lowQualScore : 11111111111 111 22222222222 11111111 111
lowQualScore : 6 33 2 5 3333 0 3 0 11111111111 444 1 1 999 0 1 666 44444444444 22 33 1 3 1 6 555 33333 2 11111111 3 000 2
lowQualScore : . .. . . .... . . . ........... ... . . ... . . ... ........... .. .. . . . . ... ..... . ........ . ... .
lowQualScore : 0 22 0 3 9999 2 5 2 99999999999 111 4 4 444 1 8 222 55555555555 00 99 4 4 4 8 999 66666 9 99999999 3 888 0
consensus : AGACCAGCAGGCATGC-TTATGAA----GCTAT-CTTAAG---A-------CT---AA-G-A-TATGTCTTA--AG---NA-T-G-TC--T--T-ANGA-CACATC---T-----T-AG-------NCTTAAGN-C-AGTTTCTC
Reference ( gi|118862 ) : AAACCAGCAGGCATGT-TCACGAA----GCTAT-CTTAGG---A-------CT---AA-G-A-CGTGTCCTA--AG---TA-T-G-TC--T--T-AGGA-CACGTC---T-----T-AG-------TCTTAAGT-C-AGTTTCTC
gi|118863 : AGACCTGCAGGCATGT-TTATGAA----GCTAT-CTTAAG---A-------CT---AA-G-A-ATCGTCTTA--AGA--TA-T-A--C--T--T-AGGA-AACTTC---T-----T-A
gi|118864 : AGACAATCAGGCATGT-TTACAAA----GCTAT-CTTAAA---A-------CT---AA-G-A-AACATCTTA--AGA--TA-T-A--C--T--T-AGGG-CATTTC---T-----TAAG-------TC-TAAGTGT-AGTTTa
gi|118859 : AGACCTGCAGGCATGC-TTATGAA----GATAT-C-TAAG---A-------CT---AA-G-A-TATATCTTAGCAG---CG---G-GC--T--T-ACGA-CACATCTG-T-----T-AA-------ACTTAATC-C-AGTCTTTCtcg
gi|118856 : AGACCAGCAGGCATGC-TTATGAA----TATAT-CTTCAG---A-------TT---AA-G-A-TATATCTT---AG---CAGG-G-TT--T--T-ACGA-CACATC---G-----T-AA-------ACTTAATC-T-AGTCTTTCg
gi|118860 : AGACCTGCAGGCA-GC-TTATGAA----GATAT-CTTAAG---A-------CT---AA-G-AGTATATCTTAGCAG---TG-G-G-CG--T--T-ACGA-CATATC---TATCCGT-AA-------ACTTAATC-C-AGTCTTTCg
gi|118865 : ATCAGCAGGCATGT-TCACGAACTTCGCTCT-CTTAGA---A-------CT---AA-G-A-CGTGTCTGA--AA---TA-T-G-TC--T--T-AGGA-CACGTC---T-----T-AG-------ACTTAAGT-C-AGTTTCTCg
gi|118868 : gACCAGCAGACATGT-TTATGAA----ACTAT-CTTAGG---A-------CT---AA-G-A-AACGTCTTA--AGA--TA-T-A--C--T--T-AGGA-CACTTC---T-----TAAG-------TC-TAAGTGC-TGTTT
gi|118866 : ATCAGCAGGCATGC-TTATGAA----GATAT-CTTAAG---A-------CT---AA-G-A-TATATCTT---AG---CA-G-G-TC-----T-ACGA-CATATC---G-----T-AA-------ACTTAA-T-C-AGTCTTTCtcg
gi|118867 : ATCAGCAGGCATGC-TTATGGA----GATA--CTTAAG---AAAC----CTA--AA-G-A-TATATCTT---AG---CAGG-G-TC--T--T-ACGA-CACATCGTAT-----T-AA-------ACTTAAg
gi|118871 : CCAGTGGCCATGT-TCATGAA----GCTAT-CTTAAG---A-------CT---AA-G-A-TATGTTTCAG-AG---TA-C---TC--T--T-AGGA-CACATC---T-----T-AG-------TCCTAAGT-T-AGTTTCTtccatctttcg
gi|118869 : CCAGCAGGCATGC-TTATGAA----GATAT-CTTGAG---A-------TT---AA-G-A-TATATCTT---AG---CAGG-G-TT--T--T-ACGA-CACATC---G-----T-AA-------ACTTAATC-C-AGTCTTTCtg
gi|118870 : CCTGCAGGCATGC-TTATGAA----GATAT-CTTAAG---A-------TT---AA-G-A-TATATCTT---AG---CA-G-GATC--T--T-AAAA-CACATC---G-----T-AA-------ACTTAATC-C-AGTCTTTCg
gi|118857 : CCAGCAGGCATGC-TTATGAA----ACTAT-CTTAGAT--ATACC---CT---AA-G-A-TATATCTTACGAG---GA-T---TC--T--T-AGGA-CATATC---T-----T-AG-------GCCTAg
gi|118858 : agtCCAGCAGGCATGC-TTATGAA----AC-AT-CTTAGATATA-------CCCTAAA-G-A-TATATCTTACGAG---GA-T---TC--T--T-AAGA-CATATC---T-----T-AG-------GCCTA
gi|118872 : agtCAGCAG-CA-GC-TTATGAA----ACTAT-CTTAAG---ATATTACCCT---TA-G-A-TATAGCTTACGAG---GA-T---TC--T--T-AGGA-CACATC---T-----T-AG-------
gi|118861 : GCATGCATGCCTTATGAA----GATAT-CTTAAG---G-------CT---AA-G-A-TATATCTTAG-AG---GC-T-G-TCTAT--T-ACGATCACATC---G-----T-AA-------AC-TAATC-C-AGTCTTTCatgtaat
gi|118873 : agatctgGCAGGCATGC-TTATGAA----GATA--CTTGAG---A--------T---AA-GAA-TATATCTTT--AC---CA-G-G-TC--T--A-CTGA-CACATC---G-----T-AA-------ACTTAATTCC-AGTCTTTCg
gi|118875 : CATGT-TCATGAA----GCTAT-CTTAAG---A-------C----AA-G-A-TAT-TCTTC--AGGACTA-C---TC--T--T-AGGA-CACATCT--T-----T-AG-------TC-TAAGT-CTAGTTTCTg
gi|118871 : CAAGAA----ACTAA-CTTAGG---A-------CT---AA-G-A-TGTGTCCTA--AG---AG-T-A-CT--C--T-GAAA-CATATC---T-----T-AG-------TCTTAAGA-T-AGCTTCtg
gi|118875 : ccagtggccatgttcatCAAGAA----ACTAGACTTAG----A-------CT---AAAG-A-TGTGTCCTAAGAG---TA---G-TC--C--TGAAGA--ATATC---T-----T--G-------TCTTAAGA-T-AGCTTC
gi|118865 : catgttcatGAA----ACTGA-CTTAAG---T-------CT---AA-G-A-CGTGTCCTA--AGA--CA-T-A-TT--T--C-AG-A-CACGTC---T-----T-AG-------TTCTAAG
gi|118864 : gatcagcaggcatgttcacgaacttcgctctAA----ACTACACTTAGA---C-------TT---AA-G-A-AATGCCCTA--AG---TA-T-A-TC--T--T-AAGA-TGTTTC---T-----T-AG-------TTTTAAGA-T-AGCTTtc
gi|118868 : agacaatcaggcatgtttaca-CTTAGA---C-------TT---AA-G-A-AGTGTCCTA--AG---TA-T-A-TC--T--T-AAGA-CGTTTC---T-----T-AG-------TCCTAAGA-T-AGTTTCtcg
gi|118870 : accagcagacatgtttatTTAAG---T-------TT---AC-G-A-TGTGTTTTA--AG----A-T---CC--TGCT-AAGA-TATATC---T-----T-AA-------TCTTAAGtgctgttttcg
gi|118857 : cctgcaggcatgcttatgaagatatTAGG---C-------CT---AA-G-A-TATGTCCTA--AG---AA-TCC-TC--G--T-AAGA-TATATC---T-----T-AGGGTATA-TC-TAAGA-T-AGTTTCtccagtctttcg
gi|118872 : agtccagcaggcatgcttat-------CT---AA-G-A-TGTGTCCTA--AG---AA-TCC-TC--G--T-AAGC-TATATC---T-----A-AGGGTAATATCTTAAGA-T-AGTTTC
gi|118863 : cagcagcagcttatT---AA-G-A-AGTTTCCTA--AG---TA-T-A-TC--T--T-AAGA-CGATTC---T-----T-AG-------TCTTAAGA-T-AGCTTCatgtaat
gi|118859 : agacctgcaggcatgtttatA-G-A-TGTGTCGTA--AG---CC-C-G--C--TGCT-AAGA-TATATC---T-----T-AG-------TCTTAa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|118874 ): GGCATGCCTTATATTGGAAGAAATCCTAACTAATGGTGCAAGATATATCCAATAAGCAGGTGATCGTAAAACACATCAGTAAACTTAATCCAGT
Alignments
lowQualScore : 2222222 33333333333 111111111 1111
lowQualScore : 2 4 4444 4444 2 1111111 4 77777777 4 55 22 66666666666 6 22 1 2 444444444 11 1 5555 2 0
lowQualScore : . . .... .... . ....... . ........ . .. .. ........... . .. . . ......... .. . .... . .
lowQualScore : 4 0 2222 2222 5 5555555 0 22222222 0 77 88 88888888888 0 88 0 0 666666666 11 4 5555 5 7
consensus : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAG-AGGA--TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-T-CC-AGTCTTTC
Reference ( family-848 ) : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------GA-TAT-GTCT--TA--AGNA--TG-T-C--TTANGA-CACATC---T-----TAGNCTTAA-G-NC-AGTTTCTC
gi|118856 : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----TATATCTTCAGA-------TT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAGCAGG----G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-T-CT-AGTCTTTC
gi|118857 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----ACTATCTT-AGATATACC-CT-AA--------GA-TAT-ATCT--TACGAGGA--T--T-C--TTAGGA-CATATC---T-----TAGGCCTAg
gi|118858 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----AC-ATCTT-AGATATACC-CTAAA--------GA-TAT-ATCT--TACGAGGA--T--T-C--TTAAGA-CATATC---T-----TAGGCCTA
gi|118859 : AGACC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATC-TAAGA-------CT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAGCAGCG---G-G-C--TTACGA-CACATCTG-T-----TAAACTTAA-T-CC-AGTCTTTC
gi|118860 : AGACC-TGCAGGCA-GC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------GAGTAT-ATCT--TAGCAGTG--GG-C-G--TTACGA-CATATC---TATCCGTAAACTTAA-T-CC-AGTCTTTCg
gi|118861 : AGATCTGGCATGCATGCCTTAT----GAA----GATATCTTAAGG-------CT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAG-AGGC--TG-T-CTATTACGATCACATC---G-----TAAAC-TAA-T-CC-AGTCTTTCg
gi|118862 : AAACC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAA----GCTATCTTAGGA-------CT-AA--------GA-CGT-GTCC--TA--AGTA--TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGTCTTAA-G-TC-AGTTTCTCg
gi|118863 : AGACC-TGCAGGCATGT-TTAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------GA--ATCGTCT--TA--AG-A--TA-TAC--TTAGGA-AACTTC---T-----TA
gi|118864 : AGACA-ATCAGGCATGT-TTAC----AAA----GCTATCTTAAAA-------CT-AA--------GA-AAC-ATCT--TA--AG-A--TA-TAC--TTAGGG-CATTTC---T-----TAAGTCTAA-GTGT-AGTTTa
gi|118865 : GATC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAACTTCGCTCTCTTAGAA-------CT-AA--------GA-CGT-GTCT--GA--AATA--TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGACTTAA-G-TC-AGTTTCTCtcg
gi|118866 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------GA-TAT-ATCT--T---AGCA--GG-T-C---TACGA-CATATC---G-----TAAACTTAA---TC-AGTCTTTC
gi|118867 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GGA----GATA-CTTAAGAAAC----CTAAA--------GA-TAT-ATCT--TAGCAGG----G-T-C--TTACGA-CACATCGTAT-----TAAACTTAA-T-CC-g
gi|118868 : ACC-AGCAGACATGT-TTAT----GAA----ACTATCTTAGGA-------CT-AA--------GA-AAC-GTCT--TA--AG-A--TA-TAC--TTAGGA-CACTTC---T-----TAAGTCTAA-GTGC-TGTTTtctttcg
gi|118869 : CC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTGAGA-------TT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAGCAGG----G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-T-CC-AGTCTTTCtcg
gi|118870 : CC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------TT-AA--------GA-TAT-ATCT--TAGCAGGA-----T-C--TTAAAA-CACATC---G-----TAAACTTAA-T-CC-AGTCTTTCg
gi|118871 : CC-AGTGGCCATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------GA-TAT-GTTT--CAG-AGTA--C--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGTCCTAA-G-TT-AGTTTCTg
gi|118872 : C-AGCAG-CA-GC-TTAT----GAA----ACTATCTTAAGATATTACCCT-TA--------GA-TAT-AGCT--TACGAGGA--T--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGATGTAA-tg
gi|118873 : GCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATA-CTTGAGA--------T-AA--------GAATAT-ATCT--TT--ACCA--GG-T-C--TACTGA-CACATC---G-----TAAACTTAATT-CC-AGTCTTTCt
gi|118874 : GGCATGCCTTATATTGGAA----GAAATCCTAA---------CT-AATGGTGCAAGA-TAT-ATCCAATA--AGCAGGTGAT-C--GTAAAA-CACATCA--G-----TAAACTTAA-T-CC-AGTg
gi|118875 : CATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------C--AA--------GA-TAT--TCT--TC--AGGAC-TACT-C--TTAGGA-CACATCT--T-----TAGTC-TAA-G-TCTAGTTTCT
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 4 4444 4444 1 1111111 2 99999999 2 2 2 333 1111111111111111 6 22 2 2 222222222 7
lowQualScore : . . .... .... . ....... . ........ . . . ... ................ . .. . . ......... .
lowQualScore : 4 0 2222 2222 0 5555555 0 22222222 0 0 0 555 4444444444444444 0 88 4 0 666666666 1
consensus : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
Reference ( family-848 ) : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118856 : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----TATATCTTCAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCTAGTCTTTC
gi|118857 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----ACTATCTT-AGATATACC-CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CATATC---T-----TAGGCCTAg
gi|118858 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----AC-ATCTTA-GATATACC-CT-AAA-------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAAGA-CATATC---T-----TAGGCCTA
gi|118859 : AGACC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCT-AAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-CAGC-GG-G-C--TTACGA-CACATCTG-T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118860 : AGACC-TGCAGGCA-GC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-AGTAT-ATC---TT----A-GCAGTG-GG-C-G--TTACGA-CATATC---TATCCGTAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118861 : AGATCTGGCATGCATGCCTTAT----GAA----GATATCTTAAGG-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGC-TG-T-CTATTACGATCACATC---G-----TAAAC-TAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118862 : AAACC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAA----GCTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---CT----A---AGTA-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGTCTTAA-GTCAGTTTCTCg
gi|118863 : AGACC-TGCAGGCATGT-TTAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A--ATCGTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-AACTTC---T-----TAA
gi|118864 : AGACA-ATCAGGCATGT-TTAC----AAA----GCTATCTTAAAA-------CT-AA--------G-A-AAC-ATC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGG-CATTTC---T-----TAAGTCTAAGTGTAGTTTT
gi|118865 : GATC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAACTTCGCTCTCTTAGAA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---TG----A-A-AT-A-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGACTTAA-GTCAGTTTCTCcg
gi|118866 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAG----G-T-C---TACGA-CATATC---G-----TAAACTTAA-T-CAGTCTTTC
gi|118867 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GGA----GATA-CTTAAGAAAC----CTAAA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-C--TTACGA-CACATCGTAT-----TAAACTTAA-TCCA-TCTTTCg
gi|118868 : ACC-AGCAGACATGT-TTAT----GAA----ACTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-AAC-GTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-CACTTC---T-----TAAGTCTAA-g
gi|118869 : CC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTGAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCgtgctgttttcg
gi|118870 : CC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGGA----T-C--TTAAAA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118871 : CC-AGTGGCCATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-GTT---TC----A-G-AGTA-C--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGTCCTAA-GTTAGTTTCTg
gi|118872 : C-AGCAG-CA-GC-TTAT----GAA----ACTATCTTAAGATATTACCCT-TA--------G-A-TAT-AGC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGATGTAA-tg
gi|118873 : GCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATA-CTTGAGA--------T-AA--------GAA-TAT-ATC---TTTACCA-G-------G-T-C--TACTGA-CACATC---G-----TAAACTTAATTCCAGTCTTTC
gi|118874 : GGCATGCCTTATATTGGAA----GAAATCCTAA---------CT-AATGGTGCAAG-A-TAT-ATCCAATA----A-G-CAGG-TGAT-C--GTAAAA-CACATCA--G-----TAAACTTAA-TCCAGTg
gi|118875 : CATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------C--AA--------G-A-TAT--TC---TT------C-AGGACTACT-C--TTAGGA-CACATC---T-----TTAGTCTAAGTCTAGTTTCT
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 4 4444 4444 1 1111111 2 99999999 2 2 2 333 1111111111111111 6 22 2 2 222222222 7
lowQualScore : . . .... .... . ....... . ........ . . . ... ................ . .. . . ......... .
lowQualScore : 4 0 2222 2222 0 5555555 0 22222222 0 0 0 555 4444444444444444 0 88 4 0 666666666 1
consensus : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
Reference ( family-848 ) : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118856 : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----TATATCTTCAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCTAGTCTTTC
gi|118857 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----ACTATCTT-AGATATACC-CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CATATC---T-----TAGGCCTAg
gi|118858 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----AC-ATCTTA-GATATACC-CT-AAA-------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAAGA-CATATC---T-----TAGGCCTA
gi|118859 : AGACC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCT-AAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-CAGC-GG-G-C--TTACGA-CACATCTG-T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118860 : AGACC-TGCAGGCA-GC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-AGTAT-ATC---TT----A-GCAGTG-GG-C-G--TTACGA-CATATC---TATCCGTAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118861 : AGATCTGGCATGCATGCCTTAT----GAA----GATATCTTAAGG-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGC-TG-T-CTATTACGATCACATC---G-----TAAAC-TAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118862 : AAACC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAA----GCTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---CT----A---AGTA-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGTCTTAA-GTCAGTTTCTCg
gi|118863 : AGACC-TGCAGGCATGT-TTAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A--ATCGTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-AACTTC---T-----TAA
gi|118864 : AGACA-ATCAGGCATGT-TTAC----AAA----GCTATCTTAAAA-------CT-AA--------G-A-AAC-ATC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGG-CATTTC---T-----TAAGTCTAAGTGTAGTTTT
gi|118865 : GATC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAACTTCGCTCTCTTAGAA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---TG----A-A-AT-A-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGACTTAA-GTCAGTTTCTCcg
gi|118866 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAG----G-T-C---TACGA-CATATC---G-----TAAACTTAA-T-CAGTCTTTC
gi|118867 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GGA----GATA-CTTAAGAAAC----CTAAA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-C--TTACGA-CACATCGTAT-----TAAACTTAA-TCCA-TCTTTCg
gi|118868 : ACC-AGCAGACATGT-TTAT----GAA----ACTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-AAC-GTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-CACTTC---T-----TAAGTCTAA-g
gi|118869 : CC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTGAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCgtgctgttttcg
gi|118870 : CC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGGA----T-C--TTAAAA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118871 : CC-AGTGGCCATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-GTT---TC----A-G-AGTA-C--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGTCCTAA-GTTAGTTTCTg
gi|118872 : C-AGCAG-CA-GC-TTAT----GAA----ACTATCTTAAGATATTACCCT-TA--------G-A-TAT-AGC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGATGTAA-tg
gi|118873 : GCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATA-CTTGAGA--------T-AA--------GAA-TAT-ATC---TTTACCA-G-------G-T-C--TACTGA-CACATC---G-----TAAACTTAATTCCAGTCTTTC
gi|118874 : GGCATGCCTTATATTGGAA----GAAATCCTAA---------CT-AATGGTGCAAG-A-TAT-ATCCAATA----A-G-CAGG-TGAT-C--GTAAAA-CACATCA--G-----TAAACTTAA-TCCAGTg
gi|118875 : CATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------C--AA--------G-A-TAT--TC---TT------C-AGGACTACT-C--TTAGGA-CACATC---T-----TTAGTCTAAGTCTAGTTTCT
blockSeqs : T C ATTG CTTC C TATTACC A TGGTGCAA A G C CAA AGCAGTGGG A TA G T TATCCG G
blockSeqs : . C . . C TATACC . A . . . . AGCAGGTGA A . A . GTAT T
blockSeqs : . . . . A TATACC . . . . . . CAGGACTAC A . C . TGT G
blockSeqs : . . . . A AAC . . . . . . ACGAGGAT . . C . AG .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . ACGAGGAT . . C . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . AGCAGCGG . . G . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . AGAGGCTG . . G . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . ACGAGGAT . . G . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . AAGTATG . . G . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AAATATG . . C . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AGCAGGG . . C . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . AGCAGGG . . G . G .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AGCAGGA . . C . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AGAGTAC . . A . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . TACCAGG . . G . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . AAGATA . . G . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . AAGATA . . T . T
blockSeqs : . . . A . . . . . . . AGCAGG . . A . G
blockSeqs : . . . C . . . . . . . AAGATA . . G . T
blockSeqCons :
originalCons : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
finalCons : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 4 4444 4444 1 1111111 2 99999999 2 2 2 333 1111111111111111 6 22 2 2 222222222 7
lowQualScore : . . .... .... . ....... . ........ . . . ... ................ . .. . . ......... .
lowQualScore : 4 0 2222 2222 0 5555555 0 22222222 0 0 0 555 4444444444444444 0 88 4 0 666666666 1
consensus : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
Reference ( family-848 ) : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GNTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGA-TG-T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118856 : AGACC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----TATATCTTCAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCTAGTCTTTC
gi|118857 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----ACTATCTT-AGATATACC-CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CATATC---T-----TAGGCCTAg
gi|118858 : AGTCC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----AC-ATCTTA-GATATACC-CT-AAA-------G-A-TAT-ATC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAAGA-CATATC---T-----TAGGCCTA
gi|118859 : AGACC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCT-AAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-CAGC-GG-G-C--TTACGA-CACATCTG-T-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTC
gi|118860 : AGACC-TGCAGGCA-GC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-AGTAT-ATC---TT----A-GCAGTG-GG-C-G--TTACGA-CATATC---TATCCGTAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118861 : AGATCTGGCATGCATGCCTTAT----GAA----GATATCTTAAGG-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-G-AGGC-TG-T-CTATTACGATCACATC---G-----TAAAC-TAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118862 : AAACC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAA----GCTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---CT----A---AGTA-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGTCTTAA-GTCAGTTTCTCg
gi|118863 : AGACC-TGCAGGCATGT-TTAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A--ATCGTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-AACTTC---T-----TAA
gi|118864 : AGACA-ATCAGGCATGT-TTAC----AAA----GCTATCTTAAAA-------CT-AA--------G-A-AAC-ATC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGG-CATTTC---T-----TAAGTCTAAGTGTAGTTTT
gi|118865 : GATC-AGCAGGCATGT-TCAC----GAACTTCGCTCTCTTAGAA-------CT-AA--------G-A-CGT-GTC---TG----A-A-AT-A-TG-T-C--TTAGGA-CACGTC---T-----TAGACTTAA-GTCAGTTTCTCcg
gi|118866 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAG----G-T-C---TACGA-CATATC---G-----TAAACTTAA-T-CAGTCTTTC
gi|118867 : ATC-AGCAGGCATGC-TTAT----GGA----GATA-CTTAAGAAAC----CTAAA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-C--TTACGA-CACATCGTAT-----TAAACTTAA-TCCA-TCTTTCg
gi|118868 : ACC-AGCAGACATGT-TTAT----GAA----ACTATCTTAGGA-------CT-AA--------G-A-AAC-GTC---TT--------AAGA-TA-TAC--TTAGGA-CACTTC---T-----TAAGTCTAA-g
gi|118869 : CC-AGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTGAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGG---G-T-T--TTACGA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCgtgctgttttcg
gi|118870 : CC-TGCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATATCTTAAGA-------TT-AA--------G-A-TAT-ATC---TT----A-GCAGGA----T-C--TTAAAA-CACATC---G-----TAAACTTAA-TCCAGTCTTTCg
gi|118871 : CC-AGTGGCCATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------CT-AA--------G-A-TAT-GTT---TC----A-G-AGTA-C--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGTCCTAA-GTTAGTTTCTg
gi|118872 : C-AGCAG-CA-GC-TTAT----GAA----ACTATCTTAAGATATTACCCT-TA--------G-A-TAT-AGC---TT----ACG-AGGA-T--T-C--TTAGGA-CACATC---T-----TAGATGTAA-tg
gi|118873 : GCAGGCATGC-TTAT----GAA----GATA-CTTGAGA--------T-AA--------GAA-TAT-ATC---TTTACCA-G-------G-T-C--TACTGA-CACATC---G-----TAAACTTAATTCCAGTCTTTC
gi|118874 : GGCATGCCTTATATTGGAA----GAAATCCTAA---------CT-AATGGTGCAAG-A-TAT-ATCCAATA----A-G-CAGG-TGAT-C--GTAAAA-CACATCA--G-----TAAACTTAA-TCCAGTg
gi|118875 : CATGT-TCAT----GAA----GCTATCTTAAGA-------C--AA--------G-A-TAT--TC---TT------C-AGGACTACT-C--TTAGGA-CACATC---T-----TTAGTCTAAGTCTAGTTTCT