lowQualScore                  :                                                                                           222222222222222                       1111                                                                                                            222        11111                             33333     111           111111     111                     22  1                                                                   333        1      1111                       111           1111                           33     2222      111               33                                                                         11       1111                        
lowQualScore                  :     2   33 2 33 2 5 5 5 444 2  7 2  5 777777 5  22  2  999999 2 444   5  2 55 2   33   2  222222222222222    88  5 2   2  5  33 5555 5   777 2 33  5  777  77  33  777777  33 2 33 2   2 5  2  5  2 2 8 5  2  5  2    2    33  99 2 2  33 33    888   2  2 22222  66666 33 99999  5 2 5   2  55555 2 2 222  99  5555 333333  5  000 2 5 2 2 444  33 2   22  0 2  55 5 5     5  2 88888888 2 33 444 22     444 33   7 0    2 55  111  33 2  0 33 2 0000 2 2    2 2  66  88 2  000  33       9999      2 5 5   2 666  2  2  77     2222    2 333   66 2 5 2    33 5    55 5 444 999  33   33  2  2 33 2  2 888     999   66  2  2 55      99     2 0000  2 33         5  3     
lowQualScore                  :     .   .. . .. . . . . ... .  . .  . ...... .  ..  .  ...... . ...   .  . .. .   ..   .  ...............    ..  . .   .  .  .. .... .   ... . ..  .  ...  ..  ..  ......  .. . .. .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    ..  .. . .  .. ..    ...   .  . .....  ..... .. .....  . . .   .  ..... . . ...  ..  .... ......  .  ... . . . . ...  .. .   ..  . .  .. . .     .  . ........ . .. ... ..     ... ..   . .    . ..  ...  .. .  . .. . .... . .    . .  ..  .. .  ...  ..       ....      . . .   . ...  .  .  ..     ....    . ...   .. . . .    .. .    .. . ... ...  ..   ..  .  . .. .  . ...     ...   ..  .  . ..      ..     . ....  . ..         .  .     
lowQualScore                  :     9   77 7 77 7 3 3 3 777 7  5 5  0 222222 0  99  5  777777 5 444   0  5 99 5   44   5  666666666666666    44  0 5   5  3  77 7777 3   333 7 77  3  333  33  77  777777  77 7 77 7   7 3  7  3  7 7 0 3  7  3  7    7    77  00 7 7  77 77    111   7  7 00000  77777 77 33333  3 7 3   7  00000 7 7 000  00  7777 222222  0  333 5 0 5 5 444  44 5   88  0 5  99 0 0     0  5 22222222 5 44 444 77     444 44   5 2    5 99  222  44 5  0 44 5 3333 5 5    5 5  99  44 5  333  44       6666      5 0 0   5 999  5  5  22     4444    7 777   33 7 3 7    44 0    99 0 444 111  44   44  5  5 44 5  5 888     444   99  5  9 99      00     7 3333  7 77         7  1     
consensus                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT-----C-A-T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-AG---AA--AAACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-T---AGC--A-T-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TATATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
Reference ( gi|118914 )       : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT--G--C-A-T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA---TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-AG---AA--AAACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GCAAAAACA--G-TTGG-T---AGC--A-T-T-TCAT--C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TATATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118911                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATA---TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT-----C-A-T---TC--TT----TTC----AG-AAGA-A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TGTGG-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C--TTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-AG---AA--AAACTTC----TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-T---AGC--A-T-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A---GG--TGT--GA--A-C--A-ACAA---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TATATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCT-CGA-GT-ATTCA
gi|118912                     : GTTA-GAA--T----G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC--AC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------T---T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GAC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT-----C-A-T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-AATGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTAA---A--AGC-CAAAAA-A--CA---TT--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-AG---AA--AAACT--C---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-T---AGC--ATT-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCT-----TTT--CT-ATAG--TATATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118913                     : GTTAAGAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-AA-G-CAG--ACA-CTAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--T--ATGA--TGTCTTT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT-----C-A-T---TCT-TT----T-C----AATAA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TTA-G-AG---AA--AAACTTC----TCTTCT-CTC-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA----TTTG-T---AGC--A-T-T-TCATG-CAACTG--A-C---A---GG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAT--TTT--CT-ATGG--TATATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTC
gi|118915                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-GCAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--TTC--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-TGA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC----G-AT--A--CTA---TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T-TATTAT-----C-A-T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-T---G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGCAAAAAAA-A--CA---TC--C--G-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-AG---AA--AA---TC----TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-T---AGC--A-T-T-TCATG-C-ACTG--ACC---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTTGGTT-ATGGT-TATATA--AAAAA-A----TT-C--TTCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118918                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C----T-AGGA------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA----G-CAG--ACA-CTAG---AA--------ATAG--TG-C-T-C-ATTGC--C----AATAC---A-C--TG-TT---CCTAAA--AG------TA--T-T--C-CCT-T-GC-AC-CT-C-TTA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TTGA-----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT--T--C-A-T---TC--TT----T-T----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAATTT-G-TG--GAA-TGATTGGC-A---G-G--ATA--C---C--TTTAA---A--AGC-C-AAAA-A--CAT--TC--C-TGTT--T-C----ATT-GTTG-T-TG--TT--GAAG---AAAGAAACTTCT---GCTTCT-CGC-AGA-GT--TT-ACGGC--AAACA--GTTTGG-T---AGCA-A-T-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TATATA--AAAAA-T----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118917                     : GTTA-GAA--TAT--G-T-C-T-A---CCGC---AG-A------GTGC-CAC-GC------A-T---GCA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC-------A-TAT-----C--TA-T----CA--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-ACTT-GTTCG-ATTT-AGCA--TCC-T-G-AT--A--C-GA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C-T--AT-AT-----C-A-T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-TTA-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-T---G-A-TGATT-GC-A-----G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-C-AAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTGTT-TG--TT--G-AGA--AA--AAACTTCT---CTTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-TA--AGC--A-T-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A---GG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TATATTCAAAAAA-A----TC-T--TCCCTACGA-GT-ATTCA
gi|118916                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AT-G------G-GC--AC-GCG-----A-T---GAATGA-A--G-CAG--ACA-CTAG---AC--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TGCTT---CTTAAA--GG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-A-CA--TC--T-GTATTTA--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C------A-C-T-TAT-AT--TT-C-A-T---TTCTTT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAT--TC--C-TGTT--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT----AG---AA--AAACTTC----TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GC-ATAACA--T-TTGG-T---AGCCAA-T-T-TCATG-C-ACTG--A-C---A---GG--TGC---A-CC-C--A-AC-A---TCTTA---TTTTCCT-ATGG--TATATTCAAAAAA-A----TCTT--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118919                     : GTTA-GAAACT-T--G-TTC-T-A---C-GC-T-AGGA------GCGC-AAC-GC------T-T---GAA-GA-A--GGCAG--ACA-CAAATTGAA--------ATAGC-TG-C-TTC-AT-GCACC----A-TAC---A-CAATG-TTT--CT--AATAAG------TA--T-C--CCGCTCT-GC-AC-CT-C-TCA-TT-GT-AC-TTTT-AGCA--TCATT-A-GT--AATCTGA---GTC-TT-G-----AT-----G--C-----TA-C-T-TAT-AT-----C-A-T---TCT-TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TT--A-GCATCTT-G-TG--GAA-TGATTCGC-A---G-GA-A-A--C---CATCTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CACT-TC--C-TG-TTAT-CA---A-T-GTTG-TCTG--TG--A-AGCA-AA--GAACTTCTTCCTCCTCT-C-C-AGA-GAATTT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-CATAAGC--A-TATATCATG-CAACTG--ACC---AGTGGA--TGT--GA-CA-CAAA-AC-A---TCCTGGATTTT--CTCATGGGATATATC--AAAAA-AAAAGTC-TACTCCCTGCGAGGTAATTCA
gi|118920                     : GTTA-GAA--T-C--G-T-CGT-AATCC-GC-T-AA-AAACGAAG-GA-CAC-GCTTTTAAA-TCTGAAA-GA-ACTG-CAG--A-A---AA---GAGATGTATTATAG--TGTC-TAC-AT-GT--CCCATA-TAC---A-C--TGGTT---CT--A----G------TAATC-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-TC-CAATTTT-AGCAATTCG-T-G-AT--A--CTGA-TGCTC-TT-AG----TC-----G--TGGACATAAC-T-TTT-ATCAGTCC-A-TG--TC--TTATGGT-C----AG-AA---AAT-A-G-GAGCTAATG-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-GC-AAA-G-GTTA-A--CACCC-TTTCTATATA--AAC-CAAAAAGA--CAAT-TC--A-TGAT--T-CCAATA-T-GTTG-T-TGATTT--G-AAGAAAA--AAACTTCT----CTTCT-C-CCAGA-G---TTTAC-GCAAA--CA--T-TTGG-TTA-AGC--A-T-T-TAATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GACCACC--G-AC-A---TCTTA---ATT--CT--TGG--TATA
gi|118921                     :  TTA-GA---T-T--G-T-C-T-A---C-GCAT-AG-A------G-GC-AAC-GC------A-T---GAT-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GG--------ATAG--TG-C-TTC-AT-G---C----A-TAC---A----TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-G-T-T-GC-A--CT-C-T-A-TTAGT-CA-TTTT-AGCA--AT--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CTT-TAT-CT--T--C---T---TT--TT----T-CA---AG-AAT--A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-GC-A---G-G--A-A--C---T-TTTT-----A--AGC---AAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-CA---A-T-GT---------------------------CT--C---TCTTCT---C-AGA-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGG-TA--AGC--A-T-T-T-ATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A----A---TTTTA---TTT--CT-ATGG--TATATC--AAAAA-------T-T--TCCCTG-GA-G--ATTCAagcccgtagaaaatggcctcttcaaatataataatcttttccctgcgagttatattc
gi|118922                     :   TA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C--C-T-AG----------TCTCAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATAGT-TG-C-TTCGATGGC--C----ATTAT---ATC--TT-TT---C---AA--AG-------A--T-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-GT-CA--TTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TTTTGGGG--C-----AA-C-T-TAT-A---G--CTA-TTTCTT--TT----T-C----AGTAA---A-T-A-G-A---TA--G--CA--TT-GCTG--T-A-TGATT-TCTA---T-A--T-ACTC---T-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAT--TC--C-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TGTTTT--G-AG----A--AAACTTC----TCTTCTCC-C-AGA-G----A-AC-GC--AAACA----TT-G-T---AGC--A-T-T-CTAT-----CT---A-T---A--TAT--TTT--GA-CA-C--T-AT-ATATTCTTA---TTT--CT-ATTT--TATATCAAAAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGATGT-ATTCA
gi|118923                     :   TA-GAA--C-TTGG-T-C-T-A---T-GC-T-AG-A------G----CA--GC------A-T---GAAAGAGA--G-CA---ACA-C--A---GA--------ATAGGTTG-C-T---AT-GC--CGAT-A-TATCAAA-C--TG-TT---CT--AA--AGCTGAATTG--C-C--C-G-T-T-GC-AC-CTAC-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--TTG-AT--A--CTGA-TAGTC-TT-AAAAATTC-----GTAC-----TGTC-T-TA--AT--T--C-A-TGTCTT--TT----T-C----AG-AATATA-T-G-A-A---TA--G-AAA--TT---TGT-G-A-TGATT-GT-GCGCG-G--A-A--C---C-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAA-AA-CA---TCTTC-TG-T--T-C------T-GTTG-T-TG--TTTCG-GA---AA--ATACTTCC---T-TTCT-C-C-AGATG---TT-AC-GCAAAT-CATTA-TCGG-T---AGC--A-T-T-T--T--C-AATGC-A-CCTAA--GGGGATATTGAA-CA-C--AGAC-AGTCTCTTA---TTT--CT-A--G--TATATC--AAAAA-A----TC-T--TCCC-GCGA-G
gi|118924                     :    A-AAA--T-T--G-T-C-TTA---C-GC-TTAG-A------G--C-CACAGC------AAT---GAA-GA-A--G-CAGGGACAACTA----GA--------AT-G--TGGC-TTC-AT-GC--C----A-TACC--A-C--TG-TTTGTCT--AA--AG------TA--T-CTCC-GCT-T-GCCAC-CT-C-T-A-TT-GTTCA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TG-AC----TT-----G--C-----TA-C-T-TAT--T-----C-A-T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A---A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-AATGATT-GC-A---G----A-A--C---C-TTTTAA---A--AGCACAAAAA-AAACA---TT--CGCG-T--TTC----A-TTGTTG-T-TG--TTT-G-AG---AA--AAACTTCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-AC-GCAAA--CA--T-TTGG-T---AGC--A-TAT-TCATTGC-ACTGGGA-C---A--GGG--TGG--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TATATC--AAAAA-AAAT-TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118925                     :    A-GAA--T-T--GGT-CGT-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GA--------ATAG--TG-CTTTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-CAT-ATTT-GT-CA--TTT-AGCA--T---T-G-AT--A--CTGAGGGGTC-TT-T-----TT-----G--CT----TA-C-TATAT-AG--T--C-ATT---TC--TT----T-CTCAGGG-AA---A-TAA-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-GC-A-----G--A-A--C---C--TTGTA---A--AGCGCAAAAA-A--CATTTTC--C-TGTT--T-C----A-T-GTTG-G-TG--TT--G-AG---AA--AAACTTC----TCTTCT-C-C-AGG------T-AC-G
gi|118926                     :        A--T-T--G-TTC-TGA---C-GC------A------A-GC-CAC-CC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-CTAC---GA--------ATAG--T--C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA---T------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TG-TT-CA-TTTTGAGCA---C--T-A-AC-------GA-CT-TC-T--A-----T------G--C-----TA-C-TATAT-AT-----C-A-T---TC--TT----T-TCT--AG-AA---A-T-A-GGA---TT--A-ACA--TTTG-TA--G-A-TGAT--GC-A---GCG--A-A--C---C-TTTTTA---A--AAC-CAAAAA-A--CA---TC--T-TG-T--T-C----A-T-GTTG-T-TG--TT--G-GA---AA--AAACTTC----TCTTCT-C-CAAGA-G---TT-AC-GC-AGAACA--T-TTGGTT---AGC--A---T-TCATG-C-ACTG--A-C---A--GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAC--TTT--CT-ATTA--T-TAGC--AAAAA-A----AT-T--TCCCTGC---TT-ATTCA
gi|118927                     :                               C-T-CG-A------G-GC-T-C-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-C---GT--------ATTG--TG-C-TTC-A
gi|118928                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C----AG-AA---A-T-ATG-A---CA--CCATAGCTT-G-TG--G-A-TGGTT-GC-T---G-G--A-A--C---C-TTTTCA---A--AGC-CTAGAA-A--CAT--TC--C-TA-T--C-T----A-T-CTTG-T-TG--TG--G-AG---GA--AAAGTTCT---T-TTTT-T-C-ATG-G---TT-AC-GC--AAACA--T-TTGA-T---AGC--A-T-T-TCATG-T-ATTG--T-C---A--CGA--TGT--GA-CA-C--A-GC-A---TCTCA---TTT--CT-GTAG--TATATG--AAAAATA----TT-T--TC
gi|118929                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --C-ACTG--A-C------GGG--TGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TATATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA

lowQualScore                  :                                                                                           111111111111111                       1111                                                                                                            222        11111                                        111  11         1111                             11  1                                                                                                                            11111                                             111                                                                                         11                                   
lowQualScore                  :     2   33 2 33 2 5 5 5 444 2  7 2  4 666666 4  2   2  999999 2 444   4  2 55 2   33   2  999999999999999    77  4 2   2  5  33 4444 5   666 2 33  5  666  66  33  777777  33 2 33 2   2 5  2  5  2 2 7 5  2  5  2    2    33  88 2 2  33 33    555   2  2 11111  66666 33 88888  5  5   2 2 88 2 88888 111  00  5555 7 3333  4  999 4 2 2 2 444  33 2   66  4 2  7777 4     2 2 2 777 2 55 2 33 444 2    3 444 33   4      2 77  77 2     7 33 4 9999  4    2 2  66  77  2 999   33      77777     2 4 4   2 444  4   2 33 5  2  2  33   2 222   33 5 5 2  33 2   4  2 33  4  777     33  2  2 33 2  2 888     888   66  2  3 55  2    77     2 9999  2 33         5  2     
lowQualScore                  :     .   .. . .. . . . . ... .  . .  . ...... .  .   .  ...... . ...   .  . .. .   ..   .  ...............    ..  . .   .  .  .. .... .   ... . ..  .  ...  ..  ..  ......  .. . .. .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    ..  .. . .  .. ..    ...   .  . .....  ..... .. .....  .  .   . . .. . ..... ...  ..  .... . ....  .  ... . . . . ...  .. .   ..  . .  .... .     . . . ... . .. . .. ... .    . ... ..   .      . ..  .. .     . .. . ....  .    . .  ..  ..  . ...   ..      .....     . . .   . ...  .   . .. .  .  .  ..   . ...   .. . . .  .. .   .  . ..  .  ...     ..  .  . .. .  . ...     ...   ..  .  . ..  .    ..     . ....  . ..         .  .     
lowQualScore                  :     7   44 5 44 5 0 0 0 444 5  1 4  7 888888 7  4   4  111111 4 111   7  4 66 4   22   4  111111111111111    99  7 4   4  0  44 7777 0   999 5 44  0  999  99  44  222222  44 5 44 5   5 0  5  0  5 5 5 0  5  0  5    5    44  44 5 5  44 44    222   5  5 22222  22222 44 88888  0  0   5 5 44 5 88888 222  99  3333 1 2222  7  777 7 4 4 4 111  22 4   88  1 4  6666 7     4 4 4 444 4 66 4 22 111 4    6 111 22   7      4 99  99 4     1 22 7 7777  7    4 4  55  99  4 777   22      00000     4 7 7   4 111  7   4 44 0  5  5  44   5 888   44 0 0 5  44 4   7  4 22  7  999     22  4  4 22 4  4 222     888   55  4  6 66  4    88     5 7777  5 44         3  9     
consensus                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
Reference ( family-877 )      : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118911                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATA---TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AAGA-A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TGTGG-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTT-A---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGT--GA--A-C--A-ACAA---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCT-CGA-GT-ATTCA
gi|118912                     : GTTA-GAA--T----G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC--AC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------T---T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGAC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--GAA-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTAA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-T-CTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACT--C---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--ATT-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCT-----TTT--CT-ATAG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118913                     : GTTAAGAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-AA-G-CAG--ACA-CTAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--T--ATGA--TGTCTTT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AATAA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TTA-GA-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-CTC-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--T-G-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGCAAC-T--GA-CA---GGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAT--TTT--CT-ATGG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTC
gi|118914                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-TG-C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA----TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-CAAA-AA-CA-GT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-T-C-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118915                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-GCAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--TTC--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-TGA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC----G-AT--A--CTA---TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TATTA-T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TTTG-TG----A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-AAAAAA-AA-CA--T-CC--G-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--A---TCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GACCA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTTGGTT-ATGGT-TA-TATA--AAAAA-A----TT-C--TTCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118916                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AT-G------G-GC--AC-GCG-----A-T---GAATGA-A--G-CAG--ACA-CTAG---AC--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TGCTT---CTTAAA--GG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-A-CA--TC--T-GTATTTA--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C------A-CT-TAT-A-TTTC-A-----T---TTCTTT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTGTT--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT---A-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--ATAA-CA-TT--TGG-T---AGCCAA-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGC---A-CC-C--A-AC-A---TCTTA---TTTTCCT-ATGG--TA-TATTCAAAAAA-A----TCTT--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118917                     : GTTA-GAA--TAT--G-T-C-T-A---CCGC---AG-A------GTGC-CAC-GC------A-T---GCA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC-------A-TAT-----C--TA-T----CA--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-ACTT-GTTCG-ATTT-AGCA--TCC-T-G-AT--A--C-GA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C--TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---ATT-A-G-A---TA--G-ACA--TT---TGT-G-A-TGATT-G-C-A-----G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-C-AAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTGTT-TG--TT--GA-GA--AAA--AACTTCT---CTTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TA--AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATTCAAAAAA-A----TC-T--TCCCTACGA-GT-ATTCA
gi|118918                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C----T-AGGA------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA----G-CAG--ACA-CTAG---AA--------ATAG--TG-C-T-C-ATTGC--C----AATAC---A-C--TG-TT---CCTAAA--AG------TA--T-T--C-CCT-T-GC-AC-CT-C-TTA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TTGA-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-TT-C-A-----T---TC--TT----T-T----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAATTT-G-TG--G-AATGATT-GGC-A---G-G--ATA--C---C-TTTA-A---A--AGC-CAAAAA----CA--T-TCCTG-T--TTC----ATTGTTG-T-TG--TT--GAAG---AAAGAAACTTCT---GCTTCT-CGC-AGA-G---TTTACGGC--A-AA-CAGTT--TGG-T---AGC--AAT-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TA-TATA--AAAAA-T----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118919                     : GTTA-GAAACT-T--G-TTC-T-A---C-GC-T-AGGA------GCGC-AAC-GC------T-T---GAA-GA-A--GGCAG--ACA-CAAATTGAA--------ATAGC-TG-C-TTC-AT-GCACC----A-TAC---A-CAATG-TTT--CT--AATAAG------TA--T-C--CCGCTCT-GC-AC-CT-C-TCA-TT-GT-AC-TTTT-AGCA--TCATT-A-GT--AATCTGA---GTC-TT-G-----AT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TT--A-GCATCTT-G-TG--GAA-TGATTCG-C-A---G-GA-A-A--C---CATCTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAC-T-TCCTG-TTAT-CA---AT-GTTG-TCTG--TG--AA-GCA-AAG--AACTTCTTCCTCCTCT-C-C-AGA-GAATTT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-CATAAGC--A-TATATC--A-TGCAAC-T--GACCAGTGGATGT--GA-CA-CAAA-AC-A---TCCTGGATTTT--CTCATGGGATA-TATC--AAAAA-AAAAGTC-TACTCCCTGCGAGGTAATTCA
gi|118920                     : GTTA-GAA--T-C--G-T-CGT-AATCC-GC-T-AA-AAACGAAG-GA-CAC-GCTTTTAAA-TCTGAAA-GA-ACTG-CAG--A-A---AA---GAGATGTATTATAG--TGTC-TAC-AT-GT--CCCATA-TAC---A-C--TGGTT---CT--A----G------TAATC-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-TC-CAATTTT-AGCAATTCG-T-G-AT--A--CTGA-TGCTC-TT-AG----TC-----G--TGGACATAACT-TTT-A-T--C-AGTCCATG--TC--TTATGGT-C----AG-AA---AAT-A-G-GAGCTAATG-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-G-C-AAA-G-GTTA-A--CACCC-TTTCTATATA--AAC-CAAAAAGA--CAA-T-TCATGAT--T-CCAATAT-GTTG-T-TGATTT--GA-AGAAAAA--AACTTCT----CTTCT-C-CCAGA-G---TTTACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TTA-AGC--A-T-T-TA--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GACCACC--G-AC-A---TCTTA---ATT--CT--TGG--TA-TA
gi|118921                     :  TTA-GA---T-T--G-T-C-T-A---C-GCAT-AG-A------G-GC-AAC-GC------A-T---GAT-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GG--------ATAG--TG-C-TTC-AT-G---C----A-TAC---A----TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-G-T-T-GC-A--CT-C-T-A-TTAGT-CA-TTTT-AGCA--AT--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-T-T-A-T--C-------T---TC--TT----T-TTTCAAG-AAT--A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---T-TTTT-----A--AGC---AAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-CA---AT-GT---------------------------CT--C---TCTTCT---C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TA--AGC--A-T-T-T---A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A----A---TTTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-------T-T--TCCCTG-GA-G--ATTCAagcccgtagaaaatggcctcttcaaatataataatcttttccctgcgagttatattc
gi|118922                     :   TA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C--C-T-AG----------TCTCAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATAGT-TG-C-TTCGATGGC--C----ATTAT---ATC--TT-TT---C---AA--AG-------A--T-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-GT-CA--TTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TTTTGGGG--C-----AA-CT-TAT-A-G--CTA-----TTTCTT--TT----T-C----AGTAA---A-T-A-G-A---TA--G--CA--TT-GCTG--T-A-TGATT-T-CTA---T-A--T-ACTC---T-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TGTTTT--GA-G----AA--AACTTC----TCTTCTCC-C-AGA-G----A-ACG-C--A-AA-CA-TT----G-T---AGC--A-T-T-CT--A-T----C-T---A-TA--TATTTT--GA-CA-C--T-AT-ATATTCTTA---TTT--CT-ATTT--TA-TATCAAAAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGATGT-ATTCA
gi|118923                     :   TA-GAA--C-TTGG-T-C-T-A---T-GC-T-AG-A------G----CA--GC------A-T---GAAAGAGA--G-CA---ACA-C--A---GA--------ATAGGTTG-C-T---AT-GC--CGAT-A-TATCAAA-C--TG-TT---CT--AA--AGCTGAATTG--C-C--C-G-T-T-GC-AC-CTAC-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--TTG-AT--A--CTGA-TAGTC-TT-AAAAATTC-----GTAC-----TGTCT-TAA-T-T--C-A-----TGTCTT--TT----T-C----AG-AATATA-T-G-A-A---TA--G-AAA--TTTG-TG----A-TGATT-G-T-GCGCG-G--A-A--C---C-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAA-AA-CA--TCTTCTG-T--T-C-----T-GTTG-T-TG--TTTCGG-A---AAA--TACTTCC---T-TTCT-C-C-AGATG---TT-ACG-C--A-AATCA-TTATCGG-T---AGC--A-T-T-TTCAA-TGC-ACCT--AA-GG--GGATATTGAA-CA-C--AGAC-AGTCTCTTA---TTT--CT-A--G--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCC-GCGA-G
gi|118924                     :    A-AAA--T-T--G-T-C-TTA---C-GC-TTAG-A------G--C-CACAGC------AAT---GAA-GA-A--G-CAGGGACAACTA----GA--------AT-G--TGGC-TTC-AT-GC--C----A-TACC--A-C--TG-TTTGTCT--AA--AG------TA--T-CTCC-GCT-T-GCCAC-CT-C-T-A-TT-GTTCA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TG-AC----TT-----G--C-----TA-CT-TAT---T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A---A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-AATGATT-G-C-A---G----A-A--C---C-TTTTAA---A--AGCACAAAAA-AAACA--T-TCGCG-T--TTC----ATTGTTG-T-TG--TTT-GA-G---AAA--AACTTCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-TAT-TC--ATTGC-AC-TGGGA-CA--GGGTGG--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TA-TATC--AAAAA-AAAT-TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118925                     :    A-GAA--T-T--GGT-CGT-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GA--------ATAG--TG-CTTTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-CAT-ATTT-GT-CA--TTT-AGCA--T---T-G-AT--A--CTGAGGGGTC-TT-T-----TT-----G--CT----TA-CTATAT-AGT--C-AT----T---TC--TT----T-CTCAGGG-AA---A-TAA-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A-----G--A-A--C---C--TTGTA---A--AGCGCAAAAA-A--CATTT-TCCTGTT--T-C----AT-GTTG-G-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-C-AGG------T-ACG-
gi|118926                     :        A--T-T--G-TTC-TGA---C-GC------A------A-GC-CAC-CC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-CTAC---GA--------ATAG--T--C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA---T------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TG-TT-CA-TTTTGAGCA---C--T-A-AC-------GA-CT-TC-T--A-----T------G--C-----TA-CTATAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-TCT--AG-AA---A-T-A-GGA---TT--A-ACA--TTTG-TA--G-A-TGAT--G-C-A---GCG--A-A--C---C-TTTTTA---A--AAC-CAAAAA-A--CA--T--CTTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GG-A---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-CAAGA-G---TT-ACG-C--AGAA-CA-TT--TGGTT---AGC--A---T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAC--TTT--CT-AT----TATTAGC--AAAAA-A----AT-T--TCCCTGC---TT-ATTCA
gi|118927                     :                               C-T-CG-A------G-GC-T-C-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-C---GT--------ATTG--TG-C-TTC-A
gi|118928                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -C----AG-AA---A-T-ATG-A---CA--CCATAGCTT-G-TG--G-A-TGGTT-G-C-T---G-G--A-A--C---C-TTTTCA---A--AGC-CTAGAA-A--CA--T-TCCTA-T--C-T----AT-CTTG-T-TG--TG--GA-G---GAA--AAGTTCT---TTTTTT-C---ATG-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGA-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGT-AT-T--GT-CA--CGATGT--GA-CA-C--A-GC-A---TCTCA---TTT--CT-GTAG--TA-TATG--AAAAATA----TT-T--TC
gi|118929                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -TGC-AC-T--GA-C---GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA

lowQualScore                  :                                                                                           111111111111111                       1111                                                                                                            222        11111                                        111  11         1111                             11  1                                                                                                                            11111                                             111                                                                                         11                                   
lowQualScore                  :     2   33 2 33 2 5 5 5 444 2  7 2  4 666666 4  2   2  999999 2 444   4  2 55 2   33   2  999999999999999    77  4 2   2  5  33 4444 5   666 2 33  5  666  66  33  777777  33 2 33 2   2 5  2  5  2 2 7 5  2  5  2    2    33  88 2 2  33 33    555   2  2 11111  66666 33 88888  5  5   2 2 88 2 88888 111  00  5555 7 3333  4  999 4 2 2 2 444  33 2   66  4 2  7777 4     2 2 2 777 2 55 2 33 444 2    3 444 33   4      2 77  77 2     7 33 4 9999  4    2 2  66  77  2 999   33      77777     2 4 4   2 444  4   2 33 5  2  2  33   2 222   33 5 5 2  33 2   4  2 33  4  777     33  2  2 33 2  2 888     888   66  2  3 55  2    77     2 9999  2 33         5  2     
lowQualScore                  :     .   .. . .. . . . . ... .  . .  . ...... .  .   .  ...... . ...   .  . .. .   ..   .  ...............    ..  . .   .  .  .. .... .   ... . ..  .  ...  ..  ..  ......  .. . .. .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    ..  .. . .  .. ..    ...   .  . .....  ..... .. .....  .  .   . . .. . ..... ...  ..  .... . ....  .  ... . . . . ...  .. .   ..  . .  .... .     . . . ... . .. . .. ... .    . ... ..   .      . ..  .. .     . .. . ....  .    . .  ..  ..  . ...   ..      .....     . . .   . ...  .   . .. .  .  .  ..   . ...   .. . . .  .. .   .  . ..  .  ...     ..  .  . .. .  . ...     ...   ..  .  . ..  .    ..     . ....  . ..         .  .     
lowQualScore                  :     7   44 5 44 5 0 0 0 444 5  1 4  7 888888 7  4   4  111111 4 111   7  4 66 4   22   4  111111111111111    99  7 4   4  0  44 7777 0   999 5 44  0  999  99  44  222222  44 5 44 5   5 0  5  0  5 5 5 0  5  0  5    5    44  44 5 5  44 44    222   5  5 22222  22222 44 88888  0  0   5 5 44 5 88888 222  99  3333 1 2222  7  777 7 4 4 4 111  22 4   88  1 4  6666 7     4 4 4 444 4 66 4 22 111 4    6 111 22   7      4 99  99 4     1 22 7 7777  7    4 4  55  99  4 777   22      00000     4 7 7   4 111  7   4 44 0  5  5  44   5 888   44 0 0 5  44 4   7  4 22  7  999     22  4  4 22 4  4 222     888   55  4  6 66  4    88     5 7777  5 44         3  9     
consensus                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
Reference ( family-877 )      : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118911                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATA---TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AAGA-A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TGTGG-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTT-A---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGT--GA--A-C--A-ACAA---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCT-CGA-GT-ATTCA
gi|118912                     : GTTA-GAA--T----G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC--AC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------T---T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGAC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--GAA-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTAA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-T-CTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACT--C---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--ATT-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCT-----TTT--CT-ATAG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118913                     : GTTAAGAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-AA-G-CAG--ACA-CTAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--T--ATGA--TGTCTTT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AATAA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TTA-GA-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-CTC-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--T-G-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGCAAC-T--GA-CA---GGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAT--TTT--CT-ATGG--TA-TATCA-AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTC
gi|118914                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-TG-C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA----TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-CAAA-AA-CA-GT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-T-C-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118915                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-GCAG-------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--TTC--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-TGA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC----G-AT--A--CTA---TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TATTA-T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TTTG-TG----A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-AAAAAA-AA-CA--T-CC--G-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--A---TCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GACCA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTTGGTT-ATGGT-TA-TATA--AAAAA-A----TT-C--TTCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118916                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GCCT-AT-G------G-GC--AC-GCG-----A-T---GAATGA-A--G-CAG--ACA-CTAG---AC--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--CC---A-TAC---A-C--TGCTT---CTTAAA--GG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-A-TT--T-CA-TTTT-A-CA--TC--T-GTATTTA--CTGA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C------A-CT-TAT-A-TTTC-A-----T---TTCTTT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTGTT--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT---A-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--ATAA-CA-TT--TGG-T---AGCCAA-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGC---A-CC-C--A-AC-A---TCTTA---TTTTCCT-ATGG--TA-TATTCAAAAAA-A----TCTT--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118917                     : GTTA-GAA--TAT--G-T-C-T-A---CCGC---AG-A------GTGC-CAC-GC------A-T---GCA-GA-A--G-CAG--ACA-CTA----GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC-------A-TAT-----C--TA-T----CA--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-TTGC-AC-CT-C-T-ACTT-GTTCG-ATTT-AGCA--TCC-T-G-AT--A--C-GA-T-GTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-C--TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---ATT-A-G-A---TA--G-ACA--TT---TGT-G-A-TGATT-G-C-A-----G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-C-AAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTGTT-TG--TT--GA-GA--AAA--AACTTCT---CTTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TA--AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA---GGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATTCAAAAAA-A----TC-T--TCCCTACGA-GT-ATTCA
gi|118918                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C----T-AGGA------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA----G-CAG--ACA-CTAG---AA--------ATAG--TG-C-T-C-ATTGC--C----AATAC---A-C--TG-TT---CCTAAA--AG------TA--T-T--C-CCT-T-GC-AC-CT-C-TTA-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TTGA-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-TT-C-A-----T---TC--TT----T-T----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACAATTT-G-TG--G-AATGATT-GGC-A---G-G--ATA--C---C-TTTA-A---A--AGC-CAAAAA----CA--T-TCCTG-T--TTC----ATTGTTG-T-TG--TT--GAAG---AAAGAAACTTCT---GCTTCT-CGC-AGA-G---TTTACGGC--A-AA-CAGTT--TGG-T---AGC--AAT-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TA-TATA--AAAAA-T----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118919                     : GTTA-GAAACT-T--G-TTC-T-A---C-GC-T-AGGA------GCGC-AAC-GC------T-T---GAA-GA-A--GGCAG--ACA-CAAATTGAA--------ATAGC-TG-C-TTC-AT-GCACC----A-TAC---A-CAATG-TTT--CT--AATAAG------TA--T-C--CCGCTCT-GC-AC-CT-C-TCA-TT-GT-AC-TTTT-AGCA--TCATT-A-GT--AATCTGA---GTC-TT-G-----AT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TCT-TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TT--A-GCATCTT-G-TG--GAA-TGATTCG-C-A---G-GA-A-A--C---CATCTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CAC-T-TCCTG-TTAT-CA---AT-GTTG-TCTG--TG--AA-GCA-AAG--AACTTCTTCCTCCTCT-C-C-AGA-GAATTT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-CATAAGC--A-TATATC--A-TGCAAC-T--GACCAGTGGATGT--GA-CA-CAAA-AC-A---TCCTGGATTTT--CTCATGGGATA-TATC--AAAAA-AAAAGTC-TACTCCCTGCGAGGTAATTCA
gi|118920                     : GTTA-GAA--T-C--G-T-CGT-AATCC-GC-T-AA-AAACGAAG-GA-CAC-GCTTTTAAA-TCTGAAA-GA-ACTG-CAG--A-A---AA---GAGATGTATTATAG--TGTC-TAC-AT-GT--CCCATA-TAC---A-C--TGGTT---CT--A----G------TAATC-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-TC-CAATTTT-AGCAATTCG-T-G-AT--A--CTGA-TGCTC-TT-AG----TC-----G--TGGACATAACT-TTT-A-T--C-AGTCCATG--TC--TTATGGT-C----AG-AA---AAT-A-G-GAGCTAATG-ACA--TTTG-TG--G-A-TGATT-G-C-AAA-G-GTTA-A--CACCC-TTTCTATATA--AAC-CAAAAAGA--CAA-T-TCATGAT--T-CCAATAT-GTTG-T-TGATTT--GA-AGAAAAA--AACTTCT----CTTCT-C-CCAGA-G---TTTACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TTA-AGC--A-T-T-TA--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GACCACC--G-AC-A---TCTTA---ATT--CT--TGG--TA-TA
gi|118921                     :  TTA-GA---T-T--G-T-C-T-A---C-GCAT-AG-A------G-GC-AAC-GC------A-T---GAT-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GG--------ATAG--TG-C-TTC-AT-G---C----A-TAC---A----TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-G-T-T-GC-A--CT-C-T-A-TTAGT-CA-TTTT-AGCA--AT--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-T-T-A-T--C-------T---TC--TT----T-TTTCAAG-AAT--A-T-A-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---T-TTTT-----A--AGC---AAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-CA---AT-GT---------------------------CT--C---TCTTCT---C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-TA--AGC--A-T-T-T---A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A----A---TTTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-------T-T--TCCCTG-GA-G--ATTCAagcccgtagaaaatggcctcttcaaatataataatcttttccctgcgagttatattc
gi|118922                     :   TA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C--C-T-AG----------TCTCAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTTA---GA--------ATAGT-TG-C-TTCGATGGC--C----ATTAT---ATC--TT-TT---C---AA--AG-------A--T-C--C-GCT-T-GC-ACTCT-C-T-A-TT-GT-CA--TTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA--TGTC-TT-A-----TTTTGGGG--C-----AA-CT-TAT-A-G--CTA-----TTTCTT--TT----T-C----AGTAA---A-T-A-G-A---TA--G--CA--TT-GCTG--T-A-TGATT-T-CTA---T-A--T-ACTC---T-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TGTTTT--GA-G----AA--AACTTC----TCTTCTCC-C-AGA-G----A-ACG-C--A-AA-CA-TT----G-T---AGC--A-T-T-CT--A-T----C-T---A-TA--TATTTT--GA-CA-C--T-AT-ATATTCTTA---TTT--CT-ATTT--TA-TATCAAAAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGATGT-ATTCA
gi|118923                     :   TA-GAA--C-TTGG-T-C-T-A---T-GC-T-AG-A------G----CA--GC------A-T---GAAAGAGA--G-CA---ACA-C--A---GA--------ATAGGTTG-C-T---AT-GC--CGAT-A-TATCAAA-C--TG-TT---CT--AA--AGCTGAATTG--C-C--C-G-T-T-GC-AC-CTAC-T-A-TT-GT-CA-TTT--AGCA--TC--TTG-AT--A--CTGA-TAGTC-TT-AAAAATTC-----GTAC-----TGTCT-TAA-T-T--C-A-----TGTCTT--TT----T-C----AG-AATATA-T-G-A-A---TA--G-AAA--TTTG-TG----A-TGATT-G-T-GCGCG-G--A-A--C---C-TTTTTA---ACAAGC-CAAAAA-AA-CA--TCTTCTG-T--T-C-----T-GTTG-T-TG--TTTCGG-A---AAA--TACTTCC---T-TTCT-C-C-AGATG---TT-ACG-C--A-AATCA-TTATCGG-T---AGC--A-T-T-TTCAA-TGC-ACCT--AA-GG--GGATATTGAA-CA-C--AGAC-AGTCTCTTA---TTT--CT-A--G--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCC-GCGA-G
gi|118924                     :    A-AAA--T-T--G-T-C-TTA---C-GC-TTAG-A------G--C-CACAGC------AAT---GAA-GA-A--G-CAGGGACAACTA----GA--------AT-G--TGGC-TTC-AT-GC--C----A-TACC--A-C--TG-TTTGTCT--AA--AG------TA--T-CTCC-GCT-T-GCCAC-CT-C-T-A-TT-GTTCA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-T-GTC-TG-AC----TT-----G--C-----TA-CT-TAT---T--C-A-----T---TC--TT----TTC----AG-AA---A-T-A---A---TA--G-ACA--TTTG-TG--G-AATGATT-G-C-A---G----A-A--C---C-TTTTAA---A--AGCACAAAAA-AAACA--T-TCGCG-T--TTC----ATTGTTG-T-TG--TTT-GA-G---AAA--AACTTCT----CTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-TAT-TC--ATTGC-AC-TGGGA-CA--GGGTGG--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-AT-G--TA-TATC--AAAAA-AAAT-TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
gi|118925                     :    A-GAA--T-T--GGT-CGT-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-A---GA--------ATAG--TG-CTTTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-CAT-ATTT-GT-CA--TTT-AGCA--T---T-G-AT--A--CTGAGGGGTC-TT-T-----TT-----G--CT----TA-CTATAT-AGT--C-AT----T---TC--TT----T-CTCAGGG-AA---A-TAA-G-A---TA--G-ACAT-TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A-----G--A-A--C---C--TTGTA---A--AGCGCAAAAA-A--CATTT-TCCTGTT--T-C----AT-GTTG-G-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-C-AGG------T-ACG-
gi|118926                     :        A--T-T--G-TTC-TGA---C-GC------A------A-GC-CAC-CC------A-T---GA--GA-A--G-CAG--ACA-CTAC---GA--------ATAG--T--C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA---T------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TG-TT-CA-TTTTGAGCA---C--T-A-AC-------GA-CT-TC-T--A-----T------G--C-----TA-CTATAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-TCT--AG-AA---A-T-A-GGA---TT--A-ACA--TTTG-TA--G-A-TGAT--G-C-A---GCG--A-A--C---C-TTTTTA---A--AAC-CAAAAA-A--CA--T--CTTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GG-A---AAA--AACTTC----TCTTCT-C-CAAGA-G---TT-ACG-C--AGAA-CA-TT--TGGTT---AGC--A---T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTAC--TTT--CT-AT----TATTAGC--AAAAA-A----AT-T--TCCCTGC---TT-ATTCA
gi|118927                     :                               C-T-CG-A------G-GC-T-C-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CT-C---GT--------ATTG--TG-C-TTC-A
gi|118928                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -C----AG-AA---A-T-ATG-A---CA--CCATAGCTT-G-TG--G-A-TGGTT-G-C-T---G-G--A-A--C---C-TTTTCA---A--AGC-CTAGAA-A--CA--T-TCCTA-T--C-T----AT-CTTG-T-TG--TG--GA-G---GAA--AAGTTCT---TTTTTT-C---ATG-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGA-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGT-AT-T--GT-CA--CGATGT--GA-CA-C--A-GC-A---TCTCA---TTT--CT-GTAG--TA-TATG--AAAAATA----TT-T--TC
gi|118929                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -TGC-AC-T--GA-C---GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA


blockSeqs                     :     A   AC A TG G T G T ATC C  C T  G AACGAA T  T   A  TTTTAA A CTG   T  G CT G   GG   A  AAGAGATGTATT       GT  T T   G  T  AC CCAT A   CAA T AA  C  TGT  TA  TA  CTGAAT  AT T TC C   C T  C  T  A A G C  A  T  A    G    AT  AT T T  TT AT    GGG   T  G AAAAT  TTGGG TA GGACA  A  A   T G TT T GTCCA TTC  CT  ATGG T TTCA  T  TAT T A T G AGC  AT C   AT  T C  GA   A     C G T CGC C TT T CT ACC A    A TAT CA   A      G AA  TT C     T TA T CAAT  T    T C  AT  TC  A GAA   GA      TTCCT     C T C   T AAT  T   G AA T  T  G  AT   T ATA   CA T A A  CA T   A  C GG  C  GTG     TG  C  C AA G  . TAT     GAT   GG  C  A GA  T    CA     T AAAG  T AC         G  A
blockSeqs                     :     .   .  . .  . T G G .   .  C .  G .      C  .   .  G      . .     A  . A  .   .    .  AATTGAA            C   G .   .  G  .  GAT  T   C   . .   G  T    TA  .   .       .  . .  .   . T  .  T  . . T T  .  T  .    .    .   C  . .  .  .     TT    .  . G      .     .  T      T  A   . . G  . T     GTC  T   .    T TCAG  T  T   A . . . .    .  .   TC  T .  TG   A     . . . AA  . A  . .  .   .    T .   .    G      . A   C  .     A .  T A     T    . .  TT  A   . CA    .       CT        . G A   . .    T   . .  G  .  .  .    . TA    .  A A .  .  .   A  . .   C  G       .   .  . .  .  . GTC     T     TC  .  G T   .    CA     . AAT   . .          T  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  A .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AAGA               T   . .   .  .  .  C    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . C .  .  .  .    .    .   G  . .  .  .     TG    .  . C      .     .  .      .  .   . . T  . .     G    T   .    . CT    .  .   . . . . .    .  .   GC  T .  GA   .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . A   A  .     T .  . A     .    . .  .   T   . A     .       TT        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . A     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       C     .   .  G .   .    AA     . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGAC               .   . .   .  .  .  C    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     TA    .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    T   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   T   T .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       TC        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . A     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    A      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGAA               .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     CT    .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   T   T .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       TG        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    A      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  TAGA               .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   T   T .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       CT        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  ACGA               .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       CT        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGA                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       TT        . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  T       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGA                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGG                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  T    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  T .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGA                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    A .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  A .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGA                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  C       .   .  . .  .  . .       .     .   .  G .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AGA                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    T .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  G       .   .  . .  .  . .       .     .   .  . .   .    .      . .     . .          .  .
blockSeqs                     :     .   .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  CGT                .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     T     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  G    .     . . . .   . .  . .  .   .    C .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  .       .   .  . .  .  . .       .     .   .  . .   .    .      . .     . .          .   
blockSeqs                     :         .  . .  . . . . .   .  . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AG                 .   . .   .  .  .  .    .   .   . .   .  .    .   .   .       .  . .  .   . .  .  .  . . . .  .  .  .    .    .   .  . .  .  .     .     .  . .      .     .  .      .  .   . . .  . .     .    .   .    . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  .    .     . . . .   . .  . .  .   .    . .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   . .  .  .  .  .    . .     .  . . .  .  .   .  . .   .  .       .   .  . .  .  . .       .     .   .  . .   .    .      . .     . .              
blockSeqs                     :                                . .  . .      .  .   .  .      . .     .  . .  .   .    .  AG                 .   . .   .                                                                                                                                                                                              . .     .  .   . . . . .    .  .   .   . .  .    .     . . . .   . .  . .  .   .    . .   .    .      . .   .  .     . .  . .     .    . .  .   .   . .     .       T         . . .   . .    .   .                                       .   .  . .   .  .       .   .  . .  .  . .       .     .   .  . .   .                                    


blockSeqCons                  :                                                                                           AGA************                                                                                                                                                                                                                        ***                              G***                                                                                                                                                                                                         G**                                                      **
originalCons                  : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAA---GA--------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TG--G-A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CA--GGGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA
finalCons                     : GTTA-GAA--T-T--G-T-C-T-A---C-GC-T-AG-A------G-GC-CAC-GC------A-T---GAA-GA-A--G-CAG--ACA-CTAGA------------ATAG--TG-C-TTC-AT-GC--C----A-TAC---A-C--TG-TT---CT--AA--AG------TA--T-C--C-GCT-T-GC-AC-CT-C-T-A-TT-GT-CA-TTTT-AGCA--TC--T-G-AT--A--CTGA-TTGTC-TT-A-----TT-----G--C-----TA-CT-TAT-A-T--C-A-----T---TC--TT----T-C----AG-AA---A-T-A-G-A---TA--G-ACA--TT-G-TGG---A-TGATT-G-C-A---G-G--A-A--C---C-TTTTTA---A--AGC-CAAAAA-A--CA--T-TCCTG-T--T-C----AT-GTTG-T-TG--TT--GA-G---AAA--AACTTCT---TCTTCT-C-C-AGA-G---TT-ACG-C--A-AA-CA-TT--TGG-T---AGC--A-T-T-TC--A-TGC-AC-T--GA-CAG--GGTGT--GA-CA-C--A-AC-A---TCTTA---TTT--CT-ATGG--TA-TATC--AAAAA-A----TC-T--TCCCTGCGA-GT-ATTCA