lowQualScore : 1 111111111 1 1 1111111 1111111111 333333 111111 11 1 1111 11111 11111 1111 1111 222222 22222222 11111111111111
lowQualScore : 4 4 8 4 4 4 4 3 0 1 444 3 0 3 000000000 3 0 7 7 3 3 55 555 77 3 88888 3 55 7 55 55 5555 6666666 7 4444444444 55 6 2 55 4 4 4 000000 66 4 444444 5 888 22 8 5 5 5 66 2222 44444 66 5 66 5 22222 77 2222 8888 333333 5 5 00000000 66 888 4 4 3 3 88 3 6 99999999999999 3 3 3 555 3 3 6 6666 3 44 3 3 44 3 55 666 3 3
lowQualScore : . . . . . . . . . . ... . . . ......... . . . . . . .. ... .. . ..... . .. . .. .. .... ....... . .......... .. . . .. . . . ...... .. . ...... . ... .. . . . . .. .... ..... .. . .. . ..... .. .... .... ...... . . ........ .. ... . . . . .. . . .............. . . . ... . . . .... . .. . . .. . .. ... . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 6 2 4 000 1 8 1 555555555 1 5 3 3 6 6 00 888 99 3 33333 3 00 3 00 00 5555 8888888 3 0000000000 55 0 3 55 0 4 4 444444 99 1 444444 0 888 22 1 0 0 0 99 1111 33333 99 0 99 7 99999 99 1111 1111 111111 7 7 77777777 33 888 4 4 3 1 55 1 2 55555555555555 1 1 1 444 1 1 2 5555 1 33 3 3 66 3 00 111 6 6
consensus : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCC-GA--TA-TGTCATT-TCT----G---G-GAGCCCACAATAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-AT--AAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT--A-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGTCCT-AC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TTTATTTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTGGT--TGAA-TAA--AGG-TTTCCATGCGTCTG----GT--CAA----TTTA---CTGAACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAATT-CTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC---CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACA-CA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
Reference ( gi|127304 ) : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCT-GA--TA-TGTCATT-TCT----G---G-GAGCCCACAATAAAACATGC-TAGCCCACATGTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-AT--ACATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT--A-------TGTGA--ACGAATCGCA--T-TGAGGGCAAAA-AGTCCC-AA--A--CTTTACA------TTTTGTA-T---GCA-TTGATTTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTGGT--TGAA-TAA--AGG-TTTCCATGCGTCTG----GT--CAA----TTTA---ATGAACC-C--ACTACAA-T-TAGA--------CCAATT-CTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC---CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACA-CA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127305 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA--TA-TGTCATT-TCT----G---G-GAGCCCACAATAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GGA-AT--AAAAAT--TTAAA--T-T--ATTAGAA-------ATGT-ATACA-------TGTTA--ATGAATAGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGTCCT-AC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TTTATTTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTGGT--TGAA-TAA--AGG-TTTCCATGCATCTG----GT--CAA----TTTA---CTGAACCTT--GATACAA-T-TAGA--------CCAATT-CTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-ACGTGTGA-----C-AG---CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACA-CA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127306 : GGTTCAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA--TA-TGTCATT-TCT----G---G-GAGCC--CAATAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-AT--AAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATACA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGTCCT-AC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TT-ATTTC-TTTATTTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTGGT--TGAA-TAA--AGG-TTTTCATGCATCTG----GT--CAA----TTTA---CTGAAAC-CTTGATACAA-T-TAGA--------CCAATT-CTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-A----CA-A-AT-TTAGGA---G--CCACA-CA-AA----ATT-TTA-TA-GCAAA-TGGC-GAG--TGGGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127307 : GGTT--AAC-TTAAC-TT-AAAT-TTC-A-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA---A-TGTCATT--CT----T---G-GAGCCCACAA-AAAACATGCCTAGCCCA-ATCTA-A-TGAA---CA--TTTTAAATACA-A-----GTA-ATTTAAATATTCCTAAA--T-T--ATAGAAC-------ATGT-AT--A-------T-TGA--ATGAAT-ACA--T-TGAGGGCAAAA-AGTCCG-TACGA--CTCTACA------TT--GTAAT---GCGGTTTATTTCCTTTA-T-CTGTT-GAA-TGAATTGAAATA--TT----TGA-----TGTGGT--TGAA-TAA--AGGTTTTCCA-GCGTCT-----GT--CAA----TTTA---ATGACCC-A--AATACAA-T-TA-A--------CCAATT-CTAA---TTCAAAG-ACAATCACTCGGCC-AATTG-G-GGC-AAGTGAGAG----C-AC---CA-A-TT-TTA-GA---G-CCCACA-CACAA----ATT-TTAT---GCAGA-TGGCGGAG--T-GGGCAAGGTT-GCGAAGTTTTA-AACCCT
gi|127308 : GGTTTAA-C-TTAAC-CTCAAAT-TTCCA-GG-A-C-C-ACGTGGGCTCTG-GA--TA-TGTCATT-TCTTTCTG---G-GAGCCCACAATAAA-CATGCCTAGTCCACATCTA-A-TGAA--A------------------------A-AT--AAATAT--CTTAA--T-T--ATGAGAC-------A-GT-AC--AATGGCATTGTGA--ATGAATCACA--T-TAAGGGCAAAACAGTCT------A--CTTTCTAGCCCATTTTTGTA-TTCCACA-TTTATTCC-TTT--TTCTGTTTG-----------------TT----TAG-----AGTGGTGTTGAAATAA--AGG-TT-CCAT-CGTCTGACAGGT--CAA----TTTA---CTGAACC-C--AATACAA-T-T-GA--------CCAATTTCTTA---TTC-AAG-A-AATCACTT-G-C-A--TGTG-GGC-AA-TGAGA-----C-AG---CT-A-ATATTAGGA---G-CCCACA-CG-GACCACAAT-TTACTATGCAAA-T-GC-GAG--T-GGGCAAG--T-ACGAAG-TTTA-AACCC
gi|127309 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA--TA-TGTCATT-TCT----G---G-GAGCCCACAATAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TAT--AATACA-A-----GTA-AT--ACATAT--CTAAA--T-T--ATAAGAC-------ATGT-AT--A-------TATGA--ATGAATCGCA--T-TAAAGGCAAAA-AGTCC
gi|127310 : GGTTTAAAC-AAAAT-TA-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCG-GA--Tt
gi|127311 : GTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA--TA-TCTCATT-TCT----G---G-GAGCCCACTATAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-AT--AAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT--A-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGTCCT-AC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TTTA-TTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATAATTT----TAG-----AGT-GT--TGAA-GAA--AGG-TTTCCATGCGTTCG----G---CAA----TTTA---CTGAACC-C--AATACAA-T-TAGA--------CCAATA-CTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC---CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACA-CA-AA----ATT-TTACTA-ACAAA-TGGC-GAG--T-GGGCATG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127312 : TTTAAACCTTAACCTT-AAAT-TTCCACGG-AGAGC-ACGTGGGCTCCTTGA--TAATGTCATT-TCT----G---G-GAGCCCAC-ATAAAACATGC-TAGCCCACAT-T--A-TGAA--ACA--TTTG-AACACACA-----GTA-AT--A---AT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT--
gi|127313 : TTTAAAC-T-AAC-TTGAAAT-CTTTG-GT-AGC-C-ATGTGGGCTACT-GAACT--TG-CAAT-TCT----A---G-GGGCCCACATCAAAATTTAG-TCGCCCACA---A-ATTTAA--ACAGCTTT--AAAAAA-A-----ACA-A
gi|127314 : TTAAAC-TTAAC-GT-TAATGTTCCA-GGGAGC-CCACGTG--CTCCT-GA--TA-TGTCATT-TTC----GTAGGTGAGCCCACATAAAAATATGC-GTGCCCACATCTACA-TGGAGAACG--TTT--AAAACA-A-----GTATAT--AAATAT--CTAAA--T----ATGAGACCT-----ATGTGAT--A-------TGTGATGATGAATTGCA--TGTAAGGGCAAAA-AGTTCCTAC--ATTCTCTACA------TTTTGTA-T---GCAGTTTATTTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATGGAAATA--TTAGTGTAGATGATAGTGGT--TGAA-TAATTAGT-TTTGCATGCGTCTT----GTTCCAAATAGTTTACTGATAAGCC-C--CATACAAGTGTAGA--------CCAATC-ATTATTCTTCAAAGAA-AATCA-TT-GCCTATTTTTG-GGCAAAGTGAGA-----CAACG--CA-A-AT-TTAGGA---GCCCCACA-CATAA----ATT-TTACTA-GCAAACTGGC---G--T--GGCAAG--TGGCGAAG-TTTA-AACCCTGaaaca
gi|127312 : -ATGTGGGCTCCCAGA--AA-TGACATTATCA----A---G-GAGCCCAC
gi|127305 : tttaaaccttaaccttaaatttccacggagagcacTGTGGGCTCCCAGA--AA-TGACATA-TC-----A---G-GAGCCCACaaaacatgctagcccacattatgaaacatttgaacacacagtaataatctaaattatgagacatgtat
gi|127309 : ggtttaaacttaacttaaatttccaggagccacTGTGGGCTCCCAGA--AA-TGACATA-TC-----A---G-GAGCCCACataaaacatgctagcccacatctaatgaaacatttaatacaaggaataaaaatttaaattattagaaatgtatacatgttaatgaatagcattaagggcaaaaagtcctacactctacattttgtatgcgtttatttctttattctgtttgaatgaattgaaatatttagagtggttgaataaaggtttccatgcatctggtcaatttactgaaccttgatacaattagaccaattcttattcaaagaaatcactcgccatgtgggcacgtgtgacagcaaatttaggagcccacacaaaattttactagcaaatggcgagtgggcaagtgcgaagtttaaaccctg
gi|127315 : ggtttaaacttaacttaaatttccaggagccacGCTCGG-GA--TA-TGTTATT-TCT----G---A-AAGCCCACAACAAAACATGC-TAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA----T--GATGCA-A-----GTA-AC--GAAAAG--CTTAA--TCC--ATGAAAC-------ATGTGAT--A-------TATAA--ATGGGTCGCT--T-TAGGGGC-TAA-AGTTCC-GC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TTTATTTC-TTAA-ATCTGTTTGAAGTAAATTGGACTA--ataaaacatgctagcccacatctaatgaaacatataatacaagtaatacatatctaaattataagacatgtatatatgaatgaatcgcattaaaggcaaaaagtcct
gi|127316 : TAAAACATGC-TAGCCCACATTTA-A-TGAA--ACA----T--AATACA-A-----GTA-AT--AAATAC--CTAAA--T-T--ATAATAC-------AT-T-GT--A-------TGTGA--GTAAATTGCATTT-TAGGGGCGAA
gi|127317 : --TTT--AATATG-AAATGGGTA-GT--A-GTAT--CTAAAAGT-TGGATAAATCCCTGTGTATAT-AC--A-------TGTGA--ATGAATTGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGTCCT-AC--A--CTCTACA------TTTTGTA-T---GCG-TTTATTTC-TTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTGGT--TGAA-TAA--
gi|127318 : TGGT--C-AA-TAA--AGA-GTTACATGTA-CTG----AT-----------TA---CTAAATC-C--AATACAA-T-TAGAGTCTATGACCAAAA-TTTG---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A-----G-GGC-AAGTGA-A-----C-AG---CA-A-AT-TTAG-----A-CCCACA-C---A----ATTGTTACTA-GCAAA-TGCG-GAG--T--GGCAAG--T--CGAA---TTA-AACCCTG
gi|127319 : TG---TTCAAAG-A-AAT-ACTC-GCC-A--TGTT-GGC-GAGGGAGA-----C-AG---CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACA-CA-AA----ATT-TTACTA-TCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127320 : AAA-A-AGTCGCTT-GCC-A--TGTG-GGC-GAAAGGAT-----T-TT---CA-ATAT-CTAGTC---G-CCCACA-GC-AA----ATT-TTGCTC-GC-AT-TGGC-GAG--T-GG
gi|127321 : TTATTC-GCC-A--TGTG-GG---AG-GAGGATTTTC-AC------A-AT-TTGGTC---G-CCCACA-CA-TA----AAA-TTACTC-GCATA-T-GC-GTG--T-GGTCAAG--T-G-GTAA-TTTGCAATCCTG
gi|127322 : TC-GCC-A--TGTG-GGCTACTTGA---------AC---CGTA-GT-TT-TGATTCG-CCCACA-CG-GA----AAT-TTAGTC-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCGAC--C-GTTAAT-TTCA-AACCCTG
gi|127313 : -GCC-A--TGTG-GGC-TACTGA---------ACTTGCA-A-TT-CTAGGG---G-CCCACATCA-AA----ATT-T
gi|127323 : tttaaactaacttgaaatctttggtaC-A--TGCATGGC-AAGCAAAA-----T-TT---CA-A-TT-TTATAA---G-TACACA-CA-AA------T-TTAC-----AAT-TAGC-GAAATT-GGGCAAG--T-ATGAAG-TTTA-AATCCTGagtcgcccacaaatttaaacagctttaaaaaaaacaaaaaca
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 2222222 1111 11111 1111 1111 11111 11111111 11111
lowQualScore : 3 3 7 3 3 3 3 3 11 88 7777 666 3 6 3 3 44 444 77 3 77777 3 44 44 44 3 44 5555555 6 1111111 55 1 55 3 4 4 4 4 66 777 4 4 777 8 4 4 4 66 0000 22222 66 4 66 55 0000 66 0000 888 00000 5 5 88888888 5 777 4 4 3 3 88 3 6 0 00000 3 77 3 3 3 555 3 6 6666 3 33 3 3 44 3 44 3 3 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. .... ... . . . . .. ... .. . ..... . .. .. .. . .. ....... . ....... .. . .. . . . . . .. ... . . ... . . . . .. .... ..... .. . .. .. .... .. .... ... ..... . . ........ . ... . . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . .... . .. . . .. . .. . . .
lowQualScore : 6 6 3 6 6 6 6 6 66 66 7777 444 6 7 3 3 66 666 33 1 77777 1 22 66 66 3 66 4444444 7 8888888 00 2 00 6 0 0 0 4 11 888 4 4 888 9 4 4 4 11 6666 55555 11 4 11 11 6666 99 6666 888 11111 0 0 11111111 0 888 0 0 3 1 55 1 2 2 88888 1 11 1 1 1 444 1 2 5555 1 33 1 1 22 1 66 3 3 3
consensus : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
Reference ( family-830 ) : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCC-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127304 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATGTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ACGAATCGCA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CC-CAA-A--CTTTA---CA-TTTTGT-AT---GC-ATTGATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTAATG---AACC-C--ACTACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127305 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GGA-A--TAAAAAT--TTAAA--T-T--ATTAGAA-------ATGT-ATACA-----TGTTA--ATGAATAGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACCTT--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-ACGTGTGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127306 : GGTTCAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCA--ATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATACA-----TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-G-TTATTT-CTTTATTTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTTCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AAAC-CTTGATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-A--CA-A-AT-TTAGGA---G--CCACACA-AA----ATT-TTA-TA-GCAAA-TGGC-GAG--TGGGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127307 : GGTT--AAC-TTAAC-TT-AAAT-TT-CA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA-A--TGTCA-TTC----TT---G-GAGCCCACAA-AAAACATGCCTAGCCCA-ATCTA-A-TG-A--ACA--TTTTAAATACA-A-----GTA-ATTTAAATATTCCTAAA--T-T--ATAGAAC-------ATGT-ATA-------T-TGA--ATGAAT-ACA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CCGTACGA--CTCTA---CA---TTGTAAT---GCGGTTTATTTCCTTTA--TCTG-TTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TGA-----TGTG--GTTG-AATAA--AGGTTTTCCA-GCGTCT-----GT--CAA----TTTAATG---ACCC-A--AATACAA-T-TA-A--------CCAA-TTCTAA---TTCAAAG-ACAATCACTCGGCC-AATTG-G-GGC-AAGTGAGAG----C-AC-CA-A-TT-TTA-GA---G-CCCACACACAA----ATT-TTAT---GCAGA-TGGCGGAG--T-GGGCAAGGTT-GCGAAGTTTTA-AACCCT
gi|127308 : GGTTTAA-C-TTAAC-CTCAAAT-TTCCA-GG-A-C-C-ACGTGGGCTCTG-GATA--TGTCATTTCTTTCTG---G-GAGCCCACAAT-AAACATGCCTAGTCCACATCTA-A-TGAA--A------------------------A-A--TAAATAT--CTTAA--T-T--ATGAGAC-------A-GT-ACAATGGCATTGTGA--ATGAATCACA--T-TAAGGGCAAAACAGT--C-TAC-T--TTCTAGCCCATTTTTGT-ATTCCAC-ATTTATTC-CTTT--TTCTGTTTG-----------------TT----TAG-----AGTGGTGTTGAAATAA--AGG--TTCCAT-CGTCTGACAGGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-T-GA--------CCAATTTCTTA---TTC-AAG-A-AATCACTT-G-C-A--TGTG-GGC-AA-TGAGA-----C-AG-CT-A-ATATTAGGA---G-CCCACACG-GACCACAAT-TTACTATGCAAA-T-GC-GAG--T-GGGCAAG--T-ACGAAG-TTTA-AACCC
gi|127309 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TAT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATAAGAC-------ATGT-ATA-------TATGA--ATGAATCGCA--T-TAAAGGCAAAA-AGT-CC-T
gi|127310 : GGTTTAAAC-AAAAT-TA-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCG-GAT
gi|127311 : GTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TCTCATTTC----TG---G-GAGCCCACTATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTA-TT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATAATTT----TAG-----AGT---GTTG-AAGAA--AGG-TTTCCATGCGTTC----GG---CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-TAGA--------CCAA-TACTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-ACAAA-TGGC-GAG--T-GGGCATG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127312 : TTTAAACCTTAACCTT-AAAT-TTCCACGG-AGAGC-ACGTGGGCTCCTTGATAA-TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCAC-ATAAAACATG-CTAGCCCACATT---A-TGAA--ACA--TTTG-AACACACA-----GTA-A--TA---AT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT
gi|127313 : TTTAAAC--TAAC-TTGAAAT-CTTTG-GT-AGC-C-ATGTGGGCTACT-GA-ACTTG-CAATTC----TA---G-GGGCCCACATCAAAATTTA-GTCGCCCACA---A-ATTTAA--ACAGCTTT--AAAAAA-A-----ACA-A---AAACA
gi|127314 : TTAAAC-TTAAC-GT-TAATGTTCCA-GGGAGC-CCACGTG--CTCCT-GATA--TGTCATTTT----CGTAGGTGAGCCCACATAAAAATATG-CGTGCCCACATCTACA-TGGAGAACG--TTT--AAAACA-A-----GTATA--TAAATAT--CTAAA--T----ATGAGACCT-----ATGTGATA-------TGTGATGATGAATTGCA--TGTAAGGGCAAAA-AGTTCC-TAC-ATTCTCTA---CA-TTTTGT-AT---GCAGTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATGGAAATA--TTAGTGTAGATGATAGTG--GTTG-AATAATTAGT-TTTGCATGCGTCT----TGTTCCAAATAGTTTACTGATAAGCC-C--CATACAAGTGTAGA--------CCAA-TCATTATTCTTCAAAGAA-AATCA-TT-GCCTATTTTTG-GGCAAAGTGAGA-----CAACGCA-A-AT-TTAGGA---GCCCCACACATAA----ATT-TTACTA-GCAAACTGGC---G--T--GGCAAG--TGGCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127315 : GCTCGG-GATA--TGTTATTTC----TG---A-AAGCCCACAACAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA----T--GATGCA-A-----GTA-A--CGAAAAG--CTTAA--TCC--ATGAAAC-------ATGTGATA-------TATAA--ATGGGTCGCT--T-TAGGGGC-TAA-AGT-TC-CGC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTAA-ATCTGTTTGAAGTAAATTGGACTA--
gi|127316 : TAAAACATG-CTAGCCCACATTTA-A-TGAA--ACA----T--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAC--CTAAA--T-T--ATAATAC-------AT-T-GTA-------TGTGA--GTAAATTGCATTT-TAGGGGCGAA
gi|127317 : --TTT--AATATG-AAATGGGTA-G--TAG-TAT--CTAAAAGT-TGGATAAATCCCTGTGTATAT-ACA-------TGTGA--ATGAATTGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--
gi|127318 : TG--GTC--AATAA--AGA-GTTACATGTA-CT----GAT-----------TACTA---AATC-C--AATACAA-T-TAGAGTCTATGACCAA-AATTTG---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A-----G-GGC-AAGTGA-A-----C-AG-CA-A-AT-TTAG-----A-CCCACAC---A----ATTGTTACTA-GCAAA-TGCG-GAG--T--GGCAAG--T--CGAA---TTA-AACCCTG
gi|127319 : TG---TTCAAAG-A-AAT-ACTC-GCC-A--TGTT-GGC-GAGGGAGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-TCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127320 : AAA-A-AGTCGCTT-GCC-A--TGTG-GGC-GAAAGGAT-----T-TT-CA-ATAT-CTAGTC---G-CCCACAGC-AA----ATT-TTGCTC-GC-AT-TGGC-GAG--T-GG
gi|127321 : TTATTC-GCC-A--TGTG-GG---AG-GAGGATTTTC-AC----A-AT-TTGGTC---G-CCCACACA-TA----AAA-TTACTC-GCATA-T-GC-GTG--T-GGTCAAG--T-G-GTAA-TTTGCAATCCTG
gi|127322 : TC-GCC-A--TGTG-GGCTACTTGA---------AC-CGTA-GT-TT-TGATTCG-CCCACACG-GA----AAT-TTAGTC-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCGAC--C-GTTAAT-TTCA-AACCCTG
gi|127323 : C-A--TGCATGGC-AAGCAAAA-----T-TT-CA-A-TT-TTATAA---G-TACACACA-AA------T-TTAC-----AAT-TAGC-GAAATT-GGGCAAG--T-ATGAAG-TTTA-AATCCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 2222222 1111 11111 1111 1111 11111 11111111 11111
lowQualScore : 3 3 7 3 3 3 3 3 3 88 7777 666 3 6 3 3 44 444 77 3 77777 3 44 44 44 3 44 5555555 6 1111111 55 1 55 3 4 4 4 4 66 777 4 4 777 8 4 4 4 66 0000 22222 66 4 66 55 0000 66 0000 888 00000 5 5 88888888 5 777 4 4 3 3 88 3 6 0 00000 3 77 3 3 3 555 3 6 6666 3 33 3 3 44 3 44 3 3 3
lowQualScore : . . . . . . . . . .. .... ... . . . . .. ... .. . ..... . .. .. .. . .. ....... . ....... .. . .. . . . . . .. ... . . ... . . . . .. .... ..... .. . .. .. .... .. .... ... ..... . . ........ . ... . . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . .... . .. . . .. . .. . . .
lowQualScore : 6 6 3 6 6 6 6 6 3 66 7777 444 6 7 3 3 66 666 33 1 77777 1 22 66 66 3 66 4444444 7 8888888 00 2 00 6 0 0 0 4 11 888 4 4 888 9 4 4 4 11 6666 55555 11 4 11 11 6666 99 6666 888 11111 0 0 11111111 0 888 0 0 3 1 55 1 2 2 88888 1 11 1 1 1 444 1 2 5555 1 33 1 1 22 1 66 3 3 3
consensus : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
Reference ( family-830 ) : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127304 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATGTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ACGAATCGCA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CC-CAA-A--CTTTA---CA-TTTTGT-AT---GC-ATTGATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTAATG---AACC-C--ACTACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127305 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GGA-A--TAAAAAT--TTAAA--T-T--ATTAGAA-------ATGT-ATACA-----TGTTA--ATGAATAGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACCTT--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-ACGTGTGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127306 : GGTTCAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCA--ATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATACA-----TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-G-TTATTT-CTTTATTTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTTCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AAAC-CTTGATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-A--CA-A-AT-TTAGGA---G--CCACACA-AA----ATT-TTA-TA-GCAAA-TGGC-GAG--TGGGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127307 : GGTT--AAC-TTAAC-TT-AAAT-TT-CA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA-A--TGTCA-TTC----TT---G-GAGCCCACAA-AAAACATGCCTAGCCCA-ATCTA-A-TG-A--ACA--TTTTAAATACA-A-----GTA-ATTTAAATATTCCTAAA--T-T--ATAGAAC-------ATGT-ATA-------T-TGA--ATGAAT-ACA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CCGTACGA--CTCTA---CA---TTGTAAT---GCGGTTTATTTCCTTTA--TCTG-TTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TGA-----TGTG--GTTG-AATAA--AGGTTTTCCA-GCGTCT-----GT--CAA----TTTAATG---ACCC-A--AATACAA-T-TA-A--------CCAA-TTCTAA---TTCAAAG-ACAATCACTCGGCC-AATTG-G-GGC-AAGTGAGAG----C-AC-CA-A-TT-TTA-GA---G-CCCACACACAA----ATT-TTAT---GCAGA-TGGCGGAG--T-GGGCAAGGTT-GCGAAGTTTTA-AACCCT
gi|127308 : GGTTTAA-C-TTAAC-CTCAAAT-TTCCA-GG-A-C-C-ACGTGGGCTCTG-GATA--TGTCATTTCTTTCTG---G-GAGCCCACAAT-AAACATGCCTAGTCCACATCTA-A-TGAA--A------------------------A-A--TAAATAT--CTTAA--T-T--ATGAGAC-------A-GT-ACAATGGCATTGTGA--ATGAATCACA--T-TAAGGGCAAAACAGT--C-TAC-T--TTCTAGCCCATTTTTGT-ATTCCAC-ATTTATTC-CTTT--TTCTGTTTG-----------------TT----TAG-----AGTGGTGTTGAAATAA--AGG--TTCCAT-CGTCTGACAGGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-T-GA--------CCAATTTCTTA---TTC-AAG-A-AATCACTT-G-C-A--TGTG-GGC-AA-TGAGA-----C-AG-CT-A-ATATTAGGA---G-CCCACACG-GACCACAAT-TTACTATGCAAA-T-GC-GAG--T-GGGCAAG--T-ACGAAG-TTTA-AACCC
gi|127309 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TAT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATAAGAC-------ATGT-ATA-------TATGA--ATGAATCGCA--T-TAAAGGCAAAA-AGT-CC-T
gi|127310 : GGTTTAAAC-AAAAT-TA-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCG-GAT
gi|127311 : GTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TCTCATTTC----TG---G-GAGCCCACTATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTA-TT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATAATTT----TAG-----AGT---GTTG-AAGAA--AGG-TTTCCATGCGTTC----GG---CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-TAGA--------CCAA-TACTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-ACAAA-TGGC-GAG--T-GGGCATG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127312 : TTTAAACCTTAACCTT-AAAT-TTCCACGG-AGAGC-ACGTGGGCTCCTTGATAA-TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCAC-ATAAAACATG-CTAGCCCACATT---A-TGAA--ACA--TTTG-AACACACA-----GTA-A--TA---AT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT
gi|127313 : TTTAAAC--TAAC-TTGAAAT-CTTTG-GT-AGC-C-ATGTGGGCTACT-GA-ACTTG-CAATTC----TA---G-GGGCCCACATCAAAATTTA-GTCGCCCACA---A-ATTTAA--ACAGCTTT--AAAAAA-A-----ACA-A---AAACA
gi|127314 : TTAAAC-TTAAC-GT-TAATGTTCCA-GGGAGC-CCACGTG--CTCCT-GATA--TGTCATTTT----CGTAGGTGAGCCCACATAAAAATATG-CGTGCCCACATCTACA-TGGAGAACG--TTT--AAAACA-A-----GTATA--TAAATAT--CTAAA--T----ATGAGACCT-----ATGTGATA-------TGTGATGATGAATTGCA--TGTAAGGGCAAAA-AGTTCC-TAC-ATTCTCTA---CA-TTTTGT-AT---GCAGTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATGGAAATA--TTAGTGTAGATGATAGTG--GTTG-AATAATTAGT-TTTGCATGCGTCT----TGTTCCAAATAGTTTACTGATAAGCC-C--CATACAAGTGTAGA--------CCAA-TCATTATTCTTCAAAGAA-AATCA-TT-GCCTATTTTTG-GGCAAAGTGAGA-----CAACGCA-A-AT-TTAGGA---GCCCCACACATAA----ATT-TTACTA-GCAAACTGGC---G--T--GGCAAG--TGGCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127315 : GCTCGG-GATA--TGTTATTTC----TG---A-AAGCCCACAACAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA----T--GATGCA-A-----GTA-A--CGAAAAG--CTTAA--TCC--ATGAAAC-------ATGTGATA-------TATAA--ATGGGTCGCT--T-TAGGGGC-TAA-AGT-TC-CGC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTAA-ATCTGTTTGAAGTAAATTGGACTA--
gi|127316 : TAAAACATG-CTAGCCCACATTTA-A-TGAA--ACA----T--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAC--CTAAA--T-T--ATAATAC-------AT-T-GTA-------TGTGA--GTAAATTGCATTT-TAGGGGCGAA
gi|127317 : --TTT--AATATG-AAATGGGTA-G--TAG-TAT--CTAAAAGT-TGGATAAATCCCTGTGTATAT-ACA-------TGTGA--ATGAATTGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--
gi|127318 : TG--GTC--AATAA--AGA-GTTACATGTA-CT----GAT-----------TACTA---AATC-C--AATACAA-T-TAGAGTCTATGACCAA-AATTTG---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A-----G-GGC-AAGTGA-A-----C-AG-CA-A-AT-TTAG-----A-CCCACAC---A----ATTGTTACTA-GCAAA-TGCG-GAG--T--GGCAAG--T--CGAA---TTA-AACCCTG
gi|127319 : TG---TTCAAAG-A-AAT-ACTC-GCC-A--TGTT-GGC-GAGGGAGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-TCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127320 : AAA-A-AGTCGCTT-GCC-A--TGTG-GGC-GAAAGGAT-----T-TT-CA-ATAT-CTAGTC---G-CCCACAGC-AA----ATT-TTGCTC-GC-AT-TGGC-GAG--T-GG
gi|127321 : TTATTC-GCC-A--TGTG-GG---AG-GAGGATTTTC-AC----A-AT-TTGGTC---G-CCCACACA-TA----AAA-TTACTC-GCATA-T-GC-GTG--T-GGTCAAG--T-G-GTAA-TTTGCAATCCTG
gi|127322 : TC-GCC-A--TGTG-GGCTACTTGA---------AC-CGTA-GT-TT-TGATTCG-CCCACACG-GA----AAT-TTAGTC-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCGAC--C-GTTAAT-TTCA-AACCCTG
gi|127323 : C-A--TGCATGGC-AAGCAAAA-----T-TT-CA-A-TT-TTATAA---G-TACACACA-AA------T-TTAC-----AAT-TAGC-GAAATT-GGGCAAG--T-ATGAAG-TTTA-AATCCTG
blockSeqs : C C C G C G G C T CT TTTC TAG T C C T GA GCT TA C AATGG T TT TC AG C GG CCTGTGT G ATGGCAT TG A TT G C T G G TT GCC T A TCC G C T G AT AGTG ATGAT GT A TT TT GACA TC ATAG ATA CTTG G G GTCTATGA T TTC A C G T AT T A ATTTT A CG T T A TTC C C CCAC G AT C G AT G GT G T C
blockSeqs : . . G . . . . . . A . . . C . . . T G . . . . . . . . CT G CA . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . TTG . . . . . . . . . TT . T G . G . . . . . T . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . CA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
finalCons : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 2222222 1111 11111 1111 1111 11111 11111111 11111
lowQualScore : 3 3 7 3 3 3 3 3 3 88 7777 666 3 6 3 3 44 444 77 3 77777 3 44 44 44 3 44 5555555 6 1111111 55 1 55 3 4 4 4 4 66 777 4 4 777 8 4 4 4 66 0000 22222 66 4 66 55 0000 66 0000 888 00000 5 5 88888888 5 777 4 4 3 3 88 3 6 0 00000 3 77 3 3 3 555 3 6 6666 3 33 3 3 44 3 44 3 3 3
lowQualScore : . . . . . . . . . .. .... ... . . . . .. ... .. . ..... . .. .. .. . .. ....... . ....... .. . .. . . . . . .. ... . . ... . . . . .. .... ..... .. . .. .. .... .. .... ... ..... . . ........ . ... . . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . .... . .. . . .. . .. . . .
lowQualScore : 6 6 3 6 6 6 6 6 3 66 7777 444 6 7 3 3 66 666 33 1 77777 1 22 66 66 3 66 4444444 7 8888888 00 2 00 6 0 0 0 4 11 888 4 4 888 9 4 4 4 11 6666 55555 11 4 11 11 6666 99 6666 888 11111 0 0 11111111 0 888 0 0 3 1 55 1 2 2 88888 1 11 1 1 1 444 1 2 5555 1 33 1 1 22 1 66 3 3 3
consensus : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
Reference ( family-830 ) : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127304 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATGTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ACGAATCGCA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CC-CAA-A--CTTTA---CA-TTTTGT-AT---GC-ATTGATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCGTCT----GGT--CAA----TTTAATG---AACC-C--ACTACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127305 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GGA-A--TAAAAAT--TTAAA--T-T--ATTAGAA-------ATGT-ATACA-----TGTTA--ATGAATAGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTCCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AACCTT--GATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-ACGTGTGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127306 : GGTTCAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCA--ATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATACA-----TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-G-TTATTT-CTTTATTTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--AGG-TTTTCATGCATCT----GGT--CAA----TTTACTG---AAAC-CTTGATACAA-T-TAGA--------CCAA-TTCTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-A--CA-A-AT-TTAGGA---G--CCACACA-AA----ATT-TTA-TA-GCAAA-TGGC-GAG--TGGGGCAAG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127307 : GGTT--AAC-TTAAC-TT-AAAT-TT-CA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GA-A--TGTCA-TTC----TT---G-GAGCCCACAA-AAAACATGCCTAGCCCA-ATCTA-A-TG-A--ACA--TTTTAAATACA-A-----GTA-ATTTAAATATTCCTAAA--T-T--ATAGAAC-------ATGT-ATA-------T-TGA--ATGAAT-ACA--T-TGAGGGCAAAA-AGT-CCGTACGA--CTCTA---CA---TTGTAAT---GCGGTTTATTTCCTTTA--TCTG-TTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TGA-----TGTG--GTTG-AATAA--AGGTTTTCCA-GCGTCT-----GT--CAA----TTTAATG---ACCC-A--AATACAA-T-TA-A--------CCAA-TTCTAA---TTCAAAG-ACAATCACTCGGCC-AATTG-G-GGC-AAGTGAGAG----C-AC-CA-A-TT-TTA-GA---G-CCCACACACAA----ATT-TTAT---GCAGA-TGGCGGAG--T-GGGCAAGGTT-GCGAAGTTTTA-AACCCT
gi|127308 : GGTTTAA-C-TTAAC-CTCAAAT-TTCCA-GG-A-C-C-ACGTGGGCTCTG-GATA--TGTCATTTCTTTCTG---G-GAGCCCACAAT-AAACATGCCTAGTCCACATCTA-A-TGAA--A------------------------A-A--TAAATAT--CTTAA--T-T--ATGAGAC-------A-GT-ACAATGGCATTGTGA--ATGAATCACA--T-TAAGGGCAAAACAGT--C-TAC-T--TTCTAGCCCATTTTTGT-ATTCCAC-ATTTATTC-CTTT--TTCTGTTTG-----------------TT----TAG-----AGTGGTGTTGAAATAA--AGG--TTCCAT-CGTCTGACAGGT--CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-T-GA--------CCAATTTCTTA---TTC-AAG-A-AATCACTT-G-C-A--TGTG-GGC-AA-TGAGA-----C-AG-CT-A-ATATTAGGA---G-CCCACACG-GACCACAAT-TTACTATGCAAA-T-GC-GAG--T-GGGCAAG--T-ACGAAG-TTTA-AACCC
gi|127309 : GGTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCACAATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TAT--AATACA-A-----GTA-A--TACATAT--CTAAA--T-T--ATAAGAC-------ATGT-ATA-------TATGA--ATGAATCGCA--T-TAAAGGCAAAA-AGT-CC-T
gi|127310 : GGTTTAAAC-AAAAT-TA-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ATGTGGGCTCCG-GAT
gi|127311 : GTTTAAAC-TTAAC-TT-AAAT-TTCCA-GG-AGC-C-ACGTGGGCTCCT-GATA--TCTCATTTC----TG---G-GAGCCCACTATAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA--TTT--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-ATA-------TGTGA--ATGAATCGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTA-TT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATAATTT----TAG-----AGT---GTTG-AAGAA--AGG-TTTCCATGCGTTC----GG---CAA----TTTACTG---AACC-C--AATACAA-T-TAGA--------CCAA-TACTTA---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A--TGTG-GGC-AAGTGAGA-----C-AC-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-ACAAA-TGGC-GAG--T-GGGCATG--T-GCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127312 : TTTAAACCTTAACCTT-AAAT-TTCCACGG-AGAGC-ACGTGGGCTCCTTGATAA-TGTCATTTC----TG---G-GAGCCCAC-ATAAAACATG-CTAGCCCACATT---A-TGAA--ACA--TTTG-AACACACA-----GTA-A--TA---AT--CTAAA--T-T--ATGAGAC-------ATGT-AT
gi|127313 : TTTAAAC--TAAC-TTGAAAT-CTTTG-GT-AGC-C-ATGTGGGCTACT-GA-ACTTG-CAATTC----TA---G-GGGCCCACATCAAAATTTA-GTCGCCCACA---A-ATTTAA--ACAGCTTT--AAAAAA-A-----ACA-A---AAACA
gi|127314 : TTAAAC-TTAAC-GT-TAATGTTCCA-GGGAGC-CCACGTG--CTCCT-GATA--TGTCATTTT----CGTAGGTGAGCCCACATAAAAATATG-CGTGCCCACATCTACA-TGGAGAACG--TTT--AAAACA-A-----GTATA--TAAATAT--CTAAA--T----ATGAGACCT-----ATGTGATA-------TGTGATGATGAATTGCA--TGTAAGGGCAAAA-AGTTCC-TAC-ATTCTCTA---CA-TTTTGT-AT---GCAGTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATGGAAATA--TTAGTGTAGATGATAGTG--GTTG-AATAATTAGT-TTTGCATGCGTCT----TGTTCCAAATAGTTTACTGATAAGCC-C--CATACAAGTGTAGA--------CCAA-TCATTATTCTTCAAAGAA-AATCA-TT-GCCTATTTTTG-GGCAAAGTGAGA-----CAACGCA-A-AT-TTAGGA---GCCCCACACATAA----ATT-TTACTA-GCAAACTGGC---G--T--GGCAAG--TGGCGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127315 : GCTCGG-GATA--TGTTATTTC----TG---A-AAGCCCACAACAAAACATG-CTAGCCCACATCTA-A-TGAA--ACA----T--GATGCA-A-----GTA-A--CGAAAAG--CTTAA--TCC--ATGAAAC-------ATGTGATA-------TATAA--ATGGGTCGCT--T-TAGGGGC-TAA-AGT-TC-CGC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTAA-ATCTGTTTGAAGTAAATTGGACTA--
gi|127316 : TAAAACATG-CTAGCCCACATTTA-A-TGAA--ACA----T--AATACA-A-----GTA-A--TAAATAC--CTAAA--T-T--ATAATAC-------AT-T-GTA-------TGTGA--GTAAATTGCATTT-TAGGGGCGAA
gi|127317 : --TTT--AATATG-AAATGGGTA-G--TAG-TAT--CTAAAAGT-TGGATAAATCCCTGTGTATAT-ACA-------TGTGA--ATGAATTGCA--T-TAAGGGCAAAA-AGT-CC-TAC-A--CTCTA---CA-TTTTGT-AT---GC-GTTTATTT-CTTTA-TTCTGTTTGAA-TGAATTGAAATA--TT----TAG-----AGTG--GTTG-AATAA--
gi|127318 : TG--GTC--AATAA--AGA-GTTACATGTA-CT----GAT-----------TACTA---AATC-C--AATACAA-T-TAGAGTCTATGACCAA-AATTTG---TTCAAAG-A-AATCACTC-GCC-A-----G-GGC-AAGTGA-A-----C-AG-CA-A-AT-TTAG-----A-CCCACAC---A----ATTGTTACTA-GCAAA-TGCG-GAG--T--GGCAAG--T--CGAA---TTA-AACCCTG
gi|127319 : TG---TTCAAAG-A-AAT-ACTC-GCC-A--TGTT-GGC-GAGGGAGA-----C-AG-CA-A-AT-TTAGGA---G-CCCACACA-AA----ATT-TTACTA-TCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCAAG--T-GTGAAG-TTTA-AACCCTG
gi|127320 : AAA-A-AGTCGCTT-GCC-A--TGTG-GGC-GAAAGGAT-----T-TT-CA-ATAT-CTAGTC---G-CCCACAGC-AA----ATT-TTGCTC-GC-AT-TGGC-GAG--T-GG
gi|127321 : TTATTC-GCC-A--TGTG-GG---AG-GAGGATTTTC-AC----A-AT-TTGGTC---G-CCCACACA-TA----AAA-TTACTC-GCATA-T-GC-GTG--T-GGTCAAG--T-G-GTAA-TTTGCAATCCTG
gi|127322 : TC-GCC-A--TGTG-GGCTACTTGA---------AC-CGTA-GT-TT-TGATTCG-CCCACACG-GA----AAT-TTAGTC-GCAAA-TGGC-GAG--T-GGGCGAC--C-GTTAAT-TTCA-AACCCTG
gi|127323 : C-A--TGCATGGC-AAGCAAAA-----T-TT-CA-A-TT-TTATAA---G-TACACACA-AA------T-TTAC-----AAT-TAGC-GAAATT-GGGCAAG--T-ATGAAG-TTTA-AATCCTG