lowQualScore                  :                                                    1111111      111111              11111    1                  1111111111             11111111111111              1111111111111111               2222222222222                          1111                       2      1111111111                                                                    3333333333333333333333333333333333333333333     111       11                          2222222           11111                                                            111                      111                                                                      
lowQualScore                  :        3 88     5 66   2  88888  2    33 33   33   5555555    2 555555   2 2   444  55555    3 2 66666  2  33   3333333333 33  2  2  2 11111111111111 2  444  2 66 9999999999999999 33  2 5 2 333 0000000000000  8 2   2 33 2 444   444  1111  33 33 2    5555 33 2 4   5  1111111111 33  5  5   33    888  444 33  7 5 2   2   2 2 2 444 5555 2 55 2  2 5555555555555555555555555555555555555555555     444 2   2 33    5555   7 2  33     2  1111111  5555     11111 33  4  2  444  2 2  4   1 2  7777  2 1  6666   55 2 2 2  2 999       3333  2   33 2 333  444 2   2   888888888888 33 0       3    3   3 3      3   3         
lowQualScore                  :        . ..     . ..   .  .....  .    .. ..   ..   .......    . ......   . .   ...  .....    . . .....  .  ..   .......... ..  .  .  . .............. .  ...  . .. ................ ..  . . . ... .............  . .   . .. . ...   ...  ....  .. .. .    .... .. . .   .  .......... ..  .  .   ..    ...  ... ..  . . .   .   . . . ... .... . .. .  . ...........................................     ... .   . ..    ....   . .  ..     .  .......  ....     ..... ..  .  .  ...  . .  .   . .  ....  . .  ....   .. . . .  . ...       ....  .   .. . ...  ... .   .   ............ .. .       .    .   . .      .   .         
lowQualScore                  :        1 99     3 22   7  77777  7    77 77   77   6666666    0 777777   7 7   777  77777    3 7 77777  7  77   9999999999 77  7  7  7 33333333333333 7  777  5 33 1111111111111111 44  7 3 7 999 0000000000000  0 7   5 77 7 444   777  0000  77 77 7    7777 77 7 0   3  3333333333 77  3  0   44    555  444 44  5 0 5   5   5 5 5 444 3333 5 99 5  5 4444444444444444444444444444444444444444444     222 5   5 00    3333   5 5  44     4  2222222  0000     33333 22  7  4  111  4 4  7   2 4  3333  4 6  4444   11 5 5 5  5 333       9999  7   77 7 000  555 7   7   555555555555 77 8       1    1   1 3      6   6         
consensus                     : TTCGTCG-A-NCTTTA-C-AGAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--CT-CGT-CC-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-A-AG-TT--AAGGACA-T--TA-TTT--T-AA--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
Reference ( gi|121119 )       : TTCGTCG-A-CTTTTA-C-AGAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--GCA-----A-TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----C--C-A-AAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--TT-CGT-CT-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-A-AG-TA--AAGGACA-T--TA-TTT--T-AT--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121121                     : TTTGTCG-A-CTTTTA-C-AGAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--ACA-----G-TTTTTA----AAGAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TGGTG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-AA-T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-TTA-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----C--C-ACAGT-AT--------TGC--AC-GT-AA---TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--GTTT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A-------C----GGAAA--CT-CGT-CC-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAAT--T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--TCTCA--A-T-A----TT--AAGGACA-T--TA-TTC--T-AT--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TAT-AATGT
gi|121120                     : TTCGTCG-A-ACTTTA-C-GGAG-ACT--TTCA-GATG--A--ATT--GCA-----G-TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----CG-TG--CTACATGTAT---G--TC-CA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-TT------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----CG--A--T-CAGG----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TACTTGTC---G--TTG---C----------A------CG----GGAAA--CT-CGT-CC-TCTG----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAC---AT-ATAG--T-GCAT-A-TAA-AG-TT--AAGGGCA-T--TA-TTT--T-AA--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT
gi|121123                     : TTCGTCG-A-CTTTAA-C--GAG-A----TTCA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTTTA----A-GAT-C-AAT---GT-----AAA--T-G-----TG-T---CTAC----A----G--TC-TAATT-A--T---T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-CCA-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TGGGA--T-CAGA----C--C-ACAAC-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---C----A-A--G-TT-TTCGT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--CT-CGT-C--TCTT----TACAT-CA--AAC-T-TC-------GT----GCCAA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AA----AT-A-AG--T-GCAT-A-T---AG-TT--AAGGACA-T--TA-TTT--T-AT--TC-A-A-AAC-ACA-----T------CATTAAAAATAATAATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121122                     : TTCGTCG-A-ACTTTA-C-AGAGGACT----CA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTA-A----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TTTA--TTC-T-------T-AT---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T---T-------------AG-T-GCA-A--T-ATC-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA---CA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCCG-TT---G--TTG---C----------A------AC----GGAAAC-TT-CGT-CC-TCTT----TAC-T-CA--AATTT-TC-------GT----GCCAA---G-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATA---T-GCATGA-T-A-AG-TT--AAGGACA-T--TT-TTT--T-AA--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--T-AAAAT-A-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121124                     : TTCGTCG-AACTTCCATC-TTAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--GCA-------TTTTTA----ATGAT-C--AT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--GTA-----T----G--TC-CA-TT-A--TGC-T-------T-AT---TA-A-GTT---------------ATCAT-C-A-T-A-T-------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CA-A----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-GTT-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G--T-TACTG-TC---GATTTG---C----------A------CG----GGAAA--CT-CGT-C--TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--CC-TA-CT---TC----C-TTT---GAC---AT-ATAG--T-G-AT-ATT-A-AG-TG--AAGGACA-T--TA-TTT--T-AA--TC---A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATAGTTG-TATAAATGT
gi|121125                     : TTCGTCG-A-ACTTTA-C-AGAG-GCT--TTCA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTTCA----A-GAT-C-CAT---GTA----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----T----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-GT---TACATGT----------------A--AG-CAA-T-G-T-------------AA-T-GCA-A--C-A-A-ATT---TA----TA--A--T-CAGA----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A------TT-TCCT----------------------------------------------------------CTT----TAC-T-CA--AACTT-CC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-A---------------------A-T-A-AG-TT--AGGGACA-T--TA-TTT--T-AA--TC-A-A-AAC-ACATAAATT------T--TAAAAA
gi|121126                     : TTC-TCG-A-ACTTTA-C-AGAG-ACT--TTCAAGAAG--A--ATT--GGC-----A-GTTTTA----A-GATTC-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----T----G--TC-CA-TT-A--TCC-T-------T-AT---TA-A--T----------------A--AT-C-ATT-A-T-------------AA---GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--G-CAGA----CCAC-A-AAT-AT--------TCC--ACGGT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TTC-CAG-T-T-----A----A-A--G-TTAAACTG-TC---GT-TTG---C----------A-------C----GGGAA--CT-CGTCCC-TCTT----TAC-T-C---AACTT-TC-------GT----GGCCA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-CT-TTTGA-AAC---ATAATAG--T-GCAT-G-T-A-AG-T---TAGGACA----TA-TTT--T-AA--TC-C-A-AACTACA-----T------C--TAAA
gi|121127                     : TTCGTCG-A-ACTCGA-C-A-AG-ACT----CA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTC-A----A-GA--C-CAT---GTTTAAAAAAG-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-GT-A--T-C-T---------AT---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T-AAT-------------AGGT-GCA-A--T-C-A---T---TA----AG--A--T-CAGA----C--C-ACAAT--T--------T-C--AC-GTTAAA--TCAA---AA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TCC--------G--TGGG--C----------A------CC----G-AAA--CT-CGT-CC-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA--------TC-TA-TT---TC-A-AC-TTTGA-AA----AT-ATAG----GCAT-A-T-A-AT-T---AAGGACA-----A--AT--T-AA--TC-A-ACAAC-A--------------C--TAAAA--AA-AATG-AAA-CAAAAATA-TCGTTATAAA
gi|121129                     : TTCGTCGGA-TTTTTA-C--GA--ACT--TTCA-GAAGCAA--ATC--GCA-----GGTTTTTAT---A-GAT-C--AT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--C-------A----A--TC--A-TT-A--T-C-T-------TGAT---TA-G-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-TTGCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--TTCAGAGTGCT--C-A-AAC-ATATTACTGTT-C--ACTGT-AA---TCAA--TCA---T--TTTG-TATCC-CA--T-T-GGCAA----A-A--G-TT-TTATT-TC---G--TTG---C----------A------C------GGAA--CT-CGT-CC-TCTT----TAC-TCCA--AACTC-CCTTGCAGGGT----GCCAACTTT-C--TC-TA-CT---TT-CAAC-TTTCA-CAT----C-A-AG--T--------T-A-AG-C-----GAACA-T--TA-TTTAGC-CT--TC-----AAC-ACA-----T------C--C-AAACTAA-AATG-AAA-C---AATA-TTG-TATAAA
gi|121128                     : TTCGTCG-A-ACTTTA-CCAGAG-A-----TCA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTTAA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-CTT-------T-AA---TA-A--T----------------A--AT-C-A-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T---A-ATT---AA----TG--A--T-CCCA-------C-A-AAT-AT--------TCC--AC-GT-AAA--TCAA---AA---T--TT-T-G-TAC-CAG-T-----------------------------------------------------A------TC----G-------T-CCT-CT----T----TACTT-CA--AACCT-TC-------GT----GCCAA---TAT--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-A-AA-T
gi|121130                     : TTCGTCG-A-CTTTTA---AGAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--ACA-----G--TTTTA----A-GAT-C-CAT---GT------AAA-C-GTTAATTT-TA--CTA-----ACATGG--TT-TA-CT-C--T-T-TGTGATAGT-GC---TA-A-GTCTATTACCTTATTAAGA--AT-C-A-T---C-------------AG-T-GCATA--T-A-ATATT---CAT---TG--A--T-CAG-----C--C-ACAATAAT--------T-C--AC-GTAAAA--TCAA--TCA------TT-G-T-TAC-CA--T-C-G---ATAGTA-A--G-TT-TGCTT-TCCCGG--TTT---C-----------------CCTCTGGGAAATCTT-CGT-CC-TCTT----TACTT-CA--GACTTCTCTCACACTGTGATGGCCAA-----T--TC-TA-CT---TT-C-ACAAGGCA-AAT----T-AGAT--G-GCA--A-T-A-AG-TT--AAGGACATT--TA-TGT--G-ACTGTC-A-A-AAC-AC-------------T--GAAAAAGAA-AATG-AAACC-AAAAT
gi|121132                     :     TCG-AACTTTTAAC-AGA--ACA--T-CA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-CTTTTA----AAGAT-C-CAT---GTTA---AAAA-C-G-----T--TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-CAT-------T-AT----A-A-AT----------------A--AT-C-A-T-A-TT------------AGCT-GCA-A--TTA-C-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----C--A-C-AAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--ACA---TCTTT-G-C-TAC-CGT-T-T-G---A----A-A--G-TT-TT--T-CC---G--TTGTGCC----------A------CC----GGAAA--CT-CGC-CT--CTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T---C-TA-CT---TT-C-AC-TT-CA-AAT---AT-ATA---T-GCAT-A-T-A-AGCTT--AAGGAAA-T--TA-TTT--T-AA--TC-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATGAAAA-C-AAAATA-TTG-T-TAAAT
gi|121133                     :        -A-CTTTTA-C--GAG-ACC--T-CA-GAAG--A--ATC--GCA-----G-TTTTTAAAAGA-AAT-CACATAACGTA----AAAA-C-G-----T--TGGCCTA-----A----G--TCATA-TT-A----C-T-------C-AC---TC-A-CT----------------A--A
gi|121134                     :          cgaTTTA-C-AGAG-AC-----CA-GAAG--AGAATT--TCAGACAGA-TTGTTATAAAA-GAT-C-CA----GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----A----G---C-TA-TT-A--G-C-T-------T-AA---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T-A-C-------------AGTT-GCA-atttaat
gi|121131                     :          aacTTTA-C-AGAG-ACTAGTACA--AAG--A--ATTCTGCA-----G-TTTTAA----AAGAT-C-CAT---GT-----AAAA-GAG-----TG-TG--CTA-----A----GCATC-TA-TT-GAGT-C-A-------T-ATATCTA-A-AT----------------A--A--C-A-T-A-TCAGTAATAGAGTCGG-T-GCA-AAAT-A-C-ATTGTACAG---TG--GATT-CAGA----C--CCA-AATCAT--------T-TCGAC-GT-AAA--TCAA--ACAATAT--TT-GCT-TACACAG-T-TCG---A----A-ACAG-TT-TT--T-CC---G--TTG---TGAGTGGAGATA------CCAGA-GGAAAGCTCACGT-CCCTCTT----TAC-T-C---AACTT-TCGAGTG--GC----GGCAA---G-TAACT-TA-CCTTATT-C-ACTTTTCA-AATC--AT-Acattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagagatcaaacatttagctaccagtgtaaacagtttctcggaaactgtcctcttactcattaactttcgtgccaattcgacctttcacttcataatatatagtgcatataattaaatgacattattaatcaaaaacacatctaaataaaataaaa
gi|121135                     :                                                                                                                                                tccgtcgaagaataA-A-AT----------------A--ATTC-A-T-A-T-------------A--T-CCA-G--T-A-----T---TA----TT--A--C-TACA----C--A-A-TCT-AT--------TTC--AA-CT-AAGAGTCAAGATCA---T--TTTG-T-TAC-CAGAT-T-G---A----A-AA-G-GT-TTCTT-TC---GA-TTG---C----------AAACACACC----GAAA----T-CGT-CTCTATTATGGTAC---CA--AA--T-TC-------GT----GC-AC---T-T--TC-TA-CT---TCAC-AT-TTCCA-AATTATAT-ATAGATTAGCATTA-T-A-AA-TATTAAGGACA-TAGTA-TTT--TTAT--TC-ATA-AAC-ATA-----TACAAATC--TAAAAATAA-AATT-TAA-C---GATA-T---TACAAAT
gi|121136                     :                                                                                                                                                                                                                       A-A--T-A-A-AT----CAATGCTG--A--T-CATA----C--C-ACAAT-AT--------T-C--AC-GT-AAA--TCAA--T-A---T--TT-G-T-CAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-T-CTG-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--CT-CGT-CC-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-A-AG-TT--AAGGACA-T--TA-TTT--T-AA--TC-A-A-AAT-GCA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-T-AAAATA-TTG-TATAGATGT
gi|121134                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -AGA--TCAA--ACA---T--TTAG-C-TAC-CAG-TGT-A---A----ACA--G-TT-T-CT-----------------------------------C----GGAAA--CT--GT-CC-TCTT-----AC-T-CATTAACTT-TC-------GT----GCCAA-----T--TC-GACCT---TT-C-AC--TTCATAAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-A-AT-TA--AATGACA-T--TA---T--T-AA--TCAA-A-AAC-ACA-----T------C--T--AAATAA-AATA-AAA-
gi|121137                     :                                                                                                                                                                                                                                                      aactttacagagaccagaagagaatttcagacagattgttataaaagatccagtaaaaacgtgtgctaagctattagcttaataaataatcatacagttgcacattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagT-TA-------GT----GTAAA---T-T--TC-CC-C-------C-AC-GCGTA-AAT---A----AG--C-ACTT-T-T-ACAG-TA--A-GGACA-T--TAATTT--T-AA--TC-A-A-ACT-ACA-----T------C--TAAAAATCA-A-TG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT

lowQualScore                  :                                                                                          111111              11111    1                  1111111111                                         1111111111111111               1111111111111                          1111                               111111                                                                    2222222222222222222222222222222222222222222                                              2222222           11111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                          2 3 5555   55  2  444  2   6666  2    33 33   33 2   88888    4 444444   2 2   444  22222    5 2 66666  2  33   2222222222 33  2  2  2 9999 5 8888888 2  444  2 55 7777777777777777 33  2 2 5 333 8888888888888  7 2   2 33 2 333   444  0000  33 33 2    5555    5 2  88   777777 33  5  4   33    777  444 33  7 4 2   2   2 2 2 444 5555 2 55 2  2 7777777777777777777777777777777777777777777     55 2  33  2 2 2    5555   7 2  33     2  1111111  5555     11111 33  4  2  444  2 2  4   0 2  8888  2   77777    5 2 2   2 33   33     2 33 2 0    555555 2 333 2   2   777777777777 33 0       2    2   2 3      3   3         
lowQualScore                  :                          . . ....   ..  .  ...  .   ....  .    .. ..   .. .   .....    . ......   . .   ...  .....    . . .....  .  ..   .......... ..  .  .  . .... . ....... .  ...  . .. ................ ..  . . . ... .............  . .   . .. . ...   ...  ....  .. .. .    ....    . .  ..   ...... ..  .  .   ..    ...  ... ..  . . .   .   . . . ... .... . .. .  . ...........................................     .. .  ..  . . .    ....   . .  ..     .  .......  ....     ..... ..  .  .  ...  . .  .   . .  ....  .   .....    . . .   . ..   ..     . .. . .    ...... . ... .   .   ............ .. .       .    .   . .      .   .         
lowQualScore                  :                          5 4 3333   99  5  444  5   8888  5    44 44   44 5   88888    4 111111   5 5   444  22222    0 5 22222  5  44   4444444444 44  5  5  5 0000 0 1111111 5  444  4 44 9999999999999999 22  5 5 0 111 8888888888888  5 5   4 44 5 666   444  3333  44 44 5    3333    0 5  44   222222 44  0  7   22    555  111 22  1 7 4   4   4 4 4 111 0000 4 66 4  4 5555555555555555555555555555555555555555555     66 4  22  4 4 4    0000   1 4  22     4  2222222  0000     33333 22  7  4  111  4 4  7   3 4  7777  4   99999    0 5 5   5 22   44     5 44 5 2    666666 5 666 5   5   444444444444 44 2       9    9   9 1      3   3         
consensus                     :                   TTCGTCG-AAC----TTT--AC-AG---AG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
Reference ( family-880 )      :                   TTCGTCG-ANC----TTT--AC-AG---AG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121119                     :                   TTCGTCG-ACT----TTT--AC-AG---AG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAA-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCA--A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--T-TC--GT-C-T-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--AAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121120                     :                   TTCGTCG-AAC----TTT--AC-GG---AG-ACT--TTCA-GATG--A--ATT--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----CG-TG--CTACATGTAT---G--TC-CA-TT-A--T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-T-A-TT------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----CG--A--T-CAGG----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TACTTGTC---G--TTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTG----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAC---AT-ATAG--T-GCAT-A-TAAAG-T--TAA--GGGCA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT
gi|121121                     :                   TTTGTCG-ACT----TTT--AC-AG---AG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG-----TTTTTA----AAGAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TGGTG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-AA-T-C-T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-C-A-TTA-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-GT--ATTG-----C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--GTTT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A-------C----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAAT--T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--TCTCA--A-T-A---T--TAA--GGACA-T--T-ATTCTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TAT-AATGT
gi|121122                     :                   TTCGTCG-AAC----TTT--AC-AG---AGGACT----CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTA-A----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TTTA--TTC-T-------T-AT---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T---T-------------AG-T-GCA-A--T-ATC-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA---CA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCCG-TT---G--TTG---C----------A------AC----GGAAA--CTTC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AATTT-TC-------GT----GCCAA---G-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATA---T-GCATGA-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-TTTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--T-AAAAT-A-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121123                     :                   TTCGTCG-A-C----TTT--AA-CG---AG-A----TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-AAT---GT-----AAA--T-G-----TG-T---CTAC----A----G--TC-TAATT-A--T---T-------T-AT---TA-A-GT----------------A--AT-CCA-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TGGGA--T-CAGA----CCAC-A-AC--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---C----A-A--G-TT-TTCGT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TACAT-CA--AAC-T-TC-------GT----GCCAA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AA----AT-A-AG--T-GCAT-A-T--AG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------CATTAAAAATAATAATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121124                     :                   TTCGTCG-AAC----TTC---C-ATCTTAG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CA------TTTTTA----ATGAT-C--AT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--GTA-----T----G--TC-CA-TT-A--TGC-T-------T-AT---TA-A-GTT---------------ATCAT-C-A-T-A-T-------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CA-A----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-GTT-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G--T-TACTG-TC---GATTTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--CC-TA-CT---TC----C-TTT---GAC---AT-ATAG--T-G-AT-ATT-AAG-T--GAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C---A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATAGTTG-TATAAATGT
gi|121125                     :                   TTCGTCG-AAC----TTT--AC-AG---AG-GCT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTCA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----T----G--TC-TA-TT-A--T-C-T-------T-GT---TACATGT----------------A--AG-C-AAT-G-T-------------AA-T-GCA-A--C-A-A-ATT---TA----TA--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A------TT-T-----------------------------------------------------------C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-CC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-A---------------------A-T-AAG-T--TAG--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACATAAATT------T--TAAAAA
gi|121126                     :                   TTC-TCG-AAC----TTT--AC-AG---AG-ACT--TTCAAGAAG--A--ATT--GGCAG-----TTTT-A----A-GATTC-CAT---GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----T----G--TC-CA-TT-A--TCC-T-------T-AT---TA-A--T----------------A--AT-C-ATT-A-T-------------AA---GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--G-CAGA----CCACAA-AT--ATTC-----C--ACGGT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TTC-CAG-T-T-----A----A-A--G-TTAAACTG-TC---GT-TTG---C----------A-------C----GGGAA--C-TC--GTCC-C-TCTT----TAC-T-C---AACTT-TC-------GT----GGCCA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-CT-TTTGA-AAC---ATAATAG--T-GCAT-G-T-AAG-T--T-A--GGACA----T-ATTTTA--A---T-C-C-A-AACTACA-----T------C--TAAA
gi|121127                     :                   TTCGTCG-AAC----TCG--AC-A----AG-ACT----CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTC-A----A-GA--C-CAT---GTTTAAAAAAG-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-GT-A--T-C-T---------AT---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T-AAT-------------AGGT-GCA-A--T-C-A---T---TA----AG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT---TT------C--AC-GTTAAA--TCAA---AA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TCC--------G--TGGG--C----------A------CC----G-AAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA--------TC-TA-TT---TC-A-AC-TTTGA-AA----AT-ATAG----GCAT-A-T-AA--T--TAA--GGACA------A-ATTA--A---T-C-A-ACAAC-A--------------C--TAAAA--AA-AATG-AAA-CAAAAATA-TCGTTATAAA
gi|121128                     :                   TTCGTCG-AAC----TTT--ACCAG---AG-A-----TCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTAA----A-GAT-C-CAT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-CTT-------T-AA---TA-A--T----------------A--AT-C-A-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T---A-ATT---AA----TG--A--T-C-------CCACAA-AT--ATTC-----C--AC-GT-AAA--TCAA---AA---T--TT-T-G-TAC-CAG-T-------A--------------------TC---G--TC-----------------------------------C-TC-----------TT----TACTT-CA--AACCT-TC-------GT----GCCAA---TAT--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAA-T--
gi|121129                     :                   TTCGTCGGATT----TTT--AC--G---A--ACT--TTCA-GAAGCAA--ATC--G-CAGG----TTTTTAT---A-GAT-C--AT---GT-----AAAA-C-G-----TG-TG--C-------A----A--TC--A-TT-A--T-C-T-------TGAT---TA-G-GT----------------A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-TTGCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--TTCAGAGTGCTCAA-ACAT--ATTACTGTTC--ACTGT-AA---TCAA--TCA---T--TTTG-TATCC-CA--T-T-GGCAA----A-A--G-TT-TTATT-TC---G--TTG---C----------A------C------GGAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-TCCA--AACTC-CCTTGCAGGGT----GCCAACTTT-C--TC-TA-CT---TT-CAAC-TTTCA-------------------CAT---C-AAG-T--TAAGCGAACA-T--T-A-TTTA--GCCTT-C-----AAC-ACA-----T------C--C-AAACTAA-AATG-AAA-C---AATA-TTG-TATAAA
gi|121130                     :                   TTCGTCG-ACT----TTT--A--AG---AG-ACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG------TTTTA----A-GAT-C-CAT---GT------AAA-C-GTTAATTT-TA--CTA-----ACATGG--TT-TA-CT-C--T-T-TGTGATAGT-GC---TA-A-GTCTATTACCTTATTAAGA--AT-C-A-T---C-------------AG-T-GCATA--T-A-ATATT---CAT---TG--A--T-CAG-----CCAC-A-ATA-ATT------C--AC-GTAAAA--TCAA--TCA------TT-G-T-TAC-CA--T-C-G---ATAGTA-A--G-TT-TGCTT-TCCCGG--TTT---C-----------------CCTCTGGGAAATCT-TC--GT-C-C-TCTT----TACTT-CA--GACTTCTCTCACACTGTGATGGCCAA-----T--TC-TA-CT---TT-C-ACAAGGCA-AAT----T-AGAT--G-GCA--A-T-AAG-T--TAA--GGACATT--T-ATGTGACTG---T-C-A-A-AAC-AC-------------T--GAAAAAGAA-AATG-AAACC-AAAAT
gi|121131                     :                   TCCGTCG-AAGAATATTT--AC-AG---AG-ACTAGTACA--AAG--A--ATTCTG-CAG-----TTTTAA----AAGAT-C-CAT---GT-----AAAA-GAG-----TG-TG--CTA-----A----GCATC-TA-TT-GAGT-C-A-------T-ATATCTA-A-AT----------------A--A--C-A-T-A-TCAGTAATAGAGTCGG-T-GCA-AAAT-A-C-ATTGTACAG---TG--GATT-CAGA----CCCA-A-ATC-ATT------TCGAC-GT-AAA--TCAA--ACAATAT--TT-GCT-TACACAG-T-TCG---A----A-ACAG-TT-TT--T-CC---G--TTG---TGAGTGGAGATA------CCAGA-GGAAAG-C-TCACGT-C-CCTCTT----TAC-T-C---AACTT-TCGAGTG--GC----GGCAA---G-TAACT-TA-CCTTATT-C-ACTTTTCA-AATC--AT-A
gi|121132                     :                       TCG-AAC----TTTTAAC-AG---A--ACA--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----CTTTTA----AAGAT-C-CAT---GTTA---AAAA-C-G-----T--TG--CTA-----A----G--TC-TA-TT-A--T-CAT-------T-AT----A-A-AT----------------A--AT-C-A-T-A-TT------------AGCT-GCA-A--TTA-C-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----C-AC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--ACA---TCTTT-G-C-TAC-CGT-T-T-G---A----A-A--G-TT-TT--T-CC---G--TTGTGCC----------A------CC----GGAAA--C-TC--G--C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T---C-TA-CT---TT-C-AC-TT-CA-AAT---AT-ATA---T-GCAT-A-T-AAGCT--TAA--GGAAA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATGAAAA-C-AAAATA-TTG-T-TAAAT
gi|121133                     :                        CG-AAC----TTTT-AC--G---AG-ACC--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTAAAAGA-AAT-CACATAACGTA----AAAA-C-G-----T--TGGCCTA-----A----G--TCATA-TT-A----C-T-------C-AC---TC-A-CT----------------A--A
gi|121134                     :                          -AAC----TTT--AC-AG---AG-AC-----CA-GAAG--AGAATT--T-CAGACAGATTGTTATAAAA-GAT-C-CA----GT-----AAAAAC-G-----TG-TG--CTA-----A----G---C-TA-TT-A--G-C-T-------T-AA---TA-A-AT----------------A--AT-C-A-T-A-C-------------AGTT-GCA-atttaat
gi|121134                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AGA--TCAA--ACA---T--TTAG-C-TAC-CAG-TGT-A---A----ACA--G-TT-T-CT-----------------------------------C----GGAAA--C-T---GT-C-C-TCTT-----AC-T-CATTAACTT-TC-------GT----GCCAA-----T--TC-GACCT---TT-C-AC--TTCATAAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAT-T--AAA--TGACA-T--T-A--TTA--A---T-CAA-A-AAC-ACA-----T------C--T--AAATAA-AATA-AAA-cattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagagatcaaacatttagctaccagtgtaaacagtttctcggaaactgtcctcttactcattaactttcgtgccaattcgacctttcacttcataatatatagtgcatataattaaatgacattattaatcaaaaacacatctaaataaaataaaa
gi|121135                     : aactttacagagaccagaagagaatttcagacagattgttataaaagatccagtaaaaacgtgtgctaagctattagcttaataaataatcatacagttgcacattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagA-A-AT----------------A--ATTC-A-T-A-T-------------A--T-CCA-G--T-A-----T---TA----TT--A--C-TA-------CAC-A-ATCTATTT-----C--AA-CT-AAGAGTCAAGATCA---T--TTTG-T-TAC-CAGAT-T-G---A----A-AA-G-GT-TTCTT-TC---GA-TTG---C----------AAACACACC----GAAA-----TC--GT-CTC-TATTATGGTAC---CA--AA--T-TC-------GT----GC-AC---T-T--TC-TA-CT---TCAC-AT-TTCCA-AATTATAT-ATAGATTAGCATTA-T-AAA-TATTAA--GGACA-TAGT-ATTTTT--A---TTC-ATA-AAC-ATA-----TACAAATC--TAAAAATAA-AATT-TAA-C---GATA-T---TACAAAT
gi|121136                     :                                                                                                                                                                                                                                                A-A--T-A-A-AT----CAATGCTG--A--T-CATA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--T-A---T--TT-G-T-CAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-T-CTG-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAT-GCA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-T-AAAATA-TTG-TATAGATGT
gi|121137                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TAA--GGACA-T--TAATTTTA--A---T-C-A-A-ACT-ACA-----T------C--TAAAAAT-C-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT

lowQualScore                  :                                                                                 111111                     111111111111111             1111111111111                 111111                                 1111111111111                          1111                               111111                                                                    2222222222222222222222222222222222222222222                                              2222222           11111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                     5555   88  2  444 2   66666  2    33 33   33 2   88888    2 444444   2 2   444  7777   444444444444444    666  33  1111111111111 2 33 2 2  999   333333 5  2  444  2 55 2 33  2 5 2 333 8888888888888  7 2   2 33 2 333   444  0000  33 33 2    5555    5 2  88   777777 33  5  4   33    777  444 33  7 4 2   2   2 2 2 444 5555 2 55 2  2 7777777777777777777777777777777777777777777     55 2  33  2 2 2    5555   7 2  33     2  1111111  5555     11111 33  4  2  444  2 2  4   0 2  8888  2   77777    5 2 2   2 33   33     2 33 2 0    555555 2 333 2   2   777777777777 33 0       2    2   2 3      3   3         
lowQualScore                  :                     ....   ..  .  ... .   .....  .    .. ..   .. .   .....    . ......   . .   ...  ....   ...............    ...  ..  ............. . .. . .  ...   ...... .  .  ...  . .. . ..  . . . ... .............  . .   . .. . ...   ...  ....  .. .. .    ....    . .  ..   ...... ..  .  .   ..    ...  ... ..  . . .   .   . . . ... .... . .. .  . ...........................................     .. .  ..  . . .    ....   . .  ..     .  .......  ....     ..... ..  .  .  ...  . .  .   . .  ....  .   .....    . . .   . ..   ..     . .. . .    ...... . ... .   .   ............ .. .       .    .   . .      .   .         
lowQualScore                  :                     3333   44  5  444 5   44444  5    44 44   44 5   88888    9 111111   5 5   444  8888   444444444444444    999  44  9999999999999 5 44 5 5  444   444444 0  5  444  4 44 4 22  5 0 5 111 8888888888888  5 5   4 44 5 666   444  3333  44 44 5    3333    0 5  44   222222 44  0  7   22    555  111 22  1 7 4   4   4 4 4 111 0000 4 66 4  4 5555555555555555555555555555555555555555555     66 4  22  4 4 4    0000   1 4  22     4  2222222  0000     33333 22  7  4  111  4 4  7   3 4  7777  4   99999    0 5 5   5 22   44     5 44 5 2    666666 5 666 5   5   444444444444 44 2       9    9   9 1      3   3         
consensus                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
Reference ( family-880 )      :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121119                     :           TTCGTCGACT----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAA-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCA--A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--T-TC--GT-C-T-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--AAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121120                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-GG---A-GACT--TTCA-GATG--A--ATT--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGCG---TG--CT-------ACATGTATG--T-C-CA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-TT------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----CG--A--T-CAGG----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TACTTGTC---G--TTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTG----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAC---AT-ATAG--T-GCAT-A-TAAAG-T--TAA--GGGCA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT
gi|121121                     :           TTTGTCGACT----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG-----TTTTTA----AAGAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTGG--TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTAA-T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-TTA-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-GT--ATTG-----C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--GTTT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A-------C----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAAT--T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--TCTCA--A-T-A---T--TAA--GGACA-T--T-ATTCTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TAT-AATGT
gi|121122                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---AGGAC----TCA-GAAG--A--ATC--G-CAG------TTTAA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TAT--TTAT-T---C-TT-AT---TA-A-AT-A--AT-C-A-T---T-------------AG-T-GCA-A--T-ATC-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA---CA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCCG-TT---G--TTG---C----------A------AC----GGAAA--CTTC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AATTT-TC-------GT----GCCAA---G-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATA---T-GCATGA-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-TTTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--T-AAAAT-A-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121123                     :           TTCGTCGA-C----TTT--AA-CG---A-GA----TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-AAT---GT----AAA---------------TGTG---T---CT-------AC----A-G--T-C-TAA--TTA--T-----TT-AT---TA-A-GT-A--AT-CCA-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TGGGA--T-CAGA----CCAC-A-AC--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---C----A-A--G-TT-TTCGT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TACAT-CA--AAC-T-TC-------GT----GCCAA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AA----AT-A-AG--T-GCAT-A-T--AG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------CATTAAAAATAATAATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121124                     :           TTCGTCGAAC----TTC---C-ATCTTA-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CA------TTTTTA----ATGAT-C--AT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--GT-------A-----T-G--T-C-CA---TTA--TG--C-TT-AT---TA-A-GTTATCAT-C-A-T-A-T-------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CA-A----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-GTT-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G--T-TACTG-TC---GATTTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--CC-TA-CT---TC----C-TTT---GAC---AT-ATAG--T-G-AT-ATT-AAG-T--GAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C---A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATAGTTG-TATAAATGT
gi|121125                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GGCT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTCA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----T-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-GT---TACATGT-A--AG-CAA-T-G-T-------------AA-T-GCA-A--C-A-A-ATT---TA----TA--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A------TT-T-----------------------------------------------------------C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-CC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-A---------------------A-T-AAG-T--TAG--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACATAAATT------T--TAAAAA
gi|121126                     :           TTC-TCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCAAGAAG--A--ATT--GGCAG-----TTTT-A----A-GATTC-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----T-G--T-C-CA---TTA--TC--C-TT-AT---TA-A--T-A--AT-C-ATT-A-T-------------AA---GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--G-CAGA----CCACAA-AT--ATTC-----C--ACGGT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TTC-CAG-T-T-----A----A-A--G-TTAAACTG-TC---GT-TTG---C----------A-------C----GGGAA--C-TC--GTCC-C-TCTT----TAC-T-C---AACTT-TC-------GT----GGCCA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-CT-TTTGA-AAC---ATAATAG--T-GCAT-G-T-AAG-T--T-A--GGACA----T-ATTTTA--A---T-C-C-A-AACTACA-----T------C--TAAA
gi|121127                     :           TTCGTCGAAC----TCG--AC-A----A-GACT----CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTC-A----A-GA--C-CAT---GTTTAAAAA-------------AGCGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---GTA--T---C-T--AT---TA-A-AT-A--AT-C-A-T-AAT-------------AGGT-GCA-A--T-C-A---T---TA----AG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT---TT------C--AC-GTTAAA--TCAA---AA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TCC--------G--TGGG--C----------A------CC----G-AAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA--------TC-TA-TT---TC-A-AC-TTTGA-AA----AT-ATAG----GCAT-A-T-AA--T--TAA--GGACA------A-ATTA--A---T-C-A-ACAAC-A--------------C--TAAAA--AA-AATG-AAA-CAAAAATA-TCGTTATAAA
gi|121128                     :           TTCGTCGAAC----TTT--ACCAG---A-GA-----TCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTAA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---CTTT-AA---TA-A--T-A--AT-C-A-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T---A-ATT---AA----TG--A--T-C-------CCACAA-AT--ATTC-----C--AC-GT-AAA--TCAA---AA---T--TT-T-G-TAC-CAG-T-------A--------------------TC---G--TC-----------------------------------C-TC-----------TT----TACTT-CA--AACCT-TC-------GT----GCCAA---TAT--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAA-T--
gi|121129                     :           TTCGTCGGAT----TTTT-AC--G---A--ACT--TTCA-GAAGCAA--ATC--G-CAGG----TTTTTAT---A-GAT-C--AT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--C--------------A-A--T-C--A---TTA--T---C-TTGAT---TA-G-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-TTGCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--TTCAGAGTGCTCAA-ACAT--ATTACTGTTC--ACTGT-AA---TCAA--TCA---T--TTTG-TATCC-CA--T-T-GGCAA----A-A--G-TT-TTATT-TC---G--TTG---C----------A------C------GGAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-TCCA--AACTC-CCTTGCAGGGT----GCCAACTTT-C--TC-TA-CT---TT-CAAC-TTTCA-------------------CAT---C-AAG-T--TAAGCGAACA-T--T-A-TTTA--GCCTT-C-----AAC-ACA-----T------C--C-AAACTAA-AATG-AAA-C---AATA-TTG-TATAAA
gi|121130                     :           TTCGTCGACT----TTT--A--AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG------TTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAACGTTAATTTTACTAACATGGTTTA--CTCTTTGTGAT----A-G--TGC-TAAGTCTA--TTACC-TT-AT---TA-A-G--A--AT-C-A-T---C-------------AG-T-GCATA--T-A-ATATT---CAT---TG--A--T-CAG-----CCAC-A-ATA-ATT------C--AC-GTAAAA--TCAA--TCA------TT-G-T-TAC-CA--T-C-G---ATAGTA-A--G-TT-TGCTT-TCCCGG--TTT---C-----------------CCTCTGGGAAATCT-TC--GT-C-C-TCTT----TACTT-CA--GACTTCTCTCACACTGTGATGGCCAA-----T--TC-TA-CT---TT-C-ACAAGGCA-AAT----T-AGAT--G-GCA--A-T-AAG-T--TAA--GGACATT--T-ATGTGACTG---T-C-A-A-AAC-AC-------------T--GAAAAAGAA-AATG-AAACC-AAAAT
gi|121131                     :           TCCGTCGAAGAATATTT--AC-AG---A-GACTAGTACA--AAG--A--ATTCTG-CAG-----TTTTAA----AAGAT-C-CAT---GT----AAA-------------AGAGTG---TG--CT-------A-----A-GCAT-C-TA---TTGAGT---C-AT-ATATCTA-A-AT-A--A--C-A-T-A-TCAGTAATAGAGTCGG-T-GCA-AAAT-A-C-ATTGTACAG---TG--GATT-CAGA----CCCA-A-ATC-ATT------TCGAC-GT-AAA--TCAA--ACAATAT--TT-GCT-TACACAG-T-TCG---A----A-ACAG-TT-TT--T-CC---G--TTG---TGAGTGGAGATA------CCAGA-GGAAAG-C-TCACGT-C-CCTCTT----TAC-T-C---AACTT-TCGAGTG--GC----GGCAA---G-TAACT-TA-CCTTATT-C-ACTTTTCA-AATC--AT-A
gi|121132                     :               TCGAAC----TTTTAAC-AG---A--ACA--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----CTTTTA----AAGAT-C-CAT---GTT---AAA-------------AACGT----TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---CATT-AT----A-A-AT-A--AT-C-A-T-A-TT------------AGCT-GCA-A--TTA-C-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----C-AC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--ACA---TCTTT-G-C-TAC-CGT-T-T-G---A----A-A--G-TT-TT--T-CC---G--TTGTGCC----------A------CC----GGAAA--C-TC--G--C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T---C-TA-CT---TT-C-AC-TT-CA-AAT---AT-ATA---T-GCAT-A-T-AAGCT--TAA--GGAAA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATGAAAA-C-AAAATA-TTG-T-TAAAT
gi|121133                     :                CGAAC----TTTT-AC--G---A-GACC--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTAAAAGA-AAT-CACATAACGT----AAA-------------AACGT----TGGCCT-------A-----A-G--T-CATA---TTA------C-TC-AC---TC-A-CT-A--A
gi|121134                     :                  AAC----TTT--AC-AG---A-GAC-----CA-GAAG--AGAATT--T-CAGACAGATTGTTATAAAA-GAT-C-CA----GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G----C-TA---TTA--G---C-TT-AA---TA-A-AT-A--AT-C-A-T-A-C-------------AGTT-GCA-atttaat
gi|121134                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AGA--TCAA--ACA---T--TTAG-C-TAC-CAG-TGT-A---A----ACA--G-TT-T-CT-----------------------------------C----GGAAA--C-T---GT-C-C-TCTT-----AC-T-CATTAACTT-TC-------GT----GCCAA-----T--TC-GACCT---TT-C-AC--TTCATAAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAT-T--AAA--TGACA-T--T-A--TTA--A---T-CAA-A-AAC-ACA-----T------C--T--AAATAA-AATA-AAA-cattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagagatcaaacatttagctaccagtgtaaacagtttctcggaaactgtcctcttactcattaactttcgtgccaattcgacctttcacttcataatatatagtgcatataattaaatgacattattaatcaaaaacacatctaaataaaataaaa
gi|121135                     : aactttacagagaccagaagagaatttcagacagattgttataaaagatccagtaaaaacgtgtgctaagctattagcttaataaataatcatacagttgcacattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagA-A-AT-A--ATTC-A-T-A-T-------------A--T-CCA-G--T-A-----T---TA----TT--A--C-TA-------CAC-A-ATCTATTT-----C--AA-CT-AAGAGTCAAGATCA---T--TTTG-T-TAC-CAGAT-T-G---A----A-AA-G-GT-TTCTT-TC---GA-TTG---C----------AAACACACC----GAAA-----TC--GT-CTC-TATTATGGTAC---CA--AA--T-TC-------GT----GC-AC---T-T--TC-TA-CT---TCAC-AT-TTCCA-AATTATAT-ATAGATTAGCATTA-T-AAA-TATTAA--GGACA-TAGT-ATTTTT--A---TTC-ATA-AAC-ATA-----TACAAATC--TAAAAATAA-AATT-TAA-C---GATA-T---TACAAAT
gi|121136                     :                                                                                                                                                                                                                                 A-A--T-A-A-AT----CAATGCTG--A--T-CATA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--T-A---T--TT-G-T-CAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-T-CTG-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAT-GCA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-T-AAAATA-TTG-TATAGATGT
gi|121137                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --TAA--GGACA-T--TAATTTTA--A---T-C-A-A-ACT-ACA-----T------C--TAAAAAT-C-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT

lowQualScore                  :                                                                                 111111                     111111111111111             1111111111111                 111111                                 1111111111111                          1111                               111111                                                                    2222222222222222222222222222222222222222222                                              2222222           11111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                     5555   88  2  444 2   66666  2    33 33   33 2   88888    2 444444   2 2   444  7777   444444444444444    666  33  1111111111111 2 33 2 2  999   333333 5  2  444  2 55 2 33  2 5 2 333 8888888888888  7 2   2 33 2 333   444  0000  33 33 2    5555    5 2  88   777777 33  5  4   33    777  444 33  7 4 2   2   2 2 2 444 5555 2 55 2  2 7777777777777777777777777777777777777777777     55 2  33  2 2 2    5555   7 2  33     2  1111111  5555     11111 33  4  2  444  2 2  4   0 2  8888  2   77777    5 2 2   2 33   33     2 33 2 0    555555 2 333 2   2   777777777777 33 0       2    2   2 3      3   3         
lowQualScore                  :                     ....   ..  .  ... .   .....  .    .. ..   .. .   .....    . ......   . .   ...  ....   ...............    ...  ..  ............. . .. . .  ...   ...... .  .  ...  . .. . ..  . . . ... .............  . .   . .. . ...   ...  ....  .. .. .    ....    . .  ..   ...... ..  .  .   ..    ...  ... ..  . . .   .   . . . ... .... . .. .  . ...........................................     .. .  ..  . . .    ....   . .  ..     .  .......  ....     ..... ..  .  .  ...  . .  .   . .  ....  .   .....    . . .   . ..   ..     . .. . .    ...... . ... .   .   ............ .. .       .    .   . .      .   .         
lowQualScore                  :                     3333   44  5  444 5   44444  5    44 44   44 5   88888    9 111111   5 5   444  8888   444444444444444    999  44  9999999999999 5 44 5 5  444   444444 0  5  444  4 44 4 22  5 0 5 111 8888888888888  5 5   4 44 5 666   444  3333  44 44 5    3333    0 5  44   222222 44  0  7   22    555  111 22  1 7 4   4   4 4 4 111 0000 4 66 4  4 5555555555555555555555555555555555555555555     66 4  22  4 4 4    0000   1 4  22     4  2222222  0000     33333 22  7  4  111  4 4  7   3 4  7777  4   99999    0 5 5   5 22   44     5 44 5 2    666666 5 666 5   5   444444444444 44 2       9    9   9 1      3   3         
consensus                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
Reference ( family-880 )      :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121119                     :           TTCGTCGACT----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAA-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCA--A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--T-TC--GT-C-T-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--AAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121120                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-GG---A-GACT--TTCA-GATG--A--ATT--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGCG---TG--CT-------ACATGTATG--T-C-CA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-TT------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----CG--A--T-CAGG----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TACTTGTC---G--TTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTG----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAC---AT-ATAG--T-GCAT-A-TAAAG-T--TAA--GGGCA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT
gi|121121                     :           TTTGTCGACT----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG-----TTTTTA----AAGAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTGG--TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTAA-T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-TTA-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-GT--ATTG-----C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--GTTT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A-------C----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAAT--T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--TCTCA--A-T-A---T--TAA--GGACA-T--T-ATTCTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TAT-AATGT
gi|121122                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---AGGAC----TCA-GAAG--A--ATC--G-CAG------TTTAA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TAT--TTAT-T---C-TT-AT---TA-A-AT-A--AT-C-A-T---T-------------AG-T-GCA-A--T-ATC-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA---CA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCCG-TT---G--TTG---C----------A------AC----GGAAA--CTTC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AATTT-TC-------GT----GCCAA---G-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATA---T-GCATGA-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-TTTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--T-AAAAT-A-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121123                     :           TTCGTCGA-C----TTT--AA-CG---A-GA----TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-AAT---GT----AAA---------------TGTG---T---CT-------AC----A-G--T-C-TAA--TTA--T-----TT-AT---TA-A-GT-A--AT-CCA-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TGGGA--T-CAGA----CCAC-A-AC--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---C----A-A--G-TT-TTCGT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TACAT-CA--AAC-T-TC-------GT----GCCAA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AA----AT-A-AG--T-GCAT-A-T--AG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--T---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------CATTAAAAATAATAATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
gi|121124                     :           TTCGTCGAAC----TTC---C-ATCTTA-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CA------TTTTTA----ATGAT-C--AT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--GT-------A-----T-G--T-C-CA---TTA--TG--C-TT-AT---TA-A-GTTATCAT-C-A-T-A-T-------------AA-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CA-A----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT--AA--TCAA--TCA---T--TT-GTT-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G--T-TACTG-TC---GATTTG---C----------A------CG----GGAAA--C-TC--GT---C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--CC-TA-CT---TC----C-TTT---GAC---AT-ATAG--T-G-AT-ATT-AAG-T--GAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C---A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATAGTTG-TATAAATGT
gi|121125                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GGCT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTCA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----T-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-GT---TACATGT-A--AG-CAA-T-G-T-------------AA-T-GCA-A--C-A-A-ATT---TA----TA--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A------TT-T-----------------------------------------------------------C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-CC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-A---------------------A-T-AAG-T--TAG--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACATAAATT------T--TAAAAA
gi|121126                     :           TTC-TCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCAAGAAG--A--ATT--GGCAG-----TTTT-A----A-GATTC-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----T-G--T-C-CA---TTA--TC--C-TT-AT---TA-A--T-A--AT-C-ATT-A-T-------------AA---GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--G-CAGA----CCACAA-AT--ATTC-----C--ACGGT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TTC-CAG-T-T-----A----A-A--G-TTAAACTG-TC---GT-TTG---C----------A-------C----GGGAA--C-TC--GTCC-C-TCTT----TAC-T-C---AACTT-TC-------GT----GGCCA---T-T--TCTTA-CT---TT-C-CT-TTTGA-AAC---ATAATAG--T-GCAT-G-T-AAG-T--T-A--GGACA----T-ATTTTA--A---T-C-C-A-AACTACA-----T------C--TAAA
gi|121127                     :           TTCGTCGAAC----TCG--AC-A----A-GACT----CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTC-A----A-GA--C-CAT---GTTTAAAAA-------------AGCGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---GTA--T---C-T--AT---TA-A-AT-A--AT-C-A-T-AAT-------------AGGT-GCA-A--T-C-A---T---TA----AG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT---TT------C--AC-GTTAAA--TCAA---AA---T--TT-G-C-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TCC--------G--TGGG--C----------A------CC----G-AAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA--------TC-TA-TT---TC-A-AC-TTTGA-AA----AT-ATAG----GCAT-A-T-AA--T--TAA--GGACA------A-ATTA--A---T-C-A-ACAAC-A--------------C--TAAAA--AA-AATG-AAA-CAAAAATA-TCGTTATAAA
gi|121128                     :           TTCGTCGAAC----TTT--ACCAG---A-GA-----TCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTAA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---CTTT-AA---TA-A--T-A--AT-C-A-T-A-C-------------AG-T-GCA-A--T---A-ATT---AA----TG--A--T-C-------CCACAA-AT--ATTC-----C--AC-GT-AAA--TCAA---AA---T--TT-T-G-TAC-CAG-T-------A--------------------TC---G--TC-----------------------------------C-TC-----------TT----TACTT-CA--AACCT-TC-------GT----GCCAA---TAT--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAA-T--
gi|121129                     :           TTCGTCGGAT----TTTT-AC--G---A--ACT--TTCA-GAAGCAA--ATC--G-CAGG----TTTTTAT---A-GAT-C--AT---GT----AAA-------------A-CGTG---TG--C--------------A-A--T-C--A---TTA--T---C-TTGAT---TA-G-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-TTGCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--TTCAGAGTGCTCAA-ACAT--ATTACTGTTC--ACTGT-AA---TCAA--TCA---T--TTTG-TATCC-CA--T-T-GGCAA----A-A--G-TT-TTATT-TC---G--TTG---C----------A------C------GGAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-TCCA--AACTC-CCTTGCAGGGT----GCCAACTTT-C--TC-TA-CT---TT-CAAC-TTTCA-------------------CAT---C-AAG-T--TAAGCGAACA-T--T-A-TTTA--GCCTT-C-----AAC-ACA-----T------C--C-AAACTAA-AATG-AAA-C---AATA-TTG-TATAAA
gi|121130                     :           TTCGTCGACT----TTT--A--AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--A-CAG------TTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAACGTTAATTTTACTAACATGGTTTA--CTCTTTGTGAT----A-G--TGC-TAAGTCTA--TTACC-TT-AT---TA-A-G--A--AT-C-A-T---C-------------AG-T-GCATA--T-A-ATATT---CAT---TG--A--T-CAG-----CCAC-A-ATA-ATT------C--AC-GTAAAA--TCAA--TCA------TT-G-T-TAC-CA--T-C-G---ATAGTA-A--G-TT-TGCTT-TCCCGG--TTT---C-----------------CCTCTGGGAAATCT-TC--GT-C-C-TCTT----TACTT-CA--GACTTCTCTCACACTGTGATGGCCAA-----T--TC-TA-CT---TT-C-ACAAGGCA-AAT----T-AGAT--G-GCA--A-T-AAG-T--TAA--GGACATT--T-ATGTGACTG---T-C-A-A-AAC-AC-------------T--GAAAAAGAA-AATG-AAACC-AAAAT
gi|121131                     :           TCCGTCGAAGAATATTT--AC-AG---A-GACTAGTACA--AAG--A--ATTCTG-CAG-----TTTTAA----AAGAT-C-CAT---GT----AAA-------------AGAGTG---TG--CT-------A-----A-GCAT-C-TA---TTGAGT---C-AT-ATATCTA-A-AT-A--A--C-A-T-A-TCAGTAATAGAGTCGG-T-GCA-AAAT-A-C-ATTGTACAG---TG--GATT-CAGA----CCCA-A-ATC-ATT------TCGAC-GT-AAA--TCAA--ACAATAT--TT-GCT-TACACAG-T-TCG---A----A-ACAG-TT-TT--T-CC---G--TTG---TGAGTGGAGATA------CCAGA-GGAAAG-C-TCACGT-C-CCTCTT----TAC-T-C---AACTT-TCGAGTG--GC----GGCAA---G-TAACT-TA-CCTTATT-C-ACTTTTCA-AATC--AT-A
gi|121132                     :               TCGAAC----TTTTAAC-AG---A--ACA--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----CTTTTA----AAGAT-C-CAT---GTT---AAA-------------AACGT----TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---CATT-AT----A-A-AT-A--AT-C-A-T-A-TT------------AGCT-GCA-A--TTA-C-ATT---AA----TG--A--T-CAGA----C-AC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--ACA---TCTTT-G-C-TAC-CGT-T-T-G---A----A-A--G-TT-TT--T-CC---G--TTGTGCC----------A------CC----GGAAA--C-TC--G--C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T---C-TA-CT---TT-C-AC-TT-CA-AAT---AT-ATA---T-GCAT-A-T-AAGCT--TAA--GGAAA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATGAAAA-C-AAAATA-TTG-T-TAAAT
gi|121133                     :                CGAAC----TTTT-AC--G---A-GACC--T-CA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTAAAAGA-AAT-CACATAACGT----AAA-------------AACGT----TGGCCT-------A-----A-G--T-CATA---TTA------C-TC-AC---TC-A-CT-A--A
gi|121134                     :                  AAC----TTT--AC-AG---A-GAC-----CA-GAAG--AGAATT--T-CAGACAGATTGTTATAAAA-GAT-C-CA----GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G----C-TA---TTA--G---C-TT-AA---TA-A-AT-A--AT-C-A-T-A-C-------------AGTT-GCA-atttaat
gi|121134                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AGA--TCAA--ACA---T--TTAG-C-TAC-CAG-TGT-A---A----ACA--G-TT-T-CT-----------------------------------C----GGAAA--C-T---GT-C-C-TCTT-----AC-T-CATTAACTT-TC-------GT----GCCAA-----T--TC-GACCT---TT-C-AC--TTCATAAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAT-T--AAA--TGACA-T--T-A--TTA--A---T-CAA-A-AAC-ACA-----T------C--T--AAATAA-AATA-AAA-cattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagagatcaaacatttagctaccagtgtaaacagtttctcggaaactgtcctcttactcattaactttcgtgccaattcgacctttcacttcataatatatagtgcatataattaaatgacattattaatcaaaaacacatctaaataaaataaaa
gi|121135                     : aactttacagagaccagaagagaatttcagacagattgttataaaagatccagtaaaaacgtgtgctaagctattagcttaataaataatcatacagttgcacattaacatatttcttactacaattagtatcaacgcggagcatcctctgtaacgtcatccgatctgcacttctcaattagA-A-AT-A--ATTC-A-T-A-T-------------A--T-CCA-G--T-A-----T---TA----TT--A--C-TA-------CAC-A-ATCTATTT-----C--AA-CT-AAGAGTCAAGATCA---T--TTTG-T-TAC-CAGAT-T-G---A----A-AA-G-GT-TTCTT-TC---GA-TTG---C----------AAACACACC----GAAA-----TC--GT-CTC-TATTATGGTAC---CA--AA--T-TC-------GT----GC-AC---T-T--TC-TA-CT---TCAC-AT-TTCCA-AATTATAT-ATAGATTAGCATTA-T-AAA-TATTAA--GGACA-TAGT-ATTTTT--A---TTC-ATA-AAC-ATA-----TACAAATC--TAAAAATAA-AATT-TAA-C---GATA-T---TACAAAT
gi|121136                     :                                                                                                                                                                                                                                 A-A--T-A-A-AT----CAATGCTG--A--T-CATA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--T-A---T--TT-G-T-CAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-T-CTG-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTGA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAT-GCA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-T-AAAATA-TTG-TATAGATGT
gi|121137                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --TAA--GGACA-T--TAATTTTA--A---T-C-A-A-ACT-ACA-----T------C--TAAAAAT-C-AATG-AAA-C-AAAATA-TTA-TATAAATGT


blockSeqs                     :                     AATA   TA  C  CTT G   TAGTA  A    CA GA   CT G   ACAGA    T AAAGA    T A   AAC  TTAA   CGTTAATTTTACTAA    GTT  GC  CTTTGTGAT     T CA G A  AGT   TTAC   T  G  ATC  C TG T TC  T C T TA  CAGTAATAGAGTC  G T   T AA T TC    GTA  ATGC  GG AT T    GTGC    A C  CT   ACTGTT CG  G  T   AG    GAT  ATA CT  T T A   A   A G C GCA TAGT C CA T  A TTCCGTTGTGAGTGGAGATACCAGA                       TC T  AC  C T C    ATGG   A C  TT     C  TTGCAGG  GATG     CTTT  AA  T  C  TTA  A A  A     T  TTAT  A   GATTA    G T A   C AT   GC     T AG A      GCCT   T AA  C   T   TACAAAT      AT         T    A   C A      G   T
blockSeqs                     :                     .      T   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   G        T TAAAA    . .   .    T      AA                 G    .   ACATGT        . .  . .  T     AGT    A  .  .    . G  . .   . A . AA  T              C .   . .  . AT    .    T     .  .  .    .       A .  A    G      .   T  A   .     T    .   .   A C .   .   . . . .   .    . A  .  . TCTTTCGATTGCAAACACACC                           G  .  .   . . .    .      T .  .      .  TCACACT  .        TT    .   T  .  .    . .  T     .  TC    .   GTC      T . .   . .    .      . .  .      CTG    . AT  .   .   TAAATT       .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      T   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        A AA       . .   .    .      AA                 .    .   AC            . .  . .  A     AT     .  .  .    . G  . .   . . . A   T              T .   . .  . A     .    G     .  .  .    .       . .  C    C      .   .  .   .     T    .   .   T . .   .   . . . .   .    . .  .  . GCTTTCCCGGTTTCCCTCTG                            .  .  .   . . .    .      T .  .      .  GAGTG    .        TA    .   .  .  .    . .  .     .  C     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        T AT       . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     TT     .  .  .    . A  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    C      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . ACTGTCGATTTGCACG                                .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      T      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        T TA       . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     TG     .  .  .    . G  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    T      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . ACTTGTCGTTGCACG                                 .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        G     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        C AA       . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     TC     .  .  .    . G  . .   . . . G   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TTCCGTTGTGCCACC                                 .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  C     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      T      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        A AA       . .   .    .      AG                 .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . A  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TCCGTTGTTGCAAC                                  .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  C     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TTT    .    .  .    .  .   .        T A        . .   .    .      AG                 .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . G  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TCGTTCGTTGCACC                                  .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   TG       . . .   . .    .      . .  .      A      . C   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   TT     .    .  .    .  .   .        T A        . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . G  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . ACTGTCGTTTGCAC                                  .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   AT     .    .  .    .  .   .        A A        . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . A  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     A    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TCTTTCGTTGCAC                                   .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        G     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   GT       . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   CT     .    .  .    .  .   .        T A        . .   .    .      AA                 .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . A  . .   . . . A   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     A    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TATTTCGTTGCAC                                   .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   T        . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .      .   .
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   T      .    .  .    .  .   .        T A        . .   .    .      A                  .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . C  . .   . . . A   .              . .   . .  . C     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     A    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . CTGTCGTTGCACC                                   .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  T     .   G        . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   . .           
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   T      .    .  .    .  .   .        T A        . .   .    .      A                  .    .   A             . .  . .  .     T      .  .  .    . A  . .   . . . A   .              . .   . .  . C     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     T    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . CCGTGGGCACC                                     .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        T     .   .  .  .    . .  .     .  .     .   T        . . .   . .    .      . .  .      A      . A   .   .   T            .          .    .   .             
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   T      .    .  .    .  .   .        . A        . .   .    .      A                  .    .   A             . .  . .  .     G      .  .  .    . A  . .   . . . .   .              . .   . .  . A     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     .    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . TCGTC                                           .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        .     .   .  .  .    . .  .     .  .     .   .        . . .   . .    .      . .  .      A      . .   .   .   .            .                                 
blockSeqs                     :                     .      .   .  .   .   .      .    .  .    .  .   .        . A        . .   .    .      .                  .    .   .             . .  . .  .     .      .  .  .    . .  . .   . . . .   .              . .   . .  . .     .    .     .  .  .    .       . .  .    .      .   .  .   .     .    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . CTC                                             .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        .     .   .  .  .    . .  .     .  .     .   .        . . .   . .    .      . .  .      A      . .   .   .   .            .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        . .  . .                                  .                                                                  .   .     .    .   .   . . .   .   . . . .   .    . .  .  . .                                               .  .  .   . . .    .      . .  .      .  .        .        .     .   .  .  .    . .  .     .  .     .                      .                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                            AA*************                                                                                                                                                                                                                                      TCTTTCGTTGCAC******************************
originalCons                  :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAA-------------AACGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTT-TC---G--TTG---C----------A------CC----GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT
finalCons                     :           TTCGTCGAAC----TTT--AC-AG---A-GACT--TTCA-GAAG--A--ATC--G-CAG-----TTTTTA----A-GAT-C-CAT---GT----AAAAA-------------CGTG---TG--CT-------A-----A-G--T-C-TA---TTA--T---C-TT-AT---TA-A-GT-A--AT-C-A-T-A-T-------------AG-T-GCA-A--T-A-A-ATT---CA----TG--A--T-CAGA----CCAC-A-AT--ATT------C--AC-GT-AAA--TCAA--TCA---T--TT-G-T-TAC-CAG-T-T-G---A----A-A--G-TT-TTCTTTCGTTGCAC------------------------------GGAAA--C-TC--GT-C-C-TCTT----TAC-T-CA--AACTT-TC-------GT----GCCAA---T-T--TC-TA-CT---TT-C-AC-TTTCA-AAT---AT-ATAG--T-GCAT-A-T-AAG-T--TAA--GGACA-T--T-ATTTTA--A---T-C-A-A-AAC-ACA-----T------C--TAAAAATAA-AATG-AAA-C-AAAATA-TTG-TATAAATGT