lowQualScore : 1111111 11 1 11
lowQualScore : 2 33 444 2 2 2 33 2 7 33 2 2 4 55 2 33333 2 2 55 2 2 66 2 2 1 8888 4 2 2 55 2 2 66 2 2 2222222 5 55 6 44 0 44 3 11 3
lowQualScore : . .. ... . . . .. . . .. . . . .. . ..... . . .. . . .. . . . .... . . . .. . . .. . . ....... . .. . .. . .. . .. .
lowQualScore : 4 22 111 4 4 4 22 4 1 22 4 4 7 66 2 99999 2 2 33 2 2 11 2 4 2 5555 7 4 4 44 7 9 88 9 9 1111111 7 55 7 66 1 66 3 33 3
consensus : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATAAAA
Reference ( gi|130701 ) : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-AACA-GCTT--AACT--AT-C-GA-TATAAAA
gi|130700 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-AACA-GCTT--AACT--AT-C-GA-TATAAAA
gi|130702 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT--AAAAGA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATAAAA
gi|130703 : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--GAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-
gi|130704 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC--T-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-ATAAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T---ATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA----GCCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AAGTATAAAAt
gi|130705 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAA-----------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-TATCAAA
gi|130706 : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AAC-AT--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-AAAAGTTACA-GCTT--AAAT--AT-A-AA-TATAAAA
gi|130708 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATT
gi|130707 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C---------------------AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AAC-AT-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-C-AA-
gi|130709 : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT--AAAACA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TAC-AT-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-AAAAG-TACA-GC-T--A-----AT-C-AA-TATAAAA
gi|130710 : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT--AAAACA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TAC-AT-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAAAAAG-TACA-G-------CT--ATCC-AA-TATAAAA
gi|130712 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AAC-AT-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-AAAAG-
gi|130711 : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAAC-AT-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-AAAAG-TACAGGCTT--AAAT--AT-CAAA-TATAAAAtaaaatat
gi|130713 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATA-AAAACA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AAC-ATGAAATTA-A
gi|130715 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT--AAAACA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AAT-AT-GAATT
gi|130716 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-----------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130714 : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT--AAA--A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-AAAAG-TACA-GCTT--AAAT--AT-CAAA-TATAAAA
gi|130717 : AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT--AGAAAA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AAC-AT--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAAAAAG-TACATGCTTTAAATT--AT-C-AA-TAAAAAA
gi|130718 : A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AAC-AT-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAA--AACA-GTTT--CAGTGAAT-C-AA-TATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 2 33 333 2 2 2 33 2 6 33 2 2 4 2 33 2 33333 2 2 55 2 2 55 2 2 0 7777 4 2 2 44 2 2 66 2 2 1111111 5 2 2 5 2 2 33 6 3
lowQualScore : . .. ... . . . .. . . .. . . . . .. . ..... . . .. . . .. . . . .... . . . .. . . .. . . ....... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 11 999 2 2 2 11 2 7 11 2 2 4 2 11 1 22222 1 1 00 1 1 33 1 2 6 6666 4 2 2 66 5 7 33 7 7 3333333 3 7 7 7 9 9 99 2 1
consensus : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 ) : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703 : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706 : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709 : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710 : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711 : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714 : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717 : AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718 : A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 2 33 333 2 2 2 33 2 6 33 2 2 4 2 33 2 33333 2 2 55 2 2 55 2 2 0 7777 4 2 2 44 2 2 66 2 2 1111111 5 2 2 5 2 2 33 6 3
lowQualScore : . .. ... . . . .. . . .. . . . . .. . ..... . . .. . . .. . . . .... . . . .. . . .. . . ....... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 11 999 2 2 2 11 2 7 11 2 2 4 2 11 1 22222 1 1 00 1 1 33 1 2 6 6666 4 2 2 66 5 7 33 7 7 3333333 3 7 7 7 9 9 99 2 1
consensus : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 ) : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703 : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706 : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709 : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710 : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711 : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714 : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717 : AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718 : A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA
blockSeqs : A TA ATT C T T CC T C TA T T T A AA C ATA A C TA C G GG C C TGT G A A GA G A GC T C CTTCCCC A C T G T T GA A G
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . T . . . ATA . . T . . G . . GT G . . A . . A . . C A . . T . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . T . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . AT . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . T . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . T . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
finalCons : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 2 33 333 2 2 2 33 2 6 33 2 2 4 2 33 2 33333 2 2 55 2 2 55 2 2 0 7777 4 2 2 44 2 2 66 2 2 1111111 5 2 2 5 2 2 33 6 3
lowQualScore : . .. ... . . . .. . . .. . . . . .. . ..... . . .. . . .. . . . .... . . . .. . . .. . . ....... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 11 999 2 2 2 11 2 7 11 2 2 4 2 11 1 22222 1 1 00 1 1 33 1 2 6 6666 4 2 2 66 5 7 33 7 7 3333333 3 7 7 7 9 9 99 2 1
consensus : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
Reference ( family-879 ) : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130700 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CAAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130701 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-AACA-GC-TTAAC-T--ATC-GA-TATAAAA
gi|130702 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAA-T-AT-AAAA--GA-A--A--CAATTGA-T--AGTG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-ACATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATAAAA
gi|130703 : AAAAATCTAAATC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-GAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATA-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-T
gi|130704 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-T--A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAAAACA-A--A--CA-TTGA-T--A-TA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCACA-T--ACG-TATATG-AACAAT-AAATTA-G---CCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AAGTATAAAA
gi|130705 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA-------------------------A-ATG-ACG-AC-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-TATCAAA
gi|130706 : AAAAATCTAACTT-CAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-G--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAC-TGTG-A-T--ACG-TATATG-AACA-T--TACTA-AG-A-CT--ATG-T-TT-------AAT-A-AAAGTTACA-GC-TTAAA-T--ATA-AA-TATAAAA
gi|130707 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-C--------------------AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGAGCA-T--ACG-TAAATG-AACA-T-GAACTA-AG-ACCTGCATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATC-AA-
gi|130708 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TTTA--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATG-ACG-AT-GCAA-TGCGCA-A--ACG-TATATG-AACA-T-AAATT
gi|130709 : AAAAATCTA-CTC-TAA------GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCAGT--ACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATG-T-TA-------AAT-A-AAAG-TACA-GC--TA------ATC-AA-TATAAAA
gi|130710 : AAAAATCTAACTC-AAATAA---GC-GT-TT-A--A-CACTA--AAA-CCAG-TTAT-AAAA--CA-A-----CA-TTGA-T--AATACATG-ACG-AT-ACAA-TGCGCA-TGTACGGCATATG-TACA-T-TAAATA-AG-ACCT--ATGTT-TA-------AATAA-AAAG-TACA-GC-T---A-T---CC-AA-TATAAAA
gi|130711 : AAAAATCTAACTCATAA--A---TCCGC-TT-ACCATCA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CACAATA--CA-TTGACT--AA-G-ATG-AAT-AT-GCAA-TG-GCA-T--AAG-TATATGAAACA-T-AAATTAGAGAACCT--ATG-T-TGC------AAT-A-AAAG-TACAGGC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130712 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TATAAAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CG-TTGA-T--AATG-ATG-AC--------------------------TATG-AACA-T-AAATTA-AA-ACCT--ATG-T-TG-------AAT-A-AAAG-TA--------AAA-T--AT
gi|130713 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GCTTT-A--A-CA-TA--AAA-CCAGTT-ATAAAAA--CA-A--A--C--TTGA-A--TATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TG-GCATT--ACG-TATAAT-AACA-TGAAATTA-A
gi|130714 : AAAAAT-TCACTC-TAA--A---G--GC-TT-A--A--A-TA--AA--CCAG-T-AT-AAA----A-A--A--CA-TTGA-TTAGATG-ATG-ACT-A--GCAA-TGCGCA---------AT------------AATTA-AG-A-CT--AAG-T-TG--------AT-A-AAAG-TACA-GC-TTAAA-T--ATCAAA-TATAAAA
gi|130715 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG-T-AT-AAAA--CA-A--A--CA-TTGA-T--AATA-ATA-AT------CAA-C----------CA-TATCTG-AATA-T-GAATT
gi|130716 : AAAAATCTAACTC-TAA--A---GC-GC-TT-A--A-CA-TA--AAA-CCAG------------CA-A--A--CA-TTGA-T--AATG-ATG-ACG-ATCGCA
gi|130717 : AAATCTAATTA-CAA--AATTGC-GC-TT-A--A-AAACA--AAATCCAG-T-AT-AGAA--AA-A--ATACA-TTGA-TT-AATA-ATG-CCG-AT-GCAACTGCGCAAT--ACG-TATATG-AACA-T--AATTA-AG-ACTTA-ATG-TCTG-------AATAA-AAAG-TACATGCTTTAAATT--ATC-AA-TAAAAAA
gi|130718 : A-A--A--AA-TCTA-T--AATG-ATG-ACT-AT-GCAA-TGCGCA-T--ACG-TATATG-AACA-T-AAATTA-AG-ACCT--ATG-T-TGCTTCCCCAAT-GCAAA---ACA-GT-TTCAG-TGAATC-AA-TATAA