lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 666 2 1 33 1 1 333 555 1 33 1 1 1 1 3 33 77777777 1 22 1 444 5555555 888888888888 33333 3 22 1 6666666666666666666666666 1 666 44 444 22
lowQualScore : ... . . .. . . ... ... . .. . . . . . .. ........ . .. . ... ....... ............ ..... . .. . ......................... . ... .. ... ..
lowQualScore : 666 2 5 77 5 5 000 000 2 77 5 5 6 6 2 88 88888888 7 33 7 666 4444444 555555555555 22222 3 33 7 2222222222222222222222222 7 999 66 666 66
consensus : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
Reference ( gi|111627 ) : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----C--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111628 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-AGTAACCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111632 : ATATGTTTT-GGTA---C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-TA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111629 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CTTC-G-AGTA-CCAAGA---A-TTT-GG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------G---ACGGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111633 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G----C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------G---A--GG-ACC--AAAT-CGA-----T--G-----------G----C-GA---GAGAGATAAG---TTTAACAA--CATA
gi|111630 : ATATGCT---GATAAA-C--GTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111635 : ATATGTT---GATAAA-C--TTTT-CT-C-A-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----T-GA-T--G-AA---G-------T------------G---A-GGG-ATC--AAAC-TGAG----T--A-----------G----T-GA---GAGAA--AAG---ATTAACAA--CATA
gi|111631 : ATATGCT---GATAAA-C--GTA--CT-C-A-AGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111634 : ATATGTT---GGTAAA-C--CTTT-TT-C-G-AGTA-TCACAAG--A-TTT-GG-T-G-C--A-----G-AG-T--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-TGAG----T--G-----------G----T-GA---GAGAA--ACG---TTTAAC
gi|111636 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-AGT--CCAAGAG--ATTTT-GGTT-G-C--CG----G-AG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGA---C--AAAT-CGA--------G-----------G----C-GA---G-GAG--AAG----TTAACAA--CATA
gi|111637 : ATATGTT---GGTAAATC--TTTT-AT-C-G-AGTA-CAAAGAG----TTT-GG-TGG-C--C-----G-AGAC--G-AAG--G-------C------------G---A-GGG-A-C--AAAT-CGAG----TG-G-----------G----C-GA---GAGAATCAAG---TTTAA-GA--CATA
gi|111638 : ACATGTT---GGTAAA-CC-TTTT-CT-C-G-AGTATCCAAGAG--A-TGAAGG-T-G-CG-C-----G-AG-TTGA-AA---G-------C------------A---A-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GAG--GAGAA--AAAGTTTTTAACCA--CA
gi|111639 : ATATGTTTTTGGTAAA-CCATTTT-CT-CGG-AGTA--CAAGAG--A-T----G-T-G-C--CCCCCAG-GG----G-AG---G-------CGGGGAGGGGTCGG---G-GGG-ACC--AAAT-CGAG----T--G-----------G----C-GA---GAGAA--AA----TTTAACAA--CAT
gi|111642 : ATACTTT---GATAAT-T--TTTTTCT-C-G-AGTT-TCAATAG--A-TCT-AG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G----------------------------------------CGAG----C--G-----------G----C-GA---GAGAA--AAG---TTTAACA
gi|111640 : ATATGTT---G-TAAA-C--TTTT-CT-C---AGTA--CAAGAGT-A-TTT-GG-T-G-CGGC-----G-AG-C--G-AA---GGACCAATC------------G---C-GGGTACT--GATTACAAG----C--GAAAGAGAGTGTG----C-GA---GAGAA--AAGT--TTTAACAAGCCATA
gi|111641 : ATACATT---AATAAA-C--TTTT-CT-A-G-GATA-CTCCGAA--G-TTT-GC-T-GTC--C-----A-GG-G--G-AA---G-------C------------A---A-GGG-ACA--ATAT-TGAG----T--G-----------G----C-GA---GGTTA--AAG---TTTAAGAA--CAT
gi|111643 : ATATGTT---GGTAGA-C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-
gi|111628 : TATGTT---GTTAAA-C--TTTT-CT-C-T-CG---CCACTCG--A-TTT-GG-T-C-C--C-----T-CG-C--T-TC---G-------C------------T---C-GGC-ACC--AAAT-CTCT----T--G-----------G----T-TACTCGAGAA--AAG---TTTACCAA--CATA
gi|111632 : aTATGTT---GTTAAA-C--TTTT-CT-C-T-CG---CCACTCG--A-TTT-GG-T-C-C--C-----T-CG-C--T-AC---G-------C------------T---C-GGC-ACC--AAAT-CTCT----T--G-----------GTA--C-TC---GAGAA--AAG---TACCAAAA--CATA
gi|111629 : aTATGTT---GTTAAA-C--TTTT-CT-C-T-CG---CCACTCG--A-TTT-GG-T-C-C--C-----G--T-C--G-CT---T-------C------------GCTCC-GGC-ACC--AAAT-T-------CTTG-----------GTACTC-GA----AGAA--AAG---TTTACCAA--CATA
gi|111633 : aTATGTT---GTTAAA-C--TTAT-CT-C-T-CTCG-CCA-TCG--A-TTT-GG-T---C--C-----T-CG-C--T-TC---G-------C------------T---C-GC--ACC--AAAT-CTCT----T--G-----------GTA--C-TC---GAGAA--AAG---TTTACCAA--CATA
gi|111630 : aTATGTT---GTTAAA-C--TTTT-CT-C-T-CG---CCACTCG--A-TTT-GG-T-C-C--C-----T-CG-C--T-TC---G-------C------------G---C-CTC-ACC--AAAT---AT----CTTG-----------GTA--C-TC---GAGAA--ACG---TTTATCAG--CATA
gi|111635 : aTATGTT---GTTAAT-C--TTTT-CT-C-TCACTA-CTCAG------TTT-GA-T-C-C--C-----T-CA-C--T-TC---A-------T------------C---A-GGC-ACC--AAAT-CTCT----T--G-----------GTA--C-TT---GAGAA--AAG---TTTATCAA--CATA
gi|111631 : aTATGTT---GTTAAA-C--TTTT-CT-C-T-CG---CCACTCG--A-TTT-GG-T-C-C--C-----
gi|111644 : atatgctgataaacgtactcaagtaccaagatatttggtgaggcgcgaagcgaTATGTG---CGTAAA-C--TTTT-CT-C-G--GT--CCA-GAG--A-ATT-TG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------G---A-GGG-ACC--AAAT-CG-G----T--G-----------G----C-GA---G-GGA--AAG---TTTAACAA--CACA
gi|111645 : TATGTTT--GGTAA--C--TTTT-CT-C-G-GTTA-CCAAGAGATA-TTC-GG-T-GAC--T-----G-AG-C--ATAA---G-------C------------G---A-GGGCACCCAAGAT-CGAAAAGCC--T-----------G----C-GATG-GAG-A--AGG---TTTAAC
gi|111646 : A-C--TTTT-CT-C-G-AGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-GAATCG-------G------------G---A-GGG-AC----AAT-TGAG----T--G-----------G----CGGA---GAGAC--AGT---TTTAAC-A--CATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 888 2 44 2 2 2 4 44 2 2 2 2 4 55 77777 4 2 22 2 555 22222222222222222222 2 4 22222222222 4444 2 2 2 55 55 555 33
lowQualScore : ... . .. . . . . .. . . . . . .. ..... . . .. . ... .................... . . ........... .... . . . .. .. ... ..
lowQualScore : 777 0 88 0 0 0 0 88 0 0 1 1 2 00 44444 2 1 99 1 888 44444444444444444444 1 2 99999999999 5555 1 1 1 00 88 888 44
consensus : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
Reference ( family-856 ) : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111627 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111628 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTAACCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111629 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CTTC-GAGTA-CCAAGA---A-TTT-GG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GACGGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111630 : ATATGCT---GATAAA-C--GTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111631 : ATATGCT---GATAAA-C--GTA--CT-C-AAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111632 : ATATGTTTT-GGTA---C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-TA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111633 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G----C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA--GG-ACC-----------AAATCGA-----T-G-GC-GA--GAGAGATAAG---TTTAACAA--CATA
gi|111634 : ATATGTT---GGTAAA-C--CTTT-TT-C-GAGTA-TCACAAG--A-TTT-GG-T-G-C--A-----G-AG-T--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATTGAG----T-G-GT-GA--GAGAA--ACG---TTTAAC
gi|111635 : ATATGTT---GATAAA-C--TTTT-CT-C-AAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----T-GA-T--G-AA---G-------T------------GA-GGG-ATC-----------AAACTGAG----T-A-GT-GA--GAGAA--AAG---ATTAACAA--CATA
gi|111636 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGT--CCAAGAG--ATTTT-GGTT-G-C--CG----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGA---C-----------AAATCGA-------G-GC-GA--G-GAG--AAG----TTAACAA--CATA
gi|111637 : ATATGTT---GGTAAATC--TTTT-AT-C-GAGTA-CAAAGAG----TTT-GG-TGG-C--C-----G-AGAC--G-AAG--G-------C------------GA-GGG-A-C-----------AAATCGAG----TGG-GC-GA--GAGAATCAAG---TTTAA-GA--CATA
gi|111638 : ACATGTT---GGTAAA-CC-TTTT-CT-C-GAGTATCCAAGAG--A-TGAAGG-T-G-CG-C-----G-AG-TTGA-AA---G-------C------------AA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GAG-GAGAA--AAAGTTTTTAACCA--CA
gi|111639 : ATATGTTTTTGGTAAA-CCATTTT-CT-CGGAGTA--CAAGAG--A-T----G-T-G-C--CCCCCAG-GG----G-AG---G-------CGGGGAGGGGTCGGG-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AA----TTTAACAA--CAT
gi|111640 : ATATGTT---G-TAAA-C--TTTT-CT-C--AGTA--CAAGAGT-A-TTT-GG-T-G-CGGC-----G-AG-C--G-AA---GGACCAATC------------GC-GGGTACTGATTACAAGCGAAAGAGAG----T-GTGC-GA--GAGAA--AAGT--TTTAACAAGCCATA
gi|111641 : ATACATT---AATAAA-C--TTTT-CT-A-GGATA-CTCCGAA--G-TTT-GC-T-GTC--C-----A-GG-G--G-AA---G-------C------------AA-GGG-ACA-----------ATATTGAG----T-G-GC-GA--GGTTA--AAG---TTTAAGAA--CAT
gi|111642 : ATACTTT---GATAAT-T--TTTTTCT-C-GAGTT-TCAATAG--A-TCT-AG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G---------------------------------------------CGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACA
gi|111643 : ATATGTT---GGTAGA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-
gi|111644 : TATGTG---CGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-GT--CCA-GAG--A-ATT-TG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCG-G----T-G-GC-GA--G-GGA--AAG---TTTAACAA--CACA
gi|111645 : TATGTTT--GGTAA--C--TTTT-CT-C-GGTTA-CCAAGAGATA-TTC-GG-T-GAC--T-----G-AG-C--ATAA---G-------C------------GA-GGGCACCCA---------AGATCGAAAAGCC-T-GC-GATGGAG-A--AGG---TTTAAC
gi|111646 : A-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-GAATCG-------G------------GA-GGG-AC-------------AATTGAG----T-G-GCGGA--GAGAC--AGT---TTTAAC-A--CATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 888 2 44 2 2 2 4 44 2 2 2 2 4 55 77777 4 2 22 2 555 22222222222222222222 2 4 22222222222 4444 2 2 2 55 55 555 33
lowQualScore : ... . .. . . . . .. . . . . . .. ..... . . .. . ... .................... . . ........... .... . . . .. .. ... ..
lowQualScore : 777 0 88 0 0 0 0 88 0 0 1 1 2 00 44444 2 1 99 1 888 44444444444444444444 1 2 99999999999 5555 1 1 1 00 88 888 44
consensus : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
Reference ( family-856 ) : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111627 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111628 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTAACCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111629 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CTTC-GAGTA-CCAAGA---A-TTT-GG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GACGGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111630 : ATATGCT---GATAAA-C--GTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111631 : ATATGCT---GATAAA-C--GTA--CT-C-AAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111632 : ATATGTTTT-GGTA---C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-TA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111633 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G----C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA--GG-ACC-----------AAATCGA-----T-G-GC-GA--GAGAGATAAG---TTTAACAA--CATA
gi|111634 : ATATGTT---GGTAAA-C--CTTT-TT-C-GAGTA-TCACAAG--A-TTT-GG-T-G-C--A-----G-AG-T--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATTGAG----T-G-GT-GA--GAGAA--ACG---TTTAAC
gi|111635 : ATATGTT---GATAAA-C--TTTT-CT-C-AAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----T-GA-T--G-AA---G-------T------------GA-GGG-ATC-----------AAACTGAG----T-A-GT-GA--GAGAA--AAG---ATTAACAA--CATA
gi|111636 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGT--CCAAGAG--ATTTT-GGTT-G-C--CG----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGA---C-----------AAATCGA-------G-GC-GA--G-GAG--AAG----TTAACAA--CATA
gi|111637 : ATATGTT---GGTAAATC--TTTT-AT-C-GAGTA-CAAAGAG----TTT-GG-TGG-C--C-----G-AGAC--G-AAG--G-------C------------GA-GGG-A-C-----------AAATCGAG----TGG-GC-GA--GAGAATCAAG---TTTAA-GA--CATA
gi|111638 : ACATGTT---GGTAAA-CC-TTTT-CT-C-GAGTATCCAAGAG--A-TGAAGG-T-G-CG-C-----G-AG-TTGA-AA---G-------C------------AA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GAG-GAGAA--AAAGTTTTTAACCA--CA
gi|111639 : ATATGTTTTTGGTAAA-CCATTTT-CT-CGGAGTA--CAAGAG--A-T----G-T-G-C--CCCCCAG-GG----G-AG---G-------CGGGGAGGGGTCGGG-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AA----TTTAACAA--CAT
gi|111640 : ATATGTT---G-TAAA-C--TTTT-CT-C--AGTA--CAAGAGT-A-TTT-GG-T-G-CGGC-----G-AG-C--G-AA---GGACCAATC------------GC-GGGTACTGATTACAAGCGAAAGAGAG----T-GTGC-GA--GAGAA--AAGT--TTTAACAAGCCATA
gi|111641 : ATACATT---AATAAA-C--TTTT-CT-A-GGATA-CTCCGAA--G-TTT-GC-T-GTC--C-----A-GG-G--G-AA---G-------C------------AA-GGG-ACA-----------ATATTGAG----T-G-GC-GA--GGTTA--AAG---TTTAAGAA--CAT
gi|111642 : ATACTTT---GATAAT-T--TTTTTCT-C-GAGTT-TCAATAG--A-TCT-AG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G---------------------------------------------CGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACA
gi|111643 : ATATGTT---GGTAGA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-
gi|111644 : TATGTG---CGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-GT--CCA-GAG--A-ATT-TG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCG-G----T-G-GC-GA--G-GGA--AAG---TTTAACAA--CACA
gi|111645 : TATGTTT--GGTAA--C--TTTT-CT-C-GGTTA-CCAAGAGATA-TTC-GG-T-GAC--T-----G-AG-C--ATAA---G-------C------------GA-GGGCACCCA---------AGATCGAAAAGCC-T-GC-GATGGAG-A--AGG---TTTAAC
gi|111646 : A-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-GAATCG-------G------------GA-GGG-AC-------------AATTGAG----T-G-GCGGA--GAGAC--AGT---TTTAAC-A--CATA
blockSeqs : TTT T CA T T G A AT T A T G T GG CCCCA G A TG T ATC CGGGGAGGGGTCG C T GATTACAAGCG AAGC G T G TG AT GTT GC
blockSeqs : TT . C . . . T T . . . . A G G G . . . G GACCAATC . C CA . . . . G TC T .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
finalCons : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 888 2 44 2 2 2 4 44 2 2 2 2 4 55 77777 4 2 22 2 555 22222222222222222222 2 4 22222222222 4444 2 2 2 55 55 555 33
lowQualScore : ... . .. . . . . .. . . . . . .. ..... . . .. . ... .................... . . ........... .... . . . .. .. ... ..
lowQualScore : 777 0 88 0 0 0 0 88 0 0 1 1 2 00 44444 2 1 99 1 888 44444444444444444444 1 2 99999999999 5555 1 1 1 00 88 888 44
consensus : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
Reference ( family-856 ) : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111627 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111628 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTAACCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111629 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CTTC-GAGTA-CCAAGA---A-TTT-GG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GACGGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111630 : ATATGCT---GATAAA-C--GTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111631 : ATATGCT---GATAAA-C--GTA--CT-C-AAGTA-CCAAGAT--A-TTT-GG-T-G-A--G-----G-CG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111632 : ATATGTTTT-GGTA---C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-TA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACAA--CATA
gi|111633 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G----C-----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA--GG-ACC-----------AAATCGA-----T-G-GC-GA--GAGAGATAAG---TTTAACAA--CATA
gi|111634 : ATATGTT---GGTAAA-C--CTTT-TT-C-GAGTA-TCACAAG--A-TTT-GG-T-G-C--A-----G-AG-T--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATTGAG----T-G-GT-GA--GAGAA--ACG---TTTAAC
gi|111635 : ATATGTT---GATAAA-C--TTTT-CT-C-AAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----T-GA-T--G-AA---G-------T------------GA-GGG-ATC-----------AAACTGAG----T-A-GT-GA--GAGAA--AAG---ATTAACAA--CATA
gi|111636 : ATATGTT---GGTAAA-C--TTTT-CT-C-GAGT--CCAAGAG--ATTTT-GGTT-G-C--CG----G-AG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGA---C-----------AAATCGA-------G-GC-GA--G-GAG--AAG----TTAACAA--CATA
gi|111637 : ATATGTT---GGTAAATC--TTTT-AT-C-GAGTA-CAAAGAG----TTT-GG-TGG-C--C-----G-AGAC--G-AAG--G-------C------------GA-GGG-A-C-----------AAATCGAG----TGG-GC-GA--GAGAATCAAG---TTTAA-GA--CATA
gi|111638 : ACATGTT---GGTAAA-CC-TTTT-CT-C-GAGTATCCAAGAG--A-TGAAGG-T-G-CG-C-----G-AG-TTGA-AA---G-------C------------AA-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GAG-GAGAA--AAAGTTTTTAACCA--CA
gi|111639 : ATATGTTTTTGGTAAA-CCATTTT-CT-CGGAGTA--CAAGAG--A-T----G-T-G-C--CCCCCAG-GG----G-AG---G-------CGGGGAGGGGTCGGG-GGG-ACC-----------AAATCGAG----T-G-GC-GA--GAGAA--AA----TTTAACAA--CAT
gi|111640 : ATATGTT---G-TAAA-C--TTTT-CT-C--AGTA--CAAGAGT-A-TTT-GG-T-G-CGGC-----G-AG-C--G-AA---GGACCAATC------------GC-GGGTACTGATTACAAGCGAAAGAGAG----T-GTGC-GA--GAGAA--AAGT--TTTAACAAGCCATA
gi|111641 : ATACATT---AATAAA-C--TTTT-CT-A-GGATA-CTCCGAA--G-TTT-GC-T-GTC--C-----A-GG-G--G-AA---G-------C------------AA-GGG-ACA-----------ATATTGAG----T-G-GC-GA--GGTTA--AAG---TTTAAGAA--CAT
gi|111642 : ATACTTT---GATAAT-T--TTTTTCT-C-GAGTT-TCAATAG--A-TCT-AG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-AA---G---------------------------------------------CGAG----C-G-GC-GA--GAGAA--AAG---TTTAACA
gi|111643 : ATATGTT---GGTAGA-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-
gi|111644 : TATGTG---CGTAAA-C--TTTT-CT-C-G-GT--CCA-GAG--A-ATT-TG-T-G-C--C-----GGAG-C--G-AA---G-------C------------GA-GGG-ACC-----------AAATCG-G----T-G-GC-GA--G-GGA--AAG---TTTAACAA--CACA
gi|111645 : TATGTTT--GGTAA--C--TTTT-CT-C-GGTTA-CCAAGAGATA-TTC-GG-T-GAC--T-----G-AG-C--ATAA---G-------C------------GA-GGGCACCCA---------AGATCGAAAAGCC-T-GC-GATGGAG-A--AGG---TTTAAC
gi|111646 : A-C--TTTT-CT-C-GAGTA-CCAAGAG--A-TTT-GG-T-G-C--C-----G-AG-C--G-GAATCG-------G------------GA-GGG-AC-------------AATTGAG----T-G-GCGGA--GAGAC--AGT---TTTAAC-A--CATA