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lowQualScore                  :  .     .  .   ..  . .    ...  .   .  ..........................................  .  ....    .  .   .    ...  .      ... .   .   .    ......   . .  .   . ..  ....     
lowQualScore                  :  0     9  0   77  7 7    444  5   5  999999999999999999999999999999999999999999  2  7777    4  4   4    222  0      555 0   6   1    111111   1 1  1   1 11  9999     
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Reference ( gi|111539 )       : AGATTGA-TAGTAT--TA-G-AATA---TC-TTA-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTGTGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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Alignments
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lowQualScore                  :     .   .  ..   ..  . . .   ...    . .  ..........................................  .  ....    .  .   .    ...  .      ... .       .    ......   . .  .   . ..  ....     
lowQualScore                  :     4   4  55   11  2 2 2   999    2 2  666666666666666666666666666666666666666666  1  5555    2  2   2    000  9      333 8       0    888888   0 0  0   0 99  6666     
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Reference ( family-804 )      : AAAT-TGA-TAN-TAT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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gi|111555                     :   AT-TGT-TAG-TGT--TA-G-A-ATA---TC-T-A-GCTTACATATGAT-----------A---------T---------AT-TA----AATATCA-TTG-TTTCATAAA-ATCGTA---AGCATATGTGTTGAAGCGTCCTGTT-GA-CAT-C--AT----
gi|111556                     :             -TAT--AA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--ATTATAAGTAC
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Alignments
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lowQualScore                  :     .   .  ..   ..  . . .   ...    . .  ..........................................  .  ....    .  .   .    ...  .      ... .       .    ......   . .  .   . ..  ....     
lowQualScore                  :     4   4  55   11  2 2 2   999    2 2  666666666666666666666666666666666666666666  1  5555    2  2   2    000  9      333 8       0    888888   0 0  0   0 99  6666     
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Reference ( family-804 )      : AAAT-TGA-TAN-TAT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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gi|111548                     : AAAT-TGAATAT-TAT--GG-A-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TCG--TTC---AATATCGTA---A-CGTTTGT-TTGA------CTG-T--A-CGT-CATAT----AGTAC
gi|111549                     : AAAT-TGA-TAT-TAT--TG-G-A-ATT---TCT--A-GC----------T-----------A---------TT--------CT-AA----AATG-CA-TTG-TTTA---AA-GTTGTA---A-CGTGTG--TTGA------CTG-T-GA-C-T-C--ATA---AGTAC
gi|111550                     : AAAT-TGA-TAT-TAT--TG-G-A-ATA---TATT-A-CC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TCG-TTTC---AA-ATCGTA---A-C
gi|111551                     : AAATGTGA-TAAATAC--TA-G-G-GC-----CT-----C----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATA-CAATTG-TATC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTA-TAGA-CGT-C--AT----AGTA
gi|111552                     : AAAT-TGA-TAG-CTT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------TGTTTGATAACT-AA----AATG-CA-TCG-T------AA-AT---A---A------------A------CTG-T-GA-CGT-C--AT----
gi|111553                     : AAAT-TGA-TAG-TATGTTA-GGA-ATAAAATCTT-AAGC----------T-----------A---------T---------CTACAGAGAAATG-CAATTGATTGCTA-AA-ATCGGA---AACGTGTGC-TTGA------CTG-T-GA-CGT-
gi|111554                     :  AAT-TGA-AAT-TTT--GA-C-ACATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T----------T-CA----AATGCCA-TTG-TTCA---AA-ATCGTA---A-CTTAAGT-TTGA------CTG-T-GAGTGT-C--AT----AGTAC
gi|111555                     :   AT-TGT-TAG-TGT--TA-G-A-ATA---TC-T-A-GCTTACATATGAT-----------A---------T---------AT-TA----AATATCA-TTG-TTTCATAAA-ATCGTA---AGCATATGTGTTGAAGCGTCCTGTT-GA-CAT-C--AT----
gi|111556                     :             -TAT--AA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--ATTATAAGTAC
gi|111557                     :                                                               g---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-ATTC---AA-ATAGTA---A-AGTATGT-TTGA------CT-----A-CGA-C--AT----AATAC
gi|111558                     :                                                                                                         TTC---AA-ATCGTA---A-CGTGTGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
gi|111559                     :                                                                                                            ---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGTCC--AT----AGTAC


blockSeqs                     :     G   A  AA   GT  C G C   AAA    T A  TGTACATATGAAAT                              A  GAGA    C  A   T    ATA  T      GTT A       G    AGCGTC   T A  G   C AT  TATA
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TTACATATGATAT                               .  .       T  A   A    TA   .      .   G       .    .        . .  .   . .   A   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TACATATGATAT                                .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TATGTTTGATAA                                .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TATT                                        .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  GAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  T    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  G    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :     .   .  .    .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :                 .   . . .   .      . .  TAT                                         .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :                                                                                     .  .       .  .   .    .    .      .   .       .    .        . .  .   . .   .   
blockSeqs                     :                                                                                                            .    .      .   .       .    .        . .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                                                            .    .      .   .                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAT-TGA-TAN-TAT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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Alignments
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lowQualScore                  :     .   .  ..   ..  . . .   ...    . .  ..........................................  .  ....    .  .   .    ...  .      ... .       .    ......   . .  .   . ..  ....     
lowQualScore                  :     4   4  55   11  2 2 2   999    2 2  666666666666666666666666666666666666666666  1  5555    2  2   2    000  9      333 8       0    888888   0 0  0   0 99  6666     
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Reference ( family-804 )      : AAAT-TGA-TAN-TAT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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gi|111550                     : AAAT-TGA-TAT-TAT--TG-G-A-ATA---TATT-A-CC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TCG-TTTC---AA-ATCGTA---A-C
gi|111551                     : AAATGTGA-TAAATAC--TA-G-G-GC-----CT-----C----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATA-CAATTG-TATC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTA-TAGA-CGT-C--AT----AGTA
gi|111552                     : AAAT-TGA-TAG-CTT--TA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------TGTTTGATAACT-AA----AATG-CA-TCG-T------AA-AT---A---A------------A------CTG-T-GA-CGT-C--AT----
gi|111553                     : AAAT-TGA-TAG-TATGTTA-GGA-ATAAAATCTT-AAGC----------T-----------A---------T---------CTACAGAGAAATG-CAATTGATTGCTA-AA-ATCGGA---AACGTGTGC-TTGA------CTG-T-GA-CGT-
gi|111554                     :  AAT-TGA-AAT-TTT--GA-C-ACATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T----------T-CA----AATGCCA-TTG-TTCA---AA-ATCGTA---A-CTTAAGT-TTGA------CTG-T-GAGTGT-C--AT----AGTAC
gi|111555                     :   AT-TGT-TAG-TGT--TA-G-A-ATA---TC-T-A-GCTTACATATGAT-----------A---------T---------AT-TA----AATATCA-TTG-TTTCATAAA-ATCGTA---AGCATATGTGTTGAAGCGTCCTGTT-GA-CAT-C--AT----
gi|111556                     :             -TAT--AA-G-A-ATA---TCTT-A-GC----------T-----------A---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-TTTC---AA-ATCGTA---A-CGTATGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--ATTATAAGTAC
gi|111557                     :                                                               g---------T---------CT-CA----AATG-CA-TTG-ATTC---AA-ATAGTA---A-AGTATGT-TTGA------CT-----A-CGA-C--AT----AATAC
gi|111558                     :                                                                                                         TTC---AA-ATCGTA---A-CGTGTGT-TTGA------CTG-T-GA-CGT-C--AT----AGTAC
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