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Reference ( gi|118876 )       : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-GTT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
gi|118879                     : TGTTGC-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CAC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
gi|118881                     : TGTTGC-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TA-AA-----GCTAACAC
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Alignments
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Reference ( family-831 )      : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
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Alignments
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Reference ( family-831 )      : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
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gi|118877                     : TGTTGT-G--A-GTT-AA--C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-GTT--C---TAT--ATAA-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
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gi|118885                     : TGTTGT-G--A-ATT-AAA-C-CTT-CTA-ATG-CGC--T--TGC-G---TATA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--tataaaagctgaaaataataatccataaaaggattctaacaatttgtaaaggtaatataaaaacatccagcgtcatcccaagttaacac
gi|118886                     : TGTTG--G--A-GTT-AAAAC-CTT-CCATATG-CGC--CA-TGC-G---TA-A--TAT-G--G--AAT-CCG--CAGT--AAAA-TC-ATTGCC---TATT-AT-ACTA-------AAAG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GTAAACcaaaatgatagttgagt
gi|118887                     : TGTTGT-G-----TT-AAA-C-CTT-CCA-TTG-CGC--T--TGC-G---TAGG--C-C-A--G--GG---CT--GTGT--CAAGATC-GT
gi|118888                     :  GTTGTTG--A-GTT-AAA-C-CTTTCCA-ATG-CGC-----TGC-G---TAGA--T-TGG--G--AAT-CCT--GGGTAAAAAAATC-GTTC-C---TATAAAT-A-TA-------GAGG--TCG-CGTTC-----A-TC-AAAGGGTGGTAACAC
gi|118889                     :   TTGT-GGGA-GTT-AAA-C-CT--CCA-ATG-CGCATTGGTGC-G---TAGA--T-T-G--GC-AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TATA-AT-A-TACCTTTTTAAAG--TCG-CG-TC-----A-TC-AAAG---GTTAAC
gi|118890                     :    TGT-G--A-GTT-AAA-C-CTTTCCA-ATG-CGCA-T--TGC-AACCTAGAAAT-T-G--GCGAATACCT--GGGT--AAAAATC-ATT--CAA-TAT--AT-A-TAAAAC---AAAG--TCGCCG-TC-----A-CA-AA-----GGTAACAC
gi|118891                     :      T-G--G-GCC-AAA-A-CTT-CAA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAAA--T-T-G--G--AAT-TAT--GGGA--AGGAAT
gi|118892                     :                             A-ATG-CGC--T--TGC-T---TAGA--T--------------------GT--AAAAGTC-ATT--C---TATT-AT-A-TA-------GAG---TCG-CG-TC-----A-TCAAA-----GCTAACAatacaaaa
gi|118893                     :                                     C--T--TAC-G---T-----T-T-G--T--AGC-TCTAAGGAT--AAAGA-C-ATT--C---TAT--A--A-TA-------TGAG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACA
gi|118894                     :                                                                      -CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-TG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
gi|118895                     :                                                                                        C-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TCATCAAA-TC-AA-----GCTAACAC


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blockSeqs                     :       . .  .   .   . .   .   .   .   T       . .      .  . . .  .    .   .     .        .   .  .     .   . .  .          .    .  .  .     .  .  .    
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blockSeqs                     :       . .  .   .   . .   .   .   .   A       . .      .  . . .  .    .   .     .        .   .  .     .   . .  .          .    .  .  .     .  .  .    
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blockSeqs                     :       . .  .   .   . .   .   .   .   A       . .      .  . . .  .    .   .     .        .   .  .     .   . .  .          .    .  .  .     .  .  .    
blockSeqs                     :       . .  .   .   . .   .   .   .   A       . .      .  . . .  .    .   .     .        .   .  .     .   . .  .          .    .  .  .     .  .  .    
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blockSeqs                     :                              .   .   T       . .      .  . . .  .    .   .     .        .   .  .     .                                               
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originalCons                  : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
finalCons                     : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC





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lowQualScore                  :       5 44 5   5   5 5   0   4   4   55555   2 111    11 2 2 11 33   2   11    11       2   66 444   33  5 5  4444444    44   0  0  22222 5  5  77777        
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Reference ( family-831 )      : TGTTGT-G--A-GTT-AAA-C-CTT-CCA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAGA--T-T-G--G--AAT-CCT--GGGT--AAAAATC-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACAC
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gi|118890                     :    TGT-G--A-GTT-AAA-C-CTTTCCA-ATG-CGCA-T--TGC-AACCTAGAAAT-T-G--GCGAATACCT--GGGT--AAAAATC-ATT--CAA-TAT--AT-A-TAAAAC---AAAG--TCGCCG-TC-----A-CA-AA-----GGTAACAC
gi|118891                     :      T-G--G-GCC-AAA-A-CTT-CAA-ATG-CGC--T--TGC-G---TAAA--T-T-G--G--AAT-TAT--GGGA--AGGAAT
gi|118892                     :                             A-ATG-CGC--T--TGC-T---TAGA--T--------------------GT--AAAAGTC-ATT--C---TATT-AT-A-TA-------GAG---TCG-CG-TC-----A-TCAAA-----GCTAACAatacaaaa
gi|118893                     :                                     C--T--TAC-G---T-----T-T-G--T--AGC-TCTAAGGAT--AAAGA-C-ATT--C---TAT--A--A-TA-------TGAG--TCG-CG-TC-----A-TC-AA-----GCTAACA
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gi|118895                     :                                                                                        C-ATT--C---TAT--AT-A-TA-------GAGG--TCG-CG-TCATCAAA-TC-AA-----GCTAACAC