lowQualScore                  :                                                                                                                                                             1111111         11            1       11         
lowQualScore                  :              2   33 444  2  2  2 33 2  7  33   2    2 4  55      2 33333  2    2 55    2   2  66  2    2  1   8888   4      2   2  55     2  2    66   2 2  2222222   5     55   6    44  0 44  3 11 3       
lowQualScore                  :              .   .. ...  .  .  . .. .  .  ..   .    . .  ..      . .....  .    . ..    .   .  ..  .    .  .   ....   .      .   .  ..     .  .    ..   . .  .......   .     ..   .    ..  . ..  . .. .       
lowQualScore                  :              4   22 111  4  4  4 22 4  1  22   4    4 7  66      2 99999  2    2 33    2   2  11  2    4  2   5555   7      4   4  44     7  9    88   9 9  1111111   7     55   7    66  1 66  3 33 3       
consensus                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATAAAA
Reference ( gi|130701 )       : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-AACA-GCTT--AACT--AT-C-GA-TATAAAA
gi|130700                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-AACA-GCTT--AACT--AT-C-GA-TATAAAA
gi|130702                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT--AAAAGA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATAAAA
gi|130703                     : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--GAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-
gi|130704                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC--T-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-ATAAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T---ATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA----GCCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AAGTATAAAAt
gi|130705                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAA-----------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATCAAA
gi|130706                     : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AAC-AT--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-AAAAGTTACA-GCTT--AAAT--AT-A-AA-TATAAAA
gi|130708                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATT
gi|130707                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C---------------------AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AAC-AT-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-
gi|130709                     : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT--AAAACA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TAC-AT-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-AAAAG-TACA-GC-T--A-----AT-C-AA-TATAAAA
gi|130710                     : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT--AAAACA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TAC-AT-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAAAAAG-TACA-G-------CT--ATCC-AA-TATAAAA
gi|130712                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AAC-AT-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-
gi|130711                     : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAAC-AT-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-AAAAG-TACAGGCTT--AAAT--AT-CAAA-TATAAAAtaaaatat
gi|130713                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATA-AAAACA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AAC-ATGAAATTA-A
gi|130715                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AAT-AT-GAATT
gi|130716                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-----------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130714                     : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT--AAA--A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-CAAA-TATAAAA
gi|130717                     :   AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT--AGAAAA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AAC-AT--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAAAAAG-TACATGCTTTAAATT--AT-C-AA-TAAAAAA
gi|130718                     :                                                                 A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAA--AACA-GTTT--CAGTGAAT-C-AA-TATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              1111111                                          
lowQualScore                  :              2   33 333  2  2  2 33 2  6  33   2    2 4  2    33  2 33333  2    2 55    2   2  55  2    2  0   7777   4      2    2 44     2  2    66   2 2  1111111   5 2    2    5  2     2 33   6  3       
lowQualScore                  :              .   .. ...  .  .  . .. .  .  ..   .    . .  .    ..  . .....  .    . ..    .   .  ..  .    .  .   ....   .      .    . ..     .  .    ..   . .  .......   . .    .    .  .     . ..   .  .       
lowQualScore                  :              2   11 999  2  2  2 11 2  7  11   2    2 4  2    11  1 22222  1    1 00    1   1  33  1    2  6   6666   4      2    2 66     5  7    33   7 7  3333333   3 7    7    7  9     9 99   2  1       
consensus                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 )      : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703                     : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706                     : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709                     : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710                     : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711                     : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714                     : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717                     :   AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718                     :                                                                  A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              1111111                                          
lowQualScore                  :              2   33 333  2  2  2 33 2  6  33   2    2 4  2    33  2 33333  2    2 55    2   2  55  2    2  0   7777   4      2    2 44     2  2    66   2 2  1111111   5 2    2    5  2     2 33   6  3       
lowQualScore                  :              .   .. ...  .  .  . .. .  .  ..   .    . .  .    ..  . .....  .    . ..    .   .  ..  .    .  .   ....   .      .    . ..     .  .    ..   . .  .......   . .    .    .  .     . ..   .  .       
lowQualScore                  :              2   11 999  2  2  2 11 2  7  11   2    2 4  2    11  1 22222  1    1 00    1   1  33  1    2  6   6666   4      2    2 66     5  7    33   7 7  3333333   3 7    7    7  9     9 99   2  1       
consensus                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 )      : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703                     : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706                     : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709                     : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710                     : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711                     : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714                     : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717                     :   AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718                     :                                                                  A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA


blockSeqs                     :              A   TA ATT  C  T  T CC T  C  TA   T    T T  A    AA  C ATA    A    C TA    C   G  GG  C    C      TGT    G      A    A GA     G  A    GC   T C  CTTCCCC   A C    T    G  T     T GA   A  G
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  C  .    .    . T  .    .   . ATA    .    . T     .   .  G   .    .      GT     G      .    . A      .  .    A    . .  C         A .    .    T  .     . .    A  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  A  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  T   .    .      TT     .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      AT     .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . G      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  T   .    .      T      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . T      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . T      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  T   .    .      T      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  T   .    .      A      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .    .  .
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  T   .    .      T      .      .    . G      .  .    .    . .  .         . .    .    .  .     . .        
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      T      .      .    . A      .  .    .    . .  .         . .    .                        
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . A      .    . .     .   .  G   .    .      .      .      .    . .      .                                                           
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . .      .    . .     .   .  T   .    .      .      .      .    . .                                                                  
blockSeqs                     :              .   .  .    .  .  . .  .  .  .    .    . .  .    .   . .      .    . .     .   .  .   .    .      .      .      .    . .                                                                  
blockSeqs                     :                                                                   . .      .    . .     .   .  .   .                                                                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
finalCons                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              1111111                                          
lowQualScore                  :              2   33 333  2  2  2 33 2  6  33   2    2 4  2    33  2 33333  2    2 55    2   2  55  2    2  0   7777   4      2    2 44     2  2    66   2 2  1111111   5 2    2    5  2     2 33   6  3       
lowQualScore                  :              .   .. ...  .  .  . .. .  .  ..   .    . .  .    ..  . .....  .    . ..    .   .  ..  .    .  .   ....   .      .    . ..     .  .    ..   . .  .......   . .    .    .  .     . ..   .  .       
lowQualScore                  :              2   11 999  2  2  2 11 2  7  11   2    2 4  2    11  1 22222  1    1 00    1   1  33  1    2  6   6666   4      2    2 66     5  7    33   7 7  3333333   3 7    7    7  9     9 99   2  1       
consensus                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 )      : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703                     : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706                     : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709                     : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710                     : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711                     : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714                     : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716                     : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717                     :   AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718                     :                                                                  A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA