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Reference ( family-835 ) : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGTA-------G------G-AGCC----A--T----T--AN-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
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Alignments
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blockSeqs : T CC C T AG T A CG TATC GTCA A C C G TATAA A CAGCTCTA A ATGCAT CC GG AATATATAATATAA AAT GTAT A CCACA ATC GTG T TA GA C AG TATGGATTGAGATGGA T AA A AT AACA CCT C ATGCTAC G AATT T TAATACAA GT TCCAATGG C G AAGGGCTGTGC AC A A G G A ATATTAATTGA C T T AC T
blockSeqs : . G . T T . . A C . . . . . . . GCGCTAG . CTTTGT CC C C . GAC . CC A CA . . . . . AAAGAGT . . . . T . . TTAAC . . C GCCTCT . . . . A . . . . . T AAGTAA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A A . . . . . . . GTG . AAGT . G A . . . . . A . . . . . AAAGAGT . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . ACT . G . . . . . . . . . . . . GTT . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . AT . G . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . AT . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . G . AT . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . AT . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . T . AT . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . G . AA . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . G . AA . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . A . AT . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . TA . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . AT . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . G . AT . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . G . AT . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . G . T . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
finalCons : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 11111111111111 2222222222222222222222 1111111 11111111111 11111111111
lowQualScore : 2 55 2 4 55 2 2 77 4444 4444 2 2 2 2 55555 2 11111111111111 2 777777777777 55 33 66666666666666 333 8888 2 88888 555 888 2 22 22 2 22 1111111111111111111111 2 22 2 22 6666 333 2 4444444 2 4444 4 7777777777777 22 77777777 2 2 22222222222 22 2 2 2 2 4 66666666666 2 2 2 33 2
lowQualScore : . .. . . .. . . .. .... .... . . . . ..... . .............. . ............ .. .. .............. ... .... . ..... ... ... . .. .. . .. ...................... . .. . .. .... ... . ....... . .... . ............. .. ........ . . ........... .. . . . . . ........... . . . .. .
lowQualScore : 5 99 5 7 66 4 1 11 8888 5555 1 1 1 1 33333 0 66666666666666 0 333333333333 88 55 66666666666666 777 2222 1 22222 888 777 1 99 99 1 99 3333333333333333333333 1 99 1 99 6666 777 1 2222222 1 5555 2 7777777777777 99 66666666 1 1 11111111111 99 1 1 1 1 2 11111111111 1 1 5 77 9
consensus : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
Reference ( family-835 ) : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120024 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-C--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AC-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120025 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-C--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------GAAGCC----A--T----T--AC-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G--------T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--CT---TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------C-AAG--C--------GTC-T-GA----------A--C-TAA-CC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120026 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-CTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AAATC-CGG-TTGTCG--AAA-TGAAT
gi|120027 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCTA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--TGCATT--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---AT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTT---CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTA-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-CCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120028 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AACC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---TGTATAC-AC-----G---GT---T-AAG--AAA--TG-A--A------T---------------TA-TTTT--CCG-A--C----TC---AA-A-------TT-T----G-CTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-------------AACTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120029 : ATGGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----------------------------------------GGCC----A--T----T--AG-TCTT--------------TA---T----AC-AC-----G---AT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA-TTTT--CTG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-CGG-TTGTCG--AAA-
gi|120030 : ATAGT-CCCA-GT-AT-G-AA-TTCCA--T-C--C----C-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AC-TCAT--------------TA---T----ACAAC-----GATCGT---T-AAG--AGA--TG-A--GA-----T---------------TA-TTTT---TG-T--C----TT---AA-A-------TTGT----GTTTT-----T-------CAAAG--C--------GTC-T-G-----------A--CAAAT-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTCTCGG-TCGT
gi|120031 : ATAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------GCGCTAGG-AGCC----A--A----TCCAG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AAA--TG-A--GAAAGAGT---------------TA-TTTT--CCA-T--C----TC---AA-A-------TT-TAATTG-CTC-----T-------CAAAG--C--------TTC-T-G-----------A--C-TAT-TC-AAAT-GAA-T-----------A-AACTC-C
gi|120032 : ATA-T-C--ACGT-A--G-AA-TTCCAA-T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-ACAGCTCTA------G-AGCC----A--A----TCCAG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--A-A--TG-A--GAAAGAGT---------------TA-TTTT--CCA-T--C----TC---AA-A-------TT-T----A-ATTGCCTCT-------CAAAG--C--------TTC-T-G-----------A--C-TAT-TC--AAT-GAA-T-----------A-AACTC-C
gi|120033 : ATAGT-CG-A-GTTA--G-AAATTCCAA-T-C--C----A-T-A-GGTC-----C-T-A-------T------T-ATCTCTTTG--T----T--AC-TCCC--------------TA---T----AC-ACCC---G---GTGTGT-GAG--AGAGATGCA--G------T---------------TC-ATTT--CCG-T--C----TC---AA-AA------TT-T----GCTTT-----T-------CAAAG--C--------GTCCT-G-----------A----TAC-TCGAAAT-GAAAT-----------A-AACTT-CGG-TCGTCA--AAATTGAAT
gi|120034 : ATAGT-C--A-GT-A----AA-TTC-A--T-C--T----A-TCA-G-TT-----AGT---------G------A-AGCC-------T----T--AA--CCT--------------GA---T----A--AC-----G---ATA--T-AAG--AGA--TG-AAGG------T---------------TA-TTT----CG-T--C-----C---AC-A-------TT-T----A-TTT-------------CAAAG--C--------GTC-TGG-----------A--C-T-T-TC-AAAT-G-A-T-----------A-A--CC-CGG-CCGTCG--AAA-TGA
gi|120035 : ACAGT-C--A-GT-A--G-AA-TTACA--T-C--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-
gi|120036 : TAGTTC--A-GT-AAGG-AA-TTACA--TTATCC----A-T-A-G-TCTATAAAGT-A-------GTG----G-AGCC----AAGT----T--AC-TTCC--------------TAAATC----AC-ACCCACAG---GT---T-AAGTAGGA--TG-A--G------TATGGATTGAGATGGATA-TTAT--CCG-TATC----TCCCTAA-A-------TT-T----G-TTT-----G-------CAAAGGTCTCCAATGGGTC-T-AAAGGGCTGTGCA--C-TACATC-AGAT-GAA-T-----------A-AAACT-AGG-TCGCCG--
gi|120037 : AGT-C--A-GT-A--G-AA-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------A------G-AGCC----A--T----T--AG-TCCT--------------TA---T----AC-AC-----G---GT---T-AAG--AGA--TG-G--G------T---------------TA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-CTT-----T-------CAAAA--C--------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-------AA-T-----------A-ATCTC-CGG-TCGTCG--AAA-TGAAT
gi|120038 : AGT-C--A-GT-A--G-CA-ATCCT--T-A--CGTCAA-T-ACG-TC-----AGTAA-------G------G-AGCC----T--A----T--AC-T-CT--------------TA--------AC--C-----G---GTCA-T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TA--TTT--CCG-T--CAACATC---GACAATGCTACTC-T----G-TCT-----TAATACAACAAAA--G--------GTC-T-G-----------AACC-TAC-TC--AGT-GAA-T-----------ACAACTC-CGG-TCGTTGACAAA-TGAAT
gi|120039 : T-C--A-GTTA--G-AA-TTCCA--T-C--C----AAT-A-G--C-----AGT-A-------G------G-AGTC----A--T----T--AC-TCCTC-------------TA---T----AC-AC-----GA--GT---T-AAG--AGA--TG-A--G------T---------------TATTTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-TTT-----T-------CAAAG-----------GTC-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAATGGAA-T-----------A-AACTC-CGC-TCGT-G--AAA-TGAAT
gi|120040 : T-A--GTAA-TTTCACGT-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A----------------------------------------CT--------------TG---T----AC-AC-----G---TT---T-AAG--AAC--TG-A--G------T---------------CA-TTTT--CCG-T--C----TC---AA-A-------TT-T----G-CTT-----T-------CAAAG--C--------GTA-T-G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-AAA-T-----------G-ACTTC-C
gi|120041 : A-TTTCA--T-A--C----A-T-G-G-TT-----AGC-A-------G------G-AACC----A--T----T--AG-CCTT--------------TA---T----AC-GC-----G---GT---T-AAT--AAA--TG-A--G------T---------------TA-TTCT--CCT-T--T----TT---AA-ATTAAC--TT-T----G-CTT-----T-------CAAAG--C--------TTC-G-G-----------A--T-TCC-CC-ATAT-CAA-TAAGTAA-----A-AATTT-TGG-TCAATA--AAA-TGAAT
gi|120042 : A-TTCCA--T-A--C----A-T-A-G-TC-----AGT-A-------G------G-A-CC----AC-T----T--AG-TCTTAATATATAATATAATA---TGAC-AT-AC-----G---GT---TTAAT--AGA--TG-A--AGT----T---------------TA-TTTTAACCT-T--T----T-------G-------CT-T------TTT-----C-------CAAAG--T--------GTC-T-G-----------A--C-TGC-TC-AAAT-GAA-TATATTAATTGAA-AACTC-TGG-TCAAAG--AAT-TGGAT
gi|120043 : T-A-------G------G-AGCC----A--T----T--AGGTCCTA-------------TT---T----AC-AT-----G---TT---T-AAG--GAA--TG-A--G------T---------------T--TTTT--CCGAT--G----TC---AA-A-------TT-T----G-CTT-----T-------CAACA--C--------ATC---G-----------A--C-TAC-TC-AAAT-GAATT-----------A-AACTC-CAGTTCGTCG--AAA-TGAAT