lowQualScore : 1111 111111 11111 11 111111111111111111 1
lowQualScore : 55 4 777 4 4 777 55 4 4444 111111 88888 555 6 3 00000 0 3 00 33 2 2 2 2 8888 2 2 2 2 444 2 33 33 1 33 88888 999999999999999999 2 55 4444 55555 77 2 33 2 9999999999 55555 2 8 2 2 2
lowQualScore : .. . ... . . ... .. . .... ...... ..... ... . . ..... . . .. .. . . . . .... . . . . ... . .. .. . .. ..... .................. . .. .... ..... .. . .. . .......... ..... . . . . .
lowQualScore : 55 0 000 0 0 000 55 0 8888 555555 33333 888 7 3 88888 6 1 44 99 9 7 5 7 3333 7 7 7 7 777 7 22 22 2 22 22222 444444444444444444 2 33 7777 77777 55 2 11 2 7777777777 66666 2 9 7 7 7
consensus : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------A---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTATTTAT-T-T-TTAAGTTT
Reference ( gi|81033 ) : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------A---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTACTTAT-T-T-TTAAGTTT
gi|81034 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-AAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------A---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTATTTAT-T-T-TTAAGTTT
gi|81035 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-AGTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------A---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTATTTAT-T-T-TTAAGTTT
gi|81036 : ATAGAAATATGTATAA-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTAAATTGTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATC-----AATTCA-------A---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CG--ATG--T-T--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTATTTAT-T-T-TTAA
gi|81037 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-GCTT---CAGA--AGTGA-ATTT---ATC------CTT-----AA---AA-T-TT-----GAACT-GAT--GAC--GA-CT-GTC-T-AGTAAA-G-G-TT-GAAA---C-CAGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------C---A--G-A-GC-ATT--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTGTTTAC-T-T-TTAAGTTT
gi|81038 : ATAGAAACATGC---A-CCG---AA-ATTCTTAACCT---CAGG--AGTGA-ATTTTA-ACT------ATA-----AT---AATT-TT-----GTTCT-GATTGGACGAGA-CC-GTA-C-AG---A-G-G-TCTGAAAGCCC-TGGTCA--A--CCAA--AATAT----GATTTA-------A---
gi|81039 : ATAGTAACAT-CA--G-CCA---AA-ATGTTT-ACAT---CAGT--AGTGA-ATTT---ATC------TTT-----AC---AG-C-TT-----GATCT-GAT--GAC--TACCC-GTC-
gi|81040 : TAGAAACA-GCA--A-CCA---AA-ATTCTT-ACCT---GAGG--AGTGA-ATTT----TC------CCACTCTCAT---AC-T-TC-----GTTCTGGATC-GAC--GA-CT-GTC-T-A----A-A-GCTC-GAAA---C-CGGTCA--AACCCAA--AATAATATCAATTCAATT----A---A--CAA-ACAATT--TT----CA-TT--ATA--T-G--AT-GGTGATTTCGCTGATT-----CTG-TTTTA
gi|81041 : ACATGCA--A-C-A---AA-ATTCT--ACCT---CAGG--AGTGA-ATTA---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTT----ATTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTCTT-A----A-G-G-TC-GAAA-----CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------C---A--C-A-GC-ATT--CT----TA-CGAAATGT-T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTATTTA--T-T-TTAAGTTTtagtaaacctttttaa
gi|81042 : CATGCA--AACCGGGAAATATTTCT-ACCTATTCAGGGAAGTGATATTTTTGGTCGAATAGCCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GATG-GAC--GA-CCGGTC-TAA----A-G-G-TA-AAGA---CGGGGTCAACA--CCAAACAATA-----AA-TCA-------A---A--C-AGGC-ATTTCTT----TA-CT--TTGT-T-GGCTT-GGTGA----------TAAAAACTG-TTTt
gi|81043 : TGCA--A-CC----AA-ATTTGC-ACCT---CAGT--AATAA-ATTT----TA------CAG-----ATGGTAACT-TT-----GTGTT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-GCG-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTGA-------A---A--T-T-CC-ATT--CT----CATTG--ATG--TCG--TT-GGTGA----------T-----CTG-TT---CTTAT-C-T-ctttatcacttcactttt
gi|81044 : A-----AG---AA-C-CT-----GT-CT-GAT--GAC--GA-CC-ACC---A----A-G-G-TC-GAA------CGTTAA--A--CCAA--AATA-----AATTTA-------A------C---GC-ATTG-CT----CA-TG--CAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTT---TTAT-TCT-TTAAGTTT
gi|81045 : A-----AT---AT-TATT-----GTACT-GAT--GAC--GA-CC-A-----A----ACA-G-TC-GAAA---C-TGGTCA--A--GTTC--AATG-----AATTTATTTGTTTA---T--C--------T--CT----TA-----ATG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CT--TTCTATTCTT-T-T-TTGAGTTT
gi|81046 : T-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GCC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CAGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTTA-------C---C--T-T-GC-ATT--CT----CA-TG--TAG--C-G---T-GGTGA----------T-----CTG-TTT---TTATAT-T-TTAAGTTT
gi|81047 : AT--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-CA-AAAA---C-TGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTCA-------C---ATCT-A-GC-ATT--CT----TA-----GTG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTA-TTAC-T-T-CT
gi|81048 : -GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-TGGTTA--A--CC-A--AATA-----AATTCA-------C---A--G-A-GC-ATT--CTTATATA-TG--ATA--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTA-TTAC-T-TAATAAATTTggtt
gi|81049 : -T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTT------------A--C-T-TC-ATT--CT----CA-TGT-AAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTTTTTA--TAT-T-T-t
gi|81050 : TTA--A--CCAA--A-TA-----AATTCG-------ACAGA--G-A-GC-ATT--TC----TA-CG--ATG--T-G--TT--GTGA----------T-----CTG-TTTTA-TTAC-T-T-CTA
gi|81051 : A--A--CCAA--AATA-----AATTCA-------C---A--G-A-GC-ATT--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTG-TTTTA-TTAT-G-T-TTAAATTTgtgtt
gi|81052 : TTCA-------A---A--T-A-GC-CTT--CT----TA-CG--ATG--T-G--TTGGGTGA----------T-----CTG-TTTTATTt
gi|81053 : TTTA-------A---A--C-T-GC-ATT--CT----TA-CG--ATGGTT-G--TT-GGTGA----------T-----CTA-TTTTA-TCAC-T-T-TTAACTTT
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 11111
lowQualScore : 55 3 666 3 3 666 55 3 2222 000000 77777 555 6 3 00000 2 99 33 2 2 2 2 7777 2 2 2 2 444 2 33 33 0 33 77777 99999999999999 22 2 2 55 4444 22 55 77 2 22 2 9999999999 55555 2 44 555555 2 2
lowQualScore : .. . ... . . ... .. . .... ...... ..... ... . . ..... . .. .. . . . . .... . . . . ... . .. .. . .. ..... .............. .. . . .. .... .. .. .. . .. . .......... ..... . .. ...... . .
lowQualScore : 00 6 444 6 6 444 00 6 6666 555555 77777 444 2 1 00000 9 66 77 7 5 4 5 8888 5 5 5 5 444 5 11 11 6 11 88888 66666666666666 99 1 1 00 5555 44 00 11 1 99 1 2222222222 33333 1 22 666666 7 7
consensus : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
Reference ( family-819 ) : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81033 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAC-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81034 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-AAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81035 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-AGTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81036 : ATAGAAATATGTATAA-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTAAATTGTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATC-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-T--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAA
gi|81037 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-GCTT---CAGA--AGTGA-ATTT---ATC------CTT-----AA---AA-T-TT-----GAACT-GAT--GAC--GA-CT-GTC-T-AGTAAA-G-G-TT-GAAA---C-CAGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTGT-TTA----C-T-T-TTAAGTTT
gi|81038 : ATAGAAACATGC---A-CCG---AA-ATTCTTAACCT---CAGG--AGTGA-ATTTTA-ACT------ATA-----AT---AATT-TT-----GTTCT-GATTGGACGAGA-CC-GTA-C-AG---A-G-G-TCTGAAAGCCC-TGGTCA--A--CCAA--AATAT----GATTTA---A---
gi|81039 : ATAGTAACAT-CA--G-CCA---AA-ATGTTT-ACAT---CAGT--AGTGA-ATTT---ATC------TTT-----AC---AG-C-TT-----GATCT-GAT--GAC--TACCC-GTC-
gi|81040 : TAGAAACA-GCA--A-CCA---AA-ATTCTT-ACCT---GAGG--AGTGA-ATTT----TC------CCACTCTCAT---AC-T-TC-----GTTCTGGATC-GAC--GA-CT-GTC-T-A----A-A-GCTC-GAAA---C-CGGTCA--AACCCAA--AATAATATCAATTCAATTA---A--CAA-A--CAAT-T--TT----CA-TT--ATA--T-G--AT-GGTGATTTCGCTGATT-----CTGTT-TTATAGTAAACCT-T-T-TTAA
gi|81041 : ACATGCA--A-C-A---AA-ATTCT--ACCT---CAGG--AGTGA-ATTA---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTT----ATTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTCTT-A----A-G-G-TC-GAAA-----CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CGAAATGT-T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA------T-T-TTAAGTTT
gi|81042 : CATGCA--AACCGGGAAATATTTCT-ACCTATTCAGGGAAGTGATATTTTTGGTCGAATAGCCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GATG-GAC--GA-CCGGTC-TAA----A-G-G-TA-AAGA---CGGGGTCAACA--CCAAACAATA-----AA-TCA---A---A--C-AGG--C-AT-TTCTT----TA-CT--TTGT-T-GGCTT-GGTGA----------TAAAAACTGTT-TC-T-TTA----T-t
gi|81043 : TGCA--A-CC----AA-ATTTGC-ACCT---CAGT--AATAA-ATTT----TA------CAG-----ATGGTAACT-TT-----GTGTT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-GCG-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTGA---A---A--T-T-C--C-AT-T--CT----CATTG--ATG--TCG--TT-GGTGA----------T-----CTGTTCTTAT-CTcacttcactttt
gi|81044 : A-----AG---AA-C-CT-----GT-CT-GAT--GAC--GA-CC-ACC---A----A-G-G-TC-GAA------CGTTAA--A--CCAA--AATA-----AATTTA---A------C---G--C-AT-TG-CT----CA-TG--CAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----T-TCT-TTAAGTTT
gi|81045 : A-----AT---AT-TATT-----GTACT-GAT--GAC--GA-CC-A-----A----ACA-G-TC-GAAA---C-TGGTCA--A--GTTC--AATG-----AATTT----A---T--T-T-GTTT-ATCT--CT----TA-----ATG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CT-TT-CTAT-TCT----T-T-T-TTGAGTTT
gi|81046 : T-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GCC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CAGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTTA---C---C--T-T-G--C-AT-T--CT----CA-TG--TAG--C-G---T-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----TAT-T-TTAAGTTT
gi|81047 : AT--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-CA-AAAA---C-TGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---ATCT-A-G--C-AT-T--CT----TA-----GTG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-T
gi|81048 : -GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-TGGTTA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CTTATATA-TG--ATA--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-TAATAAATTTacttctggtt
gi|81049 : -T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTT--------A--C-T-T--C-AT-T--CT----CA-TGT-AAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TT-T-ATA----T-T-T-t
gi|81050 : TTA--A--CCAA--A-TA-----AATTCG---ACAGA--G-A-G--C-AT-T--TC----TA-CG--ATG--T-G--TT--GTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-T-CTA
gi|81051 : A--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----T-G-T-TTAAATTTgtgtt
gi|81052 : TTCA---A---A--T-A-G--C-CT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TTGGGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-Tt
gi|81053 : TTTA---A---A--C-T-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATGGTT-G--TT-GGTGA----------T-----CTATT-TTA--TCA----C-T-T-TTAACTTT
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 11111
lowQualScore : 55 3 666 3 3 666 55 3 2222 000000 77777 555 6 3 00000 2 99 33 2 2 2 2 7777 2 2 2 2 444 2 33 33 0 33 77777 99999999999999 22 2 2 55 4444 22 55 77 2 22 2 9999999999 55555 2 44 555555 2 2
lowQualScore : .. . ... . . ... .. . .... ...... ..... ... . . ..... . .. .. . . . . .... . . . . ... . .. .. . .. ..... .............. .. . . .. .... .. .. .. . .. . .......... ..... . .. ...... . .
lowQualScore : 00 6 444 6 6 444 00 6 6666 555555 77777 444 2 1 00000 9 66 77 7 5 4 5 8888 5 5 5 5 444 5 11 11 6 11 88888 66666666666666 99 1 1 00 5555 44 00 11 1 99 1 2222222222 33333 1 22 666666 7 7
consensus : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
Reference ( family-819 ) : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81033 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAC-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81034 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-AAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81035 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-AGTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81036 : ATAGAAATATGTATAA-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTAAATTGTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATC-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-T--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAA
gi|81037 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-GCTT---CAGA--AGTGA-ATTT---ATC------CTT-----AA---AA-T-TT-----GAACT-GAT--GAC--GA-CT-GTC-T-AGTAAA-G-G-TT-GAAA---C-CAGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTGT-TTA----C-T-T-TTAAGTTT
gi|81038 : ATAGAAACATGC---A-CCG---AA-ATTCTTAACCT---CAGG--AGTGA-ATTTTA-ACT------ATA-----AT---AATT-TT-----GTTCT-GATTGGACGAGA-CC-GTA-C-AG---A-G-G-TCTGAAAGCCC-TGGTCA--A--CCAA--AATAT----GATTTA---A---
gi|81039 : ATAGTAACAT-CA--G-CCA---AA-ATGTTT-ACAT---CAGT--AGTGA-ATTT---ATC------TTT-----AC---AG-C-TT-----GATCT-GAT--GAC--TACCC-GTC-
gi|81040 : TAGAAACA-GCA--A-CCA---AA-ATTCTT-ACCT---GAGG--AGTGA-ATTT----TC------CCACTCTCAT---AC-T-TC-----GTTCTGGATC-GAC--GA-CT-GTC-T-A----A-A-GCTC-GAAA---C-CGGTCA--AACCCAA--AATAATATCAATTCAATTA---A--CAA-A--CAAT-T--TT----CA-TT--ATA--T-G--AT-GGTGATTTCGCTGATT-----CTGTT-TTATAGTAAACCT-T-T-TTAA
gi|81041 : ACATGCA--A-C-A---AA-ATTCT--ACCT---CAGG--AGTGA-ATTA---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTT----ATTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTCTT-A----A-G-G-TC-GAAA-----CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CGAAATGT-T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA------T-T-TTAAGTTT
gi|81042 : CATGCA--AACCGGGAAATATTTCT-ACCTATTCAGGGAAGTGATATTTTTGGTCGAATAGCCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GATG-GAC--GA-CCGGTC-TAA----A-G-G-TA-AAGA---CGGGGTCAACA--CCAAACAATA-----AA-TCA---A---A--C-AGG--C-AT-TTCTT----TA-CT--TTGT-T-GGCTT-GGTGA----------TAAAAACTGTT-TC-T-TTA----T-t
gi|81043 : TGCA--A-CC----AA-ATTTGC-ACCT---CAGT--AATAA-ATTT----TA------CAG-----ATGGTAACT-TT-----GTGTT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-GCG-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTGA---A---A--T-T-C--C-AT-T--CT----CATTG--ATG--TCG--TT-GGTGA----------T-----CTGTTCTTAT-CTcacttcactttt
gi|81044 : A-----AG---AA-C-CT-----GT-CT-GAT--GAC--GA-CC-ACC---A----A-G-G-TC-GAA------CGTTAA--A--CCAA--AATA-----AATTTA---A------C---G--C-AT-TG-CT----CA-TG--CAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----T-TCT-TTAAGTTT
gi|81045 : A-----AT---AT-TATT-----GTACT-GAT--GAC--GA-CC-A-----A----ACA-G-TC-GAAA---C-TGGTCA--A--GTTC--AATG-----AATTT----A---T--T-T-GTTT-ATCT--CT----TA-----ATG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CT-TT-CTAT-TCT----T-T-T-TTGAGTTT
gi|81046 : T-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GCC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CAGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTTA---C---C--T-T-G--C-AT-T--CT----CA-TG--TAG--C-G---T-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----TAT-T-TTAAGTTT
gi|81047 : AT--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-CA-AAAA---C-TGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---ATCT-A-G--C-AT-T--CT----TA-----GTG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-T
gi|81048 : -GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-TGGTTA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CTTATATA-TG--ATA--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-TAATAAATTTacttctggtt
gi|81049 : -T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTT--------A--C-T-T--C-AT-T--CT----CA-TGT-AAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TT-T-ATA----T-T-T-t
gi|81050 : TTA--A--CCAA--A-TA-----AATTCG---ACAGA--G-A-G--C-AT-T--TC----TA-CG--ATG--T-G--TT--GTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-T-CTA
gi|81051 : A--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----T-G-T-TTAAATTTgtgtt
gi|81052 : TTCA---A---A--T-A-G--C-CT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TTGGGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-Tt
gi|81053 : TTTA---A---A--C-T-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATGGTT-G--TT-GGTGA----------T-----CTATT-TTA--TCA----C-T-T-TTAACTTT
blockSeqs : TA A GGA T A ATT GA T TTGG GAATAG CTCTC GGT T A AAATT G TG GA C G T A GTAA C C C T GCC G AC AC AC ATATC ATTAACAA TT A C TC TATA TT AA GT C GC G TTTCGCTGAT AAAAA C TA AACCT C A
blockSeqs : . . . . . . . . TAA . . . C . T . C . . . . . G . . . . . . . . . T ACAGAGA . . . G . C T T . . . . . . T TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . CATCTA . . . . . C . T . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACAG . . . . . C . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . . . . . C . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . . . . . T . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . . . . . C . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAGA . . . . . C . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CACA . . . . . T . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATT . . . . . T . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTT . . . . . T . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CCTT . . . . . T . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAGA . . . . . C . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CAGA . . . . . C . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AATA . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AACT . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
finalCons : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 11111
lowQualScore : 55 3 666 3 3 666 55 3 2222 000000 77777 555 6 3 00000 2 99 33 2 2 2 2 7777 2 2 2 2 444 2 33 33 0 33 77777 99999999999999 22 2 2 55 4444 22 55 77 2 22 2 9999999999 55555 2 44 555555 2 2
lowQualScore : .. . ... . . ... .. . .... ...... ..... ... . . ..... . .. .. . . . . .... . . . . ... . .. .. . .. ..... .............. .. . . .. .... .. .. .. . .. . .......... ..... . .. ...... . .
lowQualScore : 00 6 444 6 6 444 00 6 6666 555555 77777 444 2 1 00000 9 66 77 7 5 4 5 8888 5 5 5 5 444 5 11 11 6 11 88888 66666666666666 99 1 1 00 5555 44 00 11 1 99 1 2222222222 33333 1 22 666666 7 7
consensus : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
Reference ( family-819 ) : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81033 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAC-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81034 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-AAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81035 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-AGTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAAGTTT
gi|81036 : ATAGAAATATGTATAA-CCG---AA-ATTCTT-ACCT---CAGG--AGTGA-ATTT---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTAAATTGTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CCAA--AATC-----AATTCA---A---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATG--T-T--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA----T-T-T-TTAA
gi|81037 : ATAGAAACATGCA--A-CCG---AA-ATTCTT-GCTT---CAGA--AGTGA-ATTT---ATC------CTT-----AA---AA-T-TT-----GAACT-GAT--GAC--GA-CT-GTC-T-AGTAAA-G-G-TT-GAAA---C-CAGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTGT-TTA----C-T-T-TTAAGTTT
gi|81038 : ATAGAAACATGC---A-CCG---AA-ATTCTTAACCT---CAGG--AGTGA-ATTTTA-ACT------ATA-----AT---AATT-TT-----GTTCT-GATTGGACGAGA-CC-GTA-C-AG---A-G-G-TCTGAAAGCCC-TGGTCA--A--CCAA--AATAT----GATTTA---A---
gi|81039 : ATAGTAACAT-CA--G-CCA---AA-ATGTTT-ACAT---CAGT--AGTGA-ATTT---ATC------TTT-----AC---AG-C-TT-----GATCT-GAT--GAC--TACCC-GTC-
gi|81040 : TAGAAACA-GCA--A-CCA---AA-ATTCTT-ACCT---GAGG--AGTGA-ATTT----TC------CCACTCTCAT---AC-T-TC-----GTTCTGGATC-GAC--GA-CT-GTC-T-A----A-A-GCTC-GAAA---C-CGGTCA--AACCCAA--AATAATATCAATTCAATTA---A--CAA-A--CAAT-T--TT----CA-TT--ATA--T-G--AT-GGTGATTTCGCTGATT-----CTGTT-TTATAGTAAACCT-T-T-TTAA
gi|81041 : ACATGCA--A-C-A---AA-ATTCT--ACCT---CAGG--AGTGA-ATTA---ATC------CCA-----AT---AA-T-TTT----ATTCT-GAT--GAC--GA-CC-GTCTT-A----A-G-G-TC-GAAA-----CGGTCA--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--C-A-G--C-AT-T--CT----TA-CGAAATGT-T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-TTA------T-T-TTAAGTTT
gi|81042 : CATGCA--AACCGGGAAATATTTCT-ACCTATTCAGGGAAGTGATATTTTTGGTCGAATAGCCA-----AT---AA-T-TT-----GTTCT-GATG-GAC--GA-CCGGTC-TAA----A-G-G-TA-AAGA---CGGGGTCAACA--CCAAACAATA-----AA-TCA---A---A--C-AGG--C-AT-TTCTT----TA-CT--TTGT-T-GGCTT-GGTGA----------TAAAAACTGTT-TC-T-TTA----T-t
gi|81043 : TGCA--A-CC----AA-ATTTGC-ACCT---CAGT--AATAA-ATTT----TA------CAG-----ATGGTAACT-TT-----GTGTT-GAT--GAC--GA-CC-GTC-T-A----A-GCG-TC-GAAA---C-CGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTGA---A---A--T-T-C--C-AT-T--CT----CATTG--ATG--TCG--TT-GGTGA----------T-----CTGTTCTTAT-CTcacttcactttt
gi|81044 : A-----AG---AA-C-CT-----GT-CT-GAT--GAC--GA-CC-ACC---A----A-G-G-TC-GAA------CGTTAA--A--CCAA--AATA-----AATTTA---A------C---G--C-AT-TG-CT----CA-TG--CAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----T-TCT-TTAAGTTT
gi|81045 : A-----AT---AT-TATT-----GTACT-GAT--GAC--GA-CC-A-----A----ACA-G-TC-GAAA---C-TGGTCA--A--GTTC--AATG-----AATTT----A---T--T-T-GTTT-ATCT--CT----TA-----ATG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CT-TT-CTAT-TCT----T-T-T-TTGAGTTT
gi|81046 : T-----GTTCT-GAT--GAC--GA-CC-GCC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CAGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTTA---C---C--T-T-G--C-AT-T--CT----CA-TG--TAG--C-G---T-GGTGA----------T-----CTGTT----T-TTA----TAT-T-TTAAGTTT
gi|81047 : AT--GA-CC-GTC-T-A----A-G-G-CA-AAAA---C-TGGTCA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---ATCT-A-G--C-AT-T--CT----TA-----GTG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-T
gi|81048 : -GTC-T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-TGGTTA--A--CC-A--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CTTATATA-TG--ATA--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-TAATAAATTTacttctggtt
gi|81049 : -T-A----A-G-G-TC-GAAA---C-CGGTAA--A--CCAT--AATA-----AATTT--------A--C-T-T--C-AT-T--CT----CA-TGT-AAG--C-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TT-T-ATA----T-T-T-t
gi|81050 : TTA--A--CCAA--A-TA-----AATTCG---ACAGA--G-A-G--C-AT-T--TC----TA-CG--ATG--T-G--TT--GTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----C-T-T-CTA
gi|81051 : A--A--CCAA--AATA-----AATTCA---C---A--G-A-G--C-AT-T--CT----TA-CA--ATG--T-G--TT-GGTGA----------T-----CTGTT-TTA--TTA----T-G-T-TTAAATTTgtgtt
gi|81052 : TTCA---A---A--T-A-G--C-CT-T--CT----TA-CG--ATG--T-G--TTGGGTGA----------T-----CTGTT-TTAT-Tt
gi|81053 : TTTA---A---A--C-T-G--C-AT-T--CT----TA-CG--ATGGTT-G--TT-GGTGA----------T-----CTATT-TTA--TCA----C-T-T-TTAACTTT