lowQualScore                  :                   2                    1111111111      22222222                    111111                                                                      11111111                      11    22                                                              222222                                                                          22222222                                                                                                     
lowQualScore                  :       33 33 55 2  8  444  2   6 2 2 2  2222222222 2    44444444 2      33  33 2  2 666666 4444  2  4 2   33 33    99 2 2 33    4 4  6   666 6 2 2 2    33 222  66666666   2 66  2   2    2   11 55 11 2 2 4  2  2  2  4444 22   77  4   99999999999  88 22 2  777  999999 2  999  44 22 2  4 22  2 4 333  22 2 4 6  4 44   2   333  4           2  33333333 333   9999  2   2 4444  4 77    4  99999  666666  2 2 4 2 2 4 8    2 2    4  2 2     2  2  5 2      
lowQualScore                  :       .. .. .. .  .  ...  .   . . . .  .......... .    ........ .      ..  .. .  . ...... ....  .  . .   .. ..    .. . . ..    . .  .   ... . . . .    .. ...  ........   . ..  .   .    .   .. .. .. . . .  .  .  .  .... ..   ..  .   ...........  .. .. .  ...  ...... .  ...  .. .. .  . ..  . . ...  .. . . .  . ..   .   ...  .           .  ........ ...   ....  .   . ....  . ..    .  .....  ......  . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .      
lowQualScore                  :       22 22 66 4  7  111  4   7 2 2 2  8888888888 2    88888888 2      11  11 2  2 444444 7777  2  4 2   11 11    77 2 2 11    4 4  7   111 7 2 2 2    11 888  88888888   2 11  2   2    2   99 33 44 2 2 4  2  1  1  5555 99   11  0   55555555555  22 88 0  555  555555 0  555  88 88 0  0 88  0 0 555  88 0 0 0  0 88   0   555  0           0  00000000 777   5555  1   1 5555  2 99    2  55555  111111  1 1 2 1 1 2 4    1 1    2  1 2     2  4  0 5      
consensus                     : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--T--TT-A-G-A-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T--C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
Reference ( gi|77551 )        : TTTGAC--A--T--C-ACTCA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-A--AC--T-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----G---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--T--T--A-G-A-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T--C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77552                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----C---TAG-A--GT-AGT-AATA-AAT--T--T--A-G-A-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CACG-CG---CA---TT-C-AC---GC--G--C-ACCG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AT-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77553                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT----AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TT---T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-A-TC----A---T-G-A--GT-AGT-AATA-CAGATT--T--A-G-A-TA-T--AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---TT-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT-----AA------CC-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77557                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TA--C-A-A-AG----------AAGTCC-C--AA--T-A-ATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--T--T--T-A-C-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T---------------------G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAAGTAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT-----AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77554                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCCCA--AT--TTACATAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTC--T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--T--TTAA-G-A-CA-TC-AA-GA----A--TTAG-CA-ATG-----------CATCC--G-CG---CAT--T--C-AC---GCG-G--C-A--G--CGAA-A---TT--T-GAA-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC--------T--T---CTT----AG-GCA-C----TCAA--TGTC-AT---A-AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AA-T-GTTTAA
gi|77555                      : TTTGAC--A--T--C-A--CA---ATCTAAGC-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--T-GA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TCAAAA---T-G-G-A-AAGA--T---TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAAT-T--T--A-G-ACCA-TC-AG-AA----T--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CGT--CAT--T--C-ACT--GC--G--C-AC-G--CG-ACA---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTC-TGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCC-C----T--A--TGTC-AT-----AA------CC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TCAAG-T-CTTTAA
gi|77556                      : TTTGAC--A--T--C-ACGCA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-A--A---T-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C---AAA--C-T-A--TTCA-T-TTGAAA---T-G-G-A-AAGA--T-C-TCA---A---TAG-A--GT-AAT-AA-A-TGT--T--T--A-G-A-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T--C-AG---GC--G--C--C-G--CG-A-ATGCTT--T-G-A-TA-A--AAA-TAT---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GGC-C----TCAA--TGTC-AT---A-AA------CCTT-A-C-A-G-T-ATAA-C-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77559                      : TTTG-C--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-AGA-AG----------A-GTCC-A--A---T-ACATAA--CT--G-AAGA------T----AT-AC-A-TTT--CGAAAAA--C-T-AATTTCA-TGTC-AA----T-G-G-A-AAGA--T-C-T-----G---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--T--TTTA-G-A-CA-TC-AGCAA----A--TGA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CGCATT--C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-AGGAGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAAT---T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AA-------C-T-A-C-ACG-T-AAAT-A-TTTG-AA-T-T-ATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77560                      : TTTGAC--ACAT--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCCCA--AT--T-CAATAT--CT--G-AA-A------T----ATTACCA-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-G-A-AAGA--T-A-TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATACCAAT-T--T--A-G-A-TA-T--AG-AA----A--TTA---A-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T--C-ACG--GC--G--C-AC-G--CG-A-A----T--T-G-ATTA-A--AAA-AAA---TTCTTTCTTGACACACA-----T--TCTATTT----AG-GCAGC----TC-A--TGTC-AT---A-AA-------C-T-ACC-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AATT-TGATT-TC-AGTT-CTTTAA
gi|77561                      : TTGGAC--A--TT-C-AC--A---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-A--AT--A-ACATAT--CT--G-AA-A------TTATAAT-AC-A-TT------AAAA--C---A--TTCAAT-CC-ATA---T-G-G-A-AAGA--T-CCTC----G---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAAT-T--T--A-G-A-CA-TA-GA-AA----A--TTA--CA-ATG------------G--C--G-CG---CAT--T--C-AC----T--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TCA----T-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TCTTTTAAG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AA------CT-T-ACC-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-T
gi|77562                      : TTTGACTGA--T--C-A-TCA---AT-TAA-C-A-A-A-----------A-GTCC-A--AG--T-ACA-ATTGCT--T-GA-A------T----A--AA-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCAAT-TC-AAA---T-G-G-A-AATA--TTC-TC----GAT-TAG-A--GT-AGT-AATA-CAA--TA-T--AAG-A-CA-TA-AG-AA----A--TTAA-CA-ATG-----------CA--C--G-CGA--CA---TT-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--A-G-ATTA-A--CGA-T-A---CT-TTTCTTGACAC-CA-----T--T---CTT----A--GCA-C----TC-A--TGTC-AT---ACAA------CC-T-A-CAA-G-T-AAAA-A--TTG-GA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77563                      : TTTGAC--A--T--CCAC-CA---AT-TAA-C-A-A-ACCATCCTCATTA-GTCC-C---C--A-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-AATTT--C--AAAAACC-T-A--TTCA-CCTC-AAA---TTG-G-A-AAGAGAT-C-TC----AATATGT-A--GTCAGT-TATA-CAA--TCTT--A-GGA-CA-TC-AA-GA----A--TTA--CATATG-----------CAACC--G-CG---CA---TTTC-AC---GC--G--CTAC-G--CG-A-A---TT--T-A-A-TA-AC-AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----TT-C---TTT----CG-GTA-C----TC-A--TGTC-AT---A-AATTTTAACC-T-A-C-A-G-T-ATAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77564                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-CAA-A-AG----------A-GTCC-A--A---T-ACATAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--ACAA--C-TAA--TTCA-T-TC---A---T-G-T-A-AAGA--T---TC----A---TAG-A--GT-AGTAAATA-CAA--T--TTCA-G-ACCA-TC-AG-AATCTCA--TT-------TGCCCCCCTCCCCCA--C--A-CG---CA---T--CTACACAGT--G--G-ACAG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGA-AC-CA-----T--T---TTTTC--AG-GCA-CTCCATC-A--TGTC-ATAC-A-AA------CC---A-C-A-G-T-AAAA-ATTTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-TCCTTTAA
gi|77558                      : TTTCAC--A--TTGC-ACGCACAAAT-TAA-C-A-AGAGCA--------G-GTCC-CCTACAGT-ACATA---CT--G-AA-ACAGATAT----AT-AC-A-TTT--C--AAAAA-CGT-A--TTCA-T-TCCAAA---T-GCG-A-AAGA--T-C-TTACAAG---TAT-A--GT--GT-AATA-CAA--T--TTTA-G-A-CAATC-AG-AA----A--TTA--CACATG-----------CA--C--G-CG---CA---TT-C-ACA--GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--TTG-AGTA-A--AGA-TAA---TTCTTTCTTGACAC-CA-----TTTC---TTT----AG--CA------TC-AACTGTC-ATC--A-AA------CC-A-A-C-A-G-T-AAAA-T-TTTG-AA-T-TTGTTGTC-AGCT-CTTTAA
gi|77565                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--G-AA-ATTAAC-T----AC-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAACATT-G-G-ACAAGA--T-C--C----A---TAGAA--GT-CGT-AATA-ACA--T--T--A-G-A-CA-TCGAG-GA----A--------A-GCG------------A--C--G-CG---CAT--T--C-AC---GC--G-----------G-A-A---TT--G-G-A-TACA--AGA-TAA---TT-TTTTCTTACAC-CAT----T--C---TTTG---AGAGCA-C----CT-ACTTGT--AT---A-AC------CC-T-A-C-A-G-TCAAAA-A-TCTT-AA-T-T-ACT-TC-AG-T-CTTT
gi|77566                      : TTTGAC--A--T--C-AC-CA---AT-TAA-C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--GT--G-AA-A------T----AT-ATAA-TTT--C---AAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GAA-AAGA--T-C-TC----A---TAG-A--A--AGT-AATA-CAA--T--TTAA-A-G-CA-TC-AG-GA----AATTTAATCA-ATG-----------CATTC--GCCGATCCA---T--C-AC---GC--GAAC-AC-GCTCG-ATA---TTGAT-GTA-TA-A--AAT-TAA---TT-TTCCTTGACAC-CATGTTCT--T---TTT----AG-GCA-C----TC----TGTC-ATTTGA-GA------CT-TAA-C-A-G-----AG-A-TTTA-AA-
gi|77568                      :  TTGAC--A--T--C-ACCAA---AT-TAAAC-A-A-A-----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-G-A-AAG---T-C-TC----A---TAG-AAAGT-AGT-AATG-CAA--T--TTTA-G-A-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---TA---TT-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-CA-----TTCT---TTT----AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A-AA------CC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77567                      :  TTGAC--A--T--C-ACCAA---AT-TAAAC-A-A-A-----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-G-A-AAG---T-C-TC----A---TAG-AAAGT-AGT-AATG-CAA--T--TTTA-G-A-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---TA---TT-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-CA-----TTCT---TTT----AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A-AA------CC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77569                      :                               -C-A-A-AG----------A-GTCC-C--AA--T-ACATAT--CTTTG-AA-A------T----AT-AC-A-TTTTTC--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAAA--T-G-G-A-AAGA--T-C-TC----A---TAG-A--GT-AGT-AATA-CAAT-T--T--A-G-A-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T--C-AC---GC--G--C-AT-G--TG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAAATTTT-TTTCTTGATAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-AT-TGTC-AT---A-AA-------C-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-TAGGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77571                      :                                                                                                                                                                                                                 -AA-AA----A--TTA--CA-ATG-----------GA--C--A-TA---AAATCT--C-CC---GCATG--C-AT-G--CA-A-A---TT--T-G-A-TTTA--ACA-T-----CT-ATGCTTCACAT-CA-----TT-C---ATT----AA-GCA-T----TC-A--TATT-GT---A-AA------CC-T-A-C-A-G-C-AAAATA-TTC--AT-T-TTATT-TT-A
gi|77570                      :                                                                                                                                                                                                                                    A-ATG-----------CA--C--G-TG---CA---CA-C-AC---GC--G--C-AC-G--TG-A-G---TA--T-G-A-TA-G--AG--T-A---TT-ACTTTTGATAC-CA-----T--

lowQualScore                  :                                                  1111111111111                                    111111                                               111                                                                                                                       222                                                                            22222222                                    1111111111                                                      
lowQualScore                  :                     33 33 2 2  4   4 2   6 2 2 2 1111111111111 2     4444   22 2  2   22  22 6  2 111111 4444  2  4 2   22 77    55 2 2 22    6 2  6   222  2  2 22 2   2 2  555 22   77   2 4444  2   2 2  2 4 2  8 4  6  2  2  2  4444 22   66  3   99999999999  77 22 1  777  888 7 1  999  44 22 1  3 22  1 3 333  22 1 3 5  3 44   1   333  3           1  11111111 333   9999  2   2 4444  4 77    4  4444444444    2 2 4 2 2 4 8    2 2    4  2 2     2  2  4 2      
lowQualScore                  :                     .. .. . .  .   . .   . . . . ............. .     ....   .. .  .   ..  .. .  . ...... ....  .  . .   .. ..    .. . . ..    . .  .   ...  .  . .. .   . .  ... ..   ..   . ....  .   . .  . . .  . .  .  .  .  .  .... ..   ..  .   ...........  .. .. .  ...  ... . .  ...  .. .. .  . ..  . . ...  .. . . .  . ..   .   ...  .           .  ........ ...   ....  .   . ....  . ..    .  ..........    . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .      
lowQualScore                  :                     22 22 2 2  4   4 2   3 1 1 1 3333333333333 1     5555   99 1  1   99  99 3  1 333333 5555  1  2 1   99 11    00 1 1 99    3 1  3   111  1  1 99 1   1 1  888 99   99   1 5555  1   1 1  1 2 1  4 2  3  1  0  0  2222 88   88  8   00000000000  99 66 9  111  333 6 9  000  55 66 9  8 66  9 8 333  66 9 8 7  8 55   9   333  8           9  55555555 555   0000  0   0 2222  0 55    0  4444444444    0 0 0 0 0 0 0    0 0    0  0 1     1  2  7 4      
consensus                     :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
Reference ( family-825 )      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77551                      :               TTTGAC--A--T-C-ACTCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCA----ACT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---G--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-T--A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77552                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---C--TAG--AGT-A----GT-AAT-A--A-A-T-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CACG-CG---CA---TTC-AC---GC--G--C-ACCG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TTT----AT-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77553                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT----AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TT---T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-A-TC---A--T-G--AGT-A----GT-AAT-A-CAGA-T-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT----------AACC-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77554                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AATTTA-CA-TAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTC--T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TTAA-GA-CA-TC-AA-GA----A--TTAG-CA-ATG-----------CATCC--G-CG---CAT--T-C-AC---GCG-G--C-A--G--CGAA-A---TT--T-GAA-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC--------T--T---CTT----AG-GCA-C----TCAA--TGTC-AT---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AA-T-GTTTAA
gi|77555                      :               TTTGAC--A--T-C-AC--AA-TCTAAGC-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--T-GA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TCAAAA---TG-GA-A--A-GAT---TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-GACCA-TC-AG-AA----T--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CGT--CAT--T-C-ACT--GC--G--C-AC-G--CG-ACA---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTC-TGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCC-C----T--A--TGTC-AT----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TCAAG-T-CTTTAA
gi|77556                      :               TTTGAC--A--T-C-ACGCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C---AAA--C-T-A--TTCA-T-TTGAAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TCA--A--TAG--AGT-A----AT-AA--A-T--G-T-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T-C-AG---GC--G--C--C-G--CG-A-ATGCTT--T-G-A-TA-A--AAA-TAT---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GGC-C----TCAA--TGTC-AT---A------AACCTT-A-C-A-G-T-ATAA-C-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77557                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TA--C-A-A-A----------G--AAGTCCC----AAT--A--A-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A--C-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CA---T--------------------G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAAGTAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77558                      :                           -C-AC-AAA-T-TAA-C-A-AGA----------GCAG-GTCCCCTACAGT--A-CA-TA---CT--G-AA-ACAGATAT----AT-AC-A-TTT--C--AAAAA-CGT-A--TTCA-T-TCCAAA---TGCGA-A--A-GAT-C-TT---A--CA---AGT-ATAGTGT-AAT-A-CA-A-T-TTTA-GA-CAATC-AG-AA----A--TTA--CACATG-----------CA--C--G-CG---CA---TTC-ACA--GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--TTG-AGTA-A--AGA-TAA---TTCTTTCTTGACAC-CA-----TTTC---TTT----AG--CA------TC-AACTGTC-ATC--A------AACC-A-A-C-A-G-T-AAAA-T-TTTG-AA-T-TTGTTGTC-AGCT-CTTTAA
gi|77559                      : tttcacattgcacgTTTG-C--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-AGA-A----------G--A-GTCC-----AAT--A-CA-TAA--CT--G-AAGA------T----AT-AC-A-TTT--CGAAAAA--C-T-AATTTCA-TGTC-AA----TG-GA-A--A-GAT-C-T----G--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TTTA-GA-CA-TC-AGCAA----A--TGA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CGCATT-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-AGGAGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAAT---T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AA-C-T-A-C-ACG-T-AAAT-A-TTTG-AA-T-T-ATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77560                      :               TTTGAC--ACAT-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--T-CAATAT--CT--G-AA-A------T----ATTACCA-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--A-GAT-A-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-ACCA-A-T-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA---A-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T-C-ACG--GC--G--C-AC-G--CG-A-A----T--T-G-ATTA-A--AAA-AAA---TTCTTTCTTGACACACA-----T--TCTATTT----AG-GCAGC----TC-A--TGTC-AT---A------AA-C-T-ACC-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AATT-TGATT-TC-AGTT-CTTTAA
gi|77561                      :               TTGGAC--A--TTC-AC--AA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCC-----AAT--AACA-TAT--CT--G-AA-A------TTATAAT-AC-A-TT------AAAA--C---A--TTCAAT-CC-ATA---TG-GA-A--A-GAT-CCTC---G--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-GA-CA-TA-GA-AA----A--TTA--CA-ATG------------G--C--G-CG---CAT--T-C-AC----T--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TCA----T-TTTCTTGACAC-CA-----T--C---TCTTTTAAG-GCA-C----TC-A--TGTC-AT---A------AACT-T-ACC-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-T
gi|77562                      :               TTTGACTGA--T-C-AT-CAA-T-TAA-C-A-A-A-------------A-GTCCA----AGT--A-CA--ATTGCT--T-GA-A------T----A--AA-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCAAT-TC-AAA---TG-GA-A--A-TATTC-TC---GATTAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-AT-AAGA-CA-TA-AG-AA----A--TTAA-CA-ATG-----------CA--C--G-CGA--CA---TTC-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--A-G-ATTA-A--CGA-T-A---CT-TTTCTTGACAC-CA-----T--T---CTT----A--GCA-C----TC-A--TGTC-AT---AC-----AACC-T-A-CAA-G-T-AAAA-A--TTG-GA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77563                      :               TTTGAC--A--T-CCAC-CAA-T-TAA-C-A-A-ACCATCCTCATT--A-GTCCC----CA---A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-ACAA-TTT--C--AAAAACC-T-A--TTCACC-TC-AAAT--TG-GA-AAGA-GAT-C-TCAATA--TGT--AGTCA----GT-TAT-A-CA-A-TCTT-AGGA-CA-TC-AA-GA----A--TTA--CATATG-----------CAACC--G-CG---CATT-T-C-AC---GC--G--CTAC-G--CG-A-A---TT--T-A-A-TA-AC-AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAT----T--C---TTT----CG-GTA-C----TC-A--TGTC-AT---AAATTTTAACC-T-A-C-A-G-T-ATAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77564                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-CAA-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--ACAA--C-TAA--TTCA-T-TC---A---TG-TA-A--A-GAT---TC---A--TAG--AGT-A----GTAAAT-A-CA-A-T-TTCA-GACCA-TC-AG-AATCTCA--TT-------TGCCCCCCTCCCCCA--C--A-CG---CA---T-CTACACAGT--G--G-ACAG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGA-AC-CA-----T--T---TTTTC--AG-GCA-CTCCATC-A--TGTC-ATAC-A------AACC---A-C-A-G-T-AAAA-ATTTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-TCCTTTAA
gi|77565                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-ATTAAC-T----AC-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAACATTG-GACA--A-GAT-C--C---A--TAGA-AGT-C----GT-AATAA-CA-----TT-A-GA-CA-TCGAG-GA----A--------A-GCG------------A--C--G-CG---CAT--T-C-AC---GC--G-----------G-A-A---TT--G-G-A-TACA--AGA-TAA---TT-TTTTCTTACAC-CAT----T--C---TTTG---AGAGCA-C----CT-ACTTGT--AT---A------ACCC-T-A-C-A-G-TCAAAA-A-TCTT-AA-T-T-ACT-TC-AG-T-CTTT
gi|77566                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--GT--G-AA-A------T----AT-AT-AATTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TG-GA-A--AAGAT-C-TC---A--TAG--AA--A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-AAGCA-TC-AG-GA----AATTTAATCA-ATG-----------CATTC--GCCGATCCA---T-C-AC---GC--GAAC-AC-GCTCG-ATA---TTGAT-GTA-TA-A--AAT-TAA---TT-TTCCTTGACAC-CATGTTCT--T---TTT----AG-GCA-C----TC----TGTC-ATTTGA------GACT-TAA-C-A-G-----AG-A-TTTA-AA-
gi|77567                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A---T--CA-AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAAT--TG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAGAAAGT-A----GT-AAT-G-CA-ATT-TT-A-GA-CA-TC----AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---TAT--T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-CA-----TTCT---TTT----AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77568                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A---T--CA-AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAAT--TG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAGAAAGT-A----GT-AAT-G-CA-ATT-TT-A-GA-CA-TC----AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---TAT--T-C-AC---GC--G--C-AC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-CA-----TTCT---TTT----AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77569                      :                                          -C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CTTTG-AA-A------T----AT-AC-A-TTTTTC--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAAA--TG-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG--AGT-A----GT-AAT-A-CA-A-T-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--C--G-CG---CAT--T-C-AC---GC--G--C-AT-G--TG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAAATTTT-TTTCTTGATAC-CAT----T--C---TTT----AG-GCA-C----TC-AT-TGTC-AT---A------AA-C-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-TAGGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77570                      :                                                                                                                                                                                                                                                  A-ATG-----------CA--C--G-TG---CA---CAC-AC---GC--G--C-AC-G--TG-A-G---TA--T-G-A-TA-G--AG--T-A---TT-ACTTTTGATAC-CA-----T--
gi|77571                      :                                                                                                                                                                                                     tagtatccgagaaatgacgaaaaagt-AA-AA----A--TTA--CA-ATG-----------GA--C--A-TA---AAATCT-C-CC---GCATG--C-AT-G--CA-A-A---TT--T-G-A-TTTA--ACA-T-----CT-ATGCTTCACAT-CA-----TT-C---ATT----AA-GCA-T----TC-A--TATT-GT---A------AACC-T-A-C-A-G-C-AAAATA-TTC--AT-T-TTATT-TT-Atc

lowQualScore                  :                                                  1111111111111                                    111111                                                                                                            1                                  11111111111                                                                                                             11                         1111111111                                                      
lowQualScore                  :                     33 33 2 2  4   4 2   6 2 2 2 1111111111111 2     4444   22 2  2   22  22 2  2 555555 4444  2  4 2   22 22    99 2 2 22    6 2  6   777 4 2  2 22 2   2 2  555 22   2 55  2 4444  2   2 2  2  2  2 4  6  2  2  2  4444 22   66  3   11111111111  55    66 22 44 333    999  44 22 1 1 1 22  1 3 333  22 1 3 5  3 44   1   333  3           1 1  6666 1 22   00  2   2 4444  4 77     4 4444444444    2 2 4 2 2 4 8    2 2    4  2 2     2  2  4 2      
lowQualScore                  :                     .. .. . .  .   . .   . . . . ............. .     ....   .. .  .   ..  .. .  . ...... ....  .  . .   .. ..    .. . . ..    . .  .   ... . .  . .. .   . .  ... ..   . ..  . ....  .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .... ..   ..  .   ...........  ..    .. .. .. ...    ...  .. .. . . . ..  . . ...  .. . . .  . ..   .   ...  .           . .  .... . ..   ..  .   . ....  . ..     . ..........    . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .      
lowQualScore                  :                     22 22 2 2  4   4 2   3 1 1 1 3333333333333 1     5555   99 1  1   99  99 1  1 555555 5555  1  2 1   99 99    22 1 1 99    3 1  3   999 2 1  1 99 1   1 1  888 99   1 88  1 5555  1   1 1  1  1  6 2  3  1  0  0  2222 88   88  8   77777777777  22    44 66 55 333    000  55 66 9 9 9 66  9 8 333  66 9 8 7  8 55   9   333  8           9 9  0000 9 66   88  0   0 2222  0 55     0 3333333333    0 0 0 0 0 0 0    0 0    0  0 1     1  2  7 4      
consensus                     :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
Reference ( family-825 )      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77551                      :               TTTGAC--A--T-C-ACTCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCA----ACT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-A--TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A------TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-A-----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77552                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---C--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A--A-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATGCA---------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-ACC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-A-----T-C--TTT--AT-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77553                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT----AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TT---T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-A-TC---A--T-G-A--GT-A----GT-AAT-A-CAGAT-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77554                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AATTTA-CA-TAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTC--T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TTAA-GA-CA-TC-AA-GA----A--TTAG-CA-ATG-----------CATCCGCG--C--A--T---TCAC---GCG-G--C-A---G--CGAA-A---TT--T-GAA-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC----T----T-C---TT--AG-GCA-C----TCAA--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AA-T-GTTTAA
gi|77555                      :               TTTGAC--A--T-C-AC--AA-TCTAAGC-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--T-GA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TCAAAA---T-G-GA-A--A-GAT---TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GACCA-TC-AG-AA----T--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCGT-C--A--T---TCACT--GC--G--C-A-C-G--CG-ACA---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTC-TGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCC-C----T--A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TCAAG-T-CTTTAA
gi|77556                      :               TTTGAC--A--T-C-ACGCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C---AAA--C-T-A--TTCA-T-TTGAAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TCA--A--TAG-A--GT-A----AT-AA--A-T--GT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAG---GC--G--C---C-G--CG-A-ATGCTT--T-G-A-TA-A--AAA-TAT---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GGC-C----TCAA--TGTCA-T---A------AACCTT-A-C-A-G-T-ATAA-C-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77557                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TA--C-A-A-A----------G--AAGTCCC----AAT--A--A-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A--C-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T-----------------------G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAAGTAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77558                      :                           -C-AC-AAA-T-TAA-C-A-AGA----------GCAG-GTCCCCTACAGT--A-CA-TA---CT--G-AA-ACAGATAT----AT-AC-A-TTT--C--AAAAA-CGT-A--TTCA-T-TCCAAA---T-GCGA-A--A-GAT-C-TT---A--CA--A--GT-ATAGTGT-AAT-A-CA-AT-TTTA-GA-CAATC-AG-AA----A--TTA--CACATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCACA--GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--TTG-AGTA-A--AGA-TAA---TTCTTTCTTGACAC-C-AT----TTC--TTT--AG--CA------TC-AACTGTCA-TC--A------AACC-A-A-C-A-G-T-AAAA-T-TTTG-AA-T-TTGTTGTC-AGCT-CTTTAA
gi|77559                      : tttcacattgcacgTTTG-C--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-AGA-A----------G--A-GTCC-----AAT--A-CA-TAA--CT--G-AAGA------T----AT-AC-A-TTT--CGAAAAA--C-T-AATTTCA-TGTC-AA----T-G-GA-A--A-GAT-C-T----G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-AGCAA----A--TGA--CA-ATG-----------CA--CGCGCGC--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-AGGAGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAAT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AA-C-T-A-C-ACG-T-AAAT-A-TTTG-AA-T-T-ATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77560                      :               TTTGAC--ACAT-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--T-CAATAT--CT--G-AA-A------T----ATTACCA-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-A-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-ACCA-AT-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA---A-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCACG--GC--G--C-A-C-G--CG-A-A----T--T-G-ATTA-A--AAA-AAA---TTCTTTCTTGACACAC-AT----T-CTATTT--AG-GCAGC----TC-A--TGTCA-T---A------AA-C-T-ACC-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AATT-TGATT-TC-AGTT-CTTTAA
gi|77561                      :               TTGGAC--A--TTC-AC--AA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCC-----AAT--AACA-TAT--CT--G-AA-A------TTATAAT-AC-A-TT------AAAA--C---A--TTCAAT-CC-ATA---T-G-GA-A--A-GAT-CCTC---G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TA-GA-AA----A--TTA--CA-ATG------------G--CGCG--C--A--T---TCAC----T--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TCA----T-TTTCTTGACAC-C-ATC---T-C--TTTTAAG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACT-T-ACC-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-T
gi|77562                      :               TTTGACTGA--T-C-AT-CAA-T-TAA-C-A-A-A-------------A-GTCCA----AGT--A-CA--ATTGCT--T-GA-A------T----A--AA-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCAAT-TC-AAA---T-G-GA-A--A-TATTC-TC---GATTAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-AT-AAGA-CA-TA-AG-AA----A--TTAA-CA-ATG-----------CA--CGCGA-C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--A-G-ATTA-A--CGA-T-A---CT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TT----A-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---AC-----AACC-T-A-CAA-G-T-AAAA-A--TTG-GA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77563                      :               TTTGAC--A--T-CCAC-CAA-T-TAA-C-A-A-ACCATCCTCATT--A-GTCCC----CA---A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-ACAA-TTT--C--AAAAACC-T-A--TTCACC-TC-AAAT--T-G-GA-AAGA-GAT-C-TCAATA--TGT-A--GTCA----GT-TAT-A-CA-ATCTT-AGGA-CA-TC-AA-GA----A--TTA--CATATG-----------CAACCGCG--C--AT-T---TCAC---GC--G--CTA-C-G--CG-A-A---TT--T-A-A-TA-AC-AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--CG-GTA-C----TC-A--TGTCA-T---AAATTTTAACC-T-A-C-A-G-T-ATAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77564                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-CAA-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--ACAA--C-TAA--TTCA-T-TC---A---T-G-TA-A--A-GAT---TC---A--TAG-A--GT-A----GTAAAT-A-CA-AT-TTCA-GACCA-TC-AG-AATCTCA--TT-------TGCCCCCCTCCCCCA--CACG--C--A--T---CTACACAGT--G--G-A-CAG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGA-AC-C-AT----T-T--TTTC-AG-GCA-CTCCATC-A--TGTCA-TAC-A------AACC---A-C-A-G-T-AAAA-ATTTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-TCCTTTAA
gi|77565                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-ATTAAC-T----AC-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAACATT-G-GACA--A-GAT-C--C---A--TAGAA--GT-C----GT-AATAA-CA----TT-A-GA-CA-TCGAG-GA----A--------A-GCG------------A--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G------------G-A-A---TT--G-G-A-TACA--AGA-TAA---TT-TTTTCTTACAC-C-AT----T-C--TTTG-AGAGCA-C----CT-ACTTGT-A-T---A------ACCC-T-A-C-A-G-TCAAAA-A-TCTT-AA-T-T-ACT-TC-AG-T-CTTT
gi|77566                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--GT--G-AA-A------T----AT-AT-AATTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--AAGAT-C-TC---A--TAG-A--A--A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-AAGCA-TC-AG-GA----AATTTAATCA-ATG-----------CA--TTCG--CCGA--TCCATCAC---GC--GAAC-A-C-GCTCG-ATA---TTGAT-GTA-TA-A--AAT-TAA---TT-TTCCTTGACAC-C-ATGTTCT-T--TTT--AG-GCA-C----TC----TGTCA-TTTGA------GACT-TAA-C-A-G-----AG-A-TTTA-AA-
gi|77567                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAG-AAAGT-A----GT-AAT-G-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--T--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTTT-AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77568                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAG-AAAGT-A----GT-AAT-G-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--T--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTTT-AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77569                      :                                          -C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CTTTG-AA-A------T----AT-AC-A-TTTTTC--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAAA--T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-T-G--TG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAAATTTT-TTTCTTGATAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-AT-TGTCA-T---A------AA-C-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-TAGGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77570                      :                                                                                                                                                                                                                                                   A-ATG-----------CA--CGTG--C--A--C---ACAC---GC--G--C-A-C-G--TG-A-G---TA--T-G-A-TA-G--AG--T-A---TT-ACTTTTGATAC-C-AT----T-C--
gi|77571                      :                                                                                                                                                                                                      tagtatccgagaaatgacgaaaaagt-AA-AA----A--TTA--CA-ATG-----------GA--CATA--A--AATC---TCCC---GCATG--C-A-T-G--CA-A-A---TT--T-G-A-TTTA--ACA-T-----CT-ATGCTTCACAT-C-AT----T-C--ATT--AA-GCA-T----TC-A--TATTG-T---A------AACC-T-A-C-A-G-C-AAAATA-TTC--AT-T-TTATT-TT-A

lowQualScore                  :                                                  1111111111111                                    111111                                                                                                            1                                  11111111111                                                                                                             11                         1111111111                                                      
lowQualScore                  :                     33 33 2 2  4   4 2   6 2 2 2 1111111111111 2     4444   22 2  2   22  22 2  2 555555 4444  2  4 2   22 22    99 2 2 22    6 2  6   777 4 2  2 22 2   2 2  555 22   2 55  2 4444  2   2 2  2  2  2 4  6  2  2  2  4444 22   66  3   11111111111  55    66 22 44 333    999  44 22 1 1 1 22  1 3 333  22 1 3 5  3 44   1   333  3           1 1  6666 1 22   00  2   2 4444  4 77     4 4444444444    2 2 4 2 2 4 8    2 2    4  2 2     2  2  4 2      
lowQualScore                  :                     .. .. . .  .   . .   . . . . ............. .     ....   .. .  .   ..  .. .  . ...... ....  .  . .   .. ..    .. . . ..    . .  .   ... . .  . .. .   . .  ... ..   . ..  . ....  .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .... ..   ..  .   ...........  ..    .. .. .. ...    ...  .. .. . . . ..  . . ...  .. . . .  . ..   .   ...  .           . .  .... . ..   ..  .   . ....  . ..     . ..........    . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .      
lowQualScore                  :                     22 22 2 2  4   4 2   3 1 1 1 3333333333333 1     5555   99 1  1   99  99 1  1 555555 5555  1  2 1   99 99    22 1 1 99    3 1  3   999 2 1  1 99 1   1 1  888 99   1 88  1 5555  1   1 1  1  1  6 2  3  1  0  0  2222 88   88  8   77777777777  22    44 66 55 333    000  55 66 9 9 9 66  9 8 333  66 9 8 7  8 55   9   333  8           9 9  0000 9 66   88  0   0 2222  0 55     0 3333333333    0 0 0 0 0 0 0    0 0    0  0 1     1  2  7 4      
consensus                     :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
Reference ( family-825 )      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77551                      :               TTTGAC--A--T-C-ACTCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCA----ACT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-A--TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A------TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-A-----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77552                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---C--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A--A-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATGCA---------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-ACC-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-A-----T-C--TTT--AT-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77553                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT----AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TT---T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-A-TC---A--T-G-A--GT-A----GT-AAT-A-CAGAT-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77554                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AATTTA-CA-TAT--CT--GAAA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTC--T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TTAA-GA-CA-TC-AA-GA----A--TTAG-CA-ATG-----------CATCCGCG--C--A--T---TCAC---GCG-G--C-A---G--CGAA-A---TT--T-GAA-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGACAC----T----T-C---TT--AG-GCA-C----TCAA--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AA-T-GTTTAA
gi|77555                      :               TTTGAC--A--T-C-AC--AA-TCTAAGC-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--T-GA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TCAAAA---T-G-GA-A--A-GAT---TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GACCA-TC-AG-AA----T--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCGT-C--A--T---TCACT--GC--G--C-A-C-G--CG-ACA---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTC-TGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCC-C----T--A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TCAAG-T-CTTTAA
gi|77556                      :               TTTGAC--A--T-C-ACGCAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C---AAA--C-T-A--TTCA-T-TTGAAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TCA--A--TAG-A--GT-A----AT-AA--A-T--GT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAG---GC--G--C---C-G--CG-A-ATGCTT--T-G-A-TA-A--AAA-TAT---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GGC-C----TCAA--TGTCA-T---A------AACCTT-A-C-A-G-T-ATAA-C-TTTGAAA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77557                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TA--C-A-A-A----------G--AAGTCCC----AAT--A--A-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A--C-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T-----------------------G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAAGTAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T----------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77558                      :                           -C-AC-AAA-T-TAA-C-A-AGA----------GCAG-GTCCCCTACAGT--A-CA-TA---CT--G-AA-ACAGATAT----AT-AC-A-TTT--C--AAAAA-CGT-A--TTCA-T-TCCAAA---T-GCGA-A--A-GAT-C-TT---A--CA--A--GT-ATAGTGT-AAT-A-CA-AT-TTTA-GA-CAATC-AG-AA----A--TTA--CACATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCACA--GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--TTG-AGTA-A--AGA-TAA---TTCTTTCTTGACAC-C-AT----TTC--TTT--AG--CA------TC-AACTGTCA-TC--A------AACC-A-A-C-A-G-T-AAAA-T-TTTG-AA-T-TTGTTGTC-AGCT-CTTTAA
gi|77559                      : tttcacattgcacgTTTG-C--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-AGA-A----------G--A-GTCC-----AAT--A-CA-TAA--CT--G-AAGA------T----AT-AC-A-TTT--CGAAAAA--C-T-AATTTCA-TGTC-AA----T-G-GA-A--A-GAT-C-T----G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-AGCAA----A--TGA--CA-ATG-----------CA--CGCGCGC--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-AGGAGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-CAAT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AA-C-T-A-C-ACG-T-AAAT-A-TTTG-AA-T-T-ATT-TC-AG-T-CTTT
gi|77560                      :               TTTGAC--ACAT-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--T-CAATAT--CT--G-AA-A------T----ATTACCA-TTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-A-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-ACCA-AT-TT-A-GA-TA-T--AG-AA----A--TTA---A-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCACG--GC--G--C-A-C-G--CG-A-A----T--T-G-ATTA-A--AAA-AAA---TTCTTTCTTGACACAC-AT----T-CTATTT--AG-GCAGC----TC-A--TGTCA-T---A------AA-C-T-ACC-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AATT-TGATT-TC-AGTT-CTTTAA
gi|77561                      :               TTGGAC--A--TTC-AC--AA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCC-----AAT--AACA-TAT--CT--G-AA-A------TTATAAT-AC-A-TT------AAAA--C---A--TTCAAT-CC-ATA---T-G-GA-A--A-GAT-CCTC---G--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TA-GA-AA----A--TTA--CA-ATG------------G--CGCG--C--A--T---TCAC----T--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TCA----T-TTTCTTGACAC-C-ATC---T-C--TTTTAAG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACT-T-ACC-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-T
gi|77562                      :               TTTGACTGA--T-C-AT-CAA-T-TAA-C-A-A-A-------------A-GTCCA----AGT--A-CA--ATTGCT--T-GA-A------T----A--AA-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCAAT-TC-AAA---T-G-GA-A--A-TATTC-TC---GATTAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-AT-AAGA-CA-TA-AG-AA----A--TTAA-CA-ATG-----------CA--CGCGA-C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--A-G-ATTA-A--CGA-T-A---CT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TT----A-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---AC-----AACC-T-A-CAA-G-T-AAAA-A--TTG-GA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77563                      :               TTTGAC--A--T-CCAC-CAA-T-TAA-C-A-A-ACCATCCTCATT--A-GTCCC----CA---A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-ACAA-TTT--C--AAAAACC-T-A--TTCACC-TC-AAAT--T-G-GA-AAGA-GAT-C-TCAATA--TGT-A--GTCA----GT-TAT-A-CA-ATCTT-AGGA-CA-TC-AA-GA----A--TTA--CATATG-----------CAACCGCG--C--AT-T---TCAC---GC--G--CTA-C-G--CG-A-A---TT--T-A-A-TA-AC-AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--CG-GTA-C----TC-A--TGTCA-T---AAATTTTAACC-T-A-C-A-G-T-ATAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77564                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-CAA-A-A----------G--A-GT-CC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--ACAA--C-TAA--TTCA-T-TC---A---T-G-TA-A--A-GAT---TC---A--TAG-A--GT-A----GTAAAT-A-CA-AT-TTCA-GACCA-TC-AG-AATCTCA--TT-------TGCCCCCCTCCCCCA--CACG--C--A--T---CTACACAGT--G--G-A-CAG--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AAA-TAA---TT-TTTCTTGA-AC-C-AT----T-T--TTTC-AG-GCA-CTCCATC-A--TGTCA-TAC-A------AACC---A-C-A-G-T-AAAA-ATTTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-TCCTTTAA
gi|77565                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-ATTAAC-T----AC-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAACATT-G-GACA--A-GAT-C--C---A--TAGAA--GT-C----GT-AATAA-CA----TT-A-GA-CA-TCGAG-GA----A--------A-GCG------------A--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G------------G-A-A---TT--G-G-A-TACA--AGA-TAA---TT-TTTTCTTACAC-C-AT----T-C--TTTG-AGAGCA-C----CT-ACTTGT-A-T---A------ACCC-T-A-C-A-G-TCAAAA-A-TCTT-AA-T-T-ACT-TC-AG-T-CTTT
gi|77566                      :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--GT--G-AA-A------T----AT-AT-AATTT--C--AAA---C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--AAGAT-C-TC---A--TAG-A--A--A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-AAGCA-TC-AG-GA----AATTTAATCA-ATG-----------CA--TTCG--CCGA--TCCATCAC---GC--GAAC-A-C-GCTCG-ATA---TTGAT-GTA-TA-A--AAT-TAA---TT-TTCCTTGACAC-C-ATGTTCT-T--TTT--AG-GCA-C----TC----TGTCA-TTTGA------GACT-TAA-C-A-G-----AG-A-TTTA-AA-
gi|77567                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAG-AAAGT-A----GT-AAT-G-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--T--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTTT-AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77568                      :                TTGAC--A--T-C-AC-CAAAT-TAAAC-A-A-A-------------A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-AA-----T----AT-AC-A-T----C--AAAAA-C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---TTG-GA-A--A-G-T-C-TC---A--TAG-AAAGT-A----GT-AAT-G-CA-AT-TTTA-GA-CA-TC-A---A----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--T--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAT---TT-TCTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTTT-AA---A-C----CC-A--TGTCAAT---A------AACC-T-A-C-A-GCT-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-ATTTAA
gi|77569                      :                                          -C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CTTTG-AA-A------T----AT-AC-A-TTTTTC--AAAA----T-A--TTCA-T-TC-AAAA--T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-T-G--TG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAAATTTT-TTTCTTGATAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-AT-TGTCA-T---A------AA-C-T-A-C-A-G-TAAAAA-A-TTTG-AA-TAGGATT-TC-AG-T-CTTTAA
gi|77570                      :                                                                                                                                                                                                                                                   A-ATG-----------CA--CGTG--C--A--C---ACAC---GC--G--C-A-C-G--TG-A-G---TA--T-G-A-TA-G--AG--T-A---TT-ACTTTTGATAC-C-AT----T-C--
gi|77571                      :                                                                                                                                                                                                      tagtatccgagaaatgacgaaaaagt-AA-AA----A--TTA--CA-ATG-----------GA--CATA--A--AATC---TCCC---GCATG--C-A-T-G--CA-A-A---TT--T-G-A-TTTA--ACA-T-----CT-ATGCTTCACAT-C-AT----T-C--ATT--AA-GCA-T----TC-A--TATTG-T---A------AACC-T-A-C-A-G-C-AAAATA-TTC--AT-T-TTATT-TT-A


blockSeqs                     :                     TG CA T C  G   A C   G A G G CCATCCTCATT   A     CTAC   TT A  A   TG  TT A  G CAGATA TATA  T  C A   TT GA    AC G A AT    A G  A   CAT T C  C AG A   T C  AAT AT   A AA  C TAGT  A   A C  G  C  A A  C  A  G  C  TCTC AT   AT  C   CCCCCCTCCCC  TC    CG CG AT CCA    ACA  AT AA T C A CT  A C TGC  GA T A G  C GG   G   ATT  C           A A  GTTC T TA   TA  A   G TCCA  A AC     A AAATTTT       T A C A C C A    T T    A  T A     G  A  C C
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   A .   A . . . GCA           .     .      .  .  .   .   .  .  . TTAAC  .     .  A .   .  .     A  . . .     A .  G   T   T .  . .  .   . .  A   .    . AA  . .     .   . .  .  .  T G  C  .  .  .  .    .    G   T   CA           AC    T  .  T  .      T    G  .  . . . .   . T .    .  . T T  T C    .   .    C           . .  C    . .    C   .   . .     A CT     A TTGA          . . C . . C A    . .    A  . .     .  .  T .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   A . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . A      .     .  . .   .  .     A  . . .     C .  C   A   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  T .  G  .  .  .  .    .    A   .   .            .     A  .  .  .      A    .  .  . . . .   . . .    .  . . T  . .    .   .    .           . .  .    . .    G   .   . .     . T      . ACA           . . . . . . C    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . A      .     .  . .   .  .     A  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  C .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      G    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    T   .   . .     . .      . CA            . . . . . . A    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  T .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    T   .   . .     . .      . AC            . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  T .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . G             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                     .  .  . .  .   . .   . . . . .             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . A             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .  . .
blockSeqs                     :                           . .  .   . .   . . . . .             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . .             . . . . . . .    . .    .  . .     .  .     
blockSeqs                     :                                          . . . . .             .     .      .  .  .   .   .  .  . .      .     .  . .   .  .     .  . . .     . .  .   .   . .  . .  .   . .  .   .    . .   . .     .   . .  .  .  . .  .  .  .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . .             . . . . . . .    . .    .  . .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                .  .  .    .    .   .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .    .   .   . .     . .      . .             . . . . . . .    . .    .  .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .   .            .     .  .  .  .      .    .  .  . . . .   . . .    .  . . .  . .    .   .    .           . .  .    . .                                                                                         


blockSeqCons                  :               
originalCons                  :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA
finalCons                     :               TTTGAC--A--T-C-AC-CAA-T-TAA-C-A-A-A----------G--A-GTCCC----AAT--A-CA-TAT--CT--G-AA-A------T----AT-AC-A-TTT--C--AAAA--C-T-A--TTCA-T-TC-AAA---T-G-GA-A--A-GAT-C-TC---A--TAG-A--GT-A----GT-AAT-A-CA-AT-TT-A-GA-CA-TC-AG-AA----A--TTA--CA-ATG-----------CA--CGCG--C--A--T---TCAC---GC--G--C-A-C-G--CG-A-A---TT--T-G-A-TA-A--AGA-TAA---TT-TTTCTTGACAC-C-AT----T-C--TTT--AG-GCA-C----TC-A--TGTCA-T---A------AACC-T-A-C-A-G-T-AAAA-A-TTTG-AA-T-TGATT-TC-AG-T-CTTTAA