-GC-TCACGT-T-CTGGAGC-A-A----------GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-GCAGACA
gi|22358 : CACACAAAATAGGG----AG-C--TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GA-C-A-A------T---GT-AA-----T------G----TC-AC-AG-AG-AA---AC----GACAGGA
gi|22359 : GG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCAC-T-T-CC-GAGC-A-A------GAGTATAAA-----T------T----TTGAC--G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22360 : GG---GAG-CC-TTTT--CCGC-TCACTT-TTCC-GA-C-ACA------G---GTAAA-----T------AAAATTTGAC-CG-AG-AA---AC-G--GCCAGG
gi|22361 : AG-CC-TTTT--C-GCCTCACTT-T-CC-GAGC-G-G------G---ATAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---GC-T--GA
gi|22362 : AG-CA-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-AAGC---G------G---GT-AA-----T------G----TTG----G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
blockSeqs : A TCCG T C TA C C A T G A G AAGCATG TTAAA ATAAAAG . A A GAT GCA
blockSeqs : A G . . T . . . . . . C GAGT . AAAAT . . . . GG
blockSeqs : A C . . . . . . . . . . CA . GTT . . . . AT
blockSeqs : A A . . . . . . . . . . TG . G . . . . G
blockSeqs : A G . . . . . . . . . . G . G . . . . G
blockSeqs : A A . . . . . . . . . . G . G . . . . G
blockSeqs : A G . . . . . . . . . . T . G . . . . G
blockSeqs : A G . . . . . . . . . . T . G . . . . G
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . G . G . . . . G
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . G . T . . . . G
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . G . G . . . . G
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . G . G . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . G . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
finalCons : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 11111111111
lowQualScore : 8 5555 2 2 55 2 2 2 2 2 2 4 3333333333 55555 00000000000 2 2 2 333 9999
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . . . .......... ..... ........... . . . ... ....
lowQualScore : 5 8888 2 2 33 2 2 2 2 2 2 4 4444444444 66666 66666666666 2 2 2 999 0000
consensus : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
Reference ( family-901 ) : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22345 : ATGCACAAACAATATAGGG---GAG-CT-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------A---GTAAA-----T------G----TTGACTAG-AG-AA---AC-G--GATAGGA
gi|22346 : ATGCACAAACAATATATGG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TAACTT-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22347 : ATGCACAAACAATAT-GGG---CAG--C-TTTT--C-GC-TCATTT-T-CC--AGC-A-AC-----A---GTAAA-----T-----------TTGAC-GGAAG-AA---AC-
gi|22348 : ATGCACAAACAATATAGGGTCCGAG-CC-TTTT--C-GC-TCACTC-T-CC-GAGC-A-A------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22349 : ATGCACAAACAATATAGGG---AAG-CCCTTTT--C-GC-TCACTT-T-CT-AAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22350 : ATGTACAAACAATATTAGG---GAG-CC-TTTTT-C-GC-TCACTT-T-CC-GAGC-A-AT-----G---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AGAAA---AC-G--GACAAGA
gi|22351 : ATGCACAAACA-TATAGGG---A---CC-TTTT--C-GC-TCA-TT-T-CT-GAGC-A-A------T---GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC----GACAAGA
gi|22352 : ATGCACAAACAAAA---------AG-CC-TTTTTAC-AC-TCACTT-T-CC-GATT-AGA------G---GTAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---ACGG--GACAGGA
gi|22353 : ATGCACAAGCA-TATAGGG---GAG-CC-TTTT--C-AC-TCACTT-T--C-GAGC-A-AAAGCATG---GCAAA-----A------T----TTG-C-AG-AG--A---AC-G--AACAGGA
gi|22354 : ATGCACAA-CA-T-TAGGG---GAG-CC-ATT---C-G--TCACTTAT-CA-GAGC-A-A------G---GTAAATTAAAT------G----TTGAC-AG-AG-AA---AT----GACAGG
gi|22355 : ATGCTCAA-CTATATAGGG---GAG-CC-TTTT--T-GC-TCACTT-T-CC-AAAC-C-A------G---ATACA-----TATAAAAG----CTGAC-AG-AT-AA---AC-AT-GACA
gi|22356 : CAAACA-TATAGGG---GAGTCC-TTTT--C-GC-TTACTT-T-CC-GAGCAA-A------G---GTAAA-----T------GTT--TTGAC--G-AG-AAGATAC-G--GACAGGA
gi|22357 : CAAACA-TATAGGG----AG-CC-TTTT--C-GC-TCACGT-T-CTGGAGC-A-A----------GTAAA-----T------G----TTCAC-AG-AG-AA---AC-GCAGACA
gi|22358 : CACACAAAATAGGG----AG-C--TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-GA-C-A-A------T---GT-AA-----T------G----TC-AC-AG-AG-AA---AC----GACAGGA
gi|22359 : GG---GAG-CC-TTTT--C-GC-TCAC-T-T-CC-GAGC-A-A------GAGTATAAA-----T------T----TTGAC--G-AG-AA---AC-G--GACAGGA
gi|22360 : GG---GAG-CC-TTTT--CCGC-TCACTT-TTCC-GA-C-ACA------G---GTAAA-----T------AAAATTTGAC-CG-AG-AA---AC-G--GCCAGG
gi|22361 : AG-CC-TTTT--C-GCCTCACTT-T-CC-GAGC-G-G------G---ATAAA-----T------G----TTGAC-AG-AG-AA---GC-T--GA
gi|22362 : AG-CA-TTTT--C-GC-TCACTT-T-CC-AAGC---G------G---GT-AA-----T------G----TTG----G-AG-AA---AC-G--GACAGGA