lowQualScore : 222222
lowQualScore : 2 2 9999 2 2 55 333 33 2 33 88 33 2 2 2 44 666666 3 3 6 666 3
lowQualScore : . . .... . . .. ... .. . .. .. .. . . . .. ...... . . . ... .
lowQualScore : 2 2 4444 2 2 33 444 11 2 11 88 11 2 2 2 22 000000 1 1 2 222 1
consensus : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT---A--TTTC-TT-CG-TGG--T-TATGTCGACAC
Reference ( gi|37068 ) : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT---A--TTTC-TT-CA-TGG--T-TATGTCGACAC
gi|37070 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA--A--GA-GTG-T-TTCGG--TT---A---TTC-TT-CA-TGG--T-TATGTCGACAC
gi|37072 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AAAGA--GA-GTG-T-TTCGG--TT---A--TTTC-TT-TG-TGA--T-TATGTCGACAC
gi|37069 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT---AG-TTTC-TT-CG-TGA--T-TATGTCAACAC
gi|37071 : TTTTCAG-A-GCCA----T-TTA-T--CTA--G--CT-TAT-------A--GA-GTG-T-TTCGG--TT---AG-TTTC-TT-CA-TGG--T-TATGTCGACAC
gi|37080 : TTTTCAGGA-GCCA----T-ATA-TTCCTA--G--CT-TATA--A------GA-GTG-C-T-CGG--TTTA-G--TTTC-TT-CA-TGG--T-TATGTCGACAC
gi|37083 : TTTTCAG-A-GCCAACATT-ATA-T--CTA--T--CT-TATACCGA-GT--GA-GTG-T-TTCGGGGTA---G--TTTC-TT-CG-TGA--T-TATGTCGACAC
gi|37085 : TTTTCAG-AAGCCAGTAAT-AT--T--CTA--G--CTATATA--AA-GA--GAAGTG-TGTTCAG--TTT--G--TTTC-TT-CAATGG--T-TATGTCGACAC
gi|37081 : TTTTCA--A-GCCA----TTATA-T--CTA--G--CT-TTAA--AA-AA--GA-GTG-T-TTCGG--TA---G--TTTC--T-CATTGGGTT-TATGTTGACAC
gi|37073 : TTTTCA-----TCA------ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-AAAGAA-GTG-T-TTCGG--TT---AAGTTTC-TT-C--TTA--T-TATGTC-ACAC
gi|37076 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37075 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37077 : TTTTTAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TTGAC--TTGAAA--TTTA----CA-TA-----TATGTAGACAC
gi|37078 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-T
gi|37079 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATG--AA-GA--AA-GTT-T-TT
gi|37084 : TTTTCAG-A-GGCA----T-ATA-T--CTATCA--CT-TATT--AC-AG--GA-GTGTT-TTCGG--AT---AG-TTTCTTT-CG-TGA--TGTATGTCG
gi|37082 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATATT--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37074 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA----------------------------GA-GTG-T-T-CGG--TT---AG-TTTC-TTTCA-T----T-TATGTCGACAC
gi|37086 : TTTTAG-A-GCCA----T-ATA-TT-CTA--GACTT-TATA--AA-GA--G---TG-T-TTCGG--TA---G--TTTC-TT-CA-TGG--T-TATGT-GACAC
Alignments
lowQualScore : 22222
lowQualScore : 2 2 8888 2 2 55 22 22 2 22 77 22 2 2 2 44 00000 3 44 3 55 3
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. . .. .. .. . . . .. ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 00 99 99 1 99 88 99 1 1 1 22 66666 1 22 1 55 1
consensus : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
Reference ( family-866 ) : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37068 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37069 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCAACAC
gi|37070 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA--A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A---TTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37071 : TTTTCAG-A-GCCA----T-TTA-T--CTA--G--CT-TAT-------A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37072 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AAAGA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-TG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37073 : TTTTCA-----TCA------ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-AAAGAA-GTG-T-TTCGG--TT--AAGTTTC-T--T-C--TTAT-TATGTC-ACAC
gi|37074 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA----------------------------GA-GTG-T-T-CGG--TT--AG-TTTC-T--TTCA-T--T-TATGTCGACAC
gi|37075 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37076 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37077 : TTTTTAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37078 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-Tgacttgaaatttacatatatgtagacac
gi|37079 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATG--AA-GA--AA-GTT-T-TT
gi|37080 : TTTTCAGGA-GCCA----T-ATA-TTCCTA--G--CT-TATA--A------GA-GTG-C-T-CGG--TTTAG--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37081 : TTTTCA--A-GCCA----TTATA-T--CTA--G--CT-TTAA--AA-AA--GA-GTG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-TCAT-TG-GGTT-TATGTTGACAC
gi|37082 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATATT--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37083 : TTTTCAG-A-GCCAACATT-ATA-T--CTA--T--CT-TATACCGA-GT--GA-GTG-T-TTCGGGGTA--G--TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37084 : TTTTCAG-A-GGCA----T-ATA-T--CTATCA--CT-TATT--AC-AG--GA-GTGTT-TTCGG--AT--AG-TTTCTT--T-CG-TGATGTATGTCG
gi|37085 : TTTTCAG-AAGCCAGTAAT-AT--T--CTA--G--CTATATA--AA-GA--GAAGTG-TGTTCAG--TTT-G--TTTC-T--T-CAATGGT-TATGTCGACAC
gi|37086 : TTTTAG-A-GCCA----T-ATA-TT-CTA--GACTT-TATA--AA-GA--G---TG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGT-GACAC
Alignments
lowQualScore : 22222
lowQualScore : 2 2 8888 2 2 55 22 22 2 22 77 22 2 2 2 44 00000 3 44 3 55 3
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. . .. .. .. . . . .. ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 00 99 99 1 99 88 99 1 1 1 22 66666 1 22 1 55 1
consensus : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
Reference ( family-866 ) : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37068 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37069 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCAACAC
gi|37070 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA--A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A---TTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37071 : TTTTCAG-A-GCCA----T-TTA-T--CTA--G--CT-TAT-------A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37072 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AAAGA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-TG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37073 : TTTTCA-----TCA------ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-AAAGAA-GTG-T-TTCGG--TT--AAGTTTC-T--T-C--TTAT-TATGTC-ACAC
gi|37074 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA----------------------------GA-GTG-T-T-CGG--TT--AG-TTTC-T--TTCA-T--T-TATGTCGACAC
gi|37075 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37076 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37077 : TTTTTAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37078 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-Tgacttgaaatttacatatatgtagacac
gi|37079 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATG--AA-GA--AA-GTT-T-TT
gi|37080 : TTTTCAGGA-GCCA----T-ATA-TTCCTA--G--CT-TATA--A------GA-GTG-C-T-CGG--TTTAG--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37081 : TTTTCA--A-GCCA----TTATA-T--CTA--G--CT-TTAA--AA-AA--GA-GTG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-TCAT-TG-GGTT-TATGTTGACAC
gi|37082 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATATT--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37083 : TTTTCAG-A-GCCAACATT-ATA-T--CTA--T--CT-TATACCGA-GT--GA-GTG-T-TTCGGGGTA--G--TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37084 : TTTTCAG-A-GGCA----T-ATA-T--CTATCA--CT-TATT--AC-AG--GA-GTGTT-TTCGG--AT--AG-TTTCTT--T-CG-TGATGTATGTCG
gi|37085 : TTTTCAG-AAGCCAGTAAT-AT--T--CTA--G--CTATATA--AA-GA--GAAGTG-TGTTCAG--TTT-G--TTTC-T--T-CAATGGT-TATGTCGACAC
gi|37086 : TTTTAG-A-GCCA----T-ATA-TT-CTA--GACTT-TATA--AA-GA--G---TG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGT-GACAC
blockSeqs : G A ACAT T T TC TC AC A CC AG AG A T G GG AAG T CA T AA G
blockSeqs : . . GTAA . . T . . . . G . . . . . TAG . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . AG . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . TG . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
finalCons : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
Alignments
lowQualScore : 22222
lowQualScore : 2 2 8888 2 2 55 22 22 2 22 77 22 2 2 2 44 00000 3 44 3 55 3
lowQualScore : . . .... . . .. .. .. . .. .. .. . . . .. ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 00 99 99 1 99 88 99 1 1 1 22 66666 1 22 1 55 1
consensus : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
Reference ( family-866 ) : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CG-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37068 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37069 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-GA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCAACAC
gi|37070 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA--A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A---TTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37071 : TTTTCAG-A-GCCA----T-TTA-T--CTA--G--CT-TAT-------A--GA-GTG-T-TTCGG--TT--AG-TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37072 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AAAGA--GA-GTG-T-TTCGG--TT--A--TTTC-T--T-TG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37073 : TTTTCA-----TCA------ATA-T--CTA--G--CT-TATA--AA-AAAGAA-GTG-T-TTCGG--TT--AAGTTTC-T--T-C--TTAT-TATGTC-ACAC
gi|37074 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA----------------------------GA-GTG-T-T-CGG--TT--AG-TTTC-T--TTCA-T--T-TATGTCGACAC
gi|37075 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37076 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37077 : TTTTTAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37078 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-Tgacttgaaatttacatatatgtagacac
gi|37079 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATA-T--CTC--G--CT-TATG--AA-GA--AA-GTT-T-TT
gi|37080 : TTTTCAGGA-GCCA----T-ATA-TTCCTA--G--CT-TATA--A------GA-GTG-C-T-CGG--TTTAG--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGTCGACAC
gi|37081 : TTTTCA--A-GCCA----TTATA-T--CTA--G--CT-TTAA--AA-AA--GA-GTG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-TCAT-TG-GGTT-TATGTTGACAC
gi|37082 : TTTTCAG-A-GCCA----T-ATATT--CTC--G--CT-TATA--AA-TA--AA-GTG-T-TT
gi|37083 : TTTTCAG-A-GCCAACATT-ATA-T--CTA--T--CT-TATACCGA-GT--GA-GTG-T-TTCGGGGTA--G--TTTC-T--T-CG-TGAT-TATGTCGACAC
gi|37084 : TTTTCAG-A-GGCA----T-ATA-T--CTATCA--CT-TATT--AC-AG--GA-GTGTT-TTCGG--AT--AG-TTTCTT--T-CG-TGATGTATGTCG
gi|37085 : TTTTCAG-AAGCCAGTAAT-AT--T--CTA--G--CTATATA--AA-GA--GAAGTG-TGTTCAG--TTT-G--TTTC-T--T-CAATGGT-TATGTCGACAC
gi|37086 : TTTTAG-A-GCCA----T-ATA-TT-CTA--GACTT-TATA--AA-GA--G---TG-T-TTCGG--TA--G--TTTC-T--T-CA-TGGT-TATGT-GACAC