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Reference ( family-876 ) : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCGACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATATCACAGACCTC
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blockSeqs : A GTTG T T A C A C C A C C A C T TA A TCT C CTACTGTAG TAG AGATT TA A TC AC GTA ATG CC GAT ATTTGA ATGTGGGTATTAAAATGACATT A
blockSeqs : . GT . . . . . A . . . . . . T TA . CT . CTAG C G . . C . . . C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . G . C . . . G . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCGACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATATCACAGACCTC
finalCons : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCGACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATATCACAGACCTC
Alignments
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lowQualScore : . .... . . . . . . . . . . . . . . .. . .... . ......... ... ..... .. . .. .. ... ... .. ... ...... ...................... .
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consensus : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCGACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATATCACAGACCTC
Reference ( family-876 ) : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCGACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATATCACAGACCTC
gi|111159 : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGC-TATTACT-GGTTGT-AA-CC-GTT-GC-AGGGCCACCTTGGCG-AGC-A-GCATCTCTGAGGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-CCCACCT--ACAAACAGAC---G---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACAATTCCCATAG-ATATCACAGACATC
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gi|111161 : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTGTT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-ATGGCGACCTTGGCG-AGC-A-TCATCTTTGAAGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTC-----TAAATTTAG--C-AT-CCCACCT--ACAAACAGAC---C---TA--TGG---TACATTTGAATTTG----------------------ATCACTCCTTTAG-ATATAGCAGAC
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gi|111163 : TTCTGTAC-GA----CTTG-GGGGATTTTT-AC-GA-TGC-TATCATT-GGCTGT-AA-C
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gi|111168 : TTATGTAA-AA----TTTGTGAGGGTTTTT--C-GA-TGT-TAT---T-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-ATAGCGACCTTGGCA-GTT-A-GCATTTTCGATGTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAAGTTAT--C-AA-CCGACCT--TCAAACAGCC---C---TA--TGAGATGAT------GTTTGATGTGGGTATTAAAATGACATTACCATTACCATAG-ATAGCACAGACTTC
gi|111169 : TTTTGTAA-GA----TT-G-GTGG-TTTTT-AT-GA-TAT-T----TT-GCTTGT-AA-CT-GTT-GC-AAGGCGA----------GC-A--CATCTTTGAG-TGT-T----GTAA-G---------C---TGTTT-----TAAA-TTAA--C-AATCCCACCT--AACAACAGAT---C---TA--TGA---GAC------ATT---------------------------ATTCCCAAAGAATATCACAAACCTC
gi|111170 : TTCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TATTATT-G-----------------C-AAGGGGACCTTGGAG-AGC-A-GCATCCTTGAGGTGA-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--T-AT-TCCACC
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gi|111172 : TCTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TAGT-TT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGCAACTTT-----------------TTGGGGTGT-T--G-GTAA-T---------C---TGTTTAGATTTACATGTAG--C-AT-CCCACCT--ACTAACAGAC---C---TA--TGA---GAC------ATTTT----------------------ACCATTCCCAgaaatt
gi|111173 : CTGTAA-GA----TTTG-GTGGATTTTT-AC-GA-TGT-TACTATT-AGTTGT-AA-CA-GTT-GC-AGGGTGACCCTGGCG-AGC-A-TCATCTTTGAGGTGT-T--T-GTAA-CCTACTGTAGC---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-TCCACAT--ACAAACAGAC---T---TA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCATTCCCATAG-ATGTCACAGACCTC
gi|111174 : CTGTAA-AAGT--TCTG-GTGGATTTTC--C-GACTGTAGATTGTTTGGTTGT-AAACT-GTTCGC-ATGCTGACCTTGGCG-AGCTATACATCTTTGAAGTGT-TTCT-GTAACC---------C---TGTTCG----TAAATTTAGTAC-AT-CCCACCTACACAAACAGAC---C---TAC-TGT---AAC------ATTTG----------------------A
gi|111175 : CTGTCA-GT----TTTG-GTGGATTTTTTAC-AC-TGT-TATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GC-AGGGTGACCTTGGCG-AGC-A-GCACCTATGAGGT-T-T-----TAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AG-CACACCT--ACAAACAAAC---C---AA--TGA---GAC------ATTTG----------------------ACCACTCCCAGAG-ATATCTCAGACCTC
gi|111176 : TTTTG-GC-GA-TGT--ATTATT-GGTTGT-AA-CT-GTT-GA-AGGACGACCTTGGCT-AGC-A-ACATCTGCGAGTTGT-T--C-GTAA-C---------C---TGTTT-----TAAATTTAG--C-AA-TCCATCT--ACAAAC-------T---T-------------------TTTA----------------------ACCATTCCCATAG-ATATTACTGACCTC
gi|111177 : ATT-GATTGT-AA-CT-GTT-GC-AAGACGACCTTGGCG-ACC-A-ACATCTTTGAGGTGT-T--C-GTAT-G---------C----GTTT-----TAAATTTAG--C-AA-TACACTT--ACAAACATAC---C---TA--TAA---GAC------ATTTG----------------------ACTATTCCCATAG-ATATCACATACCTC