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gi|22396                      :  TTGCTGGCT-CG-GTCGCT---TT-----TC-T--GTGAT----AT-ATGCT---ATT---GTAAAGG---GA--ATCATCCAT-AACC-A-A-CGCTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGCGAG-CAG--GATAATTA
gi|22397                      :  TTGC-GGCTTCG-GT-GCT---TTAGCTCTC-T-CGGGA-----TT-ATG-------------------------A--ATCCAT-A--C-ACATC-CTC-CCTCCGCCG-CA-T-CTGC--G-CAA--GA-ATTTA
gi|22398                      :   TGC-G-CT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-C--GA-----AT-AT-------T----G-------------A--ATCCAT-C--C-A-A-C-CTC--CT--G--G-CA-T-GTG---G-CAA--TA-ATTTA
gi|22399                      :    GC-GGCT-CG--T-GCT---TT------C-T-CGT-A-----AT-A-G-T---AT----G-ATAGG---GA--A--ATCC-T-A--CTA-A-C-CTC-TCT--GT-G-CATT-GTGC--A-CAA--GA-AATTA
gi|22400                      :     C-GGCT-CATGT-GCTACATTA----TC-TACGTTATTAATAC-ATG-TCTAAT----G-AAAGGAGAGA--A--ATCCATCA--C-A-A-C-TCT-TCT--G--G-CA-TCGTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22401                      :                                      TGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG-------A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22402                      :                                        A-----AT-ATG-T---ATTCATG-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA


blockSeqs                     :      T    T  T  C   ACA  AGCTC  C T  TA TTAAT  G   TCTAATGAAAGGAGAGA         TC      A AC T C T G   T   CC  C C  T C    GA A   AG  T
blockSeqs                     :      .    T  .  .   .    A      . A  TA T      .   TATTCATGAATGGGA           .       C .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    A      . .  TG .      .   TATTCATGAAGGGGA           .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TA .      .   CTATTGTAAAGGGA            .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TA .      .   TATGAAGGGGGAC             .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TG .      .   TATGAAGGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  GG .      .   TATGAAGGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  GG .      .   TATGAAGGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  GG .      .   TATGAGAGGAA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TA .      .   TATGAAGGGAA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TG .      .   TATGGAGGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  GG .      .   TATGAAAGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TT .      .   TATGATAGGGA               .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  TG .      .   TATGAAGGG                 .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  T  .      .   TG                        .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  G  .      .   .                         .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  G  .      .   .                         .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :      .    .  .  .   .    .      . .  G  .      .   .                         .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :                                      T  .      .   .                         .       . .  . . . .   .   .   . .  . .    .  .   .   .
blockSeqs                     :                                         .      .   .                         .       . .  . . . .   .   .   . .                     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
finalCons                     : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                    1111111111111111111111111                                                             
lowQualScore                  :      2    4  2  2   333  99999  2 4  33 66666  1   5555555555555555555555555 22      3 22 1 1 1 1   1   22  1 1  2 2    22 2   22  2     
lowQualScore                  :      .    .  .  .   ...  .....  . .  .. .....  .   ......................... ..      . .. . . . .   .   ..  . .  . .    .. .   ..  .     
lowQualScore                  :      1    2  1  1   777  55555  1 2  00 77777  9   0000000000000000000000000 66      8 66 9 9 9 9   9   66  9 9  0 0    88 0   88  0     
consensus                     : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
Reference ( family-810 )      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22382                      : ATTGA-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTAA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---AA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22383                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGTAA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GT-G-CA-T-GTGA--A-CAA--GA-
gi|22384                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TCCT-CGTAA-----ATGATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A---CTC-TCT--GT-G-CA-T-GTGA--A-CAA--GA-
gi|22385                      : ATTCC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-TTCGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-GCT--GC-G-CA-T-GTGC--A-CAA--GA-AATTA
gi|22386                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TTA----TC-T-CGTAA-----AT-AT--T---AT----G-AGAGG---AA--A--ATCCATAA--C-A-A-C-CTC-T-T--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22387                      : ATTGC-GGCTTCG-GT-GCT---TT-----T--T-CGTAA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---AA--A--ATCCAT------A-A-C-CTC-TCT--GC-GCCA-T-GTGC--GACAAAGAA-AATTA
gi|22388                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TC-----TC---CGT-A-----AT-ATG-T---AT----G-GAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-TCT-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--A-CAA--GA-AATTA
gi|22389                      : ATTGC-GACT-CT-GT-GCT---TT-----TT-C-CGTGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAAGG---GA--A--TTCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TTT--GC-G-C--T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22390                      : ATTGC-GACT-CG--T-GCT---TT-----TC-T-CGGGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG---GGACA--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTCTTCT--GC-G-CA-T-G-GC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22391                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CGGGA-----AT-ATG-------------------------A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-CCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATT
gi|22392                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CG-GA-----AT-ATG-------------------------A--ATCCAT-A--C-A-A-C--TC-CCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATT
gi|22393                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-CG-GA-----AT-ATG----------------------------ATCCAT-A--C-A-A-C--TC-CCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATT
gi|22394                      : ATTGC-GGCT-CG-GT-GCT---TT-----TT-T-CGGGA-----AT-ATG-------------------------A--ATC-AT-A--C-A-A-C-CTC-CCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATT
gi|22395                      : ATTTC-GGCT-CG-GT-GTT---TT-----TC-T-CATAA-----AT-ATG-T---ATTCATG-AATGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-
gi|22396                      :  TTGCTGGCT-CG-GTCGCT---TT-----TC-T--GTGAT----AT-ATGCT---ATT---GTAAAGG---GA--ATCATCCAT-AACC-A-A-CGCTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGCGAG-CAG--GATAATTA
gi|22397                      :  TTGC-GGCTTCG-GT-GCT---TTAGCTCTC-T-CGGGA-----TT-ATG-------------------------A--ATCCAT-A--C-ACATC-CTC-CCTCCGCCG-CA-T-CTGC--G-CAA--GA-ATTTA
gi|22398                      :   TGC-G-CT-CG-GT-GCT---TT-----TC-T-C--GA-----AT-AT-------T----G-------------A--ATCCAT-C--C-A-A-C-CTC--CT--G--G-CA-T-GTG---G-CAA--TA-ATTTA
gi|22399                      :    GC-GGCT-CG--T-GCT---TT------C-T-CGT-A-----AT-A-G-T---AT----G-ATAGG---GA--A--ATCC-T-A--CTA-A-C-CTC-TCT--GT-G-CATT-GTGC--A-CAA--GA-AATTA
gi|22400                      :     C-GGCT-CATGT-GCTACATTA----TC-TACGTTATTAATAC-ATG-TCTAAT----G-AAAGGAGAGA--A--ATCCATCA--C-A-A-C-TCT-TCT--G--G-CA-TCGTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22401                      :                                      TGA-----AT-ATG-T---AT----G-AAGGG-------A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA
gi|22402                      :                                        A-----AT-ATG-T---ATTCATG-AAGGG---GA--A--ATCCAT-A--C-A-A-C-CTC-TCT--GC-G-CA-T-GTGC--G-CAA--GA-AATTA