lowQualScore : 111 222222222222222 111111 111 1111
lowQualScore : 2 2 2 999999 4 4 33 777 2 444 2 33 2 2 2 2 33 2 4 55 2 66 2 111 2 4 2 2 2 2 55555 4 777777777777777 33 66 4 2 33 2 33 2 7777777 2 2 2 22 2 2 4 2 2 22 555 333 22 22 77777 2 33 000000 999999999 4 4444 2 2 4 2 55 5555 33 2 2 2 555 2 9999 2 444
lowQualScore : . . . ...... . . .. ... . ... . .. . . . . .. . . .. . .. . ... . . . . . . ..... . ............... .. .. . . .. . .. . ....... . . . .. . . . . . .. ... ... .. .. ..... . .. ...... ......... . .... . . . . .. .... .. . . . ... . .... . ...
lowQualScore : 5 4 4 111111 7 7 22 666 4 111 4 22 4 4 4 4 22 4 7 66 4 55 4 444 2 4 2 2 2 2 66666 4 222222222222222 11 11 4 2 11 2 11 2 2222222 1 1 0 88 0 0 2 1 1 99 888 888 88 77 11111 2 11 888888 666666666 4 7777 2 2 7 4 00 0000 22 4 5 5 666 5 7777 5 444
consensus : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-C--A-GAC---CCTTTAA
Reference ( gi|104518 ) : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG--AA-TTGCA-A--A-GAC---CCTTTAA
gi|104519 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CAGGTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA--T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCC-C--A-GAC---CCTTT
gi|104520 : ACAGCGA-TTTGG-CGGCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C-----AA--AA-T-AT-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TC--TA--A--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-C--A-GAC---CCTTTAA
gi|104522 : ACAGCGACTTTGG-C-GCTTAA------A-TCCGAGC--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TA--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-T-GCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-CTATC-TAT-CAAAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-C--A-GAC---CCTTTA
gi|104527 : ACAGCGA-TTTGG-C--CTTAA------A-CCCGA-A--TA--AAT-C---A-AA--AAAT-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TTTG-GA-G-TTTTTT-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--G-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TT--G-TCA-AATTT-T--C---A-G-G-CA-TCA--T--T--ATT-TGAAA------GTAA-----AGATTG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAAAAATA--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCACAC-A-GACCTACCTTTAA
gi|104525 : ACAGCGA-GTTGGGC-GCTTAA------AACCCGG-C--TT--TTTTC---A-AA--AA-TTGC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GATGCTTTT-T-C-----GCT-TAA---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTCTG-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--TTTGTG--A------GTAG-----A---TATT----TT-AT-TCTTAT-C--AA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-C--A-GAC---CCT
gi|104524 : ACAGCGA-TTTG--C-GCTGAA------A-CC-GA-C--CA--TTT-T---A-AA--AT-C-AC-GT-TG--A-T-G--T-GTTGG-T---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T---T-C-T-----T--ATA-------TT-TA-GTC-AGT--CTC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TT-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----G--AT-TAGCA-T-CC--CA-TTGCA-T--A-GAC---CTTTTAA
gi|104528 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--CA--TTT-C---A-AA--CA-T-AC--T-T-------G--T-GT--G-GAT-TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------T----------------------G-TCA-AATTT-T--C---A-------------T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAC-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-T--A-GAC---CCTTTAA
gi|104521 : ACAGCGA-TTTGG-C-GC-TAG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-GT--TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-GTT-TT--A--ATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG--CA-TTGCA-T--A-GAC---CCTTTAA
gi|104529 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTTA------A-CTCGA-C--GA--TTT-C---AGAA--AA-T-AC-GT-TC--ACG-G--T-GT--G-AGTTTT-G-GA-G-TTTT-C-C-----CGT-AAT---------------A--TCGCT-C-TG--T-T--A-A-------GT-CA-CCC-AGT--ATCTTTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-GTGACA---G-TTAAT--ATT-TG--AC-----GTAG-----AT--TG-T----GT-AG-TC-TAC-C--AA----A--AA-TCGCA-T-TC--AT-TAGCA-T--A-GAC---CCTTAAA
gi|104523 : ACGGCGA-TTTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-GG-T-GTCGG-T---TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A----ATA-TAG-TT--TTAATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--A---CGAA-T-TG--CA-TTGCA-T--A-GAC---CCTTTAA
gi|104530 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA--------CTCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-AT--TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----CGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GCC-AGT--ATC-TTC-
gi|104526 : ACAGCGA-TTTGG-C-G-TTAAC-----A-CCCGG-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-GC-GT-TC----G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-TAATCGGCT-AAT---------------AGGT--CTGC-TG--T------A-------TT-CA--TC-AAT--TGT-TCC-G-TCA-AAGTT-T--C---A-G-G-----CA-CT--T--TTT-TG--ATTGAACGTGGACCAAA---TA-T----TT-AT-TC--AT-C-AAA----A--TA-T
gi|104531 : CAGCGA-ATTGG-C-GCTTAA------C-TCCGAAC--TAGATTT-C---A-AA--AA-T-ACGGT-TC--A---G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCTAAAT---------------A--T--CT-CTTG--TGT--A-A-------TT-CA-GTCAAGTAAATC-TTC-GTTCA-AATTTAT--CA--A-G-GACAGTCA-TT--T--AAT-TG--A------GTAGA----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----T--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-AGCA-GAC---CCCTT
gi|104532 : CAGCGA-TT--G-C-GCTTAA------A-CCGGA-T--T---TTT-CCAAA-AA--AA-T-AC-GT-TTCAA-G-G--TTGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AATT--------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AA-TT-T--C---A---GACA-TCA-TT------TT-TG--A------GTAG-----A---TA-T----TA-TT-TCTTAT-CAAAA----A--AA-TAGCATT-TGCCAA--TGCA-C--A-GAC---CCTTTAA
gi|104533 : CAGCGA-TTTGG-C-GCTTAT------A-ACCG--C--T---TTT-C-----AA--AA-T-AC--T-TC--A-G-GTTT-GT--GAA---TT-GAGA-G-TTTT-TCC-----GTTAAATAATCTCGTTTATATGA--T--CT-C-TGCAT-T--A-AAATTCTCTT-TA-GTC---T--ATC-TTC-GTTTATAATTT-TTCC---ATA-GA-A-TCATTT--T--TTT-TG--AT-----GTAG-----AC--TACT----CT-AT-TC-TATAC-AAA----ATTAA--AACA-TGTG--CATTTGCC-A--ATGAC---CTTT
gi|104534 : -TTCGG-C-GCTTAATGTTAAATCCCGA-TCTTA--TTT-C---A-AATAAG-C-AT-GTGTC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G--A-G-TTTT-T-C------CT-ATTT--------------A--TTACTGC-TG--T-TTCA-A-------TTTCA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--CAAGA-A-GACA-TCA-TT--GAAATT-TG--A------GTAG-----A---TG-TGCTATTGAT-TC-TAT-C-AAA----A--AATTAGCA-T-TG--TC-ATGCA-C--A-GA----CCTTTAA
gi|104535 : TTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-TT-TC--A-G-G--T-GT--G-G---TT-TCGA-G-GTTT-T-C-----GCT-GAT---------------A--T--CT-C-CC--C-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-ATT-TT--T--ATT-GG--A------ATAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG--CA-TTGCA-T--A-GAC---CCTTTAA
gi|104536 : ---TT-T-GA-G-TTTT-T-T-----GCT-AATTAATATAAT------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CT-GTT-TAT--ATC-TTG-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-
gi|104537 : ggtT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-ACA-TT--T--ACT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG--CA-TTGCA-C--A-GAC---CCTTTAA
gi|104538 : TC-AGT--ATC-TTT-G-TCA-AATTT-T--T---A-G-GACA-TCG-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 2 2 2 888888 4 4 33 666 2 333 2 33 2 2 2 2 33 2 4 55 2 66 2 000 2 4 2 2 2 2 55555 4 555555555555555 22 55 4 2 22 2 22 2 6666666 2 2 1 22 1 1 4 2 2 22 555 333 22 2 66666 2 22 000000 888888888 4 4444 2 2 4 2 22 4444 33 2 2 2 4 2 2 33 33 33 444
lowQualScore : . . . ...... . . .. ... . ... . .. . . . . .. . . .. . .. . ... . . . . . . ..... . ............... .. .. . . .. . .. . ....... . . . .. . . . . . .. ... ... .. . ..... . .. ...... ......... . .... . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. .. ...
lowQualScore : 4 2 2 666666 4 4 11 777 2 999 2 11 2 2 2 2 11 2 4 33 2 11 2 888 1 2 1 1 1 1 33333 2 888888888888888 99 88 2 1 99 1 99 1 8888888 0 0 9 66 9 9 0 0 0 88 555 111 22 1 33333 1 99 333333 666666666 2 5555 1 1 4 2 66 7777 11 2 4 4 7 4 4 22 22 22 111
consensus : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
Reference ( family-812 ) : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104518 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-AA-TT-G--CA--AA--GAC---CCTTTAA
gi|104519 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CAGGTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA--T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CC--CA--GAC---CCTTT
gi|104520 : ACAGCGA-TTTGG-CGGCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C-----AA--AA-T-AT-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TC--TA--A--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104521 : ACAGCGA-TTTGG-C-GC-TAG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-GT--TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-GTT-TT--A--ATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104522 : ACAGCGACTTTGG-C-GCTTAA------A-TCCGAGC--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TA--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-T-GCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-CTATC-TAT-CAAAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTA
gi|104523 : ACGGCGA-TTTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-GG-T-GTCGG-T---TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A----ATA-TAG-TT--TTAATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--A---CGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104524 : ACAGCGA-TTTG--C-GCTGAA------A-CC-GA-C--CA--TTT-T---A-AA--AT-C-AC-GT-TG--A-T-G--T-GTTGG-T---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T---T-C-T-----T--ATA-------TT-TA-GTC-AGT--CTC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TT-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----G--AT-TAGCA-T-CC-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CTTTTAA
gi|104525 : ACAGCGA-GTTGGGC-GCTTAA------AACCCGG-C--TT--TTTTC---A-AA--AA-TTGC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GATGCTTTT-T-C-----GCT-TAA---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTCTG-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--TTTGTG--A------GTAG-----A---TATT----TT-AT-TCTTAT-C--AA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCT
gi|104526 : ACAGCGA-TTTGG-C-G-TTAAC-----A-CCCGG-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-GC-GT-TC----G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-TAATCGGCT-AAT---------------AGGT--CTGC-TG--T------A-------TT-CA--TC-AAT--TGT-TCC-G-TCA-AAGTT-T--C---A-G-G-----CA-CT--T--TTT-TG--ATTGAACGTGGACCAAA---TA-T----TT-AT-TC--AT-C---A----A--AA-TA
gi|104527 : ACAGCGA-TTTGG-C--CTTAA------A-CCCGA-A--TA--AAT-C---A-AA--AAAT-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TTTG-GA-G-TTTTTT-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--G-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TT--G-TCA-AATTT-T--C---A-G-G-CA-TCA--T--T--ATT-TGAAA------GTAA-----AGATTG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAAAAATA--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-GCACA--CA--GACCTACCTTTAAt
gi|104528 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--CA--TTT-C---A-AA--CA-T-AC--T-T-------G--T-GT--G-GAT-TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------T----------------------G-TCA-AATTT-T--C---A-------------T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAC-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104529 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTTA------A-CTCGA-C--GA--TTT-C---AGAA--AA-T-AC-GT-TC--ACG-G--T-GT--G-AGTTTT-G-GA-G-TTTT-C-C-----CGT-AAT---------------A--TCGCT-C-TG--T-T--A-A-------GT-CA-CCC-AGT--ATCTTTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-GTGACA---G-TTAAT--ATT-TG--AC-----GTAG-----AT--TG-T----GT-AG-TC-TAC-C--AA----A--AA-TCGCA-T-T--CA-TTAG--CA--TA--GAC---CCTTAAA
gi|104530 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA--------CTCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-AT--TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----CGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GCC-AGT--ATC-TTC-
gi|104531 : CAGCGA-ATTGG-C-GCTTAA------C-TCCGAAC--TAGATTT-C---A-AA--AA-T-ACGGT-TC--A---G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCTAAAT---------------A--T--CT-CTTG--TGT--A-A-------TT-CA-GTCAAGTAAATC-TTC-GTTCA-AATTTAT--CA--A-G-GACAGTCA-TT--T--AAT-TG--A------GTAGA----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----T--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CAAGCA--GAC---CCCTT
gi|104532 : CAGCGA-TT--G-C-GCTTAA------A-CCGGA-T--T---TTT-CCAAA-AA--AA-T-AC-GT-TTCAA-G-G--TTGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AATT--------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AA-TT-T--C---A---GACA-TCA-TT------TT-TG--A------GTAG-----A---TA-T----TA-TT-TCTTAT-CAAAA----A--AA-TAGCATT-TGCCA-AT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104533 : CAGCGA-TTTGG-C-GCTTAT------A-ACCG--C--T---TTT-C-----AA--AA-T-AC--T-TC--A-G-GTTT-GT--GAA---TT-GAGA-G-TTTT-TCC-----GTTAAATAATCTCGTTTATATGA--T--CT-C-TGCAT-T--A-AAATTCTCTT-TA-GTC---T--ATC-TTC-GTTTATAATTT-TTCC---ATA-GA-A-TCATTT--T--TTT-TG--AT-----GTAG-----AC--TACT----CT-AT-TC-TATAC-AAA----ATTAA--AACA-TGTG-CATTT-G--C---CAATGAC---CTTT
gi|104534 : -TTCGG-C-GCTTAATGTTAAATCCCGA-TCTTA--TTT-C---A-AATAAG-C-AT-GTGTC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G--A-G-TTTT-T-C------CT-ATTT--------------A--TTACTGC-TG--T-TTCA-A-------TTTCA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--CAAGA-A-GACA-TCA-TT--GAAATT-TG--A------GTAG-----A---TG-TGCTATTGAT-TC-TAT-C-AAA----A--AATTAGCA-T-TGTCA--T-G--CA--CA--GA----CCTTTAA
gi|104535 : TTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-TT-TC--A-G-G--T-GT--G-G---TT-TCGA-G-GTTT-T-C-----GCT-GAT---------------A--T--CT-C-CC--C-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-ATT-TT--T--ATT-GG--A------ATAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104536 : ---TT-T-GA-G-TTTT-T-T-----GCT-AATTAATATAAT------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CT-GTT-TAT--ATC-TTG-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-
gi|104537 : ggtT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-ACA-TT--T--ACT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104538 : TC-AGT--ATC-TTT-G-TCA-AATTT-T--T---A-G-GACA-TCG-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 2 2 2 888888 4 4 33 666 2 333 2 33 2 2 2 2 33 2 4 55 2 66 2 000 2 4 2 2 2 2 55555 4 555555555555555 22 55 4 2 22 2 22 2 6666666 2 2 1 22 1 1 4 2 2 22 555 333 22 2 66666 2 22 000000 888888888 4 4444 2 2 4 2 22 4444 33 2 2 2 4 2 2 33 33 33 444
lowQualScore : . . . ...... . . .. ... . ... . .. . . . . .. . . .. . .. . ... . . . . . . ..... . ............... .. .. . . .. . .. . ....... . . . .. . . . . . .. ... ... .. . ..... . .. ...... ......... . .... . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. .. ...
lowQualScore : 4 2 2 666666 4 4 11 777 2 999 2 11 2 2 2 2 11 2 4 33 2 11 2 888 1 2 1 1 1 1 33333 2 888888888888888 99 88 2 1 99 1 99 1 8888888 0 0 9 66 9 9 0 0 0 88 555 111 22 1 33333 1 99 333333 666666666 2 5555 1 1 4 2 66 7777 11 2 4 4 7 4 4 22 22 22 111
consensus : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
Reference ( family-812 ) : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104518 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-AA-TT-G--CA--AA--GAC---CCTTTAA
gi|104519 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CAGGTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA--T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CC--CA--GAC---CCTTT
gi|104520 : ACAGCGA-TTTGG-CGGCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C-----AA--AA-T-AT-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TC--TA--A--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104521 : ACAGCGA-TTTGG-C-GC-TAG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-GT--TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-GTT-TT--A--ATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104522 : ACAGCGACTTTGG-C-GCTTAA------A-TCCGAGC--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TA--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-T-GCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-CTATC-TAT-CAAAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTA
gi|104523 : ACGGCGA-TTTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-GG-T-GTCGG-T---TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A----ATA-TAG-TT--TTAATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--A---CGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104524 : ACAGCGA-TTTG--C-GCTGAA------A-CC-GA-C--CA--TTT-T---A-AA--AT-C-AC-GT-TG--A-T-G--T-GTTGG-T---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T---T-C-T-----T--ATA-------TT-TA-GTC-AGT--CTC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TT-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----G--AT-TAGCA-T-CC-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CTTTTAA
gi|104525 : ACAGCGA-GTTGGGC-GCTTAA------AACCCGG-C--TT--TTTTC---A-AA--AA-TTGC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GATGCTTTT-T-C-----GCT-TAA---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTCTG-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--TTTGTG--A------GTAG-----A---TATT----TT-AT-TCTTAT-C--AA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCT
gi|104526 : ACAGCGA-TTTGG-C-G-TTAAC-----A-CCCGG-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-GC-GT-TC----G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-TAATCGGCT-AAT---------------AGGT--CTGC-TG--T------A-------TT-CA--TC-AAT--TGT-TCC-G-TCA-AAGTT-T--C---A-G-G-----CA-CT--T--TTT-TG--ATTGAACGTGGACCAAA---TA-T----TT-AT-TC--AT-C---A----A--AA-TA
gi|104527 : ACAGCGA-TTTGG-C--CTTAA------A-CCCGA-A--TA--AAT-C---A-AA--AAAT-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TTTG-GA-G-TTTTTT-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--G-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TT--G-TCA-AATTT-T--C---A-G-G-CA-TCA--T--T--ATT-TGAAA------GTAA-----AGATTG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAAAAATA--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-GCACA--CA--GACCTACCTTTAAt
gi|104528 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--CA--TTT-C---A-AA--CA-T-AC--T-T-------G--T-GT--G-GAT-TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------T----------------------G-TCA-AATTT-T--C---A-------------T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAC-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104529 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTTA------A-CTCGA-C--GA--TTT-C---AGAA--AA-T-AC-GT-TC--ACG-G--T-GT--G-AGTTTT-G-GA-G-TTTT-C-C-----CGT-AAT---------------A--TCGCT-C-TG--T-T--A-A-------GT-CA-CCC-AGT--ATCTTTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-GTGACA---G-TTAAT--ATT-TG--AC-----GTAG-----AT--TG-T----GT-AG-TC-TAC-C--AA----A--AA-TCGCA-T-T--CA-TTAG--CA--TA--GAC---CCTTAAA
gi|104530 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA--------CTCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-AT--TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----CGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GCC-AGT--ATC-TTC-
gi|104531 : CAGCGA-ATTGG-C-GCTTAA------C-TCCGAAC--TAGATTT-C---A-AA--AA-T-ACGGT-TC--A---G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCTAAAT---------------A--T--CT-CTTG--TGT--A-A-------TT-CA-GTCAAGTAAATC-TTC-GTTCA-AATTTAT--CA--A-G-GACAGTCA-TT--T--AAT-TG--A------GTAGA----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----T--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CAAGCA--GAC---CCCTT
gi|104532 : CAGCGA-TT--G-C-GCTTAA------A-CCGGA-T--T---TTT-CCAAA-AA--AA-T-AC-GT-TTCAA-G-G--TTGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AATT--------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AA-TT-T--C---A---GACA-TCA-TT------TT-TG--A------GTAG-----A---TA-T----TA-TT-TCTTAT-CAAAA----A--AA-TAGCATT-TGCCA-AT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104533 : CAGCGA-TTTGG-C-GCTTAT------A-ACCG--C--T---TTT-C-----AA--AA-T-AC--T-TC--A-G-GTTT-GT--GAA---TT-GAGA-G-TTTT-TCC-----GTTAAATAATCTCGTTTATATGA--T--CT-C-TGCAT-T--A-AAATTCTCTT-TA-GTC---T--ATC-TTC-GTTTATAATTT-TTCC---ATA-GA-A-TCATTT--T--TTT-TG--AT-----GTAG-----AC--TACT----CT-AT-TC-TATAC-AAA----ATTAA--AACA-TGTG-CATTT-G--C---CAATGAC---CTTT
gi|104534 : -TTCGG-C-GCTTAATGTTAAATCCCGA-TCTTA--TTT-C---A-AATAAG-C-AT-GTGTC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G--A-G-TTTT-T-C------CT-ATTT--------------A--TTACTGC-TG--T-TTCA-A-------TTTCA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--CAAGA-A-GACA-TCA-TT--GAAATT-TG--A------GTAG-----A---TG-TGCTATTGAT-TC-TAT-C-AAA----A--AATTAGCA-T-TGTCA--T-G--CA--CA--GA----CCTTTAA
gi|104535 : TTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-TT-TC--A-G-G--T-GT--G-G---TT-TCGA-G-GTTT-T-C-----GCT-GAT---------------A--T--CT-C-CC--C-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-ATT-TT--T--ATT-GG--A------ATAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104536 : ---TT-T-GA-G-TTTT-T-T-----GCT-AATTAATATAAT------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CT-GTT-TAT--ATC-TTG-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-
gi|104537 : ggtT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-ACA-TT--T--ACT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104538 : TC-AGT--ATC-TTT-G-TCA-AATTT-T--T---A-G-GACA-TCG-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T
blockSeqs : C G G TGTTAA A G CT AGA T CAA G TA A T G G CA C T TT T CG A GTT T A T C T C AATCG A AATCTCGTTTATATG GG CG G T CA G TC T AATTCTC T G A AA T T T T A TC AAG GT GT T TTA G AA TTGAAC ACCAAA T GCTA G A T A AA AAAT TT T T G C T A CA AG AT CTA
blockSeqs : . . . C T A . A . . . . . . . . . . T G . TG . AT . C . . . . . A TAATATAAT . TA G . . . . . . . . . . . . T . . . A TA T . AAT . . C AGAT C . . . T . AA . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . GAA . . T AT . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G . T . . . AA . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . A . . . AC . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . A . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . T . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . T . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . T . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
finalCons : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 2 2 2 888888 4 4 33 666 2 333 2 33 2 2 2 2 33 2 4 55 2 66 2 000 2 4 2 2 2 2 55555 4 555555555555555 22 55 4 2 22 2 22 2 6666666 2 2 1 22 1 1 4 2 2 22 555 333 22 2 66666 2 22 000000 888888888 4 4444 2 2 4 2 22 4444 33 2 2 2 4 2 2 33 33 33 444
lowQualScore : . . . ...... . . .. ... . ... . .. . . . . .. . . .. . .. . ... . . . . . . ..... . ............... .. .. . . .. . .. . ....... . . . .. . . . . . .. ... ... .. . ..... . .. ...... ......... . .... . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. .. ...
lowQualScore : 4 2 2 666666 4 4 11 777 2 999 2 11 2 2 2 2 11 2 4 33 2 11 2 888 1 2 1 1 1 1 33333 2 888888888888888 99 88 2 1 99 1 99 1 8888888 0 0 9 66 9 9 0 0 0 88 555 111 22 1 33333 1 99 333333 666666666 2 5555 1 1 4 2 66 7777 11 2 4 4 7 4 4 22 22 22 111
consensus : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
Reference ( family-812 ) : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104518 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-AA-TT-G--CA--AA--GAC---CCTTTAA
gi|104519 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CAGGTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA--T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CC--CA--GAC---CCTTT
gi|104520 : ACAGCGA-TTTGG-CGGCTTAA------A-CCCGA-C--TA--TTT-C-----AA--AA-T-AT-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TC--TA--A--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104521 : ACAGCGA-TTTGG-C-GC-TAG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-GT--TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-GTT-TT--A--ATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104522 : ACAGCGACTTTGG-C-GCTTAA------A-TCCGAGC--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TA--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-T-GCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-CTATC-TAT-CAAAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTA
gi|104523 : ACGGCGA-TTTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-GT-TC--A-G-GG-T-GTCGG-T---TT-C-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-CG--T-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A----ATA-TAG-TT--TTAATT-GG--A------TTAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--A---CGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104524 : ACAGCGA-TTTG--C-GCTGAA------A-CC-GA-C--CA--TTT-T---A-AA--AT-C-AC-GT-TG--A-T-G--T-GTTGG-T---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AAT---------------A--T---T-C-T-----T--ATA-------TT-TA-GTC-AGT--CTC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TT-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----G--AT-TAGCA-T-CC-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CTTTTAA
gi|104525 : ACAGCGA-GTTGGGC-GCTTAA------AACCCGG-C--TT--TTTTC---A-AA--AA-TTGC-GT-TC--A-GTG--T-GT--G-A---TT-G-GATGCTTTT-T-C-----GCT-TAA---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTCTG-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--TTTGTG--A------GTAG-----A---TATT----TT-AT-TCTTAT-C--AA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCT
gi|104526 : ACAGCGA-TTTGG-C-G-TTAAC-----A-CCCGG-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-GC-GT-TC----G-G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-TAATCGGCT-AAT---------------AGGT--CTGC-TG--T------A-------TT-CA--TC-AAT--TGT-TCC-G-TCA-AAGTT-T--C---A-G-G-----CA-CT--T--TTT-TG--ATTGAACGTGGACCAAA---TA-T----TT-AT-TC--AT-C---A----A--AA-TA
gi|104527 : ACAGCGA-TTTGG-C--CTTAA------A-CCCGA-A--TA--AAT-C---A-AA--AAAT-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-A---TTTG-GA-G-TTTTTT-C-----GCT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--G-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TT--G-TCA-AATTT-T--C---A-G-G-CA-TCA--T--T--ATT-TGAAA------GTAA-----AGATTG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAAAAATA--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-GCACA--CA--GACCTACCTTTAAt
gi|104528 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA------A-CCCGA-C--CA--TTT-C---A-AA--CA-T-AC--T-T-------G--T-GT--G-GAT-TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------T----------------------G-TCA-AATTT-T--C---A-------------T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAC-C-GAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104529 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTTA------A-CTCGA-C--GA--TTT-C---AGAA--AA-T-AC-GT-TC--ACG-G--T-GT--G-AGTTTT-G-GA-G-TTTT-C-C-----CGT-AAT---------------A--TCGCT-C-TG--T-T--A-A-------GT-CA-CCC-AGT--ATCTTTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-GTGACA---G-TTAAT--ATT-TG--AC-----GTAG-----AT--TG-T----GT-AG-TC-TAC-C--AA----A--AA-TCGCA-T-T--CA-TTAG--CA--TA--GAC---CCTTAAA
gi|104530 : ACAGCGA-TTTGG-C-GCTTAA--------CTCGA-C--TA--TTT-C---A-AA--AA-T-AC-GT-TC--A-G-G--T-GT--G-AT--TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----CGT-AAT---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GCC-AGT--ATC-TTC-
gi|104531 : CAGCGA-ATTGG-C-GCTTAA------C-TCCGAAC--TAGATTT-C---A-AA--AA-T-ACGGT-TC--A---G--T-GT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCTAAAT---------------A--T--CT-CTTG--TGT--A-A-------TT-CA-GTCAAGTAAATC-TTC-GTTCA-AATTTAT--CA--A-G-GACAGTCA-TT--T--AAT-TG--A------GTAGA----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----T--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CAAGCA--GAC---CCCTT
gi|104532 : CAGCGA-TT--G-C-GCTTAA------A-CCGGA-T--T---TTT-CCAAA-AA--AA-T-AC-GT-TTCAA-G-G--TTGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AATT--------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AA-TT-T--C---A---GACA-TCA-TT------TT-TG--A------GTAG-----A---TA-T----TA-TT-TCTTAT-CAAAA----A--AA-TAGCATT-TGCCA-AT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104533 : CAGCGA-TTTGG-C-GCTTAT------A-ACCG--C--T---TTT-C-----AA--AA-T-AC--T-TC--A-G-GTTT-GT--GAA---TT-GAGA-G-TTTT-TCC-----GTTAAATAATCTCGTTTATATGA--T--CT-C-TGCAT-T--A-AAATTCTCTT-TA-GTC---T--ATC-TTC-GTTTATAATTT-TTCC---ATA-GA-A-TCATTT--T--TTT-TG--AT-----GTAG-----AC--TACT----CT-AT-TC-TATAC-AAA----ATTAA--AACA-TGTG-CATTT-G--C---CAATGAC---CTTT
gi|104534 : -TTCGG-C-GCTTAATGTTAAATCCCGA-TCTTA--TTT-C---A-AATAAG-C-AT-GTGTC--A-G-G--T-GT--G-A---TT-G--A-G-TTTT-T-C------CT-ATTT--------------A--TTACTGC-TG--T-TTCA-A-------TTTCA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--CAAGA-A-GACA-TCA-TT--GAAATT-TG--A------GTAG-----A---TG-TGCTATTGAT-TC-TAT-C-AAA----A--AATTAGCA-T-TGTCA--T-G--CA--CA--GA----CCTTTAA
gi|104535 : TTGG-C-GCT-AG------A-ACCGA-C--TT--TTT-C---A-AA--AA-T-CC-TT-TC--A-G-G--T-GT--G-G---TT-TCGA-G-GTTT-T-C-----GCT-GAT---------------A--T--CT-C-CC--C-T--G-A-------TT-CT-GCT-TAT--AAC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-TATA-ATT-TT--T--ATT-GG--A------ATAG-----G---TG-T----TT-AC-TC-TGC-T-GGA----A--AA-TCGAA-T-TG-CA-TT-G--CA--TA--GAC---CCTTTAA
gi|104536 : ---TT-T-GA-G-TTTT-T-T-----GCT-AATTAATATAAT------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT-CT-GTT-TAT--ATC-TTG-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-
gi|104537 : ggtT-CA-GTC-AGT--ATC-TTC-G-TCA-AATTT-T--C---A-G-GACA-ACA-TT--T--ACT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-TC-TAT-C-AAA----A--AA-TAGCA-T-TG-CA-TT-G--CA--CA--GAC---CCTTTAA
gi|104538 : TC-AGT--ATC-TTT-G-TCA-AATTT-T--T---A-G-GACA-TCG-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T