lowQualScore : 111111111111 111111 2222 1111 11 222222222222222
lowQualScore : 4 1 666 111111111111 2 222222 22 2 4444 7777 33 77 2 0000 3 0 4 2 2 0 2 222 00 888888888888888 2
lowQualScore : . . ... ............ . ...... .. . .... .... .. .. . .... . . . . . . . ... .. ............... .
lowQualScore : 4 1 111 444444444444 2 888888 33 2 7777 9999 11 99 2 9999 2 4 7 4 4 8 5 777 00 000000000000000 9
consensus : TCACGTGACAAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-T-NT--CATT-CCAG-TGTCGGTTGCA---GAGCGAA-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
Reference ( gi|129698 ) : TCACGTGATAAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-TCAT--CATT-CCAG-TGTCGGTTGCA---AAGCGGA-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129701 : TCACGTGACAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-TTAT--CATT-GCAG-TGTCGGTTGCA---GAGCGAA-G-AAGACGTG-TCTTAAAGT-T-AAAAAGT-ATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129699 : TCACGTTATAAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------ACTCC-GAAG-TC----AA-TATT--CATT-CCAG-TGTCGGTTGAA---GAGGGAA-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGTTATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129702 : TCACGTGACAAAA-GGGTATGAAAA---TAC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-TATT--CATT-ACAG-TGTCGGTTGCA---GA---GA-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TA--------TTAA-GTGAG
gi|129704 : TCACGTGACAAAAAGGGTATATAAA---GCC------------CG-T------GCTCT-GAAG-TC----AA---AT--CATT-GTAG-TGTCGGTTGCA---GAGCGAT-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATT-TA--------TTAA-GCGAG
gi|129705 : TCACGTGACAAAA-AGGTATATAAA---GCT------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA---AC--CATT-GCAG-TGTCGGTTGCA---GAGCTAA-G-AAGACGTG-TCTT-TAGT-T-AATAAGTGATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129703 : TCACATGACAAAA-GGGTATAAAAA---TCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TT----A-------------------GTCGGTTGCA---GAGAGGA-G-AAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129706 : TCACGTGATAAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----AA-TATT--CATT-CCAG-TGTCAGATGCC---AAGAGAA-G-AAGACGTG-TTTG-AAAT----AAATATAATTGCAG-----CA--------GTAA-ATGAG
gi|129707 : TCACGTGACAAAAAGGGCATATAAA---GCT------------CGGC------GCTCG-AAAG-CC----AA-TATT--CATT-GCAG-TGTCGGTTGCA---GAGCGAAGG-AAGACGTG-ACTT-AAGT-TAAAAAAGTAATTGCAG-----TATCTATTATTTAA-GTGAG
gi|129708 : TCACGTGATAAAA-GGGTGTAAAAA---GCT------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----AG-TATT--CATT-CCAG-TGTCAGATGCC---AAGATAA-G-AAGACGTG-TTTG-AAAT----AAAGATAATTGCAG-----TG--------GTGA-GTGAG
gi|129700 : TCACGTGATAAAA-GGGAATAAAAAT--GCC------------CG-C------G--------G-T-----------T--CATC-CCAG-TGTCGGTTGCA---GAGCGAA-G-AAGACGCG-TATT-AAGT-T-AAA----TATTGCAG-----TG--------CTAA-GTGAG
gi|129709 : TCACGTGACAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-T--T--CAGT-CCAG-TGTCAGTCGTA---GAGCAGT-A-AAGACGTG--------GT-T-AAGATTTCATTGCAG-----CA--------GAAA-GTGAG
gi|129710 : TCACGTGACAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AATTCAT----TT-CCAG-TGTCGGT
gi|129711 : TCACGTGATAAAA-GGGTATAAAAGCTCGCCGGGTATTAAAGCCG-C------GCTCA-GAAG-CC----AG-T-ATTTCATT-CC-G-TGTCAGATGCC---AATAGAA-G-AAGACGTG-TTTG-AAGT-
gi|129712 : TCACGTGATAAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATAAGCGCT-G--C-TC----AG-T-GT--CATT---AT-TGTTAGCTGCAACCAAGGGAA-G-AAGACGTG-AATC-AAGTGT-AA
gi|129713 : TCACGTGATAAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATCAGCGCT-G--C-TC----AG-T-GT--CATT----GTTGTTAGCTGCAGCCAAGGTGA-G-AAGACGTG-T
gi|129714 : ACGTGATAAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AA-TCAT--CATT-CCAG-TGTCGGTT-CA---AAGCGGA-GAAAGACGTG-TCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129715 : ACGTGACAAAA-AGGTATATAAA---GCC-------------G-T-------CTCT-GAAG-TC----AA---AT--CATTGTTAG-T-TCGGTTGCA---GAGCTGATG-AAGA-GTGGTCTT-AAGT-T-AAAAAGT-ATTG-AGTAATTTA--------TTAA-GCGAG
gi|129716 : GTGATAAAA-GGGTATAAAA----GCT------------CG-G------GCTCAAGAAGCTCTAGTAA-T--T--CATT-TCAG-TGTCAGTTGCG-----GGAAA-G-AAGACGTG-T---------T-GA----TAATTGCAG-----TG--------GTGATGTGAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 2222222 222222222222222
lowQualScore : 2 2 0 555 000000000000 2 222222 2 2 4444 0000000 6 2 66 2 333 333 77 2 2 2 0 2 2 2 5 444444444444444 2
lowQualScore : . . . ... ............ . ...... . . .... ....... . . .. . ... ... .. . . . . . . . . ............... .
lowQualScore : 1 1 6 888 888888888888 1 111111 1 1 5555 5555555 3 1 99 1 999 999 55 2 2 2 2 4 4 5 1 999999999999999 7
consensus : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-N-T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
Reference ( family-871 ) : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-N-T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129698 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-CAT-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---A---AGC-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129699 : TCACGTTAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------ACTCC-GAAG-TC----A--AT-A-TTCA-TT-CCAG-TGTCGGTTGAA---G---AGG-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTTATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129700 : TCACGTGAT-AAAA-GGGAATAAAAAT--GCC------------CG-C------G--------G-T-------------T-CA-TC-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGC-GTATT-AAGT-T-AAA---T-ATTGCAG-----TG--------CTAA-GTGAG
gi|129701 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-TAT-CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTTAAAGT-T-AAAAAGT-ATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129702 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATGAAAA---TAC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-A-TTCA-TT-ACAG-TGTCGGTTGCA---G---AG----A-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TA--------TTAA-GTGAG
gi|129703 : TCACATGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---TCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TT----A---------------------GTCGGTTGCA---G---AGA-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129704 : TCACGTGACAAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-T------GCTCT-GAAG-TC----A--A--A-T-CA-TT-GTAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAT-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATT-TA--------TTAA-GCGAG
gi|129705 : TCACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---GCT------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--A--A-C-CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-TAA-G-AAGACGT-GTCTT-TAGT-T-AATAAGTGATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129706 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----A--ATAT-T-CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAATATAATTGCAG-----CA--------GTAA-ATGAG
gi|129707 : TCACGTGAC-AAAAAGGGCATATAAA---GCT------------CGGC------GCTCG-AAAG-CC----A--AT-A-TTCA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAAGG-AAGACGT-GACTT-AAGT-TAAAAAAGTAATTGCAG-----TATCTATTATTTAA-GTGAG
gi|129708 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTGTAAAAA---GCT------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----A--GTAT-T-CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-TAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAAGATAATTGCAG-----TG--------GTGA-GTGAG
gi|129709 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT---T-CA-GT-CCAG-TGTCAGTCGTA---G---AGC-AGT-A-AAGACGT-G-------GT-T-AAGATTTCATTGCAG-----CA--------GAAA-GTGAG
gi|129710 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT---T-CATTT-CCAG-TGTCGGT
gi|129711 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAGCTCGCCGGGTATTAAAGCCG-C------GCTCA-GAAG-CC----AGTAT-T-T-CA-TT-CC-G-TGTCAGATGCC---A---ATA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAGT-
gi|129712 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATAAGCGCT-G--C-TC----A--GT-G-T-CA-TT---AT-TGTTAGCTGCAACCA---AGG-GAA-G-AAGACGT-GAATC-AAGTGT-AA
gi|129713 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATCAGCGCT-G--C-TC----A--GT-G-T-CA-TT----GTTGTTAGCTGCA---GCCAAGG-TGA-G-AAGACGT-GT
gi|129714 : ACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-CAT-CA-TT-CCAG-TGTCGGTT-CA---A---AGC-GGA-GAAAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129715 : ACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---G-C------------CG-T-------CTCT-GAAG-TC----A--A--A-T-CA-TTGTTAG-T-TCGGTTGCA---G---AGCTGAT-G-AAGA-GTGGTCTT-AAGT-T-AAAAAGT-ATTG-AGTAATTTA--------TTAA-GCGAG
gi|129716 : GTGAT-AAAA-GGGTATAAAA----GCT------------CG-G------GCTCAAGAAGCTCTAGTA--AT---T-CA-TT-TCAG-TGTCAGTTGCG---G---GA---AA-G-AAGACGT-GT---------T-GA----TAATTGCAG-----TG--------GTGATGTGAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 2222222 222222222222222
lowQualScore : 2 2 0 555 000000000000 2 222222 2 2 4444 0000000 6 2 66 2 333 333 77 2 2 2 0 2 2 2 5 444444444444444 2
lowQualScore : . . . ... ............ . ...... . . .... ....... . . .. . ... ... .. . . . . . . . . ............... .
lowQualScore : 1 1 6 888 888888888888 1 111111 1 1 5555 5555555 3 1 99 1 999 999 55 2 2 2 2 4 4 5 1 999999999999999 7
consensus : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-N-T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
Reference ( family-871 ) : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-N-T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129698 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-CAT-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---A---AGC-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129699 : TCACGTTAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------ACTCC-GAAG-TC----A--AT-A-TTCA-TT-CCAG-TGTCGGTTGAA---G---AGG-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTTATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129700 : TCACGTGAT-AAAA-GGGAATAAAAAT--GCC------------CG-C------G--------G-T-------------T-CA-TC-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGC-GTATT-AAGT-T-AAA---T-ATTGCAG-----TG--------CTAA-GTGAG
gi|129701 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-TAT-CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTTAAAGT-T-AAAAAGT-ATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129702 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATGAAAA---TAC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-A-TTCA-TT-ACAG-TGTCGGTTGCA---G---AG----A-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TA--------TTAA-GTGAG
gi|129703 : TCACATGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---TCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TT----A---------------------GTCGGTTGCA---G---AGA-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129704 : TCACGTGACAAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-T------GCTCT-GAAG-TC----A--A--A-T-CA-TT-GTAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAT-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATT-TA--------TTAA-GCGAG
gi|129705 : TCACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---GCT------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--A--A-C-CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-TAA-G-AAGACGT-GTCTT-TAGT-T-AATAAGTGATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129706 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----A--ATAT-T-CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAATATAATTGCAG-----CA--------GTAA-ATGAG
gi|129707 : TCACGTGAC-AAAAAGGGCATATAAA---GCT------------CGGC------GCTCG-AAAG-CC----A--AT-A-TTCA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAAGG-AAGACGT-GACTT-AAGT-TAAAAAAGTAATTGCAG-----TATCTATTATTTAA-GTGAG
gi|129708 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTGTAAAAA---GCT------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC----A--GTAT-T-CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-TAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAAGATAATTGCAG-----TG--------GTGA-GTGAG
gi|129709 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT---T-CA-GT-CCAG-TGTCAGTCGTA---G---AGC-AGT-A-AAGACGT-G-------GT-T-AAGATTTCATTGCAG-----CA--------GAAA-GTGAG
gi|129710 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT---T-CATTT-CCAG-TGTCGGT
gi|129711 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAGCTCGCCGGGTATTAAAGCCG-C------GCTCA-GAAG-CC----AGTAT-T-T-CA-TT-CC-G-TGTCAGATGCC---A---ATA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAGT-
gi|129712 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATAAGCGCT-G--C-TC----A--GT-G-T-CA-TT---AT-TGTTAGCTGCAACCA---AGG-GAA-G-AAGACGT-GAATC-AAGTGT-AA
gi|129713 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATCAGCGCT-G--C-TC----A--GT-G-T-CA-TT----GTTGTTAGCTGCA---GCCAAGG-TGA-G-AAGACGT-GT
gi|129714 : ACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-CAT-CA-TT-CCAG-TGTCGGTT-CA---A---AGC-GGA-GAAAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129715 : ACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---G-C------------CG-T-------CTCT-GAAG-TC----A--A--A-T-CA-TTGTTAG-T-TCGGTTGCA---G---AGCTGAT-G-AAGA-GTGGTCTT-AAGT-T-AAAAAGT-ATTG-AGTAATTTA--------TTAA-GCGAG
gi|129716 : GTGAT-AAAA-GGGTATAAAA----GCT------------CG-G------GCTCAAGAAGCTCTAGTA--AT---T-CA-TT-TCAG-TGTCAGTTGCG---G---GA---AA-G-AAGACGT-GT---------T-GA----TAATTGCAG-----TG--------GTGATGTGAG
blockSeqs : A A CTC GGGTATTAAAGC G GAATAA A C TAGT GTATT T T GT T ACC CCA CT G A G A G A T TATCTATTAT T
blockSeqs : . . T . . GAATCA . . . ATTA T . C . . . G . . . . . . A TAATTTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATAT T . C . . . C . . . . . . A TATCTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTAT . . G . . . C . . . . . . A TATTTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATCA . . A . . . A . . . . . . G TATCTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATA . . G . . . C . . . . . . A TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATA . . G . . . C . . . . . . A TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATA . . C . . . A . . . . . . A TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTG . . G . . . C . . . . . . C TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTG . . C . . . A . . . . . . A CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . C . . . C . . . . . . A TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . C . . . A . . . . . . . CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . C . . . G . . . . . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . C . . . G . . . . . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATA****
originalCons : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----A--AT-N-T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
finalCons : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC----AATA----T-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111 11111111 222222222222222
lowQualScore : 2 2 0 555 000000000000 2 222222 2 2 2 77777777 2 66 2 333 333 77 2 2 2 0 2 2 2 5 444444444444444 2
lowQualScore : . . . ... ............ . ...... . . . ........ . .. . ... ... .. . . . . . . . . ............... .
lowQualScore : 1 1 6 888 888888888888 1 111111 1 1 1 22222222 1 99 1 999 999 55 2 2 2 2 4 4 5 1 999999999999999 7
consensus : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AAT-A--T--CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
Reference ( family-871 ) : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AAT-A--T--CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129698 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AATCA--T--CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGCA---A---AGC-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129699 : TCACGTTAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------ACTCC-GAAG-TC-AAT-A--TT-CA-TT-CCAG-TGTCGGTTGAA---G---AGG-GAA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTTATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129700 : TCACGTGAT-AAAA-GGGAATAAAAAT--GCC------------CG-C------G--------G-T---------T--CA-TC-CCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGC-GTATT-AAGT-T-AAA---T-ATTGCAG-----TG--------CTAA-GTGAG
gi|129701 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AATTA--T--CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAA-G-AAGACGT-GTCTTAAAGT-T-AAAAAGT-ATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129702 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATGAAAA---TAC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AAT-A--TT-CA-TT-ACAG-TGTCGGTTGCA---G---AG----A-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAG-----TA--------TTAA-GTGAG
gi|129703 : TCACATGAC-AAAA-GGGTATAAAAA---TCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TT-A---------------------GTCGGTTGCA---G---AGA-GGA-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129704 : TCACGTGACAAAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-T------GCTCT-GAAG-TC-AA--A--T--CA-TT-GTAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAT-G-AAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGTAATTGCAGTATT-TA--------TTAA-GCGAG
gi|129705 : TCACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---GCT------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AA--A--C--CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-TAA-G-AAGACGT-GTCTT-TAGT-T-AATAAGTGATTGCAGTATC-TA--------TTAA-GTGAG
gi|129706 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC-AAT-AT-T--CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAATATAATTGCAG-----CA--------GTAA-ATGAG
gi|129707 : TCACGTGAC-AAAAAGGGCATATAAA---GCT------------CGGC------GCTCG-AAAG-CC-AAT-A--TT-CA-TT-GCAG-TGTCGGTTGCA---G---AGC-GAAGG-AAGACGT-GACTT-AAGT-TAAAAAAGTAATTGCAG-----TATCTATTATTTAA-GTGAG
gi|129708 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTGTAAAAA---GCT------------CG-C------GCTCG-GAAG-CC-AGT-AT-T--CA-TT-CCAG-TGTCAGATGCC---A---AGA-TAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAAT----AAAGATAATTGCAG-----TG--------GTGA-GTGAG
gi|129709 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AAT----T--CA-GT-CCAG-TGTCAGTCGTA---G---AGC-AGT-A-AAGACGT-G-------GT-T-AAGATTTCATTGCAG-----CA--------GAAA-GTGAG
gi|129710 : TCACGTGAC-AAAA-GGGTATATAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AAT----T--CATTT-CCAG-TGTCGGT
gi|129711 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAGCTCGCCGGGTATTAAAGCCG-C------GCTCA-GAAG-CC-AGT-A--TTTCA-TT-CC-G-TGTCAGATGCC---A---ATA-GAA-G-AAGACGT-GTTTG-AAGT-
gi|129712 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATAAGCGCT-G--C-TC-AGT-G--T--CA-TT---AT-TGTTAGCTGCAACCA---AGG-GAA-G-AAGACGT-GAATC-AAGTGT-AA
gi|129713 : TCACGTGAT-AAAA-GGGTATAAATA-----C------------CG-CGAATCAGCGCT-G--C-TC-AGT-G--T--CA-TT----GTTGTTAGCTGCA---GCCAAGG-TGA-G-AAGACGT-GT
gi|129714 : ACGTGAT-AAAA-GGGTATAAAAA---GCC------------CG-C------GCTCT-GAAG-TC-AATCA--T--CA-TT-CCAG-TGTCGGTT-CA---A---AGC-GGA-GAAAGACGT-GTCTT-AAGT-T-AAAAAGCAATTGCAG-----TG--------TTAA-GTGAG
gi|129715 : ACGTGAC-AAAA-AGGTATATAAA---G-C------------CG-T-------CTCT-GAAG-TC-AA--A--T--CA-TTGTTAG-T-TCGGTTGCA---G---AGCTGAT-G-AAGA-GTGGTCTT-AAGT-T-AAAAAGT-ATTG-AGTAATTTA--------TTAA-GCGAG
gi|129716 : GTGAT-AAAA-GGGTATAAAA----GCT------------CG-G------GCTCAAGAAGCTCTAGT-AATT--CA-TT-TCAG-TGTCAGTTGCG---G---GA---AA-G-AAGACGT-GT---------T-GA----TAATTGCAG-----TG--------GTGATGTGAG