lowQualScore : 1
lowQualScore : 2 55 4 2 1 3 2 6 444 99 0 333 1 33333 33 1 222 888 1 1 22 44444 33 8888888888888 4444 2
lowQualScore : . .. . . . . . . ... .. . ... . ..... .. . ... ... . . .. ..... .. ............. .... .
lowQualScore : 5 99 7 4 2 5 4 3 111 11 4 999 4 44444 33 4 555 222 4 5 22 00000 88 8888888888888 7777 1
consensus : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTAT---TATGAG-ACTA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
Reference ( gi|118659 ) : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTGGATTG-GTTCATTTGCCGTTAT---TATGAT-ACTA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118660 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGA-TTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTAT---TATGAG-ACTA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118662 : TTGTCAT-ACTGCAAAAAT-TAA-ATTCTAGAATCTTGATTGCGTTCATTTGCCGTTAT---TATGAG-ACCA---TATCT-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TCATCTTACTGTGACGAA
gi|118661 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTT-T---TATGAG-AC-A---TAT-T-----GC--C-T----CCT-G-AAACCA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118665 : TTATCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGA-TG-GTTCA-TTGCCGTTAT---TATGATGACCA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT---AGA-CATG--GT--------AT-------------AT-AG-GCTACG-TGATCTAACTGTGACGAA
gi|118663 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAA-ATTCTAGAAATTTGATTG-GTTCTTTAGCCGTTAT---TATGAG-ACCA---TAT-T-----AC--C-AG---CCT-GCAGA-CA-G--GT-----T--AT-------------AT-AG-GTCATG-TGATGTTACTGTGACAAA
gi|118664 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTAT---TATGAG-ACTA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------A
gi|118666 : TTGTCAT-AGTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTAT---TATGAG-ACCA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AAA-CA-GTTGTATCAAA--AT-------------AT-AATATCACG-TGA
gi|118667 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAC-ATTCT----------TTG-A---ATTTG-----AT---TGTGAG-ACTA---TAT-T-----AC--A-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118668 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAA-ATTCTAGGAATTC-ATTG-GTTCATTATCCGCTAT---TATGAG-ACAA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-
gi|118669 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTAT---TATGAG-ACTT---TAT-T-----AC--T-T
gi|118673 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAG-ATATTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTAT---NNNNNN-NNNN---NNN-N-----NN--N-NN---NNN-N-NNN-NN-N--NN-----N--NNNNNNNNNNNNNNAAT-AG-GTCATG-TGATCTTATTGTGACGAA
gi|118670 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAA-ATTTTAGGATTTTGATTG-GTTCATTAGCCGTCAT---TATTAG-ACCA---CAT-T-----AC--C-TG---CAC-G-AGA-GC-G--CT-----AGCAT-------------AT-AC-GTTA-G-TGTTTTT
gi|118672 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTAT---TATGAG-ACCA---TAT-T------C--C-TG---CCT-GCAGA-C
gi|118671 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTAT---TATGAG-ACCA---TAT-T------C--C-TG---CCT-GCAGA-C
gi|118674 : TGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGGATTTGATTG-GTTCATTAACCCATAT---TATGAT-GCCA---TAT-T-----AC--C-TG---CCTGG-ATA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AT-GTCATG-TGACCTTACTGTGACGGA
gi|118675 : TCATTACTGTAAAA-T-TAA-GATCTAGGA-TTGGAT---GTTCATTTGCC-TTAT---T-TGAG-ACCA---TAT-T-----AC--C-TG---ATT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AGAATCACGTTGATCTTACTGTGACGAA
gi|118676 : -TAGTATTCTAGGAAT--G--TG-GTTCATTTATCGTTATACCT-TGAG-ACGAAATTAT-T-----ACG-C-TG---CCT-G-AGA-C--G--GT-----A--AT-------------AG-AG-G-CACG--GATCTTACTG-GAC
gi|118674 : ATGAC-A-TA---TAT-T-----AC--C-TGTATCC----AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-GG-
gi|118663 : tgtcatactgcaaattagattctagggatttgattggttcattaacccatattatgatgATGAC--CTA---TAT-A-----AC--C-TG---TCT-GCAGG-CT-G--GT-----A--AT-------------AT--G-GTCTCA-TAATgtgaccttactgtgacgga
gi|118660 : ttgtcatattgcaaattaaattctagaaatttgattggttctttagccgttTGAT--CTA---TAA-T-----AC--C-TG---TCT-C-AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-A--GTCTCA-TAATgtgatgttactgtgacaaa
gi|118666 : ttgtcatactgcaaattagattctaggatttgattggttcgttagccgttTGAT-ATTA---TAT-TTTGATACAAC-TG---TTT-C-AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT--G-GTCTCA-TAATcgtgatcttactgtgacgaa
gi|118675 : ttgtcatagtgcaaattagattctaggaatttgattggttcatttgccgttTGAT-TCTA---TAT-T-----AC--C-TG---TCT-C-AAT-CA-G--GT-----A--AT-------------AT--G-GTCcgtga
gi|118677 : tcattactgtaaaattaagatctaggattggatgttcatttgccttatttgaTGAT--CTAA--TAA-T-----AC--C-TG---TCT-C-AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-cgttgatcttactgtgacgaa
gi|118662 : CTA---TAT-T-----AC--C-TG---TCT-C-AGG-CA-G--GT-----AG-AT-------------AT--G-GTCTCA-TAATcgtgatcttactgtgacgaa
gi|118665 : ttgtcatactgcaaaaattaaattctagaatcttgattgcgttcatttgccgttCTA---TAT-------AC--CATG---TCT---AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT--G-GTCAgtcacgtcatcttactgtgacgaa
gi|118667 : ttatcatactgcaaattagattctaggaatttgatggttcattgccgttattatgaCTA---TAT-T-----AC--C-TG---TCT-C-AGG-CA-T--GT-----A--AT-------------AT-AG-gctacgtgatctaactgtgacgaa
gi|118677 : ttgtcatattgcaaattacattctttgaatttgattgtgagaA---TAT-T-----AC--C-TG---CCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------ATTAG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAAgtcacgtgatcttactgtgacgaa
gi|118664 : ---TAT-T-----AC--C-TG---TCT-C-AGG-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-A--GTCTCA-TAAT
gi|118678 : ttgtcatactgcaaattagattctaggaatttgattggttcattagccgtt-T-----AC--C--G---CCT-G-ATA-CA-G--GT-----A--GT-------------AT-AG-AT-ACG--GATCTTACTGTGAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 55 4 2 2 3 333 2 4 333 2 2 2 6 2 2 33 66666 33 3333333333333 2 5 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . . ... . . . . . . .. ..... .. ............. . . .
lowQualScore : 4 66 4 2 2 7 999 2 6 777 0 0 1 3 1 4 44 22222 44 8888888888888 7 3 7
consensus : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
Reference ( family-842 ) : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118659 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTGGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-TACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118660 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGA-TTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118661 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTT-TTA---TGA-GAC-A---TAT-TGC-CT-CCT-G-AAACCA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118662 : TTGTCAT-ACTGCAAAAAT-TAA-ATTCTAGAATCTTGATTGCGTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TATCTAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TCATCTTACTGTGACGAA
gi|118663 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAA-ATTCTAGAAATTTGATTG-GTTCTTTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CAGCCT-GCAGA-CA-G--GT-----T--AT-------------AT-AG-GTCATG-TGATGTTACTGTGACAAA
gi|118664 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------A
gi|118665 : TTATCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGA-TG-GTTCATT-GCCGTTATTA---TGATGACCA---TAT-TAC-CTGCCT---AGA-CATG--GT--------AT-------------AT-AG-GCTACG-TGATCTAACTGTGACGAA
gi|118666 : TTGTCAT-AGTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AAA-CA-GTTGTATCAAA--AT-------------AT-AATATCACG-TGA
gi|118667 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAC-ATTCTTTGAATTTGATTG----------------------TGA-GACTA---TAT-TAC-ATGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118668 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAA-ATTCTAGGAATTC-ATTG-GTTCATTATCCGCTATTA---TGA-GACAA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-
gi|118669 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTT---TAT-TAC-TT
gi|118670 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAA-ATTTTAGGATTTTGATTG-GTTCATTAGCCGTCATTA---TTA-GACCA---CAT-TAC-CTGCAC-G-AGA-GC-G--CT-----AGCAT-------------AT-AC-GTTA-G-TGTTTTT
gi|118671 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118672 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118673 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAG-ATATTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATNN---NNN-NNNNN---NNN-NNN-NNNNNN-N-NNN-NN-N--NN-----N--NNNNNNNNNNNNNNAAT-AG-GTCATG-TGATCTTATTGTGACGAA
gi|118674 : TGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGGATTTGATTG-GTTCATTAACCCATATTA---TGA-TGCCA---TAT-TAC-CTGCCTGG-ATA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AT-GTCATG-TGACCTTACTGTGACGGA
gi|118675 : TCATTACTGTAAAA-T-TAA-GATCTAGGA-TTGGAT---GTTCATTTGCC-TTATT----TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGATT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AGAATCACGTTGATCTTACTGTGACGAA
gi|118676 : -TAGTATTCTAGGAA--TG--TG-GTTCATTTATCGTTA-TACCTTGA-GACGAAATTAT-TACGCTGCCT-G-AGA-C--G--GT-----A--AT-------------AG-AG-G-CACG--GATCTTACTG-GAC
gi|118677 : A---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------ATTAG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118678 : -TAC-C-GCCT-G-ATA-CA-G--GT-----A--GT-------------AT-AG-AT-ACG--GATCTTACTGTGAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 55 4 2 2 3 333 2 333 2 2 2 6 2 2 33 66666 33 3333333333333 2 5 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . ... . . . . . . .. ..... .. ............. . . .
lowQualScore : 4 66 4 2 2 7 999 2 777 0 0 1 3 1 4 44 22222 44 8888888888888 7 3 7
consensus : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
Reference ( family-842 ) : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118659 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTGGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-TACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118660 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGA-TTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118661 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTT-TTA---TGA-GA-CA---TAT-TGC-CT-CCT-G-AAACCA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118662 : TTGTCAT-ACTGCAAAAAT-TAA-ATTCTAGAATCTTGATTGCGTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TATCTAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TCATCTTACTGTGACGAA
gi|118663 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAA-ATTCTAGAAATTTGATTG-GTTCTTTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CAGCCT-GCAGA-CA-G--GT-----T--AT-------------AT-AG-GTCATG-TGATGTTACTGTGACAAA
gi|118664 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------A
gi|118665 : TTATCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGA-TG-GTTCATT-GCCGTTATTA---TGATGACCA---TAT-TAC-CTGCCT---AGA-CATG--GT--------AT-------------AT-AG-GCTACG-TGATCTAACTGTGACGAA
gi|118666 : TTGTCAT-AGTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AAA-CA-GTTGTATCAAA--AT-------------AT-AATATCACG-TGA
gi|118667 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAC-ATTCTTTGAATTTGATTG----------------------TGA-GACTA---TAT-TAC-ATGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118668 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAA-ATTCTAGGAATTC-ATTG-GTTCATTATCCGCTATTA---TGA-GACAA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-
gi|118669 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTT---TAT-TAC-TT
gi|118670 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAA-ATTTTAGGATTTTGATTG-GTTCATTAGCCGTCATTA---TTA-GACCA---CAT-TAC-CTGCAC-G-AGA-GC-G--CT-----AGCAT-------------AT-AC-GTTA-G-TGTTTTT
gi|118671 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118672 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118673 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAG-ATATTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATNN---NNN-NNNNN---NNN-NNN-NNNNNN-N-NNN-NN-N--NN-----N--NNNNNNNNNNNNNNAAT-AG-GTCATG-TGATCTTATTGTGACGAA
gi|118674 : TGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGGATTTGATTG-GTTCATTAACCCATATTA---TGA-TGCCA---TAT-TAC-CTGCCTGG-ATA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AT-GTCATG-TGACCTTACTGTGACGGA
gi|118675 : TCATTACTGTAAAA-T-TAA-GATCTAGGA-TTGGAT---GTTCATTTGCC-TTATT----TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGATT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AGAATCACGTTGATCTTACTGTGACGAA
gi|118676 : -TAGTATTCTAGGAA--TG--TG-GTTCATTTATCGTTA-TACCTTGA-GACGAAATTAT-TACGCTGCCT-G-AGA-C--G--GT-----A--AT-------------AG-AG-G-CACG--GATCTTACTG-GAC
gi|118677 : A---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------ATTAG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118678 : -TAC-C-GCCT-G-ATA-CA-G--GT-----A--GT-------------AT-AG-AT-ACG--GATCTTACTGTGAC
blockSeqs : T AA A T C A CCT T AAT C G G C C T TT ATCAA GC NNNNNNNNNNNNA T T T
blockSeqs : . A A . . A . . . . . . C . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
finalCons : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 55 4 2 2 3 333 2 333 2 2 2 6 2 2 33 66666 33 3333333333333 2 5 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . ... . . . . . . .. ..... .. ............. . . .
lowQualScore : 4 66 4 2 2 7 999 2 777 0 0 1 3 1 4 44 22222 44 8888888888888 7 3 7
consensus : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
Reference ( family-842 ) : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118659 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTGGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-TACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118660 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGA-TTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118661 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTT-TTA---TGA-GA-CA---TAT-TGC-CT-CCT-G-AAACCA-G--GT-----A--TT-------------AT-AG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118662 : TTGTCAT-ACTGCAAAAAT-TAA-ATTCTAGAATCTTGATTGCGTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TATCTAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TCATCTTACTGTGACGAA
gi|118663 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAA-ATTCTAGAAATTTGATTG-GTTCTTTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CAGCCT-GCAGA-CA-G--GT-----T--AT-------------AT-AG-GTCATG-TGATGTTACTGTGACAAA
gi|118664 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACTA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------A
gi|118665 : TTATCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGA-TG-GTTCATT-GCCGTTATTA---TGATGACCA---TAT-TAC-CTGCCT---AGA-CATG--GT--------AT-------------AT-AG-GCTACG-TGATCTAACTGTGACGAA
gi|118666 : TTGTCAT-AGTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AAA-CA-GTTGTATCAAA--AT-------------AT-AATATCACG-TGA
gi|118667 : TTGTCAT-ATTGCAAA--T-TAC-ATTCTTTGAATTTGATTG----------------------TGA-GACTA---TAT-TAC-ATGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AG-GTCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118668 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAA-ATTCTAGGAATTC-ATTG-GTTCATTATCCGCTATTA---TGA-GACAA---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-
gi|118669 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGAATTTGATTG-GTTCGTTAGCCGTTATTA---TGA-GACTT---TAT-TAC-TT
gi|118670 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-TAA-ATTTTAGGATTTTGATTG-GTTCATTAGCCGTCATTA---TTA-GACCA---CAT-TAC-CTGCAC-G-AGA-GC-G--CT-----AGCAT-------------AT-AC-GTTA-G-TGTTTTT
gi|118671 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118672 : TTGTCAT-A-TGCAAA--AATAG-ATAC-AGGAATTTGATTG-GTTCATTAGCCGTTATTA---TGA-GACCA---TAT-T-C-CTGCCT-GCAGA-C
gi|118673 : TTGTCAT-ACTGCAAA--T-AAG-ATATTAGGAATTTGATTG-GTTCATTTGCCGTTATNN---NNN-NNNNN---NNN-NNN-NNNNNN-N-NNN-NN-N--NN-----N--NNNNNNNNNNNNNNAAT-AG-GTCATG-TGATCTTATTGTGACGAA
gi|118674 : TGTCAT-ACTGCAAA--T-TAG-ATTCTAGGGATTTGATTG-GTTCATTAACCCATATTA---TGA-TGCCA---TAT-TAC-CTGCCTGG-ATA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AT-GTCATG-TGACCTTACTGTGACGGA
gi|118675 : TCATTACTGTAAAA-T-TAA-GATCTAGGA-TTGGAT---GTTCATTTGCC-TTATT----TGA-GACCA---TAT-TAC-CTGATT-G-AGA-CA-G--GT-----A--AT-------------AT-AGAATCACGTTGATCTTACTGTGACGAA
gi|118676 : -TAGTATTCTAGGAA--TG--TG-GTTCATTTATCGTTA-TACCTTGA-GACGAAATTAT-TACGCTGCCT-G-AGA-C--G--GT-----A--AT-------------AG-AG-G-CACG--GATCTTACTG-GAC
gi|118677 : A---TAT-TAC-CTGCCT-G-AGA-CA-G--GT-----A--TT-------------ATTAG-ATCACG-TGATCTTACTGTGACGAA
gi|118678 : -TAC-C-GCCT-G-ATA-CA-G--GT-----A--GT-------------AT-AG-AT-ACG--GATCTTACTGTGAC