lowQualScore : 11111
lowQualScore : 2 2 4 33 4 2 4 00000 88 6 55 33
lowQualScore : . . . .. . . . ..... .. . .. ..
lowQualScore : 5 4 7 11 4 2 4 55555 22 1 99 44
consensus : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
Reference ( gi|130124 ) : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTTTA----AC-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130127 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTCGTT-T-A-ATTAC--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTGTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--ACATTTGGAA
gi|130125 : ATATGGTTTGAT-GCAAAATTTAATA-T-AGATTAT--GGAAA-GGATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130126 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTGGTG-T-AGATTAT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGATTTAG--TAT--AAATTT
gi|130128 : ATATGGTTTGAA-GCAGAATTTCGTC-T-AGATTGG--GAAAA-TGATGT-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGATTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130129 : ATATGGTTTGAT-GCAGGATTTTGTT-T-A-ATTAT--GGAAA-TGGTGG-TCG-TAGTCTT----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--AGT--ACATTTGGAA
gi|130130 : ATATAGTTTGAT-TCAGAATTTTGTC-G-AGATTATATGGAAA-TGATGG-TAG-TAGTCTG----AT-AAAATCTGTTTGAATTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130131 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTGT--AGAAA-TGATGGTTCG-TAG-TTG----AT-AAACTGTGTTTG-CTTAG--T-T--AAATTAGGGA
gi|130132 : ATGTGGTTTGAT-GTAGAATTTTGTC-T-AAATTAT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGT
gi|130135 : ATATGGTT-GAT-GCAGACTTTTGTT-TTAGATTAT--GGAAA-TGATGG-TTG-TAGTTTG----AT--AAATGTGTTTGATTTGGATTG---GAATTTatcatttaat
gi|130133 : ATATGATTTAAA-GCAGAATTTGGTC-T-AGATTAT--GTAAA-TGGTGG-TCG-T--TTCA----AT-ACAAGGTGTTTGACTTAG--TGT--GA
gi|130134 : ATATG-TTTGAT-GCAGA-CTTTGTCGTGAGATTAT--GGAAA-TGATGT-TCG-TAGTTTGATTTAT-AAAATGTGTTTGACTT-G--TATTAAAAATTGGA
gi|130136 : ATATGGTGTGAT-GCAGAATTGTGTC-A-CGATTAT--GAAAC-TGATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTT
gi|130137 : ATATGGTTTGATTACAGAAGTT---C-T-AGATCTT--GGAAAATGATG--TCGGTAGTT-G----AT-TAATTGTGTTTGACTCAG--TGT--AAATTTGGA
gi|130138 : ACGATTTGGT-GCAGAAGTTTGTT-T-AGAGTAT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGATTGACTTAG--TGA--AAATTTGGAA
gi|130139 : GGTTTGGT-GCAGAATTTTGTC-T-AAATTAT---GAAA-TGATGG-ACG-TAGTTTG----ATGAAAATGTGTTTGACTTAGT-TGG--AAATTTGGAA
gi|130140 : TGAT-GTAACATTTTGTC-C-AGATTAT--GAAAA-TGATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTTTTTGACTTAC--TGT--AAATTTGGAA
gi|130141 : TTTGTC-T-AGATTAT--GGAAATTGATTG-TTGCTAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGAA-TAG--TGT--AAA-TTGGA
gi|130142 : aaT--GGAAA-TGATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAATTGTGTTTGACTTAG--CGT--TAATTTGGAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 4 22 2 2 2 4 4444 2 55 33
lowQualScore : . . . .. . . . . .... . .. ..
lowQualScore : 4 2 4 99 1 1 1 2 5555 1 33 22
consensus : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
Reference ( family-882 ) : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130124 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTA----AC-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130125 : ATATGGTTTGAT-GCAAAATTTAATA-T-AGATTAT--GGAAA-G-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130126 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTGGTG-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGATTTAG--TAT--AAATTT
gi|130127 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTCGTT-T-A-ATTAC--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTGTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--ACATTTGGAA
gi|130128 : ATATGGTTTGAA-GCAGAATTTCGTC-T-AGATTGG--GAAAA-T-GATGT-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGATTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130129 : ATATGGTTTGAT-GCAGGATTTTGTT-T-A-ATTAT--GGAAA-T-GGTGG-TCG-TAGTCTT----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--AGT--ACATTTGGAA
gi|130130 : ATATAGTTTGAT-TCAGAATTTTGTC-G-AGATTATATGGAAA-T-GATGG-TAG-TAGTCTG----AT-AAAATCTGTTTGAATTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130131 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTGT--AGAAA-T-GATGGTTCG-TAG-TTG----AT-AAACTGTGTTTG-CTTAG--T-T--AAATTAGGGA
gi|130132 : ATGTGGTTTGAT-GTAGAATTTTGTC-T-AAATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTATCATTTAA--T
gi|130133 : ATATGATTTAAA-GCAGAATTTGGTC-T-AGATTAT--GTAAA-T-GGTGG-TCG-T--TTCA----AT-ACAAGGTGTTTGACTTAG--TGT--GA
gi|130134 : ATATG-TTTGAT-GCAGA-CTTTGTCGTGAGATTAT--GGAAA-T-GATGT-TCG-TAGTTTGATTTAT-AAAATGTGTTTGACTT-G--TATTAAAAATTGGA
gi|130135 : ATATGGTT-GAT-GCAGACTTTTGTT-TTAGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TTG-TAGTTTG----AT--AAATGTGTTTGATTTGGATTG---GAATTT
gi|130136 : ATATGGTGTGAT-GCAGAATTGTGTC-A-CGATTAT--GAAAC-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTT
gi|130137 : ATATGGTTTGATTACAGAAGTT---C-T-AGATCTT--GGAAAAT-GATG--TCGGTAGTT-G----AT-TAATTGTGTTTGACTCAG--TGT--AAATTTGGA
gi|130138 : ACGATTTGGT-GCAGAAGTTTGTT-T-AGAGTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGATTGACTTAG--TGA--AAATTTGGAA
gi|130139 : GGTTTGGT-GCAGAATTTTGTC-T-AAATTAT---GAAA-T-GATGG-ACG-TAGTTTG----ATGAAAATGTGTTTGACTTAGT-TGG--AAATTTGGAA
gi|130140 : TGAT-GTAACATTTTGTC-C-AGATTAT--GAAAA-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTTTTTGACTTAC--TGT--AAATTTGGAA
gi|130141 : TTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-TTGATTG-TTGCTAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGAA-TAG--TGT--AAA-TTGGA
gi|130142 : aaT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAATTGTGTTTGACTTAG--CGT--TAATTTGGAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 4 22 2 2 2 4 4444 2 55 33
lowQualScore : . . . .. . . . . .... . .. ..
lowQualScore : 4 2 4 99 1 1 1 2 5555 1 33 22
consensus : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
Reference ( family-882 ) : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130124 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTA----AC-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130125 : ATATGGTTTGAT-GCAAAATTTAATA-T-AGATTAT--GGAAA-G-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130126 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTGGTG-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGATTTAG--TAT--AAATTT
gi|130127 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTCGTT-T-A-ATTAC--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTGTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--ACATTTGGAA
gi|130128 : ATATGGTTTGAA-GCAGAATTTCGTC-T-AGATTGG--GAAAA-T-GATGT-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGATTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130129 : ATATGGTTTGAT-GCAGGATTTTGTT-T-A-ATTAT--GGAAA-T-GGTGG-TCG-TAGTCTT----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--AGT--ACATTTGGAA
gi|130130 : ATATAGTTTGAT-TCAGAATTTTGTC-G-AGATTATATGGAAA-T-GATGG-TAG-TAGTCTG----AT-AAAATCTGTTTGAATTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130131 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTGT--AGAAA-T-GATGGTTCG-TAG-TTG----AT-AAACTGTGTTTG-CTTAG--T-T--AAATTAGGGA
gi|130132 : ATGTGGTTTGAT-GTAGAATTTTGTC-T-AAATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTATCATTTAA--T
gi|130133 : ATATGATTTAAA-GCAGAATTTGGTC-T-AGATTAT--GTAAA-T-GGTGG-TCG-T--TTCA----AT-ACAAGGTGTTTGACTTAG--TGT--GA
gi|130134 : ATATG-TTTGAT-GCAGA-CTTTGTCGTGAGATTAT--GGAAA-T-GATGT-TCG-TAGTTTGATTTAT-AAAATGTGTTTGACTT-G--TATTAAAAATTGGA
gi|130135 : ATATGGTT-GAT-GCAGACTTTTGTT-TTAGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TTG-TAGTTTG----AT--AAATGTGTTTGATTTGGATTG---GAATTT
gi|130136 : ATATGGTGTGAT-GCAGAATTGTGTC-A-CGATTAT--GAAAC-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTT
gi|130137 : ATATGGTTTGATTACAGAAGTT---C-T-AGATCTT--GGAAAAT-GATG--TCGGTAGTT-G----AT-TAATTGTGTTTGACTCAG--TGT--AAATTTGGA
gi|130138 : ACGATTTGGT-GCAGAAGTTTGTT-T-AGAGTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGATTGACTTAG--TGA--AAATTTGGAA
gi|130139 : GGTTTGGT-GCAGAATTTTGTC-T-AAATTAT---GAAA-T-GATGG-ACG-TAGTTTG----ATGAAAATGTGTTTGACTTAGT-TGG--AAATTTGGAA
gi|130140 : TGAT-GTAACATTTTGTC-C-AGATTAT--GAAAA-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTTTTTGACTTAC--TGT--AAATTTGGAA
gi|130141 : TTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-TTGATTG-TTGCTAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGAA-TAG--TGT--AAA-TTGGA
gi|130142 : aaT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAATTGTGTTTGACTTAG--CGT--TAATTTGGAA
blockSeqs : T G G AT A T T G ATTT G AT TA
blockSeqs : . . T . . . . C . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
finalCons : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 4 22 2 2 2 4 4444 2 55 33
lowQualScore : . . . .. . . . . .... . .. ..
lowQualScore : 4 2 4 99 1 1 1 2 5555 1 33 22
consensus : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
Reference ( family-882 ) : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130124 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTA----AC-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130125 : ATATGGTTTGAT-GCAAAATTTAATA-T-AGATTAT--GGAAA-G-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGACTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130126 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTGGTG-T-AGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAAATGTGTTTGATTTAG--TAT--AAATTT
gi|130127 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTCGTT-T-A-ATTAC--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTGTG----AT-AAAATGTGTTTGACTTGG--TGT--ACATTTGGAA
gi|130128 : ATATGGTTTGAA-GCAGAATTTCGTC-T-AGATTGG--GAAAA-T-GATGT-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGATTTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130129 : ATATGGTTTGAT-GCAGGATTTTGTT-T-A-ATTAT--GGAAA-T-GGTGG-TCG-TAGTCTT----AT-AAAATGTGTTTGACTTAG--AGT--ACATTTGGAA
gi|130130 : ATATAGTTTGAT-TCAGAATTTTGTC-G-AGATTATATGGAAA-T-GATGG-TAG-TAGTCTG----AT-AAAATCTGTTTGAATTAG--TGT--AAATTTGGAA
gi|130131 : ATATGGTTTGAT-GCAGAATTTTGTC-T-AGATTGT--AGAAA-T-GATGGTTCG-TAG-TTG----AT-AAACTGTGTTTG-CTTAG--T-T--AAATTAGGGA
gi|130132 : ATGTGGTTTGAT-GTAGAATTTTGTC-T-AAATTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTATCATTTAA--T
gi|130133 : ATATGATTTAAA-GCAGAATTTGGTC-T-AGATTAT--GTAAA-T-GGTGG-TCG-T--TTCA----AT-ACAAGGTGTTTGACTTAG--TGT--GA
gi|130134 : ATATG-TTTGAT-GCAGA-CTTTGTCGTGAGATTAT--GGAAA-T-GATGT-TCG-TAGTTTGATTTAT-AAAATGTGTTTGACTT-G--TATTAAAAATTGGA
gi|130135 : ATATGGTT-GAT-GCAGACTTTTGTT-TTAGATTAT--GGAAA-T-GATGG-TTG-TAGTTTG----AT--AAATGTGTTTGATTTGGATTG---GAATTT
gi|130136 : ATATGGTGTGAT-GCAGAATTGTGTC-A-CGATTAT--GAAAC-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTGTT
gi|130137 : ATATGGTTTGATTACAGAAGTT---C-T-AGATCTT--GGAAAAT-GATG--TCGGTAGTT-G----AT-TAATTGTGTTTGACTCAG--TGT--AAATTTGGA
gi|130138 : ACGATTTGGT-GCAGAAGTTTGTT-T-AGAGTAT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-AAAATGTGATTGACTTAG--TGA--AAATTTGGAA
gi|130139 : GGTTTGGT-GCAGAATTTTGTC-T-AAATTAT---GAAA-T-GATGG-ACG-TAGTTTG----ATGAAAATGTGTTTGACTTAGT-TGG--AAATTTGGAA
gi|130140 : TGAT-GTAACATTTTGTC-C-AGATTAT--GAAAA-T-GATGG-TTG-TAGTCTG----AT-AAAATGTTTTTGACTTAC--TGT--AAATTTGGAA
gi|130141 : TTTGTC-T-AGATTAT--GGAAA-TTGATTG-TTGCTAGTCTG----AT-AAAATGTGTTTGAA-TAG--TGT--AAA-TTGGA
gi|130142 : aaT--GGAAA-T-GATGG-TCG-TAGTTTG----AT-TAATTGTGTTTGACTTAG--CGT--TAATTTGGAA