lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 9 888888 3 2 2 2 99999999 0 1 444 2 5555 2 2 2 2 777777 2 33 22 66666 444 2 1 2 77777 2 3 3 77 6 3 3 33 3 3 888888 555
lowQualScore : . ...... . . . . ........ . . ... . .... . . . . ...... . .. .. ..... ... . . . ..... . . . .. . . . .. . . ...... ...
lowQualScore : 6 222222 3 9 9 7 77777777 8 1 777 7 5555 5 5 5 5 222222 5 44 66 22222 444 5 5 9 11111 9 1 1 33 2 1 1 55 1 1 888888 444
consensus : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
Reference ( gi|114699 ) : CATATCCGAT------ATCTTCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114701 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCT---AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAG-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAACAAAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTG-AGC-TTGATAG-TAA------TA---T-ATAAA
gi|114700 : CATATCCAAT------ATCTGCA-T-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTA--AGACG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAC-GTCATG--ACA-AACAGGACT-----G----AGAG-TTGTAAC-ATAA-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114703 : CATATCCAAT------ATCTGCA-A-GACGTGC-AAA--------CATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAAATAC-GTCACG--AAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTCTAAC-ATAG-----AAAATATCTTGC-TTTACTACG-GA-T--TA-T-TTTG-ATC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114702 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCATGC-AAA--------A-TGCA---TA-TGTA--AGACT-TCC-TA-TTGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----TT---AGAT-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-TTATA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114704 : CATATCCAATTACAATATCAGCA-C-GCCATGC-AAATAATTAAAAATCCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-T---TAA-A------AAATATT-GTCATG--ACC-AACA---CT-----GT---AGAG-TT-TAAC-ATGA-----AAAATGCCTTTA-TTTAACACG-GC-T--TA---TTTA-AGC-TTGATAG-T-A------TA---
gi|114705 : CATATC-AAT------ATCTGCA-C-GACGTGC-AAA--------A-TCCA---TA-TCAA--GGACG-TCA-TA-AT-A-A------AAGTTAC-TTCATG--ACA-AACAGACAT-----ATACGAGGG-TTGT
gi|114706 : ATATCGCAT------ATCTTCA-CCGCCGTGC-AAA--------A-TGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGGGA------AAATTAT-GTCACG--GAA-GACAGG-CT-----GT---AGAGTTTGTAAT-ATAG-----AAAAGGCCTTGC-TTGACCACG-GC-TA-TA-T-TTTT-AGC--TGACAG-T-A------T----TGATAAATA
gi|114707 : CCCAT------ATCTGCA-C-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114708 : CCCAT------ATCTGCAAC-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114709 : CCCAT------ATCTGCA-T-GCCGTGCAAAA--------AATACA---TA-TCAA--CAACG-T-A-TAGATGG-G----------TGC-GTCAGGGAGAA-GACAGG-CT-----GT---AGAG-TTAT-GT-ATAG------AGATG-CTTGC-TT----ACA-GG-C--TA-T-ATTATAGC-GTTACAGCT-A------TAGGCTGATGAA
gi|114711 : AT------ATCTGAA-C-GCAATGC-AAA--------AAT-CA---TA-T--T--AGACG-TCA-TA-ATGG-G------AAAATAC-GTCACG--GAA--ACAGGCCT-----CA---AAAG-TTGTAAC-ATAG-----AGAAAGCCTTGC--ATA-CATT-GC-A--TA-T-TCTG-AGCTTTGACAG-T-A------TA---TGATAA
gi|114712 : AT------ATCAGCA-C-ACTGTGC-AAA--------AATTCA---TA-TCAA--GGATG-TCA-CA-GTGA-A------ATATTAC-TTCAAG--AAA-AACAGGCCT-----GT---ATAG-TTGT----ACAGTCCCTGAAACGGTCTAC-TTTACCAC
gi|114713 : AT------ATCTGCA-C-GACGTGC-AAA--------AATCCA---TA----C--AGACGATCA-TA-AT-A-A------AAGTTACTGTCAT---GAC-AACAGACATAATACGT---AGGG-TTGT
gi|114710 : ------ATCTGCA-C-GTCGTGC-AAA--------AATGCAAATTAATCGTCGAGACG-TCAATA-ATAG-A------AAATTAC-GCCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT-----AC-TTGT-AT-ATAG-----AAAATGCCTTGCTTTTATCACGAAC-T--TA-TACTTG-AGC-TTGGCAG-T--------TA---TGATAAATA
gi|114714 : ccatgCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAT-GCCACA--ACA-AACAGG
gi|114715 : -TCA-TA-ATGC-ATTGCTTGAATAAC-GTTACA--ACACAACAGGCCT-----GT---ATAG-TTCTAAC-ATGA-----GAAATGCCTTGA-TTTGCAGCG-GCAT--TT-T-TTTA-CAC---GACAT-T-A------TA---TGACAAATA
gi|114716 : tccaataaaCAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-ATACATGTA---TGATAAATA
Alignments
lowQualScore : 1 777777 2 2 2 99999999 0 444 2 9999 2 2 2 2 666666 2 33 2 55555 444 2 0 2 66666 2 2 2 66 5 2 2 2 2 2 888888 555
lowQualScore : . ...... . . . ........ . ... . .... . . . . ...... . .. . ..... ... . . . ..... . . . .. . . . . . . ...... ...
lowQualScore : 1 777777 7 7 5 11111111 4 444 5 6666 4 4 4 4 888888 4 22 4 99999 111 4 8 7 77777 7 9 9 88 7 9 9 9 9 9 222222 000
consensus : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
Reference ( family-893 ) : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114699 : CATATCCGAT------ATCTTCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114700 : CATATCCAAT------ATCTGCA-T-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTA--AGACG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAC-GTCATG--ACA-AACAGGACT-----G----AGAG-TTGTAAC-ATAA-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114701 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCT---AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAG-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAACAAAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTG-AGC-TTGATAG-TAA------TA---T-ATAAA
gi|114702 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCATGC-AAA--------A-TGCA---TA-TGTA--AGACT-TCC-TA-TTGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----TT---AGAT-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-TTATA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114703 : CATATCCAAT------ATCTGCA-A-GACGTGC-AAA--------CATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAAATAC-GTCACG--AAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTCTAAC-ATAG-----AAAATATCTTGC-TTTACTACG-GA-T--TA-T-TTTG-ATC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114704 : CATATCCAATTACAATATCAGCA-C-GCCATGC-AAATAATTAAAAATCCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-T---TAA-A------AAATATT-GTCATG--ACC-AACA---CT-----GT---AGAG-TT-TAAC-ATGA-----AAAATGCCTTTA-TTTAACACG-GC-T--TA---TTTA-AGC-TTGATAG-T-A------TA---
gi|114705 : CATATC-AAT------ATCTGCA-C-GACGTGC--AA--------AATCCA---TA-TCAA--GGACG-TCA-TA-AT-A-A------AAGTTAC-TTCATG--ACA-AACAGACAT-----ATACGAGGG-TTGT
gi|114706 : ATATCGCAT------ATCTTCA-CCGCCGTGC-AAA--------A-TGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGGGA------AAATTAT-GTCACG--GAA-GACAGG-CT-----GT---AGAGTTTGTAAT-ATAG-----AAAAGGCCTTGC-TTGACCACG-GC-TA-TA-T-TTTT-AGC--TGACAG-T-A------T----TGATAAATA
gi|114707 : CCCAT------ATCTGCA-C-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114708 : CCCAT------ATCTGCAAC-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114709 : CCCAT------ATCTGCA-T-GCCGTGCAAAA--------AATACA---TA-TCAA--CAACG-T-A-TAGATGG-G----------TGC-GTCAGGGAGAA-GACAGG-CT-----GT---AGAG-TTAT-GT-ATAG------AGATG-CTTGC-TT----ACA-GG-C--TA-T-ATTATAGC-GTTACAGCT-A------TAGGCTGATGAA
gi|114710 : ------ATCTGCA-C-GTCGTGC-AAA--------AATGCAAATTAATCGTCGAGACG-TCAATA-ATAG-A------AAATTAC-GCCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT-----AC-TTGT-AT-ATAG-----AAAATGCCTTGCTTTTATCACGAAC-T--TA-TACTTG-AGC-TTGGCAG-T--------TA---TGATAAATA
gi|114711 : ccatgAT------ATCTGAA-C-GCAATGC-AAA--------AAT-CA---TA-T--T--AGACG-TCA-TA-ATGG-G------AAAATAC-GTCACG--GAA--ACAGGCCT-----CA---AAAG-TTGTAAC-ATAG-----AGAAAGCCTTGC--ATA-CATT-GC-A--TA-T-TCTG-AGCTTTGACAG-T-A------TA---TGATAA
gi|114712 : AT------ATCAGCA-C-ACTGTGC-AAA--------AATTCA---TA-TCAA--GGATG-TCA-CA-GTGA-A------ATATTAC-TTCAAG--AAA-AACAGGCCT-----GT---ATAG-TTGT----ACAGTCCCTGAAACGGTCTAC-TTTACCAC
gi|114713 : AT------ATCTGCA-C-GACGTGC-AAA--------AATCCA---TA----C--AGACGATCA-TA-AT-A-A------AAGTTACTGTCAT---GAC-AACAGACATAATACGT---AGGG-TTGT
gi|114714 : CATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAT-GCCACA--ACA-AACAGG
gi|114715 : -TCA-TA-ATGC-ATTGCTTGAATAAC-GTTACA--ACACAACAGGCCT-----GT---ATAG-TTCTAAC-ATGA-----GAAATGCCTTGA-TTTGCAGCG-GCAT--TT-T-TTTA-CAC---GACAT-T-A------TA---TGACAAATA
gi|114716 : tccaataaaCAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-ATACATGTA---TGATAAATA
Alignments
lowQualScore : 1 777777 2 2 2 99999999 0 444 2 9999 2 2 2 2 666666 2 33 2 55555 444 2 0 2 66666 2 2 2 66 5 2 2 2 2 2 888888 555
lowQualScore : . ...... . . . ........ . ... . .... . . . . ...... . .. . ..... ... . . . ..... . . . .. . . . . . . ...... ...
lowQualScore : 1 777777 7 7 5 11111111 4 444 5 6666 4 4 4 4 888888 4 22 4 99999 111 4 8 7 77777 7 9 9 88 7 9 9 9 9 9 222222 000
consensus : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
Reference ( family-893 ) : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114699 : CATATCCGAT------ATCTTCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114700 : CATATCCAAT------ATCTGCA-T-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTA--AGACG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAC-GTCATG--ACA-AACAGGACT-----G----AGAG-TTGTAAC-ATAA-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114701 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCT---AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAG-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAACAAAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTG-AGC-TTGATAG-TAA------TA---T-ATAAA
gi|114702 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCATGC-AAA--------A-TGCA---TA-TGTA--AGACT-TCC-TA-TTGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----TT---AGAT-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-TTATA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114703 : CATATCCAAT------ATCTGCA-A-GACGTGC-AAA--------CATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAAATAC-GTCACG--AAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTCTAAC-ATAG-----AAAATATCTTGC-TTTACTACG-GA-T--TA-T-TTTG-ATC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114704 : CATATCCAATTACAATATCAGCA-C-GCCATGC-AAATAATTAAAAATCCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-T---TAA-A------AAATATT-GTCATG--ACC-AACA---CT-----GT---AGAG-TT-TAAC-ATGA-----AAAATGCCTTTA-TTTAACACG-GC-T--TA---TTTA-AGC-TTGATAG-T-A------TA---
gi|114705 : CATATC-AAT------ATCTGCA-C-GACGTGC--AA--------AATCCA---TA-TCAA--GGACG-TCA-TA-AT-A-A------AAGTTAC-TTCATG--ACA-AACAGACAT-----ATACGAGGG-TTGT
gi|114706 : ATATCGCAT------ATCTTCA-CCGCCGTGC-AAA--------A-TGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGGGA------AAATTAT-GTCACG--GAA-GACAGG-CT-----GT---AGAGTTTGTAAT-ATAG-----AAAAGGCCTTGC-TTGACCACG-GC-TA-TA-T-TTTT-AGC--TGACAG-T-A------T----TGATAAATA
gi|114707 : CCCAT------ATCTGCA-C-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114708 : CCCAT------ATCTGCAAC-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114709 : CCCAT------ATCTGCA-T-GCCGTGCAAAA--------AATACA---TA-TCAA--CAACG-T-A-TAGATGG-G----------TGC-GTCAGGGAGAA-GACAGG-CT-----GT---AGAG-TTAT-GT-ATAG------AGATG-CTTGC-TT----ACA-GG-C--TA-T-ATTATAGC-GTTACAGCT-A------TAGGCTGATGAA
gi|114710 : ------ATCTGCA-C-GTCGTGC-AAA--------AATGCAAATTAATCGTCGAGACG-TCAATA-ATAG-A------AAATTAC-GCCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT-----AC-TTGT-AT-ATAG-----AAAATGCCTTGCTTTTATCACGAAC-T--TA-TACTTG-AGC-TTGGCAG-T--------TA---TGATAAATA
gi|114711 : ccatgAT------ATCTGAA-C-GCAATGC-AAA--------AAT-CA---TA-T--T--AGACG-TCA-TA-ATGG-G------AAAATAC-GTCACG--GAA--ACAGGCCT-----CA---AAAG-TTGTAAC-ATAG-----AGAAAGCCTTGC--ATA-CATT-GC-A--TA-T-TCTG-AGCTTTGACAG-T-A------TA---TGATAA
gi|114712 : AT------ATCAGCA-C-ACTGTGC-AAA--------AATTCA---TA-TCAA--GGATG-TCA-CA-GTGA-A------ATATTAC-TTCAAG--AAA-AACAGGCCT-----GT---ATAG-TTGT----ACAGTCCCTGAAACGGTCTAC-TTTACCAC
gi|114713 : AT------ATCTGCA-C-GACGTGC-AAA--------AATCCA---TA----C--AGACGATCA-TA-AT-A-A------AAGTTACTGTCAT---GAC-AACAGACATAATACGT---AGGG-TTGT
gi|114714 : CATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAT-GCCACA--ACA-AACAGG
gi|114715 : -TCA-TA-ATGC-ATTGCTTGAATAAC-GTTACA--ACACAACAGGCCT-----GT---ATAG-TTCTAAC-ATGA-----GAAATGCCTTGA-TTTGCAGCG-GCAT--TT-T-TTTA-CAC---GACAT-T-A------TA---TGACAAATA
gi|114716 : tccaataaaCAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-ATACATGTA---TGATAAATA
blockSeqs : A TACAAT A C A TAATTAAA AAT A GTCG A A G G TTGCTT T GA C AATAC ACG T A TCCCT T A A TA T A T T C A TACATG GGC
blockSeqs : A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
finalCons : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
Alignments
lowQualScore : 1 777777 2 2 2 99999999 0 444 2 9999 2 2 2 2 666666 2 33 2 55555 444 2 0 2 66666 2 2 2 66 5 2 2 2 2 2 888888 555
lowQualScore : . ...... . . . ........ . ... . .... . . . . ...... . .. . ..... ... . . . ..... . . . .. . . . . . . ...... ...
lowQualScore : 1 777777 7 7 5 11111111 4 444 5 6666 4 4 4 4 888888 4 22 4 99999 111 4 8 7 77777 7 9 9 88 7 9 9 9 9 9 222222 000
consensus : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
Reference ( family-893 ) : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCNN--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114699 : CATATCCGAT------ATCTTCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114700 : CATATCCAAT------ATCTGCA-T-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTA--AGACG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAC-GTCATG--ACA-AACAGGACT-----G----AGAG-TTGTAAC-ATAA-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114701 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCGTGC-AAA--------AATGCA---TA-TCT---AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATTAG-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAACAAAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTG-AGC-TTGATAG-TAA------TA---T-ATAAA
gi|114702 : CATATCCAAT------ATCTGCA-C-GCCATGC-AAA--------A-TGCA---TA-TGTA--AGACT-TCC-TA-TTGG-A------AAATTAC-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----TT---AGAT-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-TTATA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114703 : CATATCCAAT------ATCTGCA-A-GACGTGC-AAA--------CATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAAATAC-GTCACG--AAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTCTAAC-ATAG-----AAAATATCTTGC-TTTACTACG-GA-T--TA-T-TTTG-ATC-TTGACAG-T-A------TA---TGATAAATA
gi|114704 : CATATCCAATTACAATATCAGCA-C-GCCATGC-AAATAATTAAAAATCCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-T---TAA-A------AAATATT-GTCATG--ACC-AACA---CT-----GT---AGAG-TT-TAAC-ATGA-----AAAATGCCTTTA-TTTAACACG-GC-T--TA---TTTA-AGC-TTGATAG-T-A------TA---
gi|114705 : CATATC-AAT------ATCTGCA-C-GACGTGC--AA--------AATCCA---TA-TCAA--GGACG-TCA-TA-AT-A-A------AAGTTAC-TTCATG--ACA-AACAGACAT-----ATACGAGGG-TTGT
gi|114706 : ATATCGCAT------ATCTTCA-CCGCCGTGC-AAA--------A-TGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGGGA------AAATTAT-GTCACG--GAA-GACAGG-CT-----GT---AGAGTTTGTAAT-ATAG-----AAAAGGCCTTGC-TTGACCACG-GC-TA-TA-T-TTTT-AGC--TGACAG-T-A------T----TGATAAATA
gi|114707 : CCCAT------ATCTGCA-C-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114708 : CCCAT------ATCTGCAAC-ACCATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCTT--AGACG-TCA-TA-ATGG-A------AAATAAT-GTCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-AAAG-----AAAATGCCTTGC-TTTACCACG-GC-T--TATT-TTTA-AGC-TTGACAG-T-A------TA---TGATGAATA
gi|114709 : CCCAT------ATCTGCA-T-GCCGTGCAAAA--------AATACA---TA-TCAA--CAACG-T-A-TAGATGG-G----------TGC-GTCAGGGAGAA-GACAGG-CT-----GT---AGAG-TTAT-GT-ATAG------AGATG-CTTGC-TT----ACA-GG-C--TA-T-ATTATAGC-GTTACAGCT-A------TAGGCTGATGAA
gi|114710 : ------ATCTGCA-C-GTCGTGC-AAA--------AATGCAAATTAATCGTCGAGACG-TCAATA-ATAG-A------AAATTAC-GCCACG--GAA-GACAGGCCT-----GT-----AC-TTGT-AT-ATAG-----AAAATGCCTTGCTTTTATCACGAAC-T--TA-TACTTG-AGC-TTGGCAG-T--------TA---TGATAAATA
gi|114711 : ccatgAT------ATCTGAA-C-GCAATGC-AAA--------AAT-CA---TA-T--T--AGACG-TCA-TA-ATGG-G------AAAATAC-GTCACG--GAA--ACAGGCCT-----CA---AAAG-TTGTAAC-ATAG-----AGAAAGCCTTGC--ATA-CATT-GC-A--TA-T-TCTG-AGCTTTGACAG-T-A------TA---TGATAA
gi|114712 : AT------ATCAGCA-C-ACTGTGC-AAA--------AATTCA---TA-TCAA--GGATG-TCA-CA-GTGA-A------ATATTAC-TTCAAG--AAA-AACAGGCCT-----GT---ATAG-TTGT----ACAGTCCCTGAAACGGTCTAC-TTTACCAC
gi|114713 : AT------ATCTGCA-C-GACGTGC-AAA--------AATCCA---TA----C--AGACGATCA-TA-AT-A-A------AAGTTACTGTCAT---GAC-AACAGACATAATACGT---AGGG-TTGT
gi|114714 : CATGC-AAA--------AATGCA---TA-TCAA--AGATG-TCA-TA-ATGA-A------AAATTAT-GCCACA--ACA-AACAGG
gi|114715 : -TCA-TA-ATGC-ATTGCTTGAATAAC-GTTACA--ACACAACAGGCCT-----GT---ATAG-TTCTAAC-ATGA-----GAAATGCCTTGA-TTTGCAGCG-GCAT--TT-T-TTTA-CAC---GACAT-T-A------TA---TGACAAATA
gi|114716 : tccaataaaCAGGCCT-----GT---AGAG-TTGTAAC-ATAG-----AAAATGCCTTGA-TTTACCACG-GC-T--TA-T-TTTA-AGC-TTGACAG-T-ATACATGTA---TGATAAATA