lowQualScore                  :                  11111                                                    2222222222222222                  111                                 11111                                                                                                111111111                                           11111111  1111111111111111                                 
lowQualScore                  :        2  2      00000 2  2   2 999  666666 2  2  2       33 33  666 2 4  2222222222222222  666 5555  2     555 33  2 33 33 5555555 2      2 2  00000 33 66666 666 33  2     33  2 2 5    33    66666   2    2 6 33 2 55   33   8 2 5 5 2  2  33     111111111 2 2 2         5 2 88888  2 444 2 55   5 2 11111111  0000000000000000    5  8888 55    5  33   2      
lowQualScore                  :        .  .      ..... .  .   . ...  ...... .  .  .       .. ..  ... . .  ................  ... ....  .     ... ..  . .. .. ....... .      . .  ..... .. ..... ... ..  .     ..  . . .    ..    .....   .    . . .. . ..   ..   . . . . .  .  ..     ......... . . .         . . .....  . ... . ..   . . ........  ................    .  .... ..    .  ..   .      
lowQualScore                  :        5  5      11111 4  4   4 111  888888 4  4  4       22 22  555 4 7  8888888888888888  999 3333  5     222 44  5 44 44 9999999 5      5 5  44444 44 22222 999 44  5     44  5 5 0    44    22222   5    5 1 44 5 99   77   0 7 3 3 7  5  44     111111111 5 5 5         0 5 88888  5 444 5 99   0 5 66666666  6666666666666666    0  1111 99    0  44   5      
consensus                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------G--TG---A----AA-GATCG-A-T--AA-A--A--T--A----A-AGTTAT-T-CA--TATA--T-----A---T--AG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCT-TGA--T-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AA--AATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
Reference ( gi|126801 )       : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------A--TG---A----AA-GATCG-G-T--AA-A--A--T--A----A-AGTTAT-T-CA--TAGA--T-----A---T--AG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCT-TTA--T-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AA--AATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126802                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---A-TA-ACA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------G--TG---A----AA-GATCG-A-T--AA-A--A--T--A----A-AGTTAT-T-CA--TATA--T-----A---T--AG-AAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCT-TGA--T-T--CCA--AAA-T-ATT-A-AG-AA--AATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126803                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T-G-T-------A-TT-TC-CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------A--TG---A----AA-GATCG-G-T--AA-A--A--TAAA----A-AGTTA--T-CA--TAGA--T-----AT--T--AG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCT-TTA--T-T--CC---AAT-T-A-T-A-AGAAA--AATAA-G--T----CTT-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126806                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAT---G-TA-TCA-T-G-TG------A-TT-TC-CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------A--TGG--A----AA-GATCG-GGT--AA-A--AATT--A----A-AATTAT-TTCA--TAGAATT-----A---T--AA-TAA----CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCT-TTA--T-T--CCA--AAAAT-A-T-A-AG-AA--AATAA-T--C----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATTGAAG--TTG-AAATCA
gi|126805                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G--TG---T-TAGC-------------A--TG---A----AA-AGTCG-G-T--AA-A--A--T--A----A-CGTTAT-T-CA--TAGA--T-----A---T--AGTTAAAA--CC-A-G-TGGAAGACTT-----TTT-GTC--TTA--T-T--CCA--AAAGT-A-T-A-AG-AA--AATAACG--T----C-T-ATATAGGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATTG-AG--CTGCAAATCA
gi|126808                     : AAAGAAG-GT-GT-GCA-T---A-AA---A-TTGGTG------A-T---C-CCTAAAG--G--TG---T---GC-------------G--TG---A----AA-G-TCA-A-T--AA-A-----T--A----A-AGTTAT-A-CA---ATA--T-----A---T--AG-TAAA---CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCT-TGA--T-T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AA--AATAA-A--T----C-T-A-TAA-GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATTA-AG--TTA-AA
gi|126807                     : AAAGAAG--T-GTTG-A-T---G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--T--TG---T-T-GC-------------A--AG---A----A--GATCG---T--AA-A--A--T--A----A-A-TTAT---CA--TA-A--T-----A---T--AG-TAAAA--CC-A-GTTGGA--A-TT-----TTT-GTCG-TTA--T-T--CCA--AAA---A-T-A-AG-AA--A--AA-G-------C-T-A-AAA---GTG-T-A------T-G---A-C--AAG-A-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATTGCAG--TTG-AA
gi|126809                     : AAAGAAG-GT-GTTGTA-TCC-G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-CC----AAAG--GAGTG---T-TTGC-------------AAATG---A----AA-GATCG---T--AA-A--A--T-------A-AGTTAT-T-CA--TAG---T-----AGCCC--AG-TAAAA---C-A-G-TGGA--ACCT-----TTT-GTC--TTA--T-TG-CCATCAAA-T-ATT-A-AG-AAATAATAA-AT-T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAG-A-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126810                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAC---G-TC-TCA-T-TTTA------T-TT-TC-TCAAAAG--G--TG---T-T-GC-------------G--TG---A----AA-GATCG-A-T--AA-C--A--T--A----A-AGTTAA-T-CA--AATA--T-----G---T--AA-TGAAA--TCGA-T-TGGA--AC-T-----TGT-GTCT-TGA--C-T--CAA--ACT-T-C-T-T-TG-AA--AATCA-C--T----T-T-T-AAAAACCTC-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TT--------G--T----C-TA-AT-A--A--TTTG-AG--TTT-AAATCA
gi|126804                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T--GT-------A-TT-TC-CCTAAA---G--TG---T-T-
gi|126811                     :  AAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TATTCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G--TG---T-T-GC-------------G--TGTCAA----GA-TATCGAA-T--AACA--A--T--A----A-AGTTATAT-CAATTGTT--T-----A---T--AG-T-AAA--CC-A-GTTGGA--ACTT-----TTT-GTCTATTC--A-T--CCA--AAA-T-A-T-A----GA--AATAA-AGTT----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAG-ACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126812                     :  AAGAAG--T-GTT-CA-TTAAG-CA-TTG-T-G-TG------A-TT-TC-C-TAAAGTTG--TG---TAT-GCG------------A--TG---A----AA-GATCG-A-T--AA-A--A--T--A----AGAGTTAT-T-CA---ATA--T-----A---T--AG-AAAAAACCC-A-A-TAGA--ACTT-----TTTTGTCT-TGA--T-T--CCA--AAA-T-A-TTA-AG-AA--AATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAG-A-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AATA-AGTATTG-AAATCA
gi|126813                     :   AGAAGTGTTGTTGCA-----G-TA-TCA-T-GGTG------A-TTGTT-CCTAAAG--G--CGGATT-T-GTCTTTCTTTCCAATA--TG---ACTAAAA-GA-CGTG-T--AA-ATCA--T--ACGTTA-AATTA----CA--AGAA--T-----A---TCTAG-TAAAA--CT-A-G-TGGA--ACTTCTTTCTTT-GTCT-TTAATT-T--CC
gi|126814                     :    GAAG-GT--TTGCA-T---G-TA-TCA-T-G-TG------A-CT-TC-CCTAAAG--G--TGT--T-T-GCT------------G--TG---A----AA-GATCG-GAT--AA-A--A--T-------A-AGTTAT-T-CA--T-TA--T-----A---T--AA-T-AAA--CC-A-G-TGAA--ACTT-----TTT-G-CT-TGA--T-TTCCCA--AAATT-A-T-G-AG-AA--AATAG---------C-TAA-AAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----C--A-AT----A--ATTA-AG--TTG--AATCA
gi|126815                     :     AAG-GT-GCGCCA-C---G-TC-TCG-T-GGTACATGCAA-TT-TC-CCTAAAT--G--TT---T-T-GC-------------G--CG---G----AG-GATCG-A-T--AA-A--A--T--A----A-ATTTAT-T-C----AAA--T-----A---T--A--TAAAA--CC-ATT-TGGA--ACTT-----ATG-GT-T-TGA--T-T--AGA--ATA-T-G-T-A-TG-AA--AATAA-T--T----T-T-A-ATAGAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--AT-TTTG-AG--TTT-AA
gi|126816                     :     AAG-AT-GTTGCA-T---G-TC-CCA-T-GTTA------A-TT-TC-CCTAGAG--G--TG---T-T-GC-------------A--TA---A----AA-GATCG-A-T--AA-A--T--T--A----A-A
gi|126817                     :        -GT-GTTGCAAT---ACTA-ACAAT-GGTG------AATT-TCGCCTAAAG--G--T------T-GC----------------TG---A----AA-G-TCG-A-T--AA-A--A--T--A----A-AGTTAT-T-CA--TATA--T-----A---T--AG-TAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCT-TGA--T-T--CCA--AAA-TAA-T-A-AG-AA--AAT-A-G--T----C-T-A-AAGGGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AA--TTG-AAATCAcattgctgaaaatatgtataaaagacgtgtattgtcaggaattagccgaaataattagaatttaaatca
gi|126818                     :                 A-T---G-CA-TCG-T-G-TG-----------TC-CCTAAAG-----TG---T-T-GC-------------G--TG---A----AAAGATCG-A-TGAAA-A--A--T--A----A-AGTTAT-T-T---TATA--T-----A---T--AT-GAGAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCT-G-A--TCT--GCA--AAA-T-C-TTACAG-AA--AATAA-G--T----C-T-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG---A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATTA-AG--CTG-AAATCA
gi|126819                     :                                                                                                                                         TAT-T-CA--TATA--TTATATA---T--AG-TACAA-----A-G-TG----ACTT-----TTT-GTCT-TGA--T-T--CCA--AAT-T-A-T-A-AG-----AATAA-G--TCTTAC-T-A-AAAGGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAG-A-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATGA-AG--TTT-AA
gi|126816                     :                                                                                                                                                                                                                                           G-AA--AATAT-G--T----A-T-A-AAAGACGTG-T-A-----TT-G---T-C--AGG-A-A--------TT--A-----G--C----CGAA-AT-A--A--TTAG-AA--TTT-AAATCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111111                                                                                                                                                                   111111111                                           11111111                                                   
lowQualScore                  :        2  2      99999 2  4   2 4 6  666666 2  2  2       33 999999  2 55555555555555 4  8888  666   2    2 888 33  2 33 33 33 5555 2 2     2 666  666 1 33 55555 666   2     33  2 2 4    33    55555   2     66 33 666 88   33   7 4 4 4 2  2   33    000000000 2 2 2         5 2 88888  2 444 2 55   5 2 11111111  9999999999999999    5  8888 55    5  33   2      
lowQualScore                  :        .  .      ..... .  .   . . .  ...... .  .  .       .. ......  . .............. .  ....  ...   .    . ... ..  . .. .. .. .... . .     . ...  ... . .. ..... ...   .     ..  . . .    ..    .....   .     .. .. ... ..   ..   . . . . .  .   ..    ......... . . .         . . .....  . ... . ..   . . ........  ................    .  .... ..    .  ..   .      
lowQualScore                  :        4  4      00000 2  4   2 4 7  444444 2  2  2       11 444444  2 33333333333333 4  9999  555   4    4 222 22  4 22 22 22 0000 4 4     2 111  999 8 11 66666 111   2     11  2 2 4    11    66666   2     11 11 111 33   22   1 7 7 7 4  4   22    222222222 4 5 5         0 5 88888  5 444 5 99   0 5 66666666  6666666666666666    0  1111 99    0  44   5      
consensus                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
Reference ( family-865 )      : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126801                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126802                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---A-TA-ACA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-AAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-ATT-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126803                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T-G-T-------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--TAAA----A-A-GTTA--T---CA--TAGA--T-----AT--TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CC---AAT-T-A-T-A-AGAAAA--ATAA-G--T----CTT-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126804                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T--GT-------A-TT-TC-CCTAAA---G------TG-T--------------T-
gi|126805                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------TAGC-A--TG---AAA-AGTC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-C-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAGTTAAAA--CC-A-G-TGGAAGACTT-----TTT-GTCTT--A--T---T--CCA--AAAGT-A-T-A-AG-AAA--ATAACG--T----C-T-ATATAGGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATTG-AG--CTGCAAATCA
gi|126806                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAT---G-TA-TCA-T-G-TG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TGG--AAA-GATC-G-GGT--AA-A--AATT--A----A-A-ATTAT-TT--CA--TAGAATT-----A---TAA-TAA----CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAAAT-A-T-A-AG-AAA--ATAA-T--C----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATTGAAG--TTG-AAATCA
gi|126807                     : AAAGAAG--T-GTTG-A-T---G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--T------TG-T--------------T-GC-A--AG---AA--GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A-A--TTAT-----CA--TA-A--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-GTTGGA--A-TT-----TTT-GTCGTT-A--T---T--CCA--AAA---A-T-A-AG-AAA----AA-G-------C-T-A-AAA---GTG-T-A------T-G---A-C--AAG-A-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATTGCAG--TTG-AA
gi|126808                     : AAAGAAG-GT-GT-GCA-T---A-AAAT---T-GGTG------A-T---C-CCTAAAG--G------TG-T----------------GC-G--TG---AAA-G-TC-A-A-T--AA-A-----T--A----A-A-GTTAT-A---CA---ATA--T-----A---TAG-TAAA---CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-A--T----C-T-A-TAA-GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATTA-AG--TTA-AA
gi|126809                     : AAAGAAG-GT-GTTGTA-TCC-G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-CC----AAAG--GAG----TG-T--------------TTGC-AAATG---AAA-GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A---GTTAT-T---CA--TA-G--T-----AGCCCAG-TAAAA--C--A-G-TGGA--ACCT-----TTT-GTCTT--A--T---TG-CCATCAAA-T-A-TTA-AG-AAATAATAA-A--TT---C-T-A-AAAGGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAG-A-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126810                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAC---G-TC-TCA-T-TTTA------T-TT-TC-TCAAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-C--A--T--A----A-A-GTTAA-T---CA--AATA--T-----G---TAA-TGAAA--TCGA-T-TGGA--AC-T-----TGT-GTCTTG-A--C---T--CAA--ACT-T-C-T-T-TG-AAA--ATCA-C--T----T-T-T-AAAAACCTC-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TT--------G--T----C-TA-AT-A--A--TTTG-AG--TTT-AAATCA
gi|126811                     :  AAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TATTCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TGTCAAGA-TATC-GAA-T--AACA--A--T--A----A-A-GTTATAT---CAATTGTT--T-----A---TAG-T-AAA--CC-A-GTTGGA--ACTT-----TTT-GTCT---A--TTCAT--CCA--AAA-T-A-T-A----GAA--ATAA-AGTT----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAG-ACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126812                     :  AAGAAG--T-GTT-CA-TTAAG-CA-TTG-T-G-TG------A-TT-TC-C-TAAAGTTG------TG-TA-------------T-GC-GA-TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----AGA-GTTAT-T---CA---ATA--T-----A---TAG-AAAAAACCC-A-A-TAGA--ACTT-----TTTTGTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-TTA-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAG-A-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AATA-AGTATTG-AAATCA
gi|126813                     :   AGAAGTGTTGTTGCA-----G-TA-TCA-T-GGTG------A-TTGTT-CCTAAAG--GCGGATTTG-TCTTTCTTTCCAATAT-GA-C--TA---AAA-GA-C-GTG-T--AA-ATCA--T--ACGTTA-A-ATTA------CAAGAATA--T-----C---TAG-TAAAA--CT-A-G-TGGA--ACTTCTTTCTTT-GTCTTT-AATT---T--CC
gi|126814                     :    GAAG-GT--TTGCA-T---G-TA-TCA-T-G-TG------A-CT-TC-CCTAAAG--G------TGTT--------------T-GCTG--TG---AAA-GATCGG-A-T--AA-A--A--T-------A-A-GTTAT-T---CA--T-TA--T-----A---TAA-T-AAA--CC-A-G-TGAA--ACTT-----TTT-G-CTTG-A--T---TTCCCA--AAATT-A-T-G-AG-AAA--ATAG---------C-TAA-AAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----C--A-AT----A--ATTA-AG--TTG--AATCA
gi|126815                     :     AAG-GT-GCGCCA-C---G-TC-TCG-T-GGTACATGCAA-TT-TC-CCTAAAT--G------TT-T--------------T-GC-G--CG---GAG-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-TTTAT-T---CA--AATA--T-----A-------TAAAA--CC-ATT-TGGA--ACTT-----ATG-GT-TTG-A--T---T--AGA--ATA-T-G-T-A-TG-AAA--ATAA-T--T----T-T-A-ATAGAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--AT-TTTG-AG--TTT-AA
gi|126816                     :     AAG-AT-GTTGCA-T---G-TC-CCA-T-GTTA------A-TT-TC-CCTAGAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TA---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--T--T--A----A-ACATTGC-TGAAAA--TATG--T-----A---TAA--AAGA--C----G-TGTA------------TT-GTCAGGAA--T---TAGCCG--AAA-TAA-T-T-AG-AAT--TTAA-A--T----C-
gi|126817                     :        -GT-GTTGCAAT---ACTA-ACAAT-GGTG------AATT-TCGCCTAAAG--G------T-----------------T-GC----TG---AAA-G-TC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-TAA-T-A-AG-AAA--AT-A-G--T----C-T-A-AAGGGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AA--TTG-AAATCAa
gi|126818                     :                 A-T---G-CA-TCG-T-G-TG-----------TC-CCTAAAG---------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAAAGATC-G-A-TGAAA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---T---TATA--T-----A---TAT-GAGAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTC-TG-A--TC--T--GCA--AAA-T-CTT-ACAG-AAA--ATAA-G--T----C-T-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG---A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATTA-AG--CTG-AAATCA
gi|126819                     :                                                                                                                                          TAT-T---CA--TATA--TTATATA---TAG-TACAA-----A-G-TG----ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAT-T-A-T-A-AG---A--ATAA-G--TCTTAC-T-A-AAAGGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAG-A-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATGA-AG--TTT-AA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111111                                                                                                                                                                   111111111                                           11111111                                                   
lowQualScore                  :        2  2      99999 2  4   2 4 6  666666 2  2  2       33 999999  2 55555555555555 4  8888  666   2    2 888 33  2 33 33 33 5555 2 2     2 666  666 1 33 55555 666   2     33  2 2 4    33    55555   2     66 33 666 88   33   7 4 4 4 2  2   33    000000000 2 2 2         5 2 88888  2 444 2 55   5 2 11111111  9999999999999999    5  8888 55    5  33   2      
lowQualScore                  :        .  .      ..... .  .   . . .  ...... .  .  .       .. ......  . .............. .  ....  ...   .    . ... ..  . .. .. .. .... . .     . ...  ... . .. ..... ...   .     ..  . . .    ..    .....   .     .. .. ... ..   ..   . . . . .  .   ..    ......... . . .         . . .....  . ... . ..   . . ........  ................    .  .... ..    .  ..   .      
lowQualScore                  :        4  4      00000 2  4   2 4 7  444444 2  2  2       11 444444  2 33333333333333 4  9999  555   4    4 222 22  4 22 22 22 0000 4 4     2 111  999 8 11 66666 111   2     11  2 2 4    11    66666   2     11 11 111 33   22   1 7 7 7 4  4   22    222222222 4 5 5         0 5 88888  5 444 5 99   0 5 66666666  6666666666666666    0  1111 99    0  44   5      
consensus                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
Reference ( family-865 )      : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126801                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126802                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---A-TA-ACA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-AAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-ATT-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126803                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T-G-T-------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--TAAA----A-A-GTTA--T---CA--TAGA--T-----AT--TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CC---AAT-T-A-T-A-AGAAAA--ATAA-G--T----CTT-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126804                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T--GT-------A-TT-TC-CCTAAA---G------TG-T--------------T-
gi|126805                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------TAGC-A--TG---AAA-AGTC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-C-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAGTTAAAA--CC-A-G-TGGAAGACTT-----TTT-GTCTT--A--T---T--CCA--AAAGT-A-T-A-AG-AAA--ATAACG--T----C-T-ATATAGGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATTG-AG--CTGCAAATCA
gi|126806                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAT---G-TA-TCA-T-G-TG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TGG--AAA-GATC-G-GGT--AA-A--AATT--A----A-A-ATTAT-TT--CA--TAGAATT-----A---TAA-TAA----CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAAAT-A-T-A-AG-AAA--ATAA-T--C----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATTGAAG--TTG-AAATCA
gi|126807                     : AAAGAAG--T-GTTG-A-T---G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--T------TG-T--------------T-GC-A--AG---AA--GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A-A--TTAT-----CA--TA-A--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-GTTGGA--A-TT-----TTT-GTCGTT-A--T---T--CCA--AAA---A-T-A-AG-AAA----AA-G-------C-T-A-AAA---GTG-T-A------T-G---A-C--AAG-A-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATTGCAG--TTG-AA
gi|126808                     : AAAGAAG-GT-GT-GCA-T---A-AAAT---T-GGTG------A-T---C-CCTAAAG--G------TG-T----------------GC-G--TG---AAA-G-TC-A-A-T--AA-A-----T--A----A-A-GTTAT-A---CA---ATA--T-----A---TAG-TAAA---CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-A--T----C-T-A-TAA-GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATTA-AG--TTA-AA
gi|126809                     : AAAGAAG-GT-GTTGTA-TCC-G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-CC----AAAG--GAG----TG-T--------------TTGC-AAATG---AAA-GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A---GTTAT-T---CA--TA-G--T-----AGCCCAG-TAAAA--C--A-G-TGGA--ACCT-----TTT-GTCTT--A--T---TG-CCATCAAA-T-A-TTA-AG-AAATAATAA-A--TT---C-T-A-AAAGGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAG-A-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126810                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAC---G-TC-TCA-T-TTTA------T-TT-TC-TCAAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-C--A--T--A----A-A-GTTAA-T---CA--AATA--T-----G---TAA-TGAAA--TCGA-T-TGGA--AC-T-----TGT-GTCTTG-A--C---T--CAA--ACT-T-C-T-T-TG-AAA--ATCA-C--T----T-T-T-AAAAACCTC-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TT--------G--T----C-TA-AT-A--A--TTTG-AG--TTT-AAATCA
gi|126811                     :  AAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TATTCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TGTCAAGA-TATC-GAA-T--AACA--A--T--A----A-A-GTTATAT---CAATTGTT--T-----A---TAG-T-AAA--CC-A-GTTGGA--ACTT-----TTT-GTCT---A--TTCAT--CCA--AAA-T-A-T-A----GAA--ATAA-AGTT----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAG-ACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126812                     :  AAGAAG--T-GTT-CA-TTAAG-CA-TTG-T-G-TG------A-TT-TC-C-TAAAGTTG------TG-TA-------------T-GC-GA-TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----AGA-GTTAT-T---CA---ATA--T-----A---TAG-AAAAAACCC-A-A-TAGA--ACTT-----TTTTGTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-TTA-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAG-A-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AATA-AGTATTG-AAATCA
gi|126813                     :   AGAAGTGTTGTTGCA-----G-TA-TCA-T-GGTG------A-TTGTT-CCTAAAG--GCGGATTTG-TCTTTCTTTCCAATAT-GA-C--TA---AAA-GA-C-GTG-T--AA-ATCA--T--ACGTTA-A-ATTA------CAAGAATA--T-----C---TAG-TAAAA--CT-A-G-TGGA--ACTTCTTTCTTT-GTCTTT-AATT---T--CC
gi|126814                     :    GAAG-GT--TTGCA-T---G-TA-TCA-T-G-TG------A-CT-TC-CCTAAAG--G------TGTT--------------T-GCTG--TG---AAA-GATCGG-A-T--AA-A--A--T-------A-A-GTTAT-T---CA--T-TA--T-----A---TAA-T-AAA--CC-A-G-TGAA--ACTT-----TTT-G-CTTG-A--T---TTCCCA--AAATT-A-T-G-AG-AAA--ATAG---------C-TAA-AAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----C--A-AT----A--ATTA-AG--TTG--AATCA
gi|126815                     :     AAG-GT-GCGCCA-C---G-TC-TCG-T-GGTACATGCAA-TT-TC-CCTAAAT--G------TT-T--------------T-GC-G--CG---GAG-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-TTTAT-T---CA--AATA--T-----A-------TAAAA--CC-ATT-TGGA--ACTT-----ATG-GT-TTG-A--T---T--AGA--ATA-T-G-T-A-TG-AAA--ATAA-T--T----T-T-A-ATAGAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--AT-TTTG-AG--TTT-AA
gi|126816                     :     AAG-AT-GTTGCA-T---G-TC-CCA-T-GTTA------A-TT-TC-CCTAGAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TA---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--T--T--A----A-ACATTGC-TGAAAA--TATG--T-----A---TAA--AAGA--C----G-TGTA------------TT-GTCAGGAA--T---TAGCCG--AAA-TAA-T-T-AG-AAT--TTAA-A--T----C-
gi|126817                     :        -GT-GTTGCAAT---ACTA-ACAAT-GGTG------AATT-TCGCCTAAAG--G------T-----------------T-GC----TG---AAA-G-TC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-TAA-T-A-AG-AAA--AT-A-G--T----C-T-A-AAGGGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AA--TTG-AAATCAa
gi|126818                     :                 A-T---G-CA-TCG-T-G-TG-----------TC-CCTAAAG---------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAAAGATC-G-A-TGAAA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---T---TATA--T-----A---TAT-GAGAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTC-TG-A--TC--T--GCA--AAA-T-CTT-ACAG-AAA--ATAA-G--T----C-T-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG---A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATTA-AG--CTG-AAATCA
gi|126819                     :                                                                                                                                          TAT-T---CA--TATA--TTATATA---TAG-TACAA-----A-G-TG----ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAT-T-A-T-A-AG---A--ATAA-G--TCTTAC-T-A-AAAGGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAG-A-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATGA-AG--TTT-AA


blockSeqs                     :        T  T      TTAA  C  A   A T G  CATGCA A  G  G       TT CGGATT  T CTTTCTTTCCAATA A  AAA   TCA   A    G GG  GA  C TC AT AA CGTT G C     A GAA  ATT T AT TATAT GCC   T     AC  G T T    AG    CTTTC   T     GA AT TCA TC   TC   G A T T C  A   TA    GTCTTA    T A T         T G AATAT  A GAA T AA   A C ATGTAGAT  ACGATGGTACCA        C  AGT  TG    A  TA   C
blockSeqs                     :        .  .      TCC   .  T   . T G  .      .  .  .       .  AG      . A              T  GA    G     .    . AA  .   . .  .  .  .    . .     . T    AGA G .  .     T     .     .   . . T    .     .       .     G  .  C   AG   .    A A T T .  .   .     AGTT      . . .         T . G      . .   . A    A . T         AGGTT               C  AA   T     C  .    .
blockSeqs                     :        .  .      AT    .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  TG    .     .    . TG  .   . .  .  .  .    . .     . .    T   G .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     T  .  .   G    .    T . . . .  .   .     CGT       . . .         . . .      . .   . .    . . .         CGAGC               .  AC   .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      AC    .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   G .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     T  .  .   .    .    . . . . .  .   .     ATT       . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGCT                .  AA   .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      AT    .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  A     .     .    . G   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     T  .  .   .    .    . . . . .  .   .     GT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGTC                .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  A     .     .    . G   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     GT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . T  .      .  .  .       .  .       . .              .  A     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     TC        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  A     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     AT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    A   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     T  .  .   .    .    . . . . .  .   .     CT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     GT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . T  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    A   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     TT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGT                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . G  .      .  .  .       .  .       . .              .  C     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     AT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         AGC                 .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . .  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     GT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         TT                  .  A    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      C     .  .   . . .  .      .  .  .       .  .       . .              .  A     .     .    . A   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     G  .  .   .    .    . . . . .  .   .     GT        . . .         . . .      . .   . .    . . .         GT                  .  .    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . .  .      .  .  .       .  .       . .              .  G     .     .    . .   .   . .  .  .  .    . .     . .    T   T .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     .  .  .   .    .    . . . . .  .   .     G         . . .         . . .      . .   . .    . . .         A                   .  .    .     .  .    .
blockSeqs                     :        .  .      T     .  .   . . .  .      .  .  .       .  .       . .              .  .     .     .    . .   .   . .  .  .  .    . .     . .    .   . .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     .  .  .   .    .    . . . . .  .   .     .         .                                                                                              
blockSeqs                     :                  .     .  .   . . .  .      .  .  .       .  .       . .              .                                                     . .    .   . .  .     .     .     .   . . .    .     .       .     .  .  .   .                                                                                                                                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
finalCons                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111111                                                                                                                                                                   111111111                                           11111111                                                   
lowQualScore                  :        2  2      99999 2  4   2 4 6  666666 2  2  2       33 999999  2 55555555555555 4  8888  666   2    2 888 33  2 33 33 33 5555 2 2     2 666  666 1 33 55555 666   2     33  2 2 4    33    55555   2     66 33 666 88   33   7 4 4 4 2  2   33    000000000 2 2 2         5 2 88888  2 444 2 55   5 2 11111111  9999999999999999    5  8888 55    5  33   2      
lowQualScore                  :        .  .      ..... .  .   . . .  ...... .  .  .       .. ......  . .............. .  ....  ...   .    . ... ..  . .. .. .. .... . .     . ...  ... . .. ..... ...   .     ..  . . .    ..    .....   .     .. .. ... ..   ..   . . . . .  .   ..    ......... . . .         . . .....  . ... . ..   . . ........  ................    .  .... ..    .  ..   .      
lowQualScore                  :        4  4      00000 2  4   2 4 7  444444 2  2  2       11 444444  2 33333333333333 4  9999  555   4    4 222 22  4 22 22 22 0000 4 4     2 111  999 8 11 66666 111   2     11  2 2 4    11    66666   2     11 11 111 33   22   1 7 7 7 4  4   22    222222222 4 5 5         0 5 88888  5 444 5 99   0 5 66666666  6666666666666666    0  1111 99    0  44   5      
consensus                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
Reference ( family-865 )      : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126801                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126802                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---A-TA-ACA-T-GGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-AAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-ATT-A-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GC-T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126803                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T-G-T-------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TG---AAA-GATC-G-G-T--AA-A--A--TAAA----A-A-GTTA--T---CA--TAGA--T-----AT--TAG-TAAAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CC---AAT-T-A-T-A-AGAAAA--ATAA-G--T----CTT-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126804                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TAA-T--GT-------A-TT-TC-CCTAAA---G------TG-T--------------T-
gi|126805                     : AAAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TA-TCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------TAGC-A--TG---AAA-AGTC-G-G-T--AA-A--A--T--A----A-C-GTTAT-T---CA--TAGA--T-----A---TAGTTAAAA--CC-A-G-TGGAAGACTT-----TTT-GTCTT--A--T---T--CCA--AAAGT-A-T-A-AG-AAA--ATAACG--T----C-T-ATATAGGT-TG-T-A-----TT-G---A----AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-ATAA--A--ATTG-AG--CTGCAAATCA
gi|126806                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAT---G-TA-TCA-T-G-TG------A-TT-TC-CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TGG--AAA-GATC-G-GGT--AA-A--AATT--A----A-A-ATTAT-TT--CA--TAGAATT-----A---TAA-TAA----CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTCTTT-A--T---T--CCA--AAAAT-A-T-A-AG-AAA--ATAA-T--C----C-T-A-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--A-----GGTT----CAAA-AT-AGTA--ATTGAAG--TTG-AAATCA
gi|126807                     : AAAGAAG--T-GTTG-A-T---G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-TC-CCTAAAG--T------TG-T--------------T-GC-A--AG---AA--GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A-A--TTAT-----CA--TA-A--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-GTTGGA--A-TT-----TTT-GTCGTT-A--T---T--CCA--AAA---A-T-A-AG-AAA----AA-G-------C-T-A-AAA---GTG-T-A------T-G---A-C--AAG-A-A---------T--A-----G--T----CAAA-A--A--A--ATTGCAG--TTG-AA
gi|126808                     : AAAGAAG-GT-GT-GCA-T---A-AAAT---T-GGTG------A-T---C-CCTAAAG--G------TG-T----------------GC-G--TG---AAA-G-TC-A-A-T--AA-A-----T--A----A-A-GTTAT-A---CA---ATA--T-----A---TAG-TAAA---CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-T-A-AG-AAA--ATAA-A--T----C-T-A-TAA-GTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG-A-A--------TT--------T--T----CAAACAT----A--ATTA-AG--TTA-AA
gi|126809                     : AAAGAAG-GT-GTTGTA-TCC-G-TA-TCA-TTGGTG------A-TT-CC----AAAG--GAG----TG-T--------------TTGC-AAATG---AAA-GATC-G---T--AA-A--A--T--A----A---GTTAT-T---CA--TA-G--T-----AGCCCAG-TAAAA--C--A-G-TGGA--ACCT-----TTT-GTCTT--A--T---TG-CCATCAAA-T-A-TTA-AG-AAATAATAA-A--TT---C-T-A-AAAGGTGTG-T-AAATATTT-GGAAA-CAAAAG-A-AATGTAGATTT--ACGATGG--TACCACAAA-AT-AC-A--ATTG-AG--TTG-AAATCA
gi|126810                     : AAAGAAG-GT-GTTGCAAC---G-TC-TCA-T-TTTA------T-TT-TC-TCAAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-C--A--T--A----A-A-GTTAA-T---CA--AATA--T-----G---TAA-TGAAA--TCGA-T-TGGA--AC-T-----TGT-GTCTTG-A--C---T--CAA--ACT-T-C-T-T-TG-AAA--ATCA-C--T----T-T-T-AAAAACCTC-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TT--------G--T----C-TA-AT-A--A--TTTG-AG--TTT-AAATCA
gi|126811                     :  AAGAAG-GT-GTTGCA-T---G-TATTCA-T-GGTG------A-TT-T--CCTAAAG--G------TG-T--------------T-GC-G--TGTCAAGA-TATC-GAA-T--AACA--A--T--A----A-A-GTTATAT---CAATTGTT--T-----A---TAG-T-AAA--CC-A-GTTGGA--ACTT-----TTT-GTCT---A--TTCAT--CCA--AAA-T-A-T-A----GAA--ATAA-AGTT----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TTAG---A-C--AAG-ACA--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--ATGTTTA-AG--TTG-AAATCA
gi|126812                     :  AAGAAG--T-GTT-CA-TTAAG-CA-TTG-T-G-TG------A-TT-TC-C-TAAAGTTG------TG-TA-------------T-GC-GA-TG---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----AGA-GTTAT-T---CA---ATA--T-----A---TAG-AAAAAACCC-A-A-TAGA--ACTT-----TTTTGTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-T-A-TTA-AG-AAA--ATAA-G--T----C-T-A-AAAGGTGTGTT-A-----TT-G---A-C--AAG-A-CT-------TT--A-----G--TC---CAAACAT-A--A--AATA-AGTATTG-AAATCA
gi|126813                     :   AGAAGTGTTGTTGCA-----G-TA-TCA-T-GGTG------A-TTGTT-CCTAAAG--GCGGATTTG-TCTTTCTTTCCAATAT-GA-C--TA---AAA-GA-C-GTG-T--AA-ATCA--T--ACGTTA-A-ATTA------CAAGAATA--T-----C---TAG-TAAAA--CT-A-G-TGGA--ACTTCTTTCTTT-GTCTTT-AATT---T--CC
gi|126814                     :    GAAG-GT--TTGCA-T---G-TA-TCA-T-G-TG------A-CT-TC-CCTAAAG--G------TGTT--------------T-GCTG--TG---AAA-GATCGG-A-T--AA-A--A--T-------A-A-GTTAT-T---CA--T-TA--T-----A---TAA-T-AAA--CC-A-G-TGAA--ACTT-----TTT-G-CTTG-A--T---TTCCCA--AAATT-A-T-G-AG-AAA--ATAG---------C-TAA-AAAGGTGTG-TGA-----TT-G---A-C--AAGAA-A--------TT--A-----G--T----C--A-AT----A--ATTA-AG--TTG--AATCA
gi|126815                     :     AAG-GT-GCGCCA-C---G-TC-TCG-T-GGTACATGCAA-TT-TC-CCTAAAT--G------TT-T--------------T-GC-G--CG---GAG-GATC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-TTTAT-T---CA--AATA--T-----A-------TAAAA--CC-ATT-TGGA--ACTT-----ATG-GT-TTG-A--T---T--AGA--ATA-T-G-T-A-TG-AAA--ATAA-T--T----T-T-A-ATAGAATTG-T-A-----TT-G---A-C--AAT-A-A--------TTCGA-----G--C----CTAA-AT-A--AT-TTTG-AG--TTT-AA
gi|126816                     :     AAG-AT-GTTGCA-T---G-TC-CCA-T-GTTA------A-TT-TC-CCTAGAG--G------TG-T--------------T-GC-A--TA---AAA-GATC-G-A-T--AA-A--T--T--A----A-ACATTGC-TGAAAA--TATG--T-----A---TAA--AAGA--C----G-TGTA------------TT-GTCAGGAA--T---TAGCCG--AAA-TAA-T-T-AG-AAT--TTAA-A--T----C-
gi|126817                     :        -GT-GTTGCAAT---ACTA-ACAAT-GGTG------AATT-TCGCCTAAAG--G------T-----------------T-GC----TG---AAA-G-TC-G-A-T--AA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---CA--TATA--T-----A---TAG-TAAAA--CC-A-G-TAGA--ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAA-TAA-T-A-AG-AAA--AT-A-G--T----C-T-A-AAGGGTGTG-T-AG----TT-G---A-CA-AAG-A-A--------TT--A-----G--T----CAAA-AT-A--A--ATTA-AA--TTG-AAATCAa
gi|126818                     :                 A-T---G-CA-TCG-T-G-TG-----------TC-CCTAAAG---------TG-T--------------T-GC-G--TG---AAAAGATC-G-A-TGAAA-A--A--T--A----A-A-GTTAT-T---T---TATA--T-----A---TAT-GAGAA--CC-A-G-TGGA--ACTT-----TTT-GTC-TG-A--TC--T--GCA--AAA-T-CTT-ACAG-AAA--ATAA-G--T----C-T-T-AAAGGTGTG-T-A-----TT-G---A-C--AAG---A--------TT--A-----G--C----CAAA-ATAA--A--ATTA-AG--CTG-AAATCA
gi|126819                     :                                                                                                                                          TAT-T---CA--TATA--TTATATA---TAG-TACAA-----A-G-TG----ACTT-----TTT-GTCTTG-A--T---T--CCA--AAT-T-A-T-A-AG---A--ATAA-G--TCTTAC-T-A-AAAGGTGTG-C-A-----TT-G---ATC--AAG-A-T--------TT--A--------------AAG-AT-A--G--ATGA-AG--TTT-AA