lowQualScore : 11111111111 1
lowQualScore : 4 2 2 33 2 2 2 55 2 2 66666666666 55 4444 4 3 6666 9999 33 4 2 2 2 4444 2 33 4444 2 4 2 33 444 2 7 99999 2 2 2 2 2 2 1
lowQualScore : . . . .. . . . .. . . ........... .. .... . . .... .... .. . . . . .... . .. .... . . . .. ... . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 7 4 4 88 4 8 4 33 2 2 33333333333 33 7777 4 9 9999 2222 11 4 2 2 2 7777 2 11 7777 2 4 2 22 111 4 1 55555 4 4 5 5 5 5 6
consensus : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--AAG-CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-TNTTTT
Reference ( gi|127588 ) : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--AAG-CT-TAA------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-TATTTT
gi|127589 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--AA--CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-G-TT-T-TTTTTT
gi|127592 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--A-G-CT-TAC------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGG--A---T-G-G-G-CT--TTA-G-TG-T-TT-T-T
gi|127591 : ACAAGTTAT-A-GC-TT-TTG--AAA--AAG-CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AGA---TA--GA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-GTTG-T-TT-T-T-TTTttgtt
gi|127593 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA--AAG-CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA---A-TTA-TC-T-T----A--T--T----G-A-G-AGGA--A---T-T-GTG-C---TTG-G-TG-T-TT-TATATTT
gi|127595 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--AAA-AT-TAG------A---GA--G----TCAGATGC----AG----TA--GATTTA-TC-T-T----ATTT--T----G-ACG-AGGA--A---TCG-GTG-C---CTT-G-TG-T-TT-T-T-TTT
gi|127594 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA--AAG-CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TTATTC-T-T----A-TC--T----G-GTG-AGGA--A---T-G-TTG-CATTTTA-G-TG-C-TT-C-T-TTT
gi|127597 : ACAAGTT-T-A-GC-TTGTTG-AAAA--AAA-C--TAG------A---GA--G----TCAGTTGC----AG----TA--GA-TAT-TC-T-TATAAA-TT--T----G-A-G-AGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T
gi|127598 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-TAAA--AAG-CT-AAAG-----A---GA--G----TCAG-TGC----AGTACTTA--GA-TAA-TC-T-T----A-TT--T----G-A---AGGA--A---T---GTG-C---TTG-G-TA-G-TT-T-CATTTtggtttt
gi|127600 : ACAAGTT-T-A-G---T-TTG-ATAA--AAG-CT-AAA------AAGAGA--G----TCAG-TGC----AGA---TAAAGA-TTA-TC-T-T----A-T--------G-A-GGAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-A--G-T-TTGT-TGTTTT
gi|127599 : ACAAGTT-T-ACGC-AT-T-G-AAAATCAA--CT-TAG------A---GAA-G----TCAG-T-C----AG----TA--GACTTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGGAATA---T-G-GTG-CG--TTA-G-TG-G-TT-T-TGGTTTt
gi|127602 : ACAAGTTCT-A-GC-TT---G-AAAA--AAGACTCTAG------A---GA--G----TCAG-TGCA---AG----TA--GA-TTA-TC-TCT----A-TC--TTGGAG-A-G-AGGC--ACATT-G-GTG------TATG-CG-TGTT-T-TATTTTtt
gi|127601 : ACAAGTT-T-A-GCTTT-TTG-ATAA--TGG-CT-T-A------A---GA--GATGTTCAG-TGCCATTAG----TA--GA-TTA-TCTT-T----A-TTGGT----A-T-G-AGGG--A---T-GAGTGCC---TTA-G-T
gi|127596 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TCG-AAAA--AAG-C--TAG------G---GA--G----TCAG-C-C----AG----TA--GA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-A-AG
gi|127603 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA--AAG-CT-TAAGCTTAGG---GA--A----TCAG-C-C----AG----TA--GA-CTG------T----A-TT--T----A-A-G-TGAA--A---T-G-ATG---------G-AA-T-TT-T-TCTTTttgatggaattttcttttt
gi|127590 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-AAAAT-AAG-CT-TAG------G---GA--G----TCAG-C-C----AG----TA--GA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-A-AGTG--A---T-G-G---------A----A-T-TT-T-TATTTT
gi|127604 : AAGTT-TCA-GC-TT-TTG-AAAA--AAG-CT-TGA----------GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA-TT--TC-T-T----A-TT--T----G-A-G-AGCG--A---T-G-GTG-C---T-----TG-T-TT-T-TGTTTTtt
gi|127605 : AAGTT-T-A-GG-TT-TCGGAAAA--AAG-CA-TACTTCT--A---GATTG----TCAG-C-C----AA----TA--GA-TTA-TT-T-T----A-TT--T----G-A-A-ATGA--A---T-G-CTG-T---TGA-T-TGAT-TT-T-TTTCTT
gi|127606 : --AAG-CT-TAG------A---GA--G----TCAG-TGC----AG----TA--GA--TA-TC-T-T----A-TT--T----GAA-G-AGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 4 2 2 33 2 2 2 111111 2 77777777 333 2 4444 4 3 6666 8888 22 4 2 2 2 4444 2 22 4444 2 6 33 333 2 6 88888 2 2 2 2 2 2 444
lowQualScore : . . . .. . . . ...... . ........ ... . .... . . .... .... .. . . . . .... . .. .... . . .. ... . . ..... . . . . . . ...
lowQualScore : 4 2 2 11 2 2 2 111111 1 22222222 777 1 5555 2 2 6666 7777 99 2 1 1 1 5555 1 99 5555 1 3 11 999 2 7 44444 2 2 4 4 4 4 222
consensus : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
Reference ( family-883 ) : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
gi|127588 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---AAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127589 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AA--C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-G-TT-T-T--TTTTT
gi|127590 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-AAAAT-----AAG-C------T-TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAGTG--A---T-G-G---------A----A-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127591 : ACAAGTTAT-A-GC-TT-TTG--AAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGA---T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-GTTG-T-TT-T-T--TTTtt
gi|127592 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------A-G-C------T-TA---CAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-G-G-CT--TTA-G-TG-T-TT-T-T--TTGTT
gi|127593 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--A-A-TTA-TC-T-T----A--T--T----G-A-GAGGA--A---T-T-GTG-C---TTG-G-TG-T-TT-TAT--ATTT
gi|127594 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTATTC-T-T----A-TC--T----G-GTGAGGA--A---T-G-TTG-CATTTTA-G-TG-C-TT-C-T--TTT
gi|127595 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAA-A------T-TA---GAGA-G----TCAGATGC----AG----T--AGATTTA-TC-T-T----ATTT--T----G-ACGAGGA--A---TCG-GTG-C---CTT-G-TG-T-TT-T-T--TTT
gi|127596 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TCG-AAAA------AAG-C--------TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAG
gi|127597 : ACAAGTT-T-A-GC-TTGTTG-AAAA------AAA-C--------TA---GAGA-G----TCAGTTGC----AG----T--AGA-TAT-TC-T-TATAAA-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-TTGGTTTTttgatggaattttcttttt
gi|127598 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-TAAA------AAG-C------TAAA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGTACTT--AGA-TAA-TC-T-T----A-TT--T----G-A--AGGA--A---T---GTG-C---TTG-G-TA-G-TT-T-C--ATTT
gi|127599 : ACAAGTT-T-ACGC-AT-T-G-AAAATC----AA--C------T-TA---GAGAAG----TCAG-T-C----AG----T--AGACTTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGAATA---T-G-GTG-CG--TTA-G-TG-G-TT-T-T--GGTTT
gi|127600 : ACAAGTT-T-A-G---T-TTG-ATAA------AAG-C------T-AAAAAGAGA-G----TCAG-TGC----AGA---TAAAGA-TTA-TC-T-T----A-----T----G-AGGAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-A--G-T-TTGT-T--GTTTTtt
gi|127601 : ACAAGTT-T-A-GCTTT-TTG-ATAA------TGG-C------T-TA----AGA-GATGTTCAG-TGCCATTAG----T--AGA-TTA-TCTT-T----A-TTGGT----A-T-GAGGG--A---T-GAGTGCC---TTA-G-Tt
gi|127602 : ACAAGTTCT-A-GC-TT---G-AAAA------AAGAC------TCTA---GAGA-G----TCAG-TGCA---AG----T--AGA-TTA-TC-TCT----A-TC--TTGGAG-A-GAGGC--ACATT-G-GTG------TATG-CG-TGTT-T-T--ATTTT
gi|127603 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAAAAGCTTAAG-C------T-TA---GGGA-A----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG------T----A-TT--T----A-A-GTGAA--A---T-G-ATG---------G-AA-T-TT-T-T--CTTT
gi|127604 : AAGTT-TCA-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-T----GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TT--TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGCG--A---T-G-GTG-C---T-----TG-T-TT-T-T--GTTTT
gi|127605 : AAGTT-T-A-GG-TT-TCGGAAAA------AAG-CATACTTC-TA---GATT-G----TCAG-C-C----AA----T--AGA-TTA-TT-T-T----A-TT--T----G-A-AATGA--A---T-G-CTG-T---TGA-T-TGAT-TT-T-T--TTCTT
gi|127606 : ------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA--TA-TC-T-T----A-TT--T----GAA-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 4 2 2 33 2 2 2 111111 2 77777777 333 2 4444 4 3 6666 8888 22 4 2 2 2 4444 2 22 4444 2 6 33 333 2 6 88888 2 2 2 2 2 2 444
lowQualScore : . . . .. . . . ...... . ........ ... . .... . . .... .... .. . . . . .... . .. .... . . .. ... . . ..... . . . . . . ...
lowQualScore : 4 2 2 11 2 2 2 111111 1 22222222 777 1 5555 2 2 6666 7777 99 2 1 1 1 5555 1 99 5555 1 3 11 999 2 7 44444 2 2 4 4 4 4 222
consensus : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
Reference ( family-883 ) : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
gi|127588 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---AAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127589 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AA--C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-G-TT-T-T--TTTTT
gi|127590 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-AAAAT-----AAG-C------T-TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAGTG--A---T-G-G---------A----A-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127591 : ACAAGTTAT-A-GC-TT-TTG--AAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGA---T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-GTTG-T-TT-T-T--TTTtt
gi|127592 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------A-G-C------T-TA---CAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-G-G-CT--TTA-G-TG-T-TT-T-T--TTGTT
gi|127593 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--A-A-TTA-TC-T-T----A--T--T----G-A-GAGGA--A---T-T-GTG-C---TTG-G-TG-T-TT-TAT--ATTT
gi|127594 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTATTC-T-T----A-TC--T----G-GTGAGGA--A---T-G-TTG-CATTTTA-G-TG-C-TT-C-T--TTT
gi|127595 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAA-A------T-TA---GAGA-G----TCAGATGC----AG----T--AGATTTA-TC-T-T----ATTT--T----G-ACGAGGA--A---TCG-GTG-C---CTT-G-TG-T-TT-T-T--TTT
gi|127596 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TCG-AAAA------AAG-C--------TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAG
gi|127597 : ACAAGTT-T-A-GC-TTGTTG-AAAA------AAA-C--------TA---GAGA-G----TCAGTTGC----AG----T--AGA-TAT-TC-T-TATAAA-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-TTGGTTTTttgatggaattttcttttt
gi|127598 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-TAAA------AAG-C------TAAA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGTACTT--AGA-TAA-TC-T-T----A-TT--T----G-A--AGGA--A---T---GTG-C---TTG-G-TA-G-TT-T-C--ATTT
gi|127599 : ACAAGTT-T-ACGC-AT-T-G-AAAATC----AA--C------T-TA---GAGAAG----TCAG-T-C----AG----T--AGACTTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGAATA---T-G-GTG-CG--TTA-G-TG-G-TT-T-T--GGTTT
gi|127600 : ACAAGTT-T-A-G---T-TTG-ATAA------AAG-C------T-AAAAAGAGA-G----TCAG-TGC----AGA---TAAAGA-TTA-TC-T-T----A-----T----G-AGGAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-A--G-T-TTGT-T--GTTTTtt
gi|127601 : ACAAGTT-T-A-GCTTT-TTG-ATAA------TGG-C------T-TA----AGA-GATGTTCAG-TGCCATTAG----T--AGA-TTA-TCTT-T----A-TTGGT----A-T-GAGGG--A---T-GAGTGCC---TTA-G-Tt
gi|127602 : ACAAGTTCT-A-GC-TT---G-AAAA------AAGAC------TCTA---GAGA-G----TCAG-TGCA---AG----T--AGA-TTA-TC-TCT----A-TC--TTGGAG-A-GAGGC--ACATT-G-GTG------TATG-CG-TGTT-T-T--ATTTT
gi|127603 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAAAAGCTTAAG-C------T-TA---GGGA-A----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG------T----A-TT--T----A-A-GTGAA--A---T-G-ATG---------G-AA-T-TT-T-T--CTTT
gi|127604 : AAGTT-TCA-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-T----GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TT--TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGCG--A---T-G-GTG-C---T-----TG-T-TT-T-T--GTTTT
gi|127605 : AAGTT-T-A-GG-TT-TCGGAAAA------AAG-CATACTTC-TA---GATT-G----TCAG-C-C----AA----T--AGA-TTA-TT-T-T----A-TT--T----G-A-AATGA--A---T-G-CTG-T---TGA-T-TGAT-TT-T-T--TTCTT
gi|127606 : ------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA--TA-TC-T-T----A-TT--T----GAA-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--
blockSeqs : A C C TT G T G AAGCTT A ATACTTC AAA A ATGT A G CATT TACT AA T T T C ATAA T GG TGGA A T AT CAT C T CATT T T A G G A TGG
blockSeqs : C . . T . T . TC . TA . . . T G A A . C . . . . . . . . C . . . T CT . . . . . . T
blockSeqs : . . . T . T . T . TC . . . . G . A . . . . . . . . . . G . . . A CG . . . . . . A
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . T
blockSeqs : . . . C . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T
blockSeqs : . . . C . C . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . . . A . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . . . T . T . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . . . T . C . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
finalCons : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 4 2 2 33 2 2 2 111111 2 77777777 333 2 4444 4 3 6666 8888 22 4 2 2 2 4444 2 22 4444 2 6 33 333 2 6 88888 2 2 2 2 2 2 444
lowQualScore : . . . .. . . . ...... . ........ ... . .... . . .... .... .. . . . . .... . .. .... . . .. ... . . ..... . . . . . . ...
lowQualScore : 4 2 2 11 2 2 2 111111 1 22222222 777 1 5555 2 2 6666 7777 99 2 1 1 1 5555 1 99 5555 1 3 11 999 2 7 44444 2 2 4 4 4 4 222
consensus : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
Reference ( family-883 ) : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--NTTTT
gi|127588 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-TA---AAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127589 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AA--C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-G-TT-T-T--TTTTT
gi|127590 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-AAAAT-----AAG-C------T-TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAGTG--A---T-G-G---------A----A-T-TT-T-T--ATTTT
gi|127591 : ACAAGTTAT-A-GC-TT-TTG--AAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGA---T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-GTTG-T-TT-T-T--TTTtt
gi|127592 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------A-G-C------T-TA---CAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGG--A---T-G-G-G-CT--TTA-G-TG-T-TT-T-T--TTGTT
gi|127593 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--A-A-TTA-TC-T-T----A--T--T----G-A-GAGGA--A---T-T-GTG-C---TTG-G-TG-T-TT-TAT--ATTT
gi|127594 : ACAAGTT-T-A-GC-CT-T-G-AAAA------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TTATTC-T-T----A-TC--T----G-GTGAGGA--A---T-G-TTG-CATTTTA-G-TG-C-TT-C-T--TTT
gi|127595 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAA------AAA-A------T-TA---GAGA-G----TCAGATGC----AG----T--AGATTTA-TC-T-T----ATTT--T----G-ACGAGGA--A---TCG-GTG-C---CTT-G-TG-T-TT-T-T--TTT
gi|127596 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TCG-AAAA------AAG-C--------TA---GGGA-G----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG-TA-T-T----A-AG--T----G-A-AAG
gi|127597 : ACAAGTT-T-A-GC-TTGTTG-AAAA------AAA-C--------TA---GAGA-G----TCAGTTGC----AG----T--AGA-TAT-TC-T-TATAAA-TT--T----G-A-GAGGA--A---T-ATGTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-TTGGTTTTttgatggaattttcttttt
gi|127598 : ACAAGTT-T-A-GC--T-TTG-TAAA------AAG-C------TAAA---GAGA-G----TCAG-TGC----AGTACTT--AGA-TAA-TC-T-T----A-TT--T----G-A--AGGA--A---T---GTG-C---TTG-G-TA-G-TT-T-C--ATTT
gi|127599 : ACAAGTT-T-ACGC-AT-T-G-AAAATC----AA--C------T-TA---GAGAAG----TCAG-T-C----AG----T--AGACTTA-TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGGAATA---T-G-GTG-CG--TTA-G-TG-G-TT-T-T--GGTTT
gi|127600 : ACAAGTT-T-A-G---T-TTG-ATAA------AAG-C------T-AAAAAGAGA-G----TCAG-TGC----AGA---TAAAGA-TTA-TC-T-T----A-----T----G-AGGAGGG--A---T-G-GTG-C---TTA-A--G-T-TTGT-T--GTTTTtt
gi|127601 : ACAAGTT-T-A-GCTTT-TTG-ATAA------TGG-C------T-TA----AGA-GATGTTCAG-TGCCATTAG----T--AGA-TTA-TCTT-T----A-TTGGT----A-T-GAGGG--A---T-GAGTGCC---TTA-G-Tt
gi|127602 : ACAAGTTCT-A-GC-TT---G-AAAA------AAGAC------TCTA---GAGA-G----TCAG-TGCA---AG----T--AGA-TTA-TC-TCT----A-TC--TTGGAG-A-GAGGC--ACATT-G-GTG------TATG-CG-TGTT-T-T--ATTTT
gi|127603 : ACAAGTT-T-A-GC-TT-TTG-AAAAAAGCTTAAG-C------T-TA---GGGA-A----TCAG-C-C----AG----T--AGA-CTG------T----A-TT--T----A-A-GTGAA--A---T-G-ATG---------G-AA-T-TT-T-T--CTTT
gi|127604 : AAGTT-TCA-GC-TT-TTG-AAAA------AAG-C------T-T----GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA-TT--TC-T-T----A-TT--T----G-A-GAGCG--A---T-G-GTG-C---T-----TG-T-TT-T-T--GTTTT
gi|127605 : AAGTT-T-A-GG-TT-TCGGAAAA------AAG-CATACTTC-TA---GATT-G----TCAG-C-C----AA----T--AGA-TTA-TT-T-T----A-TT--T----G-A-AATGA--A---T-G-CTG-T---TGA-T-TGAT-TT-T-T--TTCTT
gi|127606 : ------AAG-C------T-TA---GAGA-G----TCAG-TGC----AG----T--AGA--TA-TC-T-T----A-TT--T----GAA-GAGGA--A---T-G-GTG-C---TTA-G-TG-T-TT-T-T--