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Reference ( gi|25144 )        : CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTA-ACTG-GTT-T-G-AAAAGCATG--GAC---A-GGGCAA-A---AGAGTAG--TGCCGC--C-CTG-CC-TT---AGCCTGACGCATG-TACCAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25145                      : CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTA-ACTGTGTT-T-G-AAAAGCATG--GAC---A-GGGCAA-A---AGAGTAG--TGCCGC--C-CTG-CC-TT---AGCCTGACGCATG-TACCAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGAC
gi|25149                      : CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTA-CCTG-GTT-T-G-AAA-GCATG--GAC---A-GGGCAG-A---AGAGTGG--TGCCGC--C-CTC-CC-TT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25147                      : CTGT-CTCC-T-A------AGTGCTA-CCTG-GTT-T---AAGAGCAAG--AAC---A-GGTCGA-A---TGAGTAG--TGCCGC--C-CTA-CC-AT---CGCCTGAAACATG-CACCAGAC-AGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25146                      : CCTT-CTCC-T-G------AGTGTTA-CCTG-GTT-T-A-GTGAGCATG--AAC---A-GGTCAA-A---TGAGTAG--TGCCGC--C-CTA-CC-AT---CGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25150                      : CCGTACTCC-T-A------AG-G-TA-CCTG-GTT-T-GTAAAAGCATG---AC---A-GGGCAA-A----GAGTAGA-TGCCGCGCC-CTA-CC-TT---AGCCTGACGCATGCCACCAGAC-TGTA-G---CAAT-CCCGGCC
gi|25151                      : CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTA-CCTG-GTT-T-G-AAGAGCATG--TAC---A-GGGCAA-A---TGAGTAG--TGCCAC--C-CTA-CC-TT---TGCATGAAGC-----------C-TGTA-G---C-AT-CCCGATC
gi|25153                      : CTGT-CTCG-T-A------AGTGGTA-CCTT-GTT-T-G-GGGAGTATG--GGC---A-GAGCAA-C---TGAGTAA--TGTCGC--C-GTA-CCGTT---A-CTTGAAGCATG-TACCAGCC-TGTA-G---A-TT-CCCGACC
gi|25148                      : CCGT-CTCC-T-G------AGTGCTACACTT-GTTGC-G-AAAAGCATG--TGCAAGA-GGTCAACA---AGAGTAGTATGCTGC--CACTA-CC-CTTACAGTCTACTGCATG-CACCAG-C-TGTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25152                      : CCGT-CTCC-T-A------AGTGCGACACTG-GTT-T-G--AGAGCA-A--GAC---AGGGGTGA-A---TGAGTAG--TG-CG---C-CTA-CC-AT---CGCCTGAAACAT--CACCAGAC-AG-A-G---C-AT-TCCGACC
gi|25154                      : CTGT-CTCC-T-G------CGTGATA-CCTG-GTT-T-G-AAGAACATG--AAG---A-AGACAA-A---CAAGTAC--TTACAA--T-GTA-CC-TT---TGCCTGAAGTATG-CAACAGCC-TTTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25155                      :  CGT-CTCCAC-A------AGTGCTA-CATG-GTT-T-G-AAGAGCATG--TAC---A-GGGCAA-A---TGAGTAG--TGCCAC--C-CTA-CC-TT---TGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---A-AT-CCCGACC
gi|25156                      :   GT-CTCC-T-ACATGTAAGTGCTA-CCTG-GTT-T-A-GACGGCATG--GAC---A-GGGCAA-A---TGAGTAG--TGCCGC--C-CTA-CC-AT---GGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-TCCGATC
gi|25157                      :   GT-TTCC-T-A------AGTACTA-CCTG-GTT-T-
gi|25158                      :   GC-CTCG-T-A------AGTGGTA-CCTG-GTT-T-G-AAA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-A---AGAGTAA--TGCCGC--C-TTA-CC-GC---AGTCTGACAAAAG-CAATAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGCCCtaaagcatggacagggcagntggtttgaaagcatggacagggcagaagagtggtgccgccctaccttagcctgacacatgcgccagacaatagcatcccaacc
gi|25159                      :   GT-TCCC-T-C------AGTGCTA-CCTG-GTT-----GAAAGCA-A--GTC---G-GAGCAA-ACTGAGAATTG--TTCTATA-G-TTGTCC-AT---AACC-------TG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCC
gi|25160                      :                     GTGCTT-CCTG-GTT-T-G-GGGAGCATG--AAC---A-GAGTAA-A---AGAGTAG--T-------------CT-TT---TCCCTGCAACATG-CACCATCC-TGTACGTACC-AT-CCCGATC
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lowQualScore                  :                                              .    . ........        .   .   .  .  . .     ..   ... .      . ..      ..      .. .     . ....            .      . .    . ... .  .       
lowQualScore                  :                                              5    5 55555555        4   1   1  1  8 1     99   777 1      2 44      55      11 2     0 9999            1      8 1    1 777 1  3       
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Reference ( family-889 )      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
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gi|25154                      :                                          CTGT-CTCC-T-G------CGTGATAC-CTG-GTT-TG-AAGA-ACATG--AAG---A-AGACAA-AC-AAGTAC--TTACAA--T-GTACCTT---TGCCTGAAGTATG-CAACAGCC-TTTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25155                      :                                           CGT-CTCCAC-A------AGTGCTAC-ATG-GTT-TG-AAGA-GCATG--TAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCAC--C-CTACCTT---TGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---A-AT-CCCGACC
gi|25156                      :                                            GT-CTCC-T-ACATGTAAGTGCTAC-CTG-GTT-TA-GACG-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---GGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-TCCGATC
gi|25157                      :                                            GT-TTCC-T-A------AGTACTAC-CTG-GTT-TT-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCA
gi|25157                      :                                                                       TG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAG-AA-GAGTGG--TGCCGC--C-CTACCTT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCAACCgntggtttgaaagcatggacagggcagaagagtggtgccgccctaccttagcctgacacatgcgccagacaatagcatcccaacc
gi|25158                      : gtttcctaagtactacctggttttaaagcatggacagggcagnGC-CTCG-T-A------AGTGGTAC-CTG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AA-GAGTAA--TGCCGC--C-TTACCGC---AGTCTGACAAAAG-CAATAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGCCC
gi|25159                      :                                            GT-TCCC-T-C------AGTGCTAC-CTG-GTT--G-AA-A-GCA-A--GTC---G-GAGCAA-ACTGAGAAT--TGTT------CTATAGT---TGTCCATAACCTG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCC
gi|25160                      :                                                              GTGCTTC-CTG-GTT-TG-GGGA-GCATG--AAC---A-GAGTAA-AA-GAGTAG--T------------CTTT---TCCCTGCAACATG-CACCATCC-TGTACGTACC-AT-CCCGATC
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Alignments
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lowQualScore                  :                                              5    5 55555555        4   1   1  1  8 1     99   777 1      2 44      55      11 2     0 9999            1      8 1    1 777 1  3       
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Reference ( family-889 )      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25144                      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAA-CTG-GTT-TG-AAAA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AA-GAGTAG--TGCCGC--C-CTGCCTT---AGCCTGACGCATG-TACCAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
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gi|25146                      :                                          CCTT-CTCC-T-G------AGTGTTAC-CTG-GTT-TA-GTGA-GCATG--AAC---A-GGTCAA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---CGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25147                      :                                          CTGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-T--AAGA-GCAAG--AAC---A-GGTCGA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---CGCCTGAAACATG-CACCAGAC-AGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25148                      :                                          CCGT-CTCC-T-G------AGTGCTACACTT-GTTGCG-AAAA-GCATG--TGCAAGA-GGTCAACAA-GAGTAGTATGCTGC--CACTACCCTTACAGTCTACTGCATG-CACCAG-C-TGTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25149                      :                                          CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAG-AA-GAGTGG--TGCCGC--C-CTCCCTT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25150                      :                                          CCGTACTCC-T-A------AG-G-TAC-CTG-GTT-TGTAAAA-GCATG---AC---A-GGGCAA-A--GAGTAGA-TGCCGCGCC-CTACCTT---AGCCTGACGCATGCCACCAGAC-TGTA-G---CAAT-CCCGGCC
gi|25151                      :                                          CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--TAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCAC--C-CTACCTT---TGCATGAAGC-----------C-TGTA-G---C-AT-CCCGATC
gi|25152                      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCGACACTG-GTT-TG--AGA-GCA-A--GAC---AGGGGTGA-AT-GAGTAG--TG-CG---C-CTACCAT---CGCCTGAAACAT--CACCAGAC-AG-A-G---C-AT-TCCGACC
gi|25153                      :                                          CTGT-CTCG-T-A------AGTGGTAC-CTT-GTT-TG-GGGA-GTATG--GGC---A-GAGCAA-CT-GAGTAA--TGTCGC--C-GTACCGT---TACTTGAAGCATG-TACCAGCC-TGTA-G---A-TT-CCCGACC
gi|25154                      :                                          CTGT-CTCC-T-G------CGTGATAC-CTG-GTT-TG-AAGA-ACATG--AAG---A-AGACAA-AC-AAGTAC--TTACAA--T-GTACCTT---TGCCTGAAGTATG-CAACAGCC-TTTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25155                      :                                           CGT-CTCCAC-A------AGTGCTAC-ATG-GTT-TG-AAGA-GCATG--TAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCAC--C-CTACCTT---TGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---A-AT-CCCGACC
gi|25156                      :                                            GT-CTCC-T-ACATGTAAGTGCTAC-CTG-GTT-TA-GACG-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---GGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-TCCGATC
gi|25157                      :                                            GT-TTCC-T-A------AGTACTAC-CTG-GTT-TT-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCA
gi|25157                      :                                                                       TG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAG-AA-GAGTGG--TGCCGC--C-CTACCTT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCAACCgntggtttgaaagcatggacagggcagaagagtggtgccgccctaccttagcctgacacatgcgccagacaatagcatcccaacc
gi|25158                      : gtttcctaagtactacctggttttaaagcatggacagggcagnGC-CTCG-T-A------AGTGGTAC-CTG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AA-GAGTAA--TGCCGC--C-TTACCGC---AGTCTGACAAAAG-CAATAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGCCC
gi|25159                      :                                            GT-TCCC-T-C------AGTGCTAC-CTG-GTT--G-AA-A-GCA-A--GTC---G-GAGCAA-ACTGAGAAT--TGTT------CTATAGT---TGTCCATAACCTG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCC
gi|25160                      :                                                              GTGCTTC-CTG-GTT-TG-GGGA-GCATG--AAC---A-GAGTAA-AA-GAGTAG--T------------CTTT---TCCCTGCAACATG-CACCATCC-TGTACGTACC-AT-CCCGATC
gi|25161                      :                                                                GCTAC-CTA-GTT-TA-GAGAAGCATGAGGAC---A-GGTCCA-AA-GAGTAGG-TACCGC--C-CTACCAT---CGCCTGAAGCATG-CACCAGGCATGCA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25162                      :                                                                                                                                            GCCTGGAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCCGAC


blockSeqs                     :                                              A    A ACATGTA         A   T   G  T  A A     AG   AAG G      C CT      TA      GC A     T TACA            C      A A    C TAC A  C
blockSeqs                     :                                              .    . CA              A   .   .  .  G .     .    .   .      . A       A       .  .     A A               .      C .    . .   .  C
blockSeqs                     :                                              .    . CA              .   .   .  .  G .     .    .   .      . T       G       .  .     A C               .      A .    . .   .  C
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  A .     .    .   .      . T       .       .  .     C C               .      A .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . G               .   .   .  .  A .     .    .   .      . A       .       .  .     T A               .      A .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . A       .       .  .     T A               .      A .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . G               .   .   .  .  G .     .    .   .      . T       .       .  .     T T               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . T       .       .  .     A C               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . T       .       .  .     G T               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . C       .       .  .     T T               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . G               .   .   .  .  C .     .    .   .      . T       .       .  .     T T               .      A .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . T       .       .  .     A G               .      A .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  G .     .    .   .      . A       .       .  .     T A               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . A               .   .   .  .  . .     .    .   .      . A       .       .  .     G A               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                              .    . C               .   .   .  .  . .     .    .   .      . A       .       .  .     G T               .      G .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                                                     .   .   .  .  . .     .    .   .      . A       .       .  .     T T               .      C .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                                                     .   .   .  .  . .     .    .   .      . .       .       .  .     A C               .      . .    . .   .  .
blockSeqs                     :                                                                         .   .  .  . .     .    .   .                                                   .      . .    . .   .  .


blockSeqCons                  :                                          
originalCons                  :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
finalCons                     :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC





Alignments
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lowQualScore                  :                                              .    . ........        .   .   .  .  . .     ..   ... .      . ..      ..      .. .     . ....            .      . .    . ... .  .       
lowQualScore                  :                                              5    5 55555555        4   1   1  1  8 1     99   777 1      2 44      55      11 2     0 9999            1      8 1    1 777 1  3       
consensus                     :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
Reference ( family-889 )      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AN-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCNT---NGCCTGAAGCATG-CACCAGNC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25144                      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCTAA-CTG-GTT-TG-AAAA-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AA-GAGTAG--TGCCGC--C-CTGCCTT---AGCCTGACGCATG-TACCAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
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gi|25146                      :                                          CCTT-CTCC-T-G------AGTGTTAC-CTG-GTT-TA-GTGA-GCATG--AAC---A-GGTCAA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---CGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCCGACC
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gi|25148                      :                                          CCGT-CTCC-T-G------AGTGCTACACTT-GTTGCG-AAAA-GCATG--TGCAAGA-GGTCAACAA-GAGTAGTATGCTGC--CACTACCCTTACAGTCTACTGCATG-CACCAG-C-TGTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25149                      :                                          CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAG-AA-GAGTGG--TGCCGC--C-CTCCCTT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCGACC
gi|25150                      :                                          CCGTACTCC-T-A------AG-G-TAC-CTG-GTT-TGTAAAA-GCATG---AC---A-GGGCAA-A--GAGTAGA-TGCCGCGCC-CTACCTT---AGCCTGACGCATGCCACCAGAC-TGTA-G---CAAT-CCCGGCC
gi|25151                      :                                          CTGT-CTCC-CCA------AGTGCTAC-CTG-GTT-TG-AAGA-GCATG--TAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCAC--C-CTACCTT---TGCATGAAGC-----------C-TGTA-G---C-AT-CCCGATC
gi|25152                      :                                          CCGT-CTCC-T-A------AGTGCGACACTG-GTT-TG--AGA-GCA-A--GAC---AGGGGTGA-AT-GAGTAG--TG-CG---C-CTACCAT---CGCCTGAAACAT--CACCAGAC-AG-A-G---C-AT-TCCGACC
gi|25153                      :                                          CTGT-CTCG-T-A------AGTGGTAC-CTT-GTT-TG-GGGA-GTATG--GGC---A-GAGCAA-CT-GAGTAA--TGTCGC--C-GTACCGT---TACTTGAAGCATG-TACCAGCC-TGTA-G---A-TT-CCCGACC
gi|25154                      :                                          CTGT-CTCC-T-G------CGTGATAC-CTG-GTT-TG-AAGA-ACATG--AAG---A-AGACAA-AC-AAGTAC--TTACAA--T-GTACCTT---TGCCTGAAGTATG-CAACAGCC-TTTA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25155                      :                                           CGT-CTCCAC-A------AGTGCTAC-ATG-GTT-TG-AAGA-GCATG--TAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCAC--C-CTACCTT---TGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---A-AT-CCCGACC
gi|25156                      :                                            GT-CTCC-T-ACATGTAAGTGCTAC-CTG-GTT-TA-GACG-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AT-GAGTAG--TGCCGC--C-CTACCAT---GGCCTGAAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-TCCGATC
gi|25157                      :                                            GT-TTCC-T-A------AGTACTAC-CTG-GTT-TT-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCA
gi|25157                      :                                                                       TG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAG-AA-GAGTGG--TGCCGC--C-CTACCTT---AGCCTGACACATG-CGCCAGAC-AATA-G---C-AT-CCCAACCgntggtttgaaagcatggacagggcagaagagtggtgccgccctaccttagcctgacacatgcgccagacaatagcatcccaacc
gi|25158                      : gtttcctaagtactacctggttttaaagcatggacagggcagnGC-CTCG-T-A------AGTGGTAC-CTG-GTT-TG-AA-A-GCATG--GAC---A-GGGCAA-AA-GAGTAA--TGCCGC--C-TTACCGC---AGTCTGACAAAAG-CAATAGAC-TGTA-G---C-AT-CCCGCCC
gi|25159                      :                                            GT-TCCC-T-C------AGTGCTAC-CTG-GTT--G-AA-A-GCA-A--GTC---G-GAGCAA-ACTGAGAAT--TGTT------CTATAGT---TGTCCATAACCTG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCC
gi|25160                      :                                                              GTGCTTC-CTG-GTT-TG-GGGA-GCATG--AAC---A-GAGTAA-AA-GAGTAG--T------------CTTT---TCCCTGCAACATG-CACCATCC-TGTACGTACC-AT-CCCGATC
gi|25161                      :                                                                GCTAC-CTA-GTT-TA-GAGAAGCATGAGGAC---A-GGTCCA-AA-GAGTAGG-TACCGC--C-CTACCAT---CGCCTGAAGCATG-CACCAGGCATGCA-G---C-ATCCCCGACC
gi|25162                      :                                                                                                                                            GCCTGGAGCATG-CACCAGCC-TGTA-G---C-AT-CCCGAC