lowQualScore                  :                                                             1                             22222                             111111       111       11111    1                    1                   1111111111            111111111           11                                2222222222222         1111111111               111111                                                  1               444444444444444444444444444444444        1111111    11                                                                               2                 11111111           11111111           11111111111111                                      2                  111111111                                                        
lowQualScore                  :                     55       0 3    66      999999  3 3  6  0   44  3 555  3   66666   3  88888    44 5     55   88   7  55 555555  55   222       22222    7     6 6 3    3  6  0  888   77777  44  9999999999     44 3   000000000 3  3      00    555  8888    2  2 33  2 33  7777777777777  555    1111111111 3  44 9  44 3 111111 5555  6 3 9999 6   555  3    3 6666 444 9999     6  44  3   44   222222222222222222222222222222222   6666 0000000  3 11 555    44 3   44 1 3 9999    3 6     3 3 3 3 6666   6 3 6 99999 44 3    44    0 3 3  3 3  555   22222222 44  77    55555555  3  3  3  88888888888888   666 3 3   3   55 88    3   3  3    5 7    55 3   0    333333333 44     7   3 3  55   3 4 4 55   4   4    55     5      
lowQualScore                  :                     ..       . .    ..      ......  . .  .  .   ..  . ...  .   .....   .  .....    .. .     ..   ..   .  .. ......  ..   ...       .....    .     . . .    .  .  .  ...   .....  ..  ..........     .. .   ......... .  .      ..    ...  ....    .  . ..  . ..  .............  ...    .......... .  .. .  .. . ...... ....  . . .... .   ...  .    . .... ... ....     .  ..  .   ..   .................................   .... .......  . .. ...    .. .   .. . . ....    . .     . . . . ....   . . . ..... .. .    ..    . . .  . .  ...   ........ ..  ..    ........  .  .  .  ..............   ... . .   .   .. ..    .   .  .    . .    .. .   .    ......... ..     .   . .  ..   . . . ..   .   .    ..     .      
lowQualScore                  :                     55       2 3    11      666666  3 3  7  0   66  3 888  3   55555   3  99999    66 1     00   66   3  00 333333  00   666       55555    9     7 7 3    3  7  0  555   77777  22  9999999999     22 1   888888888 1  1      77    000  8888    9  9 99  9 99  4444444444444  444    2222222222 1  66 2  22 1 999999 5555  2 1 6666 2   444  1    1 5555 888 6666     7  66  3   33   999999999999999999999999999999999   5555 0000000  1 88 444    22 1   22 4 1 6666    1 2     1 1 1 1 7777   2 1 2 55555 22 1    66    8 3 3  3 3  888   11111111 66  99    88888888  1  1  1  11111111111111   333 3 3   3   00 66    6   6  6    5 3    00 6   4    111111111 22     3   6 6  00   6 0 0 55   0   0    55     0      
consensus                     :           AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA--TN-TTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAAA-GAAAT-T-G-TCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC--G-TTTT-CT-G--GA-A--TT--T-NG----CAATA---AAGA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--A-TA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAA-G-AGA-TATAA----T-------TT-TTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-T-G-C-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-T-CA---AAG--------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCGG-TTGC--C-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGTCAGAAAAAA
Reference ( gi|11548 )        :           AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAGTATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA--GT-TTCA--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAAAAGAAAT-T-G-TCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC--A-TTTT-CT-G--GA-A--TT--T-AG----CAATA---AAGA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--A-TA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAA-G-AGA-TCTAA----T-------TT-TTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-T-G-T-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTTTG-A-AT-T-CA---AAG--------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGT-G-TTGC--C-ATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGTCACAAAAAA
gi|11545                      :           AAGGTAAGGT--GTGCGCCAT-TCCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA--TG-TTCA--GGAGGAA--TTT--GTCTTT--T--A---AA--AATA--GACTTTT-----AAAAAGAAAT-T-G-TCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GT--G-TTTT-TT-G--GA-A--TT--G-AG----CAA-A---AAGA-----GA---A-ATC-C-TA--G-C------T--A-TA-TAA----A-AAA---CT-ACACAA----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA--ATAA----T-------TT-TGGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-CAAAGTTCA-T-G-T-GA-A-T-G-G-T-T---G--ATTGAA--A--TTG-AGAT-C-AA---AAG--------C--ACAAAAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTA-CTGGTG--TAAA-ATTCCA-AAGTGG-TTGC--C-ATGGCAAC-AA-AGA--AA-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-TAT--GTA-AAC-CTTA--CGTCACAAAAAA
gi|11538                      :         ttAAGGTAAGGT--TTTCACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA--TG-TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--TTAA---AA--AATT--GACTTTTA----AAAA-GTAAT-T-A-CCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC--A-TTTT-CT-G--GA-A--TTC-T-GT----C--TA---AAGA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--T-TA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-G-G-----TAA----T-------TC-T-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-T-G-C-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-T-CA---AAA--------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCAG-TAGC--C-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGTCGGAAAAGA
gi|11540                      : tgatttaattAAGGTAAGGT--TTTCACT-T-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA---T-TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAAA-GTAAT-T-A-CCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AC-C---A-G--TGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC--A-TTTT-CT-G--GA-A--TTC-T-GT----C--TA---AAGA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--T-TA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-A-GG----TAA----T-------TC-T-AA---AAGG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-T-G-C-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-T-CA---AAA--------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCAG-TAGC--C-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGTCGGAAAAGA
gi|11539                      : tgatttaattAAGGTAAGGT--TT-CACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---T--ACA-A-ATCAG-TA--TG-TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAAA-GTAAT-T-A-CCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC--A-TTTT-CT-G--GA-A--TTC-T-GT----C--TA---AAGA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--T-TA-T-A----A-AAA---CT--CAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-G-G-----TAA----T-------TC-T-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGT--A-T-G-C-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-T-CA---AAA--------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCAG-TAGC--C-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGTCGGAAAGAA
gi|11544                      : tgatttaattAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTCAAAT-G---TT-ACA-T-AA-GA-TA--TG-TTGAGGGGAGGAA--TTTG-GTCTTT--T--A---AA--AATG--GACTTTT-----AAAAAGAAAT-TGG-TCCA-TG-TG-TT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATGT-TTTT---GC--G-TTTTCCT-GATGA-A--TTTCT-AG----CAATA---AAAAGAAACG----A-ATC-C-TA--G-C------TTGA-TAGT-A----ATAAA---CTAACAC-A----A--AG----CAAACATC--ACACGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-TATAA----T-------TT-TTGA---ACAG--AGGTAATTTA-C----TTAT-T-AAGTT-A-T-G-T-GAGATTGG-G-TAT---G--A-TGAAGGATTCGT-A-ATAA-CAGTTAAG--------CTAAC--AAAAA-------AATGC-A--TT--------------TCT-C-C-ATTCT-ATG--A--CAAA-TTC-CAGAAGT-G-TTGTCGC-ATGACAACTAATAAA--AG-GTATATTTG-ATACCAGGC-TAT-TAAGTATAGACCCTA--CGT-ACAAAAA
gi|11543                      :        attAAGGTAAGGT--TTGCACCAT-TTCAAGAAGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGAAA-TA--TG-TTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--TT-A---AA--AATC--GACTTTTA----AAAA-GAAAT-T-G-CCCG-TA-TT-GT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC--G-TTTT-CT-G--GA-A--TT--T-TC----TACTA---AAGA-----G----A-ATG-C-TA--G-C------T--A-TA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAA
gi|11542                      :        attAAGGTAAG-T--TTGCACCATCTTCAATAAGTA-------CG-A-AC-AA-GTC--ATTG---TT-ACA-C-TGAAA-TATCGG-TTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--T--T---AA--AATC--GACTTTT-----AAAAAGAAAT-T-G-CCCG-TGATT-G----TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---------T-TT-GTGATG--TTTT---GC--G-TTTT--T-G--GA-A--TT--T-TC----TTACT---AAGA-----G----A-ATA-C-TA--G-CA-----T--A-T--T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAACTTT--AC-CGG-GTGG---------------------AAAGG-AGA-TATAT----T-------TT-TTAA---AAAG--A-GTA--TAACC----TTAA-CAAAGTT-ACT-G-T-TG-ATT-GCG-T-T---G--A-T
gi|11547                      :     ttacttAAGGTATGGT--TTGCACCAT-TTCAACATATAG------AG-A-ACAAA-GTC--GT-G---TT-ACA-T-A-CAC-T---GT-ATCA--G
gi|11541                      :         ttAAAGTAAGGG--TTGTGACAT-TTTGACATGTAG------CC-A-CCAAA-GCC--AT-A---TT-GCA-T-ATCAtatgattta
gi|11546                      :    gatttaatgttTAAGGTAGTTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CGGA-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-TTAGCAA-TA--CTGTTCA--GGAGGAA--TTTTTATT-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AA---GAAATGT-GGTCCA-TG-TTTGT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-T--GTGATGGTTTCT---GC--G-TTTT-CT-G--GA-A--TT--TTAG----CAATA---AAG------G----A-ATC-C-TA--GAC------T--A-TA-T-A----A-A-----CT-ACAC-A----A--AGG---CAAAC-TTCAAC-CGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-TAT-A----T-------TT-TTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTATAC-AAG-T-A-T-G-T-GG-ATT-G-GTT-T---G--A-TGAA--A--TTG-A-AT-T-CA---AAG--------C--ACA-AAAAA-------TA-GCAAC-TT--------------TCT-C-TAA-TAT-TTG--AACTAAA-ATT-CA-AATG-G-TTGC--CTATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATATTTG-A-AC--GGCTT-T-T--GT--AGA-CCTACTCGTCACAAAAAAtgttca
gi|11549                      :                           tCCAT-TTCGATATGTAGTACCACCG-A-AC-AA-GTC--AT-AGTATC-ACA-T--GCAAATAT-GT-T--A--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--ATCTAA--AGAG--AACTTTTT----AAAA-GAAATCT-G-TCCACTG-TTTGTA--TTTATTCCTT--AC-C---ACAA-TGGGC--T-TAA---T-----T-TTTGTGATGATTTTT---GCGTA-TTTT-CT-G--GAGA--AT--T-AGGCTACTATATAAAAGA-----G----ATATC-CCTA--G-C------T--A-TA-T-AGGCCA-AAATTTCT-ACAC-A----A--AGTCTTCAGAC-TC------GA-TTAG---------------------AAA-GGAGA-TCAAA----TAAATGTATTATTGAGAAAAAG--A-G-A--T-A-C----TTAT-C-AAGTT-A-T-G-T-GA-ATT-G-GCT-T---GTTA-TTGA--ATTTTGTA-AT-A-C----AAG--------C--AC--AAAAAAAAAACGTA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTT-T
gi|11550                      :                               T-TTCAGATTGTA-------CG-ACAC-AA-GTC--AT-G---TTTATAAT-AGAAG-TA--ATGTTCA--GAAGGAGATTTT--GTC-TTCGT--A---AACAAATA--GATCTTTA----AAACG--AAT-T-G-TCCA-TG-TT-GTATATTA-----TT--GA-CCGAATA--GGAGC--TATAAATTC-----T-TT-GTGATG--ATTTATAGC--AGTTTT-CT-G--GA-A--TT--T-AG----CAATA---AAGA----------A-ATC-CATACCG-C------T--A-CACT-A----ATACA---CC-ACAC-ACACAA--AG----CAAAC-TC--AC---G-TTGG---------------------AAA-GGAGAATATAAAATGT-------TA-TT-A---AGAG--A-GTA--TTA-CA---TTAT-A-AGATT-A-TAG-T--A-ATT-G-G-G-TATAG--A-TGAA--ATT--G-A-AT-T-CA---GAG--------C--CC--AAAA--------TA-GC-AAATTATATAACTAAAAAATCTAC-T-A-TATATTG--A--TAAAGATA-CA-AAAT-GGTTGC--C-ATGACAAC-AA---------GTATA-TTG-A-AG--AGT-T-A-T--GTA-AGA--CTA--CGTCAAAAAA
gi|11551                      :                                                                                     CAG-TA--TC-TCCA--ATATGAA--TTT--ATT-T--------------AATG------TTTATGACAAAACGAAAT-T-G-T-----------------------TT--GA-C---CGA--CGGCC--T-TGG---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---AC--G-TTTT-CC-A--GA-G-------------------------------G----G-ATA-C-TC--A-T------T--GGTA-T-C----A-AAA---CT-ACAC-A----G--GG----CAAAC-GC--A-------------------------------------------TAA----T-------TT-T--------AG--A---A--TCA-T----TTAT-C-AAACT-G-C-ACT-G---TT-A-G-T-A---A--A-AGGA--ATTTCA-A-TT-T-TA---AAAATACCTACC--AC--AATAA-------CA-AT-AT-TT--------------TTT-TGC-A-TCT-TGA--A--TCGA-ATT-GA-AAGT-GGTTGT--C-ATGGTAAC-A----------GTATT-TTG-A-GC--AGC-G-T-T--ACC-AAG-CTTA--CGTCAGAAAAAA
gi|11552                      :                                                                                                                                             aatTTTTA----AAAAGAAAAT-TTG-TCCA-TGATTAGT---TTT-----TTTAGA-CC--ACA--TGGGTCTT-TAA---TGGGTATGTT-GTGAT---TTTT---GCT-C-TTTT-CTTG--GA-AATTT--T-TG----CAATA---AAGA-----GGGAGA-ATCACATA--G-CATATAAT--A-TA-T-AC---A-AAG---CT-ACAC-A----GTTGC----CAAAC-TT--AC-CGGGTTGGGCAAACTTGAACTGAAACCGCAAG-G-AGA-TATAA----T-------AT-TTGA---AAAGGCA-GTA--TTA-CCTACTTAT-C-AAGTT-A-T-G-TTGA-ATTTG-G-T-T---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-TTCA---AAA--------C--AC--AAAAAA------TA-GC-AT-TT--------------TCT-C-T-C-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTGG-TTGC--C-ATGACAAC-CA-ATATTA--GTATA-TTGAA-AC--AGC-
gi|11553                      :                                                                                                                                                                                    T---TTT-----TT--TA-T----CA--TGG-C--T-TAA---G-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC--A-TTTT-CT-G--GA-A--
gi|11554                      :                                                                                                                                                                                                                                              gt--TTTT---CC--A-TTTT-AT----------TT--C-CG----CAATA---TAGA-----G----A-AGC-C-TA--G-C------T--A-TA-T-A----A-AAA---CT-AAAC-A----A---G----CAAAC-TC--AC-CG--TTGG---------------------AAA-GGAGA-TATCA----T-------TC-TTGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-C-AAGTT-A-T-G-T-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTT-G-A-AT-T-CA---AAG--------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTGG-TTGC--C-ATGCCAAC--A-GAA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CATCACAAAAAAatcattgctacacaaacgaaatacgggtatacaagacaaacctaaaagaataagaaagttaagtagaattaaaaa
gi|11555                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AA----T-------TT-TAAA---ACAG--A-GCA--CCA-T----TTAT-C-AGATT-A-T-G-C-CA-GGT-G-G-T-A---A--A---AA--ATAT-A-A-AT-T-CA---AAA--------C--AC--AAAAA-------TT-AC-AC-TT--------------T
gi|11556                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-GC-AC-TT--------------CCT-A-T-A-TAT-TTG--AA-CAAA-AT--CA-AAGCAG-TTGC--C-ATG-CAACCAA-AAA--AGTGTATA-ATA-A-AC--AGC-T-T-T--GTG-AGA-CCTA--CCTCAGAAAAGAt

lowQualScore                  :                                                                                                                              111111       111                                                             1111  11                                11                                  22222222222222        1111111111                                                                      1               222222222222222222222222222222222222   11111                                                                                                      1111111           11111111           11111111111111                                                           111111                                                         
lowQualScore                  :                      55         3     1      888888  3 3  6  9   44  3 555  3   66666  66  5 777    33 1     44   77   6  44 333333  44   000        6666   3 3    44 3 3    33  6  9  777   77777  33  8 6666  00     33 2   999999999 2  2      00    444  333 33   2  2 33  33 33  00000000000000     2  1111111111 2   2 8  33 2 888888888   8 2 8888 5   555  2    2 6666 33  8888     5  44  3   33   777777777777777777777777777777777777   33333    99 555    33 2   33 0 2 8888    2 5     2 2  777 2   5 2 5 88888 33 5    44 3    6   3 3 44 555   0000000 44  77    33333333  2  2  2  66666666666666   555 3 3   3   44 77    3   3  3   4444      3        6  000000  3     6   3 3  44   3 3 3 55   3   3    55   3  2      
lowQualScore                  :                      ..         .     .      ......  . .  .  .   ..  . ...  .   .....  ..  . ...    .. .     ..   ..   .  .. ......  ..   ...        ....   . .    .. . .    ..  .  .  ...   .....  ..  . ....  ..     .. .   ......... .  .      ..    ...  ... ..   .  . ..  .. ..  ..............     .  .......... .   . .  .. . .........   . . .... .   ...  .    . .... ..  ....     .  ..  .   ..   ....................................   .....    .. ...    .. .   .. . . ....    . .     . .  ... .   . . . ..... .. .    .. .    .   . . .. ...   ....... ..  ..    ........  .  .  .  ..............   ... . .   .   .. ..    .   .  .   ....      .        .  ......  .     .   . .  ..   . . . ..   .   .    ..   .  .      
lowQualScore                  :                      00         1     2      888888  1 1  2  2   22  1 444  1   55555  11  7 777    99 0     22   33   7  66 222222  66   888        5555   1 1    22 1 1    66  2  2  999   11111  99  6 8888  77     99 9   444444444 9  9      00    777  444 77   7  7 77  77 77  44444444444444     9  4444444444 9   9 6  99 9 444444444   6 9 9999 7   000  9    9 1111 99  9999     4  22  1   33   666666666666666666666666666666666666   22222    66 000    99 9   99 6 9 9999    9 7     9 9  444 9   7 9 7 11111 99 7    22 1    2   1 1 22 444   0000000 22  33    88888888  9  9  9  88888888888888   111 1 1   1   66 99    3   3  3   8888      3        7  333333  3     7   3 3  66   3 6 6 00   6   6    00   6  0      
consensus                     :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-TG--TTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
Reference ( family-878 )      :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-TN--TTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAA-G-AGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11538                      :            AAGGTAAGGT--TTTCACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-TG--TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--TTAA---AA--AATT--GACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-G-G--------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11539                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TT-CACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---T--ACA-A-ATCAG-TA-TG--TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT--CAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-G-G--------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGT--A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAGAA
gi|11540                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TTTCACT-T-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-T---TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AC-C---A-G--TGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGA---------------------AAA-A-GG-------TAA-----TTCT-AA---AAGG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11541                      :  tgatttaattAAAGTAAGGG--TTGTGACAT-TTTGACATGTAG------CC-A-CCAAA-GCC--AT-A---TT-GCA-T-ATC----A-TG--TTCA--
gi|11542                      : gatttaatgttAAGGTAAG-T--TTGCACCATCTTCAATAAGTA-------CG-A-AC-AA-GTC--ATTG---TT-ACA-C-TGAAA-TA-TCGGTTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--T--T---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TGATT-G----TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---------T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT--T-G--GA--A--TT--TT-C-T----T-ACTAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C---------ATATT-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAACTTT--AC-CGG-GTGG---------------------AAAGG-AGA-T---ATAT-----TTTTTAA---AAAG--A-GTA--TAACC----TTAA-CAAAGTT-ACTGT-TG-ATT-GCG-T-T---G--A-T
gi|11543                      :      ttacttAAGGTAAGGT--TTGCACCAT-TTCAAGAAGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGAAA-TA-TG--TTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--TT-A---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TA-TT-GT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TT-C-T----A-CTAAA-GA-----G----A-ATG-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAA
gi|11544                      :         attAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTCAAAT-G---TT-ACA-T-A--AGATA-TG--TTGAGGGGAGGAA--TTTG-GTCTTT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-TGGTCCA-TG-TG-TT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATGT-TTTT---GC-G-T--TTTCCT-GATGA--A--TTTCTA-G-C----A-ATAAA-AAGAAACG----A-ATC-C-TA--G-C------TTGATAGT-A----ATAAA---CTAACAC-A----A--AG----CAAACATC--ACACGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-T---ATAA-----TTTTTGA---ACAG--AGGTAATTTA-C----TTAT-T-AAGTT-A-TGT-GAGATTGG-G-TAT---G--A-TGAAGGA-TTCGTAATAA-C--AGTTAAG-------CTAAC--AAAAA-------AATGC-A--TT--------------TCT-C-C-ATTCT-ATG--A--CAAA-TTC-CAGAAGTGTTGTCG-C-ATGACAACTAATAAA--AG-GTATATTTG-ATACCAGGC-TAT-TAAGTATAGACCCTA--CGTACAAAAA
gi|11545                      :         attAAGGTAAGGT--GTGCGCCAT-TCCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-TG--TTCA--GGAGGAA--TTT--GTCTTT--T--A---AA--AATA--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GT-G-T--TTT-TT-G--GA--A--TT--GA-G-C----A-A-AAA-GA-----GA---A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-TAA----A-AAA---CT-ACACAA----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-----ATAA-----TTTTGGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-CAAAGTTCA-TGT-GA-A-T-G-G-T-T---G--ATTGAA--A-TTGA-GAT-C-A--A---AAG-------C--ACAAAAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTA-CTGGTG--TAAA-ATTCCA-AAGTG--GTTGCC-ATGGCAAC-AA-AGA--AA-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-TAT--GTA-AAC-CTTA--CGT-CACAAAAAA
gi|11546                      :              ttTAAGGTAGTTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CGGA-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-TTAGCAA-TACTG--TTCA--GGAGGAA--TTTTTATT-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAG-A-AATG--T-G-GTCCA-TG-TTTGT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-T--GTGATGGTTTCT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TTAG-C----A-ATAAA-G------G----A-ATC-C-TA--GAC------T--ATA-T-A----A-A-----CT-ACAC-A----A--AGG---CAAAC-TTCAAC-CGG-TTGG---------------------AAAGG-AGA-T---AT-A-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTATAC-AAG-T-A-TGT-GG-ATT-G-GTT-T---G--A-TGAA--A--TTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--ACA-AAAAA-------TA-GCAAC-TT--------------TCT-C-TAA-TAT-TTG--AACTAAA-ATT-CA-AA-TG--GTTGCCTATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATATTTG-A-AC--GGCTT-T-T--GT--AGA-CCTACTCGT-CACAAAAAA
gi|11547                      :           tAAGGTATGGT--TTGCACCAT-TTCAACATATAG------AG-A-ACAAA-GTC--GT-G---TT-ACA-T-A-CAC-TG-TA---TCA--GTATG-A--TTT--
gi|11548                      :          ttAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAGTATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-GT--TTCA--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAAAA-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGG---------------------AAA-G-AGA-T---CTAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGT---GTTGCC-ATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CACAAAAAAa
gi|11549                      :                             CCAT-TTCGATATGTAGTACCACCG-A-AC-AA-GTC--AT-AGTATC-ACA-T--GCAAATA-TG--TT-A--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--ATCTAA--AGAG--AACTTTTT----AAA-A-GAAA--TCT-GTCCACTG-TTTGTA--TTTATTCCTT--AC-C---ACAA-TGGGC--T-TAA---T-----T-TTTGTGATGATTTTT---GC-G-TATTTT-CT-G--GAGAA--TT--AG-G-CTACTATATAAAAGA-----G----ATATC-CCTA--G-C------T--ATA-T-AGGCCA-AAATTTCT-ACAC-A----A--AGTCTTCAGAC-TC------GA-TTAG---------------------AAA-GGAGA-TCAAATAAATGTATTATTGAGAAAAAG--A-G-A--T-A-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-GCT-T---GTTATTGAA--T-TTTGTAAT-A-C------AAG-------C--AC--AAAAAAAAAACGTA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTT-T
gi|11550                      :                                T-TTCAGATTGTA-------CG-ACAC-AA-GTC--AT-G---TTTATAAT-AGAAG-TAATG--TTCA--GAAGGAGATTTT--GTC-TTCGT--A---AACAAATA--GATCTTTA----AAA-C-GAA---T-T-GTCCA-TG-TT-GTATATTA-----TT--GA-CCGAATA--GGAGC--TATAAATTC-----T-TT-GTGATG--ATTTATAGCAG-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA----------A-ATC-CATACCG-C------T--ACACT-A----ATACA---CC-ACAC-ACACAA--AG----CAAAC-TC--AC---G-TTGG---------------------AAA-GGAGAAT---ATAAAATG-TTATT-A---AGAG--A-GTA--TTA-CA---TTAT-A-AGATT-A-TAG-TA-ATT-G-G-G-TATAG--A-TGAA--A-TT-G-AAT-T-C--A---GAG-------C--CC--AAAA--------TA-GC-AAATTATATAACTAAAAAATCTAC-T-A-TATATTG--A--TAAAGATA-CA-AAATG--GTTGCC-ATGACAAC-AA---------GTATA-TTG-A-AG--AGT-T-A-T--GTA-AGA--CTA--CGT-CAAAAAA
gi|11551                      :                                                                                      CAG-TA-TC--TCCA--ATATGAA--TTT--ATT-T--------------AATG------TTTATGACAAA-ACGAAA--T-T-GT-----------------------TT--GA-C---CGA--CGGCC--T-TGG---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---AC-G-T--TTT-CC-A--GA----------G-G--------------GA-----T----A-CTC-A-TT--G-----------GTA-T-C----A-AAA---CT-ACAC-A----G--GG----CAAAC-GC--A----------------------------------------------TAA-----TTTT--------AG--A---A--TCA-T----TTAT-C-AAACT-G-CACTG---TT-A-G-T-A---A--A-AGGA--A-TTTC-AAT-T-TTAA---AAATACCTACC--AC--AATAA-------CA-AT-AT-TT--------------TTT-TGC-A-TCT-TGA--A--TCGA-ATT-GA-AAGTG--GTTGTC-ATGGTAAC-A----------GTATT-TTG-A-GC--AGC-G-T-T--ACC-AAG-CTTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11552                      :                                                                                                                                              aatTTTTA----AAA-A-GAAAATT-T-GTCCA-TGATTAGT---TTT-----TTTAGA-CC--ACA--TGGGTCTT-TAA---TGGGTATGTT-GTGAT---TTTT---GC-TCT--TTT-CTTG--GA--AATTT--TT-G-C----A-ATAAA-GA-----GGGAGA-ATCACATA--G-CATATAAT--ATA-T-AC---A-AAG---CT-ACAC-A----GTTGC----CAAAC-TT--AC-CGGGTTGGGCAAACTTGAACTGAAACCGCAAG-G-AGA-T---ATAA-----TATTTGA---AAAGGCA-GTA--TTA-CCTACTTAT-C-AAGTT-A-TGTTGA-ATTTG-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-TTC--A---AAA-------C--AC--AAAAAA------TA-GC-AT-TT--------------TCT-C-T-C-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGACAAC-CA-ATATTA--GTATA-TTGAA-AC--AGC-
gi|11553                      :                                                                                                                                                                                       T---TTT-----TT--TA-T----CA--TGG-C--T-TAA---G-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--
gi|11554                      :                                                                                                                                                                                                                                                 gt--TTTT---CC-A-T--TTT-AT-----------TT--CC-G-C----A-ATATA-GA-----G----A-AGC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-AAAC-A----A---G----CAAAC-TC--AC-C-G-TTGG---------------------AAAGG-AGA-T---ATCA-----TTCTTGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGCCAAC-AG-A-A--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CAT-CACAAAAAAatcattgctacacaaacgaaatacgggtatacaagacaaacctaaaagaataagaaagttaagtagaattaaaaa
gi|11555                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AA-----TTTTAAA---ACAG--A-GCA--CCA-T----TTAT-C-AGATT-A-TGC-CA-GGT-G-G-T-A---A--A---AA--A-TATA-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAA-------TT-AC-AC-TT--------------T
gi|11556                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A-GC-AC-TT--------------CCT-A-T-A-TAT-TTG--AA-CAAA-AT--CA-AAGCA--GTTGCC-ATG-CAACCAA-AAA--AGTGTATA-ATA-A-AC--AGC-T-T-T--GTG-AGA-CCTA--CCT-CAGAAAAGAt

lowQualScore                  :                                                                                                                              111111       111                                                             1111  11                                11                                  22222222222222        1111111111                                                                      1                22222222222222222222       111111   11111                                                                                                      1111111           11111111           11111111111111                                                           111111                                                         
lowQualScore                  :                      55         3     1      888888  3 3  6  9   44  3 555  3   66666  66  5 33     33 1     44   77   6  44 333333  44   000        6666   3 3    44 3 3    33  6  9  777   77777  33  8 6666  00     33 2   999999999 2  2      00    444  333 33   2  2 33  33 33  00000000000000     2  1111111111 2   2 8  33 2 888888888   8 2 8888 5   555  2    2 6666 33  8888     5  44  3   33    55555555555555555555    1  000000   33333    99 555    33 2   33 0 2 8888    2 5     2 2  777 2   5 2 5 88888 33 5    44 3    6   3 3 44 555   0000000 44  77    33333333  2  2  2  66666666666666   555 3 3   3   44 77    3   3  3   4444      3        6  000000  3     6   3 3  44   3 3 3 55   3   3    55   3  2      
lowQualScore                  :                      ..         .     .      ......  . .  .  .   ..  . ...  .   .....  ..  . ..     .. .     ..   ..   .  .. ......  ..   ...        ....   . .    .. . .    ..  .  .  ...   .....  ..  . ....  ..     .. .   ......... .  .      ..    ...  ... ..   .  . ..  .. ..  ..............     .  .......... .   . .  .. . .........   . . .... .   ...  .    . .... ..  ....     .  ..  .   ..    ....................    .  ......   .....    .. ...    .. .   .. . . ....    . .     . .  ... .   . . . ..... .. .    .. .    .   . . .. ...   ....... ..  ..    ........  .  .  .  ..............   ... . .   .   .. ..    .   .  .   ....      .        .  ......  .     .   . .  ..   . . . ..   .   .    ..   .  .      
lowQualScore                  :                      00         1     2      888888  1 1  2  2   22  1 444  1   55555  11  7 99     99 0     22   33   7  66 222222  66   888        5555   1 1    22 1 1    66  2  2  999   11111  99  6 8888  77     99 9   444444444 9  9      00    777  444 77   7  7 77  77 77  44444444444444     9  4444444444 9   9 6  99 9 444444444   6 9 9999 7   000  9    9 1111 99  9999     4  22  1   33    00000000000000000000    5  888888   22222    66 000    99 9   99 6 9 9999    9 7     9 9  444 9   7 9 7 11111 99 7    22 1    2   1 1 22 444   0000000 22  33    88888888  9  9  9  88888888888888   111 1 1   1   66 99    3   3  3   8888      3        7  333333  3     7   3 3  66   3 6 6 00   6   6    00   6  0      
consensus                     :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
Reference ( family-878 )      :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11538                      :            AAGGTAAGGT--TTTCACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--TTAA---AA--AATT--GACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAGG---------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11539                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TT-CACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---T--ACA-A-ATCAG-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT--CAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAGG---------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGT--A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAGAA
gi|11540                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TTTCACT-T-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-T---TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AC-C---A-G--TGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAAGG--------TAA-----TTCT-AA---AAGG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11541                      :  tgatttaattAAAGTAAGGG--TTGTGACAT-TTTGACATGTAG------CC-A-CCAAA-GCC--AT-A---TT-GCA-T-ATC----A-T--GTTCA--
gi|11542                      : gatttaatgttAAGGTAAG-T--TTGCACCATCTTCAATAAGTA-------CG-A-AC-AA-GTC--ATTG---TT-ACA-C-TGAAA-TA-TCGGTTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--T--T---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TGATT-G----TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---------T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT--T-G--GA--A--TT--TT-C-T----T-ACTAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C---------ATATT-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAACTTT--AC-CGG-GTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAT-----TTTTTAA---AAAG--A-GTA--TAACC----TTAA-CAAAGTT-ACTGT-TG-ATT-GCG-T-T---G--A-T
gi|11543                      :      ttacttAAGGTAAGGT--TTGCACCAT-TTCAAGAAGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGAAA-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--TT-A---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TA-TT-GT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TT-C-T----A-CTAAA-GA-----G----A-ATG-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAA
gi|11544                      :         attAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTCAAAT-G---TT-ACA-T-A--AGATA-T--GTTGAGGGGAGGAA--TTTG-GTCTTT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-TGGTCCA-TG-TG-TT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATGT-TTTT---GC-G-T--TTTCCT-GATGA--A--TTTCTA-G-C----A-ATAAA-AAGAAACG----A-ATC-C-TA--G-C------TTGATAGT-A----ATAAA---CTAACAC-A----A--AG----CAAACATC--ACACGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---ACAG--AGGTAATTTA-C----TTAT-T-AAGTT-A-TGT-GAGATTGG-G-TAT---G--A-TGAAGGA-TTCGTAATAA-C--AGTTAAG-------CTAAC--AAAAA-------AATGC-A--TT--------------TCT-C-C-ATTCT-ATG--A--CAAA-TTC-CAGAAGTGTTGTCG-C-ATGACAACTAATAAA--AG-GTATATTTG-ATACCAGGC-TAT-TAAGTATAGACCCTA--CGTACAAAAA
gi|11545                      :         attAAGGTAAGGT--GTGCGCCAT-TCCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-T--GTTCA--GGAGGAA--TTT--GTCTTT--T--A---AA--AATA--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GT-G-T--TTT-TT-G--GA--A--TT--GA-G-C----A-A-AAA-GA-----GA---A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-TAA----A-AAA---CT-ACACAA----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-----ATAA-----TTTTGGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-CAAAGTTCA-TGT-GA-A-T-G-G-T-T---G--ATTGAA--A-TTGA-GAT-C-A--A---AAG-------C--ACAAAAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTA-CTGGTG--TAAA-ATTCCA-AAGTG--GTTGCC-ATGGCAAC-AA-AGA--AA-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-TAT--GTA-AAC-CTTA--CGT-CACAAAAAA
gi|11546                      :              ttTAAGGTAGTTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CGGA-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-TTAGCAA-TACT--GTTCA--GGAGGAA--TTTTTATT-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAG-A-AATG--T-G-GTCCA-TG-TTTGT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-T--GTGATGGTTTCT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TTAG-C----A-ATAAA-G------G----A-ATC-C-TA--GAC------T--ATA-T-A----A-A-----CT-ACAC-A----A--AGG---CAAAC-TTCAAC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATA------TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTATAC-AAG-T-A-TGT-GG-ATT-G-GTT-T---G--A-TGAA--A--TTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--ACA-AAAAA-------TA-GCAAC-TT--------------TCT-C-TAA-TAT-TTG--AACTAAA-ATT-CA-AA-TG--GTTGCCTATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATATTTG-A-AC--GGCTT-T-T--GT--AGA-CCTACTCGT-CACAAAAAA
gi|11547                      :           tAAGGTATGGT--TTGCACCAT-TTCAACATATAG------AG-A-ACAAA-GTC--GT-G---TT-ACA-T-A-CAC-TG-T--A-TCA--GTATG-A--TTT--
gi|11548                      :          ttAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAGTATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-G--TTTCA--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAAAA-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AA-GAGA-T---CTAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGT---GTTGCC-ATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CACAAAAAAa
gi|11549                      :                             CCAT-TTCGATATGTAGTACCACCG-A-AC-AA-GTC--AT-AGTATC-ACA-T--GCAAATA-T--GTT-A--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--ATCTAA--AGAG--AACTTTTT----AAA-A-GAAA--TCT-GTCCACTG-TTTGTA--TTTATTCCTT--AC-C---ACAA-TGGGC--T-TAA---T-----T-TTTGTGATGATTTTT---GC-G-TATTTT-CT-G--GAGAA--TT--AG-G-CTACTATATAAAAGA-----G----ATATC-CCTA--G-C------T--ATA-T-AGGCCA-AAATTTCT-ACAC-A----A--AGTCTTCAGAC-TC------GA-TTAGA--------------------AAGGAGA-TCAAATAAATGTATTATTGAGAAAAAG--A-G-A--T-A-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-GCT-T---GTTATTGAA--T-TTTGTAAT-A-C------AAG-------C--AC--AAAAAAAAAACGTA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTT-T
gi|11550                      :                                T-TTCAGATTGTA-------CG-ACAC-AA-GTC--AT-G---TTTATAAT-AGAAG-TAAT--GTTCA--GAAGGAGATTTT--GTC-TTCGT--A---AACAAATA--GATCTTTA----AAA-C-GAA---T-T-GTCCA-TG-TT-GTATATTA-----TT--GA-CCGAATA--GGAGC--TATAAATTC-----T-TT-GTGATG--ATTTATAGCAG-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA----------A-ATC-CATACCG-C------T--ACACT-A----ATACA---CC-ACAC-ACACAA--AG----CAAAC-TC--AC---G-TTGGA--------------------AAGGAGAAT---ATAAAATG-TTATT-A---AGAG--A-GTA--TTA-CA---TTAT-A-AGATT-A-TAG-TA-ATT-G-G-G-TATAG--A-TGAA--A-TT-G-AAT-T-C--A---GAG-------C--CC--AAAA--------TA-GC-AAATTATATAACTAAAAAATCTAC-T-A-TATATTG--A--TAAAGATA-CA-AAATG--GTTGCC-ATGACAAC-AA---------GTATA-TTG-A-AG--AGT-T-A-T--GTA-AGA--CTA--CGT-CAAAAAA
gi|11551                      :                                                                                      CAG-TA-T--CTCCA--ATATGAA--TTT--ATT-T--------------AATG------TTTATGACAAA-ACGAAA--T-T-GT-----------------------TT--GA-C---CGA--CGGCC--T-TGG---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---AC-G-T--TTT-CC-A--GA----------G-G--------------GA-----T----A-CTC-A-TT--G-----------GTA-T-C----A-AAA---CT-ACAC-A----G--GG----CAAAC-GC--A--------------------------------------------TAA-----TTTT--------AG--A---A--TCA-T----TTAT-C-AAACT-G-CACTG---TT-A-G-T-A---A--A-AGGA--A-TTTC-AAT-T-TTAA---AAATACCTACC--AC--AATAA-------CA-AT-AT-TT--------------TTT-TGC-A-TCT-TGA--A--TCGA-ATT-GA-AAGTG--GTTGTC-ATGGTAAC-A----------GTATT-TTG-A-GC--AGC-G-T-T--ACC-AAG-CTTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11552                      :                                                                                                                                              aatTTTTA----AAA-A-GAAAATT-T-GTCCA-TGATTAGT---TTT-----TTTAGA-CC--ACA--TGGGTCTT-TAA---TGGGTATGTT-GTGAT---TTTT---GC-TCT--TTT-CTTG--GA--AATTT--TT-G-C----A-ATAAA-GA-----GGGAGA-ATCACATA--G-CATATAAT--ATA-T-AC---A-AAG---CT-ACAC-A----GTTGC----CAAAC-TT--AC-CGGGTTGGGCAAACTTGAACTGAAACCGCAAGGAGA-T---ATAA-----TATTTGA---AAAGGCA-GTA--TTA-CCTACTTAT-C-AAGTT-A-TGTTGA-ATTTG-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-TTC--A---AAA-------C--AC--AAAAAA------TA-GC-AT-TT--------------TCT-C-T-C-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGACAAC-CA-ATATTA--GTATA-TTGAA-AC--AGC-
gi|11553                      :                                                                                                                                                                                       T---TTT-----TT--TA-T----CA--TGG-C--T-TAA---G-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--
gi|11554                      :                                                                                                                                                                                                                                                 gt--TTTT---CC-A-T--TTT-AT-----------TT--CC-G-C----A-ATATA-GA-----G----A-AGC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-AAAC-A----A---G----CAAAC-TC--AC-CG--TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATCA-----TTCTTGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGCCAAC-AG-A-A--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CAT-CACAAAAAAatcattgctacacaaacgaaatacgggtatacaagacaaacctaaaagaataagaaagttaagtagaattaaaaa
gi|11555                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-----TTTTAAA---ACAG--A-GCA--CCA-T----TTAT-C-AGATT-A-TGC-CA-GGT-G-G-T-A---A--A---AA--A-TATA-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAA-------TT-AC-AC-TT--------------T
gi|11556                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-GC-AC-TT--------------CCT-A-T-A-TAT-TTG--AA-CAAA-AT--CA-AAGCA--GTTGCC-ATG-CAACCAA-AAA--AGTGTATA-ATA-A-AC--AGC-T-T-T--GTG-AGA-CCTA--CCT-CAGAAAAGAt

lowQualScore                  :                                                                                                                              111111       111                                                             1111  11                                11                                  22222222222222        1111111111                                                                      1                22222222222222222222       111111   11111                                                                                                      1111111           11111111           11111111111111                                                           111111                                                         
lowQualScore                  :                      55         3     1      888888  3 3  6  9   44  3 555  3   66666  66  5 33     33 1     44   77   6  44 333333  44   000        6666   3 3    44 3 3    33  6  9  777   77777  33  8 6666  00     33 2   999999999 2  2      00    444  333 33   2  2 33  33 33  00000000000000     2  1111111111 2   2 8  33 2 888888888   8 2 8888 5   555  2    2 6666 33  8888     5  44  3   33    55555555555555555555    1  000000   33333    99 555    33 2   33 0 2 8888    2 5     2 2  777 2   5 2 5 88888 33 5    44 3    6   3 3 44 555   0000000 44  77    33333333  2  2  2  66666666666666   555 3 3   3   44 77    3   3  3   4444      3        6  000000  3     6   3 3  44   3 3 3 55   3   3    55   3  2      
lowQualScore                  :                      ..         .     .      ......  . .  .  .   ..  . ...  .   .....  ..  . ..     .. .     ..   ..   .  .. ......  ..   ...        ....   . .    .. . .    ..  .  .  ...   .....  ..  . ....  ..     .. .   ......... .  .      ..    ...  ... ..   .  . ..  .. ..  ..............     .  .......... .   . .  .. . .........   . . .... .   ...  .    . .... ..  ....     .  ..  .   ..    ....................    .  ......   .....    .. ...    .. .   .. . . ....    . .     . .  ... .   . . . ..... .. .    .. .    .   . . .. ...   ....... ..  ..    ........  .  .  .  ..............   ... . .   .   .. ..    .   .  .   ....      .        .  ......  .     .   . .  ..   . . . ..   .   .    ..   .  .      
lowQualScore                  :                      00         1     2      888888  1 1  2  2   22  1 444  1   55555  11  7 99     99 0     22   33   7  66 222222  66   888        5555   1 1    22 1 1    66  2  2  999   11111  99  6 8888  77     99 9   444444444 9  9      00    777  444 77   7  7 77  77 77  44444444444444     9  4444444444 9   9 6  99 9 444444444   6 9 9999 7   000  9    9 1111 99  9999     4  22  1   33    00000000000000000000    5  888888   22222    66 000    99 9   99 6 9 9999    9 7     9 9  444 9   7 9 7 11111 99 7    22 1    2   1 1 22 444   0000000 22  33    88888888  9  9  9  88888888888888   111 1 1   1   66 99    3   3  3   8888      3        7  333333  3     7   3 3  66   3 6 6 00   6   6    00   6  0      
consensus                     :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
Reference ( family-878 )      :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11538                      :            AAGGTAAGGT--TTTCACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--TTAA---AA--AATT--GACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAGG---------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11539                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TT-CACCTT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---T--ACA-A-ATCAG-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AA-C----CAGGTGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT--CAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAGG---------TAA-----TTCT-AA---AAAG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGT--A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAGAA
gi|11540                      :  tgatttaattAAGGTAAGGT--TTTCACT-T-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AAAGTC--AT-G---TT-ACA-A-ATCAG-TA-T---TTCA--GTAGGAA--TTT--ATC-TT--T--T---AA--AATATTGACTTTTA----AAA-A-GTAA--T-T-ACCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--AC-C---A-G--TGAGC--T-TAA---T-----T-AT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--CT-GTC-------TAAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C------T--TTA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--GG----TAAACCTT--AC-CGG-GTGAA--------------------AAAGG--------TAA-----TTCT-AA---AAGG--A-GTG--TTA-T----TTAT-T-AAGTT-A-TGC-TA-TTT-G-G-T-A---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAT-------TA-GC-AC-TT--------------TTC-A-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-TA-GAGCA--GTAGCC-ATGACAAC-AA-ACG--AG-ATATA-TTG-A-AA--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CGGAAAAGA
gi|11541                      :  tgatttaattAAAGTAAGGG--TTGTGACAT-TTTGACATGTAG------CC-A-CCAAA-GCC--AT-A---TT-GCA-T-ATC----A-T--GTTCA--
gi|11542                      : gatttaatgttAAGGTAAG-T--TTGCACCATCTTCAATAAGTA-------CG-A-AC-AA-GTC--ATTG---TT-ACA-C-TGAAA-TA-TCGGTTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--T--T---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TGATT-G----TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---------T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT--T-G--GA--A--TT--TT-C-T----T-ACTAA-GA-----G----A-ATA-C-TA--G-C---------ATATT-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAACTTT--AC-CGG-GTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAT-----TTTTTAA---AAAG--A-GTA--TAACC----TTAA-CAAAGTT-ACTGT-TG-ATT-GCG-T-T---G--A-T
gi|11543                      :      ttacttAAGGTAAGGT--TTGCACCAT-TTCAAGAAGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGAAA-TA-T--GTTCA--GTAGGAA--TTT--GTC-TT--TT-A---AA--AATC--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GCCCG-TA-TT-GT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TT-C-T----A-CTAAA-GA-----G----A-ATG-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAA
gi|11544                      :         attAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTCAAAT-G---TT-ACA-T-A--AGATA-T--GTTGAGGGGAGGAA--TTTG-GTCTTT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-TGGTCCA-TG-TG-TT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATGT-TTTT---GC-G-T--TTTCCT-GATGA--A--TTTCTA-G-C----A-ATAAA-AAGAAACG----A-ATC-C-TA--G-C------TTGATAGT-A----ATAAA---CTAACAC-A----A--AG----CAAACATC--ACACGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---ACAG--AGGTAATTTA-C----TTAT-T-AAGTT-A-TGT-GAGATTGG-G-TAT---G--A-TGAAGGA-TTCGTAATAA-C--AGTTAAG-------CTAAC--AAAAA-------AATGC-A--TT--------------TCT-C-C-ATTCT-ATG--A--CAAA-TTC-CAGAAGTGTTGTCG-C-ATGACAACTAATAAA--AG-GTATATTTG-ATACCAGGC-TAT-TAAGTATAGACCCTA--CGTACAAAAA
gi|11545                      :         attAAGGTAAGGT--GTGCGCCAT-TCCAATATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-T--GTTCA--GGAGGAA--TTT--GTCTTT--T--A---AA--AATA--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GACC---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GT-G-T--TTT-TT-G--GA--A--TT--GA-G-C----A-A-AAA-GA-----GA---A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-TAA----A-AAA---CT-ACACAA----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-----ATAA-----TTTTGGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-CAAAGTTCA-TGT-GA-A-T-G-G-T-T---G--ATTGAA--A-TTGA-GAT-C-A--A---AAG-------C--ACAAAAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTA-CTGGTG--TAAA-ATTCCA-AAGTG--GTTGCC-ATGGCAAC-AA-AGA--AA-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-TAT--GTA-AAC-CTTA--CGT-CACAAAAAA
gi|11546                      :              ttTAAGGTAGTTGCGCCAT-TTCAATATGTAG------CGGA-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-TTAGCAA-TACT--GTTCA--GGAGGAA--TTTTTATT-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAG-A-AATG--T-G-GTCCA-TG-TTTGT---TTT-----TT--GA-CC--ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-T--GTGATGGTTTCT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TTAG-C----A-ATAAA-G------G----A-ATC-C-TA--GAC------T--ATA-T-A----A-A-----CT-ACAC-A----A--AGG---CAAAC-TTCAAC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATA------TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTATAC-AAG-T-A-TGT-GG-ATT-G-GTT-T---G--A-TGAA--A--TTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--ACA-AAAAA-------TA-GCAAC-TT--------------TCT-C-TAA-TAT-TTG--AACTAAA-ATT-CA-AA-TG--GTTGCCTATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATATTTG-A-AC--GGCTT-T-T--GT--AGA-CCTACTCGT-CACAAAAAA
gi|11547                      :           tAAGGTATGGT--TTGCACCAT-TTCAACATATAG------AG-A-ACAAA-GTC--GT-G---TT-ACA-T-A-CAC-TG-T--A-TCA--GTATG-A--TTT--
gi|11548                      :          ttAAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAGTATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAA-TA-G--TTTCA--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAAAA-GAAA--T-T-GTCCA-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AA-GAGA-T---CTAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--ATTTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGT---GTTGCC-ATGACAAC-AA-AAA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CACAAAAAAa
gi|11549                      :                             CCAT-TTCGATATGTAGTACCACCG-A-AC-AA-GTC--AT-AGTATC-ACA-T--GCAAATA-T--GTT-A--GGAGGAA--TTT--GTC-TT--T--ATCTAA--AGAG--AACTTTTT----AAA-A-GAAA--TCT-GTCCACTG-TTTGTA--TTTATTCCTT--AC-C---ACAA-TGGGC--T-TAA---T-----T-TTTGTGATGATTTTT---GC-G-TATTTT-CT-G--GAGAA--TT--AG-G-CTACTATATAAAAGA-----G----ATATC-CCTA--G-C------T--ATA-T-AGGCCA-AAATTTCT-ACAC-A----A--AGTCTTCAGAC-TC------GA-TTAGA--------------------AAGGAGA-TCAAATAAATGTATTATTGAGAAAAAG--A-G-A--T-A-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-GCT-T---GTTATTGAA--T-TTTGTAAT-A-C------AAG-------C--AC--AAAAAAAAAACGTA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TTT-T
gi|11550                      :                                T-TTCAGATTGTA-------CG-ACAC-AA-GTC--AT-G---TTTATAAT-AGAAG-TAAT--GTTCA--GAAGGAGATTTT--GTC-TTCGT--A---AACAAATA--GATCTTTA----AAA-C-GAA---T-T-GTCCA-TG-TT-GTATATTA-----TT--GA-CCGAATA--GGAGC--TATAAATTC-----T-TT-GTGATG--ATTTATAGCAG-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TA-G-C----A-ATAAA-GA----------A-ATC-CATACCG-C------T--ACACT-A----ATACA---CC-ACAC-ACACAA--AG----CAAAC-TC--AC---G-TTGGA--------------------AAGGAGAAT---ATAAAATG-TTATT-A---AGAG--A-GTA--TTA-CA---TTAT-A-AGATT-A-TAG-TA-ATT-G-G-G-TATAG--A-TGAA--A-TT-G-AAT-T-C--A---GAG-------C--CC--AAAA--------TA-GC-AAATTATATAACTAAAAAATCTAC-T-A-TATATTG--A--TAAAGATA-CA-AAATG--GTTGCC-ATGACAAC-AA---------GTATA-TTG-A-AG--AGT-T-A-T--GTA-AGA--CTA--CGT-CAAAAAA
gi|11551                      :                                                                                      CAG-TA-T--CTCCA--ATATGAA--TTT--ATT-T--------------AATG------TTTATGACAAA-ACGAAA--T-T-GT-----------------------TT--GA-C---CGA--CGGCC--T-TGG---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---AC-G-T--TTT-CC-A--GA----------G-G--------------GA-----T----A-CTC-A-TT--G-----------GTA-T-C----A-AAA---CT-ACAC-A----G--GG----CAAAC-GC--A--------------------------------------------TAA-----TTTT--------AG--A---A--TCA-T----TTAT-C-AAACT-G-CACTG---TT-A-G-T-A---A--A-AGGA--A-TTTC-AAT-T-TTAA---AAATACCTACC--AC--AATAA-------CA-AT-AT-TT--------------TTT-TGC-A-TCT-TGA--A--TCGA-ATT-GA-AAGTG--GTTGTC-ATGGTAAC-A----------GTATT-TTG-A-GC--AGC-G-T-T--ACC-AAG-CTTA--CGT-CAGAAAAAA
gi|11552                      :                                                                                                                                              aatTTTTA----AAA-A-GAAAATT-T-GTCCA-TGATTAGT---TTT-----TTTAGA-CC--ACA--TGGGTCTT-TAA---TGGGTATGTT-GTGAT---TTTT---GC-TCT--TTT-CTTG--GA--AATTT--TT-G-C----A-ATAAA-GA-----GGGAGA-ATCACATA--G-CATATAAT--ATA-T-AC---A-AAG---CT-ACAC-A----GTTGC----CAAAC-TT--AC-CGGGTTGGGCAAACTTGAACTGAAACCGCAAGGAGA-T---ATAA-----TATTTGA---AAAGGCA-GTA--TTA-CCTACTTAT-C-AAGTT-A-TGTTGA-ATTTG-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-TTC--A---AAA-------C--AC--AAAAAA------TA-GC-AT-TT--------------TCT-C-T-C-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGACAAC-CA-ATATTA--GTATA-TTGAA-AC--AGC-
gi|11553                      :                                                                                                                                                                                       T---TTT-----TT--TA-T----CA--TGG-C--T-TAA---G-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-A-T--TTT-CT-G--GA--A--
gi|11554                      :                                                                                                                                                                                                                                                 gt--TTTT---CC-A-T--TTT-AT-----------TT--CC-G-C----A-ATATA-GA-----G----A-AGC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-AAAC-A----A---G----CAAAC-TC--AC-CG--TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATCA-----TTCTTGA---AAAG--A-GTA--TCA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGT-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGTG--GTTGCC-ATGCCAAC-AG-A-A--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CAT-CACAAAAAAatcattgctacacaaacgaaatacgggtatacaagacaaacctaaaagaataagaaagttaagtagaattaaaaa
gi|11555                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-----TTTTAAA---ACAG--A-GCA--CCA-T----TTAT-C-AGATT-A-TGC-CA-GGT-G-G-T-A---A--A---AA--A-TATA-AAT-T-C--A---AAA-------C--AC--AAAAA-------TT-AC-AC-TT--------------T
gi|11556                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-GC-AC-TT--------------CCT-A-T-A-TAT-TTG--AA-CAAA-AT--CA-AAGCA--GTTGCC-ATG-CAACCAA-AAA--AGTGTATA-ATA-A-AC--AGC-T-T-T--GTG-AGA-CCTA--CCT-CAGAAAAGAt


blockSeqs                     :                      AG         C     C      TACCAC  G C  A  A   AA  T GTA  T   TTAG   GA  C CG     GG T     AT   TT   T  CG ATCT    CA   ATT        TGAC   A C    AT C G    AC  A  T  ATA   ATTCC  TA  C CGAA  GG     CT A   TGGGTA    G  T      GT    ATA  AG  AT   C  T AT  GA AT  AGGCTACTAT         A  GAAACG     T   A C  CC A ATATAAT     T A GGCC T   TTT  A    A CACA TT  TCTT     C  CA  A   GT    CAAACTTGAACTGAAACCGC    G  TCAAA    ATGTA    TA GAA    GC G   AT   C CTAC    A A     C C  CTG G   G C T TATA  TT T    GG T    T   A T TA GTT   TACCTAC TA  AA    AAAAAACG  T  A  A  ATATAACTAAAAAA   AC  A T   A   GT AC    G   C  G   TGTT      T        T  ATATT   T     T   A T  CA   T A A AA   T   C    CT   A  G
blockSeqs                     :                      .          .     C      .       . .  A  A   .   . .    .   ATAG   AA  A .      .  T     .    G    T  .  TA      .    ATT        .      . .    .  . .    G   A  T  A     .      .   C CA    A      .  .   ATTC      .  .      AT    .    TC  .    .  . .   .  .   TCTAGCA            .  GGGAG      .   . A  .  . TTG         G . C    T   .    .    . .    .   G        C  .   .   G     .                       A  ATA      AATG     TG .      .  .   .    . A       . A     . .  TTG .   T . C AT    .  T    .  .    T   . . .  .     .       .   A     AA        .  .  .  .                TG  . .   .   .  A     .   .  .   CA        .        C  TAAA    .     T   . .  .    . . . .    .   .    .    .  G
blockSeqs                     :                      .          .     C      .       . .  .  .   .   . .    .   AAT    G   . .      .  T     .    .    .  .  T       .    C          .      . .    .  . .    G   .  A  .     .      .   C CA    .      .  .   T         .  .      T     .    A   .    .  . .   .  .   TTAGCA             .  GA         .   . A  .  . T           C . .    .   .    .    . .    .   .        T  .   .   G     .                       A  TA       .        GG .      .  .   .    . .       . .     . .  CT  .   . . . A     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     T         .  .  .  .                A   . .   .   .  .     .   .  .   CA        .        .  ACG     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  A
blockSeqs                     :                      .          .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   AAT    G   . .      .  T     .    .    .  .  T       .    C          .      . .    .  . .    G   .  .  .     .      .   . CA    .      .  .   T         .  .      .     .    A   .    .  . .   .  .   CTGTC              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        A  .   .   G     .                       A  TA       .        TG .      .  .   .    . .       . .     . .  CT  .   . . . A     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     T         .  .  .  .                A   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  ACG     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  C
blockSeqs                     :                      .          .     G      .       . .  .  .   .   . .    .   TAT    A   . .      .  G     .    .    .  .  T       .    G          .      . .    .  . .    G   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   CTGTC              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  TA       .        TG .      .  .   .    . .       . .     . .  TT  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  AGA     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  C
blockSeqs                     :                      .          .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   CTG    A   . .      .  G     .    .    .  .  A       .    A          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   TTCTT              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  TC       .        TG .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  AAA     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  C
blockSeqs                     :                      .          .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   TAG    A   . .      .  G     .    .    .  .  A       .    G          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   TTCTA              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  TA       .        TG .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  AAA     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  A
blockSeqs                     :                      .          .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   TAG    A   . .      .  T     .    .    .  .  A       .    G          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   GAGCA              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  TA       .        TG .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  AAA     .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  G
blockSeqs                     :                      .          .     C      .       . .  .  .   .   . .    .   TAG    C   . .      .  G     .    .    .  .  A       .    G          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   TAGCA              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  A        .        AA .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   TG        .        .  AA      .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  C
blockSeqs                     :                      .          .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   TA     A   . .      .  G     .    .    .  .  A       .    A          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . A     .      .  .   T         .  .      .     .    A   .    .  . .   .  .   TAGCA              .  G          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       A  .        .        A  .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . A     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   CA        .        .  .       .     .   . .  .    . . . .    .   .    .    .  G
blockSeqs                     :                                 .     T      .       . .  .  .   .   . .    .   TA     G   . .      .  A     .    .    .  .  .       .    G          .      . .    .  . .    A   .  .  .     .      .   . C     .      .  .   T         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   TTGCA              .  T          .   . .  .  . T           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   T     .                       .  .        .        A  .      .  .   .    . .       . .     . .  GT  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     A         .  .  .  .                C   . .   .   .  .     .   .  .   T         .        .  .       .     .   . .  .    .                            
blockSeqs                     :                                 .     A      .       . .  .  .   .   . .    .   TG     G   . .      .  T     .    .                                  .      . .    .  . .    .   .  .  .     .      .   . .     .      .  .   G         .  .      .     .    G   .    .  . .   .  .   CCGCA              .  G          .   . .  .  . .           . . .    .   .    .    . .    .   .        .  .   .   .     .                       .  .        .        T  .      .  .   .    . .       . .     . .  TG  .   . . . T     .  .    .  .    .   . . .  .     .       .   .     .         .  .  .  .                A   . .   .                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                        .   . .      .                                                                                  .     .      .   . .     .      .  .   .         .  .      .     .    A   .    .  . .   .  .   GG                 .  .          .   . .  .  . .           . . .    .   .    .    . .    .   .                                                             .        .  .      .  .   .    . .       . .     . .  CC  .   . . . A     .  .                                                         .  .  .  .                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                   .     .    A   .    .  . .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                                                              A*****                                                                       A***  **                                                                                                                                                                                                                      TA****            TG
originalCons                  :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--T--A---AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-C---ACA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGA-T---ATAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA
finalCons                     :            AAGGTAAGGT--TTGCGCCAT-TTCAACATGTAG------CG-A-AC-AA-GTC--AT-G---TT-ACA-T-AGCAG-TA-T--GTTCA--GNAGGAA--TTT--GTC-TT--TA-----AA--AATG--GACTTTTA----AAA-A-GAAA--T-T-GTCCG-TG-TT-GT---TTT-----TT--GA-CA---CA--TGGGC--T-TAA---T-----T-TT-GTGATG--TTTT---GC-G-T--TTT-CT-G--GA--A--TT--TN-G-C----A-ATAAA-GA-----G----A-ATC-C-TA--G-C------T--ATA-T-A----A-AAA---CT-ACAC-A----A--AG----CAAAC-TC--AC-CGG-TTGGA--------------------AAGGAGATA----TAA-----TTTTTGA---AAAG--A-GTA--TTA-C----TTAT-C-AAGTT-A-TGC-GA-ATT-G-G-T-T---G--A-TGAA--A-TTTG-AAT-T-C--A---AAG-------C--AC--AAAAA-------TA-GC-AC-TT--------------TCT-C-T-A-TCT-TTG--A--TAAA-ATT-CA-AAGCG--GTTGCC-ATGACAAC-AA-ANA--AG-GTATA-TTG-A-AC--AGC-T-T-T--GTA-AGA-CCTA--CGT-CAGAAAAAA