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lowQualScore                  :                                      4   1      1         1   2   444444 4       4    2   2  2 0           
lowQualScore                  :                                      .   .      .         .   .   ...... .       .    .   .  . .           
lowQualScore                  :                                      7   7      0         6   4   222222 7       7    4   4  4 3           
consensus                     :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
Reference ( gi|42360 )        :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42362                      :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42361                      :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42364                      :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CT-GA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCT
gi|42369                      :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TG
gi|42370                      :  gccgcacacctatctctgatgtactagagCGTCGTA-TCACGCCGCACACCTATCTC-TG
gi|42368                      :  gccgcaaacctatctctgatgtactagagCGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TG
gi|42363                      : gccgcaaacctatctctgatgtatctagagCGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42365                      :                               CGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTC
gi|42367                      :                               CGTCGTAATCA-GCCGCACACCTATCTC-TG
gi|42366                      :       gccgcacacctatctctgatgtagCGTCGTA-TCA-GCCGCACACCTATCTCTTGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCCGGCAAAACCTATCTCTG
gi|42374                      :                               CGTCGTA-TCA-G-CGCAAACCTATCTC-TG
gi|42359                      :    ccgcaaacctatctcgatgtactagagCGCCCTA-GCT-GCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42358                      :     cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTA-GCT-GCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42357                      :     cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTA-GCT-GCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42373                      :     cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGTCGTA-TCA-GCCCGAAACCTATCTC-TG
gi|42371                      :  ccgcaaacctatctctgatgtagctagagCGTCGTAATCA-GCCGCAAACCTATCTC-TG
gi|42372                      :       gccgcacacctatctctgatgtagCGTCGTA-TC--GCCGCAAACCTATCTC-TG
gi|42369                      :                 gccgcacacctatctctgagtgtag-GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42370                      :                                          -GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCACGCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42368                      :                                          -GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTATCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42367                      :                                          -GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42371                      :                                          -GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42372                      :                                          -GCCGCACACCTATCTC-TGAGTGT------A-GCGTCGT-ATC--GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42374                      :                                            CCGCAAACCTATCTC--GA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-G-C-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42373                      :                                            CCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTAGCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-CG-AAACCTATCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                             222222                                   
lowQualScore                  :                                                     2   2   999999 4       4    2   2  2             
lowQualScore                  :                                                     .   .   ...... .       .    .   .  .             
lowQualScore                  :                                                     2   2   777777 4       4    2   2  2             
consensus                     :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
Reference ( family-897 )      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42357                      :                           CGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42358                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42359                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42360                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42361                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42362                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42363                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42364                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CT-GA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCT
gi|42365                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTC
gi|42366                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTCTTGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCCGGCAAAACCTATCTCTG
gi|42367                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42368                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTATCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42369                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42370                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCACGCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42371                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42372                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGAGTGT------A-GCGTCGT-ATC--GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42373                      :                                      CCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTAGCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-CG-AAACCTATCTCTG
gi|42374                      :                                      CCGCAAACCTATCTC--GA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-G-C-GC-AAACCTATCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                             222222                                   
lowQualScore                  :                                                     2   2   999999 4       4    2   2  2             
lowQualScore                  :                                                     .   .   ...... .       .    .   .  .             
lowQualScore                  :                                                     2   2   777777 4       4    2   2  2             
consensus                     :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
Reference ( family-897 )      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42357                      :                           CGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42358                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42359                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42360                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42361                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42362                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42363                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42364                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CT-GA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCT
gi|42365                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTC
gi|42366                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTCTTGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCCGGCAAAACCTATCTCTG
gi|42367                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42368                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTATCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
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gi|42370                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCACGCC-GC-ACACCTATCTCTG
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gi|42374                      :                                      CCGCAAACCTATCTC--GA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-G-C-GC-AAACCTATCTCTG


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blockSeqs                     :                                                     .   .   AGCTAG G       A    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTAG  .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   ACTG   .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   A      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   A      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .
blockSeqs                     :                                                     .   .   .      .       .    .   .  .


blockSeqCons                  :                                                             ACTAG*
originalCons                  :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
finalCons                     :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTACTAG-A-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                             222222                                   
lowQualScore                  :                                                     2   2   999999 4       4    2   2  2             
lowQualScore                  :                                                     .   .   ...... .       .    .   .  .             
lowQualScore                  :                                                     2   2   777777 4       4    2   2  2             
consensus                     :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
Reference ( family-897 )      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42357                      :                           CGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42358                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42359                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGCCCTAGCTGCCGCAAACCTACCTC-TGA-TGTA-------GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42360                      : cttccatgaccatcaatcgtttgcctCGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42361                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42362                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGAGGCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42363                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42364                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CT-GA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCT
gi|42365                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCC-GC-AAACCTATCTC
gi|42366                      :                           CGTCGTATCAGCCGCACACCTATCTCTTGA-TGT------A-GCGTCGT-ATCA-CCCGGCAAAACCTATCTCTG
gi|42367                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42368                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTATCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42369                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42370                      :                                     GCCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCACGCC-GC-ACACCTATCTCTG
gi|42371                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGA-TGT------A-GCGTCGTAATCA-GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42372                      :                                     GCCGCACACCTATCTC-TGAGTGT------A-GCGTCGT-ATC--GCC-GC-AAACCTATCTCTG
gi|42373                      :                                      CCGCAAACCTATCTC-TGA-TGTAGCTAGA-GCGTCGT-ATCA-GCC-CG-AAACCTATCTCTG
gi|42374                      :                                      CCGCAAACCTATCTC--GA-TGTA-CTAGA-GCGTCGT-ATCA-G-C-GC-AAACCTATCTCTG